ANALIZA DANYCH 1. Wykład wstępny 2. Charakterystyka danych 3. Analiza wstępna genomiczna charakterystyka cech 4. Prezentacje grup roboczych analiza wstępna 5. Prezentacje grup roboczych analiza wstępna 6. Metodyka Genome-wide Association Studies 7. Opis programu preznaczonego do ostatecznej analizy 8. Przegląd literatury GWAS dla analizowanych cech 9. Przegląd literatury GWAS dla analizowanych cech 10. Przegląd literatury GWAS dla analizowanych cech 11. Przegląd literatury GWAS dla analizowanych cech 12. Przegląd literatury GWAS dla analizowanych cech 14. Prezentacje grup roboczych ostateczna analiza 15. Prezentacje grup roboczych ostateczna analiza
WSTĘP 1. KEGG 2. GO 3. Klastry
KEGG
KEGG http://www.kegg.jp/
KEGG KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Cel opis funkcji systemów biologicznych biologiczna interpretacja danych molekularnych Połączenie informacji: genomicznych (dla gatunków o znanej sekwencji całego genomu) chemicznych ogólnoustrojowych danych metabolicznych Kanehisa Laboratories Japonia 1995 16 powiązanych ze sobą baz danych Copyright 2017 Joanna Szyda
KEGG komponenty 16 baz danych
KEGG komponenty stan na 28.11.2018 Copyright 2018, Joanna Szyda
KEGG pathway KEGG pathway Wizualizacja interakcji molekularnych i sieci reakcji metabolicznych Utworzone na podstawie informacji z publikacji naukowych
KEGG pathway Rodzaje ścieżek Metabolizm np. metabolizm lipidów Przetwarzanie informacji genetycznej np. transkrypcja Przetwarzanie informacji ze środowiska np. szlaki sygnałowe Procesy na poziomie komórki np. transport i katabolizm Procesy na poziomie organizmu np. układ immunologiczny Procesy chorobotwórcze np. choroby neurodegeneracyjne Projektowanie leków np. leki przeciwzapalne
KEGG pathway Sphingolipid metabolism - Homo sapiens (hsa00600) produkt genu cząsteczka zależność inna ścieżka
KEGG literatura http://nar.oxfordjournals.org/content/40/d1/d109.full
KEGG Enrichment Analysis
KEGG przykładowa ścieżka analizy bioinformatycznej 1. QTL data base (www.animalgenome.org/cgi-bin/qtldb) wybór regionów genomu odpowiedzialnych za analizowaną cechę
KEGG przykładowa ścieżka analizy bioinformatycznej 2. Variant Effect Predictor (www.ensembl.org/bos_taurus/tools/vep) adnotacja genomowa regionów
KEGG przykładowa ścieżka analizy bioinformatycznej 3. Kobas (kobas.cbi.pku.edu.cn/) identyfikacja ścieżek KEGG, test
KEGG testowanie hipotez H 0 : ścieżka KEGG nie jest częściej(rzadziej) reprezentowana wśród genów odpowiedzialnych za daną cechę H 1 : ścieżka jest częściej(rzadziej) reprezentowana wśród genów odpowiedzialnych za daną cechę H 0 : p b =p g H 1 : p b p g a max =0.01 Binomial test: Z = p b p g σ pb ~N 0,1
GO
GO http://http://geneontology.org/
GO GO Gene Ontology Baza danych MySQL 1998 Usystematyzowane ontologie kategoryzują produkty genów w zakresie procesów biologicznych komponentów komórki funkcji molekularnych Hierarchia ontologii Różne gatunki
GO
GO stan na 27.11.2018 Copyright 2018, Joanna Szyda
GO Proces biologiczny Komponent komórki Funkcja molekularna seria zdarzeń realizowanych przez jeden lub więcej połączonych funkcji molekularnych np. signal transduction, pyrimidine metabolic process komponent komórki np. snucleus, ribosome czynności występujące na poziomie molekularnym np. catalytic activity, binding activity
GO Proces biologiczny Komponent komórki Funkcja molekularna Growth Chromosomal part Binding Bone growth Chromatin ATP binding Endochondral bone growth Euchromatin MutS complex Growth plate cartilage Nuclear developement euchromatin
GO literatura http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2016/11/29/nar. gkw1108.long
GO Enrichment Analysis
GO Enrichment Analysis http://geneontology.org/page/go-enrichment-analysis
GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Proces biologiczny
GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Funkcja molekularna
GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Komponent komórkowy
GO i KEGG Klastrowanie
GO Enrichment Analysis https://david-d.ncifcrf.gov/tools.jsp
GO Enrichment Analysis Clustering for GO terms
GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Proces biologiczny
GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Funkcja molekularna
GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Komponent komórkowy
1. KEGG 2. GO 3. Klastry