Eppendorf BioSpectrometer fluorescence. Instrukcja obsługi. Register your instrument! )obsługi

)obsługi Spectrometer fluorescence Register your instrument! www.eppendorf.com/myeppendorf Instrukcja obsługi

Copyright 2015 Eppendorf AG, Germany. All rights reserved, including graphics and images. No part of this publication may be reproduced without the prior permission of the copyright owner. Trademarks Cy is a registered trademark of GE Healthcare UK Ltd., UK. Hellma is a registered trademark of Hellma GmbH & Co. KG, Germany. OliGreen, PicoGreen, RiboGreen, NanoOrange and Qubit are registered trademarks of Molecular Probes, Inc., USA. Eppendorf and the Eppendorf logo are registered trademarks of Eppendorf AG, Germany. Eppendorf BioSpectrometer, Eppendorf SpectraZoom and UVette are registered trademarks of Eppendorf AG, Germany. Registered trademarks and protected trademarks are not marked in all cases with or in this manual. This product is manufactured under license to issued U.S. Patent No. 6,122,052. Protected by U.S. Patent No. 8,464,171. 6137 900.058-03/062015

Spis treści 3 Spis treści 1 Sposób korzystania z instrukcji...................................................... 7 1.1 Korzystanie z instrukcji......................................................... 7 1.2 Symbole zagrożeń i klasyfikacja zagrożeń.......................................... 7 1.2.1 Symbole zagrożeń...................................................... 7 1.2.2 Klasyfikacja zagrożeń................................................... 7 1.3 Używane symbole............................................................. 8 1.4 Skróty...................................................................... 9 2 Bezpieczeństwo.................................................................. 11 2.1 Użytkowanie zgodnie z przeznaczeniem.......................................... 11 2.2 Wymagania wobec użytkownika................................................. 11 2.3 Zagrożenia przy użytkowaniu zgodnie z przeznaczeniem............................. 11 2.3.1 Obrażenia ciała....................................................... 11 2.3.2 Uszkodzenie urządzenia................................................ 13 2.4 Informacje dotyczące odpowiedzialności za produkt................................. 14 2.5 Instrukcje dotyczące bezpieczeństwa umieszczone na urządzeniu...................... 14 3 Opis produktu.................................................................... 15 3.1 Wygląd produktu............................................................. 15 3.2 Lista dostarczonych składników................................................. 15 3.3 Cechy produktu.............................................................. 16 3.3.1 Metody............................................................. 16 3.3.2 Obsługa............................................................. 16 3.3.3 Zwracanie wyników.................................................... 17 3.3.4 Auto-test urządzenia................................................... 17 4 Instalacja........................................................................ 19 4.1 Przygotowanie do instalacji.................................................... 19 4.2 Wybór lokalizacji............................................................. 19 4.3 Podłączanie urządzenia do sieci elektrycznej....................................... 19 4.4 Podłączanie urządzenia do sieci................................................. 20 4.5 Podłączanie drukarki do portu USB.............................................. 20 4.5.1 Drukarka termiczna DPU-S445........................................... 20 4.6 Podłączanie komputera lub pamięci USB w celu eksportu danych...................... 21 5 Obsługa......................................................................... 23 5.1 Elementy sterujące........................................................... 23 5.1.1 Wpisywanie tekstu.................................................... 25 5.2 Wkładanie kuwety............................................................ 26 5.3 Podsumowanie procedury pomiaru.............................................. 27 5.3.1 Przygotowanie pomiaru................................................ 27 5.3.2 Procedura pomiaru.................................................... 28 5.3.3 Ważne instrukcje dotyczące pomiarów..................................... 31

4 Spis treści 6 Metody......................................................................... 33 6.1 Wybór metody............................................................... 33 6.2 Opis metody fotometrycznej.................................................... 34 6.2.1 Grupa metod Absorbance (absorbancja)................................... 34 6.2.2 Grupa metod Routine (rutynowe)......................................... 35 6.2.3 Grupa metod Basic (podstawowe)........................................ 36 6.2.4 Grupa metod Advanced (zaawansowane)................................... 37 6.3 Opis metody fluorymetrycznej.................................................. 37 6.3.1 Grupa metod Routine.................................................. 37 6.3.2 Grupa metod Basic.................................................... 38 6.4 Parametry metody............................................................ 38 6.5 Procedura metody............................................................ 44 6.5.1 Check parameters..................................................... 45 6.5.2 Measure standards.................................................... 46 6.5.3 Measure samples..................................................... 47 6.5.4 Pomiar próbek: Sposoby przedstawienia wyników............................ 49 6.5.5 Process results....................................................... 55 6.5.6 Przetwarzanie wyników: Opcje........................................... 57 6.5.7 Print & export........................................................ 60 6.5.8 Kończenie serii pomiarów............................................... 63 7 Funkcje......................................................................... 65 7.1 Funkcje z grupy głównej User.................................................. 65 7.1.1 Results memory....................................................... 66 7.1.2 General method parameters............................................. 67 7.1.3 Absorbance spectra library.............................................. 70 7.1.4 Device settings....................................................... 70 7.1.5 Device calibration..................................................... 73 7.1.6 Info................................................................ 73 8 Konserwacja..................................................................... 75 8.1 Czyszczenie................................................................. 75 8.1.1 Czyszczenie pokrywy gniazda kuwety..................................... 76 8.2 Dezynfekcja/dekontaminacja................................................... 77 8.3 Inspekcja urządzenia.......................................................... 78 8.3.1 Inspekcja modułu spektrometrycznego.................................... 78 8.3.2 Sprawdzanie modułu fluorescencyjnego................................... 82 8.3.3 Auto-test urządzenia................................................... 83 8.4 Wymiana bezpieczników....................................................... 83 8.5 Odkażanie przed wysyłką...................................................... 84 9 Rozwiązywanie problemów......................................................... 85 9.1 Błędy ogólne................................................................ 85 9.2 Komunikaty błędów........................................................... 87 9.3 Wskaźniki stanu wyników...................................................... 91 10 Transport, przechowywanie i wyrzucanie............................................. 95 10.1 Transport................................................................... 95 10.2 Składowanie................................................................ 95 10.3 Wyrzucanie................................................................. 96

Spis treści 5 11 Dane techniczne.................................................................. 97 11.1 Źródło zasilania.............................................................. 97 11.2 Warunki otoczenia............................................................ 97 11.3 Waga/wymiary............................................................... 97 11.4 Właściwości fotometryczne..................................................... 98 11.5 Fluorymetr.................................................................. 98 11.6 Dodatkowe parametry techniczne................................................ 99 11.7 Parametry robocze.......................................................... 100 12 Procedura analityczna............................................................ 101 12.1 Wartości absorbancji......................................................... 101 12.1.1 Ślepa próba......................................................... 101 12.1.2 Korekcja tła......................................................... 101 12.1.3 Korekcja kuwety..................................................... 102 12.2 Analiza ze współczynnikiem lub wzorcem........................................ 102 12.3 Analiza z krzywą/linią wzorcową................................................ 103 12.4 Rozcieńczenie.............................................................. 104 12.5 Szczególne procedury analityczne pomiarów UV dla kwasów nukleinowych i białek....... 105 12.5.1 Korekcja A 260 i korekcja A 280........................................... 105 12.5.2 Stosunki A260/A280 i A260/A230........................................ 105 12.5.3 Przeliczanie na stężenia molowe i stosunki kwasów nukleinowych.............. 106 12.5.4 Obliczanie współczynnika dla białek w General Method Parameter (ogólny parametr metody)107 12.6 Specjalne procedury analizy wyników dla metod barwnikowych....................... 108 12.6.1 Obliczanie współczynnika dla barwnika na podstawie współczynnika absorbancji.. 108 12.6.2 Obliczanie FOI (gęstość znakowania)..................................... 108 12.6.3 Konwersja do ilości barwnika........................................... 109 12.7 Dual wavelength (dwie długości fali)............................................ 109 12.8 Fluorymetria............................................................... 110 12.8.1 Wartości RFU....................................................... 110 12.8.2 Próba ślepa......................................................... 110 12.8.3 Analiza z użyciem standardu lub krzywej/linii standardowej, rozcieńczenie....... 110 13 Informacje dotyczące zamawiania.................................................. 111 Certyfikaty...................................................................... 113

6 Spis treści

Sposób korzystania z instrukcji 7 1 Sposób korzystania z instrukcji 1.1 Korzystanie z instrukcji Przeczytaj dokładnie niniejszą instrukcję obsługi przed rozpoczęciem używania urządzenia. Zapoznaj się także z instrukcjami obsługi akcesoriów. Niniejsza instrukcja stanowi część produktu. Z tego względu musi być zawsze łatwo dostępna. Jeśli urządzenie ma być przekazane osobom trzecim, załącz do niego niniejszą instrukcję obsługi. Aktualną wersję instrukcji obsługi we wszystkich dostępnych językach można znaleźć na www.eppendorf.com. 1.2 Symbole zagrożeń i klasyfikacja zagrożeń Zalecenia dotyczące bezpieczeństwa znajdujące się w niniejszej instrukcji zostały sklasyfikowane i opatrzone następującymi symbolami: 1.2.1 Symbole zagrożeń Porażenie elektryczne Wybuch Substancje toksyczne Niebezpieczny punkt Szkody materialne 1.2.2 Klasyfikacja zagrożeń NIEBEZPIECZEŃSTWO OSTRZEŻENIE PRZESTROGA Uwaga Prowadzi do poważnych urazów lub śmierci. Może prowadzić do poważnych urazów lub śmierci. Może prowadzić do lekkich lub średnich urazów. Może prowadzić do powstania szkód materialnych.

8 Sposób korzystania z instrukcji 1.3 Używane symbole Oznaczenie Objaśnienie 1. Czynności do wykonania w określonej kolejności 2. Czynności do wykonania w dowolnej kolejności Wykaz Wciśnij ten przycisk, aby wykonać opisane działanie. lub sample (próbka) Wciśnij ten przycisk programowy, aby wykonać opisane działanie. lub [Copy] (kopiuj) Informacje dodatkowe

Sposób korzystania z instrukcji 9 1.4 Skróty A Absorbancja DNA Kwas deoksyrybonukleinowy dsdna DNA dwuniciowy Metody barwnikowe Metody dla grupy Dye labels do pomiaru znaczonych biocząsteczek FOI Frequency of Incorporation (gęstość znakowania): stosunek liczby cząsteczek barwnika do liczby nukleotydów w znakowanych biocząsteczkach. M mol/l (stęż. molowe) OD600 Absorbancja przy długości fali 600 nm RFU Relative Fluorescence Unit (jednostka fluorescencji względnej) miara intensywności podczas pomiarów fluorescencyjnych RNA Ribonucleic acid ssdna DNA jednoniciowy UV Promieniowanie ultrafioletowe Vis Światło widzialne CV Coefficient of variation (współczynnik zmienności): odchylenie standardowe/średnia

10 Sposób korzystania z instrukcji

Bezpieczeństwo 11 2 Bezpieczeństwo 2.1 Użytkowanie zgodnie z przeznaczeniem BioSpectrometer fluorescence jest przeznaczony do użycia w laboratoriach badawczych biologii, biochemii i biologii komórki. Urządzenie BioSpectrometer fluorescence przeznaczone jest jedynie do użytku wewnątrz pomieszczeń. Muszą być spełnione wszystkie obowiązujące w Twoim kraju wymagania bezpieczeństwa dotyczące eksploatacji sprzętu elektrycznego w laboratoriach. BioSpectrometer fluorescence służy do fotometrycznego oznaczania stężenia analitów w cieczach oraz do rejestracji widm absorpcji w kuwetach. Ponadto umożliwia pomiary fluorescencyjne w celu oznaczania ilościowego biocząsteczek. Używaj jedynie akcesoriów produkowanych lub zalecanych przez firmę Eppendorf. 2.2 Wymagania wobec użytkownika Urządzenie i akcesoria mogą być obsługiwane jedynie przez wyszkolony i wykwalifikowany personel. Przed rozpoczęciem używania urządzenia dokładnie przeczytaj instrukcję obsługi i zapoznaj się ze sposobem działania urządzenia. 2.3 Zagrożenia przy użytkowaniu zgodnie z przeznaczeniem 2.3.1 Obrażenia ciała ZAGROŻENIE! Porażenie prądem z powodu wniknięcia cieczy. Przed rozpoczęciem czyszczenia lub dekontaminacji wyłącz urządzenie i odłącz je od zasilania. Nie dopuszczaj do wnikania cieczy do wnętrza obudowy. Nie czyść/dezynfekuj obudowy środkami w aerozolu. Podłącz urządzenie ponownie dopiero po całkowitym wyschnięciu, zarówno od zewnątrz, jak i wewnątrz. ZAGROŻENIE! Ryzyko wybuchu. Nie używaj urządzenia w obszarach, w których pracuje się z substancjami wybuchowymi. Urządzenie nie jest przeznaczone do pracy z substancjami wybuchowymi lub silnie reaktywnymi. Urządzenie nie jest przeznaczone do pracy z substancjami, które mogą tworzyć atmosferę wybuchową.

12 Bezpieczeństwo OSTRZEŻENIE! Porażenie prądem z powodu uszkodzeń urządzenia lub przewodu zasilającego. Włączaj urządzenie tylko pod warunkiem, że ani ono, ani jego przewód nie są uszkodzone. Urządzeń można używać tylko pod warunkiem, że ich instalacja lub naprawa były prawidłowe. W przypadku niebezpieczeństwa odłącz urządzenie od zasilania, wyciągając przewód z urządzenia lub gniazdka, lub korzystając z przeznaczonego do tego celu urządzenia odcinającego zasilanie (np. wyłącznika awaryjnego w laboratorium). OSTRZEŻENIE! Uszkodzenia spowodowane przez promieniowanie UV. Kuwety mikrolitrowe, np. Hellma TrayCell (lub kuwety mikrolitrowe o podobnej budowie) zmieniają kierunek promieniowania ze źródła światła, co powoduje, że promieniowanie może wydostać się w kierunku do góry, jeśli otwarta jest pokrywa. Zanim rozpoczniesz pomiar upewnij się, że pokrywa kuwety mikrolitrowej jest zamknięta. OSTRZEŻENIE! Uszczerbek na zdrowiu wywołany toksycznymi, radioaktywnymi lub agresywnymi substancjami chemicznymi, jak również zakaźnymi płynami i drobnoustrojami chorobotwórczymi. W czasie pracy z takimi substancjami postępuj zgodnie z obowiązującymi w Twoim kraju przepisami, klasą bezpieczeństwa laboratorium, kartami charakterystyki substancji niebezpiecznej i notami aplikacyjnymi wytwórców. Korzystaj ze sprzętu ochrony osobistej. Kompleksowe przepisy dotyczące pracy z zarazkami lub materiałem biologicznym o grupie ryzyka II lub wyższej można znaleźć w "Instrukcji Bezpieczeństwa Biologicznego Laboratorium" ("Laboratory Biosafety Manual", źródło: Światowa Organizacja Zdrowia, Laboratory Biosafety Manual, w aktualnej i obowiązującej wersji). OSTRZEŻENIE! Uszczerbek na zdrowiu z powodu zanieczyszczonego urządzenia i akcesoriów. Przed przechowywaniem i wysyłką przeprowadź dekontaminację urządzenia i akcesoriów. PRZESTROGA! Obniżenie bezpieczeństwa z powodu niewłaściwych akcesoriów i części zamiennych. Korzystanie z akcesoriów i części zamiennych niezalecanych przez firmę Eppendorf może mieć negatywny wpływ na bezpieczeństwo, sposób działania i precyzję urządzenia. Eppendorf nie ponosi odpowiedzialności za szkody wynikające z używania niewłaściwych lub niezalecanych akcesoriów i części zamiennych lub z niewłaściwego użytkowania takiego wyposażenia. Używaj wyłącznie zalecanych przez Eppendorf akcesoriów i oryginalnych części zamiennych.

Bezpieczeństwo 13 2.3.2 Uszkodzenie urządzenia UWAGA! Uszkodzenia z powodu używania agresywnych substancji chemicznych. Nie dopuszczaj do kontaktu urządzenia lub akcesoriów z agresywnymi substancjami chemicznymi, takimi jak mocne i słabe zasady, mocne kwasy, aceton, formaldehyd, węglowodory halogenowane lub fenol. Jeśli urządzenie zostało zanieczyszczone agresywnymi substancjami chemicznymi, natychmiast wyczyść je przy pomocy łagodnego środka czyszczącego. UWAGA! Uszkodzenia urządzenia na skutek kontaktu z oparami agresywnych substancji chemicznych. Do odkażania urządzenia nie używaj fumigacji. UWAGA! Korozja wywołana agresywnymi środkami czyszczącymi i dezynfekującymi. Nie używaj powodujących korozję środków czyszczących, agresywnych rozpuszczalników lub past ściernych. Nie zanurzaj akcesoriów w agresywnych środkach czyszczących lub odkażających na długi okres czasu. UWAGA! Uszkodzenia elementów elektronicznych z powodu kondensacji. Jeśli urządzenie zostało przeniesione z chłodniejszego otoczenia do cieplejszego, w jego wnętrzu może dojść do kondensacji. Po instalacji urządzenia odczekaj przynajmniej 3 h. Dopiero po tym czasie podłącz urządzenie do zasilania. UWAGA! Zakłócenie działania urządzenia z powodu uszkodzenia mechanicznego. Jeśli urządzenie zostało uszkodzone mechanicznie, sprawdź sprawność funkcji pomiarowych i obliczeniowych urządzenia przeprowadzając jego kontrolę. UWAGA! Uszkodzenia z powodu przegrzania. Nie instaluj urządzenia w pobliżu źródeł ciepła (np. kaloryferów, suszarek szafowych). Nie wystawiaj urządzenia na działanie bezpośredniego światła słonecznego. Zapewnij niezakłócony przepływ powietrza. Zachowaj odstęp wynoszący co najmniej 5 cm od wszystkich otworów wentylacyjnych. UWAGA! Straty materialne z powodu niewłaściwego użytkowania. Produkt może być używany wyłącznie zgodnie z jego przeznaczeniem wskazanym w instrukcji obsługi. W czasie pracy z substancjami chemicznymi upewnij się co do odporności materiałów. W razie jakichkolwiek problemów skontaktuj się z producentem produktu.

14 Bezpieczeństwo UWAGA! Uszkodzenie w wyniku niewłaściwego pakowania. Eppendorf AG nie odpowiada za uszkodzenia spowodowane niewłaściwym pakowaniem. Urządzenie może być przechowywane i transportowane wyłącznie w oryginalnym opakowaniu. UWAGA! Uszkodzenie spowodowane nieprawidłowym czyszczeniem uchwytu kuwety. Uchwyt kuwety należy czyścić wyłącznie wilgotnym wacikiem bawełnianym (patrz Czyszczenie str. 75). Nie dopuszczaj, aby do uchwytu kuwety dostała się ciecz. Nie wkładaj palców do uchwytu kuwety. 2.4 Informacje dotyczące odpowiedzialności za produkt W opisanych poniżej przypadkach ochrona, którą objęte jest urządzenie, może utracić ważność, a odpowiedzialność za wynikłe szkody materialne i obrażenia ciała ponosi osoba obsługująca urządzenie: Urządzenie jest używane niezgodnie z instrukcją obsługi. Urządzenie jest używane niezgodnie z przeznaczeniem. Używane są akcesoria lub materiały, które nie są zalecane przez firmę Eppendorf. Urządzenie jest konserwowane lub naprawiane przez osoby nieupoważnione do tego przez firmę Eppendorf. Użytkownik dokonał nieautoryzowanych modyfikacji urządzenia. 2.5 Instrukcje dotyczące bezpieczeństwa umieszczone na urządzeniu Oznaczenie Objaśnienie Umiejscowienie Niebezpieczny punkt Tył urządzenia Gerät nach dem Öffnen justieren! Adjust device after opening! Postępuj zgodnie z instrukcją obsługi. Po otwarciu urządzenia konieczna jest jego ponowna regulacja. Nie otwieraj urządzenia. Spód urządzenia

absorbance a b sorbance Opis produktu 15 3 Opis produktu 3.1 Wygląd produktu Abb. 3-1: Widok z przodu i z tyłu 1 2 3 3 h e ight 8.5 mm 7 pqrs 4 ghi 1 2 3 def abc 5 6 jkl mno wxyz 8 9 tuv method function 0 µ % exit delete enter standard sample blank 11 10 9 8 7 6 5 4 Rys. 3-1: Widok z przodu i z tyłu 1 Wyświetlacz 2 Gniazdo kuwety 3 Pokrywa gniazda kuwety 4 Port USB do podłączania pamięci USB i drukarki 5 Wyłącznik zasilania 7 Gniazdo zasilania 8 Port USB do podłączania komputera PC 9 Złącze drukarki RS-232 10 Gniazdko Ethernet 11 Elementy sterujące 6 Oprawka bezpiecznika Tabliczka znamionowa znajduje się w lewym dolnym rogu, z tyłu urządzenia. 3.2 Lista dostarczonych składników Ilość Opis 1 BioSpectrometer fluorescence 1 Kabel zasilający 4 4 kuwety UVette Oryginalne kuwety Eppendorf z tworzywa, pakowane oddzielnie, PCR clean, protein-free 1 Instrukcja obsługi w wielu językach

16 Opis produktu 3.3 Cechy produktu BioSpectrometer fluorescence umożliwia wykonywanie dwóch rodzajów pomiarów spektroskopowych: spektrofotometrii i fluorymetrii. Jest w stanie wykonywać zarówno pomiary spektrofotometryczne w zakresie UV/Vis od 200 nm do 830 nm, jak i pomiary fluorymetryczne przy dwóch ustalonych kombinacjach długości fali w zakresie światła widzialnego (wzbudzenie 470 nm/emisja 520 nm oraz wzbudzenie 470 nm/ emisja 560 nm). Przeznaczony jest do analizy cieczy podczas prac badawczo-rozwojowych w dziedzinie biologii molekularnej, biotechnologii, biochemii i biologii komórki. Można w nim używać kuwet szklanych i plastikowych o objętości od 1 μl do 3000 μl (fotometria) lub od 60 μl do 3000 μl (fluorymetria). 3.3.1 Metody Photometry W urządzeniu zaprogramowane zostały liczne metody do wyznaczania stężenia kwasów nukleinowych i białek, barwionych kwasów nukleinowych i białek, a także metoda OD 600 do wyznaczania gęstości hodowli bakteryjnych na podstawie mętności roztworu. Zaprogramowano w nim również szablony metod do wykonywania różnych pomiarów i procedur obliczeniowych (pomiary z użyciem jednej lub wielu długości fali, rejestracja widm, wyliczenia z użyciem współczynników, standardów i krzywych standardowych). Można tworzyć własne metody na podstawie metod i szablonów zaprogramowanych fabrycznie. Szablonów w grupie metod Absorbance można użyć do szybkiego pomiaru absorbancji lub widm bez dodatkowych obliczeń. Fluorimetry W urządzeniu zaprogramowane zostały metody do wyznaczania stężenia kwasów nukleinowych za pomocą odczynników PicoGreen, RiboGreen, OliGreen i Qubit oraz do wyznaczania stężenia białek za pomocą odczynnika NanoOrange. Dołączone zostały również skrócone wersje metod dla kwasów nukleinowych do szybkiego pomiaru z użyciem tylko dwóch standardów. Podobnie jak w przypadku spektrofotometrii, zaprogramowane zostały liczne szablony metod do wykonywania procedur obliczeniowych (z użyciem współczynnika, standardu lub krzywej standardowej). 3.3.2 Obsługa Metody i szablony zaprogramowane fabrycznie zostały w jasny sposób podzielone na grupy, z których można szybko wybrać pożądaną metodę. Po wywołaniu metody użytkownik jest prowadzony przez procedurę pomiarową krok po kroku. Okienko pomocy na wyświetlaczu może na żądanie użytkownika wyświetlić pomoc. Trzy okrągłe przyciski pomiarowe: standard, blank i sample, umożliwiają użytkownikowi szybkie rozpoczęcie pomiaru.

Opis produktu 17 3.3.3 Zwracanie wyników BioSpectrometer fluorescence zwraca wyniki na wyświetlaczu lub za pośrednictwem dostępnej do nabycia drukarki Eppendorf. Dzięki połączeniu USB możliwe jest przenoszenie danych z urządzenia na pamięć USB, przesyłanie ich do drukarki lub bezpośrednio do komputera PC. Jeśli urządzenie jest podłączone do sieci, wyniki można drukować na drukarce sieciowej lub wysyłać na adres e-mail. Nie jest możliwe zapisywanie wyników na dysku sieciowym. 3.3.4 Auto-test urządzenia Urządzenie automatycznie testuje funkcje modułu spektrometrycznego i fluorescencyjnego zaraz po swoim uruchomieniu. Aby przeprowadzić bardziej dokładny test, uruchom funkcję Device calibration (patrz Auto-test urządzenia str. 83).

18 Opis produktu

Instalacja 19 4 Instalacja 4.1 Przygotowanie do instalacji Zachowaj kartonowe opakowanie i materiały opakowaniowe, aby wykorzystać je w przyszłości do transportu lub przechowywania urządzenia. Korzystając z informacji o zawartości dostarczonego pakietu sprawdź jego kompletność (patrz Lista dostarczonych składników str. 15). Sprawdź wszystkie części pod kątem uszkodzeń w transporcie. 4.2 Wybór lokalizacji Podczas wyboru lokalizacji dla urządzenia BioSpectrometer fluorescence należy wziąć pod uwagę następujące kryteria: 2 uziemione gniazdka elektryczne dla urządzenia BioSpectrometer fluorescence i drukarki. Stabilny stół laboratoryjny z poziomą powierzchnią roboczą Wymagana przestrzeń dla urządzenia: 50 cm (z drukarką: 75 cm) długości, 50 cm głębokości. Temperatura: od 15 C do 35 C. Unikaj wahań temperatury (np. z powodu otwartych okien). Unikaj bezpośredniego światła słonecznego. Wilgotność: od 25% do 70% wilgotności względnej. Upewnij się, że pod urządzeniem nie znajdują się żadne obiekty (np. luźne kartki, notatniki), które mogłyby zakłócać przepływ powietrza. 4.3 Podłączanie urządzenia do sieci elektrycznej 1. Umieść urządzenie BioSpectrometer fluorescence na odpowiedniej powierzchni roboczej. 2. Sprawdź, czy napięcie i częstotliwość sieci elektrycznej są zgodne z informacjami podanymi na tabliczce znamionowej. 3. Podłącz urządzenie do sieci elektrycznej i włącz je za pomocą włącznika zasilania. 4. Zdejmij folię ochronną z wyświetlacza.

20 Instalacja 4.4 Podłączanie urządzenia do sieci Podłączanie urządzenia do sieci jest opcjonalne. Urządzenia można używać również bez połączenia z siecią. Informacje dotyczące ustawień sieciowych (patrz Device settings str. 70) Warunki wstępne Kabel Ethernet (RJ45) 1. Podłącz kabel Ethernet do gniazdka sieciowego. 2. Podłącz kabel Ethernet do gniazdka Ethernet 10 (patrz Wygląd produktu str. 15). Drukarka sieciowa Drukarka sieciowa zostanie automatycznie rozpoznana przez urządzenie w przypadku spełnienia następujących warunków: Drukarka i urządzenie znajdują się w tym samym segmencie sieci. Drukarka wspiera protokół Zeroconf. Drukarka ma włączoną obsługę PostScript. 4.5 Podłączanie drukarki do portu USB 4.5.1 Drukarka termiczna DPU-S445 Warunki wstępne W urządzeniu zainstalowano oprogramowanie w wersji 3.4.4.0 lub wyższej. W ustawieniach drukarki wybrano drukarkę termiczną DPU-S445 (patrz Device settings str. 70). Podłącz drukarkę termiczną DPU-S445 do portu USB dla drukarek. 1. Połącz kabel drukarki z portem USB dla drukarek 4 (patrz Wygląd produktu str. 15). 2. Podłącz kabel drukarki do drukarki. 3. Podłącz drukarkę do zasilania za pomocą dostarczonego zasilacza lub przewodu (akcesoria drukarki) i włącz ją. Informacje o drukarce można znaleźć w jej instrukcji obsługi.

Instalacja 21 4.6 Podłączanie komputera lub pamięci USB w celu eksportu danych Możesz podłączyć pamięć USB sformatowaną jako FAT 32 do portu USB 4 (patrz Wygląd produktu str. 15). Alternatywnie, w celu bezpośredniego eksportu danych możesz podłączyć urządzenie do komputera PC za pomocą kabla USB: Warunki wstępne Komputer z systemem Windows XP, SP2 lub nowszym. Kabel USB z końcówkami A i B. Podłącz urządzenie do portu USB komputera za pomocą kabla USB 8 (patrz Wygląd produktu str. 15). Do transmisji danych nie jest potrzebne żadne specjalne oprogramowanie: transferowane pakiety danych są rozpoznawane przez komputer jako przenośna pamięć zewnętrzna USB. Aby wyświetlić dane, musisz tylko otworzyć zarejestrowany pakiet danych. Transmisja danych do pamięci USB lub komputera jest rozpoczynana po zakończeniu serii pomiarów, z użyciem metody print & export (patrz Print & export str. 60) (wydruk i eksport).

22 Instalacja

Obsługa 23 5 Obsługa 5.1 Elementy sterujące Abb. 5-1: Panel sterujący urządzenia BioSpectrometer fluorescence Rys. 5-1: Panel sterujący urządzenia BioSpectrometer fluorescence

24 Obsługa Przycisk: Funkcja Klawiatura: Wprowadzanie cyfr i tekstu. Przyciski od 1 do 9 oraz 0: W celu wpisywania tekstu, oprócz cyfr można również uzyskać litery poprzez kilkukrotne wciśnięcie przycisku. Alternatywnie, możesz włączyć klawiaturę ekranową za pomocą przycisku [Keyboard] (klawiatura). Poza polami tekstowymi: Wywołanie wyboru metod. Poza polami tekstowymi: Wywołanie wyboru funkcji. Przycisk programowy: Wybór funkcji Polecenie wydawane przez przycisk zmienia się w zależności od stanu wyświetlacza. Aktualna funkcja przycisku jest wyświetlana bezpośrednio nad przyciskiem, na wyświetlaczu. Przesuwanie kursora w lewo, prawo, dół lub górę. Poruszanie się pomiędzy polami tekstowymi. i wewnątrz pola tekstowego: Przesuwanie kursora pomiędzy znakami w ciągu. i w podglądzie wyników: Poruszanie się pomiędzy wynikami próbek w ramach serii pomiarów. i na wykresie: Poruszanie się po osi x wykresu, np. w celu wyświetlenia zależnych od długości fali wartości absorbancji w widmie. i w widmie adsorpcji w zależności od długości fali: Zmiana sekcji obrazka (procedura SpectraZoom) (patrz Tab. str. 57). Wyjście z aktualnej listy wyboru do wyższego poziomu. Kasowanie wprowadzonych danych. Jeśli kursor wstawiony jest w sekwencję znaków, kasowany jest znak po lewej od kursora Wywołanie wybranej metody lub funkcji. Otwórz listę wyboru. Potwierdź wprowadzone dane lub wybór. Rozpocznij pomiar standardowy. Rozpocznij pomiar próby ślepej. Rozpocznij pomiar próbki.

Obsługa 25 5.1.1 Wpisywanie tekstu Tekst można wprowadzić w celu nadania nazwy metodzie lub serii wyników. Ograniczenie: Nazwy metod mogą zawierać wyłącznie cyfry, litery i podkreślnik "_". Wpisywanie za pomocą klawiatury: Użyj przycisków i, aby poruszać się w ramach pola tekstowego i zmieniać pojedyncze pozycje w nazwie. Przyciski programowe: [Keyboard] (klawiatura): Wyświetlanie klawiatury ekranowej. [abc]: Wybór pomiędzy dużymi i małymi literami podczas wpisywania danych za pomocą klawiatury. [Save] (zapisz): Zapisanie wprowadzonego tekstu. [Cancel] (anuluj): Anulowanie wprowadzania tekstu. Wprowadzanie za pomocą wyświetlanej klawiatury: Użyj przycisków kursora aby wybierać wyświetlane znaki i potwierdzaj swój wybór przyciskiem enter. Podobnie jak w przypadku klawiatury komputera, możesz użyć przycisku "Shift" do wpisania kolejnego znaku wielką literą lub "Caps Lock" do wpisywania wszystkich kolejnych znaków wielką literą. Przyciski programowe: [Numbers] (numery): Przełączanie do trybu wpisywania za pomocą klawiatury. [Save] (zapisz): Zapisanie wprowadzonego tekstu. [Cancel] (anuluj): Anulowanie wprowadzania tekstu.

26 Obsługa 5.2 Wkładanie kuwety Do gniazda kuwety można wkładać standardowe, prostokątne kuwety szklane i plastikowe: Wymiary zewnętrzne: 12,5 mm 12,5 mm Wysokość ścieżki optycznej: 8,5 mm ponad podstawą kuwety Całkowita wysokość: min. 36 mm Kuwety muszą być przezroczyste optycznie dla światła o długości fali używanej do pomiaru. Do pomiarów w zakresie UV Eppendorf oferuje kuwety plastikowe UVette, które są przezroczyste dla długości fali od 220 nm wzwyż i dzięki temu nadają się do pomiarów kwasów nukleinowych. Cuvettes Basic area 12.5 mm 12.5 mm Min. overall height 36 mm Eppendorf µcuvette G1.0 Hellma TrayCell * UVette Ultra-micro Semi-micro Macro Min. filling level 10 mm Light path 8.5 mm Max. height of base 7 mm 0 mm Min. volume Photometry Min. volume Fluorimetry See manufacturer information See manufacturer information See manufacturer information not suitable 50 µl 60 µl * or similar microliter cuvette 70 µl 70 µl 400 µl 400 µl 1000 µl 1000 µl Warunki wstępne Kuweta nie jest zabrudzona kurzem lub odciskami palców, ani nie jest zadrapana. Gniazdo kuwety nie jest zabrudzone drobinami, kurzem ani cieczą. Objętość pomiarowa kuwety jest dostateczna. Upewnij się, że osiągnięta została minimalna objętość pomiarowa. Mierzony roztwór nie zawiera widocznych cząstek ani pęcherzyków. Fluorymetria: Mierzony roztwór nie zawiera substancji, które wykazują niepożądaną autofluorescencję ani takich, które osłabiają fluorescencję badanej substancji. Temperatura kuwety jest wyższa niż punkt rosy w istniejących warunkach otoczenia (wilgotność i temperatura).

Obsługa 27 Kierunek ścieżki optycznej jest oznaczony strzałką na obudowie. Fotometria: Kierunek ścieżki optycznej od tyłu do przodu jest oznaczony na obudowie: "absorbance". Fluorymetria: Kierunek ścieżki optycznej z prawej do lewej jest oznaczony na pokrywie gniazda kuwety: "fluorescence". Abb. 5-2: Oznaczenia ścieżek optycznych fluorescence absorbance height 8.5 mm Rys. 5-2: Oznaczenia ścieżek optycznych 1. Ustaw kuwetę w taki sposób, aby jej okienko optyczne skierowane było w kierunku ścieżki optycznej. 2. Podczas wkładania kuwety wciśnij ją do końca, pokonując lekki opór. 3. Fluorymetria: przed pomiarem zamknij pokrywę gniazda kuwety. 5.3 Podsumowanie procedury pomiaru 5.3.1 Przygotowanie pomiaru 1. Włącz urządzenie oraz drukarkę, jeśli jest ona potrzebna. Urządzenie przeprowadza auto-test (trwający ok. 1 minutę) i wyświetla listę wyboru metody. 2. Przygotuj kuwety do pomiaru (patrz Wkładanie kuwety str. 26). 3. Przygotuj roztwory pomiarowe do zmierzenia wartości zerowych i jeśli to konieczne, również roztwory standardowe i próbki. 4. Otwórz pokrywę gniazda kuwety. Nie należy używać roztworów standardowych ani próbek o absorbancji mniejszej, niż 0,05 A. Mimo że granica wykrywalności urządzenia może być znacznie niższa, wpływ zakłóceń występujących w mierzonych roztworach (np. zawieszone cząsteczki, pęcherzyki gazu, zmętnienie) na wiarygodność wyników jest przy tak małych wartościach absorbancji bardzo duży.dalsze źródła informacji, takie jak Userguide no. 013, można znaleźć na naszej stronie internetowej www.eppendorf.com.

28 Obsługa 5.3.2 Procedura pomiaru 5.3.2.1 Wybór metody Użyj przycisków kursora, aby wybrać pożądaną metodę i wywołaj ją, wciskając przycisk enter. Przegląd i szczegółowy opis metod można znaleźć w następnym rozdziale (patrz Metody str. 33). Kreator: Kreator wyświetlany u góry wyświetlacza prowadzi użytkownika przez procedurę każdej metody krok po kroku. Okienko pomocy: Podczas każdego etapu procedury będziesz otrzymywać pomocne wskazówki w prawym dolnym rogu wyświetlacza. Przyciski programowe: Przyciski programowe [< Back] i [Next >] umożliwiają poruszanie się pomiędzy etapami każdej metody w ramach kreatora. 5.3.2.2 Sprawdzanie parametrów Sprawdź ustawienia parametrów. Przyciski programowe [Page dn] i [Page up] umożliwiają wyświetlanie kolejnych stron listy parametrów. Możesz modyfikować i zapisywać parametry przyciskiem [Edit].

Obsługa 29 5.3.2.3 Pomiar próby ślepej i standardów W przypadku analiz bez użycia standardów (np. pomiary DNA) ten etap metody jest pomijany. 1. Zacznij od pomiaru próby ślepej (przycisk blank). 2. Następnie zmierz wszystkie standardy po kolei (przycisk standard). Wyświetlacz zawsze pokazuje standard, który ma być zmierzony jako następny. Użyj przycisków programowych [Graph] i [Table], aby przełączać sposób wyświetlania wyników. Aby zaakceptować wyliczenie na podstawie pomiaru standardów, wciśnij [Next]. 5.3.2.4 Pomiar próbek Przycisk sample służy do pomiaru kolejnych próbek. Wyniki próby ślepej zostaną zachowane na czas jednej serii pomiarów. Jednakże w każdej chwili można dokonać ponownego pomiaru próby ślepej. (Na rysunku obok przedstawiono procedurę pomiarową z wyliczeniem na podstawie krzywej standardowej. Oprócz wyników uzyskanych dla próbek pokazano również wykres dotyczący analizy standardów.)

30 Obsługa 5.3.2.5 Kończenie metody 1. Aby zakończyć serię pomiarów i powrócić do listy wyboru metody, wciśnij przycisk [Finish]. 2. Po zakończeniu wszystkich pomiarów wyłącz urządzenie i zamknij pokrywę gniazda kuwety, aby zapobiec jego zanieczyszczeniu. 5.3.2.6 Opcjonalnie: przetwarzanie wyników W przypadku niektórych metod możliwe jest dalsze przetwarzanie wyników za pomocą etapu metody process results. Przykładowo, możesz zastosować funkcję SpectraZoom na widmach. Użyj przycisków kursora i, aby wybrać wszystkie wyniki z serii pomiarowej, które chcesz dalej przetwarzać. 5.3.2.7 Drukowanie i eksport 1. Tworzenie pakietów danych dla wszystkich lub wybranych próbek. 2. Możesz wydrukować dane, zapisać je na pamięci USB, przenieść je na komputer PC za pomocą kabla USB lub eksportować za pośrednictwem e-mail.

Obsługa 31 5.3.3 Ważne instrukcje dotyczące pomiarów Podczas każdego pomiaru sprawdzaj następujące punkty: W przypadku kuwet plastikowych: Ile kolejnych pomiarów można wykonać w kuwecie z zachowaniem wiarygodności? Przed pomiarem próbki lub standardów zmierz próbę ślepą dla kuwety, aby korygować pomiary zarówno o wartość próby ślepej dla odczynnika, jak i dla kuwety. Wyniki pomiaru próby ślepej są zachowywane dla jednej serii pomiarowej, ale w każdej chwili można wykonać nowy pomiar próby ślepej, nawet pomiędzy pomiarami próbek. Wyświetlane wartości absorbancji i RFU zawsze dotyczą bezpośrednio mierzonych wartości. Rozcieńczenie, współczynnik kuwety, a także absorbancja tła, są uwzględniane dopiero w następujących później wyliczeniach wyników(patrz Wartości absorbancji str. 101). Zmierzony wynik jest zwykle wyświetlany po 2-3 sekundach od momentu rozpoczęcia pomiaru. Jeśli do odbiornika dociera tylko niewielka ilość światła (wysokie wartości absorbancji lub niskie wartości RFU), czas pomiaru może zostać automatycznie wydłużony do 9 sekund (fotometria) lub 6 sekund (fluorymetria) w celu zwiększenia precyzji pomiaru. Zwracaj uwagę, aby mierzone wartości absorbancji nie wykraczały powyżej górną granicę zakresu pomiaru fotometrycznego. Jeśli to nastąpi, odrzuć takie wyniki. Górna granica zakresu pomiaru fotometrycznego zależy nie tylko od długości fali (patrz Właściwości fotometryczne str. 98), ale również od wartości próby ślepej dla kuwety. Ultra-mikro kuwety z cienką błoną, takie jak TrayCell (Hellma), mogą wykazywać wartość próby ślepej dla kuwety ok. A = 1. Dostępny zakres pomiaru fotometrycznego jest zmniejszony o tę wartość. Możesz oszacować wartość próby ślepej dla kuwety poprzez użycie jej do pomiaru wody demineralizowanej jako próbki, w porównaniu z pustym gniazdem kuwety, jako próbą ślepą. Wartość próby ślepej dla kuwety Eppendorf μcuvette G1.0 jest pomijalna (około A = 0). Fluorymetria: Zwiększona autofluorescencja kuwety (dotyczy zwykle kuwet plastikowych) może ograniczać dostępny zakres pomiarowy. Po zakończeniu pomiaru całkowicie usuń mierzony roztwór z kuwety, zanim napełnisz ją kolejnym mierzonym roztworem. Pozwala to zminimalizować przenoszenie analitów pomiędzy roztworami. Jeśli spodziewasz się przenoszenia analitów z wcześniejszej próbki do kolejnej z powodu dużej różnicy stężeń, płucz kuwetę pomiędzy pomiarami. Jeśli występuje różnica pomiędzy temperaturą lampy, a temperaturą otoczenia, może nastąpić odchylenie wyników fotometrycznych. Z tego powodu urządzenie przeniesione z zimniejszego otoczenia musi najpierw wyrównać temperaturę z nowym otoczeniem. Unikaj szybkich zmian temperatury. Wykonuj nowe pomiary próby ślepej w przypadku długich serii pomiarowych lub pomiarów wykonywanych przez długi okres czasu.

32 Obsługa

Metody 33 6 Metody 6.1 Wybór metody Urządzenie posiada zaprogramowane fabrycznie metody i szablony metod. Dwie grupy główne, Photometry i Fluorimetry (fotometria i fluorymetria), zorganizowane są w podgrupy. Metody zabezpieczone przed zapisem Metody niezabezpieczone przed zapisem Nowe metody ( szablony ) Najważniejsze metody w biologii molekularnej. Można modyfikować ich parametry, ale zmodyfikowana metoda musi być zapisana pod nową nazwą. Można zmieniać parametry dowolną ilość razy i rozpocząć pomiar od razu po zapisie. Każda grupa metod zawiera szablon, który został wstępnie zaprogramowany z kompletnym zestawem parametrów, aby ułatwić tworzenie nowych metod. Parametry mogą być zmieniane i zapisywane pod nowymi nazwami dowolną ilość razy. Aby przywołać metodę, użyj klawiszy kursora do wyboru grupy głównej, podgrupy i metody. Potwierdź każdy wybór wciskając enter. Tab. 6-1: Metody fotometryczne Absorbance (absorbancja) Routine (rutynowe) Basic (podstawowe) Advanced (zaawansowane) Favorites (ulubione) Metody do szybkiego i prostego pomiaru absorbancji, bez wykonywania dalszych analiz Metody często używane w biologii molekularnej. Metody te są wstępnie zaprogramowane. Można jednak zmieniać ich parametry, pod warunkiem zapisu pod nową nazwą. Metody do analizy pomiarów absorbancji z wykorzystaniem współczynnika, wzorca lub krzywej/linii wzorcowej. Metody do analizy metod pomiarowych z dwiema długościami fali. W grupie Favorites (ulubione) możesz tworzyć własne foldery za pomocą <New folder> (<Nowy folder>) i kopiować do nich często używane metody, aby w razie potrzeby mieć do nich szybki dostęp.

34 Metody Tab. 6-2: Routine (rutynowe) Basic (podstawowe) Metody fluorymetryczne Pomiary fluorymetryczne kwasów nukleinowych i białek z wykorzystaniem odczynników dostarczanych przez Invitrogen. (Przeprowadzanie tych procedur może wymagać licencji od Molecular Probes, Inc., Eugene, Oregon, USA lub Invitrogen Corporation, Carlsbad, Kalifornia, USA.) Metody do analizy pomiarów fluorescencji z wykorzystaniem wzorca lub krzywej/linii wzorcowej. Metoda Raw fluorescence (fluorescencja bez obróbki) pozwala szybko zmierzyć fluorescencję bez przeprowadzania dalszej analizy. Możesz tworzyć nowe metody we wszystkich folderach za pomocą <New Method> (<Nowa metoda>). W grupie Favorites (ulubione) możesz tworzyć własne foldery (np. aby przypisać foldery określonym osobom), zmieniać ich nazwy i usuwać je. Tab. 6-3: [Cut] i [Paste] [Copy] i [Paste] [Delete] [Rename] Przyciski programowe w wyborze metody Wycinanie i wklejanie metod. Kopiowanie i wklejanie metod. Usuwanie metod. Zmiana nazwy metod. Skopiowane lub wycięte metody można dodać do różnych folderów w grupie Favorites (ulubione) lub dodać pod nową nazwą do folderu wyjściowego. Poruszając się za pomocą kursorów, w kolumnie Methods (metody) wybierz pożądany folder i naciśnij [paste] (wklej), aby dodać do niego metodę. 6.2 Opis metody fotometrycznej W rozdziale tym opisano wstępnie zaprogramowane metody i szablony metod. 6.2.1 Grupa metod Absorbance (absorbancja) Single λ (pojedyncza λ) Pomiar absorbancji przy danej długości fali. Brak dalszej analizy. Multi λ (wiele λ) Pomiar absorbancji przy od dwóch do sześciu długościach fal. Brak dalszej analizy. Scan (skan) Pomiar widma absorbancji w funkcji określonego zakresu długości fal. Wyświetlanie długości fali i absorbancji na widmie poprzez nawigowanie kursorem długości fali. Fragment widma można modyfikować za pomocą 3 różnych typów powiększania. Możliwe wykrywanie pików.

Metody 35 6.2.2 Grupa metod Routine (rutynowe) Metody grupy Routine (rutynowe) są zaprogramowane wstępnie jako metody stałe. Dlatego po zmianie parametrów w stałych, wstępnie zaprogramowanych metodach potrzebne jest wprowadzenie nowej nazwy metody. Nucleic acids (kwasy nukleinowe) Określanie stężenia kwasów nukleinowych poprzez pomiar przy 260 nm i analizę z udziałem współczynnika. Wstępnie zaprogramowano różne metody dla kwasów nukleinowych, jak np. dsdna lub RNA. Parametry zmieniają się w zależności od współczynnika. Wstępnie zaprogramowane metody dla kuwet mikrolitrowych: Pomiar DNA przy objętościach próbki w zakresie mikrolitrów z długością ścieżki optycznej 1 mm (w kuwetach mikrolitrowych jak Eppendorf μcuvette G1.0 lub Hellma TrayCell). Dodatkowe informacje o czystości mierzonych kwasów nukleinowych: Stosunki A260/280 i A260/A230, widmo absorbancja-długość fali dla kwasu nukleinowego, absorbancja tła (wstępnie ustawiona długość fali: 320 nm, przy której absorbancja czystego kwasu powinna być bliska zeru). Częściową korekcję mętności można przeprowadzić za pomocą parametru Background (tło). Stężenia można przeliczać na stężenia molowe i (po wprowadzeniu objętości próbki) na ilości kwasu nukleinowego (krok metody process results przetwarzanie wyników). Proteins direct UV (białka, bezpośredni pomiar UV) Określanie stężenia białek poprzez pomiar przy 280 nm i analizę standardową lub z udziałem współczynnika. Wstępnie zaprogramowane metody zwracające bezpośrednio absorbancję jako wynik (Protein A 280) i metody analizy przez specyficzne dla albuminy współczynniki absorpcji Albumin A 280). Wstępnie zaprogramowane metody dla kuwet mikrolitrowych: Pomiar białek przy objętościach próbki w zakresie mikrolitrów z długością ścieżki optycznej 1 mm (w kuwetach mikrolitrowych jak Eppendorf μcuvette G1.0 lub Hellma TrayCell). Dodatkowe informacje o czystości mierzonego białka: Absorbancja tła (wstępnie ustawiona długość fali: 320 nm, przy której absorbancja czystego białka powinna być bliska zeru). Częściową korekcję mętności można przeprowadzić za pomocą parametru Background (tło). Programując metodę, odpowiedni współczynnik zostanie zaimportowany dzięki prostemu wyborowi białka ze wstępnie zdefiniowanej listy. Współczynniki są oddzielnie definiowane w funkcjach grupy Gen. method param. (ogólne parametry metody). Różne białka zostały wstępnie zaprogramowane w Gen. method param. (ogólnych parametrach metody). Można dodawać kolejne białka. Proteins (with reagent) (białka [z odczynnikiem]) Określanie stężenia białek za pomocą pomiarów kolorymetrycznych i analiza z wykorzystaniem wzorców lub współczynników (typowo: analiza z krzywą wzorcową). Metody Bradford, Bradford micro, Lowry, Lowry micro, BCA and BCA micro zostały wstępnie zaprogramowane. W zależności od producenta odczynnika parametr Curve fit (dopasowanie krzywej, typ krzywej podstawowej) należy zmienić zgodnie z potrzebami.

36 Metody Dye labels (znaczniki barwnikowe) Dla biocząsteczek znaczonych barwnikiem: Określanie stężenia biocząsteczki (kwasu nukleinowego lub białka) przez pomiar przy 260 lub 280 nm i pomiar barwnika w ramach jednej procedury pomiarowej. Analiza ze współczynnikiem. Obok biocząsteczki można jednocześnie mierzyć dwa barwniki przy dwóch różnych długościach fali. Dodatkowo: analiza wcielania znacznika (FOI) barwnikowego. Wybór pomiędzy dwiema różnymi procedurami obliczania FOI. Wstępnie zaprogramowane metody: ssdna, znakowane Cy 3 lub Cy 5. Możliwa jest korekcja wpływu widma barwnika na dokładność pomiaru dla biocząsteczki. Częściową korekcję mętności można przeprowadzić za pomocą parametru Background (tło). Dodatkowe informacje o czystości mierzonych materiałów: stosunki A260/A280 i A260/A230 (wartości stosunków tylko dla kwasów nukleinowych), widmo absorbancji od długości fali. Po zaprogramowaniu metod szereg powiązanych parametrów, jak długości fali i współczynników analitycznych, jest importowany przez prosty wybór biocząsteczki i barwnika ze wstępnie określonych list. Parametry te są oddzielnie definiowane w funkcjach grupy Gen. method param. (ogólne parametry metody). W grupie Gen. method param. (ogólne parametry metody) zaprogramowano wstępnie różnorakie kwasy nukleinowe, białka i barwniki. Możliwe jest dodawanie kolejnych kwasów nukleinowych, białek i barwników. Tylko dla znakowanych kwasów nukleinowych: Stężenia można przeliczać na stężenia molowe i (po wprowadzeniu objętości próbki) na ilości kwasu nukleinowego i barwnika (krok metody process results przetwarzanie wyników). Bacterial density (gęstość bakterii) Pomiar mętności do określenia gęstości bakterii. Wstępnie zaprogramowano pomiar przy 600 nm. Dodatkowe informacje: widmo absorbancji od długości fali. 6.2.3 Grupa metod Basic (podstawowe) Factor, standard (współczynnik, wzorzec) Pomiar przy danej długości fali i analiza za pomocą współczynnika lub wzorca. Metody analizy ze współczynnikiem i wzorcem są wstępnie zaprogramowane. Calibration curve (krzywa kalibracji) Pomiar przy danej długości fali i dalsza analiza na podstawie serii 2 12 wzorców. Możliwy wybór różnych procedur analitycznych ( Curve fit, dopasowanie krzywej), np. regresji liniowej lub regresji nieliniowej. Graficzne i tabelaryczne przedstawienie wyników dla wzorców. Możliwe wykorzystanie ostatniej zapisanej analizy z wzorcem. Metoda do analizy krzywej wzorcowej jest wstępnie zaprogramowana.

Metody 37 6.2.4 Grupa metod Advanced (zaawansowane) Dual wavelength (dwie długości fali) Pomiar przy dwóch długościach fali i analiza zmierzonych wartości absorbancji za pomocą dwóch podstawowych wzorów (odejmowanie, dzielenie). Można zdefiniować warianty podstawowych wzorów. Wynik może być analizowany z wykorzystaniem współczynnika, wzorca lub serii wzorców. Wstępnie zaprogramowano metody obliczenia, odejmowania, dzielenia i dalszej analizy ze współczynnikiem. 6.3 Opis metody fluorymetrycznej 6.3.1 Grupa metod Routine Metody z grupy Routine są zaprogramowane fabrycznie i wgrane na stałe. Z tego względu w przypadku modyfikacji parametrów metody zaprogramowanej fabrycznie konieczne jest wybranie nowej nazwy metody. Wymienione poniżej metody zaprogramowane fabrycznie opierają się na standardowych procedurach operacyjnych firmy Invitrogen dla odpowiednich reagentów. Wykonywanie tych procedur może wymagać uzyskania licencji od Molecular Probes, Inc., Eugene, OR, USA lub Invitrogen Corporation, Carlsbad, CA, USA. Kwasy nukleinowe Fluorymetryczne oznaczanie stężenia kwasów nukleinowych po reakcji z reagentami. Pomiar DNA z użyciem PicoGreen, analiza z użyciem krzywej/linii standardowej. Pomiar RNA z użyciem RiboGreen, analiza z użyciem krzywej/linii standardowej. Pomiar nukleotydów z użyciem OliGreen, analiza z użyciem krzywej/linii standardowej. Zaprogramowano różne wersje programu metody w formie "short methods" (krótkie metody). W przypadku "short methods" pomiar można przeprowadzić wyłącznie z użyciem dwóch standardów (standardu zero oraz drugiego standardu). Wyniki nie są tak dokładne jak w przypadku pomiaru z użyciem kilku standardów, ale zapewniana dokładność wystarcza do wielu zastosowań, ponieważ krzywa standardowa (zależność pomiędzy mierzonym sygnałem a stężeniem) jest w przybliżeniu liniowa. Pomiar DNA z użyciem reagentów Qubit, analiza z użyciem krzywej/linii standardowej. Brak metody "short method", ponieważ krzywa standardowa nie jest liniowa. Białka Fluorymetryczne oznaczanie stężenia białek po reakcji z reagentami. Pomiar białek z użyciem NanoOrange, analiza z użyciem krzywej/linii standardowej. Ta metoda opiera się na standardowej procedurze operacyjnej firmy Invitrogen dla tego reagenta. Brak metody "short method", ponieważ krzywa standardowa nie jest liniowa. Metody dla reagentów Qubit różnią się od standardowej procedury operacyjnej firmy Invitrogen. Konieczne jest przygotowanie dwóch dodatkowych rozcieńczeń standardów. Dodatkowe informacje na temat przygotowania próbki oraz wykonania procedury można uzyskać od firmy Eppendorf. Informacje kontaktowe dotyczące Wsparcia Aplikacyjnego można znaleźć na odwrocie tej instrukcji obsługi.

38 Metody 6.3.2 Grupa metod Basic Surowe dane fluorescencyjne Pomiar wartości RFU. W urządzeniu zaprogramowano fabrycznie metodę do pomiaru emisji przy długości fali 520 nm. Standard Pomiar wartości RFU i analiza z użyciem standardu. W urządzeniu zaprogramowano fabrycznie metodę do analizy z użyciem standardów. Krzywa kalibracji Pomiar wartości RFU i analiza z użyciem serii od 2 do 12 standardów Można wybierać różne procedury analizy wyników, w tym regresję liniową ("Curve fit") oraz regresję nieliniową. Graficzne i tabelaryczne wyświetlanie wyników pomiaru standardów. Można korzystać z ostatnio zapisanej analizy z użyciem standardów. W urządzeniu zaprogramowano fabrycznie metodę do analizy z użyciem krzywej kalibracji. 6.4 Parametry metody Rozdział ten opisuje parametry używane w programowaniu metod. Kolejność parametrów na wyświetlaczu może różnić się nieco od kolejności w tabeli, którą wybrano dla zachowania jasności. Tabela zbiera wszystkie parametry dostępne dla różnych metod. Dla danej metody wymagana jest jedynie niewielka ilość tych parametrów zostaną one pokazane na wyświetlaczu. Parametr Cuvette (kuweta) No. of wavelengths (ilość długości fali) Wprowadzana wartość Wybór 10 5 2 1 0,5 0,2 0,1 mm Wartość wejściowa: Zakres: 2 6. Objaśnienie Długość ścieżki optycznej kuwety. Urządzenie zawsze w sposób automatyczny przelicza wartości absorbancji na odniesione do standardowej kuwety o długości ścieżki 10 mm (patrz Wartości absorbancji str. 101). Dlatego nie ma potrzeby zmieniać współczynników, jak np. 50 przy obliczaniu stężenia dsdna, jeśli zmodyfikowano parametr Cuvette. Jedynie dla grupy metod Multi λ (wiele długości fali). Ilość długości fali, przy których przeprowadzany jest pomiar.

Metody 39 Parametr Wavelength (długość fali) Wavelength (em) (długość fali [emisja]) Wavelength (ex) (długość fali [wzbudzenie]) Unit (jednostka) Formula type (typ wzoru) Wprowadzana wartość Wartość wejściowa: Pomiarowa długość fali w nm. Zakres: 200 830 nm. Wybór: 520 nm 560 nm Wprowadzanie nie jest możliwe. Długość fali: 470 nm Wybór: mg/ml μg/ml ng/ ml pg/ml μg/μl mg/dl μmol/ml nmol/ml pmol/ml pmol/μl U U/mL U/L % Abs A/min Dodatkowo można programować dowolne jednostki za pomocą funkcji General Method Parameters/ Units (ogólne parametry metod/ jednostki). Maks. 7 cyfr. Wybór: division subtraction (dzielenie odejmowanie) Objaśnienie Pomiarowa długość fali: Stężenie obliczane jest na podstawie absorbancji zmierzonej przy tej długości fali. Dla grup metod Multi λ i Dual wavelength (wiele długości fali i dwie długości fali) wprowadź więcej niż jedną długość fali. Dla niektórych grup metod (jak Nucleic acids i Proteins direct UV [kwasy nukleinowe i białka, pomiar bezpośredni UV), długości fali są wstępnie zaprogramowane. Dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe) długości fal nie są wprowadzane pojedynczo do procedury metody. Są one automatycznie importowane poprzez prosty wybór biocząsteczki i barwnika w funkcji General Method Parameters (ogólne parametry metod). Jedynie dla grupy metod fluorymetrycznych Basic (podstawowa): Pomiarowa długość fali: Stężenie obliczane jest na podstawie fluorescencji zmierzonej przy tej długości fali (długość fali emisji). Dla metod z grupy Routine (rutynowe) długości fali są wstępnie zaprogramowane. Jedynie dla grup metod fluorymetrycznych: Wyświetlana jest długość fali wzbudzenia 470 nm. Jednostka dla wynikowego stężenia. We wstępnie zaprogramowanych metodach z grupy Routine (rutynowe) wybór ograniczony jest do jednostek użytecznych dla tych metod. Jedynie dla grupy metod Dual wavelength (dwie długości fali). Typ wzoru do obliczeń absorbancji dla dwóch pomiarowych długości fali przed dokonaniem analizy ze współczynnikiem lub wzorcem.

40 Metody Parametr Wzór: a Wzór: b Wzór: c Wzór: d Calculation (obliczenie) Factor (współczynnik) Wprowadzana wartość Wartość wejściowa: Wartość a we wzorze analitycznym. Limit: maksymalnie 5 cyfr, wraz z separatorem dziesiętnym. Wartość wejściowa: Wartość b we wzorze analitycznym. Limit: maksymalnie 5 cyfr, wraz z separatorem dziesiętnym. Wartość wejściowa: Wartość c we wzorze analitycznym. Limit: maksymalnie 5 cyfr, wraz z separatorem dziesiętnym. Wartość wejściowa: Wartość d we wzorze analitycznym. Limit: maksymalnie 5 cyfr, wraz z separatorem dziesiętnym. Wybór: factor standard (współczynnik wzorzec) Wartość wejściowa: Współczynnik. Limit: maksymalnie 6 cyfr, wraz z separatorem dziesiętnym. Objaśnienie Jedynie dla grupy metod Dual wavelength (dwie długości fali). Wartość a we wzorach: [(a*a1) / (b*a2)] * c + d i [(a*a1) - (b*a2)] * c + d. Jedynie dla grupy metod Dual wavelength (dwie długości fali). Wartość b we wzorach: [(a*a1) / (b*a2)] * c + d i [(a*a1) - (b*a2)] * c + d. Jedynie dla grupy metod Dual wavelength (dwie długości fali). Wartość c we wzorach: [(a*a1) / (b*a2)] * c + d i [(a*a1) - (b*a2)] * c + d. Jedynie dla grupy metod Dual wavelength (dwie długości fali). Wartość d we wzorach: [(a*a1) / (b*a2)] * c + d i [(a*a1) - (b*a2)] * c + d. Procedura analityczna obliczeń stężenia próbki na podstawie zmierzonej absorbancji. Współczynnik przeliczenia wartości absorbancji/fluorescencji względnej na stężenie. Dla następujących grup metod można wprowadzić ujemny współczynnik: Dual wavelength, Factor (dwie długości fali, współczynnik). Dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe) współczynniki nie są wprowadzane pojedynczo do procedury metody. Są one automatycznie importowane poprzez prosty wybór biocząsteczki i barwnika w funkcji General Method Parameters (ogólne parametry metod).

Metody 41 Parametr Protein (białko) Standards (wzorce) Replicates (powtórzenia) Std. conc. (stężenie wzorca) Decimal places (miejsca dziesiętne) Dye 1 (barwnik 1) Correct A260 1 (korekcja A260 1) Wprowadzana wartość Wybór: Lista białek przechowywana w funkcji General Method Parameters/ Proteins (ogólne parametry metod/ białka). Wartość wejściowa: Ilość wzorców. Zakres: 1 12. Wartość wejściowa: Ilość powtórzeń na wzorzec. Zakres: 1 3. Wartość wejściowa: Warości stężeń wzorców. Limit: maksymalnie 6 cyfr, wraz z separatorem dziesiętnym. Wartość wejściowa: Ilość miejsc dziesiętnych w wyniku. Zakres: 0 3. Wybór: Lista barwników przechowywanych w funkcji General Method Parameters/ Dyes (ogólne parametry metod/ barwniki). Wybór: on off (wł wył) Objaśnienie Jedynie dla grup metod Dye labels i Proteins direct UV (barwniki znacznikowe i białka, pomiar bezpośredni UV). Wybierając białko odpowiedni parametr Factor (współczynnik) zaprogramowany w funkcji General Method Parameters/ Proteins (ogólne parametry metod/białka) będzie automatycznie zaimportowany z tej funkcji. Ilość różnych stężeń wzorców do analizy z udziałem wzorców. W przypadku niektórych metod zakres ilości wzorców jest mniejszy niż 1 12. Ilość powtórzeń pomiaru dla różnych stężeń wzorca. W zależności od ilości wzorców dostępna jest odpowiednia ilość parametrów (np. std. conc. 1, std. conc. 2,...). Ilość miejsc dziesiętnych w wyniku obliczeń stężenia. Jedynie dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe). Kiedy wybrany jest barwnik, parametry zaprogramowane w funkcji General Method Parameters/Dyes (ogólne parametry metod/barwniki) dla danego barwnika są także importowane, tj. współczynnik, długość fali i, jeśli to konieczne, współczynniki korekcji dla pomiaru przy 260 lub 280 nm (patrz opis odpowiednich parametrów). Jedynie dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe). Korekcja wpływu widma barwnika na absorbancję przy pomiarowej długości fali biocząsteczki (260 nm lub 280 nm). Niektóre widma barwników wykazują niską absorbancję przy 260 i 280 nm. Absorbancje te zniekształcają obliczenia dla kwasów nukleinowych lub białek dla tych metod. Aby je zminimalizować wykorzystywane są współczynniki korekcji, pod warunkiem, że są one znane dla odpowiednich barwników. Kiedy parametr jest włączony, współczynnik korekcji jest importowany z funkcji General Method Parameters/Dyes (ogólne parametry metod/barwniki).

42 Metody Parametr Correct A 280 1 (korekcja A 280 1) Dye 2 active (barwnik 2 aktywny) Dye 2 (barwnik 2) Correct A260 2 (korekcja A260 2) Correct A280 2 (korekcja A260 2) Show scan (pokaż skan) Start λ (początkowa dł. fali) Stop λ (końcowa dł. fali) A260/A280 A260/A230 FOI (wcielanie znacznika) Wprowadzana wartość Wybór: on off (wł wył) Wybór: on off (wł wył) Wybór: Lista barwników przechowywanych w funkcji General Method Parameters/ Dyes (ogólne parametry metod/ barwniki). Wybór: on off (wł wył) Wybór: on off (wł wył) Wybór: on off (wł wył) Wartość wejściowa: Długość fali w nm. Zakres: 200 830 nm. Wartość wejściowa: Długość fali w nm. Zakres: 200 830 nm.wartość musi być większa od wartości dla Start λ. Wybór: on off (wł wył) Wybór: on off (wł wył) Wybór: none dye/kb pmole/ μg (brak znacznik/kb pmol/μg) Objaśnienie Jedynie dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe). Wyjaśnienie patrz opis parametru Correct A260 1 powyżej. Jedynie dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe). Opcja pomiaru drugiego barwnika w tym samym czasie. Zastosowanie: Znakowanie biocząsteczki dwoma barwnikami. Jedynie dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe) przy pomiarze 2 barwników. Wybór drugiego barwnika (patrz parametr Dye 1). Jedynie dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe) przy pomiarze 2 barwników. Analogicznie do parametru Correct A260 1. Jedynie dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe) przy pomiarze 2 barwników. Analogicznie do parametru Correct A280 1. Wyświetlanie skanu (wykresu absorbancji od długości fali) obok wyniku pomiaru próbki. Początkowa długość fali do rejestracji skanu. Wartość końcowa długości fali do rejestracji skanu. Jedynie dla kwasów nukleinowych. Wyświetlanie stosunku A260/A280 obok wyniku pomiaru próbki. Jedynie dla kwasów nukleinowych. Wyświetlanie stosunku A260/A230 obok wyniku pomiaru próbki. Jedynie dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe). Wyświetlanie wartości FOI obok wyniku pomiaru próbki. FOI (wcielanie znacznika) to miara ilości cząsteczek znacznika włączonych do kwasu nukleinowego na cząsteczkę kwasu nukleinowego.jednostki to dye/kb (cząsteczek barwnika na 1000 zasad) lub pmole/μg (pmoli barwnika na μg kwasu nukleinowego). None : brak obliczenia FOI.

Metody 43 Parametr Background (tło) Wavelength (długość fali) Background for dyes (tło dla barwników) Wavelength (długość fali) Autoprint (automatyczny wydruk) Wprowadzana wartość Wybór: on off (wł wył) Długość fali w nm.zakres: 200 830 nm. Wybór: on off (wł wył) Długość fali w nm. Zakres: 200 830 nm. Wybór: on off (wł wył) Objaśnienie Przed obliczeniem wyniku dla próbki absorbancja dla długości fali tła, dla której mierzony analit powinien wykazywać zerową absorbancję, jest odejmowana od absorbancji zmierzonej przy pomiarowej długości fali. Częste zastosowanie: Częściowa korekcja mętności w pomiarach kwasów nukleinowych (długość fali tła w tym przypadku to 320 nm lub 340 nm). Długość fali pomiarowej dla tła. Dla tej wartości czysty, mierzony analit powinien mieć zerową absorbancję. Jedynie dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe). Zastosowanie korekcji tła do pomiaru barwników (patrz parametr Background). Jedynie dla grupy metod Dye labels (barwniki znacznikowe). Długość fali pomiarowej tła dla barwników. Czysty, niezanieczyszczony mierzony barwnik przy tej długości fali powinien mieć zerową absorbancję. Wydruk wyniku pomiaru przez drukarkę termiczną zaraz po jego wykonaniu. Można drukować jedyne główne wyniki. Aby uzyskać szczegółowe dane, wymagane pakiety danych mogą zostać skompilowane i wydrukowane w kroku metody print & export (druk i eksport) na końcu serii pomiarów.

44 Metody 6.5 Procedura metody Kreator: wyświetlany u góry wyświetlacza kreator poprowadzi Cię przez procedurę metody. Bieżący etap aktywnej metody jest podświetlany. Procedura metody składa się z maksymalnie 5 etapów. Bieżący etap metody jest podświetlony. Po ostatnim etapie serii pomiarowej, czyli print & export, jako kolejny etap do wykonania sugerowane jest rozpoczęcie nowej serii pomiarowej. Zaczyna się ona ponownie od pomiaru próbki. Etap metody Check parameters Measure standards Measure samples Process results Print & export Objaśnienie Sprawdź parametry metody. Jeśli to konieczne, wprowadź zmiany. Dotyczy tylko metod związanych z analizą standardów: Zmierz i analizuj wszystkie standardy. Można również użyć ostatnio zapisanej analizy standardów. Pomiar próbek Tylko dla niektórych metod: przetwarzanie wyników, np. powiększanie wykresów skanów. Składanie pakietów danych do wydruku lub eksportu. Aby poruszać się między etapami metody, używaj przycisków programowych [Next >] i [< Back]. Przyciskiem [Abort] i [Finish] można odpowiednio przerwać lub zakończyć procedurę pomiarową. Nazwa przycisku zmienia się z [Abort] na [Finish] po pierwszym pomiarze próbki.

Metody 45 6.5.1 Check parameters Przyciski programowe [Page dn] i [Page up]: Przełączanie stron listy parametrów od 1 do 3. [Edit]: Przełączenie do trybu edycji parametrów. Tryb edycji parametrów: Do momentu zapisania modyfikacji zmienione parametry oznaczone są czerwoną gwiazdką. Przyciski programowe [Save] i [Save as]: Zapis zmian. W przypadku użycia [Save as] konieczna jest zmiana nazwy metody. Jest to zawsze wymagane przy modyfikacji metod wstępnie zaprogramowanych przez Eppendorf w grupie Routine. [Cancel]: Opuszczenie trybu edycji bez zapisu zmian. Zapis metody pod nową nazwą: Możesz zapisać metodę w tym samym folderze, z którego została wywołana, lub w dowolnym folderze w grupie metod Favorites. Nazwa (maksymalnie 20 liter) może być wprowadzana z klawiatury ekranowej (przycisk programowy [Keyboard]) lub bezpośrednio z klawiatury (patrz Wpisywanie tekstu str. 25). Po zapisaniu parametrów powrócisz do ekranu check parameters.

46 Metody 6.5.2 Measure standards Na wyświetlaczu zaznaczony jest pierwszy standard do pomiaru. Po zmierzeniu wartości dla ślepej próby (przycisk blank) zmierz kolejno wszystkie standardy (przycisk standard). Jeśli standardy są mierzone w kilku powtórzeniach, automatycznie wyliczana i wyświetlana jest wartość średnia dla każdego ze standardów. Za pomocą przycisków kursora i możesz wybrać określone standardy do pomiaru. Można również ponownie zmierzyć poszczególne standardy. Przyciski programowe [Last cal]: Wywołanie ostatnio zapisanej analizy standardów dla tej metody, aby wykorzystać ją do pomiaru próbek. [Curve fit]: Wybór procedury analizy standardów. Jeśli wynik nie został zapisany, metoda może być również wprowadzona później. Instrukcje dotyczące wybierania procedury analizy wyników opisano w rozdziale dotyczącym procedur analizy wyników (patrz Analiza z krzywą/linią wzorcową str. 103). [Graph]: Graficzne wyświetlanie wyników pomiaru standardów. Po wykonaniu minimalnej liczby pomiarów niezbędnych do analizy za pomocą wybranej metody (dopasowania krzywej) wynik analizy pokazany będzie w prawej części wyświetlacza. Możesz teraz zapisać analizę i przejść do pomiaru próbki przyciskiem [Next>]. Widok graficzny analizy standardów. Aby obejrzeć wynik, możesz przechodzić pomiędzy standardami za pomocą przycisków kursora i. Jeśli standardy są mierzone w kilku powtórzeniach, można przechodzić pomiędzy powtórzeniami za pomocą przycisków i. Możesz też wybrać pojedyncze standardy z wyświetlanego wykresu, aby je zmierzyć po raz pierwszy lub ponownie. Przyciski programowe [Table]: Wyświetlanie wyników pomiaru standardów w tabeli. [Next >]: Zapis analizy standardów i przejście do pomiaru próbek.

Metody 47 6.5.3 Measure samples Przycisk sample służy do pomiaru kolejnych próbek. Wyniki pomiaru próby ślepej są zapisywane na potrzeby jednej całej serii pomiarowej, ale w każdej chwili można wykonać nowy pomiar próby ślepej. Za pomocą przycisków i możesz przechodzić pomiędzy wynikami dla próbek, które zostały do tej pory zmierzone w bieżącej serii pomiarowej. Wyświetlanie wyników: Wynik stężenia (6 cyfr, zmiennoprzecinkowy) jest jasno uwidoczniony. Widok wykresu: Wynik po prawej stronie wyświetlacza. Bez wykresu: Wynik pośrodku wyświetlacza. Oprócz wyniku, mniejszą czcionką wskazywana jest podstawowa wartość absorbancji. Dodatkowe dane Prawy górny róg; pierwszy wiersz: Numer próbki: Nadawany kolejno i resetowany do wartości 1 dla każdej nowej serii pomiarowej. Rozcieńczenie próbki (jeśli podano) Prawy górny róg; drugi wiersz: Identyfikator próbki (ID) (jeśli podano) Lewy górny róg: Nazwa pliku, który będzie eksportowany jako plik Excel z danymi podczas etapu metody print and export (patrz str. 60). Przyciski programowe [Dilution]: Wprowadzanie rozcieńczenia próbki. [Edit ID]: Wprowadzanie ID próbki. [Data]: Wyświetlanie dodatkowych danych wynikowych (nie we wszystkich metodach). [Finish]: Zakończenie serii pomiarów i powrót do wyboru metody. Wyświetlane wartości absorbancji zawsze dotyczą bezpośrednio mierzonych wartości. Rozcieńczenie, współczynnik kuwety, a także absorbancja tła, są uwzględniane wyłącznie w następujących później wyliczeniach wyników(patrz Wartości absorbancji str. 101).

48 Metody Wprowadzanie rozcieńczenia Przycisk programowy [Dilution] jest aktywowany po zmierzeniu ślepej próby (przycisk blank). 1. Wciśnij przycisk programowy [DIlution]. 2. Wprowadź objętości próbki (do 3 cyfr) i bufora rozcieńczającego (do 4 cyfr). Urządzenie pomnoży wynik dla próbki przez wyliczony współczynnik rozcieńczenia. Przyciski programowe [Clear dil.]: Kasowanie wartości dla rozcieńczenia próbki. [OK]: Zatwierdzenie rozcieńczenia próbki i powrót do pomiaru próbki. [Cancel]: Anulowanie wprowadzania i powrót do pomiaru próbki. Wartość rozcieńczenia jest stosowana do wszystkich wyników dla próbki do momentu wprowadzenia nowej wartości. Enter sample ID Identyfikator będzie zastosowany do następnego wyniku pomiaru próbki. Podczas wprowadzania nowego ID wyświetlany jest ostatnio wprowadzony ID, służący jako wzorzec pomagający szybko wprowadzać ID w określonym formacie. Dany identyfikator można przypisać w jednej serii pomiarowej tylko raz. 1. Wciśnij przycisk programowy [Edit ID]. 2. Wprowadź ID próbki (do 12 cyfr). Alternatywna możliwość wprowadzenia liter: Klawiatura: Wielokrotne naciskanie przycisku pod rząd powoduje wyświetlanie kolejnych wartości dostępnych dla tego przycisku. Klawiatura wyświetlana za pomocą przycisku [Keyboard]: Wybierz znak klawiszami kursora i potwierdź, naciskając enter. Przyciski programowe [Keyboard]: Wyświetlanie klawiatury. [abc]: Wybór pomiędzy dużymi i małymi literami podczas wpisywania danych za pomocą klawiatury. [OK]: Zatwierdzenie ID próbki i powrót do pomiaru próbki. [Cancel]: Anulowanie wprowadzania i powrót do pomiaru próbki.

Metody 49 Wyświetlanie wyników z rozcieńczeniem i ID Wyświetlanie wyników z rozcieńczeniem i ID 6.5.4 Pomiar próbek: Sposoby przedstawienia wyników Ten rozdział opisuje typowe sposoby przedstawienia wyników dla wszystkich metod oraz przegląd dodatkowych danych dotyczących wyników, które można przeglądać za pomocą przycisku programowego [Data]. Grupa metod Photometry Grupa główna Absorbance Single λ Przedstawienie wyników Objaśnienie Przedstawienie wyników: Absorbancja przy długości fali użytej do pomiaru Tylko w przypadku rozcieńczeń lub kuwet innych niż 10 mm: dodatkowo wyświetlane są wartości absorbancji przed przekształceniem. Multi λ Przedstawienie wyników: Wartości absorbancji dla danych długości fali Dodatkowe dane (przycisk programowy [Data]): Dotyczy tylko rozcieńczeń lub kuwet innych niż 10 mm: wartość absorbancji przed przekształceniem.

50 Metody Grupa metod Photometry Scan Przedstawienie wyników Objaśnienie Przedstawienie wyników: Skan (wykres zależności absorbancji od długości fali) Pomiędzy punktami pomiarowymi na wykresie można przechodzić za pomocą i. Grupa główna Routine Nucleic acids Przedstawienie wyników: Wynik obliczenia stężenia i absorbancja przy mierzonej długości fali Jeśli włączono w parametrach: stosunek A260/A280 Jeśli włączono w parametrach: skan. Pomiędzy punktami pomiarowymi na wykresie, użytymi do obliczenia wyniku, można przechodzić za pomocą i. Dodatkowe dane (przycisk programowy [Data]): Jeśli aktywowane zostały odpowiednie parametry: Wartość absorbancji przy 280 nm. Stosunek A260/A230 i wartość absorbancji przy 230 nm. Wartość absorbancji dla długości fali tła.

Metody 51 Grupa metod Photometry Proteins direct UV Proteins (with reagent) Przedstawienie wyników Objaśnienie Przedstawienie wyników: Wynik obliczenia stężenia i absorbancja przy mierzonej długości fali Jeśli włączono w parametrach: skan. Pomiędzy punktami pomiarowymi na wykresie, użytymi do obliczenia wyniku, można przechodzić za pomocą i. Dodatkowe dane (przycisk programowy [Data]): Jeśli aktywowane zostały odpowiednie parametry: Wartość absorbancji przy 260 nm. Wartość absorbancji dla długości fali tła. Przedstawienie wyników: Wynik obliczenia stężenia i absorbancja przy mierzonej długości fali. Dla analizy z użyciem serii standardów: wykres analizy standardów z zaznaczonymi wynikami dla próbki.

52 Metody Grupa metod Photometry Dye labels Bacterial density Przedstawienie wyników Objaśnienie Przedstawienie wyników: Wyniki obliczenia stężenia i absorbancja przy długości fali mierzonej dla biocząsteczki. Jeśli włączono w parametrach: skan. Pomiędzy punktami pomiarowymi na wykresie można przechodzić za pomocą i. Dodatkowe dane (przycisk programowy [Data]): Jeśli aktywowane zostały odpowiednie parametry: Stosunki A260/A280 i A260/A230. Wartości absorbancji przy 280 nm i 230 nm oraz dla długości fali mierzonej dla barwnika. Wartość FOI. Wartości absorbancji dla długości fali tła. Stosunki i FOI nie są wyświetlane dla pomiaru białek znaczonych barwnikiem. Przedstawienie wyników: Obliczony wynik i absorbancja przy mierzonej długości fali. Jeśli włączono w parametrach: skan. Pomiędzy punktami pomiarowymi na wykresie można przechodzić za pomocą i.

Metody 53 Grupa metod Photometry Przedstawienie wyników Objaśnienie Grupa główna Basic Factor, standard Calibration curve Grupa główna Advanced Dual wavelength Analogicznie, jak dla Protein direct UV (patrz wyżej) Analogicznie, jak dla Proteins (with reagent) (patrz wyżej) Przedstawienie wyników: Wynik obliczenia stężenia i absorbancja przy mierzonej długości fali. Przedstawienie wyników: Wynik obliczenia stężenia i absorbancja przy mierzonej długości fali. Wykres analizy standardów z zaznaczonymi wynikami dla próbki. Przedstawienie wyników: Wynik stężenia: wyliczony na podstawie A calc. z użyciem współczynnika lub analizy standardów. A calc. : wyliczona ze wzoru, określona w parametrach, obliczona na podstawie absorbancji zmierzonej dla dwóch długości fali. Wartości absorbancji zmierzone dla dwóch długości fali. Dodatkowe dane (przycisk programowy [Data]): Jeśli odpowiednie parametry zostały włączone: Wartość absorbancji dla długości fali tła.

54 Metody Grupa metod Fluorimetry Grupa główna Routine Nucleic acids Przedstawienie wyników Objaśnienie Przedstawienie wyników: Wynik obliczenia stężenia i wartość RFU przy mierzonej długości fali Wykres analizy standardów z zaznaczonymi wynikami dla próbki. Proteins Grupa główna Basic Raw fluorescence Analogicznie, jak dla Nucleic acids (patrz powyżej). Przedstawienie wyników: Wynik obliczenia stężenia i wartość RFU przy mierzonej długości fali Wykres analizy standardów z zaznaczonymi wynikami dla próbki. Przedstawienie wyników: Wartość RFU dla mierzonej długości fali Tylko w przypadku rozcieńczeń: Dodatkowo podawana jest wartości RFU przed przeliczeniem. Standard Przedstawienie wyników: Wynik obliczenia stężenia i wartość RFU przy mierzonej długości fali

Metody 55 Grupa metod Fluorimetry Calibration curve Przedstawienie wyników Analogicznie, jak dla Nucleic acids (patrz powyżej). Objaśnienie Przedstawienie wyników: Wynik obliczenia stężenia i wartość RFU przy mierzonej długości fali Wykres analizy standardów z zaznaczonymi wynikami dla próbki. 6.5.5 Process results Po pomiarze próbki następują dwa opcjonalne etapy metody: process results i print & export. W przypadku niektórych metod możliwe jest dalsze przetwarzanie wyników za pomocą process results. Przykład: Zmiana fragmentu widma na skanie. Wyświetlając wyniki możesz przechodzić pomiędzy wynikami dla próbek z serii pomiarowej za pomocą przycisków kursora i, jak również wybierać wyniki do dalszego przetwarzania. Tab. 6-4: Opcje: Przegląd Opcja Objaśnienie Dostępna w metodach Zoom Zmiana zakresu osi na wykresie Wszystkie metody, dla których jest absorbancja-długość fali w celu powiększenia dostępny i został aktywowany fragmentu wykresu. parametr Scan. Multi λ Scan Nucleic acids Proteins direct UV Dye labels More calculations Peak detection Przeliczanie wyników stężeń do stężenia molowego i (po wprowadzaniu objętości) do ilości całkowitych. Identyfikacja pików na widmie absorbancja-długość fali. Nucleic acids Dye labels (gdy badanymi biocząsteczkami są kwasy nukleinowe) Scan

56 Metody Opcje dla przetwarzania pokazywane są na dwóch przyciskach programowych po lewej. W tym przykładzie: [Zoom] i [More calculations]. Po dokonaniu zmian możesz opuścić bieżący tryb za pomocą dwóch przycisków programowych po prawej: [Save]: Zapisuje zmiany i powraca do etapu metody process results. [Cancel]: Odrzuca zmiany i powraca do etapu metody process results. Po zapisaniu zmian możesz zastosować je do wszystkich próbek serii pomiarowej, naciskając [Yes].

Metody 57 6.5.6 Przetwarzanie wyników: Opcje Zoom Naciśnij przycisk programowy [Zoom] i wybierz jedną z poniższych wariantów. Wariant [spectra]: Przyciski kursora i : Przesuwanie kursora długości fali. Określa środek powiększenia nad osią X. Przyciski kursora i : Stopniowe powiększanie i pomniejszanie wyświetlanego fragmentu osi X za pomocą procedury SpectraZoom. Wyświetlany fragment osi Y jest automatycznie regulowany z każdym krokiem, aby maksymalne i minimalne wartości były zawsze wyświetlane na fragmencie w sposób optymalny. Wariant [spectra-0]: Tak samo jak wariant [spectra], z jednym wyjątkiem: Dolny limit wyświetlanego fragmentu osi Y jest zawsze równy 0 A. Wariant [free]: Użytkownik może wprowadzić własne limity dla obu osi. Możesz przechodzić pomiędzy polami edycji za pomocą przycisków kursora (,, ). We wszystkich 3 wariantach przycisk programowy [reset zoom] powoduje powrót do oryginalnego zakresu wyświetlania widma.

58 Metody More calculations Naciśnij przycisk programowy [More calc.]. Grupa metod Nucleic acids: Po wprowadzeniu masy molowej (wyrażonej w liczbie zasad/par zasad lub w kda): Przeliczanie wyników stężenia do stężenia molowego. Po wprowadzeniu objętości próbki: Obliczanie całkowitej ilości w próbce. Grupa metod Dye labels: Kwas nukleinowy: Po wprowadzeniu masy molowej (wyrażonej w liczbie zasad/par zasad lub w kda): Przeliczanie wyników stężenia do stężenia molowego. Po wprowadzeniu objętości próbki: Obliczanie całkowitej ilości w próbce. Barwnik: Po wprowadzeniu objętości próbki: Obliczanie całkowitej ilości w próbce. Dla dsdna obliczenie stężenia molowego oparte jest na założeniu, że kwas nukleinowy jest dwuniciowy. Dla metod ssdna, RNA i Oligo zakładana jest jednoniciowość kwasu. Dla metod przeprogramowanych za pomocą polecenia <New Method> w grupie głównej Routine, grupa metod Nucleic acids, w obliczeniach stężenia molowego zawsze zakładana jest dwuniciowość kwasu nukleinowego. Peak detection Wciśnij przycisk programowy [Peaks]. Do detekcji piku możesz wykorzystać jedno z dwóch kryteriów: λ grid: Siatka analityczna wyznaczona na skali długości fali (np. 10 nm), za pomocą której wykrywany jest pik. Przykład dla 10 nm: W celu wykrycia piku analizowany jest fragment widma od -5 nm do +5 nm. Min. Δ Abs: Minimalna różnica pomiędzy wykrywanym pikiem a najniższą wartością absorbancji w siatce analitycznej. Żadna z wartości absorbancji mieszczących się w siatce nie może być wyższa od wartości piku w żadnym z danych punktów czasowych (np. 0,5).

Metody 59 Przykłady: λ grid: 100 nm, min. Δ Abs: 0,050: Pik nie został wykryty, ponieważ siatka λ jest za duża: Wartości absorbancji na lewej krawędzi siatki są wyższe od absorbancji piku. λ grid: 20 nm, min. Δ Abs: 0,200: Pik nie został wykryty, ponieważ ustawiona wartość min. Δ abs jest zbyt duża. Różnica pomiędzy absorbancją piku a najniższą wartością absorbancji w siatce jest mniejsza, niż 0,2 A. λ grid: 20 nm, min. Δ Abs: 0,050: Pik został wykryty.

60 Metody 6.5.7 Print & export W ostatnim, opcjonalnym etapie metody możesz skompilować pakiety danych złożone ze wszystkich wybranych próbek należących do serii pomiarowej: aby drukować je na drukarce aby eksportować je na pamięć USB aby eksportować je bezpośrednio na komputer PC z użyciem kabla USB aby eksportować je przez e-mail Wybór pakietów danych Użyj przycisków kursora do nawigacji i potwierdź, naciskając enter. Wybór formatu XLS: Eksport w postaci arkusza Excel lub wydruk. PDF: Eksport w postaci pliku PDF lub wydruk. Przyciski programowe [Print]: Rozpoczęcie drukowania. [Export]: Rozpoczęcie eksportu. [Sample]: Wybór poszczególnych wyników próbek. Wybór pakietów danych Results Data Graph Graph data Parameters Standards/results Standards/graph Podstawowe dane wyników; nie można ich wybrać, ponieważ i tak są zawsze eksportowane. Dodatkowe dane wynikowe, które są wyświetlane podczas pomiaru po naciśnięciu przycisku [Data]. Widmo absorbancja-długość fali. Podstawowe dane liczbowe dotyczące wykresu. export only : Dostępne wyłącznie do eksportu, tj. nie można drukować. Parametry metody. Dane wynikowe do analizy standardów. (Dotyczy tylko analizy standardów z użyciem kilku standardów:) wykres absorbancja-stężenie. W zależności od wybranej metody i ustawień parametrów pokazywane będą wyłącznie te pakiety danych, które są dostępne.

Metody 61 Wybieranie wyników dla poszczególnych próbek Wybór próbek Naciśnij przycisk programowy [Samples], aby wyświetlić pole wyboru próbek. Użyj przycisków kursora do nawigacji i potwierdź, naciskając enter. Przyciski programowe [Select all]: Wybierz wszystkie próbki. [De-Sel. all]: Anuluj wybór. Start export Dane zostaną przesłane w postaci pliku Excel (.xls) lub PDF. Pliki Excel można odczytywać oprogramowaniem Excel w wersji Excel 97 lub nowszej. Dla każdego wybranego pakietu danych tworzony jest oddzielny arkusz Excel. Nazwa pliku składa się z nazwy metody oraz czasu i daty rejestracji serii pomiarowej. Wybierz sposób eksportu Użyj przycisków kursora do nawigacji i potwierdź, naciskając enter. Export to external storage medium: Zapis danych na zewnętrznej pamięci USB. Jeśli nie jest podłączona żadna pamięć zewnętrzna, nie można wybrać tej opcji. Export to PC: Zapis danych na komputerze PC. Export via email: Wysłanie danych na adres e-mail. Export to USB stick 1. Podłącz pamięć USB sformatowaną na FAT 32 do portu USB 4 (patrz Wygląd produktu str. 15). 2. Naciśnij [Export], aby rozpocząć "Eksport do pamięci zewnętrznej". Export to PC Wymagany system operacyjny na komputerze PC: Windows XP SP2 lub nowszy. 1. Połącz urządzenie z komputerem PC, podłączając kabel USB do portu USB 8 (patrz Wygląd produktu str. 15). 2. Przed rozpoczęciem nowego eksportu upewnij się, że poprzednio wyeksportowane dane zostały zapisane na dysku twardym komputera. W przeciwnym wypadku nowo eksportowane dane zastąpią poprzednie. 3. Naciśnij [Export], aby rozpocząć Eksport do PC". 4. Wyeksportowany pakiet danych będzie widoczny na komputerze jako wyjmowalny napęd o nazwie eppendorf. Otwórz plik znajdujący się na tym napędzie i zapisz go na twardym dysku.

62 Metody Export to an e-mail address 1. Wybierz adres e-mail lub naciśnij "Edit", aby dodać nowy adres e-mail. 2. Naciśnij [Export], aby rozpocząć Wysyłanie na adres e-mail. Edycja adresów e-mail Wybierz "Edit" z listy rozwijanej i potwierdź przyciskiem enter. Otwarte zostanie okno, w którym można edytować adres e-mail. [Edit]: Edycja adresów e-mail. [New]: Ustawianie nowego adresu e-mail. [Delete]: Kasowanie adresów e-mail. Start printing Dane można drukować na drukarkach sieciowych lub na drukarce podłączonej do urządzenia przez USB. Jeśli urządzenie jest podłączone do sieci, wszystkie kompatybilne drukarki w sieci są rozpoznawane i wyświetlane automatycznie. W przypadku braku połączenia z siecią dostępna może być tylko drukarka podłączona przez USB. 1. Wybierz drukarkę. 2. Naciśnij [Print], aby wydrukować dane.

Metody 63 6.5.8 Kończenie serii pomiarów Po zakończeniu etapu metody print & export możesz rozpocząć nową serię pomiarów za pomocą wybranej metody lub wybrać nową metodę. Kończenie serii pomiarów i rozpoczynanie nowej Przycisk programowy [Next >]: Wywołanie etapu metody new series Przycisk programowy [New]: Wywołanie etapu metody measure samples i rozpoczęcie nowej serii pomiarów Kończenie serii pomiarów i wybór nowej metody Przycisk programowy [Finish]: Zamknięcie serii pomiarowej i uruchomienie wyboru metody.

64 Metody

Funkcje 65 7 Funkcje 7.1 Funkcje z grupy głównej User Za pomocą przycisku function lub przycisku programowego [Function] można przejść do menu zawierającego funkcje, takie jak konfiguracja urządzenia lub wyświetlanie zapisanych wyników. Funkcje są podzielone na 3 kolumny, analogicznie jak w przypadku wyboru metod. Masz przyznany dostęp do funkcji w grupie głównej User. Podobnie jak w przypadku wyboru metody, należy przejść się za pomocą przycisków kursora do odpowiedniej podgrupy, a następnie do wybranej funkcji w prawej kolumnie. Wciśnij enter, aby otworzyć wybraną funkcję. Przycisk programowy [Info]: wyświetla wersję oprogramowania sprzętowego i numer seryjny BioSpectrometer fluorescence. Tab. 7-1: Przegląd funkcji Podgrupa Results memory General method parameters Absorbance spectra library Device settings Objaśnienie Wyświetla zapisane wyniki. Wyniki są posortowane według metod i serii pomiarowych i mogą być wyświetlane, drukowane i eksportowane bezpośrednio z pamięci. Parametry wykorzystywane wspólnie przez różne metody są przechowywane w obszarze Functions. Można tutaj edytować te parametry (zmieniać je lub tworzyć nowe). W etapie metody Check parameters odpowiednie parametry można łatwo wybierać za pomocą rozwijanych menu. Proteins, nucleic acids, dyes zawierają parametry stosowane bezpośrednio w metodach z grupy Dye labels i Proteins direct UV. Units: Jednostki używane do wyrażania wyników pomiarów stężeń, które mogą być używane przez wiele metod. Widma absorbancji dla ważnych substancji, np. DNA. Widma służą do porównań z widmami otrzymanymi dla próbek. Edytowalne ustawienia urządzenia, np. język.

66 Funkcje Podgrupa Device calibration Info Objaśnienie Opcjonalna możliwość skontrolowania urządzenia; potrzebny jest do tego zestaw filtrów Eppendorf. Opcjonalna możliwość sprawdzenia modułu fluorescencyjnego. Licencje oprogramowania Open Source i informacje na temat zastrzeżonych znaków handlowych. 7.1.1 Results memory W prawej kolumnie wybierz metodę, dla której chcesz wyświetlić zapisane wyniki. Naciśnij enter, aby potwierdzić. Wybierz pożądaną serię wyników za pomocą przycisków kursora. Naciśnij enter, aby potwierdzić. Podobnie jak w przypadku metod możesz kolejno przełączać pomiędzy wyświetlaniem parametrów, standardów, wyników dla próbek, a także pakietów danych do wydruku lub eksportu. Przyciski programowe mają tutaj te same funkcje, co w przypadku wyboru metod.

Funkcje 67 Jeśli chcesz wydrukować lub eksportować wyniki, wybierz pakiet danych. Procedura drukowania i eksportu oraz przydzielone funkcje przycisków programowych są takie same jak w przypadku etapu metody print & export. 7.1.2 General method parameters W prawej kolumnie wybierz grupę parametrów, w której chcesz edytować parametry. Naciśnij enter, aby potwierdzić. W tym przykładzie grupy parametrów dotyczących różnych barwników (używanych w metodach barwnikowych) zostały zebrane i zapisane pod określonymi nazwami. Za pomocą tych nazw możliwy jest import pożądanej grupy parametrów do programu metody podczas edycji metody barwnikowej. Wyświetlacz: Po lewej: Nazwa barwnika. Wybierz za pomocą i. Po prawej: Powiązane parametry Przyciski programowe [Edit]: Edycja wybranej grupy parametrów. [New]: Tworzenie nowej grupy parametrów. [Delete]: Kasowanie wybranej grupy parametrów. [OK]: Powrót do wyboru funkcji.

68 Funkcje W celu edycji grupy parametrów użyj i, aby wybrać pożądany parametr. Naciśnij enter, aby potwierdzić. Przyciski programowe [OK]: Zapisanie wprowadzonych informacji i powrót do wyboru grupy parametrów. [Cancel]: Powrót do wyboru grupy parametrów bez zapisania zmian. Podczas programowania metody z grupy Dye labels lub Proteins direct UV możesz uzyskać dostęp do wprowadzonych danych w dziale General Method Parameter: Wybierz nazwę barwnika, aby zaimportować odpowiednią grupę parametrów do programu metody. Wybierając "edit" (edytuj) dla parametru "Nucleic acid" (kwas nukleinowy), możesz również przejść bezpośrednio do funkcji General Method Parameter, aby wyświetlać i edytować parametry. Tab. 7-2: Parametr Proteins Protein name Factor A 0.1% Ext.coeff. Molecular mass Parametr w dziale General Method Parameter Objaśnienie Te parametry są włączane do parametrów metody, kiedy wybierane jest białko podczas programowania metody z grupy Dye labels i Proteins direct UV. Aby zdefiniować współczynnik do obliczania stężenia na podstawie absorbancji, oprócz nazwy i długości fali należy wprowadzić następujące dane: Współczynnik lub A 0.1% lub współczynnik absorbancji i masę cząsteczkową.

Funkcje 69 Parametr Nucleic acids NA name Factor Double-stranded Dyes Dye name Wavelength Ext.coeff. Factor Corr. A260 Corr. A280 Units Unit Objaśnienie Te parametry są włączane do parametrów metody, kiedy podczas programowania metody z grupy Dye labels wybierany jest kwas nukleinowy. Ten współczynnik służy do obliczania stężenia na podstawie absorbancji. Parametr "double stranded" ma wpływ na obliczanie stężenia molowego kwasu nukleinowego. (patrz Przeliczanie na stężenia molowe i stosunki kwasów nukleinowych str. 106) Te parametry są włączane do parametrów metody, kiedy podczas programowania metody z grupy Dye labels wybierany jest barwnik. Aby zdefiniować współczynnik do obliczania stężenia na podstawie absorbancji, oprócz nazwy należy wprowadzić następujące dane: Współczynnik lub współczynnik absorbancji. Współczynniki korekty wartości absorbancji przy 260 lub 280 nm są używane tylko wtedy, gdy w parametrach metody aktywowana jest funkcja korekty. Więcej szczegółów można znaleźć w rozdziale poświęconym analizie wyników (patrz Korekcja A 260 i korekcja A 280 str. 105). Podczas programowania parametrów metody możesz wybrać jednostkę z listy dostępnych jednostek. Wprowadzanie nowej jednostki do wyrażania stężenia, która nie została jeszcze zaprogramowana. Specyfikacje białek, które nie zostały wgrane fabrycznie, można znaleźć w bazie danych expasy: http://www.expasy.org/tools/protparam.html. Wartości A 1% dla wielu białek można znaleźć w tabeli znajdującej się w artykule: C.N.Pace et al., Protein Science (1995), 4: 2411 2423 (Tabela 5). Wartości A 1% należy pomnożyć przez 0,1, aby otrzymać wymagane wartości A 0.1%.

70 Funkcje 7.1.3 Absorbance spectra library W prawej kolumnie znajdują się widma dostępne do wyboru. Potwierdź wybór, wciskając enter. Przyciski programowe [Export] i [Print]: Eksport do pamięci USB lub wydruk do komputera za pomocą kabla USB (patrz Print & export str. 60). [OK]: Powrót do wyboru funkcji. 7.1.4 Device settings Można zmieniać następujące ustawienia: Device Settings General Network E-Mail Date and Time

Funkcje 71 General Device Settings Wybierz język: German, English, French, Spanish, Italian. Nazwa urządzenia Ustawianie częstotliwości automatycznego auto-testu urządzenia po jego włączeniu. Informacje na wyświetlaczu ścieżki optycznej. Wyświetlana jest informacja na temat ostatnio przeprowadzonego auto-testu. Przyciski programowe [Save]: Zapis zmian i powrót do wyboru funkcji. [Cancel]: Powrót do wyboru grupy parametrów bez zapisania zmian. Network Settings Zapytaj administratora swojej sieci, jakie są wymagane ustawienia. Wybierz, czy ustawienia IP mają być dokonywane automatycznie przez DHCP. Ustawienia IP można również wprowadzić ręcznie. Adres IP Maska podsieci Brama domyślna Wybierz, czy ustawienia IP mają być dokonywane automatycznie przez DHCP (dostępne, jeśli ustawienia IP są automatycznie pobierane z serwera DHCP). Można ręcznie wprowadzić następujące ustawienia DNS: Główny serwer DNS Dodatkowy serwer DNS Przyciski programowe [MAC Info]: Informacje o ustawieniach sieciowych. [Save]: Zapis zmian i powrót do wyboru funkcji. [Cancel]: Powrót do wyboru grupy parametrów bez zapisania zmian.

72 Funkcje Email Settings Zapytaj administratora swojej sieci, jakie są wymagane ustawienia. SMTP Server: Podaj adres serwera poczty e-mail. Podaj port. Sender: Podaj nazwę urządzenia. Use SMTP authentication: Jeśli wymagane jest uwierzytelnianie, należy podać nazwę użytkownika i hasło. Recipient s e-mail address: Lista adresów e-mail. Edytowanie adresów e-mail Wybierz "Edit" z listy rozwijanej i potwierdź przyciskiem enter. Otwarte zostanie okno, w którym można edytować adres e-mail. Przyciski programowe [Edit]: Edycja adresów e-mail. [New]: Ustawianie nowych adresów e-mail. [Delete]: Kasowanie adresów e-mail. Date and Time Settings Wybierz region. Wybierz miasto. Wyświetlenie aktualnego czasu Manual time setting: Wprowadź datę i czas. Czas sieciowy Time server: Podaj wymagany serwer czasu. Przyciski programowe [Save]: Zapis zmian i powrót do wyboru funkcji. [Cancel]: Powrót do wyboru grupy parametrów bez zapisania zmian.

Funkcje 73 7.1.5 Device calibration Informacje dotyczące sprawdzania urządzenia można znaleźć w innym miejscu (patrz Inspekcja urządzenia str. 78). 7.1.6 Info Pozycja menu Copyright zawiera informacje o licencjach oprogramowania typu Open Source i zarejestrowanych znakach handlowych.

74 Funkcje

Konserwacja 75 8 Konserwacja 8.1 Czyszczenie ZAGROŻENIE! Porażenie prądem z powodu wniknięcia cieczy. Przed rozpoczęciem czyszczenia lub dekontaminacji wyłącz urządzenie i odłącz je od zasilania. Nie dopuszczaj do wnikania cieczy do wnętrza obudowy. Nie czyść/dezynfekuj obudowy środkami w aerozolu. Podłącz urządzenie ponownie dopiero po całkowitym wyschnięciu, zarówno od zewnątrz, jak i wewnątrz. UWAGA! Korozja wywołana agresywnymi środkami czyszczącymi i dezynfekującymi. Nie używaj powodujących korozję środków czyszczących, agresywnych rozpuszczalników lub past ściernych. Nie zanurzaj akcesoriów w agresywnych środkach czyszczących lub odkażających na długi okres czasu. 1. Przetrzyj powierzchnie szmatką zwilżoną łagodnym środkiem dezynfekującym. Czyszczenie gniazda kuwety 2. Gniazdo kuwety może być czyszczone wyłącznie niestrzępiącym się wacikiem bawełnianym zamoczonym w etanolu lub izopropanolu. Nie dopuszczaj do przedostawania się cieczy do gniazda kuwety. Jeśli w celu usunięcia zanieczyszczeń konieczne było zwilżenie gniazda kuwety wodą, przetrzyj je następnie wacikiem zamoczonym w etanolu lub izopropanolu, aby przyspieszyć wysychanie. Po lewej, wewnętrznej stronie gniazda kuwety znajduje się szklana płytka wbudowana w ścieżkę optyczną. Ostrożnie wyczyść szklaną płytkę.

76 Konserwacja 8.1.1 Czyszczenie pokrywy gniazda kuwety Jeśli chcesz wyczyścić nie tylko bezpośrednio dostępne powierzchnie pokrywy gniazda kuwety, możesz ją zdjąć. Nie zamaczaj pokrywy gniazda kuwety w środku czyszczącym. Wyczyść pokrywę gniazda kuwety zgodnie z instrukcją. 1. Podnieś jedną ręką pokrywę gniazda kuwety. 2. Drugą ręką przytrzymaj pokrywę na wysokości sworznia blokującego i pociągnij ją w prawo, aż sworzeń zostanie wyjęty. Pociągnij pokrywę w prawo pod kątem 90 stopni. 3. Wyczyść pokrywę za pomocą szmatki lub niestrzępiącego się wacika bawełnianego zamoczonego w łagodnym środku czyszczącym. 4. Wsuń sworzeń blokujący z powrotem do obudowy, tak głęboko, jako to możliwe. Sworzeń blokujący powinien się całkowicie schować w obudowie. Kiedy fotometr jest nieużywany, zasłoń gniazdo kuwety niebieską pokrywą gniazda, aby ochronić je przed kurzem i innymi zanieczyszczeniami.

Konserwacja 77 8.2 Dezynfekcja/dekontaminacja ZAGROŻENIE! Porażenie prądem z powodu wniknięcia cieczy. Przed rozpoczęciem czyszczenia lub dekontaminacji wyłącz urządzenie i odłącz je od zasilania. Nie dopuszczaj do wnikania cieczy do wnętrza obudowy. Nie czyść/dezynfekuj obudowy środkami w aerozolu. Podłącz urządzenie ponownie dopiero po całkowitym wyschnięciu, zarówno od zewnątrz, jak i wewnątrz. 1. Przed dezynfekcją wyczyść urządzenie za pomocą łagodnego środka czyszczącego (patrz Czyszczenie str. 75). 2. Wybierz metodę dezynfekcji zgodną z wymaganiami prawnymi i przepisami stosowanymi w ramach zakresu przeznaczenia urządzenia. 3. Możesz przykładowo użyć alkoholu (etanol, izopropanol) lub innego, alkoholowego środka dezynfekującego. 4. Przetrzyj powierzchnie szmatką zwilżoną środkiem dezynfekującym. 5. Jeśli na potrzeby dezynfekcji niezbędne jest zdjęcie pokrywy gniazda kuwety, wykonaj następujące czynności w celu demontażu i montażu(patrz Czyszczenie pokrywy gniazda kuwety str. 76). 6. Do dezynfekcji zdemontowanej pokrywy gniazda kuwety możesz użyć środka dezynfekującego w sprayu.

78 Konserwacja 8.3 Inspekcja urządzenia Wymogi Przestrzegaj wymogów dotyczących warunków otoczenia (patrz Warunki otoczenia str. 97). Przeprowadzaj test w temperaturze ok. 20 C Zapobiegaj zmianom temperatury (np. z powodu otwartych okien). Filtr można wyjmować z pudełka tylko na krótki czas i należy go chronić przed zanieczyszczeniem i uszkodzeniami powierzchni. Chroń filtr przed kurzem, nadmierną temperaturą, cieczami i agresywnymi oparami. Filtr należy włożyć w taki sposób, aby etykieta z nazwą filtra była skierowana w stronę detektora. Podczas inspekcji modułu spektrometrycznego: etykieta jest skierowana w przód. Podczas inspekcji modułu fluorescencyjnego: etykieta jest skierowana w przód. Gniazdo kuwety musi być czyste. 8.3.1 Inspekcja modułu spektrometrycznego Firma Eppendorf oferuje zestaw filtrów (BioSpectrometer reference filter kit) do kontroli dokładności fotometrycznej oraz błędu systematycznego długości fali. Zestaw zawiera jeden filtr zerowy (odniesienia) (A0), trzy filtry (A1, A2 i A3) do kontroli dokładności fotometrycznej oraz 3 filtry do kontroli błędu systematycznego długości fali w zakresie od 260 nm do 800 nm. Absorbancja filtrów jest mierzona w odniesieniu do filtra zerowego A0. Oprócz informacji na temat dokładności można również uzyskać informacje na temat precyzji: na podstawie serii 15 pomiarów na każdą długość fali obliczana jest wartość średnia i współczynnik zmienności (CV). Aby wykonać pomiar, najpierw włóż filtr zerowy (do pomiaru próby ślepej), a następnie filtry testowe, w taki sam sposób, jak wkłada się kuwety. Urządzenie mierzy wartości absorbancji filtrów testowych, a następnie sprawdza, czy mieszczą się one w dopuszczalnym zakresie. Wartości graniczne dla poszczególnych filtrów są wydrukowane w tabeli na pokrywce pudełka zawierającego filtry. Jeśli chcesz udokumentować uzyskane wartości, prosimy o podłączenie drukarki termicznej Eppendorf.

Konserwacja 79 Abb. 8-1: Wewnętrzna strona pokrywki pudełka na filtry (przykład) Rys. 8-1: Wewnętrzna strona pokrywki pudełka na filtry (przykład)

80 Konserwacja 8.3.1.1 Sprawdzanie dokładności fotometrycznej 1. Wybierz funkcję Spectrometer unit z grupy Device calibration i potwierdź swój wybór przyciskiem enter. 2. Wybierz, czy chcesz sprawdzić błąd systematyczny długości fali (wavelength systematic error), czy dokładność fotometryczną (photometric accuracy), i potwierdź przyciskiem enter. Wciśnij [Next >], aby przejść do pomiaru. 3. Wykonuj instrukcje podawane na wyświetlaczu i uruchom pomiar filtra zerowego A0, a następnie pierwszego filtra testowego A1. Urządzenie mierzy filtr testowy 15 razy przy 9 długościach fali, a następnie wyświetla wartość średnią oraz wartości współczynnika zmienności (VC) serii pomiarów dla wszystkich 9 długości fali.

Konserwacja 81 4. Podgląd wyników po zmierzeniu filtra do testowania dokładności fotometrycznej. Zmierz pozostałe dwa filtry A2 i A3. 5. Podgląd wyników po zmierzeniu wszystkich 3 filtrów do testowania dokładności fotometrycznej. Za pomocą przycisków i możesz powrócić do wyświetlania wyników dla różnych filtrów testowych. Aby zakończyć test, wciśnij [Finish]. 6. Porównaj uzyskane wartości średnie oraz współczynniki zmienności z dołączoną tabelą. Jeśli mierzone wartości nie mieszczą się w dopuszczalnym zakresie, skontaktuj się z Serwisem Eppendorf. Filtry należy przekazywać Serwisowi Eppendorf do ponownej certyfikacji co 2 lata. 8.3.1.2 Sprawdzanie błędu systematycznego długości fali Aby sprawdzić błąd systematyczny długości fali, wykonaj następujące kroki: Zmierz 3 filtry testowe przy odpowiedniej długości fali.

82 Konserwacja 8.3.2 Sprawdzanie modułu fluorescencyjnego 1. Wybierz funkcję Fluorescence unit z grupy Device calibration. Potwierdź, wciskając enter. 2. Włóż filtr F1 do gniazda kuwety. Wciśnij przycisk programowy Measure. Urządzenie mierzy filtr testowy 15 razy przy dwóch długościach fali. Po zakończeniu pomiaru ekran pokazuje 2 wartości: "Ratio", czyli miarę prawidłowości regulacji, oraz "CV", czyli miarę szumu. 3. Porównaj uzyskane wartości z dołączoną tabelą. Jeśli mierzone wartości nie mieszczą się w dopuszczalnym zakresie, skontaktuj się z Serwisem Eppendorf.

Konserwacja 83 8.3.3 Auto-test urządzenia Częstotliwość automatycznego auto-testu urządzenia (trwającego ok. 1 minutę) można ustawić za pomocą funkcji Device settings (patrz Device settings str. 70). Parametr self test interval jest fabrycznie ustawiony na 'weekly" (raz w tygodniu). Podczas auto-testu sprawdzane są następujące elementy: Sprawdzenie detektora Oznaczenie błędu przypadkowego w całym dostępnym zakresie pracy urządzenia Sprawdzenie źródła światła Urządzenie sprawdza maksymalną dostępną wartość energii źródła światła i stan światłowodu Oznaczenie błędu przypadkowego sygnału na czujniku odniesienia Oznaczenie poziomu sygnału na czujniku odniesienia Oddzielne oznaczenie intensywności światła w zakresie UV Oznaczenie błędu systematycznego i przypadkowego długości fali Pozycja piku intensywności widma w zakresie UV Dokładność pozycji piku intensywności widma w zakresie UV Oznaczenie błędu przypadkowego światła wzbudzenia ("szum") Oznaczenie poziomu sygnału oraz odchyleń emisji światła W grupie Device calibration wybierz funkcję Perform selftest i wciśnij enter. Po zakończeniu auto-testu wyświetlacz pokazuje komunikat PASSED. Jeśli wyświetlacz pokazuje komunikat FAILED, oznacza to, że auto-test dał wynik negatywny. Jeśli nie da się usunąć problemu(patrz Komunikaty błędów str. 87), prosimy o kontakt z Serwisem Eppendorf. 8.4 Wymiana bezpieczników ZAGROŻENIE! Porażenie prądem. Przed rozpoczęciem konserwacji lub czyszczenia wyłącz urządzenie i odłącz je od zasilania. Oprawka bezpiecznika znajduje się pomiędzy gniazdem zasilania a wyłącznikiem. 1 2 3 1. Odłącz zasilanie. 2. Ściśnij jednocześnie górny i dolny koniec plastikowych blokad 1 i wyciągnij oprawkę bezpieczników 2. 3. Wymień zużyte bezpieczniki i włóż oprawkę z powrotem do urządzenia. Upewnij się, że prowadnica 3 znajduje się we właściwej pozycji.

84 Konserwacja 8.5 Odkażanie przed wysyłką Jeśli urządzenie jest przekazywane do autoryzowanego Serwisu Technicznego celem naprawy bądź do autoryzowanego dystrybutora celem utylizacji należy uwzględnić poniższe zalecenia: OSTRZEŻENIE! Zagrożenie dla zdrowia z powodu zanieczyszczonego urządzenia 1. Postępuj zgodnie z informacjami zawartymi w certyfikacie dekontaminacji. Możesz go ściągnąć z naszej strony (www.eppendorf.com/decontamination) w formie pliku PDF. 2. Poddaj dekontaminacji wszystkie części przeznaczone do wysyłki. 3. Dołącz do opakowania dokładnie wypełniony certyfikat dekontaminacji.

Rozwiązywanie problemów 85 9 Rozwiązywanie problemów 9.1 Błędy ogólne Błąd Możliwa przyczyna Rozwiązanie Nieprecyzyjne wyniki pomiarów. Minęła data ważności odczynnika. Odczynnik został niewłaściwie przygotowany. Nieprawidłowe pipetowanie. Procedura inkubacji przed pomiarem jest nieprawidłowa. Kuweta jest zanieczyszczona. Kuweta nie jest całkowicie wypełniona mierzonym roztworem i zawiera pęcherzyki gazu. Mętność mierzonego roztworu. Występuje dryft wyników pomiarów spektrofotometrycznych. Gniazdo kuwety jest zabrudzone. Fluorymetria: Substancje zakłócające mogą wzmacniać lub osłabiać sygnał fluorescencyjny. Fluorymetria: Nie została zamknięta pokrywa gniazda kuwety Upewnij się, że data ważności odczynnika nie została przekroczona i że jest on prawidłowo przygotowany. Jeśli to konieczne, do przygotowania użyj czystej wody demineralizowanej o odpowiedniej jakości. Upewnij się, że pipeta jest skalibrowana i że pipetowanie było prawidłowe. Jeśli procedura pomiarowa wymaga inkubacji przed pomiarem, upewnij się, że stosowana jest prawidłowa temperatura i czas inkubacji. Wyczyść i wypłucz kuwetę. Podczas wymiany kuwety uważaj, aby nie zanieczyścić okienka optycznego kuwety i nie dotykać go palcami. Jeśli okienko kuwety zostało zanieczyszczone odciskami palców, wytrzyj je za pomocą niestrzępiącej się szmatki laboratoryjnej zamoczonej w etanolu lub izopropanolu. Upewnij się, że osiągnięta została minimalna wymagana objętość pomiarowa oraz że w mierzonym roztworze nie ma pęcherzyków gazu. Mętne roztwory należy przed pomiarem odwirować i użyć przejrzystego nadsączu. Skontaktuj się z Serwisem Eppendorf. Przestrzegaj wymogów dotyczących warunków otoczenia. Zapobiegaj zmianom temperatury. Wyczyść gniazdo kuwety. Usuń substancje zakłócające pomiar. Jeśli substancji zakłócających nie da się usunąć, niemożliwe będzie korzystanie z technologii pomiaru fluorymetrycznego. Przed pomiarem zamknij pokrywę gniazda kuwety.

86 Rozwiązywanie problemów Błąd Możliwa przyczyna Rozwiązanie Nieprawidłowe wyniki pomiaru. Metoda nie została prawidłowo zaprogramowana. Niepoprawnie przygotowany roztwór standardowy. Występuje dryft wyników pomiaru absorbancji reagenta. Kuweta włożona w niewłaściwy sposób. Upewnij się, że parametry metody zostały wprowadzone poprawnie. Upewnij się, że użyty został prawidłowy standard oraz że mierzony roztwór standardu został przygotowany prawidłowo. W przypadku odchyleń wyników metod typu "reagent absorbance" i "end point": Podczas pomiaru długich serii próbek, mierz próbę ślepą dla reagenta nie tylko na początku, ale również w trakcie serii próbek. Jeśli próba ślepa dla reagenta ulega silnemu dryftowi, reagent nie nadaje się do wykonania bezbłędnego pomiaru i należy go zastąpić nowym reagentem. Włóż kuwetę do gniazda w taki sposób, aby punkty okienka optycznego skierowane były w stronę ścieżki optycznej. Ścieżka optyczna dla fotometrii: od tyłu do przodu Ścieżka optyczna dla fluorymetrii: od prawej do lewej

Rozwiązywanie problemów 87 9.2 Komunikaty błędów Z ekranów zawierających komunikaty błędów można wyjść za pomocą przycisku programowego [OK]. Błędy systemowe wymagają interwencji Serwisu Technicznego. Błędy te są wyświetlane po angielsku (System error ). W takich przypadkach prosimy o kontakt z Serwisem Technicznym. Pozostałe komunikaty błędów, w przypadku których możesz podjąć środki zaradcze, zebrano w tabeli poniżej. Objaw/komunikat Przyczyna Rozwiązanie Self test failed. Podczas auto-testu otwarta była pokrywa gniazda kuwety. Gniazdo kuwety nie było puste podczas auto-testu. Powtórz auto-test z pustym gniazdem kuwety i z zamkniętą pokrywą kuwety. Urządzenie uległo awarii. Skontaktuj się z Serwisem Eppendorf. File export failed. Failed to initialize printer. Blank measurement: An intensity on a pixel that influences the main, auxiliary or scan wavelength is too low. Blank measurement: The emission at the measurement wavelength is too high. The entered name is not valid. Podczas eksportu danych: Pamięć USB nieprawidłowo sformatowana lub wadliwa. Pamięć USB wyjęta z urządzenia zbyt szybko (podczas eksportu). Drukarka niepodłączona lub wyłączona. Drukarka niepoprawnie skonfigurowana. Absorbancja roztworu próby ślepej użyta do pomiaru wartości zerowej jest zbyt wysoka. Nieprawidłowy lub mętny roztwór do próby ślepej. W przypadku skanowania: Zakres długości fali jest zbyt duży, ponieważ próbka bardzo silnie absorbuje w części zakresu długości fali. Fluorescencja roztworu użytego do pomiaru próby ślepej jest zbyt wysoka. Nieprawidłowy lub mętny roztwór do próby ślepej. Błąd podczas wprowadzania nazwy Możliwe są różne przyczyny. Aby dokładnie ustalić przyczynę, przeczytaj informacje w okienku pomocy. Ponownie sformatuj lub wymień pamięć USB. Podłącz ponownie pamięć USB i powtórz eksport. Podłącz i uruchom drukarkę. Ponownie skonfiguruj drukarkę. Aby poprawnie skonfigurować drukarkę, skorzystaj z opisu instalacji(patrz Podłączanie drukarki do portu USB str. 20). Sprawdź roztwór do próby ślepej, i jeśli to konieczne, ponownie zmierz próbę ślepą. W przypadku skanowania: Dostosuj zakres długości fali do widma próbki. Sprawdź roztwór do próby ślepej i zmierz ją ponownie. Patrz informacje w okienku pomocy.

88 Rozwiązywanie problemów Objaw/komunikat Przyczyna Rozwiązanie Nadaj inną nazwę. Metoda (lub folder, barwnik, białko, kwas nukleinowy lub jednostka) o tej nazwie już istnieje. Wartości poniższych parametrów nie są zdefiniowane w General Method Parameter (ogólny parametr metody): The value of the parameter marked with * is not defined in the Gen. Param. Please correct the parameter. Niewłaściwy przedział powiększania. The entered standard concentrations are not monotonically increasing resp. monotonically falling. Correct the standard concentrations. At least two of the entered standard concentrations are identical. Correct the standard concentrations. Nazwa, pod którą miała być zapisana metoda, została już użyta do innej metody w tym samym folderze. Ten komunikat pojawia się również w przypadku edycji nazw nadanych już folderom lub kwasom nukleinowym (barwnik, białko, jednostka stężenia) (w General Method Parameter [ogólny parametr metody]). Podczas otwierania metody zawierającej parametry uzyskujące dostęp do General Method Parameter (ogólny parametr metody) system ustalił, że co najmniej jeden parametr (barwnik, kwas nukleinowy, białko, jednostka) już nie istnieje, a więc prawdopodobnie został usunięty. Ten komunikat błędu pojawia się podczas edycji parametrów. Parametr nie jest zdefiniowany w General Method Parameter (ogólny parametr metody). Podczas procesu przybliżania (Zoom) z dowolnymi wartościami granicznymi (przycisk programowy [Free]): Obszar przybliżenia wykracza poniżej dolnej granicy. Patrz tekst komunikatu. (Co najmniej dwa wprowadzone stężenia standardów są identyczne. Wprowadź prawidłowe stężenia standardów.) Patrz tekst komunikatu. (Co najmniej dwa wprowadzone stężenia standardów są identyczne. Wprowadź prawidłowe stężenia standardów.) Wybierz inny parametr z listy. Jeśli to konieczne, wprowadź nowy wpis do General Method Parameter (ogólny parametr metody), do użycia podczas programowania metod. Wybierz inny parametr z listy. Jeśli to konieczne, wprowadź nowy wpis do General Method Parameter (ogólny parametr metody), do użycia podczas programowania metod. Wprowadź wartości nieprzekraczające wartości granicznych 0,02 A i 10 nm. Wprowadź takie stężenia standardów, aby pierwszy standard miał najmniejsze stężenie, a pozostałe standardy były w kolejności rosnącej. Wprowadź takie stężenia standardów, aby pierwszy standard miał najmniejsze stężenie, a pozostałe standardy były w kolejności rosnącej.

Rozwiązywanie problemów 89 Objaw/komunikat Przyczyna Rozwiązanie The measured values are not strictly monotonous! The ID cannot be set. The dilution cannot be set. Calculation not possible because of division by zero. Absorbance result or Formula "b" parameter is zero. There is only one measurement left to be performed in this series of measurement. The maximum number of measurements within one series of measurements has been reached. Błąd podczas pomiaru serii standardów: Mierzone wartości absorbancji dla serii standardów nie rosną lub nie maleją w sposób ciągły. Błąd podczas wprowadzania numeru ID próbki. Możliwe są różne przyczyny. Aby dokładnie ustalić przyczynę, przeczytaj informacje w okienku pomocy. Błąd podczas wprowadzania rozcieńczenia. Możliwe są różne przyczyny. Aby dokładnie ustalić przyczynę, przeczytaj informacje w okienku pomocy. Wynik dla absorbancji został podzielony przez zero podczas analizy za pomocą metody typu Division [podział] z grupy (Dual wavelength [podwójna długość fali]). Jest to niedopuszczalne z matematycznego punktu widzenia. Liczba pomiarów w ramach jednej serii jest ograniczona do 99. Powtórz pomiar standardów lub skasuj pojedynczy, nieprawidłowo zmierzony wynik dla standardu. Patrz informacje w okienku pomocy. Patrz informacje w okienku pomocy. Sprawdź użyte reagenty i próbki, i powtórz pomiar. Nie wpisuj wartości "zero" dla parametru b we wzorze. Po wykonaniu 99 pomiarów rozpocznij nową serię.

90 Rozwiązywanie problemów Objaw/komunikat Przyczyna Rozwiązanie Invalid zoom interval! Błąd etapu metody process results (przetwarzanie wyników) w trybie Zoom (przybliżanie). Dopuszczalny zakres powiększenia dla skali długości fali: Odstępy pomiędzy długościami fali co najmniej 10 nm Wprowadzane wartości długości fali mieszczące się w zakresie zaprogramowanym w ramach parametrów metody. Dopuszczalny zakres przybliżenia dla skali absorbancji: Odstępy pomiędzy wartościami absorbancji co najmniej 0,02 A Góna i dolna granica odstępów dla absorbancji +3 A lub 3 A Przestrzegaj zdefiniowanych ograniczeń procedury przybliżania.

Rozwiązywanie problemów 91 9.3 Wskaźniki stanu wyników Ostrzeżenia i komunikaty błędów dotyczące wyników są wyświetlane w prawym dolnym rogu okienka pomocy. Pasek tytułowy okienka pomocy jest podświetlany na żółto, w przypadku ostrzeżeń, lub na czerwono, w przypadku komunikatów błędów. Ostrzeżenia: Biorąc pod uwagę wyświetlone ostrzeżenie, zadecyduj, czy wynik jest dla Ciebie użyteczny. Komunikaty błędów: Nie jest wyświetlony żadnej wynik; przyczyna jest podana w komunikacie błędu. Objaw/komunikat Przyczyna Rozwiązanie The standard curve is not monotone. Please select another Curve Fit. Some absorbance values for secondary wavelengths are too high or are not displayed. The result is outside the range of the standard concentrations. Nie uzyskano żadnego użytecznego wyniku w ramach obliczeń krzywej standardowej za pomocą procedur Curve Fit "spline interpolation" (interpolacja funkcjami sklejanymi), "quadratic regression" (regresja drugiego stopnia) lub "cubic regression" (regresja trzeciego stopnia). Dla co najmniej jednej drugorzędowej długości fali, wartości absorbancji są zbyt wysokie i nie są wyświetlone. Drugorzędowe długości fali nie są konieczne do obliczenia stężenia. Są używane do innych celów. Przykładowo, metoda dsdna : absorbancja przy 280 nm do obliczenia stosunków 260/280. Mętność mierzonego roztworu Pomiary na granicy zakresu pomiaru fotometrycznego. W przypadku metod obliczania krzywych standardowych (metody analizy nieliniowej): Wynik dla próbki wykracza o 5% lub mniej poza stężenie standardu. Wybierz inną procedurę Curve Fit (dopasowanie krzywej). Jeśli wartości absorbancji dla drugorzędowych długości fali są istotne: Rozcieńcz próbkę, zlikwiduj jej zmętnienie poprzez wirowanie i powtórz pomiar. Możesz zaakceptować wynik lub ponownie zmierzyć próbkę w warunkach, w których wynik będzie się mieścił w zakresie stężeń standardów (rozcieńcz próbkę lub zmodyfikuj stężenia standardów, a następnie powtórz pomiar).

92 Rozwiązywanie problemów Objaw/komunikat Przyczyna Rozwiązanie The coefficient of determination is <0.8. The coefficient of determination for the regression evaluation of the standard series is < 0.8. Scan: Some of the measured absorbances are too high and are not displayed. Absorbance at the measuring wavelength is too high. Emisja przy użytej do pomiaru długości fali jest zbyt duża. The calculated result is negative. At least one of the results is negative. W przypadku metod analizy serii standardów za pomocą regresji: Współczynnik wyznaczony w ramach analizy regresji wskazuje znaczące odchylenie mierzonych punktów od linii regresji. Mętność mierzonego roztworu. Pomiary na granicy zakresu pomiaru fotometrycznego. W przypadku metod z analizą serii standardów za pomocą regresji: Jeśli analiza regresji serii standardów dała wynik nieliniowy, ale mimo to została zaakceptowana przez użytkownika, po zmierzeniu próbek pojawia się ostrzeżenie. Dla co najmniej jednej długości fali skanowania wyniki absorpcji przekraczają zakres pomiarowy. Mętność mierzonego roztworu. Pomiary na granicy zakresu pomiaru fotometrycznego. Mętność mierzonego roztworu. Powierzchnie optyczne kuwety są zabrudzone. Kuweta została włożona do gniazda kuwety w nieprawidłowej orientacji. Fotometria: Zbyt wysoka absorpcja mierzonego roztworu. Fluorymetria: Zbyt wysoka emisja mierzonego roztworu. Mierzony roztwór został przygotowany nieprawidłowo. Wprowadzono nieprawidłowy współczynnik (błędny znak algebraiczny). W przypadku metod dostarczających kilka wyników (np. Dye labels). Mierzony roztwór został przygotowany nieprawidłowo. Wprowadzono nieprawidłowy współczynnik (błędny znak algebraiczny). Możesz zaakceptować wyniki analizy standardów lub zmierzyć je ponownie. Upewnij się, że mierzone roztwory są klarowne. Możesz użyć wyników dla próbek z powyższym zastrzeżeniem, albo powtórzyć pomiary serii standardów i próbek. Jeśli niewyświetlone obszary widma są istotne: Rozcieńcz próbkę lub zlikwiduj zmętnienie poprzez wirowanie i powtórz pomiary. Powtórz pomiar mając na uwadze możliwe przyczyny problemu. Powtórz pomiar mając na uwadze możliwe przyczyny problemu. Powtórz pomiar mając na uwadze możliwe przyczyny problemu.

Rozwiązywanie problemów 93 Objaw/komunikat Przyczyna Rozwiązanie The result has more than 6 pre-decimal places. The result has more than 6 pre-decimal places. Calculation not possible because of division by zero. Absorbance result is zero. Calculation error. Division by zero. Calculation not possible because of division by zero. Absorbance result or parameter formula b is zero. Bardzo duże stężenie próbki. Jednostka stężenia jest niewłaściwa dla przewidywanego zakresu stężenia próbek. W przypadku metod z obliczeniami na podstawie krzywych standardowych (metody analizy nieliniowej): Wynik wykracza o 5% proza zakres stężeń standardów. Analiza wymagała podzielenia przez wynik absorbancji, który wynosi zero. Jest to niedopuszczalne z matematycznego punktu widzenia. Przykłady: Obliczenie współczynnika kalibracji jednopunktowej; obliczenie stosunku 260/280 podczas pomiarów kwasów nukleinowych. Wynik dla absorbancji został podzielony przez zero podczas analizy za pomocą metody typu Division [podział] z grupy (Dual wavelength [podwójna długość fali]). Jest to niedopuszczalne z matematycznego punktu widzenia. Rozcieńcz próbkę i powtórz pomiar. Zmień jednostkę stężenia (Parametr Unit) i powtórz pomiar. Powtórz pomiar próbki w warunkach, w których wynik będzie mieścić się w zakresie stężeń standardów (rozcieńcz próbkę, zmodyfikuj stężenia standardów i powtórz pomiar). Sprawdź użyte reagenty i próbki, i powtórz pomiar. Sprawdź użyte reagenty i próbki, i powtórz pomiar. Nie wpisuj wartości "zero" dla parametru b we wzorze.

94 Rozwiązywanie problemów

Transport, przechowywanie i wyrzucanie 95 10 Transport, przechowywanie i wyrzucanie 10.1 Transport Używaj oryginalnego opakowania transportowego. Temperatura powietrza Wilgotność względna Ciśnienie atmosferyczne Transport ogólny -25 C 60 C 10 % 95 % 30 kpa 106 kpa Transport lotniczy -40 C 55 C 10 % 95 % 30 kpa 106 kpa 10.2 Składowanie W opakowaniu transportowym Bez opakowania transportowego Temperatura powietrza Wilgotność względna Ciśnienie atmosferyczne -25 C 55 C 25 % 75 % 70 kpa 106 kpa -5 C 45 C 25 % 75 % 70 kpa 106 kpa

96 Transport, przechowywanie i wyrzucanie 10.3 Wyrzucanie Jeśli produkt ma być wyrzucony, należy przestrzegać odpowiednich przepisów prawnych. Informacja dotycząca wyrzucania urządzeń elektrycznych i elektronicznych we Wspólnocie Europejskiej W obrębie Wspólnoty Europejskiej wyrzucanie urządzeń elektrycznych regulowane jest przez krajowe przepisy oparte o Dyrektywę UE 2012/19/WE dotyczącą zużytego sprzętu elektrycznego i elektronicznego (WEEE/ZSEE). Zgodnie z tymi regulacjami urządzenia dostarczone po 13 sierpnia 2005 roku w ramach relacji międzyfirmowych, do których zalicza się niniejszy produkt, nie mogą być gromadzone łącznie z odpadami komunalnymi lub pochodzącymi z gospodarstw domowych. Są one w związku z tym oznaczane następującym symbolem: Ponieważ przepisy dotyczące wyrzucania odpadów mogą się różnić w krajach UE, w razie potrzeby należy skontaktować się z dostawcą.

Dane techniczne 97 11 Dane techniczne 11.1 Źródło zasilania Źródło zasilania Kategoria przepięciowa 100 V do 240 V ±10 %, 50 Hz do 60 Hz II Stopień zanieczyszczenia 2 Pobór mocy Maksymalny pobór mocy, zgodnie z tabliczką znamionową: 25 W Ok. 15 W w czasie pracy Ok. 5 W przy wygaszonym wyświetlaczu Dopuszczalne przerwy w zasilaniu Ok. 10 ms przy 90 V Ok. 20 ms przy 230 V Klasa zabezpieczenia Bezpieczniki I T 2,5 A/250 V, 5 mm 20 mm (2 szt.) 11.2 Warunki otoczenia Obsługa Temperatura otoczenia: 15 C do 35 C Wilgotność względna: 25% do 70% Ciśnienie powietrza: 86 kpa do 106 kpa Ciśnienie powietrza Nie wystawiać na bezpośrednie działanie światła słonecznego. Używać na wysokościach do 2000 m powyżej średniego poziomu morza 11.3 Waga/wymiary Ciężar Wymiary Wymagana przestrzeń 5,4 kg Szerokość: 295 mm Głębokość: 400 mm Wysokość:150 mm Szerokość: 500 mm (z drukarką termiczną: 750 mm) Głębokość: 500 mm

98 Dane techniczne 11.4 Właściwości fotometryczne Zasada pomiaru Źródło światła Monochromator Odbiornik wiązki Długości fal Wybór długości fali Szerokość spektralna Najmniejszy krok Jednowiązkowy spektrofotometr absorpcyjny z wiązką odniesienia Ksenonowa lampa błyskowa Holograficzna, wklęsła siatka dyfrakcyjna z korekcją aberracji Matryca fotodiod CMOS 200 nm do 830 nm Zależny od metody, bez ograniczeń 4 nm 1 nm Błąd systematyczny długości fali ±1 nm Błąd przypadkowy długości fali 0,5 nm Zakres pomiaru fotometrycznego 0 A do 3,0 A przy 260 nm Dokładność odczytu ΔA = 0,001 Błąd przypadkowy fotometryczny 0,002 przy A = 0 0,005 (0,5 %) przy A = 1 Błąd systematyczny ±1 % przy A = 1 fotometryczny Składowa światła rozproszonego < 0,05 % 11.5 Fluorymetr Zasada pomiaru Źródło światła Monochromator Odbiornik wiązki Długość fali wzbudzenia Długość fali emisji I Długość fali emisji II Zakres pomiaru Błąd przypadkowy fluorymetru Fluorymetr z filtrem konfokalnym i wiązką referencyjną LED Zestaw filtrów składa się z filtrów dichroicznych i przepuszczających tylko fale długie Fotodioda 470 nm szerokość pasma: 25 nm 520 nm szerokość pasma: 15 nm 560 nm szerokość pasma: 40 nm Od 0,5 nm do 1.000 nm fluoresceiny (długość fali emisji 520 nm) ±2 % przy 1 nm fluoresceiny (długość fali emisji 520 nm)

Dane techniczne 99 11.6 Dodatkowe parametry techniczne Materiał kuwety Gniazdo kuwety Całkowita wysokość kuwety Wysokość wiązki światła w kuwecie Klawiatura Zwracanie wyników Do pomiarów w obszarze UV: Szkło kwarcowe lub tworzywo przezroczyste dla UV (Eppendorf UVette, 220 nm do 1600 nm) Do pomiarów w obszarze światła widzialnego: Szkło lub tworzywo 12,5 mm 12,5 mm, nieogrzewane Min. 36 mm 8,5 mm Wyświetlacz Wyświetlacz VGA TFT 5,7" Język wskazówek dla operatora Złącza 22 klawisze foliowe 6 klawiszy foliowych służących jako przyciski programowe Absorbancja, stężenie lub skan (widmo absorbancja-długości fali) Dodatkowe dane, w zależności od metody (stosunek, FOI, absorbancje tła) Fluorymetria: RFU, stężenie Angielski, francuski, hiszpański, włoski, niemiecki USB master: dla pamięci USB i drukarki termicznej DPU-S445 USB slave do łączenia z komputerem PC Interfejs szeregowy RS 232: dla drukarki termicznej DPU-414 Interfejs Ethernet RJ45: Do podłączania do sieci Podłączone urządzenia muszą spełniać wymogi bezpieczeństwa określone w normie IEC 60950-1.

100 Dane techniczne 11.7 Parametry robocze Metody Analiza w zależności od metody Pamięć metod Pamięć wartości zmierzonych i pamięć kalibracji Wstępnie zaprogramowane i dowolnie programowalne metody dla wszystkich procedur pomiarowych i analitycznych: Pomiary absorbancji przy jednej lub wielu długościach fali, skany Pomiary fluorescencji przy 520 nm lub 560 nm Kwasy nukleinowe i białka, OD600, metody barwnikowe (równoczesny pomiar dla biocząsteczki i barwnika znaczącego) Metody z analizą za pomocą współczynnika, wzorca lub serii wzorców Metody wykorzystujące dwie długości fali z analizą poprzez odejmowanie i dzielenie Absorbancja, stężenie na podstawie współczynnika i wzorzec. RFU (fluorescencja względna), stężenie na podstawie wzorca Stężenie na podstawie serii wzorców: Regresja liniowa Regresja nieliniowa (wielomiany stopnia 2. i 3.) Analiza z wykorzystaniem funkcji sklejanych Interpolacja liniowa (analiza punkt po punkcie) Obliczenia absorbancji poprzez odejmowanie i dzielenie Dodatkowe dane dla kwasów nukleinowych: stosunki 260/280 i 260/ 230, stężenie molowe, wydajność całkowita Dodatkowe dane dla metod barwnikowych: FOI (wcielanie znacznika, gęstość znakowania) Skany: przybliżanie, analiza piku >100 programów metod Pamięć na ponad 1000 wyników wraz z danymi analizy wyników i analizy wzorca, numerem próbki, nazwą próbki, datą i użytym zestawem parametrów z programu metody. (Ilość zapisywanych wyników zależy od ilości zapisanych metod.)

Procedura analityczna 101 12 Procedura analityczna Rozdział ten opisuje procedury analityczne dostępne w programach metody, jak również obliczenie rozcieńczenia z wykorzystaniem oprogramowania urządzenia. Porównując wyniki pomiaru do wyników uzyskanych na innych fotometrach lub spektrofotometrach pamiętaj, że wartości mogą zależeć od szerokości widmowej urządzeń. W poniższych przypadkach różnice mogą być znaczne: Widmo absorbancji wykazuje wąski pik przy pomiarowej długości fali. Pomiar jest przeprowadzany nie dla maksimum, ale na krawędziach piku. Dlatego też należy sprawdzać dokładność metod poprzez pomiary dla wzorców. W pomiarach fluorymetrycznych wartości RFU (fluorescencji względnej) nie mogą być porównane między urządzeniami, dlatego wymagają zawsze odniesienia do znanej wartości dla wzorców fluorescencji lub stężenia. 12.1 Wartości absorbancji Wartości absorbancji wskazywane są jako A XXX (gdzie XXX to długość fali). Odpowiadają one zawsze wartościom bezpośrednio zmierzonym, tj. bez korekcji, które są włączane do analizy końcowej, np. korekcji długości ścieżki optycznej kuwety lub korekcji tła. 12.1.1 Ślepa próba Wszystkie wartości absorbancji są zawsze odniesione do ostatnio zmierzonej ślepej próby (blank). Dlatego przez rozpoczęciem każdej serii pomiarów konieczny jest pomiar ślepej próby, który może być ukończony w dowolnym momencie serii pomiarów. W idealnej wersji pomiar ślepej próby powinien umożliwiać kompensację wszystkich czynników wpływających na wartość absorbancji dla mierzonego roztworu. Dlatego też ślepa próba powinna być mierzona z tym samym buforem, który był stosowany podczas pomiaru dla próbki i w tej samej kuwecie, w której dokonywano pomiarów dla próbki, chyba że kuwety ślepej próby i próbek są dopasowane optycznie i mają taką samą wartość absorbancji przy pomiarowej długości fali. 12.1.2 Korekcja tła Główne zastosowanie: częściowa korekcja zniekształceń wpływających na absorbancję w pomiarach dla kwasów nukleinowych, wynikających z mętności mierzonego roztworu. Przykładowo absorbancja przy 320 nm, która powinna wynosić ok. 0 A dla czystych kwasów nukleinowych, jest odejmowana od absorbancji przy 260 nm (długość pomiarowa fali dla kwasów nukleinowych). A XXX, corrbkgr A XXX A Bkgr A XXX, corrbkgr = obliczona skorygowana absorbancja przy XXX nm. A XXX = absorbancja zmierzona przy XXX nm. A Bkgr = absorbancja zmierzona dla długości fali tła.

102 Procedura analityczna 12.1.3 Korekcja kuwety Wszystkie wartości absorbancji używane do obliczenia wyników są standaryzowane dla długości ścieżki optycznej w kuwecie 10 mm. Jeśli stosowane są inne kuwety, długość ścieżki optycznej należy podać w parametrze cuvette (kuweta). W takim przypadku, przed przeliczeniem ich na wynik dla próbki, zmierzone wartości absorbancji są korygowane, aby odpowiadały wartościom pomiarów w kuwecie o drodze optycznej 10 mm. Korekcja dotyczy: Metod z analizą za pomocą współczynnika. Metod z grupy Absorbance (absorbancja), dla których wartością wyjściową są jedynie wartości absorbancji Korekcja nie jest stosowana: W metodach z analizą za pomocą wzorców, ponieważ zakłada się, że wzorce i próbka są mierzone w kuwetach o tej samej drodze optycznej. W obliczeniach z dzieleniem: metoda Division (dzielenie; grupa metod z udziałem dwu długości fal Dual wavelength) i w obliczeniach stosunków, jak np. A 260 /A 280 (przy pomiarach kwasów nukleinowych). A A XXX, corrcuv XXX 10 Cuv A XXX, corrcuv = obliczona skorygowana absorbancja przy XXX nm. A XXX = absorbancja zmierzona przy XXX nm. Cuv = długość ścieżki optycznej kuwety. 12.2 Analiza ze współczynnikiem lub wzorcem C A F <Latin_Word/>C = wyliczone stężenie. A = absorbancja. F = współczynnik. Współczynnik programowany jest na liście parametrów i można go zmieniać. Jest on zawsze odniesiony do kuwety o długości ścieżki optycznej 10 mm. Jeśli zmienisz parametr Cuvette (kuweta), urządzenie weźmie tę zmianę pod uwagę w obliczeniach wyniku. Dlatego też nie musisz zmieniać współczynnika dla analizy. Jeśli z kolei zmienisz jednostkę stężenia, musisz upewnić się, że wybrano współczynnik odpowiedni dla danej jednostki.

Procedura analityczna 103 Współczynnik wprowadzany jest bezpośrednio jako parametr w czasie procedury analitycznej Factor (współczynnik) lub obliczany w procedurze Standard (wzorzec; analiza z uwzględnieniem stężenia wzorca): C F A S S <Latin_Word/>F = wyliczony współczynnik C S = stężenie wzorca (wprowadzane jako parametr). A S = zmierzona absorbancja wzorca. Jeśli zaprogramowano wielokrotny pomiar dla wzorca (2 lub 3 powtórzenia), ze zmierzonych absorbancji wyliczana jest średnia, która jest stosowana jako wartość A S. 12.3 Analiza z krzywą/linią wzorcową Jeśli analizy wykonywane są z wykorzystaniem więcej niż jednego wzorca, można wybrać następujące procedury analizy dla krzywej /linii wzorcowej z poziomu [Curve fit] (dopasowanie krzywej) w kroku metody measure standards/new (pomiar wzorców/nowy): Procedura analityczna Opis Minimalna wymagana ilość punktów dla wzorca Linear interpolation (interpolacja liniowa) Linear regression (regresja liniowa) Quadratical regression (regresja kwadratowa) Cubical regression (regresja sześcienna) Spline interpolation (interpolacja funkcjami sklejanymi) Łączenie linią punkt po punkcie punktów na wykresie zależności absorbancji od stężenia w standardowej analizie. Regresja wielomianowa dla wielomianu pierwszego stopnia. Regresja wielomianowa dla wielomianu drugiego stopnia. Regresja wielomianowa dla wielomianu trzeciego stopnia. Interpolacja z wykorzystaniem naturalnych, sześciennych funkcji sklejanych. Minimum 2 wzorce Minimum 3 wzorce Minimum 4 wzorce Minimum 5 wzorców Minimum 3 wzorce W przypadku procedury regresji można wybrać, czy linia (krzywa) regresji ma przechodzić przez punkt zerowy.

104 Procedura analityczna Dla linii kalibracyjnych należy używać procedury regresji liniowej. W przypadku gradientów krzywoliniowych sprawdź, która procedura analityczna (regresja kwadratowa, sześcienna czy interpolacja z wykorzystaniem funkcji sklejanych) daje funkcję, która jest najlepsza do analizy wzorców. Interpolacja funkcjami sklejonymi łączy punkty pomiarowe wielomianami sześciennymi, a metody regresji wpasowują pomiędzy punkty pomiarowe funkcję kwadratową lub sześcienną tak, by punkty pomiarowe odbiegały jak najmniej od wyliczanej funkcji. Poza wyliczeniem równanie regresji, metoda regresji zwraca też współczynnik determinacji jako miarę rozproszenia punktów pomiarowych wokół wyliczonej funkcji. Jeśli wartość współczynnika jest mniejsza od 0,8, wynik zostanie zwrócony z ostrzeżeniem. Jeśli pierwszy z wzorców ma zerowe stężenie, wybierz ustawienie, w którym linia (krzywa) regresji przechodzi przez punkt zerowy. Jeśli żadna z procedur zalecanych dla gradientów krzywoliniowych nie daje zadowalających wyników, wybierz procedurę interpolacji liniowej. 12.4 Rozcieńczenie Wprowadzone w kroku metody measure samples (pomiar próbek) rozcieńczenia są brane pod uwagę w obliczeniu wyniku: C Dil, corr = wynik z uwzględnieniem współczynnika rozcieńczenia V S = objętość próbki w mierzonym roztworze V Dil = objętość rozpuszczalnika w mierzonym roztworze

Procedura analityczna 105 12.5 Szczególne procedury analityczne pomiarów UV dla kwasów nukleinowych i białek Rozdział ten obejmuje oznaczanie kwasów nukleinowych lub białek w grupach metod Nucleic acids i Proteins direct UV (kwasy nukleinowe i białka, bezpośredni pomiar UV), jak również odpowiednich związków biomolekularnych w grupie metod Dye labels (barwniki znacznikowe). 12.5.1 Korekcja A 260 i korekcja A 280 Zastosowanie: korekcja wpływu absorbancji barwnika na absorbancję kwasów nukleinowych lub białek przy 260 i 280 nm dla metod z grupy Dye labels (barwniki znacznikowe). Wykorzystanie procedury analitycznej może być aktywowane w parametrach Correct A260 lub Correct A280 (korekcja A260 lub korekcja A280). A XXX, corr A XXX CF A YYY A XXX, corr = obliczona, skorygowana absorbancja dla długości fali 260 nm lub 280 nm A XXX = zmierzona absorbancja dla długości fali 260 nm lub 280 nm CF = współczynnik korekcji dla długości fali 260 nm lub 280 nm (współczynniki dla obydwu długości fal są specyficzne dla barwników i zostały zaprogramowane w General Method Parameter: Dyes [ogólny parametr metody: barwniki] w obszarze Functions [funkcje]). A YYY = zmierzona absorbancja dla długości fali barwnika. Wartości absorbancji wyświetlane w wynikach są wartościami zmierzonymi bezpośrednio, a nie skorygowaną absorbancją. 12.5.2 Stosunki A260/A280 i A260/A230. Zastosowanie: Informacja o czystości mierzonego kwasu nukleinowego. Wykorzystanie procedury analitycznej może być aktywowane w parametrach A260/280 lub A260/A230. Stosunek odnosi się do stosunku mierzonych absorbancji przy wymienionych długościach fali. Wartości literaturowe stosunków dla czystych kwasów nukleinowych: A260/A280 DNA: 1,8 do 1,9 RNA: 1,9 do 2,0 (Current Protocols in Molecular Biology, 1994)

106 Procedura analityczna A260/A230 Dla stosunków A260/A230 dla czystych kwasów nukleinowych w literaturze podawane są różne dane: DNA: 2,3 do 2,5 (The Nucleic Acids, 1955) DNA: 1,9 (Current Protocols in Molecular Biology, 1994) Wartości te silnie zależą od wartości ph. Dlatego kwasy nukleinowe nie powinny być mierzone w wodzie, a w buforze o ph od 7 do 7,2 (np. bufor TE). 12.5.3 Przeliczanie na stężenia molowe i stosunki kwasów nukleinowych Przeliczanie może być zastosowane tyko w przypadku kwasów nukleinowych i metod barwnikowych z kwasami nukleinowymi jako biocząsteczkami. Wykonywane jest ono w kroku metody process results/more calculations (przetwarzanie wyników/dalsze obliczenia). 12.5.3.1 Obliczanie ilości Zastosowanie: obliczanie ilości (masy) kwasu nukleinowego w całkowitej objętości próbki. M = obliczona całkowita ilość (masa) kwasu nukleinowego w probówce z próbką. Jednostka: μg. C = stężenie kwasu nukleinowego obliczone na podstawie pomiaru. Jednostka: μg/ml ub ng/μl. V S, total = całkowita objętość próbki w probówce z próbką. Wprowadź tę wartość w More calculations (dalsze obliczenia). Jednostka: μl. 12.5.3.2 Obliczanie stężenia molowego Zastosowanie: obliczanie stężenia molowego kwasu nukleinowego na podstawie stężenia masowego i względnej masy molowej. Masa molowa jest podawane bezpośrednio lub obliczana przez urządzenie na podstawie wprowadzonej ilości zasad lub par zasad na cząsteczkę kwasu nukleinowego. C 10 MM C Mol 3 C Mol = obliczone stężenie molowe kwasu nukleinowego. Jednostka: pmol/ml. C = stężenie kwasu nukleinowego obliczone na podstawie pomiaru. Jednostka: μg/ml ub ng/μl. MM = względna masa molowa. Jednostka: kda

Procedura analityczna 107 Jeśli wprowadzono ilość zasad lub par zasad na kwas nukleinowy w More calculations (dalsze obliczenia) a nie podano względnej masy molowej jest ona obliczana z ilości zasad lub par zasad: Dla dsdna: Dla ssdna, RNA, Oligo: MM = obliczona względna masa molowa, jednostka: kda bp = wprowadzona ilość par zasad na cząsteczkę b = wprowadzona ilość zasad na cząsteczkę Dla dsdna obliczenie stężenia molowego oparte jest na założeniu, że kwas nukleinowy jest dwuniciowy. Dla metod ssdna, RNA i Oligo zakładana jest jednoniciowość kwasu. Dla metod przeprogramowanych za pomocą <New Method> (<Nowa metoda> w grupie głównej Routine (rutynowe), grupa metod Nucleic acids (kwasy nukleinowe) w obliczeniach stężenia molowego zakłada zawsze dwuniciowość kwasu nukleinowego. 12.5.4 Obliczanie współczynnika dla białek w General Method Parameter (ogólny parametr metody) Rozdział ten obejmuje obliczenia dla składników białkowych w grupach metod Dye labels i Proteins direct UV (barwniki znacznikowe i białka, bezpośredni pomiar UV). Dla tych grup metod składnik białkowy wybierany jest w parametrach (patrz Parametry metody str. 38). Do składnika białkowego przypisywany jest współczynnik wprowadzany w funkcji General Method Parameter/Proteins (ogólny parametr metody/ białka) dla każdego z białek. Zamiast współczynnika można wprowadzić wartość A 0.1% lub współczynnik absorpcji i masę molową białka. W takim przypadku współczynnik obliczany jest następująco: F P 1 A 0.1% F = współczynnik dla białka; jednostka: g/l. A 0.1% = absorbancja białka przy stężeniu 0,1% (1 g/l). Wprowadzając współczynnik absorpcji molowej i względną masę molową białka można obliczyć wartość A 0.1% : A 0.1% P MM P ε P = współczynnik absorpcji molowej białka, jednostka: cm -1 M -1. MM P = względna masa molowa białka, jednostka: Da (wprowadzana w General Method Parameter [ogólny parametr metody] w kda).

108 Procedura analityczna 12.6 Specjalne procedury analizy wyników dla metod barwnikowych 12.6.1 Obliczanie współczynnika dla barwnika na podstawie współczynnika absorbancji W przypadku metod barwnikowych stężenie barwnika jest obliczane z użyciem współczynnika zależnego od zmierzonej absorbancji (patrz Analiza ze współczynnikiem lub wzorcem str. 102). Współczynnik jest wprowadzany dla każdego barwnika z użyciem funkcji General Method Parameter/Dyes (ogólne parametry metod/barwniki). Można również wprowadzić współczynnik absorbancji. W takim przypadku współczynnik oblicza się w następujący sposób: F Dye 6 10 Dye F = współczynnik barwnika; jednostka: pmol/μl. ε = współczynnik absorbancji dla barwnika, jednostka: cm -1 M -1 12.6.2 Obliczanie FOI (gęstość znakowania) Metody barwnikowe umożliwiają obliczenie i wyświetlenie wartości stosunku liczby cząsteczek barwnika do liczby nukleotydów w kwasie nukleinowym, czyli tzw. gęstości znakowania (FOI). Można wybrać wyrażenie wyników w dwóch różnych jednostkach: Jednostka MOLECULE dye/kb A FOI YYY Dye 10 A 6 MM F XXX nt NA Jednostka pmole/μg DNA (or RNA) A FOI YYY Dye 9 10 A F XXX NA A YYY = absorbancja barwnika. A XXX = absorbancja kwasu nukleinowego. MM nt = średnia masa molowa nukleotydów: 330 g/mol. F NA = współczynnik do obliczeń dotyczących kwasów nukleinowych ε dye = współczynnik absorbancji barwnika, jednostka: cm -1 M -1

Procedura analityczna 109 12.6.3 Konwersja do ilości barwnika Ilość barwnika w całej objętości próbki jest obliczana w kroku metody process results/more calculations (przetwarzanie wyników/dalsze obliczenia). M C V P, total M = obliczona całkowita ilość (masa) barwnika w próbce. Jednostka: pmol. C = stężenie barwnika obliczone na podstawie pomiaru. Jednostka: pmol/μl. V S, total = całkowita objętość próbki w probówce; wprowadzona przez użytkownika w More calculations. Jednostka: μl. 12.7 Dual wavelength (dwie długości fali) W przypadku metod z grupy Dual Wavelength (dwie długości fali) wartości absorbancji zmierzone przy dwóch długościach fali można wykorzystać łącznie do obliczeń, zanim obliczona absorbancja nie zostanie poddana dalszej analizie z użyciem współczynnika lub standardu. W celu obliczenia absorbancji można zdefiniować w parametrach ewaluację z użyciem dzielenia lub odejmowania: A calc A calc a A1 c d b A 2 a A b A c d 1 2 A 1, A 2 = zmierzona absorbancja. a, b, c, d = współczynniki wprowadzone do parametrów. Można wprowadzić również wartości ujemne.

110 Procedura analityczna 12.8 Fluorymetria 12.8.1 Wartości RFU Relative Fluorescence Unit: mierzona fluorescencja jest wyrażana w RFU (jednostka względnej fluorescencji). W przeciwieństwie do wartości absorbancji mierzonych fotometrycznie, nie można porównywać wartości RFU pochodzących z różnych urządzeń, a zatem muszą one być zawsze odnoszone do standardów fluorescencyjnych o znanym stężeniu. 12.8.2 Próba ślepa Wszystkie wartości RFU są zawsze odnoszone do ostatnio zmierzonej wartości próby ślepej. Z tego powodu na początku każdej serii pomiarowej konieczny jest pomiar próby ślepej, który można następnie powtórzyć w dowolnym momencie wykonywania serii pomiarów. Pomiar próby ślepej ma na celu zniwelować wszelki wpływ mierzonego roztworu na wartość RFU. Pomiar próby ślepej powinien się więc odbywać z użyciem tego samego buforu, który został użyty do przygotowania próbki, oraz tej samej kuwety, w której mierzona była próbka chyba że kuwety użyte do pomiaru próby ślepej i próbki ze sobą dostrojone optycznie i w związku z tym wykazują taką samą wartość RFU przy mierzonej długości fali. 12.8.3 Analiza z użyciem standardu lub krzywej/linii standardowej, rozcieńczenie Analiza z użyciem standardu lub krzywej/linii standardowej przebiega podobnie, jak w przypadku metod fotometrycznych (patrz Analiza ze współczynnikiem lub wzorcem str. 102). Jeśli analiza odbywa się z użyciem więcej niż jednego standardu, można wybrać różne procedury tworzenia krzywej/linii standardowej w polu [Curve fit] (dopasowanie krzywej), w kroku metody measure standards/ new (pomiar standardów/nowy) (patrz Analiza z krzywą/linią wzorcową str. 103). Wyniki rozcieńczenia są obliczane w identyczny sposób, jak w przypadku metod fotometrycznych (patrz Rozcieńczenie str. 104).

Informacje dotyczące zamawiania 111 13 Informacje dotyczące zamawiania Nr zamów. (Międzynarodowy) Nr zamów. (Ameryka Północna) Opis Eppendorf BioSpectrometer basic 6135 000.009 230 V/50 60 Hz, mains/power plug Europe, more types of mains/power connection available 6135 000.017 6135000017 120 V/50 60 Hz, mains/power plug North America Eppendorf BioSpectrometer fluorescence 6137 000.006 230 V/50-60 Hz, 230 V/50 60 Hz, mains/power plug Europe, more types of mains/power connection available 6137 000.014 6137000014 120 V/50-60 Hz, mains/power plug North America BioSpectrometer fluorescence reference filter set 6137 928.009 6137928009 Filter set for checking photometric precision and wavelength accuracy (according to NIST) and for checking fluorimetric accuracy (random error) and linearity. Thermal Printer DPU-S445 including power supply and printer cable 6135 011.000 230 V, EU 6135 010.004 6135010004 115 V/110V, USA, JP 6135 012.007 230 V, UK Thermo paper 0013 021.566 952010409 5 rolls Eppendorf UVette 220 nm 1 600 nm Original Eppendorf plastic cuvette, PCR clean, Protein-free 0030 106.300 952010051 50-2 000 μl, 80 pieces, individually packaged Eppendorf UVette routine pack 220 nm 1 600 nm Eppendorf Quality 0030 106.318 952010069 50-2 000 μl, 200 pieces, reclosable box Eppendorf macro Vis Cuvettes 0030 079.345 0030079345 10 100 pieces Eppendorf semi-micro Vis Cuvettes 0030 079.353 0030079353 10 100 pieces Cuvette stand 4308 078.006 940001102 for 16 cuvettes

112 Informacje dotyczące zamawiania

ertyfikaty