Małe, średnie i... nano. Modelowanie molekularne w Opolu (i nie tylko) Badania podstawowe wspomagane obliczeniami w WCSS Teobald Kupka, Małgorzata A. Broda Uniwersytet Opolski, Wydział Chemii, Opole e-mail: teobaldk@yahoo.com; broda@uni.opole.pl WCSS Wrocław, 11.02.2014 1
Autor Dr hab. Teobald Kupka, prof. U. O. Uniwersytet Opolski Wydział Chemii Ul. Oleska 48, 45-052 Opole teobaldk@gmail.com Tel. 665 921 475 2
WPROWADZENIE 1. Wstęp 2. Bilans roku 2013 3. Szczegóły 4. Problematyka naukowa 5. Podziękowania 3
BILANS ROKU 2013 Publikacje: Opublikowane 5+ Wysłane 3 Razem 9 Ponadto: Komunikaty 20 Prace magisterskie 4 Prace doktorskie (kontynuacja + nowe) 4+3 4
Prace opublikowane w 2013 roku 1. T. Kupka*, M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky, Efficient Modeling of NMR Parameters in Carbon Nanosystems J. Chem. Theor. Comput., 9 (2013) 4275 4286 (IF = 5.389 w 2012). 2. T. Kupka*, M. Stachów, J. Kaminsky and L. Stobiński, 3 He NMR: from free gas to its encapsulation in fullerene, Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 463 468. (IF = 1.528 w 2012). 3. T. Kupka*, M. Stachów, J. Kaminsky and S.P.A Sauer*, Estimation of isotropic nuclear magnetic shieldings in the CCSD(T) and MP2 complete basis set limit using affordable correlation calculations, Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 482 489. (IF = 1.528 w 2012). 4. K. Radula-Janik, T. Kupka*, K. Ejsmont, Z. Daszkiewicz and S. P. A. Sauer, Halogen effect on structure and 13C NMR chemical shift of 3,6-disubstituted-N-alkyl carbazoles, Magn. Reson. Chem. 51 (2013) 630-635. October, DOI: 10.1002/mrc.3992 (IF=1.528 in 2012). 5. T. Kupka*, M. Nieradka, J. Kaminský and L. Stobiński, Modeling 21Ne NMR parameters for carbon nanosystems, Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 676-681 (IF=1.528 in 2012). ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 5
Prace opublikowane online w 2013 roku 1. T. Kupka*, M. Stachów, M. Nieradka, K. Radula-Janik, L. Stobiński, J. Kaminský*, From Small to Medium and Beyond. A Pragmatic Approach in Predicting Properties of Ne Containing Structures Mol. Phys. DOI:10.1080/00268976.2013.848301 (IF=1.670 in 2012, cyt. = 0). Published online: 28 Oct 2013. 2. A. Buczek, M. Makowski, M. Jewgiński, R. Latajka, T. Kupka, M. A. Broda*, Toward engineering efficient peptidomimetics. Screening conformational landscape of two modified dehydroaminoacids, Biopolymers, 101 (2014) 28-40. DOI: 10.1002/bip.22264 (IF = 2.879 in 2012). ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 6
B. Oprogramowanie i sprzęt WCSS pozwoliły również na zakończenie jednej pracy magisterskiej i rozpoczęcie dwóch kolejnych. C. Ponadto 20 wystąpień opierało się na materiale obliczeniowym uzyskanym zarówno w WCSS i w Cyfronecie. 7
ROK 2013
T. Kupka, M. Stachów, J. Kaminsky S.P.A Sauer Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 482and 489.
T. Kupka, M. Stachów, J. Kaminsky S.P.A Sauer Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 482and 489.
T. Kupka, M. Stachów, J. Kaminsky S.P.A Sauer Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 482and 489.
T. Kupka, M. Stachów, J. Kaminsky S.P.A Sauer Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 482and 489.
T. Kupka, M. Stachów, J. Kaminsky S.P.A Sauer Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 482and 489.
cd. T. Kupka, M. Stachów, J. Kaminsky S.P.A Sauer Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 482and 489.
T. Kupka, M. Stachów, J. Kaminsky L. Stobiński, Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 463and 468.
T. Kupka, M. Stachów, J. Kaminsky L. Stobiński, Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 463and 468.
T. Kupka, M. Stachów, J. Kaminsky L. Stobiński, Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 463and 468.
T. Kupka, M. Stachów, J. Kaminsky L. Stobiński, Magn. Reson. Chem., 51 (2013) 463and 468.
T. Kupka, Theor. M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, J. Chem. Comput., 9 (2013) 4275 4286 M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky
T. Kupka, Theor. M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, J. Chem. Comput., 9 (2013) 4275 4286 M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky
T. Kupka, Theor. M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, J. Chem. Comput., 9 (2013) 4275 4286 M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky
T. Kupka, Theor. M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, J. Chem. Comput., 9 (2013) 4275 4286 M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky
T. Kupka, Theor. M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, J. Chem. Comput., 9 (2013) 4275 4286 M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky
T. Kupka, Theor. M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, J. Chem. Comput., 9 (2013) 4275 4286 M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky
T. Kupka, Theor. M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, J. Chem. Comput., 9 (2013) 4275 4286 M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky
T. Kupka, Theor. M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, J. Chem. Comput., 9 (2013) 4275 4286 M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky
T. Kupka, Theor. M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, J. Chem. Comput., 9 (2013) 4275 4286 M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky
T. Kupka, Theor. M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, J. Chem. Comput., 9 (2013) 4275 4286 M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky
T. Kupka, Theor. M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny, J. Chem. Comput., 9 (2013) 4275 4286 M. Stobińska, L. Stobiński and J. Kaminsky
T. Kupka, M. Nieradka, K. Radula-Janik, L. Stobiński, J. Kaminský Mol. Phys.M. Stachów, DOI:10.1080/00268976.2013.848301 Published online: 28 Oct 2013.
T. Kupka, M. Nieradka, K. Radula-Janik, L. Stobiński, J. Kaminský Mol. Phys.M. Stachów, DOI:10.1080/00268976.2013.848301 Published online: 28 Oct 2013.
T. Kupka, M. Nieradka, K. Radula-Janik, L. Stobiński, J. Kaminský Mol. Phys.M. Stachów, DOI:10.1080/00268976.2013.848301 Published online: 28 Oct 2013.
T. Kupka, M. Nieradka, K. Radula-Janik, L. Stobiński, J. Kaminský Mol. Phys.M. Stachów, DOI:10.1080/00268976.2013.848301 Published online: 28 Oct 2013.
T. Kupka, M. Nieradka, K. Radula-Janik, L. Stobiński, J. Kaminský Mol. Phys.M. Stachów, DOI:10.1080/00268976.2013.848301 Published online: 28 Oct 2013.
Badania koncentrowały się na przewidywaniu struktury geometrycznej oraz wybranych parametrów spektroskopowych (NMR, IR, Raman) małych molekul modelowych, jednościennych nanorurek węglowych (SWCNT) przed i po funkcjonalizowaniu oraz fulerenów. Ponadto przeprowadzono szczegółową analizę konformacyjną (teoretyczną i eksperymentalną) wybranych dehydropeptydów i ich oddziaływań z lecytyną. SWCNT i fullereny: podstawienie końca grupami -OH i COOH, 3He i 21Ne Karbazole (obliczenia relatywistyczne do NMR (ZORA) NMR: nowe bazy, CBS, gazy szlachetne jako sondy NMR Dehydropeptydy (peptydomimetyki) Obliczenia - Gausian 09; metody - DFT, HF; MP2, CC CFOUR (CCSD(T)) 53
Wnioski: 1. Owocna kontynuacja testowania metody CBS NMR (stałe ekranowania i stałe sprzężeń spinowo-spinowych). 2. Zastosowanie CBS do wyznaczania innych parametrów molekularnych i spektroskopowych (struktura geometryczna, częstości drgań harmonicznych i anharmonicznych 3. Obliczenia DFT dla SWCNTs i fulerenów. Gazy szlachetne jako sondy NMR 4. Skuteczna modyfikacja struktury dehydropeptydów (eksperyment i teoria) 54
Podziękowania: 1. WCSS Wrocław (oprogramowanie,sprzęt komputerowy i pomoc techniczna). 2. Uniwersytet Opolski, Wydział Chemii 55
Z Kraju Ryżu, Herbaty i Tajfunów do... Wrocławia 2014 56
Dziękuję za uwagę 57