Genetyka populacyjna. Wiesław Babik tel pokój konsultacje czwartek 15 16
|
|
- Teodor Nowakowski
- 7 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Genetyka populacyjna Wiesław Babik tel pokój...5 konsultacje czwartek 5 6
2 Informacje slajdy z wykładów i inne pliki do ściągnięcia ze strony kursu: 5 wykładów 3 x 45 min egzamin test wyboru 0 pytań, 50% + poprawnych odpowiedzi, może być przed sesją w terminie wykładu; pytań prostych, 9 trudniejszych warunkiem przystąpienia do egzaminu jest zaliczenie konwersatorium
3 Informacje - konwersatoria 5 konwersatoriów 3 x 45 min, zaczynają się po zakończeniu wykładów, prawdopodobnie listopada na początku każdych zajęć test wyboru, 5 pytań = max 5 p., 0min., kto się spóźni traci czas/punkty na każdych zajęciach można zdobyć max. 3 p. za aktywność łącznie na każdych zajęciach można zdobyć max. 8 p. łącznie na wszystkich zajęciach można zdobyć 40 p. test zaliczeniowy test wyboru 30 pytań = max. 30 p. łącznie (zajęcia + test końcowy) można zdobyć 70 p. zaliczenie od 30 p., nie na ocenę nie ma poprawiania testów końcowych ani testu zaliczeniowego
4 Podręczniki
5 Podręczniki po polsku
6 Genetyka populacji bada zachowanie genów i determinowanych genetycznie cech w populacjach organizmów mechanizmy zmieniające skład genetyczny populacji mutacje rekombinacja dobór naturalny migracje przypadek modele upraszczają rzeczywistość i pozwalają na ilościowe przewidywania zmian genetycznych w populacjach zrozumienie jak różne procesy wpływają na zmiany ewolucyjne
7 Zastosowania u człowieka doradztwo genetyczne dla rodzin identyfikacja genów odpowiedzialnych za choroby o złożonym podłożu (nowotwory, cukrzyca, schizofrenia...) identyfikacja patogenów oraz ich dróg transmisji interpretacja statystyczna materiału dowodowego w sądownictwie identyfikacja sprawców przestępstw identyfikacja szczątków ofiar przypadki spornego rodzicielstwa rekonstrukcja historii człowieka jako gatunku, np. migracje między populacjami ludzkimi
8 Zastosowania zrozumienie procesu ewolucji organizmów, genów i genomów doskonalenie zwierząt i roślin udomowionych szybka ocena bioróżnorodności programy hodowlane dla gatunków zagrożonych zachowanie maksimum zmienności genetycznej wymierających gatunków rekonstrukcja pokrewieństw między organizmami na wszystkich poziomach taksonomicznych
9 Powstanie i wczesny rozwój powstała w latach 0 i 30tych XX w.: Fisher, Haldane i Wright pozwoliła na syntezę teorii ewolucji Darwina i genetyki Mendla
10 Pojęcia locus miejsce na chromosomie gdzie znajduje się określony fragment DNA, np. dany gen, często używany zamiennie z gen allel (wariant) forma genu rozróżnialna od innych form tego samego genu, czasem używane też na określenie kopii genu wynika z kontekstu w populacji może występować wiele różnych alleli w danym locus diploidalny osobnik ma maksymalnie dwa różne allele kopia genu termin używany przy liczeniu genów, nie interesuje nas czy kopie genów są takie same czy różne, diploidany osobnik ma dwie kopie każdego genu autosomalnego w populacji N diploidalnych osobników jest N kopii każdego genu autosomalnego fenotyp właściwość organizmu lub ich grupy kolor oczu, włosów, grupa krwi genotyp typ genetyczny w jednym lub więcej genów w locus A osobnik może być homozygotą AA lub heterozygotą AA
11 Gen (locus) i allel miejsce na chromosomie które zajmuje dany gen to locus forma (wariant) genu która znajduje się w danym locus na konkretnym chromosomie to allel w każdym locus dostajemy jeden allel (kopię genu) od każdego z rodziców Allel A wyjątki to mitochondrialny DNA i chromosomy płci te allele (kopie genu) mogą być takie same (homozygota) lub różne (heterozygota) skład alleli w danym locus to genotyp Gen (locus) na grupę krwi ABO Allel B chromosomy homologiczne heterozygota AB grupa krwi AB
12 Proste cechy fenotypowe Dziedziczenie mendlowskie & dyskretne stany cech => cechę może warunkować jeden gen Interpretacja zmienności fenotypowej jest wątpliwa
13 Cechy ilościowe większość obserwowanych właściwości organizmów rozkład zmienności ciągły i zbliżony do normalnego wielkość miotu masa ciała (g) wielkości cech częściowo dziedziczne, a częściowo kształtowane przez środowisko => komponent genetyczny i środowiskowy zmienności Frankham i in. 00
14 Cechy ilościowe rozkład cechy warunkowanej genetycznie będzie ciągły gdy: wiele alleli w genie cechę warunkuje wiele genów na wielkość cechy wpływa środowisko a b c d e f g
15 Cechy ilościowe rozkład cechy warunkowanej genetycznie będzie ciągły gdy: wiele alleli w genie cechę warunkuje wiele genów na wielkość cechy wpływa środowisko geny dużych i małych efektów specjalny aparat matematyczny i pojęciowy: odziedziczalność (h ), wariancja fenotypowa (V P ), wariancja genetyczna (V G ), korelacja rodzice potomstwo... osobny wykład
16 Allozymy alleliczne formy białek, prosta interpretacja genetyczna ekstrakt z tkanki rozdziela się w żelu w polu elektrycznym stosuje się barwienie specyficzne dla danego białka allele o różnej sekwencji aminokwasów mogą migrować w żelu z różną prędkością różnice w ładunku elektrycznym fot. M. Ratkiewicz
17 Allozymy można badać u wszystkich organizmów zazwyczaj bada się 0 30 białek, u człowieka ponad 70, głównie rozpuszczalne enzymy P proporcja loci polimorficznych (min. allele) wśród wszystkich badanych kryterium polimorfizmu (0.95, 0.99) 0 loci, z nich 3 zmienne P = 3/0 = 0.3 H średnia heterozygotyczność proporcja loci, które są heterozygotyczne u osobnika uśredniona dla całej populacji 0 loci w tym 3 zmienne z proporcjami heterozygot: 0.4, 0., 0., reszta 0.0, H = ( )/0 = 0.07
18 Allozymy wykazują zmienność u większości gatunków w pewnym stopniu poziom zmienności jest powiązany z wielkością populacji u człowieka zbadano 7 loci P = 0.8, H = duże zróżnicowanie między grupami i gatunkami w grupach
19 Allozymy w populacjach znaczne zasoby zmienności badania allozymów wykrywają jedynie część zmienności (ok. /3 podstawień aminokwasów w białkach, przede wszystkim te zmieniające ładunek) allozymy mogą stanowić nielosową próbę genów trudności praktyczne w badaniach wymagania świeżej tkanki, destrukcyjne pobieranie prób potrzeba charakterystyki zmienności genetycznej na poziomie DNA
20 Zmienność na poziomie DNA zmienność na poziomie DNA to JEST zmienność genetyczna wiele technik badania, tylko niektóre szerzej stosowane analiza zmienności mikrosatelitów sekwencjonowanie DNA i analiza polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) technika PCR (reakcja łańcuchowa polimerazy) pozwala uzyskać dużą ilość określonego fragmentu DNA z minimalnej ilości materiału, amplifikacja ~ x Frankham i in. 00
21 Mikrosatelity Krótkie sekwencje powtarzalne (motyw powtarzalny 5 nukleotydów) rozrzucone po genomie Liczne u eukariotów (u człowieka > milion loci) Doskonałe markery genetyczne gdyż wykazują zazwyczaj wysoką zmienność wiele alleli w populacji Allele różnią się liczbą powtórzeń a więc i długością, potrafimy je rozróżniać Namnażane techniką PCR, locus identyfikujemy przez unikatowe sekwencje flankujące (adres) powtórzenie AT wiele takich miejsc w genomie TCATGTACGTTGATATATATATATATATGTCCTGATGTTA unikatowe sekwencje flankujące
22 Mikrosatelity kodominujące, prosty sposób dziedziczenia wysoka zmienność nawet kilkaset alleli na locus w populacji, zazwyczaj kilkanaście, kilkadziesiąt, na podstawie kilku kilkunastu loci możliwa identyfikacja osobników z praktycznie 00% pewnością łatwa automatyzacja można namnażać kilka kilkanaście loci w reakcji multiplex łatwy sposób wyznaczania pokrewieństwa między osobnikami dużo narzędzi do opracowywania i analizy statystycznej
23 Zmienność sekwencji DNA sekwencjonowanie daje dostęp do dowolnej części genomu analizując zmienność DNA w populacji porównujemy między osobnikami te same (homologiczne) pozycje nukleotydowe wyrównanie (alignment) sekwencji dobre wyrównanie sekw. homologiczne pozycja nukleotydowa złe wyrównanie sekw. homologiczne sekwencje niehomologiczne
24 Zmienność sekwencji DNA - przykład Kreitman (983): sekwencja ok. 400 par zasad (pz, bp) kopii genu dehydrogenazy alkoholowej (Adh) u Drosophila melanogaster Frankham i in. 00 liczba miejsc zmiennych czyli polimorficznych (S) = 43 (.8%) kopii genów, ale 9 różnych alleli więcej zmienności w intronach tylko jedna różnica aminokwasowa dwa allele odróżnialne techniką elektroforezy allozymów => tylko jedno podstawienie niesynonimowe, 3 podstawień synonimowych w egzonach
25 Zmienność sekwencji DNA - przykład Różnorodność nukleotydów () proporcja pozycji nukleotydowych różniących się między parą sekwencji losowo wybranych z populacji czyli średnia dla wszystkich możliwych porównań; heterozygotyczność na poziomie nukleotydów i j n i ji ij proporcja różnych pozycji nukleotydowych w porównaniu i z j Proporcja miejsc zmiennych p S S p S N S liczba miejsc zmiennych N długość sekwencji n n n ij n ij 0,3 3 0,59 0, , 9, 0 4 0,67 0,63 0,5 5 0,80 0,84 0,55 0,46 6 0,80 0,67 0,38 0,46 0,59 7 0,84 0,7 0,50 0,59 0,63 0, 8, 9, 0,3,0 0,88 0,97 0,59 0,59 0,38,,8 0,97,05 0,84 0,67 0,46 0,4 = = 0.65% p S = 0.08 =.8%
26 Zakres zmienności DNA porównuje się zmienność która wydaje się nie mieć wyraźnego znaczenia funkcjonalnego zmienność synonimowa ( cicha ) nie wywołująca zmian sekwencji aminokwasów Frankham i in. 00 szeroki zakres zmienności mniejsze organizmy, o większych populacjach mają więcej zmienności DNA
27 Polimorfizm Pojedynczych Nukleotydów (Punktowy) SNP ang. Single Nucleotide Polymorphism Pozycje w genomie, które są polimorficzne w danej pozycji w populacji może występować jeden z dwu (bardzo rzadko trzech lub czterech) nukleotydów => SNP ma zazwyczaj dwa warianty (allele) locus bialleliczny SNP identyfikuje się przez sekwencjonowanie genomów lub ich fragmentów u wielu osobników Gdy już zidentyfikujemy SNP istnieją wydajne metody genotypowania
28 Polimorfizm Pojedynczych Nukleotydów (Punktowy) SNP ang. Single Nucleotide Polymorphism W genomie człowieka odpowiadają za >90% obserwowanej zmienności sekwencji (liczba zmian), ok. 7 0 mln SNP z częstością rzadszego allelu (MAF) > 5% Każdy(a) z nas ma ok. 3. mln SNP, z których większość występuje też u innych ludzi Mogą występować w rejonach kodujących i nie kodujących Wiele z nich nie ma wpływu na zdrowie ludzi, ale Istnieją SNP, które decydują o wystąpieniu pewnych chorób czy predyspozycji Wiele metod badawczych w tym mikromacierze pozwalające na jednorazowe genotypowanie nawet milionów SNP
29 Zmienność i transmisja różnych części genomu człowieka Właściwość Autosomach Chromosomie X Geny na Chromosomie Y mtdna Zmienność wysoka średnia niska bardzo wysoka Dryf genetyczny słaby słaby silny silny Efektywna wielkość N e 3N e /4 N e /4 N e /4 populacji Tempo mutacji niskie niskie średnie bardzo wysokie Rekombinacja (cm/mb) Przepływ genów 50% 33% 00% 0% Przepływ genów 50% 67% 0% 00%
30 Pojęcia częstość genotypu proporcja danego genotypu wśród badanych osobników (w badanej populacji) dwa allele A i A, gatunek diploidalny, gen autosomalny P = N AA /N, H = N AA /N, R = N AA /N częstość allelu proporcja danego allelu wśród wszystkich badanych kopii genów dwa allele A i A, gatunek diploidalny, gen autosomalny częstość homozygot plus połowa częstości heterozygot (mają tylko jeden allel): p = P + / H, q = Q + /H, q = p liczba alleli (kopii genu) danego typu podzielona przez całkowitą liczbę alleli (kopii genu) w populacji p =N A /N, q = N A /N
31 Prawo Hardy ego-weinberga założenia organizm diploidany rozmnażanie płciowe niezachodzące na siebie pokolenia identyczne częstości alleli u obu płci lub gatunek hermafrodytyczny kojarzenie losowe bardzo duża (w teorii: nieskończona) populacja brak mutacji brak migracji na rozpatrywany locus nie działa dobór naturalny locus autosomalny, dwa allele A i A o częstościach p i q częstości genotypów wynoszą: P(AA) = p H(AA)= pq Q(AA) = q i nie zmieniają się z pokolenia na pokolenie
32 Prawo Hardy ego-weinberga Losowe łączenie się gamet częstości różnych genotypów (kombinacji gamet) zależą tylko od częstości gamet gamety męskie allel A A częstość p q allel częstość gamety żeńskie A p AA p AA pq A q AA qp AA q Częstości genotypów w zygotach: P (AA) = p H (AA)= pq + qp = pq Q (AA) = q
33 Prawo Hardy ego-weinberga (H-W) Losowe kojarzenie się osobników częstości genotypów samic częstości genotypów samców AA(P) AA(H) AA(Q) AA(P) P PH PQ AA(H) PH H HQ AA(Q) PQ HQ Q Potomstwo Kojarzenie częstość AA AA AA AA x AA P P AA x AA PH PH PH AA x AA PQ PQ AA x AA H /4H /H /4H AA x AA HQ HQ HQ AA x AA Q Q Razem (P + /H) = p (P + /H)(Q + /H) = pq (Q + /H) = q
34 Prawo Hardy ego-weiberga zależność częstości genotypów od częstości alleli Najwięcej heterozygot w populacji gdy częstości alleli jednakowe Rzadki allel występuje prawie wyłącznie w heterozygotach przy losowym kojarzeniu równowaga osiągana jest w czasie jednego pokolenia
35 3 allele gamety Prawo Hardy ego-weinberga A p A q p gamety q r p pq pr qp q qr Częstości genotypów AA AA AA AA3 AA3 A3A3 p pq q pr qr r A3 r rp rq r n alleli: n(n + )/ możliwych genotypów, z tego n typów homozygot i n(n )/ typów heterozygot P ij = p i p j, P ii = p i n H E heterozygotyczność oczekiwana H E p i i dla locus nazywana też różnorodnością genów można ją stosować do genomów o dowolnej ploidalności, np. mtdna
36 Częstość nosicieli gdy allel szkodliwy, powodujący chorobę lub śmierć homozygot jest recesywny to częstość nosicieli będzie o wiele większa niż częstość chorych locus z dwoma allelami A i a, homozygoty aa chore lub umierają, częstości genotypów w zygotach: AA p, Aa pq częstość nosicieli to proporcja heterozygot wśród osobników z normalnym fenotypem (genotypy AA i Aa) f nosicieli f AA f Aa f Aa p pq pq q q p q gdy allel jest rzadki, będzie występował prawie wyłącznie w heterozygotach
37 Chondrodystrofia u kondora kalifornijskiego homozygoty dw/dw (karłowate) mają skrócone kości długie i giną w okolicach wylęgu heterozygoty +/dw i homozygoty +/+ są normalne normalnych kondorów (proporcje mierzone podczas wylęgu) jest 97.04%, karłowatych.96% => częstość homozygot dw/dw = częstość allelu dw przy założeniu proporcji genotypów podczas wylęgu zgodnych z prawem Hardy ego Weinberga: częstość nosicieli f nosicieli q q x więcej niż chorych
38 Przyczyny odchyleń od H-W nielosowe kojarzenia kojarzenie w pokrewieństwie (wsobność) podział populacji na subpopulacje = struktura genetyczna populacji błędne genotypowanie, np. występowanie alleli zerowych Te czynniki mogą powodować drastyczne odchylenia częstości genotypów od oczekiwań z prawa Hardy ego Weinberga dobór naturalny migracje mutacje zachodzące na siebie pokolenia Odchylenia powodowane przez te czynniki będą umiarkowane jeżeli występuje losowe kojarzenie, bo w każdym pokoleniu przywraca ono częstości genotypów oczekiwane z prawa Hardy ego Weinberga
39 Allele zerowe w mikrosatelitach allel starter ACTGTGCACCTGATCTG(AT) 0 GTCTGTACTGATCCTA TGACACGTGGACTAGAC CAGACATGACTAGGAT ACTGTGCACCTGATCTG(AT) 7 GTCTGTACTGATCCTA TGACACGTGGACTAGAC CAGACATGACTAGGAT ACTGTGCACCTGATCTG(AT) GTCTGTACTGATCCTA TGACACGTGGACTAGAC CAGACATGACTAGGAT ACTGTGCACCTGATCTC(AT) GTCTGTACTGATCCTA! CAGACATGACTAGGAT TGACACGTGGACTAGAC zerowy brak amplifikacji ACTGTGCACCTGATCTG(AT) 5 GTCTGTACTGATCCTA TGACACGTGGACTAGAC CAGACATGACTAGGAT ACTGTGCACCTGATCTG(AT) 0 GTCTGTACTGATCCTA TGACACGTGGACTAGAC CAGACATGACTAGGAT
40 Prawo Hardy ego-weinberga nierówne częstości alleli w płciach: locus autosomalny wszystkie samice AA > p f =, p m = 0 wszystkie samce AA > q m =, q f = 0 całe potomstwo będzie heterozygotyczne, ale częstości alleli u samic i samców będą jednakowe w kolejnym pokoleniu częstości genotypów będą zgodne z oczekiwaniami H W równowaga osiągnięta w ciągu pokoleń Locus na chromosomie X, allele A i A, trzy genotypy u samic, tylko dwa u samców, częstości alleli mogą się różnić między płciami, / 3 chromosomów X jest u samic, / 3 u samców p f = P f + ½H f q f = Q f + ½H f p m = P m q m = Q m q = / 3 q f + / 3 q m
41 Prawo Hardy ego-weinberga locus na X Potomstwo samice Potomstwo samce Kojarzenie częstość AA AA AA A A AA x A P f P m P f P m P f P m AA x A P f Q m P f Qm P f Qm AA x A H f P m /H f P m /H f P m /H f P m /H f P m AA x A H f Q m /H f Q m /H f Q m /H f Q m /H f Q m AA x A Q f P m Q f P m Q f P m AA x A Q f Q m Q f Q m Q f Q m Razem p f p m p f q m +p m q f q f q m p f q f q f = Q f + /H f = q f q m + ½(p f q m + p m q f ) = ½q f (p m + q m ) + ½q m (p f + q f ) = = ½ (q f + q m ) q m =q f
42 Prawo Hardy ego-weinberga locus na X częstość allelu u samic jest równa średniej z częstości u obu płci w poprzednim pokoleniu częstość allelu u samców jest równa częstości u samic w poprzednim pokoleniu gdy płcie różnią się częstościami alleli ich wyrównanie zajmuje kilka pokoleń gdy nie wiemy że locus leży na chromosomie płci zaobserwujemy pozorny niedobór heterozygot podobnie zachowują się wszystkie geny u organizmów haplodiploidalnych jak błonkówki
43 (Nie)równowaga sprzężeń Dwa geny autosomalne: A i B, każdy z dwoma allelami: A, A oraz B, B, możliwe 4 typy gamet: Gameta Częstość Allel Częstość AB x A p = x + x AB x A p = x + x AB x B q = x + x AB x B q = x + x Jeżeli allele obu genów są przekazywane losowo, niezależnie od siebie, to częstości gamet będą wynosiły: x = p q x =p q x = p q x = p q wtedy znając częstości alleli w obu loci możemy określić częstości gamet
44 (Nie)równowaga sprzężeń A B A B gamety niezrekombinowane tylko konwencja bo etykiety alleli można zamienić!!! A B A B gamety zrekombinowane Odchylenie od losowości nazywamy nierównowagą sprzężeń (nierównowagą gametyczną), częstości gamet możemy zapisać: x = p q + D x = p q + D x = p q D x = p q D
45 (Nie)równowaga sprzężeń częstości niezrekombinowanych gamet D = x p q, p = x + x, q = x + x, a więc D = x ( x x x ) x x = x x x x częstości zrekombinowanych gamet D max = 0.5, gdy nie ma gamet zrekombinowanych a niezrekombinowane mają równe częstości 0.5 D min = 0.5, gdy nie ma gamet niezrekombinowanych a zrekombinowane mają równe częstości po 0.5 D 0, niektóre kombinacje alleli występują w gametach częściej niż wynikałoby to z przypadku, inne rzadziej więcej o nierównowadze sprzężeń na konwersatorium i ostatnim wykładzie
46 Dryf genetyczny - eksperyment bw 75 /bw 75 bw/bw 75 bw/bw pokolenie zero: 07 populacji D. melanogaster w każdej 8 i 8 bw/bw 75 kolejne pokolenia: 8 i 8 losowo wybieranych z poprzedniego pokolenia jak zmieniają się częstości alleli? 0 p o k o l e n i a 9 Buri 956
47 Model populacji Wrighta-Fishera N diploidalnych hermafrodytycznych osobników => skończona wielkość! N nie zmienia się z pokolenia na pokolenie niezachodzące pokolenia każdy osobnik produkuje bardzo dużo gamet => pula gamet efektywnie nieskończona nowe pokolenie powstaje przez losowe łączenie się w pary N gamet z puli każdy osobnik przekazuje średnio gamety do następnego pokolenia, wariancja też rozkład Poissona, może przekazać 0,,, 3 gamet brak doboru, mutacji, migracji => prawdopodobieństwo przejścia allelu do pokolenia t + zależy tylko od jego częstości w pokoleniu t => brak pamięci, proces Markova Frankham i in. 00
48 Dryf genetyczny jako błąd próby populacja wielkości N, allele A i A z częstościami p i q prawdopodobieństwo że w następnym pokoleniu będzie dokładnie j kopii allelu A otrzymujemy z rozkładu dwumianowego: P j alleli A N j N j gdy N = 9 (N = 8) i p = 0.5, to P t+ {j=0}=3.8 x 0 6, ale P t+ {j = 9} = 0.8 p j q populacja polimorficzna może przejść z dowolnego stanu do dowolnego innego, lecz niewielkie zmiany są bardziej prawdopodobne gdy jeden z alleli się utrwali zmiany nie będą możliwe j! N! N j! p j q N j
49 Dryf genetyczny zmiany częstości alleli będą większe w mniejszych populacjach prawdopodobieństwo utrwalenia się allelu jest równe jego aktualnej częstości => kumulatywne działanie dryfu n populacji z początkową częstością allelu A = p => allel A utrwali się w np populacjach Futuyma 008
50 Dryf powoduje różnicowanie populacji Różnicowanie Podział populacji Eksperyment Teoria Frankham i in. 00
51 Dryf genetyczny i dyfuzja matematyczny opis dryfu opiera się na modelach dyfuzji cząsteczek gazu analizujemy dużą liczbę populacji, których częstości alleli zmieniają się analogicznie do zmiany położenia cząsteczek gazu w przestrzeni średni czas utrwalenia allelu średni czas utraty allelu p t ( p) 4N ln p p p t0p 4N lnp p t ( p) pt( p) ( p) t0( p) średni czas zachowania polimorfizmu dla nowopowstałego allelu (p = /(N)): śr. czas utrwalenia = 4N pokoleń, a prawdopodobieństwo utrwalenia tylko /(N)) śr. czas utraty ln(n) a prawdopodobieństwo utraty aż /(N) ln e x x e x x
52 Dryf i spadek heterozygotyczności identyczność przez pochodzenie (identity by descent, IBD) dwie kopie genów wywodzą się z jednej (fizycznie, przez replikację DNA) kopii genu w poprzednim (lub dawniejszym możemy zdefiniować arbitralnie) pokoleniu identyczność stanu (identity by state, IBS) dwie kopie genów reprezentują ten sam allel (np. A) zakładamy że brak mutacji, migracji i doboru G prawdopodobieństwo że dwa losowo wybrane z populacji allele są IBS ~ homozygotyczność w kolejnym pokoleniu IBS może wystąpić na dwa sposoby t t + t t + G G G prawdopodobieństwo N prawdopodobieństwo N
53 Dryf i spadek heterozygotyczności N t t t e H N H H N H N H H N H H H N N H H H N H H H H N H N N G H G H G N N G ' ' ' ' spadek heterozygotyczności jest geometryczny tempo spadku heterozygotyczności odwrotnie proporcjonalne do wielkości populacji x x e
54 Dryf i spadek heterozygotyczności Ile czasu trzeba żeby heterozygotyczność w populacji spadła o połowę? H 0 H 0 N t / t ln e x / ln ln N ln t/ N ln.39n ln N N=00 t / = 39 pokoleń N = t / = pokoleń bardzo dużo x e x x Frankham i in. 00
55 Dryf genetyczny prowadzi do utraty zmienności w populacjach, w tempie odwrotnie proporcjonalnym do ich wielkości nawet w największych populacjach dryf determinuje los większości nowopowstałych alleli bo na początku są one rzadkie powoduje różnicowanie się częstości alleli między populacjami odstępstwa od prawa H W generowane przez dryf są rzędu /(N) na pokolenie i są usuwane przez losowe kojarzenie sam dryf nie powoduje znaczących odchyleń od H W przy występowaniu losowego kojarzenia, choć zmienia częstości alleli w populacji
56 Spadek heterozygotyczności eksperyment z dryfem u D. melanogaster wielkość każdej populacji N = 6 osobników heterozygotyczność uśredniona dla wszystkich populacji oczekiwanie dla N=6 oczekiwanie dla N = 9 spadek szybszy niż oczekiwany! Buri 956
57 Efektywna wielkość populacji w populacjach spadek zmienności jest szybszy a wahania częstości alleli większe niż by to wynikało z ich wielkości => populacje naturalne nie spełniają założeń idealnych populacji Wrighta Fishera teoria będzie nadal obowiązywać gdy wielkość populacji (N) zastąpimy efektywną wielkością populacji (Ne) Ne to taka wielkość idealnej populacji, w której dryf działa z taką samą siłą jak w populacji badanej; Ne można definiować w oparciu o: zmianę prawdopodobieństwa identyczności przez pochodzenie (IBD) inbreeding Ne zmianę wariancji częstości alleli variance Ne tempo spadku heterozygotyczności eigenvalue Ne zazwyczaj (nie zawsze) wszystkie podejścia dają zbliżone wyniki
58 Czynniki wpływające na N e zmiany wielkości populacji średnia harmoniczna wielkości populacji w kolejnych pokoleniach średnia harmoniczna mniejsza od średniej arytmetycznej Dla liczebności w kolejnych pokoleniach: 000, 700, 00, 5, 00 średnia arytmetyczna to 403 a Ne (średnia harmoniczna to 59) t t N H H 0 i i e t e t i i t i i t t N t N N N N N N N N H H b a ab x e e x x x ln ln ln ln
59 Efekt założyciela i wąskie gardła efekt założyciela nowa populacja zakładana przez kilku migrantów wąskie gardło populacyjne (bottleneck) drastyczny spadek liczebności populacji oba zjawiska powodują spadek zmienności genetycznej, bo drastycznie obniżają efektywną wielkość populacji również spadek potencjału ewolucyjnego Frankham i in. 00
60 Stopień spadku zmienności zależy od: stopnia redukcji liczebności czasu trwania redukcji liczebności ewentualnej imigracji osobników Żubr mimo że odtworzono go jedynie z (7) założycieli zachowała się znacząca zmienność mikrosatelitów i MHC, wąskie gardło trwało tylko jedno pokolenie
61 Czynniki wpływające na Ne nierówny stosunek płci zróżnicowanie liczby potomstwa w idealnej populacji Wrighta Fishera średnia liczba gamet na osobnika przechodzących do następnego pokolenia wynosi i jest równa wariancji (rozkład Poissona) gdy wariancja jest większa od średniej Ne spada m f f m e m f e N N N N N N N N k e V N N
62 Ne w różnych częściach genomu, Ne/N mtdna jest haploidalny i przekazywany tylko po matce N emtdna = ½N e = ¼N e gdy efektywna wielkość populacji dla samców i samic jest taka sama analogicznie N ey = ½N e =/4N e gdy efektywna wielkość populacji dla samców i samic jest taka sama dla genów na chromosomie X N ex = 3 /4N e z metaanalizy danych dla różnych organizmów wynika że prawie zawsze Ne << N, średnio Ne /0N Frankham i in. 00
63 Szacowanie Ne głównie za pomocą markerów molekularnych konwersatorium spadek heterozygotyczności z pokolenia na pokolenie (mikrosatelity, SNP) zmiany częstości alleli w czasie tempo spadku nierównowagi sprzężeń między loci wzrost współczynnika wsobności oceniany z rodowodów spadek różnorodności allelicznej równowaga dryf mutacje na kolejnych wykładach
64 Szacowanie Ne - przykład wombat północny, w ciągu 0 lat jego populacja spadła z >000 do ok. 5 osobników w 98 r i 70 w latach 90tych analiza mikrosatelitów z prób historycznych i współczesnych pozostało 4% historycznej zmienności H t 0 e H Ne ln(0.4) N N e e ln(0.4) t 6.7 t N e e N 0.4 Ne w ciągu ostatnich 0 lat < 7 osobników! Czas pokolenia 0 lat e
65 Wsobność (inbred) wsobność kojarzenie między spokrewnionymi osobnikami u człowieka tabu na kojarzenia krewniacze, kojarzenia między kuzynami samozapłodnienie najbardziej ekstremalna forma inbreedingu identyczność przez pochodzenie (identity by descent, IBD) dwie kopie genów wywodzą się z jednej (fizycznie, przez replikację DNA) współczynnik wsobności F prawdopodobieństwo że dwie kopie genu w danym locus u osobnika są IBD arbitralnie możemy wybrać czas (pokolenie) w przeszłości gdy F = 0 Rodzic pokolenie 0 Dziecko pokolenie
66 Wsobność (inbred) genotyp rodzica to zerujemy F w tym pokoleniu, więc i nie są IBD, nie ma dla nas znaczenia ich stan alleliczny możliwe genotypy dziecka i ich prawdopodobieństwa: ¼ autozygotczny Rodzic pokolenie 0 ¼ ¼ allozygotyczny ¼ autozygotyczny P autozygotyczności = ¼ + ¼ = ½ P allozygotyczności = ¼+ ¼ = ½ F = P autozygotyczności = ½ Dziecko pokolenie genotyp autozygotyczny musi być homozygotyczny, allozygotyczny może być homo lub heterozygotyczny (ignorujemy mutacje i rekombinację) F można definiować jako prawdopodobieństwo lub jako korelacje łączących się gamet, korelacja może być ujemna
67 Wsobność (inbred) populacja zaczyna rozmnażać się przez samozapłodnienie AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA autozygotyczna homozygota allozygotyczna homozygota autozygotyczna homozygota allozygotyczna heterozygota częstości alleli p=/ q =/ oczekiwane częstości genotypów AA AA AA 8/3 6/3 8/3 obserwowane częstości genotypów AA AA AA /3 8/3 /3 niedobór heterozygot
68 Wsobność (inbred) allele (kopie genu) w osobniku mogą być allozygotyczne z prawdopodobieństwem F, albo autozygotyczne z F dla allozygotycznych proporcje genotypów zgodne z oczekiwaniami H W dla autozygotycznych tylko homozygoty ich częstości zgodne z częstościami alleli częstości genotypów przy wsobności: AA: p ( F) + pf = p + pqf AA: pq( F) = pq pqf AA: q ( F) + qf = q + pqf wsobność nie zmienia częstości alleli w populacji lecz zmienia częstości genotypów
69 Wsobność (inbred) w populacjach o skończonej wielkości inbred wzrasta z pokolenia na pokolenie nawet przy losowym kojarzeniu: F=/(N) wpływ inbredu na częstości genotypów usuwany przez losowe kojarzenie, ale populacja staje się coraz bardziej zinbredowana Frankham i in. 00
70 Depresja wsobna Depresja wsobna to spadek przeżywalności, płodności lub tempa wzrostu, obserwowany często w następstwie kojarzeń krewniaczych Zjawisko to jest szczególnie ważne w genetyce konserwatorskiej gdyż poziom wsobności w małych populacjach jest często znaczny, choć kojarzenia mogą być losowe Genetycznie, populacje wsobne mają obniżoną heterozygotyczność (większą homozygotyczność) Dwie konkurencyjne hipotezy: Dominacji: spadek dostosowania wywołany ujawnianiem się rzadkich szkodliwych alleli w stanie homozygotycznym, gatunki o długiej historii wsobności powinny radzić sobie lepiej Naddominacji: sama heterozygotyczność w wielu loci podnosi dostosowanie Wydaje się że dominacja ważniejsza
71 Depresja wsobna Z teorii dominacji wynika oczekiwanie że powinno działać czyszczenie ze szkodliwych mutacji i działa Barton i in 007
72 Depresja wsobna jest powszechna wśród organizmów nie rozmnażających się przez samozapłodnienie ma znaczący komponent stochastyczny zazwyczaj jest silniejsza w warunkach stresowych zazwyczaj jest silniejsza w populacjach dzikich niż w niewoli nie występuje u organizmów haploidalnych i w genach w których brak dominacji lub naddominacji jej skutki w małych populacjach można usunąć wprowadzając osobniki z innych populacji (pod warunkiem że będą się kojarzyć i produkować potomstwo z rezydentami) genetic rescue
73 Depresja wsobna wymieranie populacji w zależności od współczynnika wsobności (F) Genetic rescue Frankham i in. 00
74 D B A Obliczanie F z rodowodów C I Rodowód kojarzenie między kuzynami A B D I C E E musimy prześledzić wszystkie ścieżki od jednego rodzica do drugiego przez wspólnego przodka (przodków) w przykładzie tylko jedna ścieżka: DBACE dla każdej liczymy F I ½(+F A ) F I = ½x ½x ½ (+ F A ) x ½x ½ = (½) 5 ( + F A ) ogólnie F I = (½) i ( + F A ) gdzie i to liczba osobników w ścieżce ½ ½ gdy więcej ścieżek to wykluczają się wzajemnie, bo osobnik może być autozygotyczny tylko przez jedną z nich aby otrzymać F dla osobnika sumujemy F dla różnych ścieżek B D A I C E ½ ½
75 Obliczanie F z rodowodów A B E I G D C A B E I G D C A B E I G D C Rodowód Ścieżka:GDACE GDBCE Udział w F I (½) 5 ( + F A ) (½) 5 ( + F B ) A A i I F F A liczba ścieżek skomplikowane rodowody: algorytmy i programy komputerowe
76 Systemy regularnego inbredu gdy osobniki rozmnażają się wyłącznie przez samozapłodnienie, to w krótkim czasie podział populacji na klony i całkowity zanik heterozygotyczności linie wsobne zwierząt laboratoryjnych kojarzenie bratsiostra przez min. 0 pokoleń Frankham i in. 00
77 Dobór naturalny przeżywanie i reprodukcja zróżnicowane w zależności od posiadanych cech dostosowanie: zdolność do przeżycia i wyprodukowania potomstwa => miara zdolności do przekazania własnych kopii genów (alleli) przyszłym pokoleniom zjawisko statystyczne aby ewolucja na drodze doboru zachodziła, cechy decydujące o dostosowaniu muszą się dziedziczyć dobór działa lokalnie w obrębie genomu na te geny, które odpowiedzialne są za kształtowanie cechy pod działaniem doboru dlatego często można rozpatrywać działanie doboru na pojedynczy gen, w oderwaniu od reszty genomu
78 Obserwacje doboru naturalnego w naturze Ewolucja ryjka pluskwiaka Jadera haematoloma Koelreuteria elegans serconasiennica
79 Obserwacje doboru naturalnego w naturze melanizm przemysłowy u ćmy Biston betularia odporność na myksomatozę/zjadliwość wirusa u królików z Australii Futuyma 008 Frankham i in. 00
80 Efekty doboru sztucznego
81 Adaptacje cechy pozwalające organizmom przystosować się do środowiska i warunków życia jedynym znanym mechanizmem powstawania adaptacji jest dobór naturalny, czyli adaptacje to cechy powstałe pod wpływem doboru naturalnego dobór może wytworzyć niezwykle złożone adaptacje, drogą akumulacji niewielkich zmian, z których każda podnosi dostosowanie adaptacja może zachodzić z istniejącej w populacji zmienności (standing genetic variation szybciej) lub w wyniku pojawiania się mutacji (wolniej)
82 Dostosowanie dobór działa na fenotyp a jedynie pośrednio, przez los fenotypu, na genotyp który go warunkuje bezwzględne mierzy się tempem wzrostu liczebności danego genotypu w analizie doboru znaczenie ma dostosowanie względne (w), mierzone w stosunku do genotypu o najwyższym dostosowaniu dostosowanie średnie to średnia dostosowań wszystkich genotypów ważona przez ich częstości w populacji dobór ma wiele składników, które należy rozważyć badając dostosowanie dostosowanie często mierzy się liczbą potomków dożywających wieku rozmnażania i rozmnażających się
83 Założenia prostych modeli doboru System genetyczny pojedynczy, dwualleliczny locus autosomalny diploidalność osobniki kojarzą się losowo Dobór identyczny u obu płci dobór przejawia się różnicami przeżywalności dla każdego genotypu dobór jest stały w czasie i przestrzeni Inne czynniki niezachodzące na siebie pokolenia brak mutacji nieskończenie duża populacja brak przepływu genów (migracji) brak wsobności
84 Dostosowanie względne Zygoty: AA 00, AA 00, AA 00 Dorosłe osobniki: AA 80, AA 60, AA 50 Przeżywalność (w tym przypadku miara dostosowania): AA 0.8; AA 0.8, AA 0.5 wygodnie jest wystandaryzować te wartości tak, żeby największe dostosowanie wynosiło : w = 0.8/0.8 = w = 0.8/0.8 = w = 0.5/0.8 = 0.65 gdy rozpatrujemy zmiany częstości alleli po wpływem doboru liczy się dostosowanie względne dostosowanie genotypu względem innych genotypów obecnych w populacji
85 Ogólny model doboru ze stałym dostosowaniem Locus z dwoma allelami A i A o częstościach p i q genotyp A A A A A A Razem częstość przed doborem p pq q dostosowanie (względne) w w w udział po dobrze p w pqw q w częstość po doborze p w pqw q w w w w w dostosowanie średnie w p w pqw q w interesują nas zmiany częstości alleli z pokolenia na pokolenie, częstość allelu po doborze wynosi ' p w pqw w pqw q p pw qw w p p w
86 Ogólny model doboru ze stałym dostosowaniem zmiana częstości allelu po jednym pokoleniu pw qw pw pqpw w qw w p p p' p w w Szybkość zmiany częstości allelu zależy od wariancji częstości alleli i różnic w dostosowaniu między genotypami Jak zmienia się średnie dostosowanie wraz ze zmianami częstości alleli? dw dp d dp d dp p pw pw qw pw qw pw qw pw w qw w w p w pw pqw p q w w p w pw pq w dw dp p w p + q = i wzory na pochodne
87 Dobór przeciwko recesywnemu allelowi letalnemu kondor kalifornijski karłowatość chondrodystroficzna, warunkowana recesywnym allelem jednego genu fenotyp norm norm giną genotyp ++ +dw dwdw Razem częstość przed doborem p pq q dostosowanie (względne) 0 udział po dobrze p x pq x q x 0 q częstość po doborze p /( q )pq/( q ) 0.0 q 0 q q q q 0.7 q 0.45 pq q 0 q q q q q q q q q 0.05 q q q q
88 Dobór przeciw homozygotom recesywnym (korzystny allel dominujący, szkodliwy recesywny) genotyp A A A A A A dostosowanie s s współczynnik doboru > 0 w spq p sq spq q sq p 0 0 pq sq p q sq sq Częstość allelu będzie spadać coraz wolniej, gdyż coraz rzadziej będzie występował w homozygotach. Nieskuteczność eugeniki w usuwaniu szkodliwych alleli
89 Dobór przeciwko allelowi częściowo recesywnemu genotyp A A A A A A dostosowanie hs s 0 < h < miara stopnia dominacji h = ½ kodominacja, dostosowanie heterozygot idealnie pośrednie p spq sq p p s = 0.5 spq h q q 0 gdy q pqhs sq s = s = liczba pokoleń
90 Dominacja w zależności od h h = 0 A dominujący, A recesywny h = A recesywny, A dominujący w dominacja (A) 0 < h < częściowa dominacja h = / kodominacja =addytywność w częściowa dominacja (A) naddominacja w addytywność h <0 naddominacja w h > subdominacja, poddominacja
91 Naddominacja (przewaga heterozygot) genotyp A A A A A A dostosowanie s s s i s > 0 s = s symetryczna naddominacja p p 0 pq s s p gdy p sq s q p s s stabilny polimorfizm s p s = s = 0.5 s = s = liczba pokoleń
92 Dobór faworyzujący heterozygoty (równoważący) Allel A normalna hemoglobina Allel S hemoglobina sierpowata, podstawienie zasady w łańcuchu beta hemoglobiny powoduje zmianę jednego aminokwasu Homozygoty SS giną w młodym wieku Hetrozygoty AS cierpią na anemię, lecz wykazują wyższą odporność na malarię niż homozygoty AA > mają najwyższe dostosowanie na obszarach gdzie malaria jest częsta dobrze udokumentowane przykłady doboru faworyzującego heterozygoty są nieliczne Malaria %Hb s Prawdopodobnie inne formy doboru równoważącego decydują o utrzymywaniu zmienności
93 Subdominacja, poddominacja dobór przeciw heterozygotom genotyp A A A A A A dostosowanie + s + s s i s > 0 p pq s p s q s p sq Równowaga nietrwała: s p s s Równowaga trwała: p = 0 lub q = 0 p Przykład: rearanżacje chromosomowe, heterozygoty mają niższą płodność z powodu problemów z mejozą liczba pokoleń ten dobór nie utrzymuje zmienności
94 Zmiana częstości allelu pod działaniem doboru a dominacja gdy częstość allelu recesywnego niska będzie niewidoczny dla doboru, jego częstość będzie się zmieniała powoli niezależnie czy korzystny czy szkodliwy większość alleli recesywnych obniża dostosowanie heterozygot o % dobór intensywniejszy na allel recesywny na chromosomie X bo allel będzie zawsze widoczny dla doboru u samców
95 Równowaga dobór-mutacje Frankham i in. 00
96 Równowaga dobór-mutacje allel szkodliwy A powstaje w wyniku mutacji i jest usuwany przez dobór qmut qu 0 jaka jest częstość równowagowa A? spq s( qsel działanie mutacji i doboru sq się równoważy gdy allel A całkowicie recesywny qˆ : q q u u suq q q u s mut u s u q s( q) q sq sq sel u 0 gdy allel A letalny (s = ) to q ˆ q) q sq w populacji może się utrzymywać znaczna liczba mało szkodliwych mutacji (s << ) u 0
97 Równowaga dobór-mutacje arbitralna dominacja genotyp A A A A A A dostosowanie hs s s>0 q q q mut sel sel q p sel u pqs h q sq pqhs sq gdy q 0 równowagowa częstość allelu jest równa tempu mutacji podzielonemu przez współczynnik doboru przeciw allelowi w heterozygocie q q q u q mut sel mut qhs qhs u hs u q sel 0
98 Choroby genetyczne człowieka Dziedziczenie Autosomalne recesywny częściowa dominacja dominujący Sprzężone z płcią recesywny Częstość równowagowa u / s u/hs u/s 3u/s Choroba Częstość alelu w populacji Autosomalne dominujące Achondroplazja 5 x 0 5 Retinoblastoma 5 x 0 5 Pląsawica Huntingtona 5 x 0 4 Autosomalne recesywne Albinizm 3 x 0 3 Skóra pergaminowa x 0 3 Fenyloketonuria 7 x 0 3 Mukowiscydoza.5 x 0 3 Choroba Tay Sachsa x 0 3 Sprzężone z płcią recesywne Hemofilia x 0 4 Dystrofia Duchenne x 0 4
99 Szacowanie tempa mutacji z równowagi mutacje-dobór hemofilia powodowana jest przez recesywny allel sprzężony z płcią przeżywalność mężczyzn z hemofilią 0.5 > s = 0.75 częstość hemofilii u mężczyzn na podstawie danych z duńskich szpitali q = 0.5 x 0 5 3u qˆ s sqˆ u 3 u = 0.75 x 0.5 x 0 5 /3 3 x 0 5 to jest częstość mutacji na locus
100 Dobór a powstawanie klin gdy dostosowanie genotypów zmienia się zgodnie z gradientem środowiskowym mogą powstawać kliny częstość alleli Adh u Drosophila melanogaster częstość allelu AdhF szerokość geograficzna Berry i Kreitman 993 kliny mogą powstawać też w wyniku innych procesów argumentem za rolą doboru jest powtarzalność klin w różnych miejscach gdzie warunki środowiskowe zmieniają się podobnie w Adh u Drosophila podobny wzorzec w USA i w Australii
101 Inne formy doboru zróżnicowany efekt allelu u płci możliwy stabilny polimorfizm gen na chromosomie X allel recesywny zawsze będzie widoczny dla doboru u samców, bo mają tylko jeden X antagonistyczna plejotropia allel korzystny w młodym wieku może być szkodliwy w starszym dobór zależny od zagęszczenia allel może być korzystny gdy zagęszczenie populacji niskie, szkodliwy gdy wysokie dobór wpływający na płodność częsta forma doboru, nawet gdy jeden z genotypów bezpłodny częstości genotypów przy niezachodzących pokoleniach będą zawsze w równowadze H W dobór zmienny w czasie i w przestrzeni
102 Dobór równoważący ogólne pojęcie określające takie formy doboru, które powodują utrzymywanie trwałego polimorfizmu dobór faworyzujący heterozygoty utrzymuje zmienność, lecz niewiele jest dobrych przykładów takiego doboru dobór zmienny w czasie, gdy spełnione są dodatkowe warunki dobór zmienny w przestrzeni, gdy spełnione są dodatkowe warunki dobór negatywnie zależny od częstości rzadkie allele mają przewagę selekcyjną dostosowanie allelu jest negatywnie skorelowane z jego częstością
103 Dobór negatywnie zależny od częstości Dobór negatywnie zależny od częstości, dostosowanie allelu spada wraz ze wzrostem jego częstości w ten sposób będzie utrzymywać się polimorfizm ryba Peridossus microlepis z jeziora Tanganika dobór apostatyczny drapieżniki uczą się rozpoznawać najczęstsze formy ofiar mimikra Batesa upodabnianie się nieszkodliwych gatunków do trujących modeli Futuyma 009
104 Locus samoniezgodności u roślin
105 Locus samoniezgodności u roślin zapobiega samozapłodnieniu nawet w małych populacjach wysoka zmienność linie alleliczne utrzymywane przez długi czas, bo gdy allel jest rzadki zyskuje przewagę selekcyjną i nie ginie w wyniku działania dryfu polimorfizm transgatunkowy
106 Dobór zależny od częstości może działać na skutek koewolucji gospodarza i pasożyta Częstość genotypu gospodarza g G P Częstość genotypu pasożyta P G oporny na P g oporny na p
107 Dobór zależny od częstości utrzymuje zmienność genów zaangażowanych w odpowiedź immunologiczną Geny MHC wiążą z dużą specyficznością antygeny pasożytów, umożliwiając odpowiedź immunologiczną Najbardziej zmienne geny człowieka, w MHC I nawet ponad 000 alleli
108 Mutacje Zmienność genetyczna powstaje w wyniku mutacji Mutacje punktowe tranzycje i transwersje synonimowe i niesynonimowe insercje i delecje mutacje przesunięcia ramki odczytu, dodanie lub usunięcie jednostek powtarzalnych, np. w mikrosatelitach Duplikacje tandemowe Konwersja genów Futuyma 009
109 Mutacje chromosomowe poliploidyzacja inwersje: paracentryczne (supresory rekombinacji) i pericentryczne wzajemne translokacje fuzje i dysocjacje powodują zmiany liczby chromosomów Futuyma 009
110 Ruchome elementy genetyczne Retroelementy retrotranspozony (LTR) retropozony (bez LTR) Transpozony DNA replikatywne przenoszą się przez kopie niereplikatywne przenoszą się przez wycinanie i wstawianie Powodują liczne mutacje przesunięcie ramki odczytu zaburzenia ekspresji genów rearanżacje genomu miejsca rekombinacji przetworzone pseudogeny Futuyma 009
111 Tempo mutacji mierzy się mutacjami ponownymi na jednostkę czasu można mierzyć tempo mutacji fenotypowych od metody wykrywania mutacji zależy jaką ich część zidentyfikujemy metody molekularne pozwalają na bezpośrednie wykrywanie mutacji w DNA Futuyma 009
112 Szacowanie tempa mutacji Bezpośrednie liczenie w szczepach laboratoryjnych (mutation accumulation lines) Analiza rodowodów Metody pośrednie Zakładamy że mutacje są neutralne i ich tempo na rok lub pokolenie to u Znamy czas dywergencji gatunków w latach lub pokoleniach t Znamy dywergencję sekwencji między gatunkami D D = tu, a więc u = D/t Z porównań człowiek szympans tempo mutacji. x 0 9 / pozycję nukleotydową / rok albo.5 x 0 8 / pokolenie, średnie tempo mutacji dla różnych ssaków nieco wyższe, A więc w każdym diploidalnym genomie człowieka (6 x 0 9 pz) byłoby 40 nowych, unikatowych mutacji, w populacji ludzkiej ponad bilion nowych mutacji w każdym pokoleniu każda możliwa nieletalna mutacja pojawia się w każdym pokoleniu! Resekwencjonowanie genomów z pokolenia na pokolenie tempo mutacji oszacowane na.3 x 0 8 /pozycję/ pokolenie nowych mutacji na diploidalny genom
113 Oszacowania tempa mutacji Futuyma 009 Choć tempo mutacji na pozycję nukleotydową jest niskie, tempo w jakim wytwarzają zmienność w skali całego genomu jest znaczne Barton i in. 007
114 Oszacowania tempa mutacji
115 Losowość mutacji mutacje są losowe pod względem miejsca i czasu wystąpienia ale różne typy mutacji pojawiają się z różnym tempem, np. tranzycje częstsze niż transwersje ale regiony genomu różnią się znacznie tempem, czyli prawdopodobieństwem wystąpienia mutacji: mikrosatelity, minisatelity TCATGTACGTTGATATATATATATATATGTCCTGATGTTA preferencyjna metylacja cytozyny w ssaczych sekwencjach CpG prowadzi często do tranzycji C >T
116 Losowość mutacji mutacje są losowe pod względem adaptacyjnym środowisko nie indukuje powstania potrzebnych mutacji doświadczenia Ledebergów Futuyma 009
117 Rozkład efektów mutacji Hipotetyczny rozkład efektów mutacji w kodujących regionach genomu kontrowersja Frankham i in. 00 Porównanie żywotności much homo i heterozygotycznych pod względem drugiego chromosomu (ok. /5 genomu) D. melanogaster efekt mutacji recesywnych
118 Losy mutacji w populacjach allel A mutuje do allelu A z prawdopodobieństwem u brak mutacji wstecznych (A >A) nie działa dryf genetyczny ani dobór p = p 0 ( u), p = p ( u) = p o ( u) > p t = p t ( u) = p o ( u) t ile czasu potrzeba żeby częstość allelu A spadła o połowę wyłącznie w wyniku mutacji? ½ p 0 = p o ( u) t x x e u = 0 5 x ln½ = tln( u) ln e x t = t / = ln½/ln( u) 0.693/u dla u = 0 5 t / 69.3 tys. pokoleń mutacje zmieniają częstość allelu bardzo wolno jeżeli prawdopodobieństwo mutacji jest niskie to często możemy zaniedbać mutacje wsteczne
119 Prawdopodobieństwo utraty nowopowstałego allelu neutralnego populacja o wielkości N, N kopii genów nowopowstały w wyniku mutacji allel ma częstość /(N) allel jest neutralny Pr że zostanie wylosowany w jednej próbie = /(N) Pr że nie zostanie wylosowany w jednej próbie = /(N) mamy N prób bo wielkość populacji pozostaje stała z pokolenia na pokolenie dlatego Pr że allel nie zostanie wylosowany = nie przejdzie do następnego pokolenia = ( /(N)) N e (N/N) = e x x e większość nowopowstałych alleli szybko znika z populacji
120 Prawdopodobieństwo utrwalenia nowopowstałego allelu neutralnego populacja o wielkości N, N kopii genów nowopowstały w wyniku mutacji allel ma częstość /(N) allel jest neutralny każda obecna w populacji kopia genu ma jednakową szansę utrwalenia w populacji = kiedyś w przyszłości w populacji będą jedynie potomkowie tej kopii genu jeżeli w populacji jest i kopii allelu A, to prawdopodobieństwo utrwalenia się tego allelu = i/n = częstości allelu, bo utrwalenie się allelu nastąpi w wyniku utrwalenia się którejkolwiek z i kopii jeżeli allel powstał w wyniku jednej mutacji, jego częstość wynosi /(N) = prawdopodobieństwo utrwalenia
121 Heterozygotyczność i model nieskończonej liczby alleli (Infinite Allele Model, IAM) każda mutacja w populacji daje nowy allel przy IAM każda homozygota ma allele które są identyczne przez pochodzenie (IBD, wywodzą się od jednej kopii genu, która kiedyś zmutowała) > każda homozygota jest autozygotyczna osobnik w pokoleniu t + może być homozygotyczny na jeden z dwu wykluczających się sposobów: ) obie jego kopie genu pochodzą z tej samej kopii w pokoleniu t i żadna z nich nie zmutowała, albo ) jego kopie pochodzą z dwu różnych kopii genu w pokoleniu t, które były autozygotyczne (miały ten sam stan alleliczny) i żadna z nich nie zmutowała t t + t t + ) ) F t Pr= u Pr= N F u N t
122 Wsobność (Inbred) genotyp rodzica to zerujemy F w tym pokoleniu, więc i nie są IBD, nie ma dla nas znaczenia ich stan alleliczny możliwe genotypy dziecka i ich prawdopodobieństwa: ¼ autozygotczny Rodzic pokolenie 0 ¼ ¼ allozygotyczny ¼ autozygotyczny P autozygotyczności = ¼ + ¼ = ½ P allozygotyczności = ¼+ ¼ = ½ F = P autozygotyczności = ½ Dziecko pokolenie genotyp autozygotyczny musi być homozygotyczny, allozygotyczny może być homo lub heterozygotyczny (ignorujemy mutacje i rekombinację) F można definiować jako prawdopodobieństwo lub jako korelacje łączących się gamet, korelacja może być ujemna
123 Heterozygotyczność i Pr autozygotyczności bez mutacji = Pr homozygotyczności przy IAM w równowadze F t = F t = F eq Heterozygotyczność (H) = homozygotyczność u F N u N F t t Nu u Nu u u Nu N N u F u N N u N u N N N u F F u N u N F eq eq eq eq Nu Nu Nu F H eq eq = 4Nu to populacyjne tempo mutacji, bardzo ważny parametr określający oczekiwane zasoby zmienności neutralnej w populacji ignorujemy składniki z u bo są bardzo małe
124 Heterozygotyczność i zasoby zmienności neutralnej w populacji zależą od tempa mutacji oraz od wielkości populacji w populacji odbiegającej od założeń modelu Wrighta Fishera N e N w takiej populacji = 4N e u loci o różnym tempie mutacji neutralnych będą miały różną oczekiwaną heterozygotyczność jest to rodzaj równowagi, w której średnia heterozygotyczność się nie zmienia ale zmieniają się allele, tzn. w różnych momentach różne allele będą miały najwyższe częstości okazuje się że istnieje również równowagowy rozkład częstości alleli = spektrum częstości alleli; najczęstszy allel będzie miał częstość p, kolejny p itd.; w miarę jak populacja będzie ewoluowała pod wpływem dryfu i mutacji te częstości pozostaną takie same lecz będą się zmieniały allele, tzn. po pewnym czasie zamiast allelu A najczęstszym allelem w populacji będzie Ax itd.
125 Formuła Ewensa i test Ewensa-Wattersona Ewens (97)pokazał, że w równowadze przy IAM i neutralności oczekiwana (średnia) liczba różnych alleli w próbie wynosi: n N N i0 i przy niskich wartościach w populacji będzie mało zmienności = 4 oczekiwana liczba alleli = = = 0.5 wielkość próby
126 Formuła Ewensa i test Ewensa-Wattersona znając n i N można obliczyć a z niej homozygotyczność równowagową oczekiwaną dla IAM mając n różnych alleli w próbie N kopii genów i znając ich częstości n można obliczyć oczekiwaną homozygotyczność próby Fexp i porównać ją statystycznie z oczekiwaną p i i homozygotycznością równowagowej populacji przy neutralności F eq test Ewensa Wattersona rozkład F eq uzyskuje się przez symulację komputerową, która generuje dużą liczbę prób o wielkości N i liczbie alleli n przy założeniach: neutralności, IAM i równowagi dryf mutacje, oblicza homozygotyczność oczekiwaną dla każdej próby i porównuje wartości F exp otrzymaną z prawdziwych danych z takim rozkładem celem określenia istotności statystycznej
127 Formuła Ewensa i test Ewensa-Wattersona oczekiwaną homozygotyczność dla danej liczby alleli można interpretować jako kształt rozkładu częstości alleli F exp > F eq rozkład częstości alleli bardziej skośny nadmiar rzadkich alleli, np. dobór oczyszczający F exp < F eq rozkład częstości alleli bardziej wyrównany, nadmiar alleli o pośrednich częstościach np. dobór zależny od częstości test E W mierzy odchylenia od oczekiwanego rozkładu częstości alleli ale nie mówi o ich przyczynach, mogą nimi być: brak neutralności różne formy doboru brak równowagi między dryfem i mutacjami, np. niedawna ekspansja demograficzna, wąskie gardło populacyjne częstość allelu Rozkład częstości alleli oczekiwanie neutralne równowagowe allele posegregowane od najczęstszego do najrzadszego
ZARZĄDZANIE POPULACJAMI ZWIERZĄT
ZARZĄDZANIE POPULACJAMI ZWIERZĄT Ćwiczenia 1 mgr Magda Kaczmarek-Okrój magda_kaczmarek_okroj@sggw.pl 1 ZAGADNIENIA struktura genetyczna populacji obliczanie frekwencji genotypów obliczanie frekwencji alleli
Bardziej szczegółowoGENETYKA POPULACJI. Ćwiczenia 1 Biologia I MGR /
GENETYKA POPULACJI Ćwiczenia 1 Biologia I MGR 1 ZAGADNIENIA struktura genetyczna populacji obliczanie frekwencji genotypów obliczanie frekwencji alleli przewidywanie struktury następnego pokolenia przy
Bardziej szczegółowoPORÓWNYWANIE POPULACJI POD WZGLĘDEM STRUKTURY
PORÓWNYWANIE POPULACJI POD WZGLĘDEM STRUKTURY obliczanie dystansu dzielącego grupy (subpopulacje) wyrażonego za pomocą indeksu F Wrighta (fixation index) w modelu jednego locus 1 Ćwiczenia III Mgr Kaczmarek-Okrój
Bardziej szczegółowoBliskie Spotkanie z Biologią. Genetyka populacji
Bliskie Spotkanie z Biologią Genetyka populacji Plan wykładu 1) Częstości alleli i genotypów w populacji 2) Prawo Hardy ego-weinberga 3) Dryf genetyczny 4) Efekt założyciela i efekt wąskiego gardła 5)
Bardziej szczegółowoGENETYKA POPULACJI. Ćwiczenia 4 Biologia I MGR
GEETYKA POPULACJI Ćwiczenia 4 Biologia I MGR Ad. Ćwiczenia Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy ego-weinberga p +pq+q = p+q= m( m ) p P Q Q P p AA Aa wszystkich_
Bardziej szczegółowoSelekcja, dobór hodowlany. ESPZiWP
Selekcja, dobór hodowlany ESPZiWP Celem pracy hodowlanej jest genetyczne doskonalenie zwierząt w wyznaczonym kierunku. Trudno jest doskonalić zwierzęta już urodzone, ale można doskonalić populację w ten
Bardziej szczegółowoZARZĄDZANIE POPULACJAMI ZWIERZĄT 1. RÓWNOWAGA GENETYCZNA POPULACJI. Prowadzący: dr Wioleta Drobik Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt
ZARZĄDZANIE POPULACJAMI ZWIERZĄT 1. RÓWNOWAGA GENETYCZNA POPULACJI Fot. W. Wołkow Prowadzący: dr Wioleta Drobik Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt POPULACJA Zbiór organizmów żywych, które łączy
Bardziej szczegółowoEkologia molekularna. wykład 4
Ekologia molekularna wykład 4 Zróżnicowanie między populacjami Przyczyny odchyleń od HWE Czynniki demograficzne nielosowe kojarzenie wsobność (inbred) struktura genetyczna populacji (subpopulacje) migracje
Bardziej szczegółowoEkologia molekularna. wykład 3
Ekologia molekularna wykład 3 Dziedziczenie mendlowskie Grzegorz Mendel 1822-1884 Darwin + Mendel = Ronald Fisher 1890-1962 wykład 3/2 Prawo Hardy'ego-Weinberga A A gamety możliwe genotypy potomstwa genotyp
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki populacji. Genetyka mendlowska i ewolucja
Podstawy genetyki populacji Genetyka mendlowska i ewolucja Syntetyczna teoria ewolucji } Pierwsza synteza: połączenie teorii ewolucji Darwina z genetyką mendlowską na poziomie populacji } W naturalnych
Bardziej szczegółowoGENETYKA POPULACJI. Fot. W. Wołkow
GENETYKA POPULACJI Fot. W. Wołkow GENETYKA POPULACJI Nauka która respektując zasady dziedziczenia z zakresu genetyki klasycznej bada mechanizmy dziedziczenia w odniesieniu do populacji Struktura genetyczna:
Bardziej szczegółowoKonspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej
Seminarium 1 część 1 Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Genom człowieka Genomem nazywamy całkowitą ilość DNA jaka
Bardziej szczegółowo1 Genetykapopulacyjna
1 Genetykapopulacyjna Genetyka populacyjna zajmuje się badaniem częstości występowania poszczególnych alleli oraz genotypów w populacji. Bada także zmiany tych częstości spowodowane doborem naturalnym
Bardziej szczegółowoGENETYKA POPULACJI. Ćwiczenia 3 Biologia I MGR
GENETYKA POPULACJI Ćwiczenia 3 Biologia I MGR Heterozygotyczność Rozpatrując różnorodność genetyczną w populacjach o układzie hierarchicznym zauważamy, że najwyższy poziom heterozygotyczności zawsze występuje
Bardziej szczegółowoZARZĄDZANIE POPULACJAMI ZWIERZĄT DRYF GENETYCZNY EFEKTYWNA WIELKOŚĆ POPULACJI PRZYROST INBREDU
ZARZĄDZANIE POPULACJAMI ZWIERZĄT DRYF GENETYCZNY EFEKTYWNA WIELKOŚĆ POPULACJI PRZYROST INBREDU DRYF GENETYCZNY ) Każdy żywy organizm wytwarza więcej gamet, niż zdolne jest przetrwać (Darwin). 2) Przypadek
Bardziej szczegółowoSkładniki jądrowego genomu człowieka
Składniki jądrowego genomu człowieka Genom człowieka 3 000 Mpz (3x10 9, 100 cm) Geny i sekwencje związane z genami (900 Mpz, 30% g. jądrowego) DNA pozagenowy (2100 Mpz, 70%) DNA kodujący (90 Mpz ~ ok.
Bardziej szczegółowoEkologia molekularna. wykład 6
Ekologia molekularna wykład 6 Tempo mutacji Tempo błędu polimerazy: 10-4 pomyłka polimerazy 10-8 po naprawie błędów Faktyczne tempo mutacji: 10-9/zasadę/pokolenie W genomie człowieka jest 3 x 109 zasad
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki populacji. Genetyka mendlowska i ewolucja. Dobór i dryf.
Podstawy genetyki populacji Genetyka mendlowska i ewolucja. Dobór i dryf. Dryf genetyczny W populacjach o skończonej liczebności może dochodzić do zmian częstości alleli nawet jeżeli nie działa na nie
Bardziej szczegółowoGENETYCZNE PODSTAWY ZMIENNOŚCI ORGANIZMÓW ZASADY DZIEDZICZENIA CECH PODSTAWY GENETYKI POPULACYJNEJ
GENETYCZNE PODSTAWY ZMIENNOŚCI ORGANIZMÓW ZASADY DZIEDZICZENIA CECH PODSTAWY GENETYKI POPULACYJNEJ ZMIENNOŚĆ - występowanie dziedzicznych i niedziedzicznych różnic między osobnikami należącymi do tej samej
Bardziej szczegółowoEkologia ogólna. wykład 4. Metody molekularne Genetyka populacji
Ekologia ogólna wykład 4 Metody molekularne Genetyka populacji Kalosze vs. fartuchy wykład 4/2 Techniki molekularne DNA mitochondrialne / chloroplastowe Konserwowane ewolucyjne, wiele kopii w komórce Wykorzystanie
Bardziej szczegółowo2. CZYNNIKI ZABURZAJĄCE RÓWNOWAGĘ GENETYCZNĄ
ZARZĄDZANIE POPULACJAMI ZWIERZĄT 2. CZYNNIKI ZABURZAJĄCE RÓWNOWAGĘ GENETYCZNĄ POPULACJI Fot. W. Wołkow Prowadzący: dr Wioleta Drobik Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt MIGRACJE Zmiana frekwencji
Bardziej szczegółowo1 Podstawowe pojęcia z zakresu genetyki. 2 Podstawowy model dziedziczenia
Rachunek Prawdopodobieństwa MAP8 Wydział Matematyki, Matematyka Stosowana Projekt - zastosowania rachunku prawdopodobieństwa w genetyce Opracowanie: Antonina Urbaniak Podstawowe pojęcia z zakresu genetyki
Bardziej szczegółowoZmienność. środa, 23 listopada 11
Zmienność http://ggoralski.com Zmienność Zmienność - rodzaje Zmienność obserwuje się zarówno między poszczególnymi osobnikami jak i między populacjami. Różnice te mogą mieć jednak różne podłoże. Mogą one
Bardziej szczegółowoWSTĘP. Copyright 2011, Joanna Szyda
BIOINFORMATYKA 1. Wykład wstępny 2. Struktury danych w badaniach bioinformatycznych 3. Bazy danych: projektowanie i struktura 4. Bazy danych: projektowanie i struktura 5. Równowaga Hardyego-Weinberga,
Bardziej szczegółowoMapowanie genów cz owieka. podstawy
Mapowanie genów czowieka podstawy Sprzężenie Geny leżące na różnych chromosomach spełniają II prawo Mendla Dla 2 genów: 4 równoliczne klasy gamet W. S Klug, M.R Cummings Concepts of Genetics 8 th edition,
Bardziej szczegółowoPokrewieństwo, rodowód, chów wsobny
Pokrewieństwo, rodowód, chów wsobny Pokrewieństwo Pokrewieństwo, z punktu widzenia genetyki, jest podobieństwem genetycznym. Im osobniki są bliżej spokrewnione, tym bardziej są podobne pod względem genetycznym.
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki populacji. Populacje o skończonej liczebności. Dryf. Modele wielogenowe.
Podstawy genetyki populacji Populacje o skończonej liczebności. Dryf. Modele wielogenowe. Dryf genetyczny a ewolucja } Dobór naturalny nie jest jedynym mechanizmem kształtującym zmiany ewolucyjne } Losowe
Bardziej szczegółowoDobór naturalny. Ewolucjonizm i eugenika
Dobór naturalny Ewolucjonizm i eugenika Silna i słaba selekcja - symulacje W cieniu eugeniki Początki - XIX w. (Francis Galton) XX w. - eugenika totalitarna Poprawa jakości gatunku ludzkiego poprzez kierowanie
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki populacji. Genetyka mendlowska i ewolucja.
Podstawy genetyki populacji Genetyka mendlowska i ewolucja. Syntetyczna teoria ewolucji Pierwsza synteza: połączenie teorii ewolucji Darwina z genetyką mendlowską na poziomie populacji W naturalnych populacjach
Bardziej szczegółowoEkologia molekularna. wykład 1
Ekologia molekularna wykład 1 Dobór i ewolucja Ewolucja = zmienność + dobór 1. Rodzi się więcej osobników niż jest w stanie przeżyć. 2. Osobniki różnią się między sobą (zmienność). Różnice te wpływają
Bardziej szczegółowoModelowanie ewolucji. Dobór i dryf genetyczny
Modelowanie ewolucji Dobór i dryf genetyczny Syntetyczna teoria ewolucji Pierwsza synteza: połączenie teorii ewolucji Darwina z genetyką mendlowską na poziomie populacji W naturalnych populacjach występują
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki populacji. Genetyka mendlowska i ewolucja. Dobór i dryf.
Podstawy genetyki populacji Genetyka mendlowska i ewolucja. Dobór i dryf. Dryf genetyczny W populacjach o skończonej liczebności może dochodzić do zmian częstości alleli nawet jeżeli nie działa na nie
Bardziej szczegółowoPlan wykładów z genetyki ogólnej
Plan wykładów z genetyki ogólnej 01 Metody genetyki klasycznej 02 Metody analizy DNA 03 Metody analizy genomu 04 Genomy prokariontów 05 Genomy eukariontów 06 Zmienność genomów w populacjach 07 Genomy a
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ gamety matczyne Genetyka
Bardziej szczegółowoGenetyka ekologiczna i populacyjna W8
Genetyka ekologiczna i populacyjna W8 Genetyka populacji: Treść wykładów Zmienność genetyczna i środowiskowa Mutacje i rekombinacje Kojarzenie krewniacze Częstość genów i genotypów w populacji i prawdopodobieństwo
Bardziej szczegółowoAnaliza sprzężeń u człowieka. Podstawy
Analiza sprzężeń u człowieka Podstawy Geny i chromosomy Allele genów zlokalizowanych na różnych chromosomach segregują niezależnie (II prawo Mendla) Dla 2 genów: 4 równoliczne klasy gamet W. S Klug, M.R
Bardziej szczegółowoGenetyka populacyjna
Genetyka populacyjna analizuje strukturę genetyczną całych populacji oraz wyniki kojarzeń wewnątrz populacji lub pomiędzy różnymi populacjami, opiera się na modelach matematycznych Prawo równowagi Hardy
Bardziej szczegółowoGenetyka populacyjna. Populacja
Genetyka populacyjna Populacja 1 Populacja Populacja jest to zbiór osobników jednego gatunku żyjących na danym terytorium w danym czasie. Genetykę populacyjną interesuje tzw. populacja panmiktyczna (mendlowska),
Bardziej szczegółowoGenetyka populacji. Efektywna wielkość populacji
Genetyka populacji Efektywna wielkość populacji DRYF GENETYCZNY Przypadkowe zmiany częstości alleli szczególnie ważne w małych populacjach 2015-10-22 2 DRYF GENETYCZNY Wybieramy z dużej populacji o p=q=0,5
Bardziej szczegółowoEwolucjonizm NEODARWINIZM. Dr Jacek Francikowski Uniwersyteckie Towarzystwo Naukowe Uniwersytet Śląski w Katowicach
Ewolucjonizm NEODARWINIZM Dr Jacek Francikowski Uniwersyteckie Towarzystwo Naukowe Uniwersytet Śląski w Katowicach Główne paradygmaty biologii Wspólne początki życia Komórka jako podstawowo jednostka funkcjonalna
Bardziej szczegółowoTeoria ewolucji. Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie.
Teoria ewolucji Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie. Informacje Kontakt: Paweł Golik Instytut Genetyki i Biotechnologii, Pawińskiego 5A pgolik@igib.uw.edu.pl Informacje, materiały: http://www.igib.uw.edu.pl/
Bardziej szczegółowoGenetyka Populacji http://ggoralski.com
Genetyka Populacji http://ggoralski.com Frekwencje genotypów i alleli Frekwencja genotypów Frekwencje genotypów i alleli Zadania P AA = 250/500 = 0,5 P Aa = 100/500 = 0,2 P aa = 150/500 = 0,3 = 1 Frekwencje
Bardziej szczegółowoSpokrewnienie prawdopodobieństwo, że dwa losowe geny od dwóch osobników są genami IBD. IBD = identical by descent, geny identycznego pochodzenia
prawdopodobieństwo, że dwa losowe geny od dwóch osobników są genami ID. Relationship Relatedness Kinship Fraternity ID = identical by descent, geny identycznego pochodzenia jest miarą względną. Przyjmuje
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Choroby genetyczne o złożonym
Bardziej szczegółowo2. Rozdział materiału genetycznego w czasie podziałów komórkowych - mitozy i mejozy
Program ćwiczeń z przedmiotu BIOLOGIA MOLEKULARNA I GENETYKA, część I (GENETYKA) dla kierunku Lekarskiego, rok I 2017/2018 Ćwiczenie nr 1 (09-10.10.2017) Temat: Wprowadzenie 1. Omówienie regulaminu zajęć
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Program wykładu 1. Jakie
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 16/17. Szacowanie częstości mutacji punktowych. Mutacje chromosomowe strukturalne. Mutacje chromosomowe liczbowe.
Ćwiczenie 16/17 Szacowanie częstości mutacji punktowych. Mutacje chromosomowe strukturalne. Mutacje chromosomowe liczbowe. Prof. dr hab. Roman Zieliński 1. Szacowanie częstości mutacji punktowych 1.1.
Bardziej szczegółowoAnaliza sprzężeń u człowieka. Podstawy
Analiza sprzężeń u człowieka Podstawy Geny i chromosomy Allele genów zlokalizowanych na różnych chromosomach segregują niezależnie (II prawo Mendla) Dla 2 genów: 4 równoliczne klasy gamet W. S Klug, M.R
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki. ESPZiWP 2010
Podstawy genetyki ESPZiWP 2010 Genetyka - nauka o dziedziczności i zmienności organizmów, wyjaśniająca prawa rządzące podobieństwami i różnicami pomiędzy osobnikami spokrewnionymi przez wspólnego przodka
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki populacji. Genetyka mendlowska i ewolucja. Dobór i dryf.
Podstawy genetyki populacji Genetyka mendlowska i ewolucja. Dobór i dryf. Równowaga Hardy ego-weinberga W populacji będącej w równowadze H-W częstości alleli nie zmieniają się Nie przebiega ewolucja Mechanizmy
Bardziej szczegółowoBiologia molekularna z genetyką
Biologia molekularna z genetyką P. Golik i M. Koper Konwersatorium 2: Analiza genetyczna eukariontów Drosophilla melanogaster Makrokierunek: Bioinformatyka i Biologia Systemów; 2016 Opracowano na podstawie
Bardziej szczegółowoZarządzanie populacjami zwierząt. Efektywna wielkość populacji Wykład 3
Zarządzanie populacjami zwierząt Efektywna wielkość populacji Wykład 3 DRYF GENETYCZNY Przypadkowe zmiany częstości alleli szczególnie ważne w małych populacjach DRYF GENETYCZNY Wybieramy z dużej populacji
Bardziej szczegółowoGIMNAZJUM SPRAWDZIANY SUKCES W NAUCE
GIMNAZJUM SPRAWDZIANY BIOLOGIA klasa III SUKCES W NAUCE II GENETYKA CZŁOWIEKA Zadanie 1. Cechy organizmu są warunkowane przez allele dominujące i recesywne. Uzupełnij tabelę, wykorzystując poniższe określenia,
Bardziej szczegółowoProgram ćwiczeń z przedmiotu BIOLOGIA MOLEKULARNA I GENETYKA, część I dla kierunku Lekarskiego, rok I 2015/2016. Ćwiczenie nr 1 (06-07.10.
Program ćwiczeń z przedmiotu BIOLOGIA MOLEKULARNA I GENETYKA, część I dla kierunku Lekarskiego, rok I 2015/2016 Ćwiczenie nr 1 (06-07.10.2015) Temat: Wprowadzenie 1. Omówienie regulaminu zajęć Temat: Wprowadzenie
Bardziej szczegółowoa) Zapisz genotyp tego mężczyzny... oraz zaznacz poniżej (A, B, C lub D), jaki procent gamet tego mężczyzny będzie miało genotyp ax b.
W tomie 2 zbioru zadań z biologii z powodu nieprawidłowego wprowadzenia komendy przenoszenia spójników i przyimków do następnej linii wystąpiła zamiana samotnych dużych liter (A, I, W, U) na małe litery.
Bardziej szczegółowoDOBÓR. Kojarzenie, depresja inbredowa, krzyżowanie, heterozja
DOBÓR Kojarzenie, depresja inbredowa, krzyżowanie, heterozja SELEKCJA grupa osobników obu płci, która ma zostać rodzicami następnego pokolenia DOBÓR OSOBNIKÓW DO KOJARZEŃ POSTĘP HODOWLANY następne pokolenie
Bardziej szczegółowoOznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
Bardziej szczegółowoAnna Szewczyk. Wydział Geodezji Górniczej i InŜynierii środowiska AGH
Anna Szewczyk Wydział Geodezji Górniczej i InŜynierii środowiska AGH Zastosowania biblioteki Genetics programu R The genetics Package Tytuł: Populacja genetyczna Wersja:1.2.0 Data utworzenia: 2005-11-09
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki populacji. Genetyka mendlowska i ewolucja
Podstawy genetyki populacji Genetyka mendlowska i ewolucja Syntetyczna teoria ewolucji } Pierwsza synteza: połączenie teorii ewolucji Darwina z genetyką mendlowską na poziomie populacji } W naturalnych
Bardziej szczegółowo[ IMIĘ I NAZWISKO:. KLASA NR.. ] Zadania genetyczne
Zadanie 1. (2 pkt). Ciemnooki mężczyzna, którego ojciec miał oczy piwne a matka niebieskie, poślubił ciemnooką kobietę. Syn tej pary jest niebieskooki. Przyjmując oznaczenia: allel dominujący (barwnik
Bardziej szczegółowoDryf genetyczny i jego wpływ na rozkłady próbek z populacji - modele matematyczne. Adam Bobrowski, IM PAN Katowice
Dryf genetyczny i jego wpływ na rozkłady próbek z populacji - modele matematyczne Adam Bobrowski, IM PAN Katowice 1 Tematyka cyklu referatów Dryf genetyczny Matematyczne modele równowagi między mutacja
Bardziej szczegółowoDepresja inbredowa i heterozja
Depresja inbredowa i heterozja Charles Darwin Dlaczego rośliny chronią się przed samozapyleniem? Doświadczenie na 57 gatunkach roślin! Samozapłodnienie obniża wigor i płodność większości z 57 gatunków
Bardziej szczegółowoKsięgarnia PWN: Joanna R. Freeland - Ekologia molekularna
Księgarnia PWN: Joanna R. Freeland - Ekologia molekularna Spis treści Przedmowa................................. Podziękowania............................... XIII XIV 1 Metody genetyki molekularnej w badaniach
Bardziej szczegółowoAnaliza sprzężeń u człowieka. Podstawy
Analiza sprzężeń u człowieka Podstawy Badanie relacji genotyp-fenotyp u człowieka Analiza sprzężeń - poszukiwanie rejonów chromosomu położonych blisko genu determinującego daną cechę Analiza asocjacji
Bardziej szczegółowoGENETYKA. Genetyka. Dziedziczność przekazywanie cech rodziców potomstwu Zmienność występowanie różnic pomiędzy różnymi osobnikami tego samego gatunku
GENETYKA Genetyka Nauka o dziedziczności i zmienności organizmów, wyjaśniająca prawa rządzące podobieństwami i różnicami pomiędzy osobnikami spokrewnionymi przez wspólnego przodka Dziedziczność przekazywanie
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki populacji. Genetyka mendlowska i ewolucja
Podstawy genetyki populacji Genetyka mendlowska i ewolucja Informacja ujęcie matematyczne Entropia miara niepewności dotyczącej stanu zmiennej losowej N H(X) = p log p i i i=1 Podstawa logarytmu definiuje
Bardziej szczegółowoCECHY ILOŚCIOWE PARAMETRY GENETYCZNE
CECHY ILOŚCIOWE PARAMETRY GENETYCZNE Zarządzanie populacjami zwierząt, ćwiczenia V Dr Wioleta Drobik Rodzaje cech Jakościowe o prostym dziedziczeniu uwarunkowane zwykle przez kilka genów Słaba podatność
Bardziej szczegółowoNaCoBeZu klasa 8 Dział Temat nacobezu programu I. Genetyka 1. Czym jest genetyka? 2. Nośnik informacji genetycznej DNA 3. Podziały komórkowe
NaCoBeZu klasa 8 Dział programu Temat nacobezu I. Genetyka 1. Czym jest genetyka? wymieniam zakres badao genetyki rozróżniam cechy dziedziczne i niedziedziczne wskazuję cechy indywidualne i gatunkowe omawiam
Bardziej szczegółowoBadanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym
Badanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym Podstawy ewolucji molekulanej Jak ewoluują sekwencje Zmiany genetyczne w ewolucji Mutacje tworzą nowe allele genów Inwersje zmieniają układ genów na
Bardziej szczegółowoEkologia molekularna. wykład 14. Genetyka ilościowa
Ekologia molekularna wykład 14 Genetyka ilościowa Dziedziczenie mendlowskie wykład 14/2 Cechy wieloczynnikowe (ilościowe) wzrost masa ciała kolor skóry kolor oczu itp wykład 14/3 Rodzaje cech ilościowych
Bardziej szczegółowo2. CZYNNIKI ZABURZAJĄCE RÓWNOWAGĘ GENETYCZNĄ
ZARZĄDZANIE POPULACJAMI ZWIERZĄT 2. CZYNNIKI ZABURZAJĄCE RÓWNOWAGĘ GENETYCZNĄ POPULACJI Fot. W. Wołkow Prowadzący: dr Wioleta Drobik-Czwarno; mgr Magdalena Kaczmarek-Okrój Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli
Bardziej szczegółowoTeoria ewolucji. Podstawy wspólne pochodzenie.
Teoria ewolucji. Podstawy wspólne pochodzenie. Ewolucja biologiczna } Znaczenie ogólne: } proces zmian informacji genetycznej (częstości i rodzaju alleli), } które to zmiany są przekazywane z pokolenia
Bardziej szczegółowoZadania maturalne z biologii - 2
Koło Biologiczne Liceum Ogólnokształcące nr II w Gliwicach 2015-2016 Zadania maturalne z biologii - 2 Zadania: Zad. 1(M. Borowiecki, J. Błaszczak 3BL) Na podstawie podanych schematów określ sposób w jaki
Bardziej szczegółowoTeoria ewolucji. Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie.
Teoria ewolucji Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie. Ewolucja Znaczenie ogólne: zmiany zachodzące stopniowo w czasie W biologii ewolucja biologiczna W astronomii i kosmologii ewolucja gwiazd i wszechświata
Bardziej szczegółowoTemat 6: Genetyczne uwarunkowania płci. Cechy sprzężone z płcią.
Temat 6: Genetyczne uwarunkowania płci. Cechy sprzężone z płcią. 1. Kariotyp człowieka. 2. Determinacja płci u człowieka. 3. Warunkowanie płci u innych organizmów. 4. Cechy związane z płcią. 5. Cechy sprzężone
Bardziej szczegółowoAnaliza sprzężeń u człowieka. Podstawy
Analiza sprzężeń u człowieka Podstawy Badanie relacji genotyp-fenotyp u człowieka Analiza sprzężeń - poszukiwanie rejonów chromosomu położonych blisko genu determinującego daną cechę Analiza asocjacji
Bardziej szczegółowoPODSTAWY GENETYKI. Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk
PODSTAWY GENETYKI Prawa Mendla (jako punkt wyjścia) Epistaza (interakcje między genami) Sprzężenia genetyczne i mapowanie genów Sprzężenie z płcią Analiza rodowodów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław
Bardziej szczegółowoElementy teorii informacji w ewolucji
Elementy teorii informacji w ewolucji Teoria informacji Zmienna losowa X obiekt mogący przyjąć skończoną liczbę stanów x1,,xn, z określonymi prawdopodobieństwami p1,,pn Przykład x1; p1=0,5 x2; p2=0,5 Informacja
Bardziej szczegółowoWprowadzenie do genetyki medycznej i sądowej
Genetyka medyczno-sądowa Wprowadzenie do genetyki medycznej i sądowej Kierownik Pracowni Genetyki Medycznej i Sądowej Ustalanie tożsamości zwłok Identyfikacja sprawców przestępstw Identyfikacja śladów
Bardziej szczegółowoocena dopuszczająca ocena dostateczna ocena dobra ocena bardzo dobra Dział VII. EKOLOGIA NAUKA O ŚRODOWISKU
Dział VII. EKOLOGIA NAUKA O ŚRODOWISKU wyróżnia elementy żywe i nieożywione w obserwowanym ekosystemie oblicza zagęszczenie wybranej rośliny na badanym terenie określa znaczenie wiedzy ekologicznej w życiu
Bardziej szczegółowoSTATYSTYKA MATEMATYCZNA
STATYSTYKA MATEMATYCZNA 1. Wykład wstępny. Teoria prawdopodobieństwa i elementy kombinatoryki 2. Zmienne losowe i ich rozkłady 3. Populacje i próby danych, estymacja parametrów 4. Testowanie hipotez 5.
Bardziej szczegółowonosiciel choroby chora. mężczyzna kobieta. pleć nieokreślona. małżeństwo rozwiedzione. małżeństwo. potomstworodzeństwo
mężczyzna kobieta nosiciel choroby chora pleć nieokreślona małżeństwo małżeństwo rozwiedzione potomstworodzeństwo potomstworodzeństwo P ciążapleć dziecka nieokreślona 9 poronienie w 9 tygodniu adopcja
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna, lekarski Ćwiczenie ; Ćwiczenie 19
Ćwiczenie 19 Fenotyp sportowca. Geny warunkujące fenotyp sportowca. Testy DNA w ocenie predyspozycji sportowych i ich aspekty etyczne. Genetyka cech ilościowych. Prof. dr hab. Roman Zieliński 1. "Fenotyp
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki populacji SYLABUS A. Informacje ogólne
Podstawy genetyki populacji A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Rodzaj Rok studiów /semestr
Bardziej szczegółowoGenetyka populacji. Ćwiczenia 7
Genetyka populacji Ćwiczenia 7 Rodowody wraz z wynikami kontroli użytkowości stanowią podstawową informację potrzebną do doskonalenia zwierząt C F X S D C F C F S D strzałka oznacza przepływ genów między
Bardziej szczegółowomikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii
Zawartość 139371 1. Wstęp zarys historii genetyki, czyli od genetyki klasycznej do genomiki 2. Chromosomy i podziały jądra komórkowego 2.1. Budowa chromosomu 2.2. Barwienie prążkowe chromosomów 2.3. Mitoza
Bardziej szczegółowoBadania asocjacyjne w skali genomu (GWAS)
Badania asocjacyjne w skali genomu (GWAS) Wstęp do GWAS Część 1 - Kontrola jakości Bioinformatyczna analiza danych Wykład 2 Dr Wioleta Drobik-Czwarno Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt Badania
Bardziej szczegółowoDziedziczenie poligenowe
Dziedziczenie poligenowe Dziedziczenie cech ilościowych Dziedziczenie wieloczynnikowe Na wartość cechy wpływa Komponenta genetyczna - wspólne oddziaływanie wielu (najczęściej jest to liczba nieznana) genów,
Bardziej szczegółowoI. Genetyka. Dział programu Lp. Temat konieczny podstawowy rozszerzający
I. Genetyka 1. Czym jest genetyka? wymienia cechy gatunkowe i indywidualne podanych organizmów wyjaśnia, że jego podobieństwo do rodziców jest wynikiem dziedziczenia cech definiuje pojęcia genetyka oraz
Bardziej szczegółowoKonkurs szkolny Mistrz genetyki etap II
onkurs szkolny istrz genetyki etap II 1.W D pewnego pierwotniaka tymina stanowi 28 % wszystkich zasad azotowych. blicz i zapisz, jaka jest zawartość procentowa każdej z pozostałych zasad w D tego pierwotniaka.
Bardziej szczegółowoEkologia wyk. 1. wiedza z zakresu zarówno matematyki, biologii, fizyki, chemii, rozumienia modeli matematycznych
Ekologia wyk. 1 wiedza z zakresu zarówno matematyki, biologii, fizyki, chemii, rozumienia modeli matematycznych Ochrona środowiska Ekologia jako dziedzina nauki jest nauką o zależnościach decydujących
Bardziej szczegółowo6. Uzupełnij zdanie, wstawiajac w odpowiednie miejsce wyrażenie ujawni się lub nie ujawni się :
ID Testu: 9S6C1A4 Imię i nazwisko ucznia Klasa Data 1. Allelami nazywamy A. takie same formy jednego genu. B. różne formy różnych genów. C. takie same formy różnych genów. D. różne formy jednego genu.
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna, materiały dla studentów
Jaka tam ewolucja. Zanim trafię na jednego myślącego, muszę stoczyć bitwę zdziewięcioma orangutanami Carlos Ruis Zafon Wierzbownica drobnokwiatowa Fitosterole, garbniki, flawonoidy Właściwości przeciwzapalne,
Bardziej szczegółowoImię i nazwisko...kl...
Gimnazjum nr 4 im. Ojca Świętego Jana Pawła II we Wrocławiu SPRAWDZIAN GENETYKA GR. A Imię i nazwisko...kl.... 1. Nauka o regułach i mechanizmach dziedziczenia to: (0-1pkt) a) cytologia b) biochemia c)
Bardziej szczegółowoZarządzanie populacjami zwierząt. Parametry genetyczne cech
Zarządzanie populacjami zwierząt Parametry genetyczne cech Teoria ścieżki zależność przyczynowo-skutkowa X p 01 Z Y p 02 p 01 2 + p 02 2 = 1 współczynniki ścieżek miary związku między przyczyną a skutkiem
Bardziej szczegółowoo cechach dziedziczonych decyduje środowisko, a gatunki mogą łatwo i spontanicznie przechodzić jedne w drugie
Iwan Miczurin (1855-1935) Trofim Denisowicz Łysenko (1898-1976) przy interwencji człowieka możliwe jest zmuszenie każdej formy zwierzęcia lub rośliny do znacznie szybszych zmian, w kierunku pożądanym przez
Bardziej szczegółowoPodstawy ewolucji molekularnej. Ewolucja sekwencji DNA i białek
Podstawy ewolucji molekularnej Ewolucja sekwencji DNA i białek Zmiany genetyczne w ewolucji } Mutacje } tworzą nowe allele genów } Inwersje } zmieniają układ genów na chromosomach } mogą uniemożliwić rekombinację
Bardziej szczegółowoPamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A...
1. Zadanie (0 2 p. ) Porównaj mitozę i mejozę, wpisując do tabeli podane określenia oraz cyfry. ta sama co w komórce macierzystej, o połowę mniejsza niż w komórce macierzystej, gamety, komórki budujące
Bardziej szczegółowoBLISKIE SPOTKANIA Z BIOLOGIĄ
BLISKIE SPOTKANIA Z BIOLOGIĄ Instytutu Biologii Eksperymentalnej Instytut Biologii Środowiska Katedra Biologii Ewolucyjnej UNIWERSYTET KAZIMIERZA WIELKIEGO Wykłady Środy, 15.45, Aula Biblioteki UKW Czas
Bardziej szczegółowoSzacowanie wartości hodowlanej. Zarządzanie populacjami
Szacowanie wartości hodowlanej Zarządzanie populacjami wartość hodowlana = wartość cechy? Tak! Przy h 2 =1 ? wybitny ojciec = wybitne dzieci Tak, gdy cecha wysokoodziedziczalna. Wartość hodowlana genetycznie
Bardziej szczegółowo