Część A wprowadzenie do programu

Wielkość: px

Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Część A wprowadzenie do programu"

Alojzy Makowski
8 lat temu
Przeglądów:

1 Część A wprowadzenie do programu Nieorganiczna baza danych (Inorganic Crystal Structure Database) zawiera wszystkie struktury związków nieorganicznych, ze współrzędnymi atomów, publikowane od roku Korzystając z oprogramowania bazy ICSD (pgm FindIt), mamy możliwość wyszukiwania interesujących nas związków nieorganicznych i uzyskiwania o nich informacji zawartych w bazie. Po zgłoszeniu się programu (Rys. 1) możemy przystąpić do tworzenia testów numerycznych lub tekstowych, wykorzystując kolejne zakładki widoczne na ekranie. Zakładka Chemistry pozwala na określenie składu jakościowego poszukiwanego związku. Określając skład związku możemy, w zależności od potrzeb: definiować jakie i ile pierwiastków ma wchodzić w skład fazy (Element Count), podawać (ograniczać) liczbę atomów wybranego pierwiastka, podawać (ograniczać) stopień utlenienia pierwiastka (Oxidation State). W zakładce tej dostępne są także operatory logiczne (AND, OR,...), które pomogą uściślić (rozszerzyć) zapytanie. Rys. 1 Kolejna zakładka Crystal Data umożliwia przeszukiwanie bazy przy wprowadzeniu ograniczeń na dane krystalograficzne (Rys. 2). Mamy, m. in., możliwość definiowania: parametrów komórki elementarnej (Author s Cell), grupy przestrzennej (Space Group Number), liczby cząsteczek w komórce elementarnej (Z), masy cząsteczkowej (Formula Weight)

2 Rys. 2 Przeszukiwanie bazy na podstawie parametrów komórki zredukowanej jest możliwe po wybraniu zakładki Reduced Cell. Opcje w niej dostępne pozwalają na wyliczenie parametrów komórki zredukowanej na podstawie określonego typu centrowania sieci i wartości wejściowych a, b, c, α, β, γ. Otrzymane wartości mogą stanowić zapytanie do przeszukiwania bazy. Zakładka Symmetry pozwala na zdefiniowanie testu związanego z symetrią sieci krystalicznej (Rys. 3). W związku z tym możemy wprowadzać m. in. ograniczenia na: układ krystalograficzny (Crystal System), typ centrowania (Centering), grupę punktową (Crystal Class), grupę przestrzenną (Space Group Symbol). Przy czym możemy jednocześnie ograniczyć, na przykład, układ krystalograficzny i typ centrowania. Rys

3 Ostatnia zakładka, Reference, daje możliwość przeszukiwania tekstowego nieorganicznej bazy, wykorzystując takie zapytania jak (Rys. 4): datę wprowadzenia (modyfikacji) związku do bazy (Recording/Modification Date), nazwę czasopisma (Journal Coden/Title), np. z ograniczeniem roku publikacji, nazwę minerału, czy też grupy minerałów (Mineral Name/Group), standardowe określenia (komentarze) (STD Remarks, Description), np. disorder, electron diffraction, itp. Uaktywnienie opcji Free Text pozwala na definicję testu po: nazwiskach autorów (Authors), nazwie chemicznej (Chemical Name), tytule publikacji (Title of Publication), itp. Na dowolnym etapie tworzenia zapytania możemy zrezygnować z ograniczeń wprowadzanych w danej zakładce używając przycisku Clear Page, lub całkowicie wykasować utworzone zapytanie przy pomocy przycisku Reset. Rys. 4 Po wywołaniu i zakończeniu przeszukiwania jego wynik otrzymujemy w postaci przedstawionej na Rys. 5: jako listę i rozszerzoną informację dla wybranej struktury Każda struktura odpowiadająca zapytaniu charakteryzowana jest między innymi przez takie elementy jak kod bazy (CCode), grupę przestrzenną (Space Group), wzór sumaryczny (Sum Formula), nazwę chemiczną (Chemical Name), parametry komórki elementarnej (Unit Cell), itd. Wszystkie informacje, jakie są dostępne w ICSD o danej strukturze, podawane są w osobnym oknie po wybraniu danego związku. Zapisywanie wyników przeszukiwania lub też wczytanie wcześniej zapisanych zbiorów możliwe jest poprzez funkcję File Save Search Results/Load Search Results; tworzone są zbiory o rozszerzeniu lst. Funkcja Export Current Long View pozwala na zapisanie danych o wybranej strukturze w postaci zbioru tekstowego (txt) lub zbioru cif (Crystallographic Information File). Analogicznie działają funkcje Export Checked Long View i Export Checked Short View. Bezpośredni wydruk z bazy (wyniku wyszukiwania) możliwy jest za pomocą funkcji File Print Checked Long View, itp

Po wybraniu jednej z dróg otrzymamy okno (Rys.

4 Rys. 5 Po wybraniu danej struktury mamy także możliwość analizy/wyznaczania danych strukturalnych (tj. długość wiązania, kąt), służy do tego funkcja Applications Distance calculator, lub ikona, Rys. 6a. Po wybraniu jednej z dróg otrzymamy okno (Rys. 6b), w którym możemy zaznaczać atomy do definicji określonych parametrów, określać wartość min. i max. parametrów, a następnie przyciskami Distance, Angle, Both uruchomić obliczenia. Otrzymane wyniki pokażą się na białym polu (po prawej stronie okna). wyniki obliczeń Rys. 6a Rys. 6b - 4 -

5 Możemy także dokonywać dalszych poszukiwań otrzymanych już wyników (Substes), wykorzystując albo jeden z nich albo też tworzyć ich kombinacje (Window Combine Searches) (Rys. 7). Rys. 7 Oprogramowanie ICSD pozwala też na wizualizację wyników (Visualize) (Rys. 8). Ikona wywołująca grafikę dostępna jest po wybraniu struktur (struktury) na liście wyników wyszukiwania. Dostępne tu opcje pozwalają na sprawdzenie danych krystalograficznych (chemicznych) (Crystal Cell Parameters.../Information.../Symmetry...), modelowanie zawartości komórki (Crystal Asymmetric Unit...), zmianę tolerancji tworzenia wiązań między atomami/jonami (Crystal Bonding...), edycję rysunku (zmianę kolorów tła, atomów, wiązań...), rozbudowywanie struktury (Ball-and-Stick Properties Drawing Properties), czy też generowanie teoretycznych dyfraktogramów proszkowych (View New Powder View) (Rys. 9). Klikając na wiązanie czy też atom uzyskamy odpowiednio długość wiązania i nazwę atomu/jonu. Szybki dostęp do najistotniejszych funkcji otrzymamy klikając prawym przyciskiem myszy na aktywny ekran. Możemy wtedy usuwać poszczególne atomy, zmieniać ich właściwości (edytować) bądź też kopiować rysunek do schowka (Copy). Istniej także możliwość utworzenia pliku graficznego o rozszerzeniu emf (Ball-and-Stick Export Metafile). Rys

6 Rys. 9 Program Visualize pozwala na zachowanie zbiorów, z wprowadzonymi zmianami (np. edycyjnymi), o rozszerzeniu programowym vis (File Save As...); istnieje wtedy możliwość powrotu do danej struktury i kontynuowanie edycji czy też analizy związku. Możliwe jest także zapisywanie danych o strukturze w postaci zbioru cif oraz wczytywanie tych zbiorów (File Import Cif.../Export Cif...) Zagadnienia teoretyczne obowiązujące do ćwiczeń Polimorfizm pierwiastków Izostrukturalność Podział krzemianów i ich budowa Opis budowy zoelitów - 6 -

Podobne dokumenty

Część A wprowadzenie do programu Mercury

Część A wprowadzenie do programu Mercury Mercury program graficzny do wizualizacji i analizy geometrii cząsteczek i kryształów. Zbiory wejściowe do tego programu o rozszerzeniu res, cif (mol lub pdb) zawierają