Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych
|
|
- Zbigniew Kołodziej
- 8 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Agnieszka Obarska-Kosińska Prof. dr hab. Bogdan Lesyng Promotorzy: Dr hab. Janusz Bujnicki Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej, UW Pracownia Bioinformatyki i InŜynierii Białka, IIMCB
2 Metody badania struktur białek i oddziaływań białko-białko Doświadczalne: Krystalografia rentgenowska NMR Teoretyczne: Modelowanie ab initio Modelowanie homologiczne Modelowanie de novo Dokowanie
3 Modelowanie teoretyczne Problemy: DuŜy koszt obliczeniowy Niedoskonała funkcja pseudoenergii Alternatywne modele de novo Alternatywne modele dimeru
4 Sieciowanie molekularne (ang. molecular cross-linking) Grupy funkcyjne białek: -NH 2, -COOH, -SH Sieciowanie wewnątrz- i między- molekularne Reszty lizynowe Reszty Glu i Asp Reszty cysteinowe
5 Czynniki sieciujące I rodzaju (ang. bridge type cross-linkers) BIAŁKO A BIAŁKO B CZYNNIK SIECIUJĄCY I RODZAJU homo-dwufunkcyjne hetero-dwufunkcyjne MTS-11-O3-MTS
6 Czynniki sieciujące II rodzaju (ang. zero-length cross-linkers) CZYNNIK SIECIUJĄCY II RODZAJU BIAŁKO A BIAŁKO B Np.: karbodiimidy, Cu2+-o-fenantrolina
7 Sieciowanie zdefiniowanych miejsc BIAŁKO A MUTAGENEZA MUTANTY JEDNOCYSTEINOWE BIAŁKO B CZYNNIKI SIECIUJĄCE + ELEKTROFOREZA śelowa (SDS-PAGE)
8 Sieciowanie nieznanych miejsc CZYNNIKI SIECIUJĄCE BIAŁKO A BIAŁKO B TRAWIENIE WIDMO MASOWE SPEKTROMETRIA MAS I m/z
9 Grupy funkcyjne czynników sieciujących Reaktywne wobec grupy aminowej: Estry N-hydroksysukcynoimidylowe (estry NHS) i ich pochodne sulfo-nhs. Estry kwasu imidowego Reaktywne wobec grupy sulfhydrylowej: Maleimidy. Disulfidy.
10 Zalety metody sieciowania molekularnego MoŜliwość badania białek w ich stanie natywnym białka błonowe i inne, które nie ulegają krystalizacji regiony ruchliwe, niewidoczne w strukturach krystalograficznych Wielkość białka teoretycznie nieograniczona Analiza wyników sieciowania: Elektroforeza Ŝelowa szybka i prosta Spektrometria mas szybka i czuła DuŜa róŝnorodność czynników sieciujących: Szeroki zakres długości Szeroki zakres specyficzności grup reaktywnych
11 Określanie długości czynników sieciujących Sumowanie długości wiązań Symulacje dynamiki stochastycznej: Green i wsp popularne homo-dwufunkcyjne czynniki sieciujące
12 Metody przeszukiwania przestrzeni konformacyjnej Przeszukiwanie konformacyjne systematyczne i losowe Metoda symulacji Monte Carlo Metoda symulacji Dynamiki Molekularnej i Stochastycznej Metoda mieszana MC/SD
13 Cel pracy Obliczenie długości 16 homo-dwufunkcyjnych czynników sieciujących metodą MC/SD pracownia dr. hab. J. Bujnickiego IIMCB, Warszawa pracownia dr. hab. P. Friedhoffa Uniwersytet Giessen, Niemcy
14 Materiały Obliczenia: Klaster halo Oprogramowanie firmy Schrodinger: Maestro budowa modelowych cząsteczek Jaguar obliczenia ab initio MacroModel minimalizacja energii, symulacje MC/SD Analiza danych: Statistica
15 Metody Zbudowanie modelowych cząsteczek Minimalizacja energii metoda najszybszego spadku 100 kroków metodą sprzęŝonych gradientów RMS gradientu energii 0,05 kj*mol -1 * Å -1 Model rozpuszczalnika GB/SA Pole siłowe AMBER* Obliczenia ładunków atomowych ESP Obliczenia ab initio B3LYP (metoda DFT) Baza funkcyjna 6-31G** Model Poissona-Boltzmanna dla wody Symulacje MC/SD Pole siłowe AMBER* Model rozpuszczalnika GB/SA Temperatura 300 K Krok czasowy 1,5 fs Stosunek kroków SD : MC wynosił 1:1 Faza równowaŝenia 50 ps Czas symulacji 100 ns Monitorowanie długości co 1 ps
16 Homo dwufunkcyjne czynniki sieciujące MTS owe -SH -NH 2 MTS-1-MTS MTS-8-O2-MTS MTS-pX-MTS MTS-2-MTS MTS-11-O3-MTS MTS-3-MTS MTS-14-O4-MTS MTS-4-MTS MTS-17-O5-MTS MTS-5-MTS MTS-6-MTS maleimido-azobenzen (AzoMal) maleimidowe MTS-8-MTS zawierające grupę sulfo NHS MTS-10-MTS BS3 DTSSP
17 Cząsteczki modelowe -SH -NH 2 MTS owe maleimidowe zawierające grupę sulfo NHS
18 Wyniki MTS-pX-MTS liczba konformacji odległość S [Å]
19 MTS-owe czynniki sieciujące
20 Homo-dwufunkcyjne MTS-owe czynniki sieciujące
21 Homo-dwufunkcyjne maleimidowe czynniki sieciujące AzoMal-cis AzoMal-trans O O O N N O N N liczba konformacji liczba konformacji odległość S [Å] odległość S [Å]
22 Homo-dwufunkcyjne maleimidowe czynniki sieciujące 6000 AzoMal 5000 liczba konformacji cis trans odleg S [Å]
23 Homo-dwufunkcyjne czynniki sieciujące zawierające grupę sulfo-nhs BS3 DTSSP liczba konformacji liczba konformacji odległość S [Å] odległość S [Å]
24 Testy zbieŝności
25 Porównanie otrzymanych długości z wartościami uŝywanymi w publikacjach {Green, 2001 #15},{Guan, 2002 #31},{Grintsevich, 2008 #11},{Ermolova, 2003 #32},{Loo, 2001 #33} (Pierce Chemical, Rockford IL, 2008), (Pierce Chemical, 1999)
26 Czynniki sieciujące jako linijki molekularne
27 Doświadczalna weryfikacja wyników liczba konformacji odległość S [Å]
28 Dziękuję za uwagę.
Komputerowe wspomaganie projektowania leków
Komputerowe wspomaganie projektowania leków MECHANIKA MOLEKULARNA I KWANTOWA W MM korzysta się z równań wynikających z praw fizyki klasycznej i stosuje się je do jader atomów z pominięciem elektronów,
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoDokowanie molekularne. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski
molekularne Wstęp Dokowanie metoda modelowania molekularnego, pozwalająca na znalezienie położenia (i konformacji) liganda w miejscu wiążącym receptora. Informacja ta pozwala na ocenę energii swobodnej
Bardziej szczegółowoModelowanie molekularne
Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii
Bardziej szczegółowoChemia bionieorganiczna / Rosette M. Roat-Malone ; red. nauk. Barbara Becker. Warszawa, Spis treści
Chemia bionieorganiczna / Rosette M. Roat-Malone ; red. nauk. Barbara Becker. Warszawa, 2010 Spis treści Przedmowa IX 1. WYBRANE ZAGADNIENIA CHEMII NIEORGANICZNEJ 1 1.1. Wprowadzenie 1 1.2. Niezbędne pierwiastki
Bardziej szczegółowoŻwirki i Wigury 93, Warszawa TEL.: , FAX: , E- MAIL: Dr hab. Joanna T
Żwirki i Wigury 93, 02-089 Warszawa TEL.: + 48 22 55 40 800, FAX: +48 22 55 40 801, E- MAIL: sekretariat@uw.edu.pl www.cent.uw.edu.pl Dr hab. Joanna Trylska, prof. UW tel. (22) 5540843 e- mail: joanna@cent.uw.edu.pl
Bardziej szczegółowoDotyczy to zarówno istniejących już związków, jak i związków, których jeszcze dotąd nie otrzymano.
Chemia teoretyczna to dział chemii zaliczany do chemii fizycznej, zajmujący się zagadnieniami związanymi z wiedzą chemiczną od strony teoretycznej, tj. bez wykonywania eksperymentów na stole laboratoryjnym.
Bardziej szczegółowoModelowanie molekularne
Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii
Bardziej szczegółowoModelowanie białek ab initio / de novo
Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych
Bardziej szczegółowoModelowanie białek ab initio / de novo
Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych
Bardziej szczegółowoBioinformatyka II Modelowanie struktury białek
Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko,
Bardziej szczegółowoModelowanie białek ab initio / de novo
Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład IV Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 10.I.2008
Bioinformatyka wykład 10.I.2008 Przewidywanie struktur białek krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-10 1 Plan wykładu pole siłowe - opis energetyczny struktur białka proces zwijania się białek przewidywanie
Bardziej szczegółowoZastosowania algorytmów genetycznych w badaniach struktury związków biologicznie czynnych
Dr hab. inż. Halina Szatyłowicz Zakład Chemii Fizycznej Wydział Chemiczny Politechniki Warszawskiej Warszawa, 19.08.2015 Recenzja rozprawy doktorskiej pt. Zastosowania algorytmów genetycznych w badaniach
Bardziej szczegółowoProgram studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2016/2017. Semestr 1M
Program studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2016/2017 Semestr 1M L.p. Przedmiot 1. Biochemia 60 30 E 30 Z 5 2. Chemia jądrowa 60 30 E 30 Z 5 Blok przedmiotów 3. kierunkowych
Bardziej szczegółowoRecenzja. Warszawa, dnia 22 października 2018 r.
Warszawa, dnia 22 października 2018 r. Dr hab. Sebastian Kmiecik Wydział Chemii, Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych, Uniwersytet Warszawski, Pasteura 1, Warszawa email: sekmi@chem.uw.edu.pl Recenzja
Bardziej szczegółowoProteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Bardziej szczegółowoZakład Chemii Teoretycznej i Strukturalnej
Badania struktury i aktywności nietypowego enzymu dekapującego ze Świdrowca nagany Białko TbALPH1 zostało zidentyfikowane jako enzym dekapujący w pasożytniczym pierwotniaku, świdrowcu nagany Trypasonoma
Bardziej szczegółowobyły jedynie sekwencje aminokwasowe, a także wykorzystał go do oszacowania aktywności przeciwdrobnoustrojowej wybranych bakteriocyn.
Prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula Kraków, 28 grudnia 2015. Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Zakład Biofizyki Obliczeniowej i Bioinformatyki Uniwersytet Jagielloński Recenzja pracy doktorskiej
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.
Bioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 18.01.11 1 Struktura natywna minimum energii swobodnej F = U TS Prawdopodobieństwo stanu ~ exp(-f/k
Bardziej szczegółowoRecenzja rozprawy doktorskiej mgra Mateusza Pikory pt. "Zastosowanie modelu Markova do badania ścieżek zwijania białek"
3 września, 2019 Prof. dr hab. Joanna Trylska e-mail: joanna@cent.uw.edu.pl telefon (22) 55 43 683 https://bionano.cent.uw.edu.pl Rada Naukowa Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii UG i GUMed ul.
Bardziej szczegółowoRecenzja rozprawy doktorskiej mgr. Tomasza Makarewicza, pt.
Prof. dr hab. Sławomir Filipek, Wydział Chemii, Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych, Uniwersytet Warszawski, ul. Pasteura 1, 02-093 Warszawa Tel. 22-55-26405, E-mail: sfilipek@chem.uw.edu.pl Warszawa,
Bardziej szczegółowoBioinformatyka II Modelowanie struktury białek
Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę
Bardziej szczegółowoProgram studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2015/16
Program studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2015/16 Semestr 1M Przedmioty minimum programowego na Wydziale Chemii UW L.p. Przedmiot Suma godzin Wykłady Ćwiczenia Prosem.
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.
Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 11.01.11 1 Dopasowanie strukturalne (alignment) odległość: d ij = (x i -x J ) 2 + (y i -y J ) 2
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 3.I.2008
Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-03 1 Plan wykładu analiza i porównywanie struktur białek. doświadczalne metody badania struktur
Bardziej szczegółowoMetody obliczeniowe i krystalografia polskim oraz angielskim) Theoretical calculation methods and crystalography Jednostka oferująca przedmiot
Nazwa pola Komentarz Nazwa (w języku Metody obliczeniowe i krystalografia polskim oraz angielskim) Theoretical calculation methods and crystalography Jednostka oferująca przedmiot CBMiM PAN Liczba punktów
Bardziej szczegółowoZAKŁAD CHEMII TEORETYCZNEJ
ZAKŁAD CHEMII TEORETYCZNEJ Prof. Krzysztof Nieszporek Kierownik Zakładu Prof. Krzysztof Woliński Prof. Paweł Szabelski Dr Mariusz Barczak Dr Damian Nieckarz Dr Przemysław Podkościelny prof. Krzysztof Woliński
Bardziej szczegółowoModelowanie molekularne
Ck08 Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 10 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012
Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2013-01-21 1 Plan wykładu regiony nieuporządkowane sposoby przedstawienia struktur białkowych powierzchnia
Bardziej szczegółowoFizyka komputerowa(ii)
Instytut Fizyki Fizyka komputerowa(ii) Studia magisterskie Prowadzący kurs: Dr hab. inż. Włodzimierz Salejda, prof. PWr Godziny konsultacji: Poniedziałki i wtorki w godzinach 13.00 15.00 pokój 223 lub
Bardziej szczegółowoFIZYKOCHEMICZNE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH. Witold Danikiewicz
FIZYKOCEMICZNE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYC Witold Danikiewicz Instytut Chemii Organicznej PAN ul. Kasprzaka 44/52, 01-224 Warszawa Interpretacja widm NMR, IR i MS prostych cząsteczek Czyli
Bardziej szczegółowoProjektowanie Nowych Chemoterapeutyków
Jan Mazerski Katedra Technologii Leków i Biochemii Wydział Chemiczny Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków XV. QSAR 3D QSAR w przestrzeni Rozwój metod ustalania struktury 3D dla białek i ich kompleksów.
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 10
Bioinformatyka wykład 10 21.XII.2010 białkowa bioinformatyka strukturalna, c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2011-01-17 1 Regiony nieuporządkowane disordered regions trudna definicja trudne do przewidzenia
Bardziej szczegółowoKlaster obliczeniowy
Warsztaty promocyjne Usług kampusowych PLATON U3 Klaster obliczeniowy czerwiec 2012 Przemysław Trzeciak Centrum Komputerowe Politechniki Łódzkiej Agenda (czas: 20min) 1) Infrastruktura sprzętowa wykorzystana
Bardziej szczegółowoIDENTYFIKACJA JAKOŚCIOWA NIEZNANEGO ZWIĄZKU ORGANICZNEGO
IDENTYFIKACJA JAKOŚCIOWA NIEZNANEGO ZWIĄZKU ORGANICZNEGO Schemat raportu końcowego w ramach ćwiczeń laboratoryjnych z przedmiotu Badanie struktury związków organicznych 1. Symbol kodujący identyfikowaną
Bardziej szczegółowoMetody analizy białek - opis przedmiotu
Metody analizy białek - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Metody analizy białek Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-MAB-L-S14_pNadGenPEBES Wydział Kierunek Wydział Nauk Biologicznych Biologia /
Bardziej szczegółowona podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das
na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das wykonała: Marta Szynczewska bioinformatyka Uniwersytet Jagielloński Struktura I-rzędowa
Bardziej szczegółowoPRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE
PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność PROJEKTOWANIE MOLEKULARNE I BIOINFORMATYKA W trakcie egzaminu licencjackiego student udziela ustnych
Bardziej szczegółowoKombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk
Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Rozdział 1. Pomiar: jednostki miar... 1. Rozdział 2. Pomiar: liczby i obliczenia liczbowe... 16
Spis treści Przedmowa.......................... XI Rozdział 1. Pomiar: jednostki miar................. 1 1.1. Wielkości fizyczne i pozafizyczne.................. 1 1.2. Spójne układy miar. Układ SI i jego
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 13
odstawy projektowania leków wykład 13 Łukasz Berlicki rojektowanie wspomagane komputerowo rojektowanie leków oparte na strukturze często wykorzystuje metody komputerowe, aby: rzeanalizować duŝą liczbę
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoRamowy Program Specjalizacji MODELOWANIE MATEMATYCZNE i KOMPUTEROWE PROCESÓW FIZYCZNYCH Studia Specjalistyczne (III etap)
Ramowy Program Specjalizacji MODELOWANIE MATEMATYCZNE i KOMPUTEROWE PROCESÓW FIZYCZNYCH Studia Specjalistyczne (III etap) Z uwagi na ogólno wydziałowy charakter specjalizacji i możliwość wykonywania prac
Bardziej szczegółowoOddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych
Bardziej szczegółowoKonformery paklitakselu
Konformery paklitakselu Maciej Janicki i Marek Łożyński Zakład Biotechnologii, Wydział Biologii UAM Instytut Technologii i Inżynierii Chemicznej Politechniki Poznańskiej Trwa poszukiwanie skutecznych terapii
Bardziej szczegółowoWpływ heterocyklicznego ugrupowania na natywną konformację naturalnych peptydów
Wpływ heterocyklicznego ugrupowania na natywną konformację naturalnych peptydów Monika Staś, Dawid Siodłak, Małgorzata Broda mstas@uni.opole.pl Zakład Chemii Fizycznej i Modelowania Molekularnego Wydział
Bardziej szczegółowo1. Symulacje komputerowe Idea symulacji Przykład. 2. Metody próbkowania Jackknife Bootstrap. 3. Łańcuchy Markova. 4. Próbkowanie Gibbsa
BIOINFORMATYKA 1. Wykład wstępny 2. Bazy danych: projektowanie i struktura 3. Równowaga Hardyego-Weinberga, wsp. rekombinacji 4. Analiza asocjacyjna 5. Analiza asocjacyjna 6. Sekwencjonowanie nowej generacji
Bardziej szczegółowoStruktura i funkcja białek (I mgr)
Struktura i funkcja białek (I mgr) Dr Filip Jeleń fj@protein.pl http://www.protein.pl/ Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer Biochemia Carl Branden, John Tooze Introduction to Protein Structure
Bardziej szczegółowoThe influence of N-methylation on conformational properties of peptides with Aib residue. Roksana Wałęsa, Aneta Buczek, Małgorzata Broda
The influence of N-methylation on conformational properties of peptides with ib residue. Roksana Wałęsa, neta Buczek, Małgorzata Broda Konformacje peptydów w W W w 2 Budowa białek 3 Modyfikacje peptydów
Bardziej szczegółowoZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH. Witold Danikiewicz. Instytut Chemii Organicznej PAN ul. Kasprzaka 44/52, 01-224 Warszawa
ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH Witold Danikiewicz Instytut Chemii Organicznej PAN ul. Kasprzaka 44/52, 01-224 Warszawa CZĘŚĆ I PRZEGLĄD METOD SPEKTRALNYCH Program wykładów Wprowadzenie:
Bardziej szczegółowoModelowanie układów złożonych ze znacznej liczby atomów lub cząsteczek
Modelowanie układów złożonych ze znacznej liczby atomów lub cząsteczek Eksperyment komputerowy (symulacja komputerowa) Warunki prowadzenia symulacji Wybrane metody modelowania Monte Carlo Dynamika Molekularna
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Bardziej szczegółowoKATEDRA CHEMII MEDYCZNEJ http://www.chem.univ.gda.pl/kchmed/struktura.html
Sylwia Rodziewicz-Motowidło KATEDRA CHEMII MEDYCZNEJ http://www.chem.univ.gda.pl/kchmed/struktura.html Katedra Chemii Medycznej dr hab. Sylwia Rodziewicz-Motowidło dr hab. Franciszek Kasprzykowski dr hab.
Bardziej szczegółowoDwuletnie studia II stopnia na kierunku fizyka, specjalność Biofizyka
Dwuletnie studia II stopnia na kierunku fizyka, specjalność Biofizyka Biofizyka to uznana dziedzina nauk przyrodniczych o wielkich tradycjach, która dotyczy badań metodami fizyki obiektów biologicznych,
Bardziej szczegółowoProteomika. 1. Definicja proteomiki i techniki stosowane w proteomice
Proteomika 1. Definicja proteomiki i techniki stosowane w proteomice Przepływ informacji, złożoność, *mika DNA RNA Białko Funkcja Genomika Transkryptomika Proteomika Metabolomika Liczba obiektów ~+ ++
Bardziej szczegółowoZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH
ZAAWANSWANE METDY USTALANIA BUDWY ZWIĄZKÓW RGANICZNYC Witold Danikiewicz Instytut Chemii rganicznej PAN ul. Kasprzaka /52, 0-22 Warszawa Interpretacja widm NMR, IR i MS prostych cząsteczek Czyli jak powiązać
Bardziej szczegółowoSpektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego - wprowadzenie
Spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego - wprowadzenie Streszczenie Spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego jest jedną z technik spektroskopii absorpcyjnej mającej zastosowanie w chemii,
Bardziej szczegółowoMałe, średnie i... nano. Modelowanie molekularne w Opolu (i nie tylko) Teobald Kupka, Małgorzata A. Broda
Małe, średnie i... nano. Modelowanie molekularne w Opolu (i nie tylko) Badania podstawowe wspomagane obliczeniami w WCSS Teobald Kupka, Małgorzata A. Broda Uniwersytet Opolski, Wydział Chemii, Opole e-mail:
Bardziej szczegółowoOptymalizacja optymalizacji
7 maja 2008 Wstęp Optymalizacja lokalna Optymalizacja globalna Algorytmy genetyczne Badane czasteczki Wykorzystane oprogramowanie (Algorytm genetyczny) 2 Sieć neuronowa Pochodne met-enkefaliny Optymalizacja
Bardziej szczegółowoM. Pasenkiewicz-Gierula, IVR Bt, 2005 WBt UJ
Książki z podstaw i zastosowań modelowania molekularnego 1. Dynamics of protein and nucleic acids. J. A. McCammon & S. C. Harvey. Cambridge Univ. Press, 1987. 2. Biological membranes. A molecular perspective
Bardziej szczegółowoWarszawa, 25 sierpnia 2016
ul. S. Banacha 2c, 02-097 Warszawa TEL.: + 48 22 55 43 600, FAX: +48 22 55 43 606, E-MAIL: sekretariat@cent.uw.edu.pl www.cent.uw.edu.pl Warszawa, 25 sierpnia 2016 Dr hab. Joanna Trylska, prof. UW e-mail:
Bardziej szczegółowoZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH. Witold Danikiewicz
ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH Witold Danikiewicz Instytut Chemii Organicznej PAN ul. Kasprzaka 44/52, 01-224 Warszawa Listopad 2013 styczeń 2014 Program wykładów Wprowadzenie:
Bardziej szczegółowoWłaściwości błony komórkowej
Właściwości błony komórkowej płynność asymetria selektywna przepuszczalność Glikokaliks glikokaliks cytoplazma jądro błona komórkowa Mikrografia elektronowa powierzchni limfocytu ludzkiego (wybarwienie
Bardziej szczegółowoTechniki Optymalizacji: Stochastyczny spadek wzdłuż gradientu I
Techniki Optymalizacji: Stochastyczny spadek wzdłuż gradientu I Wojciech Kotłowski Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej email: imię.nazwisko@cs.put.poznan.pl pok. 2 (CW) tel. (61)665-2936 konsultacje:
Bardziej szczegółowoZagadnienia omawiane na wykładzie:
Zagadnienia omawiane na wykładzie: 1. Podsumowanie metody modelowania molekularnego 2. Analiza wyników symulacji dynamiki molekularneji weryfikacja modelu 3. Optymalizacja struktury na przykładziebiałka
Bardziej szczegółowoMolecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples
Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples from Hsp70 molecular chaperones, αa-crystallin, and sericin Badanie metodą dynamiki molekularnej zależności
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury
Bardziej szczegółowobyła obserwowana poniżej temperatury 200. Dla wyższych temperatur widać redukcję drugiego momentu M^ w zakresie (1.5-2) [G*].
PL9801017 DYNAMIKA GRUP CH ORAZ CH OH W POLIKRYSTALICZNYCH a 2 METYLOPYRANOZYDACH E.Knop. L.Latanowicz. S.Idziak Instytut Fizyki Uniwersytetu im.a.mickiewicza. Poznań Instytut Fizyki Molekularnej PAN.
Bardziej szczegółowoHybrydowe materiały organiczno-nieorganiczne: od struktury do wyznaczania eksperymentalnych rozkładów gęstości elektronowej i ich analizy.
Radosław Kamiński Hybrydowe materiały organiczno-nieorganiczne: od struktury do wyznaczania eksperymentalnych rozkładów gęstości elektronowej i ich analizy. Moja rozprawa doktorska składa się z czterech
Bardziej szczegółowoZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka. 3-letnie studia I stopnia (licencjackie)
ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka 3-letnie studia I stopnia (licencjackie) 1. OGÓLNA CHARAKTERYSTYKA STUDIÓW Projektowanie molekuł biologicznie
Bardziej szczegółowoDwuletnie studia indywidualne II stopnia na kierunku fizyka, specjalność Matematyczne i komputerowe modelowanie procesów fizycznych
Dwuletnie studia indywidualne II stopnia na kierunku fizyka, specjalność Matematyczne i komputerowe modelowanie procesów fizycznych 1. CHARAKTERYSTYKA STUDIÓW Celem specjalności Matematyczne i komputerowe
Bardziej szczegółowoPROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA. prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego
PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego W trakcie studiów II stopnia student kierunku Energetyka i Chemia
Bardziej szczegółowoModelowanie w projektowaniu maszyn i procesów cz.5
Modelowanie w projektowaniu maszyn i procesów cz.5 Metoda Elementów Skończonych i analizy optymalizacyjne w środowisku CAD Dr hab inż. Piotr Pawełko p. 141 Piotr.Pawełko@zut.edu.pl www.piopawelko.zut.edu.pl
Bardziej szczegółowoElektron w fizyce. dr Paweł Możejko Katedra Fizyki Atomowej i Luminescencji Wydział Fizyki Technicznej i Matematyki Stosowanej Politechnika Gdańska
Elektron w fizyce dr Paweł Możejko Katedra Fizyki Atomowej i Luminescencji Wydział Fizyki Technicznej i Matematyki Stosowanej Politechnika Gdańska Gdańsk, 16.04.2011 Powstanie elektronów i Model Wielkiego
Bardziej szczegółowoMetody dokowania ligandów
Metody dokowania ligandów Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego
Bardziej szczegółowoWydział Matematyki, Fizyki i Informatyki UMCS. Instytut Matematyki UMCS
Wydział Matematyki, Fizyki i Informatyki UMCS Dziekan Wydziału B 3 Prodziekan Wydziału B 2 Dziekanat B 7a (Kierownik Dziekanatu), B 6, B 6a, B 7 Sala konferencyjna i posiedzeń Rady Wydziału D 217 Biblioteka
Bardziej szczegółowoSpektroskopia. Spotkanie pierwsze. Prowadzący: Dr Barbara Gil
Spektroskopia Spotkanie pierwsze Prowadzący: Dr Barbara Gil Temat rozwaŝań Spektroskopia nauka o powstawaniu i interpretacji widm powstających w wyniku oddziaływań wszelkich rodzajów promieniowania na
Bardziej szczegółowoZałącznik numer 1. Informacje o studiach II stopnia Chemia rozpoczynjących się od semestru letniego każdego roku akademickiego
Załącznik numer 1 Uchwały nr 1/03/2018 Zarządu Samorządu Studentów Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego z 02.03.2018 Informacje o studiach II stopnia Chemia rozpoczynjących się od semestru letniego
Bardziej szczegółowoetyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Bardziej szczegółowoKierunek Informatyka stosowana Studia stacjonarne Studia pierwszego stopnia
Studia pierwszego stopnia I rok Matematyka dyskretna 30 30 Egzamin 5 Analiza matematyczna 30 30 Egzamin 5 Algebra liniowa 30 30 Egzamin 5 Statystyka i rachunek prawdopodobieństwa 30 30 Egzamin 5 Opracowywanie
Bardziej szczegółowoProgram Obliczeń Wielkich Wyzwań Nauki i Techniki (POWIEW)
Program Obliczeń Wielkich Wyzwań Nauki i Techniki (POWIEW) Maciej Cytowski, Maciej Filocha, Maciej E. Marchwiany, Maciej Szpindler Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego
Bardziej szczegółowoRecenzja Dorobku Naukowego nauk chemicznych chemia Michała H. Jamroza,
Dr hab. inż. Dariusz Pogocki, prof. IChTJ. Warszawa, 16.10.2014 Centrum Badań i Technologii Radiacyjnych Instytut Chemii i Techniki Jądrowej ul. Dorodna 16, 03-195 Warszawa E-mail: d.pogocki@ichtj.waw.pl
Bardziej szczegółowoStructure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State
Maura Malińska Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski Promotorzy: prof. dr hab. Krzysztof Woźniak, prof. dr hab. Andrzej Kutner Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the
Bardziej szczegółowoElementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin
Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin 1. Zapisz konfigurację elektronową dla atomu helu (dwa elektrony) i wyjaśnij, dlaczego cząsteczka wodoru jest stabilna, a cząsteczka
Bardziej szczegółowoZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka. 2-letnie studia II stopnia (magisterskie)
ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka 2-letnie studia II stopnia (magisterskie) 1. OGÓLNA CHARAKTERYSTYKA STUDIÓW Wieloskalowe metody molekularnego
Bardziej szczegółowoChemiczne składniki komórek
Chemiczne składniki komórek Pierwiastki chemiczne w komórkach: - makroelementy (pierwiastki biogenne) H, O, C, N, S, P Ca, Mg, K, Na, Cl >1% suchej masy - mikroelementy Fe, Cu, Mn, Mo, B, Zn, Co, J, F
Bardziej szczegółowoWzorcowe efekty kształcenia dla kierunku studiów biotechnologia studia pierwszego stopnia profil ogólnoakademicki
Załącznik nr 2 do Uchwały Rady Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ z dnia 19 czerwca 2018 r. w sprawie programu i planu studiów na kierunku BIOTECHNOLOGIA na poziomie studiów pierwszego stopnia
Bardziej szczegółowoBIOTECHNOLOGIA. Analiza instrumentalna (4 pytania) Biologia komórki. Biochemia. Biologia molekularna
BIOTECHNOLOGIA Analiza instrumentalna Biologia komórki Biochemia Biologia molekularna Moduły dotyczące aspektów biologicznych i technologicznych w biotechnologii (powyżej 5 ECTS) Co to są metody optyczne
Bardziej szczegółowoTransportowane cząsteczki CO O, 2, NO, H O, etanol, mocznik... Zgodnie z gradientem: stężenia elektrochemicznym gradient stężeń
Transportowane cząsteczki Transport przez błony Transport bierny szybkość transportu gradien t stężeń kanał nośnik Transport z udziałem nośnika: dyfuzja prosta dyfuzja prosta CO 2, O 2, NO,, H 2 O, etanol,
Bardziej szczegółowoWłaściwości błony komórkowej
Właściwości błony komórkowej płynność asymetria selektywna przepuszczalność Transport przez błony Cząsteczki < 150Da Błony - selektywnie przepuszczalne RóŜnice składu jonowego między wnętrzem komórki ssaka
Bardziej szczegółowoEksperymentalne badanie układów kilkunukleonowych
Prezentacja tematyki badawczej Zakładu Fizyki Jądrowej Eksperymentalne badanie układów kilkunukleonowych Koordynatorzy: prof. St. Kistryn, dr Izabela Ciepał 18 maja 2013 Dynamika oddziaływania w układach
Bardziej szczegółowoPRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA
PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA W trakcie egzaminu licencjackiego student udziela ustnych odpowiedzi na pytania
Bardziej szczegółowoPrzewidywanie struktury kanału białkowego z wykorzystaniem probabilistycznych gramatyk formalnych oraz modelu ciągłego przepływu jonów
Przewidywanie struktury kanału białkowego z wykorzystaniem probabilistycznych gramatyk formalnych oraz modelu ciągłego przepływu jonów Witold Dyrka Instytut Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej, Politechnika
Bardziej szczegółowocz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne Prof. dr hab. Sławomir Filipek Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii 1 Strategie projektowania leków
Bardziej szczegółowoProgram MC. Obliczyć radialną funkcję korelacji. Zrobić jej wykres. Odczytać z wykresu wartość radialnej funkcji korelacji w punkcie r=
Program MC Napisać program symulujący twarde kule w zespole kanonicznym. Dla N > 100 twardych kul. Gęstość liczbowa 0.1 < N/V < 0.4. Zrobić obliczenia dla 2,3 różnych wartości gęstości. Obliczyć radialną
Bardziej szczegółowoOGÓLNE WYMAGANIA EDUKACYJNE NA POSZCZEGÓLNE STOPNIE W KLASYFIKACJI ŚRÓDROCZNEJ I KOŃCOWOROCZNEJ - CHEMIA KLASA VII
OGÓLNE WYMAGANIA EDUKACYJNE NA POSZCZEGÓLNE STOPNIE W KLASYFIKACJI ŚRÓDROCZNEJ I KOŃCOWOROCZNEJ - CHEMIA KLASA VII WYMAGANIA NA OCENĘ DOPUSZCZAJĄCĄ UCZEŃ POWINIEN: wyróżnić metale i niemetale wśród pierwiastków,
Bardziej szczegółowoOptyka falowa. Optyka falowa zajmuje się opisem zjawisk wynikających z falowej natury światła
Optyka falowa Optyka falowa zajmuje się opisem zjawisk wynikających z falowej natury światła Optyka falowa Fizjologiczne, fotochemiczne, fotoelektryczne działanie światła wywołane jest drganiami wektora
Bardziej szczegółowo