na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das
|
|
- Dorota Kubiak
- 6 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das wykonała: Marta Szynczewska bioinformatyka Uniwersytet Jagielloński
2 Struktura I-rzędowa RNA: sekwencja nukleotydów Struktura II-rzędowa RNA: pojedyncza nić polinukleotydowa, pofałdowana, mogą tworzyć się odcinki dwuniciowe Struktura III-rzędowa RNA: przybieranie różnych konformacji w przestrzeni
3 Modelowanie komputerowe struktur RNA dynamicznie się rozwija. Znacząco poprawiły się umiejętności przewidywania i projektowania zarówno drugorzędowych jak i trzeciorzędowych struktur RNA ulepszenie algorytmu przewidywania struktury drugorzędowej 2010 konformacje z punktacjami energii 2011 modelowanie motywów 2012 próby RNA Puzzles 2013 klasyfikacja motywów strukturalnych RNA
4 To bardzo duży pakiet oprogramowania służący do modelowania makromolekuł, głównie przewidywania struktur, projektowania lub remodelowania białej i kwasów nukleinowych. Zaimplementowany głównie w C++, Pythonie i innych językach. Nie jest to jeden monolityczny program. Wykorzystywana jest również do poznawania przyczyn powstawania chorób i leczenia ich oraz projektowania enzymów, szczepionek i leków. Modelowanie molekularne to proces oceniania i szeregowania struktur makrocząsteczek biologicznych.
5 Rosetta umożliwia modelowanie nukleotydów RNA w rozdzielczości subhelikalnej. Jest to typowy zakres wielkości dla wielu ryboprzełączników (regulują ekspresję kodowanego przez siebie białka) oraz dla domen rybozymów. Rozdzielczość subhelikalna, choć wciąż ciężko osiągalna, jest użyteczna w prowadzeniu eksperymentów in vitro i in vivo do wykrywania częściowej struktury w ryboprzełącznikach bez ich ligandów oraz do ilustracji powiązań ewolucyjnych, które nie są oczywiste z sekwencją. Podstawowymi narzędziami są łańcuchy otrzymane z eksperymentów mapowania chemicznego.
6 Rozwój oprogramowania rozpoczął się w labolatorium dr Davida Bakera z Uniwersytetu Waszyngtonie. Początkowo miał służyć jako narzędzie do przewidywania struktury, ale z czasem został przystosowany do rozwiązywania typowych problemów obliczeniowych wielkocząsteczkowych. Aktualnie w rozwijaniu narzędzia biorą udział również członkowie RosettaCommons, do których należą laboratoria rządowe, instytuty, ośrodki badawcze i korporacje.
7
8 Informacje o licencji: Rosetta jest dostępna dla wszystkich użytkowników niekomercyjnych za darmo i dla użytkowników komercyjnych (instytucje, firmy) za opłatą. Pełną dokumentację Informacje jak zainstalować oprogramowanie Przewodnik jak posługiwać się narzędziami Forum użytkowników Rosetta Academy filmy edukacyjne Informacje o podobnych projektach
9 Wybór licencji
10 Zrozumienie interakcji międzycząsteczkowych Projektowanie niestandardowych cząsteczek Znalezienie powszechnie użytecznych funkcji energii dla różnych reprezentacji molekuł Opracowanie efektywnych sposobów odnajdywania budowy przestrzennej i konformacji
11 1. Wybór próbki o jak najwyższej rozdzielczości (lepszej niż 2Å). Im większa rozdzielczość tym łatwiejsza analiza wyników. 2. Wybór odpowiedniego protokołu Rosetta oraz opcji. 3. Poszukiwanie odpowiednio dużej mocy obliczeniowej, aby uzyskać wyniki. 4. Analiza wyników.
12 Istnieje kilka opcji użycia: Wiersz poleceń PyRosetta PyRosetta Toolkit (interfejs graficzny) RosettaScripts Serwery
13 Nazwa serwera ROSIE RosettaServer Robetta RosettaDesign RosettaBackrub RosettaDock FlexPepDock Funkcja Pełny zasób funkcji skierowany do użytkowników akademickich Do białek oraz modelowania de novo motywów RNA Przewidywanie struktury białek Projektowanie sekwencji białek Projektowanie szablonów Dokowanie białko-białko Dokowanie peptydów
14
15 Serwerem płatnym jest Mamy do dyspozycji niedrogie, umieszczone w chmurze narzędzia i usługi skierowane do przemysłu biotechnologicznego i farmaceutycznego. Lokalizacja Rosetty w chmurze daje elastyczność użytkowania i mobilność. Każdy użytkownik ma własny serwer w prywatnej chmurze. Dzięki płatności pay-per-use płaci się tylko wtedy, gdy serwer jest używany. Jeśli nie jest, to nie ma regularnej opłaty.
16 Dla małych motywów RNA -> algorytm pozwalający na modelowanie pętli i motywów RNA. Używany szczególnie gdy dane z NMR są ograniczone. Dla dużych RNA -> FARFAR
17 Plik FASTA >3P49_RNA.pdb ggauaugaggagagauuucauuuuaaugaaacaccgaagaaguaaaucu uucagguaaaaaggacucauauuggacgaaccucuggagagcuuaucua agagauaacaccgaaggagcaaagcuaauuuuagccuaaacucucaggu aaaaggacggag Struktura drugorzędowa.((((((((...((((((...)))))).(((...((((...))))..)))...))))))))...(((((...((((((...)))))).(((... ((((...((((...))))...))))..)))...)))))
18 Wykorzystywane są dwa pliki FASTA: zawierający sekwencję badaną zawierający sekwencję bazową (szablon) oraz podajemy jeszcze nazwę pliku wyjściowego. Sekwencja szablonowa powinna być przycięta do rozmiarów sekwencji badanej. Można to zrobić ręcznie za pomocą albo wykorzystując skrypt pdbslice.py.
19 Większość operacji modelowania molekularnego Rosetta nie może zostać wykonana na laptopie, ponieważ najczęściej posiadają one za małe moce obliczeniowe. Jednakże te operacje mogą zostać wykonane przez klastery komputerów. Istnieje możliwość bezpłatnego użycia przydziałów dla obliczeń o wysokiej wydajności. Taką opcję udostępnia Extreme Discovery Science and Engineering Environment (XSEDE, Ważną zasadą efektywnego modelowania jest ograniczenie wydatków obliczeniowych dla znanych już regionów.
20 Uzyskane modele zapisywane są w skompresowanym formacie zwanym silent files (ze względów historycznych), np. helix0.out. Pliki te wykorzystywane są dale jako input do globalnego modelowania całego RNA.
21 Dla przebiegów FARNA najlepiej wygenerować około 10tys-15tys. modeli o niskiej rozdzielczości.
22 Modelowanie trójwymiarowe cząsteczek znacznie się poprawiło w ostatnich latach. Zawdzięczamy to wzrostowi mocy obliczeniowej komputerów oraz rozwojowi algorytmów przewidywania struktury drugo i trzeciorzędowej. Niestety jeszcze nie można przewidywać i projektować struktur RNA w dokładności atomowej. Jednakże ciągły rozwój tej dziedziny daje nadzieję na rozwiązanie tego.
23 Dziękuję za uwagę!
Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Bardziej szczegółowoMultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński
MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński Wprowadzenie Budowa RNA: - struktura pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów w łańcuchu: A, U, G,
Bardziej szczegółowoBioinformatyka II Modelowanie struktury białek
Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko,
Bardziej szczegółowoKombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk
Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność
Bardziej szczegółowoBioinformatyka II Modelowanie struktury białek
Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę
Bardziej szczegółowoPodstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych
Podstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie metod obliczeniowych do badania
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 10
Bioinformatyka wykład 10 21.XII.2010 białkowa bioinformatyka strukturalna, c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2011-01-17 1 Regiony nieuporządkowane disordered regions trudna definicja trudne do przewidzenia
Bardziej szczegółowoWzorcowe efekty kształcenia dla kierunku studiów biotechnologia studia pierwszego stopnia profil ogólnoakademicki
Załącznik nr 2 do Uchwały Rady Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ z dnia 19 czerwca 2018 r. w sprawie programu i planu studiów na kierunku BIOTECHNOLOGIA na poziomie studiów pierwszego stopnia
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 10.I.2008
Bioinformatyka wykład 10.I.2008 Przewidywanie struktur białek krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-10 1 Plan wykładu pole siłowe - opis energetyczny struktur białka proces zwijania się białek przewidywanie
Bardziej szczegółowoPrzewidywanie struktur białek
Łukasz Ołdziejewski Wydział Chemii UW Przewidywanie struktur białek czyli droga do projektowania indywidualnych leków Sprawozdanie studenckie 2007/2008 1 Indywidualność jednostki KaŜdy człowiek jest indywidualnym
Bardziej szczegółowoInformatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa
Informatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa Lech Poloński Mariusz Gąsior Informatyka medyczna Dział informatyki zajmujący się jej zastosowaniem w ochronie zdrowia (medycynie) Stymulacja rozwoju informatyki
Bardziej szczegółowoTworzenie i obsługa wirtualnego laboratorium komputerowego
Uniwersytet Mikołaja Kopernika Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej Michał Ochociński nr albumu: 236401 Praca magisterska na kierunku informatyka stosowana Tworzenie i obsługa wirtualnego
Bardziej szczegółowoZAJĘCIA ORGANIZACYJNE WSTĘP DO BIOINFORMATYKI
ZAJĘCIA ORGANIZACYJNE WSTĘP DO BIOINFORMATYKI Podstawy Bioinformatyki lab 1 PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 1 BIOINFORMATYKA Dr Magda Mielczarek Katedra Genetyki, pokój nr 14 ul. Kożuchowska
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH
http://theta.edu.pl/ Podstawy Bioinformatyki II BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH 1 Czym jest bioinformatyka? 2 Bioinformatyka Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie
Bardziej szczegółowoTeraz bajty. Informatyka dla szkół ponadpodstawowych. Zakres rozszerzony. Część 1.
Teraz bajty. Informatyka dla szkół ponadpodstawowych. Zakres rozszerzony. Część 1. Grażyna Koba MIGRA 2019 Spis treści (propozycja na 2*32 = 64 godziny lekcyjne) Moduł A. Wokół komputera i sieci komputerowych
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecność Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja
Bardziej szczegółowoSTUDIA I STOPNIA NA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE. specjalność Biofizyka molekularna
STUDIA I STOPNIA NA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE 1. CELE KSZTAŁCENIA specjalność Biofizyka molekularna Biofizyka to uznana dziedzina nauk przyrodniczych o wielkich tradycjach, która
Bardziej szczegółowo"Zapisane w genach, czyli Python a tajemnice naszego genomu."
"Zapisane w genach, czyli Python a tajemnice naszego genomu." Dr Kaja Milanowska Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii UAM VitaInSilica sp. z o.o. Warszawa, 9 lutego 2015 Dane biomedyczne 1)
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012
Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2013-01-21 1 Plan wykładu regiony nieuporządkowane sposoby przedstawienia struktur białkowych powierzchnia
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.
Bioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 18.01.11 1 Struktura natywna minimum energii swobodnej F = U TS Prawdopodobieństwo stanu ~ exp(-f/k
Bardziej szczegółowoPrzewodnik instalacji i rozpoczynania pracy. Dla DataPage+ 2013
Przewodnik instalacji i rozpoczynania pracy Dla DataPage+ 2013 Ostatnia aktualizacja: 25 lipca 2013 Spis treści Instalowanie wymaganych wstępnie komponentów... 1 Przegląd... 1 Krok 1: Uruchamianie Setup.exe
Bardziej szczegółowoZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Biofizyka molekularna. 3-letnie studia I stopnia (licencjackie)
ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Biofizyka molekularna 3-letnie studia I stopnia (licencjackie) 1. OGÓLNA CHARAKTERYSTYKA STUDIÓW Biofizyka to uznana dziedzina nauk przyrodniczych
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały i ewolucja molekularna
Bardziej szczegółowoBiotechnologia farmaceutyczna
Biotechnologia farmaceutyczna Charakterystyka specjalności Tematyka prac dyplomowych Obszary badawcze Potencjał zawodowy Charakterystyka specjalności Tematyka prac dyplomowych Obszary badawcze Potencjał
Bardziej szczegółowoXQTav - reprezentacja diagramów przepływu prac w formacie SCUFL przy pomocy XQuery
http://xqtav.sourceforge.net XQTav - reprezentacja diagramów przepływu prac w formacie SCUFL przy pomocy XQuery dr hab. Jerzy Tyszkiewicz dr Andrzej Kierzek mgr Jacek Sroka Grzegorz Kaczor praca mgr pod
Bardziej szczegółowoZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka. 3-letnie studia I stopnia (licencjackie)
ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka 3-letnie studia I stopnia (licencjackie) 1. OGÓLNA CHARAKTERYSTYKA STUDIÓW Projektowanie molekuł biologicznie
Bardziej szczegółowoSpecjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych
Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych Studia magisterskie przedmioty specjalizacyjne Bioinformatyka w analizie genomu Diagnostyka molekularna Elementy biosyntezy
Bardziej szczegółowoBadanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych
Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Agnieszka Obarska-Kosińska Prof. dr hab. Bogdan Lesyng Promotorzy: Dr hab. Janusz Bujnicki Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej,
Bardziej szczegółowoInstalacja SQL Server Express. Logowanie na stronie Microsoftu
Instalacja SQL Server Express Logowanie na stronie Microsoftu Wybór wersji do pobrania Pobieranie startuje, przechodzimy do strony z poradami. Wypakowujemy pobrany plik. Otwiera się okno instalacji. Wybieramy
Bardziej szczegółowoKARTA PRZEDMIOTU. (pieczęć wydziału)
(pieczęć wydziału) KARTA PRZEDMIOTU 1. Nazwa przedmiotu: Eksploracja danych w bioinformatyce 2. Kod przedmiotu: EksDaBio 3. Karta przedmiotu ważna od roku akademickiego: 2017/2018 4. Forma kształcenia:
Bardziej szczegółowoEFEKTY KSZTAŁCENIA DLA KIERUNKU STUDIÓW
EFEKTY KSZTAŁCENIA DLA KIERUNKU STUDIÓW WYDZIAŁ KIERUNEK z obszaru nauk POZIOM KSZTAŁCENIA FORMA STUDIÓW PROFIL JĘZYK STUDIÓW Podstawowych Problemów Techniki Informatyka technicznych 6 poziom, studia inżynierskie
Bardziej szczegółowoCzęść I. Uwaga: Akceptowane są wszystkie odpowiedzi merytorycznie poprawne i spełniające warunki zadania. Zadanie 1.1. (0 3)
Uwaga: Akceptowane są wszystkie odpowiedzi merytorycznie poprawne i spełniające warunki zadania. Część I Zadanie 1.1. (0 3) 3 p. za prawidłową odpowiedź w trzech wierszach. 2 p. za prawidłową odpowiedź
Bardziej szczegółowoDo zapisu danych w pliku PDB używa się znaków ASCII o graficznej reprezentacji czyli:
plik PDB Do zapisu danych w pliku PDB używa się znaków ASCII o graficznej reprezentacji czyli: abcdefghijklmnopqrstuvwxyzabcdefghijklmnopqrstuvwxyz 1234567890 ` - = [ ] \ ; ',. / ~! @ # $ % ^ & * ( ) _
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowo3.1. Na dobry początek
Klasa I 3.1. Na dobry początek Regulamin pracowni i przepisy BHP podczas pracy przy komputerze Wykorzystanie komputera we współczesnym świecie Zna regulamin pracowni i przestrzega go. Potrafi poprawnie
Bardziej szczegółowoPrzedmiotowy System Oceniania z informatyki Oddziały gimnazjalne SP 3 w Gryfinie, klasy II.
Przedmiotowy System Oceniania z informatyki Oddziały gimnazjalne SP 3 w Gryfinie, klasy II. PODSTAWA PROGRAMOWA KSZTAŁCENIA OGÓLNEGO DLA GIMNAZJÓW... 2 PODRĘCZNIK:... 3 PROGRAM NAUCZANIA:... 3 NARZĘDZIA
Bardziej szczegółowoProporcje podziału godzin na poszczególne bloki. Tematyka lekcji. Rok I. Liczba godzin. Blok
Proporcje podziału godzin na poszczególne bloki Blok Liczba godzin I rok II rok Na dobry początek 7 Internet i gromadzenie danych 6 2 Multimedia 5 3 Edytory tekstu i grafiki 6 4 Arkusz kalkulacyjny 7 4
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoBioinformatics for Science. Tomasz Puton
Tomasz Puton O firmie VitaInSilica to pierwszy w Polsce projekt skupiający specjalistów z bioinformatyki, biologii molekularnej i biotechnologii. Innowacyjne przedsięwzięcie rozwijane przez pracowników
Bardziej szczegółowoWindows Serwer 2008 R2. Moduł 8. Mechanizmy kopii zapasowych
Windows Serwer 2008 R2 Moduł 8. Mechanizmy kopii zapasowych Co nowego w narzędziu Kopia zapasowa? 1. Większa elastyczność w zakresie możliwości wykonywania kopii zapasowych 2. Automatyczne zarządzanie
Bardziej szczegółowoPROGRAM NAUCZANIA DLA I I II KLASY GIMNAZJUM
PROGRAM NAUCZANIA DLA I I II KLASY GIMNAZJUM Proporcje podziału godzin na poszczególne bloki Blok Liczba godzin I rok II rok Na dobry początek 7 Internet i gromadzenie danych 6 2 Multimedia 5 3 Edytory
Bardziej szczegółowoŻwirki i Wigury 93, Warszawa TEL.: , FAX: , E- MAIL: Dr hab. Joanna T
Żwirki i Wigury 93, 02-089 Warszawa TEL.: + 48 22 55 40 800, FAX: +48 22 55 40 801, E- MAIL: sekretariat@uw.edu.pl www.cent.uw.edu.pl Dr hab. Joanna Trylska, prof. UW tel. (22) 5540843 e- mail: joanna@cent.uw.edu.pl
Bardziej szczegółowoProgram studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2015/16
Program studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2015/16 Semestr 1M Przedmioty minimum programowego na Wydziale Chemii UW L.p. Przedmiot Suma godzin Wykłady Ćwiczenia Prosem.
Bardziej szczegółowoi działanie urządzeń związanych równieŝ budowę i funkcje urządzeń
Wymagania edukacyjne Informatyka III etap edukacyjny (gimnazjum) Uczeń potrafi I. Bezpiecznie posługiwać się komputerem i jego oprogramowaniem, wykorzystywać sieć komputerową; komunikować się za pomocą
Bardziej szczegółowoJajko czy kura? czyli gdzie dwóch się bije, tam trzeci korzysta
Jajko czy kura? czyli gdzie dwóch się bije, tam trzeci korzysta Jacek Śmietański IIMK UJ 21.10.2015 Jajko czy kura Pytanie tytułowe Co było na początku? Jajko czy kura? Rother M., 2012 Pytanie tytułowe
Bardziej szczegółowoZakład Chemii Teoretycznej i Strukturalnej
Badania struktury i aktywności nietypowego enzymu dekapującego ze Świdrowca nagany Białko TbALPH1 zostało zidentyfikowane jako enzym dekapujący w pasożytniczym pierwotniaku, świdrowcu nagany Trypasonoma
Bardziej szczegółowoProgram Obliczeń Wielkich Wyzwań Nauki i Techniki (POWIEW)
Program Obliczeń Wielkich Wyzwań Nauki i Techniki (POWIEW) Maciej Cytowski, Maciej Filocha, Maciej E. Marchwiany, Maciej Szpindler Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego
Bardziej szczegółowoNowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Bardziej szczegółowoK.Pieńkosz Badania Operacyjne Wprowadzenie 1. Badania Operacyjne. dr inż. Krzysztof Pieńkosz
K.Pieńkosz Wprowadzenie 1 dr inż. Krzysztof Pieńkosz Instytut Automatyki i Informatyki Stosowanej Politechniki Warszawskiej pok. 560 A tel.: 234-78-64 e-mail: K.Pienkosz@ia.pw.edu.pl K.Pieńkosz Wprowadzenie
Bardziej szczegółowoBiochemia Stosowana. Specjalność kierunku Biotechnologia Studia I stopnia
Biochemia Stosowana Specjalność kierunku Biotechnologia Studia I stopnia Specjalność Biochemia stosowana Możliwość zdobycia wszechstronnej wiedzy z zakresu chemii procesów życiowych, w ujęciu praktycznym,
Bardziej szczegółowoKierunek: technik informatyk 312[01] Semestr: II Przedmiot: Urządzenia techniki komputerowej Nauczyciel: Mirosław Ruciński
Kierunek: technik informatyk 312[01] Semestr: II Przedmiot: Urządzenia techniki komputerowej Nauczyciel: Mirosław Ruciński Temat 8.9. Wykrywanie i usuwanie awarii w sieciach komputerowych. 1. Narzędzia
Bardziej szczegółowoDostawa oprogramowania. Nr sprawy: ZP /15
........ (pieczątka adresowa Oferenta) Zamawiający: Państwowa Wyższa Szkoła Zawodowa w Nowym Sączu, ul. Staszica,33-300 Nowy Sącz. Strona: z 5 Arkusz kalkulacyjny określający minimalne parametry techniczne
Bardziej szczegółowoBIOTECHNOLOGIA STUDIA I STOPNIA
BIOTECHNOLOGIA STUDIA I STOPNIA OPIS ZAKŁADANYCH EFEKTÓW KSZTAŁCENIA 1) Tabela odniesień kierunkowych efektów kształcenia (EKK) do obszarowych efektów kształcenia (EKO) SYMBOL EKK KIERUNKOWE EFEKTY KSZTAŁCENIA
Bardziej szczegółowoetyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Bardziej szczegółowoInstrukcja konfiguracji funkcji skanowania
Instrukcja konfiguracji funkcji skanowania WorkCentre M123/M128 WorkCentre Pro 123/128 701P42171_PL 2004. Wszystkie prawa zastrzeżone. Rozpowszechnianie bez zezwolenia przedstawionych materiałów i informacji
Bardziej szczegółowoO systemach D-Sight Charakterystyka
O systemach D-Sight Charakterystyka Systemy wspomagania podejmowania decyzji firmy D-Sight Nawet stosunkowo proste problemy decyzyjne wymagają wieloaspektowej (wielokryterialnej) analizy. Jest to racjonalne
Bardziej szczegółowoDopasowanie sekwencji (sequence alignment)
Co to jest alignment? Dopasowanie sekwencji (sequence alignment) Alignment jest sposobem dopasowania struktur pierwszorzędowych DNA, RNA lub białek do zidentyfikowanych regionów w celu określenia podobieństwa;
Bardziej szczegółowoKomputerowe Systemy Przemysłowe: Modelowanie - UML. Arkadiusz Banasik arkadiusz.banasik@polsl.pl
Komputerowe Systemy Przemysłowe: Modelowanie - UML Arkadiusz Banasik arkadiusz.banasik@polsl.pl Plan prezentacji Wprowadzenie UML Diagram przypadków użycia Diagram klas Podsumowanie Wprowadzenie Języki
Bardziej szczegółowoJest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka
Wstęp do obsługi biologicznych baz danych i analizy porównawczej białek i genów Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin Pok. 113 CB jan.jastrzebski@uwm.edu.pl bioinformatyka@gmail.com www.ebiology.net
Bardziej szczegółowoIPomorskie Spotkanie Użytkowników Systemu Siemens NX
IPomorskie Spotkanie Użytkowników Systemu Siemens NX I Pomorskie Spotkanie UŜytkowników Siemens NX dr inŝ. Cezary środowski, e-mail: cezaryz@pg.gda.pl Plansza 1 1. Skąd pomysł? 2. Jak to działa? 3. Co
Bardziej szczegółowoGenerator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1
Przedmiot: Nazwa przedmiotu Nazwa testu: Bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 0 Klasa: V zaoczne WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Analiza porównawcza białek zwykle zaczyna się na badaniach
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury
Bardziej szczegółowoSzkolenie autoryzowane. MS 6419 Konfiguracja, zarządzanie i utrzymanie systemów Windows Server 2008
Szkolenie autoryzowane MS 6419 Konfiguracja, zarządzanie i utrzymanie systemów Windows Server 2008 Strona szkolenia Terminy szkolenia Rejestracja na szkolenie Promocje Opis szkolenia Szkolenie, podczas
Bardziej szczegółowoWykład Nr 4. 1. Sieci bezprzewodowe 2. Monitorowanie sieci - polecenia
Sieci komputerowe Wykład Nr 4 1. Sieci bezprzewodowe 2. Monitorowanie sieci - polecenia Sieci bezprzewodowe Sieci z bezprzewodowymi punktami dostępu bazują na falach radiowych. Punkt dostępu musi mieć
Bardziej szczegółowoWYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE. Ewa Waszkowska ekspert UPRP
WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE Ewa Waszkowska ekspert UPRP Źródła informacji w biotechnologii projekt SLING Warszawa, 9-10.12.2010 PLAN WYSTĄPIENIA Umocowania prawne Wynalazki biotechnologiczne Statystyka
Bardziej szczegółowoProgram studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2016/2017. Semestr 1M
Program studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2016/2017 Semestr 1M L.p. Przedmiot 1. Biochemia 60 30 E 30 Z 5 2. Chemia jądrowa 60 30 E 30 Z 5 Blok przedmiotów 3. kierunkowych
Bardziej szczegółowoPLAN STUDIÓW PODYPLOMOWYCH: DIAGNOSTYKA MOLEKULARNA W ROKU 2019/2020. Nazwa modułu ECTS Semestr I Semestr II. Liczba godzin z.
Załącznik nr 5 do uchwały nr 79/2018-2019 Senatu Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie z dnia 24 maja 2019 r. Symbol modułu PLAN STUDIÓW PODYPLOMOWYCH: DIAGNOSTYKA MOLEKULARNA W ROKU 2019/2020 Nazwa modułu
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowoPrzewodnik instalacji i rozpoczynania pracy. dla DataPage+ 2012
Przewodnik instalacji i rozpoczynania pracy dla DataPage+ 2012 Pomoc aktualizowano ostatnio: 29 sierpnia 2012 Spis treści Instalowanie wymaganych wstępnie komponentów... 1 Przegląd... 1 Krok 1: Uruchamianie
Bardziej szczegółowoDane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska
Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych
Bardziej szczegółowoKsięgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka
Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka Słowo wstępne XIII Przedmowa XV 1. Bioinformatyka i Internet Andreas D. Baxevanis 1 1.1. Podstawy Internetu 2 1.2. Połączenie z Internetem
Bardziej szczegółowoNowa usługa Centrum Komputerowego PŁ. Pliki w Chmurze. Serwis przechowywania i udostępniania danych. Prezentacja wprowadzająca
Nowa usługa Centrum Komputerowego PŁ Pliki w Chmurze Serwis przechowywania i udostępniania danych Prezentacja wprowadzająca 19.04.2018 Marcin Wilk 1 Pliki w Chmurze Serwis przechowywania i udostępniania
Bardziej szczegółowoPierwszy projekt. Na początku warto wspomnieć, że program WebSite X5 dostępy jest w 3 wariantach: Start, Evolution oraz Professional
Projektowanie stron może być proste? Sprawdzamy. {reklama-artykul} Tworzenie stron internetowych to w teorii zagadnienie skomplikowane, często wymagające zaawansowanej wiedzy z dziedziny programowania.
Bardziej szczegółowoSM-EX System Multipłatności - EX
SM-EX System Multipłatności - EX Opis systemu Czym jest SM-EX? SM-EX to oprogramowanie komputerowe przygotowane do obsługi punktów przyjmowania opłat za rachunki od ludności tzw. punktów kasowych. System
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Ocena wiarygodności dopasowania sekwencji.
Bioinformatyka Ocena wiarygodności dopasowania sekwencji www.michalbereta.pl Załóżmy, że mamy dwie sekwencje, które chcemy dopasować i dodatkowo ocenić wiarygodność tego dopasowania. Interesujące nas pytanie
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja
Bardziej szczegółowoOpis zakładanych efektów kształcenia OPIS ZAKŁADANYCH EFEKTÓW KSZTAŁCENIA
Załącznik nr 2 do Uchwały Rady Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ z dnia 19czerwca 2018 r. w sprawie zmian programu i planu na BIOCHEMIA na poziomie pierwszego stopnia (według wzoru zawartego
Bardziej szczegółowo4.1 Hierarchiczna budowa białek
Spis treści 4.1 ierarchiczna budowa białek... 51 4.1.1 Struktura pierwszorzędowa... 51 4.1.2 Struktura drugorzędowa... 53 4.1.3 Struktura trzeciorzędowa... 60 4.1.4 Rodzaje oddziaływań stabilizujących
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI ORGANIZACJA ZAJĘĆ BIOINFORMATYKA PRZETWARZANIE I ANALIZA DANYCH
PODSTAWY BIOINFORMATYKI ORGANIZACJA ZAJĘĆ BIOINFORMATYKA PRZETWARZANIE I ANALIZA DANYCH Magda Mielczarek Podstawy Bioinformatyki 1 Organizacja zajęć mgr Magda Mielczarek Katedra Genetyki, pokój nr 14 magda.mielczarek@up.wroc.pl
Bardziej szczegółowoIMP PAN. Zaplecze obliczeniowe Centrum Zaawansowanych Technologii AERONET. Dolina Lotnicza
Zaplecze obliczeniowe Centrum Zaawansowanych Technologii AERONET Dolina Lotnicza Aero-PlAN 1 Koszty i plan realizacji Program dwuletni Hardware: budowa i uruchomienie 1 rok Platforma i procesory 2,4 mln
Bardziej szczegółowoHistoria modeli programowania
Języki Programowania na Platformie.NET http://kaims.eti.pg.edu.pl/ goluch/ goluch@eti.pg.edu.pl Maszyny z wbudowanym oprogramowaniem Maszyny z wbudowanym oprogramowaniem automatyczne rozwiązywanie problemu
Bardziej szczegółowoEfekty kształcenia dla kierunku studiów CHEMIA studia pierwszego stopnia profil ogólnoakademicki
Załącznik nr 1 Efekty kształcenia dla kierunku studiów CHEMIA studia pierwszego stopnia profil ogólnoakademicki Umiejscowienie kierunku w obszarze kształcenia Kierunek studiów chemia należy do obszaru
Bardziej szczegółowo1 Implementowanie i konfigurowanie infrastruktury wdraŝania systemu Windows... 1
Spis treści Wstęp... xi Wymagania sprzętowe (Virtual PC)... xi Wymagania sprzętowe (fizyczne)... xii Wymagania programowe... xiii Instrukcje instalowania ćwiczeń... xiii Faza 1: Tworzenie maszyn wirtualnych...
Bardziej szczegółowoProjektowanie Wirtualne bloki tematyczne PW I
Podstawowe zagadnienia egzaminacyjne Projektowanie Wirtualne - część teoretyczna Projektowanie Wirtualne bloki tematyczne PW I 1. Projektowanie wirtualne specyfika procesu projektowania wirtualnego, podstawowe
Bardziej szczegółowoL.dz.: WETI /16/2014 Gdańsk, dn. 03.01.2014
L.dz.: WETI /16/2014 Gdańsk, dn. 03.01.2014 Dotyczy: postępowania o zamówienie publiczne, prowadzonego w trybie przetargu nieograniczonego, na Opracowania serwisu internetowego służącego do nauki języka
Bardziej szczegółowoII Wydział Lekarski z Oddziałem Anglojęzycznym Kierunek: BIOMEDYCYNA 2015-2018 Poziom studiów: pierwszy stopień Profil: Praktyczny SEMESTR I
II Wydział Lekarski z Oddziałem Anglojęzycznym Kierunek: BIOMEDYCYNA 2015-2018 Poziom studiów: pierwszy stopień Profil: Praktyczny SEMESTR I PRZEDMIOT Chemia ogólna EFEKTY KSZTAŁCENIA 1. posiada wiedzę
Bardziej szczegółowoSkalowalna Platforma dla eksperymentów dużej skali typu Data Farming z wykorzystaniem środowisk organizacyjnie rozproszonych
1 Skalowalna Platforma dla eksperymentów dużej skali typu Data Farming z wykorzystaniem środowisk organizacyjnie rozproszonych D. Król, Ł. Dutka, J. Kitowski ACC Cyfronet AGH Plan prezentacji 2 O nas Wprowadzenie
Bardziej szczegółowoModelowanie białek ab initio / de novo
Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych
Bardziej szczegółowoIBM SPSS Statistics Wersja 22. Linux - Instrukcja instalacji (licencja wielokrotna)
IBM SPSS Statistics Wersja 22 Linux - Instrukcja instalacji (licencja wielokrotna) Spis treści Instrukcja instalacji.......... 1 Wymagania systemowe........... 1 Instalowanie produktu............ 1 Praca
Bardziej szczegółowoDoświadczenia firmy ze współpracy z instytucjami naukowymi w zakresie komercjalizacji badań
Doświadczenia firmy ze współpracy z instytucjami naukowymi w zakresie komercjalizacji badań Justyna Supel 21 kwietnia 2010 roku, hotel Andel s, ul.pawia 3. Kraków Konferencja pt. Pracownik naukowy na rynku
Bardziej szczegółowoMINIMALNY ZAKRES PROGRAMU STAŻU
Załącznik nr 6 do Regulaminu MINIMALNY ZAKRES PROGRAMU STAŻU w ramach Projektu pt.: Program stażowy dla studentów informatyki i inżynierii biomedycznej studiów I stopnia [INFO-BIO-STAŻ] Program Operacyjny
Bardziej szczegółowoSelvita i BioCentrum laboratoria, które zachwycają
Selvita i BioCentrum laboratoria, które zachwycają Dolina Biotechnologiczna złożyła wizytę w jednym z najbardziej nowoczesnych laboratoriów badawczych w Polsce kompleksie laboratoryjnym należącym do Selvity
Bardziej szczegółowoRozkład materiału do nauczania informatyki w liceum ogólnokształcącym Wersja I
Zespół TI Instytut Informatyki Uniwersytet Wrocławski ti@ii.uni.wroc.pl http://www.wsip.com.pl/serwisy/ti/ Rozkład materiału do nauczania informatyki w liceum ogólnokształcącym Wersja I Rozkład zgodny
Bardziej szczegółowoLaboratorium Chmur obliczeniowych. Paweł Świątek, Łukasz Falas, Patryk Schauer, Radosław Adamkiewicz
Laboratorium Chmur obliczeniowych Paweł Świątek, Łukasz Falas, Patryk Schauer, Radosław Adamkiewicz Agenda SANTOS Lab laboratorium badawcze Zagadnienia badawcze Infrastruktura SANTOS Lab Zasoby laboratorium
Bardziej szczegółowoModelowanie białek ab initio / de novo
Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych
Bardziej szczegółowoSpis treści. Analiza i modelowanie_nowicki, Chomiak_Księga1.indb :03:08
Spis treści Wstęp.............................................................. 7 Część I Podstawy analizy i modelowania systemów 1. Charakterystyka systemów informacyjnych....................... 13 1.1.
Bardziej szczegółowoSystemy Informatyki Przemysłowej
Systemy Informatyki Przemysłowej Profil absolwenta Profil absolwenta Realizowany cel dydaktyczny związany jest z: tworzeniem, wdrażaniem oraz integracją systemów informatycznych algorytmami rozpoznawania
Bardziej szczegółowoRozkład materiału do nauczania informatyki w liceum ogólnokształcącym Wersja II
Zespół TI Instytut Informatyki Uniwersytet Wrocławski ti@ii.uni.wroc.pl http://www.wsip.com.pl/serwisy/ti/ Rozkład materiału do nauczania informatyki w liceum ogólnokształcącym Wersja II Rozkład wymagający
Bardziej szczegółowo