INSTYTUT MATKI I DZIECKA ZAKŁAD GENETYKI MEDYCZNEJ

INSTYTUT MATKI I DZIECKA ZAKŁAD GENETYKI MEDYCZNEJ Kierownik: prof. dr hab. n. med. Tadeusz Mazurczak ul. Kasprzaka 17a, 01-211 Warszawa Tel: (022) 632-96-57; Tel/fax: (022) 632 62 24 e-mail: genetyka@imid.med.pl EWA BOCIAN DIAGNOSTYKA CYTOGENETYCZNA CHORÓB GENETYCZNYCH KRYTERIA I ZASADY PROCEDURY DIAGNOSTYCZNEJ ORAZ SYSTEMU KONTROLI JAKOŚCI BADAŃ CZ. II. WYNIKI OCENY JAKOŚCI BADAŃ CYTOGENETYCZNYCH W 6 OŚRODKACH GENETYKI MEDYCZNEJ W POLSCE EKSPERTYZA NAUKOWA DLA MINISTERSTWA ZDROWIA Warszawa 2000 1

DIAGNOSTYKA CYTOGENETYCZNA CHORÓB GENETYCZNYCH KRYTERIA I ZASADY PROCEDURY DIAGNOSTYCZNEJ ORAZ SYSTEMU KONTROLI JAKOŚCI BADAŃ CZ. II. WYNIKI OCENY JAKOŚCI BADAŃ CYTOGENETYCZNYCH W 6 OŚRODKACH GENETYKI MEDYCZNEJ W POLSCE Badania cytogenetyczne stanowią podstawę pre- i postnatalnej diagnostyki specyficznych chorób i zespołów klinicznych uwarunkowanych aberracjami chromosomowymi. Szczególna rola tych badań polega na tym, że ich wynik stanowi nie tylko podstawę rozpoznania klinicznego choroby, lecz także umożliwia identyfikację rodziny ryzyka genetycznego. Wyniki badań cytogenetycznych mają więc zasadnicze znaczenie dla poradnictwa genetycznego i związanej z nim profilaktyki chorób genetycznych. Niekiedy mają też wpływ na charakter decyzji prokreacyjnych rodziny. Istnieje zatem uzasadniona konieczność, tak ze względów klinicznych jak i prawnych, zapewnienia wysokiej ich skuteczności i wiarygodności. Zapewnienie zaś odpowiedniego standardu badań wymaga prowadzenia systematycznej wewnątrz laboratoryjnej, jak też zewnętrznej kontroli ich jakości. W związku z tym podjęto próbę, w oparciu o opracowane wcześniej kryteria i standardy (cz. I ekspertyzy), oceny jakości cytogenetycznych badań diagnostycznych wykonanych w 6 ośrodkach genetyki medycznej w Polsce. Analiza wyników dokonanej oceny jest przedmiotem tego opracowania. Ośrodki genetyki medycznej uczestniczące w pilotażowej ocenie jakości badań cytogenetycznych - Zakład Genetyki Medycznej Instytutu Endokrynologii AM w Łodzi - Katedra i Zakład Biologii i Genetyki AM w Gdańsku - Zakład Genetyki Instytutu Psychiatrii i Neurologii w Warszawie - Zakład Genetyki Instytutu Pomnik Centrum Zdrowia Dziecka w Warszawie - Zakład Genetyki Klinicznej Instytutu Pediatrii AM w Poznaniu oraz - Zakład Genetyki Medycznej Instytutu Matki i Dziecka w Warszawie 2

Metody i kryteria oceny jakości Przedmiotem zewnętrznej, retrospektywnej oceny jakości były cytogenetyczne badania diagnostyczne wykonane w wymienionych wcześniej ośrodkach w okresie od 1.04 do 31.08.2000. Zakład Genetyki Medycznej IMD uczestniczył tylko w pierwszej części sprawdzianu jakości. Zastosowane do oceny kryteria i standardy jakości omówione zostały szczegółowo w części I ekspertyzy. Ocenie podlegały po trzy przypadki diagnostyczne, wybrane losowo spośród badań wykonanych w próbkach krwi oraz płynu owodniowego. Program oceny składał się z dwóch części. W jednej, oceniana była skuteczność i czas badań w odniesieniu do minimalnych (możliwych do zaakceptowania) standardów. W drugiej zaś jakość techniczna preparatów chromosomowych, poprawność zastosowanej procedury badania i uzyskanego wyniku diagnostycznego, oraz sposób opisu wyniku badania. W opisie wyniku oceniano poprawność zapisu kariotypu wzorem zgodnym z obowiązującymi zasadami, poprawność interpretacji cytogenetycznej i klinicznej oraz czytelność, zwięzłość i jednoznaczność opisu. Część druga oceny przeprowadzona została dla badań wykonanych w 5 ośrodkach (z wyłączeniem Zakładu Genetyki Medycznej IMD). Dokonano jej anonimowo. Osoba oceniająca znała jedynie numery kodowe laboratoriów uczestniczących w sprawdzianie. Minimalne standardy dotyczące skuteczności i czasu badań przedstawiono w cz. I Ekspertyzy (str. 23). Przyjęto, że laboratorium spełnia wymogi dotyczące jakości badań tylko wtedy, gdy odpowiednio 96 i 80% badań mieści się w zakresie standardów przyjętych dla tych parametrów jakości. Minimalne standardy jakości preparatów chromosomowych w odniesieniu do wskazania klinicznego, które decydowało o przeprowadzeniu badania podano w tabeli 3 (cz. I, str.25). Wyniki oceny jakości Szczegółowe wyniki dokonanej oceny jakości badań cytogenetycznych wykonywanych w 5 ośrodkach genetyki medycznej podane zostały w Aneksie. Przedstawiono w nim indywidualne raporty z przeprowadzonej oceny, sporządzone dla poszczególnych laboratoriów. Zawierają one wyniki oceny dokonanej w oparciu o 3

przyjęte kryteria (wraz ze szczegółowym komentarzem do ocenianych materiałów) a także uwagi ogólne, wnioski i zalecenia osoby dokonującej sprawdzianu jakości. W tym rozdziale przedstawiono ogólne wyniki oceny jakości, stanowiące podsumowanie analizy danych zawartych w aneksie. Czas i skuteczność badań W tabelach 1-3 przedstawiono skuteczność i czas trwania cytogenetycznych badań diagnostycznych wykonywanych w próbkach krwi oraz płynu owodniowego w sześciu ośrodkach genetyki medycznej w Polsce. Ostatnia rubryka zawiera, dla porównania, dane uzyskane w brytyjskim programie oceny jakości NEQAS w latach 1998/99. Skuteczność badań prenatalnych (odsetek badań zakończonych uzyskaniem wyniku) we wszystkich poddających się ocenie ch była na najwyższym poziomie (99,6 %, tab. 1). Jednak średni czas trwania badania w poszczególnych ch różnił się w znacznym stopniu (11 25,5 dni). W jednym spośród pięciu laboratoriów wykonujących badania prenatalne, odsetek badań spełniających wymogi minimalnego standardu dla czasu badania (20 dni) wynosił zaledwie 8,3%. Jest to równoznaczne z niezadowalającą oceną jakości tych badań, ze specyfiki których wynika konieczność uzyskiwania wyniku diagnostycznego w jak najkrótszym czasie. W pozostałych czterech ch odsetek badań mieszczących się w zakresie minimalnego standardu dla tego parametru był wyższy niż wymagany (80%) dla wydania pozytywnej oceny jakości tych badań. Jednak średni czas badań prenatalnych w polskich ośrodkach był o ponad cztery dni dłuższy niż średni czas uzyskiwany przez uczestniczące w systemie kontroli NEQAS. Skuteczność badań wykonywanych w próbkach krwi zarówno w przypadku badań zwykłych jak i pilnych była wysoka (97,8 %), znacznie wyższa od określonej minimalnym standardem (96%) (tab.2 i 3). Jednak podobnie jak w przypadku badań prenatalnych, średni czas trwania badań próbek krwi w poszczególnych ch wykazywał znaczne zróżnicowanie. W badaniach zwykłych od 14 do 75 dni, w badaniach pilnych natomiast od 7,5 do10 dni. We wszystkich, za wyjątkiem jednego, ch czas trwania badań zwykłych był znacznie krótszy od przyjętego standardu. W laboratorium, w którym średni czas 4

badania (75 dni) przekraczał niemal trzykrotnie czas określony minimalnym standardem (28 dni) nie wykonano żadnego badania w określonym standardem czasie. Przeważająca liczba badań pilnych (% badań w czterech ch i 86% w jednym) wykonana została w akceptowanym dla tych badań czasie. Średni czas trwania badań w próbkach krwi w krajowych ch (z pominięciem ośrodka Nr 5) był niemal o 7 dni krótszy niż czas badań uzyskiwany w ośrodkach poddających się ocenie w systemie NEQAS. Badania pilne wykonane w krajowych ośrodkach trwały natomiast o dwa dni dłużej niż takie badania z laboratoriów zagranicznych. Tabela 1. Skuteczność i czas trwania cytogenetycznych badań diagnostycznych wykonanych w próbkach płynu owodniowego w 5 ośrodkach genetyki medycznej w Polsce Liczba badań Kod Laboratorium Skuteczność % Średni czas badania dni Odsetek badań, w których czas badania mieścił się w zakresie minimalnego standardu Odsetek badań z nieprawidłowym kariotypem Średnia ocena punktowa jakości preparatów chromosomowych Zakres oceny punktowej preparatów chromosomowych 1 43 11,0 6,9 6,3 6-7 2 68 18,7 98,5 4,2 4,3 4-5 3 - - - - - - - 4 36 25,5 8,3 8,3 6,6 6-7 5 283 99,6 18, 0 85,5 5,3 6,3 6-7 6 71 14,7 88,7 7,0 - - Razem 501 99,8 17,6 83,4 5,8 5,9 4-7 NEQAS 1998/99 44 901 99,7 13,1 88,0 4,1 5,5 3-8 5

Tabela 2. Skuteczność i czas trwania cytogenetycznych badań diagnostycznych wykonanych w próbkach krwi w 6 ośrodkach genetyki medycznej w Polsce Liczba badań Kod Laboratorium Skuteczność % Średni czas badania dni Odsetek badań, w których czas badania mieścił się w zakresie minimalnego standardu Odsetek badań z nieprawidłowym kariotypem Średnia ocena punktowa jakości preparatów chromosomowych Zakres oceny punktowej preparatów chromosomowych 1 35 14 28,6 8 7 10 2 157 25,2 94,9 11,5 5 5 5 3 345 98,8 19,0 91,3 15,4 5,6 5-7 4 225 99,1 18,5 98,2 14,8 7 6 8 5 166 99,4 75,0 0 4,8 6,3 5 7 6 82 15,5 95,1 7,3 - Razem 1010 99,3 27,8 71,6 (18,4)* (85,7)* 12,8 6,4 5-10 NEQAS 53 369 1998/99 98,4 25,2 80,7 6,7 6,6 3-9 *Wartości uzyskane dla 5 ośrodków z pominięciem laboratorium Nr 5 Tabela 3. Skuteczność i czas trwania cytogenetycznych badań diagnostycznych wykonanych w trybie pilnym w próbkach krwi w 6 ośrodkach genetyki medycznej w Polsce Kod Laboratorium Liczba badań Odsetek wszystkich badań w próbkach krwi Skuteczność % Średni czas badania dni Odsetek badań, w których czas badania mieścił się w zakresie minimalnego standardu Odsetek badań z nieprawidłowym kariotypem 1 5 12,7 8,4 20,0 2 2 1,2 10,0 0 3 - - - - - - 4 3 1,3 9,3 0 5 36 17,8 7,8 8,0 86,1 16,7 6 17 17,2 7,5 17,6 Razem 63 8,6 98,4 8,6 92,0 15,8 NEQAS 1998/99 10 205 173 98,7 6,8 95,3 20,4 6

Jakość techniczna preparatów chromosomowych Jakość techniczna preparatów uzyskiwanych z próbek krwi oraz płynu owodniowego we wszystkich ocenianych ch spełniała wymogi odpowiedniego dla niej standardu. W jednym spośród czterech ocenianych pod tym względem laboratoriów wykonujących badania prenatalne była ona znacznie niższa niż w pozostałych ch. Średnia ocena punktowa jakości technicznej preparatów chromosomowych z próbek krwi uzyskanej w 3 spośród 5 ocenianych laboratoriów była dobra (6,3 8), w dwóch dostateczna (5). We wszystkich ch była ona adekwatna do wskazań, które zadecydowały o przeprowadzeniu analizy kariotypu. Średnia jakość techniczna preparatów chromosomowych uzyskiwanych w naszym kraju i w ośrodkach zagranicznych uczestniczących w sprawdzianie jakości NEQAS jest podobna. Metodyka i dokumentacja badań Stosowana w badaniach diagnostycznych wykonywanych w próbkach krwi metodyka analizy kariotypu oraz procedura diagnostyczna były prawidłowe we wszystkich poddających się ocenie ch. To samo dotyczy badań prenatalnych (w próbkach płynu owodniowego) za wyjątkiem jednego elementu procedury badania a mianowicie wymogu analizy komórek pochodzących z co najmniej dwóch naczyń hodowlanych. Ten element poprawności metodycznej badań nie mógł być oceniony z powodu braku informacji na ten temat w załączonej dokumentacji badań. Przesłana do oceny dokumentacja badań zawierała formularz skierowania na badanie, kartę analizy chromosomowej oraz wynik badania, a w niektórych przypadkach także kartę informacyjną pacjenta. Skierowania na badanie zawierały podstawowe dane osoby badanej, nie zawsze natomiast podawały, istotne dla cytogenetyka wykonującego badanie, informacje kliniczne. Generalnie, dokumentacja zawierała podstawowe dane pacjenta numer i datę badania oraz informację o zastosowanej metodzie badania. Informacje te podane były w wyniku badania. Żadne z ocenianych laboratoriów wykonujących badania prenatalne nie przesłało dokumentacji prowadzenia hodowli komórek płynu owodniowego, w dwóch 7

przypadkach brak jest także informacji dotyczących zabiegu i wyniku amniopunkcji. Żadna z nadesłanych do oceny kart analizy chromosomowej nie zawierała szczegółowych informacji o tym co osoba analizująca widzi pod mikroskopem, które powinny stanowić dokument przeprowadzonej analizy. Opis i interpretacja wyniku badania ośrodki przedstawiły wynik badania cytogenetycznego w postaci zapisu kariotypu wzorem zgodnie z zasadami skróconego opisu aberracji. Popełniono kilka drobnych i jeden istotny błąd w zapisie stwierdzonych aberracji (omówienie błędów zawarte jest w Aneksie). Większość ośrodków podała opis słowny kariotypu oraz interpretację cytogenetyczną i kliniczną stwierdzonych aberracji w karcie informacyjnej lub w innych dokumentach. Można zatem przypuszczać, że autorami opisu są lekarze poradni genetycznych, a nie biolodzy. Tylko jeden ośrodek przedstawił dwa dokumenty, z których jeden zatytułowany jest wynik badania kariotypu i zawiera zarówno zapis wzorem jak i opis słowny kariotypu drugi zaś, karta informacyjna zawierający wynik badania i szczegółową interpretację cytogenetyczną i kliniczną tego wyniku. Jeden ośrodek nie przedstawił żadnego opisu ani interpretacji kariotypu zapisanego odręcznie wzorem. Sposób opisu kariotypu w poszczególnych ośrodkach był zróżnicowany, od bardzo lakonicznego do nadmiernie rozbudowanego, w większości jednak przypadków zawierał istotne dla lekarza klinicysty informacje. Omówienie Uzyskana, w ocenianych w tym pilotażu ch krajowych, skuteczność cytogenetycznych badań diagnostycznych była na najwyższym poziomie (> 98%) i nie różniła się od skuteczności badań wykonywanych w ośrodkach zagranicznych uczestniczących w systemie kontroli jakości NEQAS. Drugi parametr jakości, czas trwania badań, w ośrodkach krajowych, był zróżnicowany, odbiegał od przedstawionego w raporcie NEQAS i wymaga szerszego omówienia. Średni czas badania uzyskany przez 6 polskich laboratoriów, niezależnie od rodzaju badanej próbki (krew, płyn owodniowy) był dłuższy od odpowiednich wartości uzyskanych dla tego parametru przez ośrodki zagraniczne. 8

Dotyczy to szczególnie badań prenatalnych (różnica 4 dni), ale także pilnych badań w próbkach krwi (różnica 2 dni). Na czas trwania badań diagnostycznych mogą mieć wpływ takie czynniki jak: stosowana metodyka badań (dotyczy to badań prenatalnych), liczba badań w odniesieniu do liczby cytogenetyków wykonujących te badania oraz organizacja, wydajność i czas pracy. Zestawienie danych zebranych w tabeli 4 nie wykazuje jednoznacznej zależności, chociaż nie wyklucza związku, pomiędzy liczbą wykonanych badań, liczbą cytogenetyków i czasem badania. Wprawdzie ośrodki Nr 1 i 6 wykonujące najmniej badań miały też najkrótsze czasy ich trwania a najbardziej obciążony badaniami ośrodek Nr 5 najdłuższy czas badania to jednak w ośrodkach Nr 2 i 4 mimo podobnej ogólnej liczby badań i osób je wykonujących czasy trwania badań były zróżnicowane. Wątpliwości co do istnienia prostej zależności pomiędzy liczbą i czasem badań jeszcze lepiej dokumentuje ponad dwukrotna różnica czasu badania prenatalnego pomiędzy ośrodkami Nr 1 i 4, w których podobną liczbę badań wykonywały po 2 osoby. W tym przypadku czynnikiem decydującym o zróżnicowaniu czasu badania była prawdopodobnie inna procedura badawcza. Tabela 4. Czas trwania badań diagnostycznych w odniesieniu do liczby badań Kod laboratorium Liczba osób wykonujących badania Ogółem Liczba i czas badań (dni) W próbkach krwi W próbkach płynu owodniowego 1 5 83 40 (14,0) 43 (11,0) 2 5 227 159 (25,2) 68 (18,7) 3 5 345 345 (19,0) - - 4 5 264 228 (18,5) 36 (25,5) 5 6 485 202 (75,0) 283 (18,0) 6 5 170 99 (15,5) 71 (14,7) Bardzo istotnym czynnikiem, od którego zależy czas trwania badań diagnostycznych jest wydajność pracy cytogenetyka. Specyfika badań cytogenetycznych decyduje o tym, że wydajnym pracownikiem w tej dziedzinie można być dopiero po zdobyciu doświadczenia wymagającego co najmniej kilku lat pracy. Problem polega także na tym, że nie ma w polskich uczelniach programu nauczania cytogenetyki, nie funkcjonują też żadne formalne systemy szkolenia 9

podyplomowego i specjalizacji w tej dziedzinie. Normalną praktyką jest więc zdobywanie podstawowej wiedzy z zakresu cytogenetyki klinicznej, zarówno teoretycznej jak i praktycznej po rozpoczęciu pracy w laboratorium diagnostycznym. Przy dużej fluktuacji pracowników w ch cytogenetycznych, związanej zarówno z niskimi płacami w służbie zdrowia, jak i nie rzadko zdarzającym się brakiem predyspozycji do tego typu pracy, wydajność pracy zespołu wykonującego badania nie może być wysoka. Omawiając zagadnienie wydajności pracy nie można też nie zauważyć faktu, że wszystkie oceniane diagnostyczne umiejscowione są w instytutach naukowo badawczych lub Akademiach Medycznych co nakłada na nie także inne obowiązki poza pracą usługową na rzecz służby zdrowia i dydaktyki studentów. W tej sytuacji wewnętrzna organizacja pracy i zakres prowadzonych w ośrodku prac badawczych nie pozostają bez wpływu na wydajność pracy diagnostycznej. Ostatni, choć równie ważny jak omówione wcześniej, czynnik decydujący o liczbie i czasie trwania badań wykonywanych w polskich ch cytogenetycznych, to obowiązujący w tych ch czas pracy. Wynosi on, zgodnie z Rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 27.12.1974 (Dz. U. Nr 51, 2, ust.1, pkt 2) dotyczącym uciążliwych warunków pracy w ch cytodiagnostycznych tylko 5 godzin dziennie. Takie przepisy nie obowiązują w żadnym innym kraju europejskim. Jakość techniczna preparatów chromosomowych decydująca w dużym stopniu o wiarygodności wyników diagnostycznych spełniała we wszystkich ocenianych ch wymogi określone minimalnym standardem w tym zakresie. Stosunkowo często występujące różnice w ocenie rozdzielczości prążkowej chromosomów pomiędzy laboratorium (wynik oceny zazwyczaj zawyżony) i osobą oceniającą wskazują na konieczność ustalenia precyzyjniejszych kryteriów tej oceny. Przesłana do oceny dokumentacja badań była w wielu przypadkach niepełna. Dotyczy to głównie dokumentacji procedury diagnostycznej (opisu metody badania, przebiegu hodowli komórek i analizy chromosomów) w związku z czym trudno jest omawiać to zagadnienie. Można natomiast wyciągnąć stąd wniosek, że przesłany do ośrodków opis wymagań odnośnie niezbędnej do oceny dokumentacji był za mało 10

dokładny. Omówienia wymaga natomiast sposób przedstawiania i interpretacji wyniku badania cytogenetycznego. Wynik badania powinien mieć standardowy charakter, powinien być wypisany drukiem na odpowiednim formularzu z nagłówkiem wynik badania cytogenetycznego i zawierać jasny i zrozumiały dla niespecjalisty opis kariotypu. Poza podstawowymi informacjami identyfikującymi pacjenta i wykonane badanie, powinien zawierać, zgodny z obowiązującymi zasadami ISCN 1995, zapis kariotypu wzorem, zwięzły opis stwierdzonej nieprawidłowości (z określeniem czy jest ona zrównoważona czy nie), sformułowaną czytelnie interpretację cytogenetyczną oraz określenie dalszego postępowania diagnostycznego. Taki opis wyniku badania kariotypu leży w kompetencjach cytogenetyka i powinien być przez niego stosowany. Niestety tylko jedno z 5 ocenianych laboratoriów spełniło te wymogi. Interpretacji klinicznej stwierdzonego kariotypu może dokonać lekarz, specjalista z zakresu genetyki, podając ją w karcie informacyjnej lub formularzu konsultacji genetycznej. W większości ocenianych ośrodków opis słowny kariotypu, jego interpretacja cytogenetyczna i kliniczna podawane były w dokumentach sporządzanych, jak należy sądzić, w poradniach genetycznych. Wnioski Dokonana analiza jakości cytogenetycznych badań diagnostycznych wykonanych w 6 ośrodkach genetyki medycznej w kraju upoważnia do wyciągnięcia następujących wniosków: 1. Standard badań cytogenetycznych w ocenianych ośrodkach zapewnia należytą jakość pre- i postnatalnej diagnostyki cytogenetycznej chorób genetycznych. 2. Konieczne jest dalsze doskonalenie jakości badań, a szczególnie skracanie czasu ich trwania oraz jakości technicznej preparatów chromosomowych. 3. Średni czas badania prenatalnego uzyskany przez 4 spośród 5 laboratoriów wskazuje na możliwość zmiany minimalnego standardu dla tego parametru. Przyjęty obecnie czas 20 dni można byłoby skrócić do 18 dni. Podwyższanie standardów stanowi zazwyczaj skuteczny czynnik mobilizujący do podnoszenia jakości badań. 11

4. Konieczne jest dostosowanie opisu kariotypu do obowiązujących w tym zakresie zasad. Pożądane jest także wprowadzenie standardowej formy opisu wyniku badania cytogenetycznego. 5. Pilnych ustaleń wymaga określenie minimalnego standardu dla liczby badań przypadających na jednego cytogenetyka rocznie. Kraje zachodnioeuropejskie przyjmują liczbę 200 przy 40 godzinnym tygodniowym czasie pracy. 6. Konieczne jest podjęcie działań zmierzających do opracowania i wdrożenia systemu nauczania i specjalizacji w zakresie cytogenetyki klinicznej. Funkcjonowanie takiego systemu jest podstawą i warunkiem prawidłowej, w pełni profesjonalnej opieki genetycznej nad pacjentem, której istotnym elementem jest diagnostyka cytogenetyczna chorób dziedzicznych. 7. Dokonana ocena pilotażowa zaproponowanego systemu kontroli jakości badań cytogenetycznych według przyjętych wcześniej kryteriów i zasad potwierdza konieczność podjęcia prac nad wprowadzeniem ogólnopolskiego systemu kontroli jakości laboratoriów cytogenetycznych. System taki wymusi powstanie profesjonalnego programu szkolenia w zakresie cytogenetyki klinicznej, a jego wyniki stanowić powinny podstawę do przyznawania akredytacji lub licencji na wykonywanie badań diagnostycznych w zakresie cytogenetyki klinicznej. Zasady organizacji i funkcjonowania systemu kontroli jakości badań cytogenetycznych zostały omówione i zaakceptowane przez zespół specjalistów i zamieszczone zostały w I części ekspertyzy. 12

A N E K S WYNIKI OCENY JAKOŚCI BADAŃ CYTOGENETYCZNYCH Raport indywidualny Laboratorium Nr 1 Podsumowanie wyników Materiał badany Liczba badań Skuteczność % Średni czas badania dni % badań w których czas badania był w zakresie min. standardu Średnia ocena punktowa jakości preparatów chromosomowych (badania zwykłe) 35 1010 99,3 14 27,8 71,6 8 5,6 (badania pilne) 5 63 98,4 8,4 8,6 92,0 - - Płyn owodniowy 43 501 99,8 11 17,6 83,4 6,3 5,9 Nr preparatu Ocena punktowa preparatu dokonana przez laboratorium Ocena punktowa preparatu osoby oceniającej Komentarz osoby oceniającej 1. 6709 6/8-9 5/7 1) 2. 6723 8/10 8/10-3. 6732 6/8 5/7 2) Średnia ocena punktowa osoby oceniającej 6/8 (rozdzielczość prążkowa/całkowita liczba punktów) Płyn owodniowy 1. AC 1699 6/8 5/7 3) 2. AC 1714 4/6 4/6-3. AC 1717 4/6-7 4/6 4) Średnia ocena punktowa osoby oceniającej 4,3/6,3 (rozdzielczość prążkowa/całkowita liczba punktów) Komentarz: 1) - Przy rozdzielczości prążkowej ocenionej na 6 punktów, całkowita liczba punktów oceny preparatu może być maximum 8 (skala oceny ogólnej jakości preparatu jest 2-punktowa) - Zastosowano nieaktualny zapis inwersji, aktualny wg ISCN 1995 jest 9 ph - Brak w opisie wyniku komentarza, że inv(9) jest wariantem morfologicznym tego chromosomu i nie ma znaczenia klinicznego 2) Nie uwzględniono w zapisie wzorem oraz w opisie kariotypu stwierdzonego wariantu morfologicznego Yqh+ 3) Identyfikacja wszystkich par chromosomów ( analiza całkowita ) polega na szczegółowej analizie prążek po prążku każdej pary chromosomów. Czy w ten sposób analizowano 44 metafazy, a jeśli tak to w jakim celu? 4) Całkowita liczba punktów może być 6 a nie 7 (patrz komentarz 1) 13

Uwagi ogólne i wnioski Czas i skuteczność badań Skuteczność badań wykonanych zarówno w próbkach krwi jak i płynu owodniowego jest na najwyższym poziomie. Czas trwania wszystkich badań mieścił się w zakresie minimalnego standardu dla tego parametru. Na szczególne wyróżnienie zasługuje krótki (11 dni), nie uzyskany w żadnym innym laboratorium, średni czas badań prenatalnych. Metodyka i dokumentacja badań Zastosowana w badaniach limfocytów metodyka była prawidłowa. Nie można w pełni ocenić poprawności metodycznej badań w próbkach płynu owodniowego, ponieważ w załączonej dokumentacji brak jest informacji z ilu naczyń hodowlanych pochodziły analizowane komórki. Wątpliwości budzi celowość pełnej analizy 15, a nawet 44 płytek metafazowych. Przypuszczam, że jest to nieporozumienie wynikające z błędnego zrozumienia określenia pełna analiza. Należy pod nim rozumieć analizę prążek po prążku wszystkich chromosomów. Takiej analizy dokonuje się zazwyczaj w kilku (3-5) komórkach. Pozostałe są analizowane częściowo. W przesłanej do oceny dokumentacji badań brak jest danych dotyczących zabiegu i wyniku amniopunkcji (liczba nakłuć, ilość i wygląd płynu owodniowego, wiek ciąży itp.). Dokumentacja analizy cytogenetycznej jest niezwykle lakoniczna i nie zawiera szczegółowych informacji o tym co osoba analizująca widzi pod mikroskopem (nie w każdej komórce obraz prążkowy wszystkich chromosomów jest w pełni jednoznaczny). Jakość techniczna preparatów Techniczną jakość preparatów należy ocenić jako dobrą. Zarówno rozdzielczość prążkowa chromosomów jak i liczba płytek metafazowych, o określonej wymogami diagnostycznymi rozdzielczości, jest dobra, a w niektórych przypadkach, bardzo dobra. Opis i interpretacja wyniku badania Formularz wyniku badania kariotypu zawiera tylko zapis kariotypu wzorem. Opis kariotypu wraz z interpretacją cytogenetyczną i kliniczną wyniku zawarte są w karcie informacyjnej. Przyjęty przez ośrodek system opisu, znaczna część którego poświęcona jest informacji o prawidłowym zróżnicowaniu prążkowym chromosomów, układaniu chromosomów zgodnie z określonymi zasadami jest dyskusyjny. Opis wyniku powinien być zwięzły, precyzyjny i czytelny. Informacja w nim zawarta powinna być jednoznaczna. Zbyt szczegółowy i rozwlekły opis wyniku sprawia, że staje się on mało czytelny, gubi się w nim to co najważniejsze. Zamiast dwóch zadań o odmiennym układzie prążków w chromosomach pary 9 pozwalającym rozpoznać inwersję wystarczyło by napisać stwierdzono inwersję.... Kariotyp prawidłowy wystarczy opisać stwierdzono prawidłowy kariotyp męski/żeński. Wnioski Przesłane do oceny materiały stanowią podstawę do pozytywnej oceny jakości badań cytogenetycznych. Standard tych badań zapewnia należytą jakość pre- i postnatalnej diagnostyki cytogenetycznej chorób genetycznych. Zalecane jest prowadzenie pełnej dokumentacji analizy chromosomowej. Powinna ona uwzględniać zapis wszystkich wątpliwości powstających podczas 14

analizy obrazu prążkowego chromosomów. Rozważyć także należy zmianę formuły opisu słownego kariotypu. WYNIKI OCENY JAKOŚCI BADAŃ CYTOGENETYCZNYCH Raport indywidualny Laboratorium Nr 2 Podsumowanie wyników Materiał badany Liczba badań Skuteczność % Średni czas badania dni % badań w których czas badania był w zakresie min. standardu Średnia ocena punktowa jakości preparatów chromosomowych (badania zwykłe) 157 1010 99,3 25,2 27,8 94,9 71,6 5,0 5,6 (badania pilne) 2 63 98,4 10,0 8,6 92,0 - - Płyn owodniowy 68 501 99,8 18,7 17,6 98,5 83,4 4,3 5,9 Nr preparatu Ocena punktowa preparatu dokonana przez laboratorium Ocena punktowa preparatu osoby oceniającej Komentarz osoby oceniającej 1. 6695 4/6 4/5 1) 2. 6781 4/6 4/5 2) 3. 6820 4/6 4/5 - Średnia ocena punktowa osoby oceniającej 4/5 (rozdzielczość prążkowa/całkowita liczba punktów) Płyn owodniowy 1. P 288 4/4 3/4-2. P 312 5/6 3/5 3) 3. P 336 4/4 3/4 - Średnia ocena punktowa osoby oceniającej 3,3/4,4 (rozdzielczość prążkowa/całkowita liczba punktów) Komentarz: 1) Ponieważ badanie wykonano metodą GTG i FISH zapis kariotypu wzorem powinien to uwzględniać. Najpierw należy zapisać to co udało się stwierdzić met. GTG, a potem po kropce wynik badania metodą FISH. Wynik badania tą metodą powinien być opisany dla każdej pochodnej translokacji (dla każdego nieprawidłowego chromosomu) osobno. W przeciwnym razie nie jest on zrozumiały i jednoznaczny. 45,XX,- - -. ish der(13;14)(q- -q)(wcp4+,wcp13+)t (4;13)(q- - q)(wcp4+,wcp13+). Brak również we wzorze pat. 15

2) Niezgodność danych zawartych w formularzu 2 dotyczących liczby analizowanych komórek (30+10) z danymi zawartymi w wyniku badania (20+10). Zapis wyniku badania metodą rutynową powinien być oddzielony kropką od zapisu wyniku uzyskanego metodą FISH. 3) Brak w zapisie wzorem kariotypu płodu stwierdzenia, że inwersja pochodzi od matki ( mat ). W opisie wyniku nie podano rodzaju stwierdzonej inwersji oraz jej rodzicielskiego pochodzenia. Komentarz diagnostyczny w opisie wyniku badania kariotypu matki nie jest dla mnie zrozumiały. Co oznacza stwierdzenie nosicielstwo inwersji... bez konsekwencji klinicznych? Miejsca złamań w stwierdzonej inwersji są w 10p11.2 (nie ma we wzorcu prążkowym prążka 11) i w 10q21.2. Uwagi ogólne i wnioski Czas i skuteczność badań Skuteczność badań wykonanych zarówno w próbkach krwi jak i płynu owodniowego jest na najwyższym poziomie. Odsetek badań, w których czas badania mieścił się w zakresie minimalnego standardu dla tego parametru był wyższy niż wymagany do spełnienia kryterium pozytywnej oceny jakości badań. Średni czas trwania badań prenatalnych był nieco dłuższy od średniego czasu wszystkich ocenianych laboratoriów. Metodyka i dokumentacja badań Zastosowana w badaniach limfocytów krwi obwodowej metodyka była prawidłowa. Nie można w pełni ocenić poprawności metodycznej badań w próbkach płynu owodniowego, ponieważ w załączonej dokumentacji brak jest informacji z ilu naczyń hodowlanych pochodziły analizowane komórki. Wątpliwości budzi celowość pełnej analizy 10 czy 20 płytek metafazowych. Przypuszczam, że jest to nieporozumienie wynikające z błędnego zrozumienia określenia pełna analiza. Oznacza ono analizę prążek po prążku wszystkich chromosomów. Takiej analizy dokonuje się zazwyczaj w kilku (3 5) komórkach. Pozostałe są analizowane częściowo. W przesłanej do oceny dokumentacji badań brak jest skierowań na badania oraz danych dotyczących zabiegu i wyniku amniopunkcji (liczba nakłuć, ilość i wygląd płynu owodniowego, wiek ciąży itp.). Dokumentacja analizy cytogenetycznej jest niezwykle lakoniczna i nie zawiera szczegółowych informacji o tym co osoba analizująca widzi pod mikroskopem (nie w każdej komórce obraz prążkowy chromosomów jest w pełni jednoznaczny). Jakość techniczna preparatów Jakość techniczną preparatów należy ocenić jako dostateczną. We wszystkich preparatach widać cytoplazmę w płytkach metafazowych. W znacznej części preparatów laboratoryjna ocena rozdzielczości prążkowej chromosomów oraz liczby płytek metafazowych, o określonej wymogami diagnostycznymi rozdzielczości była 16

zawyżona. W dwóch przypadkach (nr 6695 i 6820) uzyskana rozdzielczość prążkowa była niższa od wymaganej dla określonego wskazania do badania. Opis i interpretacja wyniku badania Wynik badania cytogenetycznego przedstawiony jest w formularzu zatytułowanym Wynik konsultacji genetycznej. Zawiera on istotne informacje dotyczące zastosowanej w badaniu metodyki, zapis kariotypu wzorem oraz bardzo zwięzły (w niektórych przypadkach zbyt lakoniczny) komentarz diagnostyczny. Brak w nim słownego opisu kariotypu. Dla przykładu, w przypadku kariotypu 47,XX,+21 w komentarzu nie ma stwierdzenia, że zidentyfikowano trisomię chromosomu 21 co odpowiada rozpoznaniu zespołu Downa jest tylko stwierdzenie zespół Downa. Złożoną translokację pomiędzy trzema chromosomami skomentowano nosicielstwo zrównoważonej translokacji a inwersję pericentryczną chromosomu 10 pochodzenia matczynego stwierdzoną u płodu nosicielstwo inwersji chromosomu 10. Popełniono kilka drobnych błędów w zapisie kariotypu wzorem. Wnioski Przesłane do oceny materiały stanowią podstawę do pozytywnej oceny jakości diagnostycznych badań cytogenetycznych. Wskazane jest doskonalenie jakości technicznej preparatów chromosomowych oraz dążenie do skrócenia średniego czasu badań prenatalnych. 17

WYNIKI OCENY JAKOŚCI BADAŃ CYTOGENETYCZNYCH Raport indywidualny Laboratorium Nr 3 Podsumowanie wyników Materiał badany Liczba badań Skuteczność % Średni czas badania dni % badań w których czas badania był w zakresie min. standardu Średnia ocena punktowa jakości preparatów chromosomowych (badania zwykłe) 345 1010 98,8 99,3 19,0 27,8 91,3 71,6 5,6 6,4 (badania pilne) - - Płyn owodniowy - - Nr preparatu badanie zwykłe Ocena punktowa preparatu dokonana przez laboratorium Ocena punktowa preparatu osoby oceniającej Komentarz osoby oceniającej 1. 513 brak 5/7 1 2. 608 brak 4/5 2 3. 737 Brak 4/5 3 Średnia ocena punktowa osoby oceniającej 4,3 / 5,6 (rozdzielczość prążkowa/całkowita liczba punktów) Komentarz: Dotyczy wszystkich nadesłanych przypadków: podane w formularzu 3 liczby komórek liczonych / analizowanych nie odpowiadają liczbom podanym w wynikach badań. Nie jest zrozumiałe dlaczego w każdym wyniku badania liczba metafaz liczonych odpowiada liczbie metafaz analizowanych. 1. Niezgodność komentarza dotyczącego charakteru stwierdzonej translokacji w opisie wyniku badania i w karcie informacyjnej. W opisie wyniku podano, że translokacja jest niezrównoważona, w karcie informacyjnej, że niezrównoważenie jest prawdopodobne, ale niemożliwe do wykazania. 2. Słowny opis wyniku badania nie zawiera stwierdzenia, że translokacja jest zrównoważona. Zawyżona, w stosunku do rzeczywistej, rozdzielczość prążkowa chromosomów podana w wyniku badania. 3. Nawet przy rozdzielczości 400 prążków chromosom 1 ma prążki p34.1-3, a nie jak podano w zapisie kariotypu wzorem p34. Podana w wyniku rozdzielczość 550 prążków jest zawyżona w stosunku do uzyskanej. 18

Uwagi ogólne i wnioski Czas i skuteczność badań Skuteczność badań należy ocenić jako bardzo wysoką. Odsetek badań odpowiadający minimalnemu standardowi czasu trwania badania jest także wysoki. Oba parametry spełniają wymogi należytej jakości badań. Metodyka i dokumentacja badań Zastosowana metodyka badań była prawidłowa. Przesłana dokumentacja ocenianych przypadków zawiera odpowiednie dane za wyjątkiem brakującego dokumentu analizy chromosomowej. Jakość techniczna preparatów Techniczną jakość preparatów można ocenić jako zadowalającą. W dwóch przypadkach ocena rozdzielczości prążkowej podana w wyniku badania była zawyżona a ogólna jakość preparatów słaba (mało metafaz). Niestety nie została podana, w załączonym do wypełnienia formularzu, laboratoryjna ocena rozdzielczości prążkowej chromosomów oraz ogólnej jakości preparatów przesłanych do oceny. Opis i interpretacja wyniku badania Wynik badania zawiera poprawny (za wyjątkiem jednego drobnego błędu) zapis kariotypu wzorem oraz bardzo zwięzły opis słowny stwierdzonej nieprawidłowości. Szczegółowa interpretacja kliniczna wyniku podana w karcie informacyjnej zawiera odpowiednie i podane we właściwej formie informacje. Wnioski Przesłane do oceny materiały stanowią podstawę do pozytywnej oceny jakości badań cytogenetycznych. Zalecane jest doskonalenie jakości technicznej preparatów chromosomowych. 19

WYNIKI OCENY JAKOŚCI BADAŃ CYTOGENETYCZNYCH Raport indywidualny Laboratorium Nr 4 Podsumowanie wyników Materiał badany Liczba badań Skuteczność % Średni czas badania dni % badań w których czas badania był w zakresie min. standardu Średnia ocena punktowa jakości preparatów chromosomowych (badania zwykłe) 225 1010 99,1 99,3 18,5 27,8 98,2 71,6 7,0 5,6 (badania pilne) 3 63 98,4 9,3 8,6 92,0 - - Płyn owodniowy 36 501 99,8 25,5 17,6 8,3 83,4 6,6 5,9 Nr preparatu Ocena punktowa preparatu dokonana przez laboratorium Ocena punktowa preparatu osoby oceniającej Komentarz osoby oceniającej 1. 310 6/7 5/6-2. 197 6/8 6/8 1) 3. 388 6/8 5/7 - Średnia ocena punktowa osoby oceniającej 5,3/7 (rozdzielczość prążkowa/całkowita liczba punktów) Płyn owodniowy 1. A - 5025 4/8 5/7 2) 2. A 5036 6/9 5/7 3) 3. A 5015 4/7 4/6 4) Średnia ocena punktowa osoby oceniającej 4,6/6,6 (rozdzielczość prążkowa/całkowita liczba punktów) Komentarz: Uwaga odnosząca się do wszystkich wyników badań krwi i płynu owodniowego brak opisu słownego i interpretacji cytogenetycznej uzyskanych wyników. Uwagi szczegółowe: 1) Uzyskana w badaniu rozdzielczość prążkowa umożliwia precyzyjniejsze określenie miejsc złamań 2) i 3) Nieprawidłowa punktacja jakości preparatu chromosomowego. Przy rozdzielczości prążkowej ocenionej na 4 punkty, całkowita liczba punktów nie może być wyższa niż 6 (ogólna jakość preparatu oceniana jest w skali 2-punktowej). Nieprawidłowy zapis polimorfizmu satelitów w zapisie kariotypu wzorem ps+, a nie ps +. Brak komentarza cytogenetycznego co ten zapis oznacza. 4) Nieprawidłowa punktacja oceny jakości preparatu chromosomowego. 20