Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Doroty Górny pt. Biodegradacja naproksenu przez szczep Bacillus thuringiensis

Podobne dokumenty
2. Marchlewicz A., Domaradzka D., Guzik U., Wojcieszyńska D., Bacillus thuringiensis B 1 (20151)) is a gram-positive bacteria able to degrade

Ocena rozprawy doktorskiej. Mgr Pauliny Smyk pt.: Wpływ wybranych ksenobiotyków na zmiany parametrów

Recenzja. promotor: dr hab. Marianna Kotowska-Jelonek, prof. PŚk

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr inż. Olgi Andrzejczak. pt. Badania osadu czynnego z zastosowaniem technik cyfrowej analizy obrazu mikroskopowego

Przedstawiona do oceny rozprawa naukowa obejmuje 230 stron i składa się ze wstępu, 7 rozdziałów, streszczenia w języku polskim i angielskim, spisu

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Piotra Biniarza pt. Optymalizacja produkcji, oczyszczanie i badanie właściwości biosurfaktantów

Recenzja mgr Anny ŚLIWIŃSKIEJ Ilościowa ocena obciążeń środowiskowych w procesie skojarzonego wytwarzania metanolu i energii elektrycznej

RECENZJA rozprawy doktorskiej mgr inż. Małgorzaty Anny Popko pod tytułem Dolistne nawozy mineralno-organiczne na bazie hydrolizatu białka keratyny

RECENZJA. Rozprawy doktorskiej mgr Mateusza Nowickiego. Ocena wybranych elementów niszy szpikowej u pacjentów poddawanych

kwestionariusze badania ankietowego, karta badania, broszura informacyjna dla pacjentek,

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Bartosza Rymkiewicza pt. Społeczna odpowiedzialność biznesu a dokonania przedsiębiorstwa

Ocena pracy doktorskiej mgr. inż. Adama Ząbka zatytułowanej:

OPIS PRZEDMIOTÓW REALIZOWANYCH W KATEDRZE MIKROBIOLOGII ŚRODOWISKOWEJ

Gdańsk, 10 czerwca 2016

RECENZJA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ. mgr inż. Anety Pytki-Woszczyło

Ocena rozprawy na stopień doktora nauk medycznych lekarz Małgorzaty Marii Skuzy

Dr hab. inż. Anna Małachowska-Jutsz Gliwice, Katedra Biotechnologii Środowiskowej. Recenzja

Ocena. wykonanej pod kierunkiem prof. dr hab. med. Małgorzaty Polz-Docewicz

Do oceny przedstawiono oprawioną rozprawę doktorską zawierającą 133 strony

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Arkadiusza Płowca pod tytułem "Wpływ prebiotyków i symbiotyków podanych in ovo na zmianę ekspresji genomu kury"

Struktura i treść rozprawy doktorskiej

Zakład Mikrobiologii Stosowanej RUPA BADAWCZA FIZJOLOGIA BAKTERII

Stacja Zasobów Genetycznych Drobiu Wodnego w Dworzyskach. Recenzja rozprawy doktorskiej. pt. ANALIZA CECH MIĘSNYCH WYBRANYCH GRUP KACZEK PEKIN ZE STAD

RECENZJA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ

Szczecin, r.

Politechni <a Wrocławska

Wydział Chemii. Strona1

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Pradeep Kumar pt. The Determinants of Foreign

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr inż. Jarosława Błyszko

RECENZJA rozprawy doktorskiej mgr inż. Sebastiana Schaba pod tytułem Technologia wytwarzania granulowanych nawozów wieloskładnikowych typu NP i NPK

Dotyczy pisania pracy dyplomowej w formie pracy przeglądowej

Wrocław, 15 grudnia 2017 r.

Recenzja pracy doktorskiej Mgr Macieja Chrzanowskiego pt.: Wykorzystanie otwartych innowacji w polskich przedsiębiorstwach

prof. dr hab. Zbigniew Czarnocki Warszawa, 3 lipca 2015 Uniwersytet Warszawski Wydział Chemii

Zabrze r. Recenzja rozprawy na stopień doktora nauk medycznych lekarza Cypriana Olchowy

Aktywność przeciwgrzybowa bakterii z rodzaju Lactobacillus w obecności polioli i ich galaktozylowych pochodnych

Poznań, r.

PROCEDURA PRZEPROWADZANIA CZYNNOŚCI W PRZEWODZIE DOKTORSKIM NA WYDZIALE BIOCHEMII, BIOFIZYKI I BIOTECHNOLOGII UJ

UCHWAŁA Nr 31/2014 Senatu Uniwersytetu Wrocławskiego z dnia 26 marca 2014 r.

Prof. dr hab. inż. Józef Mosiej, Warszawa, Katedra Kształtowania Środowiska SGGW, Warszawa

RECENZJA. rozprawy doktorskiej Jolanty GRZEBIELUCH nt. "Znaczenie strategii marketingowej w

Poznań, 15 stycznia 2018 r. dr hab. Małgorzata Graczyk Katedra Metod Matematycznych i Statystycznych Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu

Zanieczyszczenia organiczne takie jak WWA czy pestycydy są dużym zagrożeniem zarówno dla środowiska jak i zdrowia i życia człowieka.

tel. (+4861) fax. (+4861)

Prof. dr hab. Zbigniew Adamiak Olsztyn, Katedra Chirurgii i Rentgenologii z Kliniką Wydział Medycyny Weterynaryjnej UWM Olsztyn RECENZJA

Recenzja(rozprawy(doktorskiej(( Pana(mgr(inż.(Jacka(Mojskiego(

Prof. dr hab. inż. Zygmunt Kowalski Kraków Instytut Gospodarki Surowcami Mineralnymi i Energią Polskiej Akademii Nauk

Zakład Mikrobiologii Farmaceutycznej i Parazytologii

Efektywność metod diagnozy ryzyka personalnego i jej percepcja

Dyscyplina naukowa rozprawy: Nauki o zarządzaniu Podstawa wykonania recenzji: Uchwała Kolegium Gospodarki Światowej SGH

RECENZJA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ. zatytułowanej

Ocena merytoryczna pracy 2.1. Sformułowanie problemu naukowego i aktualność tematyki badań

Katedra i Klinika Kardiologii Wydział Lekarski Kształcenia Podyplomowego Uniwersytet Medyczny im. Piastów Śląskich we Wrocławiu

Podstawa prawna Informacje ogólne

Recenzja pracy doktorskiej Pani mgr Olgi Żołnierkiewicz pt. Chemiczna synteza zoptymalizowanego genu taqiirm

Uchwała nr 33/2010 Rady Wydziału Hodowli i Biologii Zwierząt

i Europejskiego Towarzystwa Kardiologicznego oraz zasad wykonywania zabiegu także od strony technicznej przydatne dla zrozumienia dalszej części

Kierunek i poziom studiów: Biotechnologia, poziom pierwszy Sylabus modułu: Metody biotechnologiczne w ochronie środowiska (1BT_27)

Recenzja Pracy Doktorskiej

Recenzja. Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu. ul. Wojska Polskiego 28, Poznań Tel.(48 61) centrala; fax ( /46

Prof. dr hab. inż. Zygmunt Kowalski Kraków Instytut Gospodarki Surowcami Mineralnymi i Energią Polskiej Akademii Nauk

rodzajach chromatografii cieczowej w związku ze wszczętym na

Ocena Pracy Doktorskiej mgr Moniki Aleksandry Ziętarskiej

OCENA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ. pt Ocena jakości życia nosicielek mutacji genu BRCA1 po profilaktycznej operacji narządu rodnego

Jacek Ulański Łódź, Katedra Fizyki Molekularnej Politechnika Łódzka Łódź ul. Żeromskiego 116

RECENZJA rozprawy doktorskiej lekarza stomatologa Thomasa Proba pt " Ocena czynnościowa leczenia bezzębia przy zastosowaniu

Dr hab. n. med. Beata Czarnecka, Prof. U.M. Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego. w Poznaniu

UCHWAŁA. Wniosek o wszczęcie przewodu doktorskiego

Rozprawy doktorskiej mgr Anny Marii Urbaniak-Brekke. pt.: Aktywność społeczności lokalnych w Polsce i Norwegii

S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) Informacje ogólne. Biotechnologie ochrony środowiska. Prof. dr hab. Elżbieta Kalisińska

Zakładane efekty kształcenia dla kierunku

Opis efektów kształcenia na kierunku BIOTECHNOLOGIA

RECENZJA. rozprawy doktorskiej mgr inż. Hanny Waliszewskiej. pt. Skład chemiczny i struktura wybranych surowców lignoceluiozowych w

Ocena pracy doktorskiej mgr Magdaleny Banaś zatytułowanej: Ochronna rola chemeryny w fizjologii naskórka

Poznań, dnia 28 maja 2018

KARTA PRZEDMIOTU. (pieczęć wydziału) Z1-PU7 WYDANIE N1 Strona 8 z 9

Dr hab. Magdalena Jaszek. Zakład Biochemii Wydział Biologii i Biotechnologii Uniwersytet Marii Curie- Skłodowskiej. W Lublinie

dr hab. n. med. Czesław Żaba Kierownik Katedry i Zakładu Medycyny Sądowej Uniwersytetu Medycznego im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu

Prof. dr hab. Mieczysław Grzesik Instytut Ogrodnictwa Skierniewice

ĆWICZENIE NR 3 BADANIE MIKROBIOLOGICZNEGO UTLENIENIA AMONIAKU DO AZOTYNÓW ZA POMOCĄ BAKTERII NITROSOMONAS sp.

RECENZJA. Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego) pt. OCENA BAKTERYJNEJ FLORY GRONKOWCOWEJ UŻYTKOWNIKÓW PROTEZ

Zakładane efekty kształcenia dla kierunku

RECENZJA. 1. Ogólna charakterystyka rozprawy

Opis zakładanych efektów kształcenia OPIS ZAKŁADANYCH EFEKTÓW KSZTAŁCENIA

dr hab. inż. Katarzyna Materna Poznań, Wydział Technologii Chemicznej Politechnika Poznańska

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr. inż. Michała Błasiaka pt. Wpływ egzogennej melatoniny i długości dnia na sekrecję i skład chemiczny mleka owiec

Inżynieria Środowiska II stopnia (I stopień / II stopień) ogólnoakademicki (ogólno akademicki / praktyczny) dr hab. Lidia Dąbek, prof. PŚk.

Spis treści. asf;mfzjf. (Jan Fiedurek)

Efekty kształcenia dla kierunku: Biotechnologia II stopień

KARTA PRZEDMIOTU. (pieczęć wydziału) Z1-PU7 WYDANIE N1 Strona 8 z 9

CENTRUM TRANSFERU TECHNOLOGII W OBSZARZE OZE. BioProcessLab. Dr inż. Karina Michalska

śląski Uniwersytet (Medyczny w Katowicach Wydział Lel<arski z Oddziałem Lekarsko-Dentystycznym w Zabrzu Katedra i Zakład Biochemii

2. Formalna struktura pracy

Exemplis discimus. Uczymy się na przykładach

Ocena jednotematycznego cyklu publikacji

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Malgorzaty Grzeszczuk-Gniewek pt. Systemy

KIERUNKOWE EFEKTY KSZTAŁCENIA Efekty przewidziane do realizacji od semestru zimowego roku akademickiego

Wydział Chemii Zakład Chemii Analitycznej prof. zw. dr hab. Wiesław Wasiak RECENZJA

Transkrypt:

dr hab. Jolanta Jaroszuk-Ściseł, prof. UMCS Zakład Mikrobiologii Środowiskowej Instytut Mikrobiologii i Biotechnologii Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej ul. Akademicka 19 20-033 Lublin Lublin, 30.04.2019 r. Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Doroty Górny pt. Biodegradacja naproksenu przez szczep Bacillus thuringiensis B1(2015b), wykonanej w Katedrze Biochemii, Wydziale Biologii i Ochrony Środowiska Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach pod kierunkiem dr hab. Danuty Wojcieszyńskiej Badania przedstawione w ocenianej rozprawie doktorskiej zostały wykonane w jednostce naukowej o znaczącym dorobku z zakresu mikrobiologii środowisk skażonych ksenobiotykami oraz bioremediacji tych środowisk. Autorka rozprawy doktorskiej także posiada duży dorobek naukowy obejmujący badania nad degradacją wielopierścieniowych niesteroidowych leków przeciwzapalnych (NSLPZ). Rozprawa doktorska wpisuje się zarówno w tematykę badawczą Katedry Biochemii jak i odpowiada najnowszym trendom, próbując rozwiązać aktualne problemy związane z ochroną środowiska przed gromadzeniem w wodach i glebach wielopierścieniowych związków aromatycznych, do których należą niesteroidowe leki przeciwzapalne dostające się do oczyszczalni wraz ze ściekami przemysłowymi, komunalnymi i szpitalnymi, a na skutek małej wydajności technologii usuwania tych zanieczyszczeń, dostające się do środowiska naturalnego i oddziałujące szkodliwie na organizmy. Ocena układu rozprawy doktorskiej i formalnej strony Rozprawa doktorska Pani mgr Doroty Górny przygotowana została jako cykl czterech prac opublikowanych w latach 2015-2019. Wszystkie prace składające się na cykl zostały opublikowane w renomowanych czasopismach z listy JCR o wysokich i bardzo wysokich współczynnikach wpływu. Sumaryczna wartość współczynnika IF dla tych prac przekracza 15. Trzy prace doświadczalne zostały opublikowane w Water, Air and Soil Pollution 2015 (IF=1,769), Ecotoxicology and Environmental Safety 2019 (IF=3,974) i Journal of Environmental Management 2019 (IF=4,005) a praca przeglądowa z 2015 roku, w czasopiśmie o szczególnie wysokim IF=5,716 - Reviews in Environmental Science and Bio/Technology. W dwóch pracach doświadczalnych i w bardzo dobrze napisanej pracy przeglądowej Doktorantka jest pierwszym autorem, co świadczy o bardzo dużych umiejętnościach Autorki redagowania tekstów. W jednej pracy doświadczalnej (Marchlewicz i in. 2016) Pani mgr Dorota Górny jest drugim autorem. Doktorantka, zgodnie z zamieszczonymi jako szósty rozdział rozprawy oświadczeniami, miała bardzo duży udział w tworzeniu prac składających się na cykl, który wyniósł 80% w pracy przeglądowej, po 75% w dwóch pracach doświadczalnych i 45% w trzeciej z prac doświadczalnych Marchlewicz i in. (2016). Autorem korespondencyjnym prac będących podstawą rozprawy doktorskiej jest promotor rozprawy dr hab. Danuta Wojcieszyńska. Publikacje wchodzące w skład rozprawy zostały bardzo starannie przygotowane, zawierają przejrzystą, jednolitą dokumentację graficzną, w tym schemat proponowanego szlaku biodegradacji naproksenu przez szczep Bacillus thuringensis. Schemat ten nawiązuje formą do schematów zamieszczonych w pracy przeglądowej poprzedzającej prace doświadczalne. Dokumentacja zawarta w publikacjach obejmuje w sumie 5 tabel i 18 rysunków, w tym osiem (8) schematów szlaków degradacji, str. 1

jedno (1) drzewo filogenetyczne i jedno (1) zestawienie spektrum związków powstających w szlakach degradacji analizowanych za pomocą GC/MS oraz 10 wykresów przedstawiających przebieg degradacji naproksenu i wzrostu szczepu w czasie. Rysunki i tabele zostały prawidłowo i wyczerpująco a jednocześnie syntetycznie opisane. Pewien niedosyt budzi jedynie ograniczenie analizy statystycznej do słupków błędów, do których brak odniesienia w legendzie rysunków. Opis wykonania analizy statystycznej znalazł się jedynie w podrozdziale o analizie aktywności enzymów w pracy opublikowanej w Journal of Environmental Management w 2019 roku. Myślę, że uzupełniająca analiza korelacji, czy głównych składowych (PCA) przeprowadzone dla tak licznych i ważnych wyników, pozwoli na wyłonienie dodatkowych ciekawych wniosków. Piśmiennictwo wykorzystane w rozprawie doktorskiej obejmuje 160 dobrze dobranych i opisanych pozycji literatury. W publikacji przeglądowej wykorzystano 42 pozycje literatury oraz 7 schematów szlaków degradacji naproksenu i innych niesteroidowych leków przeciwzapalnych (NSLPZ), które w bardzo przejrzysty sposób oddają treść obszernego zestawienia porównawczego zawartego w tej pracy, a jednocześnie świadczą o dobrym przygotowaniu do podjętego tematu i poszukiwania nowych rozwiązań za pomocą właściwie dobranego warsztatu badawczego. Układ rozprawy doktorskiej Pani mgr Doroty Górny jest zgodny z normami przyjętymi dla tego typu opracowań a na podkreślenie zasługuje bardzo duża staranność przygotowania rozprawy. Recenzowana rozprawa doktorska składa się z sześciu rozdziałów: (I) autoreferatu, (II) cyklu publikacji wchodzących w skład rozprawy, (III) podsumowania, (IV i V) streszczeń w języku polskim i angielskim oraz (VI) oświadczeń współautorów. Uważam, że w rozprawie doktorskiej przygotowanej jako cykl publikacji powinien znaleźć się dodatkowy, wyraźnie wyodrębniony, rozdział zawierający spis prac składających się na cykl będący podstawą rozprawy z zaznaczeniem danych bibliometrycznych oraz udziału Doktorantki w tworzeniu publikacji wraz ze skrótowym opisem wykonanych przez Doktorantkę analiz. Autoreferat stanowiący pierwszy rozdział, liczący 20 stron, złożony jest z pięciu podrozdziałów: (I.1) wprowadzenia, (I.2) celu, (I.3) materiałów i metod, (I.4) wyników i dyskusji oraz (I.5) spisu literatury. W spisie literatury, wykorzystanej w autoreferacie, obejmującej 44 pozycje, wykazanych zostało 14 prac zespołu Katedry Biochemii, w tym 8 prac własnych Doktorantki z włączeniem 4 prac składających się na cykl publikacji będących podstawą recenzowanej rozprawy. Na szczególną uwagę zasługuje podrozdział I.1. Wprowadzenie, napisany poprawnym językiem naukowym i stanowiący bardzo dobre wprowadzenie do problematyki badawczej. Przegląd literatury jest kompletny i przemyślany a jednocześnie syntetyczny i logiczny. Wskazuje na doskonałe opanowanie wiedzy o zagrożeniach dla środowiska, jakie niosą odpady farmaceutyczne, możliwości ich rozkładu oraz konieczności poszukiwania biologicznych rozwiązań prowadzącej do sformułowania celu badawczego będącego racjonalną odpowiedzią na problemy wyłonione w tym podrozdziale. We wprowadzeniu do rozprawy doktorskiej, jak i w publikacjach składających się na tę rozprawę, zabrakło jedynie odniesienia do głównego bohatera tego działa gatunku Bacillus thuringiensis, który od dawna skupia ogromne zainteresowanie biotechnologów jako główny czynnik aktywny kilkudziesięciu bioinsektycydów. Ze względu na dużą selektywność oddziaływania w stosunku do owadów B. thuringiensis uważany jest za bezpieczny dla środowiska. Należy on także do gatunków bakterii najlepiej przebadanych pod względem aktywności metabolicznej i toksyczności. Zainteresowanie, poza głównym jego mechanizmem działania na bezkręgowce z zaangażowaniem specyficznych białek delta-endotoksyn, budzi z jednej strony jego silna aktywność chitynolityczna i zdolność do syntezy bakteriocyn a z drugiej zdolność do degradacji perytroidów czy insektycydów organofosforowych, czyli łączenie potencjału biokontrolno bioremediacyjnego, który wobec odkrytych przez Doktorantkę szlaków degradacji wielopierścieniowego niesteroidowego leku naproksenu otwiera nowe możliwości wszechstronnego środowiskowego zastosowania szczepu należącego do tego gatunku. str. 2

Celem, do którego Doktorantka konsekwentnie dążyła, było wyselekcjonowanie szczepu o bardzo wysokiej efektywności degradacji naproksenu i opracowanie pełnego opisu mikrobiologicznych szlaków degradacji tego związku. Autorka wyodrębniła 10 podpunktów tego nadrzędnego celu odpowiadających kolejnym etapom pracy eksperymentalnej związanych z: izolacją, charakterystyką cech genotypowych i fenotypowych izolatów, opornością, efektywnością w różnych warunkach, określeniem toksyczności ogólnej i chronicznej, analizą zmian w składzie kwasów tłuszczowych wyizolowanego szczepu bakterii pod wpływem naproksenu, zoptymalizowaniem warunków rozkładu naproksenu, doborem kometabolitów i określeniem wpływu kozanieczyszczeń, opracowaniem modelu kinetycznego rozkładu leku oraz z identyfikacją metabolitów pośrednich i enzymów zaangażowanych w szlaki degradacji naproksenu. Dążąc do osiągniecia postawionego celu Doktorantka wykorzystała szereg nowoczesnych narzędzi badawczych bardzo dobrze dobranych oraz dokładnie opisanych w rozdziale Materiały i metody. Wykorzystane metody i techniki obejmowały testy mikrobiologiczne, biochemiczne i molekularne. Autorka poprawnie dobrała i wykorzystała technikę służącą izolacji bakterii. Trafny wybór źródła izolacji efektywnego szczepu próby glebowej potencjalnie skażonej ksenobiotykami aromatycznymi pobranej z warstwy powierzchniowej gleby z terenów poprodukcyjnych Zakładów Chemicznych Organika-Azot S.A w Jaworznie, wynikał ze słusznego założenia, że zdolnością do rozkładu farmaceutyków będących policyklicznymi związkami aromatycznymi powinny dysponować kolonizujące glebę i ryzosferę mikroorganizmy, które w naturze stykają się z analogicznymi polimerycznymi związkami pochodzenia roślinnego ligninami. Należy podkreślić, że Autorka recenzowanej rozprawy doktorskiej bardzo umiejętnie omawia wyniki i przeprowadza ich dyskusję w sposób dojrzały i wyważony, przedstawiając z dużym obiektywizmem trafną i pogłębioną interpretację wyników. Autorka słusznie założyła, że mikroorganizmy zdolne do rozkładu naproksenu muszą wykazywać wysoką oporność na degradowany związek i wyselekcjonowała najefektywniejszy izolat spośród czterech pierwotnie wyizolowanych opornych szczepów. Doktorantka przeprowadziła charakterystykę fenotypową (morfologiczną, fizjologiczną biochemiczną) oraz filogenetyczną wyizolowanego i wyselekcjonowanego na podstawie zdolności degradacji ibuprofenu i naproksenu izolatu określając jego przynależność gatunkową. W teście Ames a MPF wykorzystując dwa modelowe szczepy Salmonella typhimurium wyznaczyła poziom (1g/l) stężenia naproksenu, przy którym związek ten zaczyna oddziaływać genotoksycznie, a za pomocą wielogatunkowego testu MARA oceniła toksyczność ogólną naproksenu. Dobrym metodycznym zabiegiem było uzupełnianie kometabolitów w trakcie długotrwałej (35-dniowej) hodowli w miarę ich zużywania przez szczep. Niejasne jest natomiast czy zakładane były oddzielne hodowle o różnych czasach inkubacji, czy też płyn do analiz był pobierany co kilka (cztery) dni, a jeśli tak, to w jaki sposób i w jakiej ilości uwzględniano ubytek podłoża wzrostu? Podobnie w jakiej postaci wprowadzane były kometabolity i czy zabieg ten nie zaburzał warunków hodowli? Bardzo cennym osiągnieciem recenzowanej rozprawy jest wykazanie kometabolitycznego rozkładu naproksenu w obecności prostego źródła węgla glukozy oraz związków aromatycznych wprowadzonych w podobnych stężeniach. Poza tym ważnym elementem było określenie wpływu na degradację naproksenu kozanieczyszczeń, zarówno metali ciężkich jak i związków aromatycznych, w tym chlorowcopochodnych. Warto przetestować inne niż glukoza substraty cukrowe - dwucukry, oligomery, tanie odpadowe substraty roślinne zawierające celulozę, glukany a szczególnie polimeryczny związek aromatyczny ligninę, czy na przykład dodatek wspomnianego w rozprawie, tetrafolianu witaminy B9. Poza tym warto sprawdzić, jak na proces degradacji naproksenu wpłynęłoby utrzymywanie stosunku C do N na poziome zbliżonym do 10:1 oraz zrównoważenie stosunku C:N:P poprzez wprowadzenie organicznych źródeł azotu i fosforu. Należałoby także sprawdzić na ile efektywność degradacji naproksenu można podnieść poprzez zintensyfikowanie napowietrzania m.in. przez podniesienie siły wytrząsania. Z pewnością lepsze warunki napowietrzania w płynnej hodowli wytrząsanej można było uzyskać stosując ogólnie przyjęty dla tego typu hodowli stosunek objętości str. 3

naczynia laboratoryjnego do płynnego podłoża na poziomie 5:1 niż, jak w opisanych doświadczeniach, 2:1. Szczególnie ważne i ciekawe rezultaty uzyskano w badaniach dostarczających informacji o składzie kwasów tłuszczowych Bacillus thuringiensis B1 jako głównym czynniku oporności na naproksen. Badania te można byłoby rozszerzyć testując wpływ rosnących dawek naproksenu na zmianę składu kwasów tłuszczowych. Doktorantka dążąc do opracowania pełnego szlaku degradacji naproksenu analizowała aktywność aż 12 enzymów potencjalnie zaangażowanych w rozkład naproksenu, w tym: monooksygenazy, O-demetylazy, lakazy, peroksydazy, tyrozynazy i siedmiu (7) dioksygenaz: 1,2-dioksygenazy katecholoweji i 2,3-dioksygenazy katecholowej, 3,4-dioksygenazy protokatechowej, 4,5-dioksygenazy protokatechowej, 1,2-dioksygenazy gentyzynowej, 1,2-dioksygenazy hydroksyhydrochinonowej i 1,2-dioksygenazy salicylowej. Mgr Dorota Górny monitorowała jakościowo i ilościowo nie tylko poziom degradowanego naproksenu ale też, co bardzo cenne, aromatycznych substratów wzrostowych z użyciem precyzyjnej metody wysokosprawnej chromatografii cieczowej w odwróconym układzie faz z detektorem UV/VIS. Natomiast intermediaty wyekstrahowane za pomocą heksanu ze zliofilizowanych prób hodowli poddawała derywatyzacji i analizie GC-TOFMS. Jednocześnie Autorka określała gęstość optyczną hodowli przy OD 600 wskazując pośrednio na poziom biomasy testowanego szczepu. Cenne byłoby uzupełnienie tego monitoringu o analizy umożliwiające określenie żywych i martwych komórek metodami bezpośrednimi (mikroskopowymi) czy pośrednimi (hodowlanymi) wskazującymi na liczbę JTK przypadających na jednostkę objętościową hodowli. Poza tym dla pełnego obrazu zmian zachodzących w hodowlach na wykresach powinny być także prezentowane zmiany wartości ph płynu hodowlanego. W opisie tych parametrów bardzo przydatne byłoby zastosowanie analizy korelacji, która wskazywałaby na poziom zależności intensywności degradacji naproksenu od biomasy mikrobiologicznej. W opisie wyników przydatne byłoby podsumowanie precyzujące, czy wyznaczone dla procesu degradacji naproksenu optimum temperatury i ph pokrywało się z optimum tych warunków dla biomasy szczepu w hodowli? Czy białka enzymatyczne były izolowane, jak to zapisano w celu rozprawy, czy po prostu aktywność enzymatyczna była określana w płynach pohodowlanych? Analizowane metabolity pośrednie biodegradacji/biotransformacji były raczej ekstrahowane z liofilizatów płynów pohodowlanych, jak prawidłowo opisano w metodyce, niż izolowane. W sposób syntetyczny, w liczbie ośmiu (8), Autorka sformułowała wnioski podkreślając największe osiągnięcia recenzowanej pracy. Doktorantka dokonała izolacji i wyselekcjonowała bardzo efektywny w degradacji naproksenu szczep B1(2015b) i zakwalifikowała go do gatunku Bacillus thuringiensis. Wykazała niską toksyczność naproksenu względem mikroorganizmów oraz jego genotoksyczność w wyższych stężeniach. Powiązała oporność szczepu B1(2015b) względem naproksenu ze zmianami w składzie kwasów tłuszczonych błony. Doktorantka dobrała kometabolit (glukozę) umożliwiający całkowitą degradację leku (w stężeniu 6 mg/l) w ciągu 28 dni, która w obecności naproksenu jako jedynego źródła C (układ monosubstratowy) zachodziła z niską wydajnością (na poziomie 25%). Wykazała też, że takie kozanieczyszczenia jak chlorofenole, czy metale ciężkie Cd(II) i Co(II) w hodowli kometabolicznej z glukozą hamują degradację naproksenu przeprowadzaną przez szczep B1(2015b), natomiast etanol stymuluje ten proces. Doktorantka opracowała szlak rozkładu naproksenu po określeniu enzymów zaangażowanych w jego degradację (O-demetylaza, 1,2-dioksygenaza katecholowa, 1,2-dioksygenaza salicylowa oraz 1,2-dioksygenaza gentyzynowa) oraz dokonała identyfikacji głównych intermediatów (O-desmetylonaproksenu i kwasu salicylowego oraz kwasu 2-formylo-5-hydroksyfenylooctowego) pojawiających się podczas biodegradacji naproksenu. Należałoby jeszcze we wnioskach podkreślić w jaki zakres warunków hodowli był testowany podczas optymalizacji degradacji naproksenu oraz sprecyzować wyznaczone optymalne warunki hodowli. str. 4

Streszczenie, zamieszczone w języku polskim i angielskim, oddaje bardzo dobrze pełen obraz tematu i zakresu badań składających się na rozprawę, planu doświadczeń, uzyskanych wyników oraz rekomendację metody biodegradacji przeprowadzanej z użyciem wybranego szczepu Bacillus thuringiensis B1(2015b) i świadczy o znakomitych predyspozycjach Autorki do syntetycznego ujmowania wyników. Szkoda tylko, że w podsumowaniu rozprawy doktorskiej brak zapowiedzi dalszych badań nad opracowaniem technologii bioremediacji wód i gleb z naproksenu, ale też innych NSLPZ, wykorzystującej wyselekcjonowany szczep Bacillus thuringiensis oraz wcześniej wyselekcjonowane, i opisane w publikacjach Doktorantki, szczepy Raoultella sp. DD4, Planococcus sp. S5 oraz opisywane przez Autorkę w pracy przeglądowej, szczepy grzybowe np. białej zgnilizny. Brak też wyraźnego porównania efektywności degradacji, szlaków i związków pośrednich powstających podczas degradacji naproksenu przez Bacillus thuringiensis i inne wyselekcjonowane wcześniej przez Doktorantkę szczepy. Czy planowane jest stworzenie preparatu zawierającego konsorcjum tych szczepów? Czy Doktorantka zalecałaby łączenie wyselekcjonowanych wcześniej szczepów bakteryjnych ze szczepem Bacillus thuringiensis oraz metod fizykochemicznych, bioaugmentacji i fitoremediacji. Czy według Autorki wyselekcjonowany szczep byłby efektywny w usuwaniu skażenia w warunkach naturalnych? Być może Doktorantka i zespół badawczy Katedry Biochemii już podjęli takie badania. Uwagi te nie umniejszają wartości rozprawy, a jedynie podkreślają istotę już uzyskanych wyników, liczne perspektywy i nowe wyzwania do kontynuowania badań, włączając szersze badania wdrożeniowe o charakterze aplikacyjnym. Rozprawa doktorska mgr Doroty Górny porusza zagadnienia bardzo ważne i aktualne wpisując się w zapotrzebowanie na biologiczne metody degradacji wielopierścieniowych związków niesteroidowych, które ograniczałyby pojawianie się w środowisku bardziej toksycznych od samego związku degradowanego produktów pośrednich powstających przy spontanicznej lub ukierunkowanej remediacji zachodzącej z wykorzystaniem metod fizyko-chemicznych. Wymaga to wyjaśnienia wielu problemów podstawowych związanych z określeniem szlaków rozkładu włączając zaangażowane enzymy i związki pośrednie powstające podczas bioremediacji oraz stworzenia nowych rozwiązań umożliwiających uzyskanie skutecznych i wydajnych technologii bioremediacji wód i gleb skażonych różnorodnymi ksenobiotykami, w tym odpadami farmaceuycznymi. Wykazanie roli w bioremediacji metodą bioaugmentacji bakterii glebowych jest niezwykle istotnym okryciem z punktu widzenia poznawczego i aplikacyjnego, gdyż otwiera perspektywy praktycznego zastosowania takich szczepów w środowisku naturalnym. Warte podkreślenia jest, że przedstawione w rozprawie doktorskiej badania nad wyselekcjonowaniem efektywnego w degradacji naproksenu szczepu bakteryjnych dostarczają ważnych wyników niosących duży potencjał badawczy na przyszłość. Uzyskane wyniki są nowatorskie, gdyż wyselekcjonowany szczep Bacillus thuringiensis tworzy model do badania mechanizmów degradacji nie tylko kseniobiotyków z grupy NSLPZ, które gromadzone w środowisku mogą prowadzić do toksyczności chronicznej i mają oddziaływanie genotoksyczne, ale różnorodnych związków i to w ich mieszaninie, czyli w sytuacji najbardziej zbliżonej do panującej w skażonych odpadami wodach i glebach. Recenzowana rozprawa doktorska jest kompleksowym opracowaniem mikrobiologicznego szlaku degradacji naproksenu uzyskanym poprzez wyselekcjonowanie najefektywniejszego w tym procesie szczepu oraz rozpoznanie enzymów zaangażowanych w ten rozkład i metabolitów pośrednich tworzonych w trakcie degradacji. Na wyróżnienie zasługuje zastosowanie bardzo różnorodnych, nowoczesnych i adekwatnych do założonego celu technik eksperymentalnych. Opublikowane prace wskazują, że doktorantka w pełni opanowała różne techniki mikrobiologiczne, biochemiczne i molekularne oraz na umiejętność stosowania procedur badawczych. Zaprezentowana rozprawa doktorska wskazuje nie tylko na str. 5

opanowanie warsztatu, ale też na pracowitość Doktorantki. Autorka w pełni wywiązała się z zadań, jakie zostały postawione w celu pracy. Mgr Dorota Górny wykazała się zdolnością dokumentacji i interpretacji wyników własnych oraz konfrontacji uzyskanych wyników z wynikami innych autorów. Pracę oceniam bardzo wysoko, a przedstawione uwagi, mające charakter marginalny i polemiczny, nie umniejszają zupełnie jej wartości. Dodatkowym dobitnym potwierdzeniem znaczącego dorobku naukowego Doktorantki jest opublikowanie w latach 2014-2019 w czasopismach z listy JCR takich jak: Water, Air and Soil Pollution (IF=1,769), Journal of Environmental Management (IF=4,005) oraz Polish Journal of Environmental Studies (IF=1,120) i Polish Journal of Microbiology (IF=1,06), poza pracami składającymi się na rozprawę doktorską, czterech innych prac (o sumarycznym IF ok. 8.0) dotyczących degradacji niesteroidowych leków przeciwzapalnych (naproksenu i diklofenaku) przez inne mikroorganizmy. Rozprawa doktorska mgr Doroty Górny jest opracowaniem spełniającym wszystkie warunki wymagane odpowiednią ustawą dla dysertacji doktorskich. Wniosek końcowy W podsumowaniu stwierdzam, że przedstawiona do recenzji praca doktorska Pani mgr Doroty Górny zatytułowana Biodegradacja naproksenu przez szczep Bacillus thuringiensis B1(2015b), stanowi oryginalne rozwiązanie istotnego problemu naukowego oraz spełnia wymogi Ustawy z dnia 14 marca 2003 r. o stopniach i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki (tekst jednolity Dz. U. z 2017 r., poz. 1789) w związku z art. 179 ust. 1 Ustawy z dnia 3 lipca 2018 r. Przepisy wprowadzające ustawę - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz. U. z 2018 r., poz. 1669), a stopień doktora może być nadany w dziedzinie i dyscyplinie określonej w przepisach wydanych na podstawie art. 5 ust. 3 tej ustawy. W związku z powyższym, przedstawiam Wysokiej Radzie Naukowej Wydziału Biologii i Ochrony Środowiska wniosek o dopuszczenie Pani mgr Doroty Górny do dalszych etapów przewodu doktorskiego. Jednocześnie, biorąc pod uwagę bardzo wysoki poziom recenzowanej rozprawy, wartość naukową przeprowadzonych badań oraz dorobek naukowy Autorki wnioskuję do Wysokiej Rady Naukowej Wydziału Biologii i Ochrony Środowiska Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach o wyróżnienie rozprawy doktorskiej mgr Doroty Górny stosowną nagrodą. dr hab. Jolanta Jaroszuk-Ściseł, prof. UMCS str. 6