PROGRAM NAUCZANIA PRZEDMIOTU FAKULTATYWNEGO NA WYDZIALE LEKARSKIM I ROK AKADEMICKI 2014/2015 PRZEWODNIK DYDAKTYCZNY

Transkrypt

1 PROGRAM NAUCZANIA PRZEDMIOTU FAKULTATYWNEGO NA WYDZIALE LEKARSKIM I ROK AKADEMICKI 2014/2015 PRZEWODNIK DYDAKTYCZNY 1. NAZWA PRZEDMIOTU : ANALIZA I PRZETWARZANIE OBRAZÓW MEDYCZNYCH 2. NAZWA JEDNOSTKI (jednostek ) realizującej przedmiot: Zakład Bioinformatyki i Biologii Obliczeniowej Katedry Patomorfologii Klinicznej 3. Adres jednostki odpowiedzialnej za dydaktykę: Adres: u.l Dąbrowskiego 79, Poznań Tel. /Fax Strona WWW elka@ump.edu.pl 4. Kierownik jednostki: Prof. dr hab. Elżbieta Kaczmarek 5. Osoba odpowiedzialna za dydaktykę na Wydziale Lekarskim I (koordynator przedmiotu) : Nazwisko Prof. dr hab. Elżbieta Kaczmarek Tel. kontaktowy: Możliwość kontaktu (dni, godz., miejsce) piątki, 9:30 10:30, Collegium Wrzoska, pokój elka@ump.edu.pl Osoba zastępująca mgr Agnieszka Seraszek-Jaros Kontakt Collegium Wrzoska, pokój 911, agnetpa@gmail.com

2 6. Miejsce przedmiotu w programie studiów: Rok: III lub IV Semestr: zimowy/letni 7. Liczba godzin ogółem : 15 liczba pkt.ects: 1 Jednostki uczestniczące w nauczaniu przedmiotu Semestr zimowy/letni liczba godzin W Ć Ćwiczenia kategoria S Zakład Bioinformatyki i Biologii Obliczeniowej 15 B Razem: Cel nauczania przedmiotu Technologie informatyczne pozyskiwania i przetwarzania informacji z obrazów medycznych (w tym mikroskopowych i radiologicznych), analiza morfometryczna. obrazów. Przetwarzanie komputerowych baz danych obrazowych. Efekt kształcenia umiejętności i kompetencje: Student potrafi wykorzystać i przetwarzać informacje, stosując technologie informatyczne i korzystając z nowoczesnych źródeł wiedzy medycznej. Student potrafi krytycznie analizować piśmiennictwo (w tym piśmiennictwo w języku angielskim) i wyciągać wnioski. 9. SYLABUS Podstawy komputerowej analizy obrazów medycznych oparte na aktualnych standardach aparatury specjalistycznej. 1. Filtry cyfrowe: wygładzające, wyostrzające, wykrywające krawędzie struktur, usuwające zakłócenia (szumy) oraz filtry morfologiczne ich definicje i aplikacje. 2. Wyodrębnianie struktur z obrazów cyfrowych na podstawie podstawowych technik segmentacji: progowania, działów wodnych. 3. Podstawowe parametry geometryczne struktur oraz metody ich pomiaru: powierzchnia, obwód, objętość, współczynnik kształtu, średnice Feret a i ich przydatność do klasyfikacji struktur. 4. Praktyczne ćwiczenia z analizy wybranych obrazów medycznych przy pomocy programu ImageJ (

3 10.Tematyka poszczególnych wykładów, ćwiczeń i seminariów Wykłady - Semestr zimowy Wykład 1. Wykład 2. Wykład 3. Wykład 4. Tematyka wykładów Wykład 1. Wykład 2. Wykład 3. Wykład 4. Wykłady - Semestr letni Tematyka wykładów Ćwiczenie 1. Ćwiczenie 2. Ćwiczenie 3. Ćwiczenia - Semestr zimowy / letni Tematyka ćwiczeń Definicja obrazu cyfrowego i jego podstawowe parametry: wielkość, rozdzielczość, przestrzeń barw. Podstawowe techniki korekty jakości obrazów. Wstęp do obsługi programu ImageJ ( Wyodrębnianie struktur z obrazów cyfrowych na podstawie podstawowych technik segmentacji: progowania, działów wodnych. Praktyczne przykłady w programie ImageJ. Podstawowe parametry geometryczne struktur oraz metody ich pomiaru: powierzchnia, obwód, objętość, współczynnik kształtu, średnice Feret a i ich przydatność do klasyfikacji struktur. Osoba odpowiedzialna

4 Praktyczne przykłady w programie ImageJ. Ćwiczenie 4. Ćwiczenie 5. Praktyczne ćwiczenia z analizy ilościowej wybranych przykładów obrazów medycznych przy pomocy programu ImageJ Prezentacje projektów przygotowanych przez studentów. Seminarium 1. Seminarium 2. Seminarium 3. Seminaria - Semestr zimowy Tematyka seminariów Seminarium 1. Seminarium 2. Seminarium 3. Seminaria - Semestr letni Tematyka seminariów 11. Organizacja zajęć: Aktualny podział grupy studenckiej na stronie internetowej jednostki : REGULAMIN ZAJĘĆ: Zajęcia odbywają się w semestrze zimowym lub letnim. Harmonogram zajęć podany jest w programie APAP, w którym należy dokonać zapisu na zajęcia zaplanowane w określonych terminach. Obecność na wszystkich zajęciach i czynny w nich udział jest warunkiem uzyskania zaliczenia. W przypadku nieobecności, student zobowiązany jest do odrobienia zajęć w terminie ustalonym indywidualnie z prowadzącym zajęcia.

5 PROGRAM ZAJĘĆ: Akwizycja i archiwizacja obrazów medycznych. Kontrola jakości obrazów i podstawowe metody poprawy ich jakości: korekta jasności i kontrastu, usuwanie szumu i artefaktów poprzez filtry cyfrowe. Wyodrębnianie struktur i ich ocena morfometryczna. Podstawy tworzenia obrazowych baz danych. Analiza przykładowych baz danych obrazowych. PROGRAM NAUCZANIA Wymagania wstępne Przygotowanie do zajęć: opracowanie założeń krótkiego projektu analizy wybranych obrazów morfologicznych lub radiologicznych Wymagania końcowe: opracowanie i prezentacja krótkiego projektu dla wybranego materiału 12.Kryteria zaliczenia przedmiotu: zaliczenie, egzamin teoretyczny i praktyczny Egzamin teoretyczny kryterium zaliczenia: forma egzaminu ( ustny, pisemny, testowy) Egzamin praktyczny kryterium zaliczenia: Zaliczenie kryterium zaliczenia Poprawne rozwiązanie praktycznego zadania przy komputerze oraz prezentacja sposobu jego rozwiązania 13Literatura: Zalecana literatura: 1. Zieliński K. W., Strzelecki M. Komputerowa analiza obrazu biomedycznego. WN PWN, Warszawa - Łódź Tadeusiewicz R., Korohoda W.: Komputerowa analiza i przetwarzanie obrazów. Wydawnictwo Fundacji Postępu Telekomunikacji. Kraków 1997 ( 3. Bankman I. Handbook of Medical Imaging. Processing and Analysis. Academic Press, San Diego, London Burger W.,. Burge M.J.: Digital Image Processing. An Algorithmic Introduction using Java. Springer, Berlin, 2008.

6 14Studenckie koło naukowe Opiekun koła Tematyka Miejsce spotkań 15. Podpis osoby odpowiedzialnej za nauczanie przedmiotu lub koordynatora 16. Podpisy osób współodpowiedzialnych za nauczanie przedmiotu ( w przypadku przedmiotów koordynowanych)