EQAgen CYTOGENETYKA KLASYCZNA 1/2017 RAPOTR KOŃCOWY. Program Zewnętrznej Oceny Jakości

Podobne dokumenty
2. Pobieranie materiału do badań laboratoryjnych

UWAGA SPECJALIZUJĄCY!

Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych

ABERRACJE CHROMOSOMOWE. KLINICZNE SKUTKI ABERRACJI CHROMOSOMOWYCH

INSTYTUT MATKI I DZIECKA ZAKŁAD GENETYKI MEDYCZNEJ

UWAGA SPECJALIZUJĄCY!

Aberracje chromosomowe Seminarium 2 część 1

DZIENNIK USTAW RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ

Biuro Oddziału Kształcenia Podyplomowego Wydziału Farmaceutycznego informuje, iż kurs. Kurs : Cytogenetyka kliniczna. Moduł II: Cytogenetyka

Klasyczna analiza kariotypu, techniki prążkowania chromosomów Molekularna stosowanie sond molekularnych, technika FISH

Biuro Oddziału Kształcenia Podyplomowego Wydziału Farmaceutycznego informuje, iż kurs. z Laboratoryjnej Genetyki Medycznej

Genetyka kliniczna - opis przedmiotu

KWESTIONARIUSZ BADAŃ PRYWATNYCH

Aberracje chromosomowe - choroby genetyczne związane z widocznymi zmianami liczby lub struktury chromosomów

Najbardziej Wiarygodny, Nieinwazyjny Test Prenatalny wykonywany w Polsce Test NIFTY : tylko mała próbka krwi ciężarnej

Podstawowe techniki barwienia chromosomów

MUTACJE GENOMOWE- EUPLOIDIE MUTACJE GENOMOWE- ANEUPLOIDIE. MUTACJE spontaniczne indukowane. germinalne somatyczne

Jedyny nieinwazyjny test prenatalny wykonywany w Polsce

Jedyny nieinwazyjny test prenatalny wykonywany w Polsce

Ciąża po poronieniu. Jakie badania genetyczne warto zrobić?

NIFTY TM Nieinwazyjny, Genetyczny Test Prenataly określający ryzyko wystąpienia zespołu Downa, Edwardsa i Patau

NIEPOWODZENIA ROZRODU

Podstawowe techniki barwienia chromosomów

Wniosek o wpis medycznego laboratorium diagnostycznego do ewidencji

UCHWAŁA NR 375/I KRF KRAJOWEJ RADY FIZJOTERAPEUTÓW. z dnia 9 kwietnia 2019 r.

PAŃSTWOWY INSTYTUT WETERYNARYJNY- PAŃSTWOWY INSTYTUT BADAWCZY ZAKŁAD WIRUSOLOGII KRAJOWE LABORATORIUM REFERENCYJNE ds. CHOROBY NIEBIESKIEGO JĘZYKA

Dokumentacja medyczna w laboratorium uwarunkowania prawne

S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma cje ogólne. Genetyka Kliniczna. Wydział Lekarsko-Stomatologiczny(WLS)

Formularz zlecenia Badanie płci poronionego płodu/badanie wad genetycznych w materiale poronnym

NIPT Nieinwazyjny Test Prenatalny (ang. Non-Invasive Prenatal Test)

OFERTA BADAŃ GENETYCZNYCH

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA

QP-PJ/2-00 ZDARZENIA NIEPOŻĄDANE W TRAKCIE UDZIELANIA ŚWIADCZEŃ ZDROWOTNYCH W SPZOZ NR 1 W BEŁŻYCACH

Translokacje Aberracje chromosomowe. strukturalne: translokacje, inwersje, delecje, duplikacje, chromosomy koliste (izochromosomy)

Badania predyspozycji dziedzicznych do nowotworów złośliwych

Spis treści. 1 Budowa genomu jądrowego (M.J. Olszewska, J. Małuszyńska) 13. Przedmowa 10

1.2. Zlecenie może być wystawione w formie elektronicznej z zachowaniem wymagań, o których mowa w poz. 1.1.

SPRAWOZDANIE Z BADAŃ DNA W KIERUNKU USTALENIA POKREWIEŃSTWA BIOLOGICZNEGO DO CELÓW PRYWATNYCH

a) rozpoznanie choroby, b) informacje o transfuzji w przypadku gdy źródłem materiału jest krew, c) informacje o stosowanym leczeniu, d) w przypadku

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO

SPRAWOZDANIE Z BADAŃ DNA W KIERUNKU USTALENIA POKREWIEŃSTWA BIOLOGICZNEGO DO CELÓW PRYWATNYCH

I. Dane pacjentki: III. Informacje o wyniku. IV. Co zrobić z próbką po badaniu? II. Proszę zaznaczyć odpowiednie badanie:

PAWEŁ J. CHOMIAK, JACEK J. PIETRZYK 1

Strategia diagnostyki cytogenetycznej

S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Nie dotyczy

Sprawdzian kompetencji trzecioklasisty Zestaw polonistyczny

Dokumentacja programu. Wykonywanie sprawozdawczości indywidulanej z badań laboratoryjnych i diagnostycznych w POZ. Zielona Góra

Ocena jakości badania mikroskopowego szpiku kostnego:

Procedura pobrania i transportu materiału do badania

Informacje dla pacjentów i rodzin

Ranking laboratoriów genetycznych

Choroby genetyczne na tle zmian w genomie człowieka rodzaje, fenotyp, diagnostyka genetyczna

Zapytaj swojego lekarza.

PROGRAM WSPARCIA PROKREACJI DLA MIESZKAŃCÓW MIASTA GDAŃSKA założenia

Pamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A...

Zgoda na leczenie IN VITRO Z WŁASNĄ KOMÓRKĄ JAJOWĄ. Pełny program zapłodnienia in vitro z zastosowaniem komórki jajowej pacjentki PAKIET 1A PLN

Zasady i metody klasycznej i molekularnej diagnostyki cytogenetycznej. Beata Nowakowska,

Plan badania biegłości wersja uczestników strona 1/6

Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE

Program dla praktyki lekarskiej

Załącznik nr 4a do Umowy o świadczenia zdrowotne zawieranej przez POLMED S.A.

SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA

Informacje dla pacjentów i rodzin

Chronimy Twoich bliskich badając geny. MIKROMACIERZE Medycyna genetyczna przyszłości

Załącznik nr 5 do zarządzenia Nr 53/2006 Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia. Program badań prenatalnych

ROZPORZĄDZENIE MINISTRA ZDROWIA 1) z dnia 2 lutego 2011 r.

Badania cytogenetyczne w ocenie płodności kobiet

Badanie predyspozycji do łysienia androgenowego u kobiet (AGA)

Dokumentacja programu. Instrukcja użytkownika modułu Gabinet Zabiegowy. Zielona Góra

W dniu odbyło się posiedzenie grupy ekspertów powołanych przez Zarząd

10) istotne kliniczne dane pacjenta, w szczególności: rozpoznanie, występujące czynniki ryzyka zakażenia, w tym wcześniejsza antybiotykoterapia,

WK-II Pan Li Zhiming Medyczne Centrum Zabiegowo-Rehabilitacyjne Sp. z o.o. ul. Wenecka Jabłonna

SPRAWOZDANIE Z BADAŃ DNA W KIERUNKU USTALENIA POKREWIEŃSTWA BIOLOGICZNEGO DO CELÓW PRYWATNYCH

Program ćwiczeń z przedmiotu BIOLOGIA MOLEKULARNA I GENETYKA, część I dla kierunku Lekarskiego, rok I 2015/2016. Ćwiczenie nr 1 (

SPRAWOZDANIE Z BADAŃ DNA W KIERUNKU USTALENIA POKREWIEŃSTWA BIOLOGICZNEGO DO CELÓW PRYWATNYCH

Badania genetyczne. Prof. dr hab. Maria M. Sąsiadek Katedra i Zakład Genetyki Konsultant krajowy ds. genetyki klinicznej

Pan Roman Prończuk Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej Medi-Derm ul. Wspólna 2 C Warszawa - Wesoła

Aktywność fosfatazy alkalicznej w neutrofilach u pacjentów z przewlekłą białaczką szpikową

Wystąpienie pokontrolne

Egzemplarz dla Pacjentki. Poniższa zgoda powinna być przed podpisaniem omówiona z lekarzem prowadzącym lub specjalistą w zakresie genetyki.

Sfinansowano ze środków Gminy Miasta Gdańska INFORMACJA DLA RODZICÓW. Zgoda rodziców na udział w programie Ankieta przesiewowa dla rodziców

SZCZEGÓŁOWE WARUNKI KONKURSU OFERT

Instrukcja zgłaszania błędu

Tranquility. Najdokładniejszenieinwazyjnebadanietrisomii Pozwalauniknądryzykaamniopunkcji

Program specjalizacji

Klinika Zdrówko s.c. Iwona Adamczak, Rafał Adamczak Al. Adama Mickiewicza 23, Niemcz tel www. klinika-zdrowko.

PROCEDURA. Przeprowadzanie badań diagnostycznych w Poradni Psychologiczno-Pedagogicznej w Lubinie

Korekta produktu VITEK 2 Software wersja 6.01

PDF created with pdffactory Pro trial version

PROILAKTYCZNE PROGRAMY ZDROWOTNE Akty prawne Wymagania Kryteria oceny ofert Pytania

SYLABUS. DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA (skrajne daty) Wykł. Ćw. Konw. Lab. Sem. ZP Prakt. GN Liczba pkt ECTS

Aktualizację kodów można przeprowadzić na trzy sposoby:

Formularz zlecenia badania w materiale z poronienia

NIEPEŁNOSPRAWNOŚĆ INTELEKTUALNA. Anna Materna-Kiryluk Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu. Niepełnosprawność intelektualna - definicja

2. Rozdział materiału genetycznego w czasie podziałów komórkowych - mitozy i mejozy

SENAT RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ IV KADENCJA. Warszawa, dnia 15 czerwca 2001 r. SPRAWOZDANIE KOMISJI ZDROWIA, KULTURY FIZYCZNEJ I SPORTU

Transkrypt:

EQAgen Program Zewnętrznej Oceny Jakości CYTOGENETYKA KLASYCZNA 1/2017 W październiku 2017 roku przeprowadziliśmy trzecią edycję zewnętrznej oceny cytogenetycznej laboratoriów wykonujących diagnostyczne badania metodą cytogenetyki klasycznej. Laboratoria, które poddały się ocenie, otrzymały do przeanalizowania po 15 metafaz wybarwionych metodą prążków G, uzyskanych z hodowli in vitro limfocytów T krwi obwodowej od trzech pacjentów. Dołączyliśmy informację o wskazaniach do badań. Obrazy metafaz przesłano w plikach JPG. Zadaniem ocenianych laboratoriów było przeanalizowanie tych metafaz, ustalenie kariotypów oraz sporządzenie raportu z badań. Raport należało sporządzić na drukach, na których laboratorium rutynowo zapisuje wydawane wyniki badań cytogenetycznych i odesłać do Sowa-med. Eksperci Sowa-med oceniali zapisy kariotypów oraz opis i interpretacje wyników. Maksymalnie można było otrzymać 300 punktów- po 100 punktów za badanie, w tym po: 50 pkt. za pacjenta za zapis kariotypu, po 30 pkt. za opis i interpretację cytogenetyczną wyniku i postępowanie diagnostyczne oraz po 20 pkt. za zapis raportu genetycznego (dane pacjenta, materiał, metoda, wskazanie do badania, ośrodek zlecający, czytelność wyniku). Ocenie poddało się 21 laboratoriów z całej Polski. Laboratoria zostały opatrzone swoim, unikalnym kodem i pod tym kodem można odszukać wyniki oceny. Zapisy kariotypów: Pacjent 1: Pacjent 2: Pacjent 3: 46,XX,t(11;13)(p13;q32) 46,XY,inv(9)(p12q13) lub 46,XY 46,X,der(X)(pter->q24::p11.4->pter) lub 46,X,der(X)t(X;X)(q24;p11.4) 2018-02-16 RAPOTR KOŃCOWY Sprawdzian wysłano: 2017.09.19 Data zakończenia: 2017.10.20 Data raportu: 2018.02.16 Raport zawiera: - komentarz eksperta - indywidualną oceną laboratorium Błędy w raportach: Za błędy powstałe przy podawaniu wyników odpowiada laboratorium. SOWA-med odpowiada za błędy powstałe przy opracowywaniu wyników. Reklamacje powinny być zgłoszone pisemnie do biura SOWA-med najpóźniej cztery tygodnie od daty tego listu. Ekspert sprawdzianu Dr hab. Mariola Iliszko, Gdański Uniwersytet Medyczny Koordynator sprawdzianu mgr Gabriela Bednarczuk SOWA-med Kryteria jakie zastosowano podczas oceny wszystkich próbek załączono w oddzielnym piśmie (zał. 1.). W tabeli zbiorczej (zał. 2) przedstawiono punktację uzyskaną przez poszczególne laboratoria. Spośród 21 laboratoriów biorących udział w ocenie (zał. nr 2), 5 uzyskało ocenę doskonałą lub bardzo dobrą. Pamiętajcie, że udział w ocenie zewnętrznej, to nie współzawodnictwo między laboratoriami i ma za zadanie poprawienie jakości badań wykonywanych przez Wasze laboratoria!!!! Gratulujemy wszystkim laboratoriom uczestniczącym w ocenie EQAgen. SOWA-med Ul. Dębinki 7 80-211 Gdańsk Tel/Fax: 58 346 15 38 Fax: 58 341 23 05 info@sowa-med.pl www.sowa-med.pl

Każdy wynik oceniany był niezależnie. Jeśli popełniono błąd np. w zapisie raportu genetycznego i powtarzał się we wszystkich wynikach- wszędzie odejmowane były punkty. Jakość barwienia prążkowego ocenianych metafaz była różnie postrzegana przez laboratoria. Niektóre laboratoria oceniały ją 400-500 prążków, a niektóre podawały rozdzielczość 450-650 prążków na haploidalny kariotyp. W przesłanych zdjęciach, rozdzielczość była różna (tak jak to mamy na co dzień w pracy diagnostycznej), od 400 do 550 prążków. Ta ostatnia rozdzielczość jest wymagana, przy wskazaniach do badań jakie były u pacjentów ocenianych przez Państwa laboratoria. Zapisy kariotypów: Liczba metafaz w zapisie kariotypu nie jest obowiązkowa, jeśli wszystkie analizowane metafazy miały taki sam układ chromosomów (ISCN 2016, rozdz. 4.1). Te informacje muszą być podane w sprawozdaniu z badań!! Jednak jeśli była podana, przy zapisie kariotypu, należało zrobić to zgodnie z wymaganiami ISCN 2016, czyli np. 46,XX,t(11;13)(p13;q32)[15], a nie 46,XX,t(11;13)(p13;q32)(analizowano 15 metafaz) jedno laboratorium, tracono punkty. Ocena kariotypu pacjentów 1 i 2 generalnie nie stanowiła problemu. Pacjent 1: Wszystkie laboratoria prawidłowo oceniły obecność translokacji wzajemnej, zrównoważonej, u kobiety, we wszystkich analizowanych metafazach. Jednak były błędy w zapisie aberracji: 1. sześć laboratoriów nieprawidłowo oceniło miejsca pęknięć: 11p15 i 13q34, a nie 11p13 i 13q32, za co straciły punkty. 2. jedno laboratorium zapisało kariotyp: 46,XX,t(11;13)(p?15;q?34) i straciło punkty. Można było mieć wątpliwości do numeru prążka, bo dysponowaliście Państwo tylko zdjęciami kariogramów, ale wtedy zapis powinien być: 11p1?5 i 13q3?4 (jedno laboratorium) i taki zapis oceniony był na maksymalną liczbę punktów. Region pęknięcia chromosomów można określić bez problemu!! Pacjent 2: Kariotyp męski z obecną inwersją perycentryczną chromosomu 9 we wszystkich analizowanych metafazach. Inwersja 9 jest wariantem polimorficznym bez konsekwencji klinicznych. Uznawano za prawidłowy zapis, z maksymalną liczbą punktów dwie wersje: 46,XY,inv(9)(p12q13) osiem laboratoriów lub 46,XY 13 laboratoriów. Generalnie, jest zasada, że w zapisie kariotypu nie uwzględniamy polimorfizmów takich jak: 1qh+, 9qh+, 16qh+, czy chromosomy akrocentryczne z polimorficznymi satelitami, np. 21s+, 15pstk+ i innych, opisywanych w ISCN 2016. Odnośnie inwersji 9, osobiście uważam, że zmiana ta powinna być zapisana w kariotypie, ale NA PEWNO powinna być uwzględniona w opisie cytogenetycznym. Laboratoria (po jednym), które traciły kilka punktów za zapis kariotypu, popełniły błędy: 1. zapis liczby metafaz jak podałam powyżej.(analizowano 15 metafaz), 2. spacja po chromosomach płci 3. błędne miejsce pęknięcia w zapisie inwersji chromosomu 9 inv(9)(p11q13) powinno być: inv(9)(p12q13) - wg ISCN 2016, str.12 Pacjent 3: Sprawił Państwu najwięcej problemów. Wszystkie laboratoria rozpoznały nieprawidłową strukturę jednego z chromosomów X, natomiast różne były opisy tej nieprawidłowości. Najlepiej w tym wypadku było opisać istniejący marker tzw. zapisem rozszerzonym: 46,X,der(X)(pter- >q24::p11.4->pter), bo ten zapis najlepiej obrazuje budowę markera ISCN 2016 str. 61 (sześć laboratoriów). Niestety jedno laboratorium zapisało: 46,X,der(X)(pter->q24::p11.2->qter, zamiast pter i za to straciło kilka punktów. Kilka laboratoriów podawało dwie formy zapisu, a dwa z nich błędnie zapisało formę podstawową: 46,X,der(X)del(X)(q24)dup(X)(p11.2p22.3). Zapis ten mówi o utracie fragmentu ramion q chromosomu X, ale dodatkowa kopia fragmentu ramion p chromosomu X, obecna w der(x), nie jest po prostu duplikacją (ISCN 2016 str. 67). Błędnie zapisane kariotypy każdy wystąpił w jednym laboratorium (od punktu 1 do 5 włącznie), tracono punkty: 1. 46,X,der(X),t(X:X)(p?11;q2?3) jest błędny, sugeruje obecność 3 chromosomów X: prawidłowy, der(x) i t(x:x), a były tylko dwa chromosomy X. Zapis t(x:x)(p?11;q2?3), mówi

nam, że do ramion p jednego chromosomu X w p?11 przyłączył się fragment Xq2?3.To nie jest prawdą, bo do ramion q chromosomu X w podanym miejscu pęknięcia, przyłączył się fragment ramion p chromosomu X!!! 2. 46,X,der(X)add(X)(q?22.1)del(X)(q?22.1). Nieprawidłowy zapis der(x) - add(x)(q?22.1) oznacza, że chromosom pękł w podanym miejscu w ramionach q i od tego miejsca do qter jest tracony, a przyłączył się fragment chromosomu niewiadomego pochodzenia i nie trzeba podawać, że jest jeszcze del(x). Nie jest prawdą, że nie można rozpoznać materiału rozpoznać fragment chromosomu przyłączonego do Xq i powinno być der(x), a nie add(x). 3. 46,Xder(X)- brak przecinku po chromosomie X heterochromosom prawidłowy oddzielamy od heterochromosomu z aberracją strukturalną przecinkiem (ISCN 2016 str. 50). Zapis chromosomu nieprawidłowego jako tylko der(x), to za mało!!! 4. 46,X,?add(X)(q28) niewiadomego pochodzenia materiał genetyczny przyłączył się na końcu q chromosomu X (q28 to telomer). Zapis całkowicie błędny!!! 5. 46,X,inv(X)(q25q28) całkowicie błędny 6. Sześć laboratoriów zapisało nieprawidłowy chromosom X, jako chromosom izodicentryczny: 46,X,idic(X)(q21), w tym dwa laboratoria: 46,X,psu idic(x)(q21). Wzór prążkowy der(x) od miejsca q12 w górę do cen i dół chromosomu do hipotetycznego cen, nie jest identyczny, co sugeruje zapis dic. Chromosom markerowy stwierdzony u pacjentki na pewno nie jest dicentryczny! Obydwa zapisy są nieprawidłowe, tracono punkty. Miej punktów utraciły laboratoria, które rozpoznały pseudodicentryk, bo to oznacza, że jeden centromer jest nieaktywny i w morfologii chromosomu nie widać dwóch centromerów. Opis, interpretacja cytogenetyczna wyniku, postępowanie diagnostyczne. Każdy z pacjentów miał dla siebie charakterystyczny kariotyp. Interpretację każdego wyniku należy przeprowadzić osobno. Niemniej jednak, nasunęły mi się uwagi ogólne, które dotyczą wszystkich trzech wyników, a które sugerują, że do opisu wyników też stosujemy wzorzec wyniku. To jest w porządku, ale pamiętajmy, aby wprowadzać konieczne dla danego przypadku zmiany i uaktualnienia!!! : 1. Dwa laboratoria nie umieściły na wyniku informacji o konieczności konsultacji w Poradni Genetycznej bardzo ważne, aby wynik wydał pacjentowi lekarz ze specjalizacją z genetyki klinicznej, dlatego straciły punkty dotyczy pacjenta nr 1 i 3. Natomiast aż sześć laboratoriów nie przewiduje konsultacji u lekarza genetyka klinicznego w przypadku pacjenta nr 2!! 2. Raczej nie powinniśmy informować lekarza jaki cel ma konsultacja cytuję: w celu określenia znaczenia klinicznego aberracji i oszacowania ryzyka genetycznego związanego z prokreacją (pięć laboratoriów). 3. Laboratorium nie jest upoważnione do udzielania porady genetycznej, np.: opis ryzyka poronienia, ryzyko urodzenia dziecka z wadami, sugerowanie badań prenatalnych, diagnostyki preimplantacyjnej i inne (pięć laboratoriów). To rola lekarza genetyka. Lekarz genetyk kliniczny udzieli pacjentom porady w oparciu o zapis i opis wyniku cytogenetycznego. Pacjent 1 Interpretacja cytogenetyczna, nie stwarzała większych trudności. Wszystkie laboratoria stwierdziły, że wynikiem jest kariotyp żeński z translokacją wzajemną zrównoważoną (we wszystkich metafazach) pomiędzy chromosomami 11 i 13, a 13 laboratoriów prawidłowo oceniło miejsca pęknięć: 11p13 i 13q32. Należało zaznaczyć, że pacjentka jest nosicielem translokacji, a osiem laboratoriów nie umieściło tej informacji w raporcie!! We wskazaniu do badania podano dwa samoistne poronienia. W opisie wyniku należało zaznaczyć, że uzyskany wynik cytogenetyczny potwierdza wskazanie do badań, ponieważ translokacja zrównoważona może być przyczyną zaburzeń w gametogenezie (niezrównoważone gamety) u jej nosiciela i związanych z tym niepowodzeń rozrodu. Tej informacji nie podało siedem laboratoriów.

Laboratorium powinno zasugerować wykonanie badań w rodzinie probanta: kariotypów u rodziców oraz ewentualnego rodzeństwa nosiciela translokacji. Nie możemy zasugerować badania kariotypów u dzieci pacjentka badana z powodu samoistnych poronień, nie mamy informacji czy już ma dzieci (jedno laboratorium). Pacjent 2 Wszystkie laboratoria stwierdziły kariotyp prawidłowy męski we wszystkich analizowanych metafazach. Należało zapisać, że stwierdzono polimorficzną inwersję chromosomu 9, inv(9)(p12q13) bez konsekwencji klinicznych, o czym nie napisały 4 laboratoria. Trzy laboratoria błędnie zapisały inwersję: dwa laboratoria - inv(9)(p11q13),a trzecie 9qh+, tracono punkty. Aż 10 laboratoriów nie umieściło informacji o znaczeniu klinicznym inwersji chromosomu 9. Sześć laboratoriów uzyskało maksymalną liczbę punktów. Pacjent 3 Wszyscy prawidłowo ocenili, że jest to kariotyp żeński z nieprawidłową strukturą jednego z chromosomów X we wszystkich metafazach, i że zmiana jest niezrównoważona. Bardzo ważne jest podanie fragmentów chromosomów, które są niezrównoważone, czyli w tym wypadku: dodatkowa kopia (częściowa trisomia) fragmentu ramion p (krótkich) chromosomu X od p11 do pter oraz utrata (częściowa monosomia) fragmentu ramion q (długich) chromosomu X od q24 do qter. Wynik badania zgodny ze wskazaniem nie napisały o tym dwa laboratoria, a jedno laboratorium błędnie wpisało wskazanie niepowodzenia rozrodu. Musimy precyzyjnie wpisywać wskazania do dokumentacji badania, bo tylko wtedy będziemy mogli precyzyjnie odpowiedzieć na zadane nam pytania!! Należy uzasadnić, dlaczego wynik zgodny ze wskazaniem. Utrata fragmentu ramion q (długich) od miejsca q24 do qter, występująca u pacjentki i utrata genów zlokalizowanych w traconym fragmencie chromosomu X, związana jest z przedwczesnym wygaszaniem funkcji jajników (POF1)- siedem laboratoriów o tym nie napisało. W dalszym postępowaniu diagnostycznym, kilka laboratoriów sugerowało wykonanie dodatkowych badań metodą FISH z zastosowaniem sond swoistych dla miejsc niezrównoważonych, ewentualnie acgh, aby określić precyzyjnie niezrównoważenie. Można wykonać takie badania, ale nie jest to niezbędne, bo wynik cytogenetyczny odpowiada na pytanie zawarte w skierowaniu przyczyna wtórnego braku miesiączki. Nie odejmowano punktów za brak informacji o dodatkowych badaniach metodą cytogenetyki molekularnej. Natomiast nie powinnyśmy pisać, że badanie acgh cytuję umożliwi ocenę ewentualnych sekwencji chromosomu Y lub genu SRY dwa laboratoria. Pacjentka już jest zestresowana, że nie ma miesiączki, nie dokładajmy jej teoretycznych przypuszczeń, że może ma fragment chromosomu Y. Poczekajmy, w tym wypadku, na wynik acgh i wtedy udzielimy informacji stosownych do uzyskanego wyniku!!! Celowe natomiast było wykonanie badań metodą prążków C, aby określić, czy der(x) nie jest chromosomem dicentrycznym (nie jest). Konieczna konsultacja w Poradni Genetycznej!!! Można zasugerować badania cytogenetyczne rodziców. Trzy laboratoria sugerowały potrzebę przeanalizowania od 50 do 100 metafaz, celem wykluczenia mozaiki. Jednak, gdy we wszystkich analizowanych metafazach występuje ta sama aberracja, wystarczy jak przeanalizujemy 30 metafaz (to powinno być zawarte w komentarzu do wyniku). Analizując 100 płytek, możemy wykryć mikromozaikę, ale jak wszyscy wiemy, mikromozaiki nie maja znaczenia klinicznego, a tak naprawdę mogą powstać in vitro w trakcie procedury badawczej. Zapis raportu genetycznego: Dotyczy wszystkich przypadków. Stosujemy wzory wyników, na których wypisywany jest raport z badania. Wstępna część wyniku (daty otrzymania materiału i wydania wyniku, identyfikacja laboratorium, wskazanie do badania, dane identyfikacyjne pacjenta, metoda barwienia, rozdzielczość prążkowa, liczba analizowanych metafaz) w zasadzie nie budzi zastrzeżeń, chociaż były Laboratoria (dwa), które nie podały daty wydania wyniku. Jednakże, w przypadku rodzaju

badanego materiału, cztery laboratoria nie zaznaczyły, że analizowano metafazy pochodzące z hodowli in vitro limfocytów T krwi obwodowej. Nie wystarczy podać, że materiałem badanym była krew. Ważne, że była hodowla i z niej pochodzi materiał do badań. Za brak takiej informacji laboratoria traciły punkty. Niestety, sprawozdania 12 laboratoriów ogólnie określam jako nieczytelne lub mało czytelne, w tym osiem z ukrytym zapisem kariotypu laboratoria traciły punkty!!! Już zwracałam na to uwagę przy poprzednich edycjach!!!! Pamiętajcie, że najważniejszą informacją na wyniku jest wynik, czyli zapis kariotypu zgodnie z zasadami opisanymi w obowiązującym ISCN (aktualnie z 2016r.). Zapis kariotypu Nie może być ukryty, tak że musiałam szukać miejsca, gdzie ten wynik zapisano: wciśnięty w kąciku strony i napisany bardzo małą czcionką, całkowicie zdominowany przez inne treści umieszczone w raporcie też ważne, ale zapis kariotypu powinien być widoczny, jak tylko spojrzymy na raport. W uwidocznieniu wyniku pomogłoby np. powiększenie czcionki, pogrubienie czcionki i napisanie go na środku druku wyniku. Raport genetyczny nie powinien zaczynać się od zapisu kariotypu, a potem dopiero dane osobowo-formalne i interpretacja (jedno laboratorium). Najpierw dane formalne, opis metody i inne informacje, potem zapis kariotypu i dopiero interpretacja. Aż 9 laboratoriów dane techniczne, często opisane szczegółowo, typu: metoda barwienia, rozdzielczość prążkowa, że badanie wykonano zgodnie z obowiązującą procedurą badawczą i inne, umieściło w opisie cytogenetycznym. To są dane techniczne i powinny być podane w pierwszej części wyniku - tracono punkty. Po zapisie kariotypu należy podać informacje interpretujące wynik, postępowanie diagnostyczne, wskazanie versus wynik. Pięć laboratoriów, zupełnie niepotrzebnie, w opisie cytogenetycznym pod zapisem wyniku jeszcze raz podawało zapis kariotypu, cytuję stwierdzono nieprawidłowy kariotyp żeński: 46,XX,t(11;13).. Ważna jest informacja, że zapis kariotypu jest zgodny z ISCN 2016 aż osiem laboratoriów nie podało tej informacji w żadnym miejscu wyniku!!!!! - utrata punktów. Jedno laboratorium dwa wyniki wdało na papierze w prążki, czcionka mała i wynik całkowicie nieczytelny!! utrata punktów. Szanowni Państwo, uczestnicy kontroli!!! Pamiętajcie, że najważniejszą rolą laboratorium jest wykonanie zleconego badania i odpowiedź na pytania zawarte w skierowaniu, i że zawsze musi być informacja o konieczności porady genetycznej u specjalisty genetyka klinicznego, również w przypadku prawidłowego kariotypu!!!! Pamiętajcie również, że p i q to są ramiona chromosomów, a nie ramię. Badamy chromosomy mitotyczne, metafazowe. Przed wejściem komórki w mitozę, odbywa się proces replikacji DNA, czyli każdy metafazowy chromosom jest podwójny zbudowany z dwóch chromatyd siostrzanych. To uwaga na przyszłość (za to nie tracono punktów). Nie używajmy stwierdzeń, cytuję na chromosomie 11 stwierdzono pęknięcie... To sugeruje, że chromosom 11 ma rysę, a nie że jest złamany. Lepiej brzmi: chromosom 11 pękł w miejscu, albo: w chromosomie 11 stwierdzono pęknięcie. Dziękujemy za udział w kolejnej edycji oceny EQAgen. Mamy nadzieję, że udział w ocenie pomoże Waszym laboratoriom w doskonaleniu oceny kariotypu oraz interpretacji uzyskanych wyników cytogenetycznych.

Załącznik 1 Kryteria oceny zastosowane dla trzech próbek, 1/2017 1. Zapis kariotypu 50 pkt. Bezbłędny zapis wg zasad ISCN 2016 45pkt. np.: użycie złych symboli, brak spacji, 40-35 pkt. np.: niewłaściwe miejsca pęknięć, 30-15 pkt. np.: częściowy zapis kariotypu, ominięcie chromosomów płci, niewłaściwe ramiona chromosomu, brak zapisu rodzaju aberracji 10-0 pkt. np. brak zapisu kariotypu, nie wykrycie aberracji lub wykrycie złej aberracji 2. Opis, interpretacja cytogenetyczna, postępowanie diagnostyczne 30 pkt. Jasny opis wyniku cytogenetycznego zgodnie z ISCN 2016, z podaniem liczby analizowanych metafaz: Kariotyp żeński, nosiciel translokacji wzajemnej, zrównoważonej, podać chromosomy uczestniczące w translokacji oraz miejsca pęknięć (pacjent 1), kariotyp męski z polimorficzną inv(9)(p12q13) lub prawidłowy męski (pacjent 2), kariotyp niezrównoważony żeński z nieprawidłową strukturą jednego z chromosomów X (pacjent 3) Wynik cytogenetyczny potwierdza wskazanie do badania (pacjent 1), ponieważ translokacja zrównoważona, może być przyczyną zaburzeń w gametogenezie u jej nosiciela i związanych z tym niepowodzeń rozrodu, ponieważ (pacjent 3) utrata fragmentu chromosomu Xq24-qter związana jest z zaburzeniami funkcji jajników (POF1). Informacja o polimorficznej inwersji perycentrycznej chromosomu 9, bez konsekwencji klinicznych (pacjent 2) Zalecenie porady genetycznej u lekarza genetyka klinicznego zawsze! Przeanalizowanie dodatkowych metafaz (do 30), pacjent nr 3 Zasugerowanie badań kariotypów u rodziców i rodzeństwa nosiciela translokacji (pacjent 1), i zasugerowanie badań kariotypów u rodziców (pacjent 3). 25-20 pkt. Np.: brak dwóch pkt. z opisu optymalnego, niekompletny opis aberracji, nie wymienione nr chromosomów lub ramion chromosomów uczestniczących w aberracji, nie wymieniona płeć, opis wariantów cytogenetycznych, a potem interpretacja zapisanie nieklonalnych nieprawidłowości chromosomowych brak zalecenie porady genetycznej u lekarza genetyka klinicznego 15-10 pkt. Np.: brak informacji, że kariotyp jest zrównoważony (pacjent 1), prawidłowy (pacjent ) 2, czy niezrównopważony (pacjent 3) brak opisu kariotypu brak informacji o relacji wskazanie do badania, a wynik brak informacji o dalszym postępowaniu diagnostycznym np. badania kariotypów rodziców. udzielanie porady konsultacja w poradni genet. w celu: np. oceny ryzyka poronień, badania kariotypu każdej ciąży itp. 5-0 pkt. Np.: błędny, nieprawidłowy opis wyniku

3. Zapis raportu genetycznego 20 pkt. Data opisu, data otrzymania materiału Identyfikacja laboratorium Dane pacjenta (pesel, data urodzenia, płeć) Ośrodek kierujący Lekarz kierujący Nr badania Rodzaj badanego materiału (krew obwodowa, hodowla in vitro limfocytów T - rutynowa) barwienie GTG lub GTW Wskazanie do badania Stopień rozdzielczości prążkowej Zapis kariotypu Liczba analizowanych metafaz Czytelność wyniku: np. wielkość czcionki, rodzaj tła, rozmieszczenie informacji: najpierw dane formalne, potem zapis kariotypu, a potem opis i interpretacja. Podpisy: osoby wykonywującej i autoryzującej (diagnosta laboratoryjny ze specjalizacja z laboratoryjnej genetyki medycznej) 5-15 pkt. np.: brak jednego do dwóch pkt. z opisu optymalnego, wynik nieczytelny: mało widoczny zapis kariotypu -np, bardzo mała czcionka powtórny zapis kariotypu w komentarzu dane techniczne: liczba metafaz, rozdzielczość prążkowa umieszczone w komentarzu 0 pkt. 4 punktów z opisu optymalnego