CZEŚĆ III OPIS PRZZEDMIOTU ZAMÓWIENIA (OPZ)

Transkrypt

1 INSTYTUT IMMUNOLOGII I TERAPII DOŚWIADCZALNEJ im. Ludwika Hirszfelda Polska Akademia Nauk ul. Rudolfa Weigla 12, Wrocław tel. / fax. (4871) , NIP: ; REGON: Nr referencyjny nadany przez Zamawiającego SZP/11/2014 CZEŚĆ III OPIS PRZZEDMIOTU ZAMÓWIENIA (OPZ) System akwizycji i weryfikacji danych umożliwiający odczyt wyników badań immunogenetycznych W ramach projektu: Utworzenie bazy danych immunogenetycznych polskiej populacji MultiGenBank Nr POIG /13 CPV: (analizatory)

2 I. PRZEDMIOT ZAMÓWIENIA System złożony z kapilarnego analizatora DNA oraz aparatów do amplifikacji i detekcji amplifikacji sekwencji genomowego DNA wraz z oprogramowaniami komputerowymi sterującymi pracą tych urządzeń i specjalistycznymi programami przeznaczonymi do akwizycji, przechowywania i zaawansowanej analizy różnego typu polimorfizmów genetycznych. Sprzęt będzie wykorzystany do realizacji projektu Nr POIG /13 W szczególności system będzie służył do odczytu, analizy oraz weryfikacji danych immunogenetycznych w celu ich przygotowania do konwersji do tworzonej bazy danych MultiGenBank. System umożliwi odczyt wyników badań immunogenetycznych prowadzonych w oparciu o rozkład elektroforetyczny metodą kapilarną krótkich fragmentów DNA: sekwencjonowanie, analizę mikrosatelit (STR) i krótkich tandemowych powtórzeń (VNTR) oraz analizę polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP; dyskryminacja alleli). System, w oparciu o zastosowanie specyficznego panelu sond i barwników, poprzez zautomatyzowany cykl amplifikacji DNA i rozdział elektroforetyczny fragmentów DNA umożliwi równoczesną detekcję różnych sygnałów fluorescencji dla różnego typu analizowanych polimorfizmów genów. System będzie wyposażony w: 8 kapilarny analizator DNA; komputer sterujący pracą analizatora DNA; komputer z oprogramowaniem przeznaczonym do analizy wyników sekwencjonowania, fragmentów powtórzeń polimorfizmów DNA; termocykler do amplifikacji DNA z blokiem grzejnym dla panelu 6 niezależnych temperatur; aparat z zautomatyzowanym cyklem amplifikacji DNA w systemie FAST; komputer sterujący pracą amplifikatora DNA wraz z oprogramowaniem przeznaczonym do analizy polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP), ekspresji genów oraz oprogramowania HRM (High Resolution Melting) do wykrywania mutacji SNP, insercji, delecji, oraz analizy metylacji; termocykler do amplifikacji DNA z blokiem grzejnym dla panelu 3 niezależnych temperatur; dwa UPSy; II. WYMAGANIA TECHNICZNE L.p. Nazwa przedmiotu Parametry obligatoryjne Tak/Nie Parametry oferowane zamówienia 1. Kapilarny analizator System do sekwencjonowania i DNA z komputerem sterującym pracą analizy długości fragmentów DNA metodą kapilarną 2. analizatora i komputerem do analizy Dokładność odczytu przy sekwencjonowaniu nie mniejsza niż 98% 3. danych polimorficznych fragmentów nie mniejsza niż Dokładność odczytu przy analizie 99.9% 4. Wykonywanie na jednej płytce analizy sekwencji i długości fragmentów DNA w jednym cyklu roboczym analizatora. 5. Oprogramowanie do zarządzania 2

3 następującymi funkcjami aparatu: - monitorowanie czasu pracy i daty ważności (RFID - Radio Frequency Identification) odczynników i elementów zużywalnych spełniających wymogi GLP - możliwość zastosowania odczynników i elementów zużywalnych w formacie ułatwiającym aplikację 6. Minimum 8 kapilar z możliwością rozbudowy aparatu do 24 kapilar 7. Zapewnienie równoczesnej detekcji co najmniej 6 różnych sygnałów fluorescencji w jednej kapilarze. 8. Automatyczny podajnik próbek na 96 próbek, z odpowiednim wyposażeniem 9. Możliwość ustalania kolejności pobierania próbek z płytki 10. Możliwość stosowania różnych zestawów do sekwencjonowania (do matryc krótkich, długich, bogatych w pary GT, bogatych w pary AT, w tym zestawów innego producenta, niż producenta oferującego urządzenie) 11. Możliwość stosowania kapilar o minimum dwóch długościach 12. System detekcji składający się z kamery CCD, jednego lasera na ciele stałym (505 nm) oraz filtrów wirtualnych 13. Czas życia lasera co najmniej godzin, standardowe źródło zasilania 14. Zestaw komputerowy sterujący pracą urządzenia i umożliwiający analizę wyników: o konfiguracji nie gorszej niż: komputer klasy min. procesor 3.1 GHz Turbo, RAM 16.0 GB, DVD RW, CD RW, Monitor 17, Windows 7 w wersji angielskiej z oprogramowaniem koniecznym do sterowania urządzeniem, kolekcji danych, analizy sekwencji DNA, analizy fragmentów DNA oraz automatycznego nazywania alleli, powinien umożliwiać badanie AFLP, SNP, mikrosatelit, LOH, HMA, RER, możliwość porównań sekwencji DNA do sekwencji wzorcowej, analizy SNP, wykrywania mutacji, oznaczania heterozygotyczności, wyszukiwania określonej sekwencji, archiwizacji wyników. Oprogramowanie do sterowania urządzeniem powinno posiadać funkcję monitoringu zużycia odczynników i elementów zużywalnych 15. Możliwość zastosowania polimeru uniwersalnego do sekwencjonowania i analizy fragmentów 16. System fabrycznie nowy, komplet- 3

4 ny, zawierający pakiet odczynników i elementów zużywalnych niezbędnych do przeprowadzenia instalacji i szkolenia personelu oraz niezbędnych do rozruchu 17. Zasilanie 230V, 50 Hz Zasilacz UPS wraz z listwą filtrującą 18. Autoryzowany serwis na terenie Polski z możliwością monitorowania przez autoryzowany serwis poprawności pracy aparatu poprzez dostęp on-line 19. Jednodniowe szkolenie aplikacyjne 20. Deklaracja zgodności CE - świadcząca o zgodności urządzenia z europejskimi warunkami bezpieczeństwa 21. Termocykler do Fabrycznie nowy, nie powystawowy amplifikacji DNA z aparat wyposażony w blok grzejny blokiem grzejnym 96-dołkowy złożony z 6 niezależnych dla panelu 6 niezależnych bloków grzejnych działają- temperatur cych w technologii Peltier. 22. Pojemność stosowanych probówek, płytek to 0,2ml, objętość próby ul 23. Pokrywa grzejna do pracy bezolejowej 24. Temperatura pokrywy grzejnej jest regulowana 25. Możliwość ustawienia różnicy temperatur między strefami co najmniej 5 C jak i ustawienia jednorodnego profilu termicznego na całym bloku 26. Jednorodność rozkładu temperatur w bloku +/- 0,5 C, 10 sekund po starcie programu w 95 C 27. Autonomiczny system grzania i chłodzenia, bez wymogów zewnętrznego chłodzenia. 28. Zakres temperatury od 0 C do 100 C 29. Dokładność temperaturowa 0,1 C w zakresie C 30. Czas ustawialny z dokładnością do 1 sekundy 31. Praca i parametry amplifikatora DNA kontrolowane przez wysokiej jakości mikroprocesor znajdujący się wewnątrz urządzenia. 32. Aparat wyposażony w panel dotykowy nie większy niż 6,5 z rozdzielczością VGA (32K) wykonany w technologii TFT, z pełna gamą kolorów 33. Możliwość zapamiętania co najmniej 800 programów, możliwość organizacji zapisanych programów w folderach 34. Oprogramowanie możliwości minimum: 4

5 a) możliwość programowania zmiennych szybkości przyrostu i opadania temperatury; b) możliwość programowania przerw w procesie wprowadzanych ręcznie lub programowanych jako etapy nieskończonego podtrzymywania; c) możliwość obserwowania na bieżąco realizowanego etapu programu; e) możliwość wglądu w dane dotyczące czasu przebiegu oraz komunikaty zapisywane w pliku dziennika, który może być wyświetlany na ekranie i drukowany na zakończenie przebiegu każdego procesu PCR; f) dane dotyczące czasu przebiegu obejmują nazwę metody, godzinę jej uruchomienia i całkowity czas przebiegu danego procesu; g) możliwość przenoszenia danych z jednego przyrządu na drugi przy użyciu pamięci ze złączem USB h) Oprogramowanie przyrządu pozwala na programowanie programu Auto-Delta, który pozwala na inkrementację i dekrementację ustawionych czasów i/lub temperatur o stałą wielkość w kolejnych cyklach. 35. Aparat produkowany zgodnie ze standardami ISO Urządzenie o wymiarach nie większych niż: wysokość: 24.5cm,szerokość: 23.7 cm, długość 48.5 cm, oraz wadze nie większej niż 11,5 kg 37. Przyrząd jest wyposażony w porty Ethernet lub szeregowe do podłączania drukarki lub komputera (PC). Przyrząd ma też interfejs USB, który może być użyty przy wszelkich przyszłych udoskonaleniach oprogramowania lub przenoszenia metod. 38. Gradient temperaturowy bloku nie gorszy niż 3,9 C/sek, ramping prób nie gorszy niż 3.35 ºC/S 39. Aparat z zautomatyzowanym Aparat z zautomatyzowanym cy- cyklem klem amplifikacji DNA oparty na amplifikacji DNA w elementach Peltiera z blokami: systemie FAST; a) 96-dołkowym FAST do pracy z z komputerem sterującym płytkami o objętości 0,1 ml; obję- pracą tość próbki min µl. urządzenia wraz z b)blok 96 dolkowy standardowy do oprogramowaniem pracy z płytkami o objętości 0,2 do analizy ml. ekspresji genów i Zakres temperatury na blokach: 4- polimorfizmów genetycznych 100ºC. 40. Czułość detekcji: od 1 kopii 41. Źródło wzbudzania fluorescencji 5

6 lampa halogenowa. CZEŚĆ III Opis przedmiotu zamówienia (OPZ) 42. Zbieranie danych: kamera CCD 43. Min.6 kanałów emisyjnych ( nm) i min. 6 wzbudzających ( nm) 44. Obecność filtrów umożliwiających detekcję minimum następujących barwników: FAM, SYBR Green I, SYTO9, Fluorescein, SYPRO Orange, VIC, JOE, TET, HEX, TAMRA, NED, BODIPY, ROX, Texas red, LIZ, Alexa Fluor, Joda Program kalkulujący automatycznie, w trakcie każdego cyklu PCR, udział poszczególnych barwników wchodzących w skład mieszaniny reakcyjnej. 46. Możliwość zastosowania barwnika ROX i jego dostępność w zestawach oferenta służących do składania reakcji PCR. 47. Wymagane funkcje aparatu: zbieranie i przechowywanie danych, automatyczne wykreślanie krzywej dysocjacyjnej, automatyczne wykreślanie krzywej standardowej, oznaczanie ilościowe kwasów nukleinowych, oznaczanie jakościowe (+/-), analiza polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (dyskryminacja alleli), zastosowanie kontroli wewnętrznej (IPC). Program do projektowania starterów i sond oraz starterów do reakcji z SYBR Green do Reakcji PCR, projektowanie starterów w reakcjach DNA PCR, RT PCR, Multiplex PCR, analiza struktury drugorzędowej starterów i sond, analiza dimeryzacji starterów, projektowanie doświadczenia pod kątem stężenia składników reakcji. 48. Aparat wyposażony w port umożliwiający import lub export danych z aparatu do komputera lub na nośniki danych Flash 49. Program automatyczne obliczanie relatywnej ekspresji genów metodą Ct z przeprowadzonych eksperymentów dla nieograniczonej liczby próbek w tym samym czasie 50. Możliwość integracji oprogramowania aparatu z systemami typu LIMS. 51. Oprogramowanie do analizy polimorfizmów genetycznych i ekspresji genów w tym oprogramowanie High Resolution Melting (HRM) do wykrywania mutacji SNP, insercji, delecji, analizy metylacji. Wraz z 1 dniowym szkoleniem dodatkowym dedykowanym aplikacji HRM 6

7 52. Komputer sterujący pracą urządzenia z zainstalowanymi programami do analizy wyników polimorfizmów: Procesor: Wydajność według testu PassMark CPU Mark: 3126 lub więcej (nasz laptop posiada 4028), pamięć 4 GB pamięci (1x4GB) DDR3 DUAL C 1333 MHz lub lepsza, wyświetlacz o rozdzielczości i przekątnej 15,6 cala, błyszcząca lub matowa powłoka, z możliwością wyświetlania milionów kolorów lub lepszy. Zintegrowana karta graficzna. Pamięć masowa 320 GB lub lepsza. Siec bezprzewodowa zgodna ze specyfikacja n, karta Dell Wireless375 Bluetooth 3.0. Wbudowane głośniki stereofoniczne oraz zintegrowany mikrofon dookólny. Złącza: 3x USB 2.0, 1x HDMI, 1x esata/usb, 1x IEEE 1394, 1x VGA, 1x audio. Gładzik umożliwiający precyzyjne sterowanie kursorem, Kamera zintegrowana. Wymiary (wys. x szer. x głeb.): 2,83 3,42 cm x 38,4 cm x 25,8 cm. Masa: do 2,5 kg. Bateria: Do 5 godzin pracy w sieci bezprzewodowej. Zasilacz o mocy 65 W, 90 W lub 150 W. Gwarancja min. 12 miesiecy. System operacyjny system 64 bitowy lub 32 bitowy 53. Certyfikat CE 54. Szkolenie aplikacyjne 1-dniowe w siedzibie Zamawiającego 55. Gwarancja min. 12 miesięcy 56. Zasilanie 230V, 50 Hz Zasilacz UPS wraz z listwą filtrującą 57. Termocykler do Aparat wyposażony w blok grzejny amplifikacji DNA z 96-dołkowy złożony z 3 niezależnych blokiem grzejnym bloków grzejnych działają- dla panelu 3 niezależnych cych w technologii Peltier. 58. temperatur Pojemność stosowanych probówek, płytek to 0,2ml, objętość próby ul 59. Pokrywa grzejna do pracy bezolejowej z regulowaną temperaturą 60. Możliwość ustawienia różnicy temperatur między strefami co najmniej 5 C jak i ustawienia jednorodnego profilu termicznego na całym bloku 61. Jednorodność rozkładu temperatur w bloku +/- 0,5 C, 30 sekund po starcie programu w 95 C 62. Autonomiczny system grzania i chłodzenia, bez wymogów zewnętrznego chłodzenia. 63. Zakres temperatury od 0 C do 100C 7

8 64. Dokładność temperaturowa 0,25 C w zakresie C 65. Czas ustawialny z dokładnością do 1 sekundy. 66. Praca i parametry termocyklera kontrolowane przez wysokiej jakości mikroprocesor znajdujący się wewnątrz urządzenia. 67. Aparat wyposażony w panel dotykowy co najmniej 8 wykonany w technologii TFT LCD 68. Możliwość zapamiętania co najmniej 800 programów, możliwość organizacji zapisanych programów w folderach 69. Oprogramowanie możliwości minimum: a) możliwość programowania zmiennych szybkości przyrostu i opadania temperatury; b) możliwość programowania przerw w procesie wprowadzanych ręcznie lub programowanych jako etapy nieskończonego podtrzymywania; c) możliwość obserwowania na bieżąco realizowanego etapu programu; e) możliwość wglądu w dane dotyczące czasu przebiegu oraz komunikaty zapisywane w pliku dziennika, który może być wyświetlany na ekranie i drukowany na zakończenie przebiegu każdego procesu PCR; f) dane dotyczące czasu przebiegu obejmują nazwę metody, godzinę jej uruchomienia i całkowity czas przebiegu danego procesu; g) możliwość przenoszenia danych z jednego przyrządu na drugi przy użyciu pamięci ze złączem USB h) Oprogramowanie przyrządu pozwala na programowanie programu Auto-Delta, który pozwala na inkrementację i dekrementację ustawionych czasów i/lub temperatur o stałą wielkość w kolejnych cyklach. 70. Aparat produkowany zgodnie ze standardami ISO Przyrząd jest wyposażony w porty Ethernet lub szeregowe do podłączania drukarki lub komputera (PC). Przyrząd ma też interfejs USB, który może być użyty przy wszelkich przyszłych udoskonaleniach oprogramowania lub przenoszenia metod. 72. Gradient temperaturowy bloku nie gorszy niż 3,5 C/sek, 8

9 II. WYMAGANIA DODATKOWE CZEŚĆ III Opis przedmiotu zamówienia (OPZ) 1. WARUNKI SERWISU GWARANCYJNEGO 1) Gwarancja minimum 12 miesięcy 2) Możliwość dokupienia dodatkowych kontraktów serwisowych/gwarancyjnych 3) Czas reakcji serwisu od zgłoszenia max. 72 godz. 4) Czas naprawy max. 21 dni 5) Koszt roboczogodziny (skalkulowany z wszystkimi kosztami towarzyszącymi m.in.: dojazd, hotel, diety itd.) 2. WARUNKI SERWISU POGWARANCYJNEGO 1) Czas reakcji serwisu od zgłoszenia max. 72 godz. 2) Czas naprawy max. 21 dni 3) Gwarantowany okres serwisu pogwarancyjnego nie mniej niż 5 lat. 9