XII Konferencja Sieci i Systemy Informatyczne Łód, pa dziernik 2004

Transkrypt

1 XII Konferencja Sieci i Systemy Informatyczne Łód, pa dziernik 2004 PRZEMYSŁAW REK MIROSŁAW KOPE Centrum Komputerowe Politechniki Łódzkiej, Łód ZOFIA GDANIEC ŁUKASZ POPENDA RYSZARD W. ADAMIAK Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Pozna MARCIN WOLSKI MARCIN LAWENDA NORBERT MEYER MACIEJ STROISKI Poznaskie Centrum Superkomputerowo Sieciowe, Pozna NAUKOWA BIBLIOTEKA CYFROWA DLA SPEKTROSKOPII MAGNETYCZNEGO REZONANSU J DROWEGO Streszczenie Artykuł powicony jest budowie Naukowej Biblioteki Cyfrowej (NBC) ze szczególnym uwzgldnieniem funkcjonalnoci specyficznej dla spektroskopii magnetycznego rezonansu jdrowego. Przedstawiono wyniki prac koncepcyjnych, poczwszy od analizy wymaga a do projektu architektury. NBC oparta o System Zarzdzania Danymi (zrealizowany w projekcie celowym Progress, 2883/C.T11-6/ współfinansowanym przez Ministerstwo Nauki i Informatyzacji oraz firm SUN) jest rozproszonym rodowiskiem dostpu do danych. Jej podstawowym zadaniem jest przechowywanie i udostpnianie danych w rodowisku gridowym. Stanowi ona wany element systemu Laboratorium Wirtualne (VLab), który umoliwia zarzdzanie wynikami eksperymentów. Prace s realizowane w ramach projektu 6 T C/05836 finansowanego przez Ministerstwo Nauki i Informatyzacji oraz firm SGI. 1. Wst p Wraz z rozwojem Internetu wzrosły równie moliwoci i potrzeby elektronicznego publikowania oraz udostpniania treci cyfrowych. Uytkownicy maj do dyspozycji coraz bardziej zaawansowane narzdzia przeznaczone do tworzenia, przegldania i wyszukiwania elektronicznych dokumentów. Narzdzia te spełniaj wan rol w globalnej infrastrukturze informacyjnej, mog równie wspiera prac rodowisk naukowych i edukacyjnych. Naukowa Biblioteka Cyfrowa (NBC) jest systemem tworzonym na bazie Systemu Zarzdzania Danymi [1], który został opracowany na potrzeby projektu celowego PROGRESS [2]. Jego podstawowe przeznaczenie, czyli przechowywanie i udostpnianie danych w rodowisku gridowym, zostało poszerzone o funkcjonalno dostosowan do specyficznych wymaga Laboratorium Wirtualnego [3]. 1

2 P.Rek, M.Kope, Z.Gdaniec, Ł.Popenda, R..W.Adamiak, M.Wolski, M.Lawenda, N.Meyer, M. Stroiski Cyfrowa Biblioteka Naukowa dla Spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jdrowego W pracy przedstawiono załoenia, projekt i implementacj Naukowej Biblioteki Cyfrowej (NBC) przeznaczonej dla danych pochodzcych z eksperymentów NMR. Naukowa Biblioteka Cyfrowa ma słuy, w zamyle, do przechowywania i udostpniania danych wykorzystywanych przez laboratoria wirtualne. Dane te mog by zarówno danymi wejciowymi wykorzystywanymi podczas eksperymentów naukowych, jak równie wynikiem przeprowadzonych eksperymentów bd oblicze. Wan spraw jest równie potrzeba gromadzenia rónego rodzaju publikacji oraz dokumentów powstałych na uytek prowadzonych bada lub bdcych ich wynikiem. T funkcjonalno, znan doskonale uytkownikom korzystajcym z bibliotek cyfrowych, równie zapewnia NBC. Przykładem zastosowania NBC NMR moe by Laboratorium Wirtualne NMR [3]. 2. Spektroskopia magnetycznego rezonansu j drowego Spektroskopia Jdrowego Rezonansu Magnetycznego (ang. NMR Nuclear Magnetic Resonance) jest podstawow i najbardziej uniwersaln technik instrumentaln znajdujc zastosowanie zarówno w fizyce, chemii organicznej, nieorganicznej, biochemii oraz medycynie. Spektroskopia NMR pozwala nie tylko na identyfikacj i ustalenie struktury zwizków organicznych a stosowana jest np. w celu ledzenia przebiegu, mechanizmów oraz kinetyki reakcji chemicznych, analizy mieszanin czy badania dynamiki czsteczek. W wyniku eksperymentu NMR otrzymuje si widma homo- i heterojdrowe (jedno- lub wielowymiarowe), których analiza dostarcza informacji o przesuniciach chemicznych atomów, wielko- ci stałych sprze skalarnych czy dipolowych, oraz wartoci czasów relaksacji T 1, T 2. Prezentowana baza umoliwia przechowywanie tych danych oraz dostarcza narzdzi pozwalajcych na ich szybkie i optymalne dla danego uytkownika przeszukiwanie. Kady zwizek umieszczony w bazie, oprócz unikatowej nazwy, wzoru chemicznego i informacji o jego właciwociach fizykochemicznych posiada specyficzny dla danego zwizku opis wszystkich jego atomów zgodny z kodem HOSE [4]. Dla poszczególnych zwizków znajdujcych si w bazie zawarty jest, w formie graficznej, zbiór widm NMR jedno- i wielowymiarowych, które zostały dla danego zwizku wykonane, oraz ich pliki ródłowe otrzymane bezporednio ze spektrometru, wraz z pełnym opisem parametrów uytych do rejestracji widm. W przypadku biomolekuł - białek czy kwasów nukleinowych - baza umoliwia dodatkowo zdeponowanie współrzdnych atomów oraz wizów strukturalnych zastosowanych do oblicze wraz z pełnym protokołem wyznaczenia struktury. Ponadto istnieje moliwo zamieszczenia w bazie programów sekwencji impulsów, które mog by wykorzystane przez innych uytkowników. Dla wszystkich danych znajdujcych si w bazie załczony jest spis publikacji, w których powysze dane zostały zamieszczone. Pełen wykaz pól wraz z formatem ich zapisu dla kadego zwizku przedstawiony jest w tabeli 1. W porównaniu do innych baz NMR dostpnych w Internecie takich jak BioMagResBank [5], NMR data-sets Bank [6], NMRShiftDB [7], SDBS [8] czy Spectra Online [9], opracowywana baza zawiera pełen zakres informacji dotyczcy wykonania i analizy eksperymentu NMR, dziki czemu moe ona by wykorzystana równie w celach dydaktycznych. Dostp do bazy powinien take ułatwi uytkownikom wdraanie nowych technik eksperymentalnych i obliczeniowych. Tych cech nie posiadaj dotychczasowe bazy danych. W oparciu o dane dotyczce wartoci przesuni chemicznych, stałych sprze oraz czasów relaksacji, które s sprzone z nazwami zwizków, wykorzystanie bazy umoliwi szybk analiz widm oraz identyfikacj zwizków. W przypadku analizy widm zwizków nieznanych baza zawierajca kody HOSE pozwoli przewidzie otoczenie atomów na podstawie wartoci ich przesuni chemicznych i stałych sprze oraz zaproponowa typy grup funkcyjnych, które mog wystpo- 2

3 XII Konferencja Sieci i Systemy Informatyczne Łód, padziernik 2004 wa w badanym zwizku. Kody HOSE mog by wykorzystane równie przy symulacji widm w oparciu jedynie o wzór strukturalny zwizku. 3. Podstawowe poj cia biblioteki cyfrowej 3.1. Analiza zało e Podstawowe załoenia funkcjonalne Naukowej Biblioteki Cyfrowej mona przedstawi odnoszc si do przesłanek, które były podstaw zbudowania Wielkopolskiej Biblioteki Cyfrowej (WBC) [10] rozwijanej przez Poznaskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe. S to: uwzgldnienie unikalnego charakteru niektórych zbiorów bibliotecznych, oprogramowanie biblioteki cyfrowej ma stwarza moliwo istotnego rozszerzenia funkcji realizowanej przez bibliotek, która z niego korzysta, oprogramowanie biblioteki cyfrowej musi współpracowa ze zintegrowanymi systemami bibliotecznymi, a w szczególnoci pozwala na wykorzystywanie baz katalogowych. Naukowa Biblioteka Cyfrowa ma słuy studentom i naukowcom do składowania wyników eksperymentów i oblicze naukowych. Istnieje zatem potrzeba digitalizacji wyników prac naukowych, w postaci okrelanej dalej mianem publikacji cyfrowej. Drugie załoenie odnosi si do kwestii uytecznoci, jak ma spełnia biblioteka cyfrowa w odniesieniu do istniejcych ju bibliotek. Biblioteka cyfrowa nie ma by odrbn instytucj i stanowi swego rodzaju konkurencji dla ju istniejcych bibliotek. Powinna ona uzupełnia i rozszerza uyteczno biblioteki, zwikszajc z jednej strony jej powszechno oraz dostpno, a z drugiej pozwalajc bibliotekarzom (opiekunom biblioteki) na dostosowywanie funkcjonalnoci biblioteki cyfrowej do potrzeb czytelników (uytkowników) i opiekuna. NBC stanowi w tym kontekcie bibliotek cyfrow, która w zamierzeniu ma słuy instytucji naukowej udostpniajcej, poprzez Laboratorium Wirtualne, wybrane urzdzenie (np. spektrometr NMR). Naukowcy maj mie moliwo gromadzenia oraz dostp do wyników swoich eksperymentów i oblicze naukowych. Gromadzone w NBC zasoby powinny mie take charakter dydaktyczny i s zwizane z konkretn instytucj oraz udostpnianym przez ni urzdzeniem. Trzecia kwestia dotyczy opisu semantycznego przechowywanych zasobów, czyli metadanych. Pozwalaj one na wyszukiwanie informacji w zbiorach biblioteki cyfrowej. NBC realizuje powysze załoenia w sposób kompletny - publikacje mona opisa za pomoc dowolnie zdefiniowanych zbiorów metadanych, czyli równie tych, które s przyjte za standardy w wiecie bibliotekarzy. Podobnie wyglda kwestia wyników eksperymentów naukowych, w tym przypadku dostpna funkcjonalno jest rozszerzona o moliwo przechowywania danych NMR. Temu celowi słuy dedykowana baza NMR opisana w punkcie 5. Podsumowujc powysze rozwaania mona stwierdzi, i Naukowa Biblioteka Cyfrowa stanowi specyficzny rodzaj biblioteki cyfrowej, dedykowanej gremium naukowców i rozszerzonej o moliwo przechowywania wyników eksperymentów naukowych oraz ich opisu. Naley zaznaczy, i w przeciwiestwie do innych bibliotek, np. Wielkopolskiej Biblioteki Cyfrowej (WBC) [10], NBC realizuje odmienn filozofi w sposobie reprezentacji zasobów cyfrowych. W WBC publikacja elektroniczna przedstawia pewn wyodrbnion tre (artykuł naukowy, raport, ksik, film), która moe istnie w systemie w wielu wersjach, a struktura tej publikacji ma posta pojedynczego pliku (np. PDF) lub zbioru plików (np. HTML). W NBC publikacja elektroniczna (artykuły, wyniki prac badawczych w postaci cyfrowej, informacje o zwizku chemicznym) ma format 3

4 P.Rek, M.Kope, Z.Gdaniec, Ł.Popenda, R..W.Adamiak, M.Wolski, M.Lawenda, N.Meyer, M. Stroiski Cyfrowa Biblioteka Naukowa dla Spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jdrowego zbioru plików, których zalenoci (np. wersjonowanie) s modelowane za pomoc schematów metadanych Funkcjonalno bibliotek cyfrowych Na przestrzeni ostatnich lat ustalony został kanon podstawowych funkcji, które powinna spełnia nowoczesna biblioteka cyfrowa [11]. Zaliczy mona do niego przede wszystkim: Kategoryzacj moliwo grupowania publikacji powizanych ze sob merytorycznie, Opis katalogowy (semantyczny) czyli opis znajdujcych si w bibliotece publikacji cyfrowych, Przeszukiwanie moliwo odnalezienia wród zasobów biblioteki publikacji interesujcej uytkownika lub składowanych wyników eksperymentów, Przegldanie moliwo wygodnego obejrzenia treci odnalezionych danych Powszechno i dogodno w dost pie do publikacji Wielu naukowców widzi realn potrzeb umieszczania w bibliotece cyfrowej swoich materiałów, czy te wyników bada i współdzielenia ich z innymi osobami. Aby było to jednak moliwe, poza podstawowymi funkcjami biblioteki cyfrowej konieczne jest zapewnienie dodatkowej funkcjonalnoci w oprogramowaniu Naukowej Biblioteki Cyfrowej, stosownej do wymaga rodowiska naukowego. Poniej wymienione s wymagania co do publikacji dokumentów oraz wyników eksperymentów naukowych w formie elektronicznej: Powszechny dost p do publikacji - zapewnienie naukowcom dostpu za porednictwem Internetu do zasobów biblioteki, Trwało - raz udostpniona publikacja naukowa nie powinna zmienia formy (np. formatu pliku) lub lokalizacji (np. adresu w sieci), Zarz dzanie wersjami - łatwe utrzymywanie wielu wersji tego samego dokumentu, Zarz dzanie dost pem - ochrona dostpu do szczególnie cennych wyników bada, niepublikowanych materiałów, dokumentacji, Zabezpieczenie przed kopiowaniem - ochrona materiałów przed nieautoryzowanym kopiowaniem, Automatyczne zawiadamianie - zawiadamianie uytkownika o zmianach w zawarto- ci biblioteki (łatwe odnalezienie interesujcych naukowca informacji), Wiarygodno - wprowadzajcy publikacj powinien by przekonany o tym, e osoby niepowołane nie wprowadzały ani nie wprowadz zmian do treci jego dokumentu. Przedstawiona i opisana powyej lista właciwoci NBC jest wspólna dla wielu zrealizowanych i istniejcych ju bibliotek cyfrowych (np. WBC). Dziki temu, e Naukowa Biblioteka Cyfrowa jest zbudowana na bazie Systemu Zarzdzania Danymi, to zyskuje pewne cechy, które nie s tak powszechne w rodowiskach bibliotek cyfrowych, a istotne dla rodowiska naukowego. SZD, jak ju wspomniano, jest wirtualnym systemem plików o rozproszonej architekturze, uzupełnionym o specyficzne rozszerzenia archiwizacji danych na systemach HSM (ang. Hierarchical Storage Management). 4. Dane przechowywane w bazie NMR Szczegółowa lista danych bdcych w gestii biblioteki NMR została zestawiona w Tablicy nr 1. 4

5 XII Konferencja Sieci i Systemy Informatyczne Łód, padziernik 2004 Wyszczególnione w niej dane bd podlegały operacjom: wprowad, zmodyfikuj, wyszukaj. Lp. Nazwa Typ Rozmiar Opis Informacje dotycz ce zwi zku 1 Compound Name(s) Tekstowy 256 znaków Informacje dotyczce zwizku 2 Molecular Formula Tekstowy 32 znaki Skrócony wzór strukturalny 3 Summary Formula Tekstowy 32 znaki Wzór sumaryczny 4 Chemical Structure Graficzny Wzór strukturalny z numeracj atomów 5 Atoms name with numbers & HOSE code Tekstowy Tablica 1 : N 16 (nazwy, numery atomów) Tablica 1 : N 64 (kody HOSE) 5 Nazwy atomów i odpowiadajce im kody HOSE 6 Chemical Class Tekstowy 256 znaków Klasa chemiczna zwizku 7 Molecular Weight Tekstowy 16 znaków Ciar czsteczkowy 8 Boiling Point Tekstowy 16 znaków Temperatura wrzenia 9 Melting Point Tekstowy 16 znaków Temperatura topnienia 10 Form Type Tekstowy 2 znaki Typ formularza do wprowadzania danych Eksperyment NMR 11 1D NMR Spectra Graficzny do 0,5 MB Graficzna prezentacja widm 1D NMR 12 Homonuclear, heteronuclear, others 13 2D NMR Spectra Graficzny do 0,5 MB Graficzna prezentacja widm 2D NMR 14 3D NMR Spectra Graficzny do 0,5 MB Graficzna prezentacja widm 3D NMR 15 Pulse sequence Binarny do 0,25 MB Sekwencja impulsów Tekstowy 16 znaków Typ korelacji widm 2D i 3D: homojdrowe, heterojdrowe 16 Pulse sequence description Tekstowy 64 znaki Uwagi dotyczce sekwencji impulsów 17 Spectrometer model Tekstowy 32 znaki Typ spektrometru NMR 18 Spectrometer manufacturer Tekstowy 16 znaków Producent spektrometru NMR 19 Spectrometer basic Tekstowy 16 znaków Czstotliwo podstawowa spektrometru NMR frequency 20 Temperature Tekstowy 16 znaków Temperatura pomiaru 21 Solvent Tekstowy 32 znaki Rozpuszczalnik 22 Concentration Tekstowy 16 znaków Stenie badanego zwizku 23 ph Tekstowy 8 znaków ph roztworu 24 Bufor Tekstowy 128 znaków Skład buforu, nazwa zwyczajowa 25 Reference Tekstowy 32 znaki Nazwa wzorca wraz z jego przesuniciem chemicznym 26 Reference Compound Tekstowy 32 znaki Przykładowe wzorce wraz z ich przesuniciami chemicznymi Additional Spectrum Tekstowy Plik tekstowy Dodatkowe informacje o widmie 27 Information Warto ci spektralne 28 1 H, 13 C, Chemical Tekstowy Tablica 1 : N 8 Przesunicia chemiczne Shifts 29 Coupling Constants Tekstowy Tablica 1 : N 64 Tabela wartoci sprze skalarnych Scalar Coupling Constants Tekstowy Tablica 1 : N 64 dipolowych Tabela wartoci resztkowych sprze 30 Residual Dipolar Couplings (RDC) 31 Relaxation Times Tekstowy Tablica 1 : N 2 16 Czasy relaksacji T 1 i T 2 Informacje o autorze 32 Authors Tekstowy 256 znaków Lista autorów 1 Tablica złoona z N wierszy, gdzie N jest liczb atomów

6 P.Rek, M.Kope, Z.Gdaniec, Ł.Popenda, R..W.Adamiak, M.Wolski, M.Lawenda, N.Meyer, M. Stroiski Cyfrowa Biblioteka Naukowa dla Spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jdrowego 33 Institution Tekstowy 128 znaków Instytucja 34 Contact Tekstowy 128 znaków Kontakt z autorem (np. , tel.) Literatura 35 Authors Tekstowy 256 znaków Lista autorów 36 Journal Tekstowy 128 znaków Nazwa czasopisma 37 Year Tekstowy 8 znaków Rok wydania 38 Volume Tekstowy 16 znaków Tom 39 Pages Tekstowy 16 znaków Strony pocztkowa, kocowa 40 Title Tekstowy 256 znaków Tytuł artykułu 41 PDF, PS Binarny Publikacja w formacie PDF lub PS 42 Link Tekstowy 128 znaków Odnonik do bazy literaturowej Dane eksperymentalne 43 Original NMR Data Binarny do 10 MB Skompresowane dane NMR 44 Format of data Tekstowy 64 znaki Typ zapisanych danych NMR 45 Processed data Binarny do 50 MB Skompresowane przeprocesowane dane NMR (zipped) 46 Format of processed Tekstowy 16 znaków Format zapisanych przeprocesowanych danych NMR data Analiza strukturalna 47 Protocol (zipped) Binarny do 1 MB Protokóły, skrypty, Protocol description Tekstowy 512 znaków Informacja o plikach 49 Restraints (zipped) Binarny do 0,2 MB Wizy eksperymentalne 50 Restraints description Tekstowy 256 znaków Informacja o plikach 51 Structures (zipped) Binarny do 5 MB Współrzdne atomowe 52 Database Tekstowy Nazwa bazy danych, w której zdeponowano współrzdne 53 Reference to database Tekstowy 128 znaków Odnonik do bazy danych 54 Code Tekstowy 16 znaków Kod zdeponowanej struktury 55 Additional Data Tekstowy 512 znaków Inne, dodatkowe informacje Inne informacje 56 Other information Tekstowy 512 znaków Inne, dodatkowe informacje Tabela 1 Zestawienie atrybutów, które s przechowywane w bazie NMR 4.1 Diagram przypadków u ycia dla biblioteki NMR Na podstawie zdefiniowanych wymaga dla Naukowej Biblioteki Cyfrowej NMR (zob. 3.2) moemy tam wyróni głównego aktora, co przedstawione jest schematycznie na Diagramie 1. Aktorem moe by system umiejscowiony w warstwie poredniej lub te w warstwie prezentacji pod warunkiem, e potrafi on komunikowa si za pomoc protokołu SOAP. Poniszy diagram prezentuje dwóch aktorów. Pierwszy z nich - SOAPCompliedClient jest utosamiany z pewnym wzorcem aktora o nadanych uprawnieniach do wykonywania okrelonych operacji i wyposaonym w umiejtno komunikowania si z bibliotek w oparciu o protokół SO- AP. Jako drugiego aktora przedstawiono bibliotek nusoap (nusoap_phpclient), która moe by uyta do stworzenia serwisu dostpowego dla Naukowej Biblioteki Cyfrowej NMR opartego o strony WWW i jzyk PHP. Diagram pokazuje take główne przykłady uycia systemu biblioteki NMR: Data gathering and updating umoliwia wprowadzanie i uaktualnianie informacji dotyczcych zwizków chemicznych oraz danych eksperymentalnych. Querying / viewing umoliwia otrzymanie informacji o badanym zwizku, eksperymencie i jego rezultatach oraz analizie wykonanej na podstawie uzyskanych danych. Przebieg wyszukiwania zaleny od postawionych wymaga. Moliwe predefiniowane standardowe wymagania, to: 6

7 XII Konferencja Sieci i Systemy Informatyczne Łód, padziernik 2004 Query for compound info warunek: istnienie informacji dotyczcych badanego zwizku; wyszukiwanie po jego atrybutach. Query for experiment data warunek: istnienie danych eksperymentalnych; wyszukiwanie po atrybutach eksperymentu, takich jak np.: typ widma, sekwencja impulsów, typ spektrometru, rozpuszczalnik, temperatura pomiaru. Query for postexperimental analyses warunek: istnienie opisu analiz; wyszukiwanie zwizków według wartoci przesuni chemicznych, stałych sprze. Query for postexperimental additional data warunek: istnienie danych dokumentujcych badania, tj. referencji do autorów eksperymentu, referencji do artykułów dotyczcych prowadzonych bada bd te prac dokumentujcych uzyskane rezultaty. Diagram 1. Diagram dla głównego aktora 5. Fazy projektowania systemu Naukowej Biblioteki Cyfrowej NMR Rozdział przedstawia schemat specyficznej czci bazy danych dla Biblioteki Cyfrowej NMR oraz analiz statyczn warstwy aplikacyjnej biblioteki z uyciem diagramów klas. 5.1 Projektowanie bazy danych Tworzenie schematu bazy danych dla biblioteki NMR przebiegało kilkuetapowo w oparciu o wymagania uytkownika. Wanym etapem w procesie projektowania bazy danych był proces jej normalizacji, pozwalajcy na usunicie z tabel nadmiaru informacji oraz na zwikszenie optymalizacji struktury danych. W schemacie bazy NMR mona rozróni 4 logiczne czci dedykowane dla przechowywania: podstawowych informacji charakteryzujcych badany zwizek chemiczny, informacji i lokalizacji danych opisujcych przeprowadzony eksperyment, informacji na temat analizy danych eksperymentalnych, informacji i lokalizacji danych dodatkowych/uzupełniajcych badania. 7

8 P.Rek, M.Kope, Z.Gdaniec, Ł.Popenda, R..W.Adamiak, M.Wolski, M.Lawenda, N.Meyer, M. Stroiski Cyfrowa Biblioteka Naukowa dla Spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jdrowego Rysunek 1 Schemat bazy NMR 6. Podsumowanie Biblioteki cyfrowe zyskuj coraz wiksz popularno i uznanie wród osób poszukujcych i udostpniajcych informacje. Dzieje si tak zapewne za spraw łatwego i nieograniczonego czasowo dostpu do informacji, prostoty wyszukiwania i przegldania informacji. Nie bez znaczenia jest równie moliwo eksploracji danych bez koniecznoci opuszczania stanowiska pracy lub ruszania si z domu. Biblioteki obecnie dostpne w Internecie posiadaj róne profile: jedne propaguj dziedzictwo kulturowe, inne sztuk regionaln, a jeszcze inne powicone s edukacji oraz gromadzeniu cennych informacji naukowych z wybranej dziedziny wiedzy. Dlatego te niezwykle wanym jest zastosowanie otwartych standardów przy opisie zasobów cyfrowych. Umoliwi to współprac pomidzy Naukow Bibliotek Cyfrow a innymi bibliotekami (np. WBC), a tym samym stworzy wzajemnie uzupełniajce si platformy oferujce uytkownikom dostp do zasobów cyfrowych o rónej tematyce i treci. Przykładowy interfejs Naukowej Biblioteki Cyfrowej dla danych NMR mona przetestowa na stronach Laboratorium Wirtualnego [3]. 8

9 XII Konferencja Sieci i Systemy Informatyczne Łód, padziernik 2004 Literatura [1] Grzybowski P., Mazurek C., Spychała P., Wolski M.: Data Management System for grid and portal services. Submitted to Grid Computing: Infrastructure and Applications special issue of The International Journal of High Performance Computing Applications (IJHPCA), Cardiff University, UK, [2] PROGRESS - Polish Research on Grid Environment for SUN Servers, [3] Virtual Laboratory PSNC [4] Bremser W.: HOSE - A Novel Substructure Code, Anal. Chim. Acta, 103, (1978). [5] Seavey B.R., Farr E.A., Westler W.M., Markley J.L.: A Relational Database for Sequence- Specific Protein NMR Data, J. Biomolecular NMR, 1, (1991). [6] NMR data-sets Bank: A repository for raw NMR data-sets, [7] Steinbeck Ch., Krause S., Kuhn S., NMRShiftDBsConstructing a Free Chemical Information System with Open-Source Components, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 43, (2003). [8] Yamamoto O., Someno K., Wasada N., Hiraishi J., Hayamizu K., Tanabe K., Tamura T., Yanagisawa M., An Integrated Spectral Data Base System Including IR, MS, 1H-NMR, 13C- NMR, ESR and Raman Spectra, Anal. Sci., 4, (1988). [9] Spectra Online, [10] Wielkopolska Biblioteka Cyfrowa, [11] Mirosław Górny, Jan Andrzej Nikisch, Paweł Gruszczyski, Cezary Mazurek, Maciej Stroiski, Andrzej Swdrzyski, Zastosowanie oprogramowania dlibra do budowy Wielkopolskiej Biblioteki Cyfrowej, PRZEMYSŁAW REK rek@mail.p.lodz.pl MIROSŁAW KOPE kopec@sir.p.lodz.pl Centrum Komputerowe Politechniki Łódzkiej, Łód Łód, Wólczaska 175 tel.: (+48 42) fax: (+48 42) ZOFIA GDANIEC zgdan@ibch.poznan.pl ŁUKASZ POPENDA lpopenda@ibch.poznan.pl RYSZARD W. ADAMIAK adamiakr@ibch.poznan.pl Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Pozna Pozna, Noskowskiego 12/14 tel. (+48 61) fax. (+48 61) MARCIN WOLSKI maw@man.poznan.pl MARCIN LAWENDA lawenda@man.poznan.pl 9

10 P.Rek, M.Kope, Z.Gdaniec, Ł.Popenda, R..W.Adamiak, M.Wolski, M.Lawenda, N.Meyer, M. Stroiski Cyfrowa Biblioteka Naukowa dla Spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jdrowego NORBERT MEYER MACIEJ STROISKI Poznaskie Centrum Superkomputerowo Sieciowe, Pozna Pozna, Noskowskiego 10 tel. (0 61) fax. (0 61)