Database resources of the National Center for Biotechnology Information Magdalena Malczyk
NCBI NCBI = National Center for Biotechnology Information Założone w 1998 r. Cel: rozwijanie systemów informatycznych wspierających biologię molekularną
www.ncbi.nlm.nih.gov
ftp.ncbi.nlm.nih.gov
System Entrez - kategorie http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/ Literatura Zdrowie Genomy Białka Analiza sekwencji BLAST Związki chemiczne
System Entrez - bazy
E-Utilities EInfo ESearch EFetch ESummary Elink eutils.ncbi.nlm.nih.gov
Entrez Direkt E-Utilities w linii poleceń UNIXa Użycie potoków Łączenie ze standardowymi poleceniami UNIX www.ncbi.nlm.nih.gov/books/nbk179288/
Literatura PubMed PubMed Commons PubMed Central (PMC) National Library of Medicine Catalog (NLM) Medical Subject Headings (MeSH) NCBI Bookshelf
ClinVar
MedGen
Database of Genotypes and Phenotypes (dbgap)
dbmhc, dblrc, dbrbc DbMHC przeszczep szpiku kostnego DbLRC receptory leukocytów DbRBC antygeny czerownych krwinek
PubMed Health Nie tylko dla profesjonalistów Encyklopedia chorób i ich leczenia Skupienie na efektywności klinicznej Na przykład: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmedhealth/pm HT0025769/
Genomy BioProject metadane na temat projektów badawczych Assembly składanie sekwencji Genome projekty sekwencjonowania genomu RefSeq niereduntantny zbiór sekwencji RefSeq pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów
Genomy PopSet sekwencje pochodzące z badań nad populacjami i filogenetyką Sequence Read Archive (SRA) highthoroughput sequencers Trace Archive dane z elektroforezy Clone database (CloneDb) klony i biblioteki Probe sondy genowe
Genomy BioSample annotacja próbek biologicznych Taxonomy Genome reference consortium (GRC) genom złożonych eukariotów DbSNP polimorfizm pojedynczego nukleotydu DbVar wariancje DNA na większa skalę
Variation Viewer www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view
Genomy Virus variation resource np. West Nile, Ebola Epigenomics
Geny Gene udokumentowane geny, narzędzie gene2xml RefSeqGene dobrze opisane sekwencje, kwerenda refseqgene Conserved CDS database (CCDS) konserwowane sekwencje myszy i ludzi Gene expression omnibus (GEO) highthoroughput sequencing
Geny UniGene zamiana zbioru sekwencji na zbiór klastrów genów HomoloGene automatyczne wykrywanie homologów
Białka RefSeq zawiera także dobrze opisane sekwencje białek GenBank symulowane translacje Molecular modeling database (MMDB) szuka położenia domen w obrębie białka algorytm VAST
Białka Conserved Domain Database (CDD) na podstawie algorytmu PSI-BLAST i znanych już konserwowanych domen Protein Clusters Database zbiory niemal identycznych białek HIV-1/Human Protein Interaction Database
BLAST software
BLAST na chmurze Eksperymentalny Host: Amazon Web Services Ściąga bazy BLAST w razie potrzeby Można dodać własną bazę
Bazy danych BLAST Domyślnie: RefSeq RNA + GenBank Dla białek: niereduntantne translacje z Genbank, sekwencje z RefSeq, UniProt Możliwość rozszerzenia lub zawężenia zasobów
Genomic BLAST Analogiczny do standardowego BLAST MegaBLAST dla niemal identycznych sekwencji Discontigous MegaBlast dla porównywania międzygatunkowego
Primer-BLAST Narzędzie do projektowania PCR Na podstawie programu Primer3 Za pomoca BLAST można wyszukać odpowiednie primery
Inne IgBLAST - Analiza sekwencji domen immunoglobulin COBALT multiple alignment dla białek
Związki chemiczne PubChem właściwości związków w konktekście diagnostyki i terapeutyki Biosystems udział białek w ścieżkach metabolicznych i chorobach
Ostatnie zmiany PubMed labs eksperymentalne projekty z wykorzystaniem społeczeństwa użytkowników Projekt Pathogen Detection patogeny przenoszone droga powietrzną i przez pożywienie Trwa rewizja danych z kategorii Genomy, Geny i Białka MOLE-BLAST
Dalsze informacje NCBI Help Manual NCBI Handbook NCBI Learn NCBI Youtube NCBI News
Źródła Artykuł: "Database Resources fo the National Center for Biotechnology Information" Strona National Center for Biotechnology Information