ZAKŁAD WIRUSOLOGII Instytut Mikrobiologii

Transkrypt

1 ZAKŁAD WIRUSOLOGII Instytut Mikrobiologii DNI OTWARTE w GODZ

2 Zespół Dr Monika Radlińska kierownik (+22) Prof. dr hab. Andrzej Piekarowicz (prof. emerytowany) (+22) Dr Monika Adamczyk Popławska (+22) Dr Agnieszka Kwiatek (+22) Mgr Aneta Kłyż (+22)

3 Gdzie jesteśmy.. IV piętro budynku A Wydziału Biologii ul. Miecznikowa 1 Pokój: A

4 Pracownia Licencjacka Prace licencjackie wykonywane w naszym Zakładzie mają charakter eksperymentalny bądź teoretyczny Prace doświadczalne to najczęściej wyodrębnione zadania dużych projektów badawczych prowadzonych przez naszych pracowników. Praca laboratoryjna na tym etapie edukacji stanowi przygotowanie do bardziej samodzielnej pracy w ramach pracowni magisterskiej Prace teoretyczne dotyczą tematyki badań prowadzonych w Zakładzie Wirusologii, ale jesteśmy otwarci na propozycje studentów, którzy chcieliby pogłębić wiedzę na interesujące ich tematy szeroko pojętej biologii molekularnej, mikrobiologii i wirusologii

5 Techniki badawcze W trakcie wykonywanych prac studenci zapoznają się z różnymi technikami biologii molekularnej i komórkowej, mikrobiologii oraz wirusologii. Wybór metodologii zależy od postawionego celu badawczego. W razie potrzeby wprowadzamy nowe metody. Izolacja oraz analiza DNA i RNA, PCR, RT-PCR, qrt-pcr, mikromacierze ekspresyjne, elektroforeza, Southern blotting Izolacja, oczyszczanie, elektroforeza oraz badanie aktywności białek, Western blotting, wykrywanie oddziaływań pomiędzy białkami Analizy z wykorzystaniem mikroskopii konfokalnej i elektronowej Hodowle bakteryjne i komórek eukariotycznych, transfekcja Izolacja bakteriofagów z różnych środowisk; ich genomika i proteomika

6 Bakteryjne modele badawcze Neisseria gonorrhoeae Dwoinka rzeżączki Haemophilus influenzae H. influenzae w mikroskopie skaningowym Biofilm N. gonorrhoeae w mikroskopie skaningowym Biofilm Neisseria gonorrhoeae w mikroskopie konfokalnym

7 Bakteriofagi, które odkrywamy, identyfikujemy i charakteryzujemy. pochodzą z różnych środowisk, często ekstremalnych Bakteriofagi α proteobakterii (Sinorhizobium, Paracoccus) Bakteriofagi γ proteobakterii (Pseudomonas, Aeromonas, Shewanella) Fagi nitkowate N. gonorrhoeae

8 Zadania badawcze Molekularne podstawy zmienności patogennej bakterii Neisseria gonorrhoeae Wyjaśnienie mechanizmów warunkujących niezwykłą zmienność genetyczną obserwowaną u czynnika etiologicznego rzeżączki, bakterii patogennej Neisseria gonorrhoeae Wskazanie potencjalnych celów dla szczepionek i leków nowej generacji Rola systemów naprawy DNA w patogenezie N. gonorrhoeae A. Kwiatek A. Piekarowicz A. Kłyż Użycie białek fagów nitkowatych jako antygenowych składników szczepionki Rola systemów restrykcji - modyfikacji w patogenezie N. gonorrhoeae M. Adamczyk-Popławska

9 Rola systemów restrykcji-modyfikacji w patogenezie Neisseria gonorrhoeae Dr Monika Adamczyk-Popławska Poznanie molekularnych podstaw patogenezy N. gonorrhoeae, zmienności fazowej i roli metylaz DNA w tym procesie, a także wytypowanie celów dla opracowania skutecznej szczepionki: Określenie związku pomiędzy hiperzmiennością genetyczną, a fizjologicznym brakiem metylacji DNA typu Dam u N. gonorrhoeae Charakterystyka biochemiczna nowych metylaz DNA u N. gonorrhoeae Wpływ metylaz DNA na ekspresję genów i biologię N. gonorrhoeae Zbadanie zjawiska fenotypowego przełączenia w systemach restrykcjimodyfikacji, którego efektem jest zmiana wzoru metylacji genomu, jako potencjalnego mechanizmu kontroli interakcji pomiędzy patogenną bakterią, jaką jest N. gonorrhoeae, a gospodarzem (człowiek)

10 Rola systemów naprawy DNA w patogenezie Neisseria gonorrhoeae Dr Agnieszka Kwiatek Precyzyjne określenie funkcji biologicznych oraz charakterystyka biochemiczna i molekularna wszystkich białek należących do systemów naprawy DNA zapobiegających mutacjom wynikającym z deaminacji 5- metylocytozyny do tyminy Określenie wzajemnych oddziaływań pomiędzy N. gonorrhoeae a ludzkimi komórkami nabłonkowymi - związek pomiędzy kolonizacją, unikaniem odpowiedzi immunologicznej przez N. gonorrhoeae, a podatnością komórek gospodarza na infekcję Badanie fizycznych i funkcjonalnych oddziaływań pomiędzy badanymi białkami Badanie zróżnicowania systemów naprawy DNA wśród bakterii z rodzaju Neisseria z uwzględnieniem ilość i rodzaj białek wchodzących w skład tych systemów

11 Bakteriofagi genomika, ewolucja i zastosowanie Dr Monika Radlińska Poznanie biologii molekularnej bakteriofagów oraz ich relacji z bakteryjnymi gospodarzami patogenami i mikroorganizmami ważnymi w środowiskach naturalnych Izolacja i identyfikacja nowych bakteriofagów oraz ich analizy genomiczne, proteomiczne i filogenetyczne Analizy molekularne wybranych genów wirusowych, typowanych jako istotne w ekologii gospodarza Badanie bakteriofagów i elementów pochodzenia fagowego w celu ich zastosowania w terapii chorób bakteryjnych lub jako unikatowe narzędzia w technikach inżynierii genetycznej, biotechnologii i diagnostyce Identyfikowanie białek enzymatycznych biorących udział w strategiach obronnych (gospodarz) i inwazyjnych (fagi) oraz testowania praktycznego wykorzystania elementów funkcjonalnych badanych mechanizmów

12 Identyfikacja determinantów specyficzności metylotransferaz DNA Dr Monika Radlińska Badanie właściwości biochemicznych metylotransferaz DNA oraz określanie ich specyficzności Naturalna wymiana domen determinujących specyficzność systemów restrykcji - modyfikacji jako mechanizm zwiększający potencjał obronny bakterii przed obcym DNA Inżynieria genetyczna specyficzności metylotransferaz DNA (badanie oddziaływań DNA-białko, uzyskanie enzymów o nowych właściwościach)

13 Przykładowe prace licencjackie Eksperymentalne Konstrukcja wektorów samobójczych do inaktywacji genu ngoaxivv kodowego przez Neisseria gonorrhoeae Wpływ niespecyficznej metylacji adeniny na fitness szczepu Escherichia coli Konstrukcja i testowanie prototypowych wektorów dla szczepionek nowej generacji docelowych opartych o szczep Escherichia coli Teoretyczne Zastosowanie terapii genowej z wykorzystaniem wektorów wirusowych w leczeniu chronicznego bólu Bakteriofagi jako alternatywa dla antybiotyków Wirusy zapalenia wątroby - charakterystyka molekularna i epidemiologiczna

14 Nasi absolwenci Od roku 2000 wypromowaliśmy ponad 60 magistrantów i ponad 50 licencjuszy Nasi absolwenci znajdują zatrudnienie zgodne z ich wykształceniem, bez trudu wygrywają konkursy na studia doktoranckie w kraju i za granicą

15 Ostatnie publikacje z udziałem studentów Kwiatek A, Bacal P, Wasiluk A, Trybunko A, Adamczyk-Popławska M. (2014) The dam replacing gene product enhances Neisseria gonorrhoeae FA1090 viability and biofilm formation. Front Microbiol. 17:712 Dziewit L, Oscik K, Bartosik D, Radlinska M. (2014) Molecular characterization of a novel temperate sinorhizobium bacteriophage, LM21, encoding DNA methyltransferase with CcrM-like specificity. J Virol. 88:13111 Piekarowicz A, Kłyż A, Majchrzak M, Szczęsna E, Piechucki M, Kwiatek A, Maugel TK, Stein DC. (2014) Neisseria gonorrhoeae filamentous phage NgoΦ6 is capable of infecting a variety of Gram-negative bacteria. J Virol. 88:1002 Dziewit L, Czarnecki J, Wibberg D, Radlinska M, Mrozek P, Szymczak M, Schlüter A, Pühler A, Bartosik D.(2014) Architecture and functions of a multipartite genome of the methylotrophic bacterium Paracoccus aminophilus JCM 7686, containing primary and secondary chromids. BMC Genomics. 15:124 Drozdz M, Piekarowicz A, Bujnicki JM, Radlinska M. (2012) Novel nonspecific DNA adenine methyltransferases. Nucleic Acids Research, 40:2119

16 Zajęcia dydaktyczne Biologia Molekularna (wykład i ćwiczenia) - przedmiot obowiązkowy dla III r. kierunku Biotechnologia Wyspecjalizowane zajęcia fakultatywne: Wirusologia Molekularna (wykład i ćwiczenia) Wykłady monograficzne: Wirusologia Molekularna Wirusologia Lekarska Zastosowanie wirusów w inżynierii genetycznej Pracownie: licencjacka, specjalizacyjna i magisterska Seminaria

17 Więcej informacji na stronie