PROGRAM SZCZEGÓŁOWY WYKŁADÓW

PROGRAM SZCZEGÓŁOWY WYKŁADÓW i ĆWICZEŃ Z PRZEDMIOTU: DIAGNOSTYKA MIKROBIOLOGICZNA DLA STUDENTÓW III ROKU ANALITYKI MEDYCZNEJ, WYDZIAŁ LEKARSKO-BIOTECHNOLOGICZNY I MEDYCYNY LABORATORYJNEJ PUM ROK AKADEMICKI 2018/2019 Semestr 2 (letni) Zalecane podręczniki (najnowsze wydania): Murray P. R., Rosenthal K.S., Pfaller M.A.: Mikrobiologia. red. A.Przondo-Mordarska, G.Martirosian, A. Szkaradkiewicz Heczko P. B., Wróblewska M., Pietrzyk A.: Mikrobiologia lekarska - PZWL. Diagnostyka bakteriologiczna E. Szewczyk Antybiotykoterapia praktyczna D. Dzierżanowska - Zakażenia szpitalne D. Dzierżanowska, J. Jeljaszewicz 2 semestr W1: Ziarniaki (Gram-dodatnie i Gram-ujemne; tlenowe i względnie beztlenowe) W2: Pałeczki(Gram-dodatnie i Gram-ujemne; tlenowe i względnie beztlenowe) W3: Bakterie beztlenowe W 4: Zatrucia i zakażenia układu pokarmowego charakterystyka, diagnostyka mikrobiologiczna, leczenie W5: Zakażenia układu oddechowego i oka - charakterystyka, diagnostyka mikrobiologiczna, leczenie W6 : Zakażenia układu moczowego oraz zakażenia przenoszone drogą płciową- charakterystyka, diagnostyka mikrobiologiczna, leczenie W7: Neuroinfekcje, zakażenia krwi- charakterystyka, diagnostyka mikrobiologiczna, leczenie. Zakażenia szpitalne W8: Prezentacje studentów. T1. Ziarniaki (Gram-dodatnie i Gram-ujemne; tlenowe i względnie beztlenowe) 1)Występowanie, 2) cechy charakterystyczne, 3) czynniki wirulencji, 4) najczęstsze postacie kliniczne zakażeń,5) diagnostyka zakażeń, 6) leczenie zakażeń wywołanych przez ziarniaki Gram (+) dodatnie (Micrococcus, Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus) oraz ziarniaki Gram (-) ujemne (Neisseria, Moraxella). Różnicowanie ziarniaków w obrębie grupy, rodzaju (testy: katalaza, KOH) i gatunku (poniżej) Gronkowce (Staphylococcus spp.): podział ze względu na koagulazę (CPS, CNS; gatunki); różnicowanie Staph. aureus, CNS, Staph. saprophyticus) testy różnicujące gatunki (koagluaza, nowobiocyna). Paciorkowce (Streptococcus spp.): podział: hemoliza (α- hemolizujace, β-hemolizujace, γ- hemolizujące; gatunki); testy różnicujące gatunki (serotypowanie Lancefield grupy serologiczne A (Strep pyogenes), B (Strep. agalactaie), C (Strep. equisimilis), F,G; test z optochiną -Strep. pneumoniae, paciorkowce jamy ustnej), Enterokoki (Enterococcus spp.): różnicowanie (podłoże z eskuliną, tellurynem potasu, test na ruch, krążek z IMP); gatunki (E. faecalis, E. faecium, E, gallinarum, E. casseiflavus). Ziarniaki Gram (-) ujemne różnicowanie N. meningitidis (grupy serologiczne), N. gonorrhoeae, dwoinki nieżytowe, Moraxella catarrhalis. Różnicowanie Neisseria sp.i Moraxella sp. (krążek z glukozą) Gatunki komensalne wśród ziarniaków. Mechanizmy wrodzonej i nabytej oporności na antybiotyki wśród Staphylococcus, Strepococcus, Enterococcus P1a. Część praktyczna Sprawdzian wiedzy z zakresu T1, P1, W1 Omówienie algorytmów identyfikacji wybranych ziarniaków z wykorzystaniem konspektu. Wykonanie testu katalazy różnicującego rodzaje ziarniaków Gram-dodatnich Obserwacja preparatu bezpośredniego z czyraka. Obserwacja wzrostu i morfologii kolonii gronkowców na podłożu zwykłym, agarze z krwią i na podłożu z mannitolem (Chapmana), Wykonanie i odczyt testów różnicujących gatunki gronkowców: clumping factor (CF), koagulaza probówkowa. Odczyt antybiogramów dla gronkowców i obserwacja szczepów PSSA, MSSA MRSA, wypisanie wyniku. Obserwacja wzrostu, morfologii kolonii oraz typu hemolizy paciorkowców na agarze z krwią. Demonstracja zestawu do serotypowania paciorkowców beta -hemolizujących (Streptokit), Wykonanie testów różnicujących gatunki paciorkowców α-hemolizujących: test z optochinę. Demonstracja testu ASO i CAMP. Odczyt antybiogramów dla paciorkowców, obserwacja szczepów PRSP, MLS B, wypisanie wyniku. Obserwacja wzrostu i morfologii kolonii enterokoków na agarze zwykłym, z krwią i D-Coccosel, Odczyt antybiogramów dla enterokoków, obserwacja szczepów HLAR, wypisanie wyniku. Obserwacja preparatów bezpośrednich z dwoinkami zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych. Demonstracja zestawu do określenia grupy serologicznej Neisseria meningitidis Odczyt testu różnicującego Moraxella od Neisseria wykorzystującego krążek z glukozą. Różnicowanie biochemiczne ziarniaków w systemie automatycznym Vitek 2 Comapct Praca w grupach: wstępna identyfikacja i wykonanie antybiogramu dla nieznanego szczepu z wykorzystaniem poznanych technik i dostępnych testów różnicujących. P1b. Część praktyczna Kontynuacja ćwiczenia 8a. Odczyt nastawionych poprzedniego dnia testów różnicujących i antybiogramów. 1

T2. Pałeczki (Gram-ujemne i Gram-dodatnie; tlenowe/ względnie beztlenowe) Klasyfikacja pałeczek Gram-ujemnych: 1) Pałeczki Gram (-) fermentujące glukozę, tlenowe : rodzina Enterobacteriaceae (Escherichia coli - ETEC, EPEC, EIEC, EHEC), Klebsiella, Shigella, Salmonella (serotypy S. typhi (D), S. paratyphi (A, B, C), serotypy: S. Enteritidis, S. Agona, S. Typhimurium, S. Heidelberg; Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Proteus, Morganella, Providencia, Yersinia). 2) Pałeczki Gram (-) fermentujące glukozę, tlenowe oksydazo-dodatnie: Vibrio, Aeromonas, Plesiomonas, Campylobacter, Helicobacter. 3) Pałeczki Gram (-) niefermentujące glukozy, tlenowe: Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumanii, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia 4) Kokopałeczki Gram (-) : Haemophilus, Francisella, Pasteurella, Brucella, Bordetella, Gardnerella,, Legionella Charakterystyka pałeczek Gram (-) ujemnych fermentujacych i niefermentujących glukozy oraz Vibrio cholerae, Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori, Haemophilus influenzae) : 1)występowanie, 2) cechy charakterystyczne, 3) czynniki wirulencji, 4) najczęstsze postacie kliniczne zakażeń,5) diagnostyka zakażeń, 6) leczenie zakażeń Klasyfikacja pałeczek Gram-dodatnich 1)Pałeczki Gram(+) przetrwalnikujące: Bacillus (B. anthracis, B. cereus) 2) Pałeczki Gram(+) nieprzetrwalnikujące: Corynebacterium, Mycobacterium (kwasooporne), Erysipelothrix, Listeria. 3)Rozgałęzione pałeczki promieniowce: Nocardia (częściowo kwasooporne), Streptomyces, Rhodococcus, Actinomadura. Charakterystyka Mycobacterium tuberculosis, MOTT, Corynebacterium diphtheriae, Nocardia asteroides - 1)Występowanie i podział, 2) czynniki wirulencji, 3) klasyfikacja, 4) najczęstsze postacie kliniczne zakażeń, 5) diagnostyka zakażeń, 6) profilaktyka, 7) leczenie zakażeń Diagnostyka gruźlicy: pobieranie materiału, transport, opracowanie: homogenizacja, preparat bezpośredni (Ziehl-Neelsen, fluorescencja z auraminą), hodowla (Loewenstein-Jensen, Middelbrooka), identyfikacja (system Bactec 460, sondy molekularne, test niacynowy), leki przeciwprątkowe, lekooporność. Odporność i epidemiologia w gruźlicy. P2a Część praktyczna Sprawdzian wiedzy z zakresu T2, P2, W2 Wykonanie preparatów z hodowli pałeczek Gram-ujemnych (E. coli, Pseudomonas, Salmonella, Acinetobacter). Ocena wzrostu i morfologii kolonii pałeczek Gram-ujemnych na podłożu agar z krwią, Mc Conkeya, SS, Pyocyanosel, CCDA, CIN chromogennym) Wykonanie testu oksydazy u Pseudomonas aeruginosa i Acinetobacter baumannii. Obserwacja wzrostu i morfologii kolonii Haemophilus na agarze czekoladowym Wykonanie testów różnicujących dla Hemophilus sp. (API NH, krążki identyfikacyjne X i V) Różnicowanie pałeczek Gram-ujemnych na podstawie cech biochemicznych (testy proste oparte o analizę pojedynczych cech, API, Vitek 2) Wykonanie testu ureazowego dla Helicobacter pylori Obserwacja wzrostu i morfologii maczugowców rzekomobłoniczych na agarze z krwią. Wykonanie preparatów barwionych metodą Grama z maczugowców rzekomobłoniczych. Wykonanie preparatów barwionych metodą Grama z hodowli Nocardia na agarze zwykłym Obserwacja preparatów bezpośrednich z materiału klinicznego od pacjenta z gruźlicą metodą fluorescencyjną z auraminą Demonstracja podłoża do hodowli prątków - Loevensteina-Jensena (LJ) Wykrywanie prątków metodą PCR (analiza wyników badań). Praca w parach: wstępna identyfikacja i wykonanie antybiogramu dla nieznanego szczepu z wykorzystaniem poznanych technik i dostępnych testów różnicujących. P2b. Część praktyczna Film: Trąd Odczyt testów biochemicznych wykonanych dla różnych pałeczek Odczyt antybiogramów wykonanych dla pałeczek, wypisanie wyniku. Oznaczanie przeciwciał przeciwko Bordetella pertussis (analiza wyników). Wykonanie preparatów i posiewów z płytki nazębnej, kieszonki dziąsłowej, zmian skórnych na twarzy w kierunku beztlenowców. T3a. Zakażenia odzwierzęce antropozoonozy. Prezentacje własne studentów Czynniki etiologiczne chorób odzwierzęcych: bakterie, wirusy, inne. Choroby wywołane przez pałeczki Gram-ujemne: bruceloza (Brucella abortus, B. melitensis), tularemia (Francisella tularensis), dżuma (Yersinia pestis), jersiniozy (Yersinia enterocolitica i Y. pseudotuberculosis), pastereloza (Pastereuella multocida). Choroby wywołane przez pałeczki Gram-dodatnie nieprzetrwalnikujace: listerioza (Listeria monocytogenes), różyca (Erisipelothrix rhusiopathiae). Choroby wywołane przez bakterie spiralne: leptospirozy (Leptospira interrogans serotypy: L. icterohaemorrhagiae choroba Weila, L grippotyphosa gorączka błotna), borelioza z Lyme (Borrelia burgdorferi), dur powrotny ( Borrelia recurrentis), choroba kociego pazura (Bartonella henselae), goraczka Q (Coxiella burnetii), riketsjozy - dur plamisty (Rickettsia prowazeki) oraz inne gorączki, erlichioza (Ehrlichia), papuzica (Clamydia psittaci). Choroby wywołane przez pałeczki Gram-dodatnie, przetrwalnikujace (laseczki): wąglik (Bacillus anthracis). Schemat prezentacji:1) czynnik etiologiczny choroby i 2) jego czynniki wirulencji, 3) postaci kliniczne zakażenia, 4)specyfika diagnostyki w poszczególnych schorzeniach: 4a) hodowla (preparat bezpośredni, odpowiednie podłoża, identyfikacja, wrażliwość na leki), 4b) badania serologiczne; 5) epidemiologia, 6) profilaktyka. P3a Część praktyczna Ocena z prezentacji Wykrywanie Borrelia burgdorferi metodą IIF, ELISA i Western-blot/Immunoblot. 2

T3b Diagnostyka mikrobiologiczna zakażeń wywołanych przez bakterie beztlenowe Ziarniaki Gram-dodatnie: Peptostreptococcus, Peptoniphilus, Finegoldia, Peptococcus. Ziarniaki Gram-ujemne: Veilonella; Pałeczki Gram-ujemne nieprzetrwalnikujące: Bacteroides, Porphyromonas, Prevotella, Fusobacterium, Leptotrichia; Pałeczki Gram-dodatnie nieprzetrwalnikujące: Actinomyces, Propionibacterium, Eubacterium, Lactobacillus, Bifidobacterium Mobiluncus; pałeczki Gram-dodatnie przetrwalnikujące (laseczki): Clostridium. Występowanie bakterii beztlenowych w mikrobiocie człowieka. Zakażenia wywołane przez beztlenowce: czynniki predysponujące, czynniki warunkujące chorobotwórczość, postacie kliniczne zakażeń beztlenowcami, wskazania do badania w kierunku beztlenowców, rodzaje materiałów. Zasady diagnostyki mikrobiologicznej w kierunku beztlenowców: zasady pobierania materiałów i ich transportu, ocena preparatu bezpośredniego barwionego metodą Grama, posiewy na odpowiednie podłoża w warunkach beztlenowych (agar Schaedlera), ocena tolerancji tlenu (równoległy przesiew na podłoża tlenowe i beztlenowe), identyfikacja biochemiczna, lekowrażliwość beztlenowców (agar Brucella, E-test). Wskazówki informujące mikrobiologa o występowaniu beztlenowców. Charakterystyka zakażeń wywoływanych przez beztlenowe promieniowce Actinomyces israeli (promienica) oraz przez laseczki Clostridium (C. tetani, C. difficile, C. botulinum, C. perfringens i inne) chorobotwórczość, diagnostyka, epidemiologia, leczenie. P3b. Część praktyczna Sprawdzian wiedzy z zakresu T3b,P3b, W3 Film: Podstawowe metody hodowli beztlenowców. Barwienie preparatów bezpośrednich z płytki nazębnej, kieszonki dziąsłowej, zmian skórnych wykonanych na ćwiczeniu P9b. Wykonanie przesiewów w tym testu tolerancji tlenu na agarze krwawym dla wybranych kolonii, wykonanie preparatów oraz identyfikacji biochemicznej z wybranych kolonii (w celu wyizolowania bakterii beztlenowych- konsultacja z asystentem). Obserwacja hodowli z bakteriami beztlenowymi (charakterystyczny zapach). Wykonanie preparatów z hodowli Actinomyces i laseczek Clostridium. Wykonanie preparatów z hodowli Propionibacterium acnes ze zmiany trądzikowej. Różnicowanie biochemiczne nieznanych szczepów bakterii beztlenowych (API, VITEK 2 Compact). Odczyt antybiogramu dla bakterii beztlenowych, wypisanie wyniku. Na ćwiczenie P11a należy pobrać świeży lub maksymalnie 24h kał do pojemnika na kał T4. Diagnostyka mikrobiologiczna zakażeń i układu pokarmowego Mikrobiota przewodu pokarmowego człowieka. Miejscowe mechanizmy obronne w przewodzie pokarmowym. Czynniki etiologiczne, postacie kliniczne, epidemiologia, leczenie zakażeń przewodu pokarmowego i zatruć pokarmowych. Zasady badań mikrobiologicznych w chorobach przewodu pokarmowego: 1) badanie kału i wymazów z odbytu na podłożach wybiórczoróżnicujących, badanie biochemiczne, typowanie serologiczne, typowanie fagowe; 2) posiew krwi, moczu, żółci, kału, odczyny serologiczne (dur i paradury); 3) wykrycie toksyn (Cl.botulinum, Cl. difficile, S aureus); 4) wykrycie antygenu w kale (Rota-, Adeno-, Norovirus ); Profilaktyka zakażeń jelitowych: badanie nosicielstwa Salmonella, Shigella, badanie stopnia zanieczyszczenia wody miano coli. P4a. Część praktyczna Sprawdzian wiedzy z zakresu T4, P4, W4 Analiza własnych przesiewów wykonanych na P10b - równoległa analiza preparatu, odczyt wyniku identyfikacji oraz odczyt kontroli wzrostu na agarze krwawym w warunkach tlenowych. Wykonanie posiewu z własnego kału lub z wymazu z odbytu na podłoża bakteriologiczne (SF, agar krwawy, McConkey, SS, CIN) stosowane w diagnostyce zakażeń przewodu pokarmowego. Wykrycie antygenów rotawirusów i adenowirusów w kale. Obserwacja testu wykrywającego norowirusy. Obserwacja wzrostu Salmonella sp. na podłożu McConkey, SS. Obserwacja wzrostu Yersinia spp na podłożu McConkey,CIN. Obserwacja dodatnich posiewów w kierunku Campylobacter sp. na podłożu CCDA. Wykonanie prostych testów biochemicznych (indol, malonian) dla bakterii laktozo-dodatnich na podłożu McConkeya Serotypowanie E coli w celu wykrycia patotypów. P4b. Część praktyczna Analiza własnych posiewów wykonanych z kału /z wymazu z odbytu na P11a (nastawienie odpowiednich testów w celu identyfikacji bakterii). Ocena wykonanych testów wykonanych na P11a Diagnostyka Clostridium difficile (wykrywanie dehydrogenazy glutaminianowej, wykrycie toksyny A/B oraz szczepu hiperwirulentnego) analiza wyników Diagnostyka Helicobacter pylori (wykrywanie antygenu w kale testem immunochromatograficznym, oznaczanie przeciwciał z klasy IgG przeciwko Helicobacter pylori metodą IIF oraz testem Immunoblot/Westernblot) analiza wyników Ocena stopnia zanieczyszczenia wody (demonstracja). T5. Diagnostyka mikrobiologiczna zakażeń dróg oddechowych i oka Mikrobiota poszczególnych odcinków układu oddechowego. Miejscowe mechanizmy obronne w układzie oddechowym. Czynniki etiologiczne i najczęstsze postaci kliniczne zakażeń górnych (URTI) i dolnych (LRTI) dróg oddechowych. Drobnoustroje wywołujące atypowe zapalenia płuc: Mycoplasma, Chlamydia, Legionella, Coxiella. Pozaszpitalne i szpitalne zakażenia układu oddechowego. Zasady diagnostyki zakażeń układu oddechowego (posiewy, badania serologiczne, wykrycie antygenu) i leczenia zakażeń układu oddechowego. Chorobotwórczość, diagnostyka, epidemiologia zakażeń wywołanych przez Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis. Zakażenia oka zakażenia wirusowe, grzybicze, bakteryjne, postaci kliniczne, zasady diagnostyki i leczenia. 3

P5a część praktyczna Sprawdzian wiedzy z zakresu T5, P5, W5 Wykonanie preparatów bezpośrednich i posiewów z materiałów pochodzących z górnych dróg oddechowych. Analiza porównawcza preparatów bezpośrednich z plwociny i śliny Analiza posiewów z różnych materiałów klinicznych pochodzących z dróg oddechowych - obserwacja wzrostu dla Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa. Przypomnienie zasad różnicowania w/w drobnoustrojów. Różnicowanie gatunków H influenzae (krążki X, V, XV) oraz Moraxella catarrhalis. Wykrycie antygenów Legionella pneumophila, Streptococcus pneumoniae w moczu testem immunochromatograficznym demonstracja wyniku dodatniego i ujemnego. Wykrycie antygenu Streptococcus pyogenes w wymazie z gardła testem immunochromatograficznym demonstracja wyniku dodatniego i ujemnego, zalety i wady z szybkiego wykrycia w materiale badanym Oznaczanie mrna RSV metodą RT-PCR w materiale klinicznym (BAL, surowica) analiza wyników. P5b. Część praktyczna Odczyt posiewów wykonanych na P12a.Wstępna identyfikacja drobnoustrojów z wykorzystaniem poznanych technik i dostępnych testów różnicujących. Interpretacja różnorodnych wyników badań mikrobiologicznych z materiałów pochodzących z dróg oddechowych próba różnicowania miedzy kolonizacją a zakażeniem. Odczyt antybiogramów wykonanych dla bakterii izolowanych z dróg oddechowych, wypisanie wyniku z uwzględnieniem mechanizmów oporności. Wykrywanie przeciwciał przeciwko Chlamydia pneumoniae i Mycoplasma pneumoniae analiza wyników. Na ćwiczenie P13a należy pobrać poranny mocz do jałowego pojemnika na mocz T6a. Diagnostyka mikrobiologiczna zakażeń układu moczowo-płciowego Mikrobiota poszczególnych odcinków układu moczowo-płciowego. Czynniki sprzyjające zakażeniom dróg moczowo-płciowych, postacie kliniczne, czynniki etiologiczne. Zasady mikrobiologicznej diagnostyki zakażeń układu moczowo-płciowego zasady i sposoby pobierania moczu, posiew ilościowy, antybiogram. Biocenoza pochwy, stopnie czystości pochwy. Najczęściej występujące stany zapalne sromu/pochwy: drożdżyca, rzęsistkowica, bakteryjna waginoza, chlamydioza (Chlamydia trachomatis), opryszczka (Herpes simplex typ 2). Zasady diagnostyki i leczenia. Zakażenia wewnątrzpłodowe i okołoporodowe (Toxoplasma gondii, Rubella virus, CMV, HSV - TORCH; Treponema pallidum, Streptococcus agalactiae). P6a. Część praktyczna Sprawdzian wiedzy z zakresu T6a, P6a, W6 Wykonanie posiewu moczu ezą kalibrowaną. Analiza jakościowych i ilościowych posiewów moczu. Odczyt antybiogramów wykonanych dla bakterii izolowanych z dróg moczowych, wypisanie i interpretacja wyniku. Zastosowanie podłoży chromogennych w diagnostyce zakażeń dróg moczowych (podłoże CPS); Przesiewowe wykrywanie S. agalactiae (podłoże Granada) w wymazie z pochwy i odbytu. Ocena mikroskopowa biocenozy pochwy. Obserwacja posiewów z wymazu z pochwy. Oberwacja wzrostu Lactobacillus, Gardnerella vaginalis, Streptococcus agalactiae na odpowiednich podłożach Wykrywanie obecności Streptococcus agalactiae metodą Real-Time PCR w wymazach omówienie testu. Oznaczanie DNA Chlamydia trachomatis w wymazach z szyjki macicy, pochwy, BAL-u noworodka analiza wyników. T6b. Diagnostyka mikrobiologiczna zakażeń przenoszonych drogą płciową (STI) Czynniki etiologiczne aktualnie związane z chorobami przenoszonymi drogą płciową (STI): 1) wirusowe: HSV, HPV, MCV (wywołują lokalne zmiany w obrębie i okolicy narządów rodnych); HIV, HBV, HDV, HCV, HTLV HHV8 (komórka docelowa poza układem płciowym). 2) bakteryjne: Treponema pallidum, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Haemophilus ducreyi, Gardnerella vaginalis; 3) inne: Trichomonas vaginalis Kiła morfologia i fizjologia krętka bladego (Treponema pallidum), diagnostyka kiły w zależności od okresu choroby (preparat bezpośredni ze zmian), odczyny serologiczne klasyczne (VDRL, RPR) i nowoczesne (FTA, FTA-ABS, immobilizacyjny), profilaktyka kiły. Rzeżączka morfologia i fizjologia dwoinek rzeżączki (Neisseria gonorrhoeae), diagnostyka ostrej i przewlekłej rzeżączki (preparat bezpośredni, hodowla, identyfikacja), zakażenia poza kontaktem płciowym. Nierzeżączkowe zapalenie cewki moczowej (NGU) chlamydie, mykoplazmy, diagnostyka. Leczenie STI. P6b. Część praktyczna Sprawdzian wiedzy z zakresu T6b, P6b, W6 Filmy: 1) Rzeżączka. 2) Kiła wczesna objawowa. 3) HPV. Obserwacja preparatów bezpośrednich barwionym z zakażenia dwoinkami rzeżączki. Obserwacja wzrostu i morfologii dwoinek rzeżączki, wykonanie testu na wytwarzanie oksydazy. Obserwacja w mikroskopie fluorescencyjnym odczynu FTA-ABS. Demonstracja zestawu do diagnostyki Ureaplasma. Oznaczanie genotypu wirusa HPV metodą hybrydyzacji in situ w bezpośrednio w materiale klinicznym (wymazy z kanału szyjki macicy, zeskrobiny ze zmian chorobowych) analiza wyników badań, omówienie testu. 4

T7a. Diagnostyka neuroinfekcji, zakażeń krwi, wsierdzia, skóry, kości i stawów Czynniki predysponujące do zakażeń CUN, drogi zakażenia. Zasady pobierania płynu mózgowo-rdzeniowego do badania mikrobiologicznego. Czynniki etiologiczne zapaleń opon mózgowo-rdzeniowych i mózgu: 1) bakteryjne ropne (Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus, Streptococcus agalactiae, pałeczki Gram-ujemne); 2) bakteryjne nieropne (Mycobacterium tuberculosis, Listeria monocytogenes, Borrelia burgdorferi, Treponema pallidum); 3) grzybicze(cryptococcus neoformans, Candida); 4) wirusowe (limfocytarne) (wirusy neurotropowe enterowirusy: Polio, Coxackie, Echo, arbowirusy, wścieklizny; wirusy nieneurotropowe, mogące dać powikłania mózgowe odry, świnki, różyczki, herpes, adenowirusy, schorzenia latentne CUN). Diagnostyka zakażeń CUN: badanie płynu mózgowo-rdzeniowego (preparaty bezpośrednie, hodowla, wykazanie swoistych antygenów), posiewy innych materiałów, badania serologiczne. Sepsa, bakteriemia, zapalenie wsierdzia czynniki etiologiczne, diagnostyka bakteriologiczna: zasady pobierania krwi na posiew (czas, objętość, podłoża, liczba próbek itp.), metody hodowli krwi, ocena posiewów, interpretacja wyniku posiewu krwi. Zapalenia skóry, stawów, kości, szpiku czynniki etiologiczne, diagnostyka punktatów. Ogólne zasady chemioterapii zakażeń CUN i zakażeń krwi. P7a Część praktyczna Sprawdzian wiedzy z zakresu T7a, P7a, W7 Demonstracja zestawów i podłoży do pobierania płynu mózgowo-rdzeniowego i krwi. Obserwacja mikroskopowa preparatów z zakażeń PMR i zakażeń krwi. Obserwacja wzrostu i morfologii najczęstszych patogenów CUN i krwi oraz omówienie ich sposobów identyfikacji Opracowanie dodatniej hodowli krwi monitorowanej w systemie automatycznym BacTAlert. Demonstracja zestawu do szybkiego wykrywania antygenów H. influenzae, E. coli K1, S.agalactiae, N. meningitidis, Cryptococcus Odczyt antybiogramów wykonanych dla bakterii izolowanych z PMR lub krwi, wypisanie wyniku z uwzględnieniem mechanizmów oporności. Wykonanie posiewu cewnika metodą Maki (posiew ilościowy, interpretacja). T7b. Zakażenia szpitalne Zakażenie zakładowe/szpitalne definicja, źródła i drogi szerzenia, kliniczne postacie zakażeń zakładowych, czynniki etiologiczne bakteryjne, wirusowe, grzybicze. Różnicowanie między nosicielstwem kolonizacją, zakażeniem. Charakterystyka drobnoustrojów szpitalnych - zmienność, oporność na antybiotyki. Zakażenia u chorych z niedoborami odporności (transplantacja, choroby nowotworowe, AIDS, dializa, inne) Nadzór, kontrola, zapobieganie zakażeniom szpitalnym rejestracja bierna, czynna. Podstawowe zasady chemioterapii zakażeń szpitalnych. Postępowanie poekspozycyjne u osób narażonych zawodowo na czynniki zakaźne. Akty prawne dotyczące zakażeń szpitalnych. P7b. Część praktyczna Sprawdzian wiedzy z zakresu T7b, P7b, W7 Film: Zakażenia szpitalne. Odczyt posiewu metodą Maki wykonanego na ćwiczeniu P14a Odczyt antybiogramów wykonanych dla drobnoustrojów izolowanych z zakażeń szpitalnych z uwzględnieniem mechanizmów oporności. Dochodzenie epidemiologiczne w zakażeniach szpitalnych: typowanie genotypowe szczepów szpitalnych w ognisku zakażenia- analiza wyników wykonanych techniką PFGE. Zasady współpracy pracowni mikrobiologicznej z odbiorcą wyniku (lekarzem). P8. Odrabianie zajęć Należy przynieść protokół odpowiadający odrabianemu ćwiczeniu. Zaliczenie praktyczne ćwiczeń tylko po wcześniejszym zaliczeniu teoretycznym Zaliczenie praktyczne z asystentem prowadzącym ćwiczenia praktyczne 5