Jak działa ImageJ? Beata Brzozowska. 18 marca 2013

Podobne dokumenty
Spis treści. Jak używać programu ImageJ? Podstawowe informacje

Struktura plików DICOM

Struktura plików DICOM

Temat: Organizacja skoroszytów i arkuszy

Diagnostyka obrazowa

Laboratorium - Praca z poleceniami wiersza poleceń w systemie Windows

Diagnostyka obrazowa

Zbigniew Sołtys - Komputerowa Analiza Obrazu Mikroskopowego 2015 część 13

Operacje na gotowych projektach.

Kopiowanie, przenoszenie plików i folderów

DICOM. Beata Brzozowska. 11 marca 2013

Informatyka Edytor tekstów Word 2010 dla WINDOWS cz.1

Kolory elementów. Kolory elementów

Grafika komputerowa. Zajęcia 7

Rozdział 1. Zastosowanie komputera w życiu codziennym Rozdział 2. Elementy zestawu komputerowego...11

MagicInfo Express instrukcja obsługi

Instrukcja użytkownika

INSTRUKCJA UŻYTKOWNIKA. Spis treści. I. Wprowadzenie II. Tworzenie nowej karty pracy a. Obiekty b. Nauka pisania...

Informatyka Edytor tekstów Word 2010 dla WINDOWS cz.1

Misja #1 Poznajemy Prophio.

ACCESS ćwiczenia (zestaw 1)

3D Analyst. Zapoznanie się z ArcScene, Praca z danymi trójwymiarowymi - Wizualizacja 3D drapowanie obrazów na powierzchnie terenu.

Laboratorium 8 ( Android -pierwsza aplikacja)

Arkadiusz Kalicki, Lech Mankiewicz Plugin Webcam dla SalsaJ Podręcznik użytkownika

AKADEMIA GÓRNICZO-HUTNICZA IM. STANISŁAWA STASZICA W KRAKOWIE. QuIDE Quantum IDE PODRĘCZNIK UŻYTKOWNIKA

Krótki kurs obsługi środowiska programistycznego Turbo Pascal z 12 Opracował Jan T. Biernat. Wstęp

MODELER MODUŁ KOREKCJI DYSTORSJI SOCZEWKI WERSJA ZEWNĘTRZNA UPROSZCZONA INSTRUKCJA OBSŁUGI PROGRAMU

Laboratorium - Narzędzie linii uruchamiania w systemie Windows Vista

Korzystanie z edytora zasad grupy do zarządzania zasadami komputera lokalnego w systemie Windows XP

Laboratorium - Narzędzia linii uruchamiania w systemie Windows 7

5.2. Pierwsze kroki z bazami danych

Wykorzystanie serwisów WMS w oprogramowaniu GEO-MAP

Dane słowa oraz wyrażenia są tłumaczone przy pomocy polecenia Przetwarzanie > Tłumaczenie

Instrukcja użytkownika aplikacji ewnioski

Telewizja przemysłowa (CCTV) w RACS 5

Platforma Eclipse: Pluginy, RCP oraz GEF

Pracownia internetowa w każdej szkole (edycja Jesień 2007)

Przygotowanie własnej procedury... 3 Instrukcja msgbox wyświetlanie informacji w oknie... 6 Sposoby uruchamiania makra... 8

Korzystanie z aplikacji P-touch Transfer Manager

1. Opis okna podstawowego programu TPrezenter.

Maple i wykresy. 1.1 Najpierw należy się zalogować. Jak to zrobić zostało opisane w moim poprzednim tutorialu.

CEL zapoznanie z programem do tworzenia rysunków i ukazanie możliwości Edytora obrazów do sporządzania rysunków i ikon.

Zastanawiałeś się może, dlaczego Twój współpracownik,

CZĘŚĆ A PIERWSZE KROKI Z KOMPUTEREM

UONET+ moduł Dziennik. Rejestrowanie frekwencji uczniów na lekcjach w widoku Lekcja

Instalowanie VHOPE i plików biblioteki VHOPE

1.3. Tworzenie obiektów 3D. Rysunek 1.2. Dostępne opcje podręcznego menu dla zaznaczonego obiektu

Instrukcja instalacji i obsługi makra Excel_Table w wersji 10

Wtyczka Crop3D. Wstęp. Implementacja. Sprawozdanie z realizacji projektu Bartłomiej Trzewiczek Kraków,

Programowanie Obiektowe GUI

Wstęp do Informatyki i Programowania Laboratorium: Lista 1 Środowisko programowania

Księgarnia internetowa Lubię to!» Nasza społeczność

Instrukcja obsługi programu PLOMP PLUS FM

Tworzenie nowego rysunku Bezpośrednio po uruchomieniu programu zostanie otwarte okno kreatora Nowego Rysunku.

Edytor tekstu OpenOffice Writer Podstawy

mfaktura Instrukcja instalacji programu Ogólne informacje o programie biuro@matsol.pl

Konfiguracja oprogramowania w systemach MS Windows dla kont z ograniczonymi uprawnieniami


1. Przypisy, indeks i spisy.

Kurs Adobe Photoshop Elements 11

LABORATORIUM 8,9: BAZA DANYCH MS-ACCESS

Obrazek 1: Interfejs DT. DT Help File v1.3

ANE HURRIC Instrukcja obsługi Návod k obsluze Руководство по эксплуатации Instructions for use Návod na obsluhu Használati útmutató

2 INSTALACJA OPROGRAMOWANIA. 3 3 GŁÓWNE OKNO PROGRAMU 3 4 MODUŁ OBSŁUGI ARCHIWUM 7

Serwis PTF Dodanie informacji bieżącej w podserwisie oddziału

Obszar pierwszy to pasek narzędzi (rys. 1) zawierający skróty do najczęściej uŝywanych funkcji. Rys. 1 Pasek Narzędzi

Projektowanie graficzne. Wykład 2. Open Office Draw

Divar - Archive Player. Instrukcja obsługi

Instrukcja obsługi Kreatora Stron Internetowych dla Glazurników i Termoizolerów

darmowe zdjęcia - allegro.pl

Archive Player Divar Series. Instrukcja obsługi

T A B E L E i K W E R E N D Y

KATEGORIE OBRAZKOWE REALIZACJA

14. TWORZENIE MAKROPOLECEŃ

nie trzeba pobierać wszystkich plików z serwera na stację roboczą. Teraz można pobierać tylko te

Bioinformatyka. Program UGENE

Certification Request Services

e-podręcznik dla seniora... i nie tylko.

Laboratorium A: Zarządzanie ustawieniami zabezpieczeń/klucz do odpowiedzi

Pokażę w jaki sposób można zrobić prostą grafikę programem GIMP. 1. Uruchom aplikację GIMP klikając w ikonę na pulpicie.

BAZY DANYCH MAKRA I PRZYCISKI. Microsoft Access. Adrian Horzyk. Akademia Górniczo-Hutnicza

dokumentacja Edytor Bazy Zmiennych Edytor Bazy Zmiennych Podręcznik użytkownika

Pakiet AutoRun Menu. Sławomir Pogodziński. Podyplomowe Studium Programowania i Zastosowań Komputerów

Tworzenie prezentacji w MS PowerPoint

Jak przygotować pokaz album w Logomocji

Wstęp 5 Rozdział 1. Instalacja systemu 13. Rozdział 2. Logowanie i wylogowywanie 21 Rozdział 3. Pulpit i foldery 25. Rozdział 4.

Szkolenie dla nauczycieli SP10 w DG Operacje na plikach i folderach, obsługa edytora tekstu ABC. komputera dla nauczyciela. Materiały pomocnicze

Umowy Instrukcja użytkownika systemu GW-MAX

Edytor Edit+ - dodawanie zdjęć i. załączników. Instrukcja użytkownika

EXCEL TABELE PRZESTAWNE

Ćwiczenia z systemu operacyjnego WINDOWS

I Tworzenie prezentacji za pomocą szablonu w programie Power-Point. 1. Wybieramy z górnego menu polecenie Nowy a następnie Utwórz z szablonu

Dodatki. Dodatek A Octave. Język maszyn

INSTRUKCJA DO OPROGRAMOWANIA KOMPUTEROWEGO

AutoPROFIL R 6 Dodatek do opisu programu Współpraca z programem AutoCAD 2004, 2005, LT 2004 i LT 2005

Część I: Przypisanie makr do obiektu (przycisku).

SPIS TREŚCI: 1. INSTALACJA SYSTEMU SIMPLE.ERP LOGOWANIE DO SYSTEMU ZMIANA HASŁA PLANOWANIE INFORMACJE DODATKOWE...

Books. by HansaWorld. Przewodnik instalacji. wersji 6.2

Zasoby dyskowe: Eksplorator Windows Z zasobami dyskowymi związane są nierozłącznie prawa dostępu gwarantujące możliwość odczytu, kasowania,

Menu Narzędzia w Edytorze symboli i Edytorze Widoku aparatów

Transkrypt:

Jak działa ImageJ? Beata Brzozowska 18 marca 2013

Plan zajęć 1 Podstawowe informacje ImageJ - katalogi 2

ImageJ: Podstawowe informacje ImageJ - katalogi jest napisany w środowisku Java pozwala wyświetlać, edytować, analizować, drukować 16- i 32-bitowe obrazy czyta formaty tj.: TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM wykonuje obliczenia: powierzchni, wartości pikseli, odległości, kątów tworzy histogramy, profile, kalibracje przestrzenne umożliwia dodanie samodzielnie napisanych pluginów

Podstawowe informacje ImageJ - katalogi Instalacja: Program można pobrać bezpośrednio ze strony: http://imagej.nih.gov/ij/ Konfiguracja pamięci: Uaktualnienia: ImageJ jest aplikacją napisaną w Javie. Aby uruchomić program napisany w Javie trzeba wcześniej zdefiniować ilość pamięci. Robi się to wybierając z menu Edit> Options>Memory & Threads. Najnowszą wersją w chwili obecnej jest ImageJ 1.47m. Aby sprawdzić aktualną wersję programu należy skorzystać z menu Help>About ImageJ. Żeby dokonać uaktualnienia trzeba wybrać z menu Help>Update ImageJ.

Struktura katalogu Podstawowe informacje ImageJ - katalogi plik ij.jar czyli program ImageJ. Podczas uaktualnienia plik ten jest zastępowany na nowy. plik ImageJ.cfg ten plik zawiera konfigurację pamięci dla ImageJ. katalog macros ten katalog zawiera makra czyli małe programy napisane w specjalnym języku do tego stworzonym. katalog plugins ten katalog zawiera wtyczki, które pozwalają na większą funkcjonalność programu. Wtyczki, które się w nim znajdują można znaleźć również w menu Plugins. Nazwa pliku powinna zawierać _.

Zadanie 1 Podstawowe informacje ImageJ - katalogi W katalogu macros znajdź plik Mandelbrot.txt i przeciągnij go do okna głównego programu ImageJ. Co się stanie w tej sytuacji? Jeśli wykonamy to makro używając polecenia Macros>Run Macro z menu, to co otrzymamy? Zapisz makro Mandelbrot.txt pod nazwą Mandelbrot_.txt w katalogu ImageJ/plugins/Examples. Możesz użyć polecenia z editor makro File>Save As.... Zamknij wszystkie otwarte okna w ImageJ. Żeby odświeżyć wtyczki należy wybrać z menu Help>Refresh Menus. Wykonaj makro używając polecenia z menu Plugins>Examples>Mandelbrot. Przytrzymując klawisz shift, wybierz Plugins>Examples>Mandelbrot. Co się stało?

Zadanie 1 Podstawowe informacje ImageJ - katalogi W katalogu macros znajdź plik Mandelbrot.txt i przeciągnij go do okna głównego programu ImageJ. Co się stanie w tej sytuacji? Jeśli wykonamy to makro używając polecenia Macros>Run Macro z menu, to co otrzymamy? Zapisz makro Mandelbrot.txt pod nazwą Mandelbrot_.txt w katalogu ImageJ/plugins/Examples. Możesz użyć polecenia z editor makro File>Save As.... Zamknij wszystkie otwarte okna w ImageJ. Żeby odświeżyć wtyczki należy wybrać z menu Help>Refresh Menus. Wykonaj makro używając polecenia z menu Plugins>Examples>Mandelbrot. Przytrzymując klawisz shift, wybierz Plugins>Examples>Mandelbrot. Co się stało?

Zadanie 1 Podstawowe informacje ImageJ - katalogi W katalogu macros znajdź plik Mandelbrot.txt i przeciągnij go do okna głównego programu ImageJ. Co się stanie w tej sytuacji? Jeśli wykonamy to makro używając polecenia Macros>Run Macro z menu, to co otrzymamy? Zapisz makro Mandelbrot.txt pod nazwą Mandelbrot_.txt w katalogu ImageJ/plugins/Examples. Możesz użyć polecenia z editor makro File>Save As.... Zamknij wszystkie otwarte okna w ImageJ. Żeby odświeżyć wtyczki należy wybrać z menu Help>Refresh Menus. Wykonaj makro używając polecenia z menu Plugins>Examples>Mandelbrot. Przytrzymując klawisz shift, wybierz Plugins>Examples>Mandelbrot. Co się stało?

Rozwiązanie Podstawowe informacje ImageJ - katalogi Rysunek: Widok zdjęcia i edytora makro w ImageJ. Zbiór Mandelbrota (żuk Mandelbrota) - podzbiór płaszczyzny zespolonej, którego brzeg jest jednym ze sławniejszych fraktali. Nazwa tego obiektu została wprowadzona dla uhonorowania jego odkrywcy, francuskiego matematyka Benoit Mandelbrota. (źródło: wikipedia)

Otwieranie plików Istnieją dwie możliwości otwierania plików graficznych. Można użyć polecenia z menu File>Open... (ctrl+o) lub przeciągnąć plik bezpośrednio z katalogu do głównego okna programu (ang. ImageJ launcher window).

Zadanie 2 Skopiuj katalog podstawowe_info do swojego katalogu domowego. Otwórz zdjęcie dapi.tif z tego katalogu. Spróbuj różnych możliwości otwierania plików w programie ImageJ. Wypróbuj kombinację klawiszy: ctrl+shift+o. Jaka jest funkcja tego polecenia? Otwórz jednocześnie kilka zdjęć. Otwórz obrazy z katalogu rzodkiewnik przez przeciągnięcie tego katalogu do okna głównego ImageJ. Następnie otwórz je za pomocą File>Import>Image Sequence.... Otwórz ten sam plik dwukrotnie. Co się dzieje z tytułem zdjęcia? Otwórz zdjęcie cafe.lsm. Zdjęcie jest przykładem tzw. hyperstack. Składa się ono z dwóch warstw. Numer kanału jest wyświetlany na górze/dole zdjęcia. Wykorzystaj polecenie: Run Image>Color>Channels Tool... i zmień parametry wyświetlania.

Zadanie 2 Skopiuj katalog podstawowe_info do swojego katalogu domowego. Otwórz zdjęcie dapi.tif z tego katalogu. Spróbuj różnych możliwości otwierania plików w programie ImageJ. Wypróbuj kombinację klawiszy: ctrl+shift+o. Jaka jest funkcja tego polecenia? Otwórz jednocześnie kilka zdjęć. Otwórz obrazy z katalogu rzodkiewnik przez przeciągnięcie tego katalogu do okna głównego ImageJ. Następnie otwórz je za pomocą File>Import>Image Sequence.... Otwórz ten sam plik dwukrotnie. Co się dzieje z tytułem zdjęcia? Otwórz zdjęcie cafe.lsm. Zdjęcie jest przykładem tzw. hyperstack. Składa się ono z dwóch warstw. Numer kanału jest wyświetlany na górze/dole zdjęcia. Wykorzystaj polecenie: Run Image>Color>Channels Tool... i zmień parametry wyświetlania.

Zadanie 2 Skopiuj katalog podstawowe_info do swojego katalogu domowego. Otwórz zdjęcie dapi.tif z tego katalogu. Spróbuj różnych możliwości otwierania plików w programie ImageJ. Wypróbuj kombinację klawiszy: ctrl+shift+o. Jaka jest funkcja tego polecenia? Otwórz jednocześnie kilka zdjęć. Otwórz obrazy z katalogu rzodkiewnik przez przeciągnięcie tego katalogu do okna głównego ImageJ. Następnie otwórz je za pomocą File>Import>Image Sequence.... Otwórz ten sam plik dwukrotnie. Co się dzieje z tytułem zdjęcia? Otwórz zdjęcie cafe.lsm. Zdjęcie jest przykładem tzw. hyperstack. Składa się ono z dwóch warstw. Numer kanału jest wyświetlany na górze/dole zdjęcia. Wykorzystaj polecenie: Run Image>Color>Channels Tool... i zmień parametry wyświetlania.

Zadanie 2 Skopiuj katalog podstawowe_info do swojego katalogu domowego. Otwórz zdjęcie dapi.tif z tego katalogu. Spróbuj różnych możliwości otwierania plików w programie ImageJ. Wypróbuj kombinację klawiszy: ctrl+shift+o. Jaka jest funkcja tego polecenia? Otwórz jednocześnie kilka zdjęć. Otwórz obrazy z katalogu rzodkiewnik przez przeciągnięcie tego katalogu do okna głównego ImageJ. Następnie otwórz je za pomocą File>Import>Image Sequence.... Otwórz ten sam plik dwukrotnie. Co się dzieje z tytułem zdjęcia? Otwórz zdjęcie cafe.lsm. Zdjęcie jest przykładem tzw. hyperstack. Składa się ono z dwóch warstw. Numer kanału jest wyświetlany na górze/dole zdjęcia. Wykorzystaj polecenie: Run Image>Color>Channels Tool... i zmień parametry wyświetlania.

Zadanie 2 Skopiuj katalog podstawowe_info do swojego katalogu domowego. Otwórz zdjęcie dapi.tif z tego katalogu. Spróbuj różnych możliwości otwierania plików w programie ImageJ. Wypróbuj kombinację klawiszy: ctrl+shift+o. Jaka jest funkcja tego polecenia? Otwórz jednocześnie kilka zdjęć. Otwórz obrazy z katalogu rzodkiewnik przez przeciągnięcie tego katalogu do okna głównego ImageJ. Następnie otwórz je za pomocą File>Import>Image Sequence.... Otwórz ten sam plik dwukrotnie. Co się dzieje z tytułem zdjęcia? Otwórz zdjęcie cafe.lsm. Zdjęcie jest przykładem tzw. hyperstack. Składa się ono z dwóch warstw. Numer kanału jest wyświetlany na górze/dole zdjęcia. Wykorzystaj polecenie: Run Image>Color>Channels Tool... i zmień parametry wyświetlania.

Zadanie 2 - c.d. Skopiuj katalog otwieranie_obrazow do swojego katalogu domowego. Spróbuj otworzyć zdjęcie FC green-40x sec.ics.

Zadanie 3 Za pomocą programu ImageJ otwórz plik z katalogu DICOM: MonochromeSample.dcm. Odczytaj i zinterpretuj informacje zawarte w Dicom-Meta-Information-Header.

Rozwiązanie Za pomocą programu ImageJ otwórz plik z katalogu DICOM: MonochromeSample.dcm. Odczytaj i zinterpretuj informacje zawarte w Dicom-Meta-Information-Header. Image>Show info