Autoreferat rozprawy doktorskiej pt.: ROZSZERZENIE BANKU ASFERYCZNYCH PSEUDOATOMÓW W KIERUNKU
|
|
- Kinga Rutkowska
- 7 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Warszawa, Katarzyna Jarzembska Pracownia Krystalochemii Wydział Chemii Uniwersytet Warszawski Autoreferat rozprawy doktorskiej pt.: ROZSZERZENIE BANKU ASFERYCZNYCH PSEUDOATOMÓW W KIERUNKU KWASÓW NUKLEINOWYCH I JEGO ZASTOSOWANIE W BADANIACH STRUKTURY, ENERGII I ROZKŁADU GĘSTOŚCI ELEKTRONOWEJ CZĄSTECZEK. ( EXTENSION OF THE ASPHERICAL PSEUDOATOM DATABANK TOWARDS NUCLEIC ACIDS AND ITS APPLICATION IN STRUCTURAL, CHARGE DENSITY, AND ENERGY STUDIES. ) Promotor pomocniczy: Dr Paulina M. Dominiak Promotor: Prof. dr hab. Krzysztof Woźniak Mój projekt doktorski składa się z dwóch wyraźnie zarysowanych części. Pierwsza z nich obejmuje modyfikację i rozszerzenie banku asferycznych pseudoatomów UBDB (University at Buffalo Databank) wraz ze sprzężonym programem LSDB, a także testy stosowalności opracowywanej metody do szacowania właściwości elektrostatycznych molekuł. Druga część mojej pracy opiera się na użyciu nowej wersji banku w trzech różnych celach: (1) w celu rekonstrukcji rozkładu gęstości elektronowej makromolekuł, (2) jako źródła asferycznych atomowych czynników rozpraszania, a w końcu, (3) w celu przygotowania wstępnego modelu multipolowego w eksperymentalnych badaniach gęstości elektronowej. Zastosowanie banku UBDB jest tu punktem wyjścia do dalszych, szeroko zakrojonych rozważań z obszarów biochemii i inżynierii krystalicznej. Poglądowy plan mojej pracy doktorskiej przedstawiony jest na poniższym schemacie. Schemat 1. Ilustracja przebiegu projektu doktorskiego.
2 W wyniku realizacji projektu przygotowałam nową wersję banku UBDB, rozszerzoną o atomy występujące w kwasach nukleinowych, DNA i RNA, a także innych ważnych biologicznie molekułach. Zmodyfikowałam również istniejące definicje atomowe. Nowy bank UBDB2011 zawiera obecnie ponad 200 różnych typów atomowych wymodelowanych na podstawie ponad 600 cząsteczek organicznych. Dodatkowo, równolegle do pracy nad bankiem, aktualizowałam i poprawiałam program LSDB odpowiedzialny za przypisywanie atomom lokalnych układów współrzędnych i nakładanie parametrów multipolowych przechowywanych w banku na wybraną molekułę o zadanej geometrii. Do bieżącej wersji kodu włączone są również zaktualizowane średnie neutronowe długości wiązań z wodorem, X H (X atom niewodorowy), zgodnie z najnowszą publikacją Allen et al Oczywiście program jest w pełni kompatybilny z istniejącą wersją banku. Nowa wersja LSDB, oprócz plików wejściowych do pakietu XD, automatycznie produkuje także pliki w formacie coraz powszechniej używanego pakietu MOPRO. Mając rozszerzoną wersję banku, UBDB2011, przeprowadziłam testy jego stosowalności do szacowania właściwości elektrostatycznych cząsteczek. Weryfikację przeprowadziłam na podstawie analizy elektrostatycznej energii oddziaływania zestawu kompleksów zawierających zasady azotowe lub reszty aminokwasowe. Okazało się, że metoda UBDB+EPMM (EPMM, ang. Exact Potential Multipole Method) w sposób satysfakcjonujący odzwierciedla wartości energii badanych układów w odniesieniu do obliczeń teoretycznych (ab initio i DFT). Korelacja między metodami była wysoka (R 2 > 0.9, RMSD = 3.7 kcal mol 1 ), natomiast zmienność energii zachowana. Ważną cechą metody bazującej na banku jest również uwzględnianie kierunkowości oddziaływań, co jest niezwykle ważne, a zaniedbywane przez metody oparte na ładunkach punktowych. Podejście UBDB+EPMM ma jednak kilka ograniczeń. Parametry przechowywane w banku nie odwzorowują efektów pola krystalicznego czy zmienności konformacyjnej molekuł. Dodatkowym ograniczeniem banku jest adekwatność definicji typów atomowych oraz metodologia zastosowana do obliczania parametrów gęstościowych (użyta baza funkcyjna, metoda DFT, obcięcie transformaty Fouriera, ograniczenia formalizmu Hansena-Coppensa itd.). W konsekwencji dokładność metody UBDB+EPMM wynosi około 5 kcal mol 1. Ponadto bank UBDB2011 nie nadaje się do opisu niestandardowych molekuł, czy układów zawierających szereg sprzężonych wiązań podwójnych, co pokazałam na przykładzie cząsteczki amfoterycyny B. Przygotowany i przetestowany bank pseudoatomów otworzył mi drogę do drugiej części doktoratu. Jak już wspomniałam we wstępie, w tej części mojej pracy można wyodrębnić trzy oddzielne analizy. Pierwsza z nich jest poświęcona badaniu elektrostatyki oddziaływań w kompleksach neuraminidazy wirusa grypy z inhibitorami z wykorzystaniem UBDB2011, ze szczególnym uwzględnieniem udziału cząsteczek wody. W kolejnej zajęłam się tematyką serii pochodnych uracylu. Tu bank służył, jako źródło asferycznych czynników rozpraszania atomowego i został użyty w stosunkowo nowym typie udokładnienia struktury tzw. udokładnieniu TAAM (ang. Transferable Aspherical Atom Model). Ostatnie badanie polegało zaś na zastosowaniu banku do przygotowania startowego modelu gęstości elektronowej. Tu zajęłam się dwoma
3 układami, dla których uzyskałam dane wysokorozdzielcze, tj. 6-metylo-2-tiouracylem i ko-kryształem komplementarnej pary zasad DNA 1-metylotyminy z 9-metyloadeniną. Badania układu neuraminidaza-inhibitor pokazały potencjał banku w analizie kompleksów biochemicznych oraz aktywności leków. Dzięki użyciu metody UBDB+EPMM możliwe było oszacowanie wkładów do całkowitej elektrostatycznej energii oddziaływania pochodzących od pojedynczych grup funkcyjnych ligandu, czy też poszczególnych aminokwasów części białkowej. W ten sposób łatwo jest zidentyfikować miejsce aktywne, czy kluczowe grupy funkcyjne limitujące, bądź wspomagające wiązanie inhibitora. Moim zadaniem było zbadanie wpływu cząsteczek wody na trwałość układu neuraminidaza-inhibitor. Udało mi się ustalić poglądowy udział rozpuszczalnika w stabilizacji kompleksu. To przyczyniło się po części do wytłumaczenia różnic w aktywności inhibicyjnej wybranych ligandów, która w niektórych przypadkach nie korelowała bezpośrednio z elektrostatyczną energią wiązania samego ligandu z białkiem. Takie badania mają większe znaczenie dla układów naładowanych, gdzie elektrostatyka przeważa w zdecydowany sposób nad innymi rodzajami oddziaływań. Takim właśnie układem był badany kompleks. Analiza serii 10 pochodnych uracylowych (uracylu, 1-metylouracylu, 1,5-dimetylouracylu, 2-tiouracylu, 4-tiouracylu, 2,4-ditiouracylu, 1-metylo-4-tiouracylu, 2-tio-5-metylouracylu, 2-tio-6-metylouracylu, 5-fluorouracylu) pokazała zaś wyższość udokładnienia typu TAAM nad standardowym udokładnieniem struktury w sferycznym modelu niezależnych atomów IAM (ang. Independent Atom Model). Badania energetyczne i geometryczne wykazały, że uzyskane przeze mnie geometrie cząsteczek z wykorzystaniem banku są bardzo zbliżone zarówno do tych uzyskanych z badań gęstościowych czy neutronowych, jak również do struktur periodycznie zoptymalizowanych w pakiecie CRYSTAL. Również w przypadku energii kohezji, czy oddziaływania motywów strukturalnych, trendy są zgodne z danymi teoretycznymi, podczas gdy wyniki dla struktur uzyskanych w metodzie IAM silnie od nich odbiegają. Moja analiza zaowocowała siedmioma dobrej jakości strukturami badanych układów, w tym jednej zupełnie nowej dla 4-tiouracylu. Wszystkie związki, poza 2,4-ditiouracylem, tworzą warstwy molekularne utrzymywane przez wiązania wodorowe i wzajemnie oddziaływujące za pomocą kontaktów π-elektronowych i z przewagą oddziaływań dyspersyjnych. Różnica energii kohezji między najstabilniejszym termodynamicznie 5-fluorouracylem a najmniej korzystną siecią krystaliczną 1-metylo-4-tiouracylu wynosi około 40 kj mol -1. Analiza energii motywów strukturalnych badanych związków pokazała wpływ grupy metylowej na stabilizację oddziaływań międzypłaszczyznowych oraz podstawnika siarkowego w pozycji 4 na jakość struktury. Również te dwa czynniki istotnie wpływają na wartości indeksów aromatyczności, NICS i HOMA, które jednak nie są wzajemnie zgodne. Wielkość energii deformacji molekuły przy przeniesieniu jej z próżni do sieci krystalicznej zależy natomiast od siły i liczby oddziaływań, w które zaangażowana jest dana cząsteczka. Dodatkowo analizowanym problemem okazał się szczególny motyw tworzony przez cząsteczki w strukturze 5-fluorouracylu. Tu atomy fluoru grupują się po cztery w tetramerycznym motywie. Na podstawie banku została odtworzona gęstość
4 deformacyjna wskazująca na potencjalny udział stabilizujących kontaktów F F typu lump to hole. Ostatnim tematem poruszanym w mojej pracy doktorskiej jest analiza rozkładu gęstości w kryształach zasad azotowych. Badania 6-metylo-2-tiouracylu pokazały, że bank UBDB może być wykorzystany nie tylko, jako startowy model gęstości elektronowej, ale może również być pomocny w przypadku analizy nieporządku w sieci. W moim badaniu UBDB2011 posłużył do wymodelowania problematycznego atomu siarki, oraz przyczynił się do wysnucia hipotezy o obecności okso-tiolowej formy tautomerycznej w badanej strukturze, tłumaczącej systematyczny błąd rejestrowany podczas analizy danych gęstościowych i zagadkowe piki resztowe wokół siarki. Badanie pokazało również, jak ostrożnym należy być przy interpretacji danych i dobieraniu modelu. Przypadek 6-metylo-2-tiouracylu i regularne kryształy, które tworzy, umożliwił znalezienie zależności między strukturą wewnętrzną kryształu a jego cechami makroskopowymi. Badanie pokazało także zgodność energii oddziaływań wodorowych uzyskanych na podstawie analizy topologicznej danych gęstościowych z tymi uzyskanymi z obliczeń teoretycznych. Podobną analizę przeprowadziłam dla ko-kryształu 9-metyloadeniny z 1-metylotyminą. Para zasad w krysztale występuje w nietypowym dla struktur kwasów nukleinowych kontakcie typu Hoogsteen-Watson-Crick (HW). Okazuje się, że pochodne adeniny wiążąc się w krysztale z modyfikacjami uracyli wykazują tendencję do tworzenia preferencyjnie właśnie tego motywu, podczas gdy nawet w cząsteczce RNA, o wiele bardziej labilnej niż DNA, tylko niewielki procent par zasad typu A:U występuje w takiej konfiguracji. Jednakże z obliczeń energetycznych wynika, że orientacja zasad typu HW jest nieznacznie stabilniejsza niż standardowe ustawienie typu Watsona-Cricka. Ponadto charakterystyka topologiczna rozkładu gęstości elektronowej układu jest zgodna z wynikami uzyskanymi dla analogicznych związków, np. 1-metylotymina tylko nieznacznie różni się od 6-metylouracylu przy porównaniu wspólnych fragmentów molekularnych. Podobnie, jak w 6-metylo-2-tiouracylu, również i w przypadku ko-kryształu energia wiązań wodorowych jest dobrze estymowana na podstawie parametrów topologicznych. Co więcej, model uzyskany bezpośrednio z banku, mimo że w detalach różny od eksperymentalnego rozkładu gęstości uzyskanego dla ko-kryształu, odzwierciedla satysfakcjonująco wielkość tych oddziaływań. Podsumowując, moja praca doktorska dostarczyła pełniejszej wersji narzędzi do opisu gęstości elektronowej cząsteczek, które z powodzeniem mogą być wykorzystywane zarówno do badania elektrostatyki układów makromolekularnych, jak i do poprawiania geometrii udokładnianych struktur czy w analizie gęstości elektronowej. Ponadto przeprowadzone badania uwypuklają zależności między geometrią układów, motywami strukturalnymi, energetyką sieci a morfologią. Większość wyników została już opublikowana w liczących się czasopismach (w sumie do tej pory jestem współautorką 11 publikacji), a ostatnie manuskrypty są w przygotowaniu. Kierunkami rozwoju wskazanymi przez wyniki moich badań może być analiza kompleksów makromolekularnych ważnych biologicznie, rozpowszechnianie użycia banku w udokładnieniu strukturalnym i jego dalszy rozwój
5 lub też poszukiwanie lepszych modeli gęstości elektronowej w celu wyeliminowania przytoczonych wcześniej ograniczeń metody. Dodatkowo, ciekawą byłaby szersza analiza energetyczna, geometryczna i środowiskowa różnych połączeń zasad azotowych, a także ich oddziaływań z wodą, jonami metali i resztami cukrowymi. Przyczyniłoby się to do lepszego zrozumienia mechanizmów powstawania konkretnych kontaktów międzycząsteczkowych, także tych ważnych farmaceutycznie.
Hybrydowe materiały organiczno-nieorganiczne: od struktury do wyznaczania eksperymentalnych rozkładów gęstości elektronowej i ich analizy.
Radosław Kamiński Hybrydowe materiały organiczno-nieorganiczne: od struktury do wyznaczania eksperymentalnych rozkładów gęstości elektronowej i ich analizy. Moja rozprawa doktorska składa się z czterech
Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State
Maura Malińska Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski Promotorzy: prof. dr hab. Krzysztof Woźniak, prof. dr hab. Andrzej Kutner Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the
Wydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, Wrocław. Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, r.
Wydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, 50-370 Wrocław Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, 18.01.2016 r. Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Pauliny Klimentowskiej pt. Krystalochemia wybranych
Zastosowanie banku asferycznych pseudoatomów w badaniach oddziaływań elektrostatycznych palców cynkowych z DNA
Prof. dr hab. Sławomir Filipek, Wydział Chemii, Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych, Uniwersytet Warszawski, ul. Pasteura 1, 02-093 Warszawa Tel. 22-55-26405, E-mail: sfilipek@chem.uw.edu.pl Warszawa,
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
EWA PIĘTA. Streszczenie pracy doktorskiej
EWA PIĘTA Spektroskopowa analiza struktur molekularnych i procesu adsorpcji fosfinowych pochodnych pirydyny, potencjalnych inhibitorów aminopeptydazy N Streszczenie pracy doktorskiej wykonanej na Wydziale
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład VI Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
WIĄZANIA. Co sprawia, że ciała stałe istnieją i są stabilne? PRZYCIĄGANIE ODPYCHANIE
WIĄZANIA Co sprawia, że ciała stałe istnieją i są stabilne? PRZYCIĄGANIE ODPYCHANIE Przyciąganie Wynika z elektrostatycznego oddziaływania między elektronami a dodatnimi jądrami atomowymi. Może to być
Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin
Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin 1. Zapisz konfigurację elektronową dla atomu helu (dwa elektrony) i wyjaśnij, dlaczego cząsteczka wodoru jest stabilna, a cząsteczka
Paulina Maria Dominiak
2014, 68, 5-6 ZNACZENIE I PRZYKŁADY ZASTOSOWANIA BANKÓW PSEUDOATOMÓW ASFERYCZNYCH W KRYSTALOGRAFII MAŁYCH CZĄSTECZEK I ICH POTENCJALNE WYKORZYSTANIE W KRYSTALOGRAFII MAKROMOLEKUŁ THE IMPORTANCE AND EXAMPLES
Ligand to cząsteczka albo jon, który związany jest z jonem albo atomem centralnym.
138 Poznanie struktury cząsteczek jest niezwykle ważnym przedsięwzięciem w chemii, ponieważ pozwala nam zrozumieć zachowanie się materii, ale także daje podstawy do praktycznego wykorzystania zdobytej
Modelowanie molekularne
Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii
Model wiązania kowalencyjnego cząsteczka H 2
Model wiązania kowalencyjnego cząsteczka H 2 + Współrzędne elektronu i protonów Orbitale wiążący i antywiążący otrzymane jako kombinacje orbitali atomowych Orbital wiążący duża gęstość ładunku między jądrami
Właściwości chemiczne nukleozydów pirymidynowych i purynowych
Właściwości chemiczne nukleozydów pirymidynowych i purynowych Właściwości nukleozydów są ściśle powiązane z elementami strukturalnymi ich budowy. Zasada azotowa obecna w nukleozydach może być poddawana
Dotyczy to zarówno istniejących już związków, jak i związków, których jeszcze dotąd nie otrzymano.
Chemia teoretyczna to dział chemii zaliczany do chemii fizycznej, zajmujący się zagadnieniami związanymi z wiedzą chemiczną od strony teoretycznej, tj. bez wykonywania eksperymentów na stole laboratoryjnym.
Cz. I Materiał powtórzeniowy do sprawdzianu dla klas II LO - Wiązania chemiczne + przykładowe zadania i proponowane rozwiązania
Cz. I Materiał powtórzeniowy do sprawdzianu dla klas II LO - Wiązania chemiczne + przykładowe zadania i proponowane rozwiązania I. Elektroujemność pierwiastków i elektronowa teoria wiązań Lewisa-Kossela
Rzędy wiązań chemicznych
Seminarium Magisterskie Rzędy wiązań chemicznych w ujęciu Teorii Komunikacji Opracowanie Dariusz Szczepanik Promotor Dr hab. Janusz Mrozek Rzędy wiązań chemicznych w ujęciu Teorii Komunikacji Plan prezentacji
RECENZJA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ. zatytułowanej
Wydział Farmaceutyczny Uniwersytet Medyczny w Łodzi Prof. dr hab. n. farm. Elżbieta Budzisz (elzbieta.budzisz@umed.lodz.pl) Łódź, dn. 02.11.2016 r. RECENZJA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ zatytułowanej Synteza,
Recenzja pracy doktorskiej mgr Tomasza Świsłockiego pt. Wpływ oddziaływań dipolowych na własności spinorowego kondensatu rubidowego
Prof. dr hab. Jan Mostowski Instytut Fizyki PAN Warszawa Warszawa, 15 listopada 2010 r. Recenzja pracy doktorskiej mgr Tomasza Świsłockiego pt. Wpływ oddziaływań dipolowych na własności spinorowego kondensatu
Charakterystyka struktury kryształu na podstawie pliku CIF (Crystallographic Information File)
INSTRUKCJA DO ĆWICZEŃ Charakterystyka struktury kryształu na podstawie pliku CIF (Crystallographic Information File) I. Cel ćwiczenia Głównym celem ćwiczenia jest przeprowadzenie pełnej charakterystyki
POLITECHNIKA WARSZAWSKA
POLITECHNIKA WARSZAWSKA WYDZIAŁ CHEMICZNY Prof. dr hab. inż. Andrzej Sporzyński Noakowskiego 3, 00-664 Warszawa tel.: 22 234 5737 fax: 22 6282741 e-mail: spor@ch.pw.edu.pl Warszawa, 9.04.2016 RECENZJA
Oznaczenia konfiguracji absolutnej związków konformacyjnie labilnych
Uniwersytet im. Adama Mickiewicza Wydział Chemii Zakład Stereochemii Organicznej Grunwaldzka 6, 60 780 Poznań Poznań, 20 lutego 2012 r. Dr Marcin Kwit Autoreferat Oznaczenia konfiguracji absolutnej związków
Różne typy wiązań mają ta sama przyczynę: energia powstającej stabilnej cząsteczki jest mniejsza niż sumaryczna energia tworzących ją, oddalonych
Wiązania atomowe Atomy wieloelektronowe, obsadzanie stanów elektronowych, układ poziomów energii. Przykładowe konfiguracje elektronów, gazy szlachetne, litowce, chlorowce, układ okresowy pierwiastków,
Wyznaczanie struktury krystalicznej i molekularnej wybranego związku koordynacyjnego w oparciu o rentgenowską analizę strukturalną
INSTRUKCJA DO ĆWICZEŃ Wyznaczanie struktury krystalicznej i molekularnej wybranego związku koordynacyjnego w oparciu o rentgenowską analizę strukturalną I. Cel ćwiczenia Wyznaczenie struktury krystalicznej
Modelowanie molekularne
Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii
Podstawy projektowania leków wykład 12
Podstawy projektowania leków wykład 12 Łukasz Berlicki Projektowanie wspomagane komputerowo Ligand-based design QSAR i 3D-QSAR Structure-based design projektowanie oparte na strukturze celu molekularnego
Atomy wieloelektronowe
Wiązania atomowe Atomy wieloelektronowe, obsadzanie stanów elektronowych, układ poziomów energii. Przykładowe konfiguracje elektronów, gazy szlachetne, litowce, chlorowce, układ okresowy pierwiastków,
Moduły kształcenia. Efekty kształcenia dla programu kształcenia (kierunku) MK_06 Krystalochemia. MK_01 Chemia fizyczna i jądrowa
Matryca efektów kształcenia określa relacje między efektami kształcenia zdefiniowanymi dla programu kształcenia (efektami kierunkowymi) i efektami kształcenia zdefiniowanymi dla poszczególnych modułów
Cz. I Materiał powtórzeniowy do sprawdzianu dla klas I LO - Wiązania chemiczne + przykładowe zadania i proponowane rozwiązania
Cz. I Materiał powtórzeniowy do sprawdzianu dla klas I LO - Wiązania chemiczne + przykładowe zadania i proponowane rozwiązania I. Elektroujemność pierwiastków i elektronowa teoria wiązań Lewisa-Kossela
Żwirki i Wigury 93, Warszawa TEL.: , FAX: , E- MAIL: Dr hab. Joanna T
Żwirki i Wigury 93, 02-089 Warszawa TEL.: + 48 22 55 40 800, FAX: +48 22 55 40 801, E- MAIL: sekretariat@uw.edu.pl www.cent.uw.edu.pl Dr hab. Joanna Trylska, prof. UW tel. (22) 5540843 e- mail: joanna@cent.uw.edu.pl
Geometria cząsteczek wieloatomowych. Hybrydyzacja orbitali atomowych.
Geometria cząsteczek wieloatomowych. Hybrydyzacja orbitali atomowych. Geometria cząsteczek Geometria cząsteczek decyduje zarówno o ich właściwościach fizycznych jak i chemicznych, np. temperaturze wrzenia,
Politechnika Łódzka Wydział Biotechnologii i Nauk o Żywności
Politechnika Łódzka Wydział Biotechnologii i Nauk o Żywności Dr hab. inż. Anna Bujacz Instytut Biochemii Technicznej Stefanowskiego 4/10, 90-924 Łódź Tel. 042-631-43-31, 042-631-43-94 e-mail: anna.bujacz@p.lodz.pl
Komputerowe wspomaganie projektowania leków
Komputerowe wspomaganie projektowania leków MECHANIKA MOLEKULARNA I KWANTOWA W MM korzysta się z równań wynikających z praw fizyki klasycznej i stosuje się je do jader atomów z pominięciem elektronów,
Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków
Jan Mazerski Katedra Technologii Leków i Biochemii Wydział Chemiczny Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków XV. QSAR 3D QSAR w przestrzeni Rozwój metod ustalania struktury 3D dla białek i ich kompleksów.
Ćwiczenie 4: Modelowanie reakcji chemicznych. Stan przejściowy.
Ćwiczenie 4: Modelowanie reakcji chemicznych. Stan przejściowy. Celem ćwiczenia jest wymodelowanie przebiegu reakcji chemicznej podstawienia nukleofilowego zachodzącego zgodnie z mechanizmem SN2. Wprowadzenie:
Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Marleny Łukomskiej-Rogala
Dr hab. inż. Borys Ośmiałowski, prof. UTP Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy im. Jana i Jędrzeja Śniadeckich Wydział Technologii i Inżynierii Chemicznej Zakład Chemii Organicznej Ul. Seminaryjna 3,
Recenzja Dorobku Naukowego nauk chemicznych chemia Michała H. Jamroza,
Dr hab. inż. Dariusz Pogocki, prof. IChTJ. Warszawa, 16.10.2014 Centrum Badań i Technologii Radiacyjnych Instytut Chemii i Techniki Jądrowej ul. Dorodna 16, 03-195 Warszawa E-mail: d.pogocki@ichtj.waw.pl
Modelowanie molekularne
Ck08 Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 10 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody
Konkurs przedmiotowy z chemii dla uczniów gimnazjów 13 stycznia 2017 r. zawody II stopnia (rejonowe)
Konkurs przedmiotowy z chemii dla uczniów gimnazjów 13 stycznia 2017 r. zawody II stopnia (rejonowe) Kod ucznia Suma punktów Witamy Cię na drugim etapie konkursu chemicznego. Podczas konkursu możesz korzystać
Streszczenie pracy doktorskiej Autor: mgr Wojciech Wojaczek Tytuł: Czynniki poznawcze a kryteria oceny przedsiębiorczych szans Wstęp W ciągu
Streszczenie pracy doktorskiej Autor: mgr Wojciech Wojaczek Tytuł: Czynniki poznawcze a kryteria oceny przedsiębiorczych szans Wstęp W ciągu ostatnich kilku dekad diametralnie zmienił się charakter prowadzonej
Modelowanie molekularne w projektowaniu leków
Modelowanie molekularne w projektowaniu leków Wykład I Wstęp (o czym będę a o czym nie będę mówić) Opis układu Solwent (woda z rozpuszczonymi jonami i innymi substancjami) Ligand (potencjalny lek) Makromolekuła
dr hab. Krzysztof Ejsmont Opole, r. Katedra Krystalografii RECENZJA
WYDZIAŁ CHEMII ul. Oleska 48, 45-052 Opole Tel. 77 452 71 00 Faks 77 452 71 01 chemia@uni.opole.pl www.chemia.uni.opole.pl dr hab. Krzysztof Ejsmont Opole, 29.05.2015 r. Katedra Krystalografii e-mail:
Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk
Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność
- parametry geometryczne badanego związku: współrzędne i typy atomów, ich masy, ładunki, prędkości początkowe itp. (w NAMD plik.
Avogadro Tworzenie i manipulacja modelami związków chemicznych. W symulacjach dynamiki molekularnej kluczowych elementem jest przygotowanie układu do symulacji tzn. stworzyć pliki wejściowe zawierające
Jacek Ulański Łódź, 11. 11. 2015 Katedra Fizyki Molekularnej Politechnika Łódzka 90-924 Łódź ul. Żeromskiego 116
Jacek Ulański Łódź, 11. 11. 2015 Katedra Fizyki Molekularnej Politechnika Łódzka 90-924 Łódź ul. Żeromskiego 116 Recenzja pracy doktorskiej mgr. Arkadiusza Frąckowiaka p.t. Lokalizacja ładunku w przewodnikach
Wstęp. Krystalografia geometryczna
Wstęp Przedmiot badań krystalografii. Wprowadzenie do opisu struktury kryształów. Definicja sieci Bravais go i bazy atomowej, komórki prymitywnej i elementarnej. Podstawowe typy komórek elementarnych.
Elementy teorii powierzchni metali
prof. dr hab. Adam Kiejna Elementy teorii powierzchni metali Wykład 4 v.16 Wiązanie metaliczne Wiązanie metaliczne Zajmujemy się tylko metalami dlatego w zasadzie interesuje nas tylko wiązanie metaliczne.
Podział ciał stałych ze względu na strukturę atomowo-cząsteczkową
Podział ciał stałych ze względu na strukturę atomowo-cząsteczkową Kryształy Atomy w krysztale ułożone są w pewien powtarzający się regularny wzór zwany siecią krystaliczną. Struktura kryształu NaCl Polikryształy
Woda. Najpospolitsza czy najbardziej niezwykła substancja Świata?
Woda Najpospolitsza czy najbardziej niezwykła substancja Świata? Cel wykładu Odpowiedź na pytanie zawarte w tytule A także próby odpowiedzi na pytania typu: Dlaczego woda jest mokra a lód śliski? Dlaczego
Recenzja. Warszawa, dnia 22 października 2018 r.
Warszawa, dnia 22 października 2018 r. Dr hab. Sebastian Kmiecik Wydział Chemii, Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych, Uniwersytet Warszawski, Pasteura 1, Warszawa email: sekmi@chem.uw.edu.pl Recenzja
QSAR i związki z innymi metodami. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski
QSAR i związki z innymi metodami Wstęp QSAR Quantitative Structure-Activity Relationship. Jest to metoda polegająca na znalezieniu (i analizie) zależności pomiędzy strukturą chemiczną (geometria cząsteczki,
DNA - niezwykła cząsteczka. Tuesday, 21 May 2013
DNA - niezwykła cząsteczka Składniki DNA Składniki DNA Nazewnictwo nukleotydów w DNA i RNA Zasada zawsze jest przyłączana wiązaniem N-glikozydowym Ortofosforan może być przyłączony w pozycji 3 lub 5 Struktura
3. Cząsteczki i wiązania
3. Cząsteczki i wiązania Elektrony walencyjne Wiązania jonowe i kowalencyjne Wiązanie typu σ i π Hybrydyzacja Przewidywanie kształtu cząsteczek AX n Orbitale zdelokalizowane Cząsteczki związków organicznych
Spis treści. Metoda VSEPR. Reguły określania struktury cząsteczek. Ustalanie struktury przestrzennej
Spis treści 1 Metoda VSEPR 2 Reguły określania struktury cząsteczek 3 Ustalanie struktury przestrzennej 4 Typy geometrii cząsteczek przykłady 41 Przykład 1 określanie struktury BCl 3 42 Przykład 2 określanie
Krystalografia. Analiza wyników rentgenowskiej analizy strukturalnej i sposób ich prezentacji
Krystalografia Analiza wyników rentgenowskiej analizy strukturalnej i sposób ich prezentacji Opis geometrii Symetria: kryształu: grupa przestrzenna cząsteczki: grupa punktowa Parametry geometryczne współrzędne
Estymacja parametrów modeli liniowych oraz ocena jakości dopasowania modeli do danych empirycznych
Estymacja parametrów modeli liniowych oraz ocena jakości dopasowania modeli do danych empirycznych 3.1. Estymacja parametrów i ocena dopasowania modeli z jedną zmienną 23. Właściciel komisu w celu zbadania
Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD
Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Analityki Medycznej Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD Aleksandra Kotynia PRACA DOKTORSKA
ROZPORZĄDZENIE KOMISJI (UE) / z dnia r.
KOMISJA EUROPEJSKA Bruksela, dnia 29.5.2018 C(2018) 3193 final ROZPORZĄDZENIE KOMISJI (UE) / z dnia 29.5.2018 r. zmieniające rozporządzenie (WE) nr 847/2000 w odniesieniu do definicji pojęcia podobnego
Wiązania chemiczne. Związek klasyfikacji ciał krystalicznych z charakterem wiązań atomowych. 5 typów wiązań
Wiązania chemiczne Związek klasyfikacji ciał krystalicznych z charakterem wiązań atomowych 5 typów wiązań wodorowe A - H - A, jonowe ( np. KCl ) molekularne (pomiędzy atomami gazów szlachetnych i małymi
Wykład 5: Cząsteczki dwuatomowe
Wykład 5: Cząsteczki dwuatomowe Wiązania jonowe i kowalencyjne Ograniczenia teorii Lewisa Orbitale cząsteczkowe Kombinacja liniowa orbitali atomowych Orbitale dwucentrowe Schematy nakładania orbitali Diagramy
Kontakt. Badania naukowe:
Kontakt - tel.: 032 359 12 86 - email: awozniakowski@o2.pl - wydział: Informatyki i Nauki o Materiałach - instytut: Nauki o Materiałach - zakład/katedra: Modelowania materiałów - opiekun naukowy: dr hab.
Widma UV charakterystyczne cechy ułatwiające określanie struktury pirydyny i pochodnych
Pirydyna i pochodne 1 Pirydyna Tw 115 o C ; temperatura topnienia -41,6 0 C Miesza się w każdym stosunku z wodą tworząc mieszaninę azeotropowa o Tw 92,6 o C; Energia delokalizacji 133 kj/mol ( benzen 150.5
Opracowała: mgr inż. Ewelina Nowak
Materiały dydaktyczne na zajęcia wyrównawcze z chemii dla studentów pierwszego roku kierunku zamawianego Inżynieria Środowiska w ramach projektu Era inżyniera pewna lokata na przyszłość Opracowała: mgr
Recenzja rozprawy doktorskiej Pana magistra Michała Kaźmierczaka
Dr hab. inż. Rafał Kruszyński Łódź, 25 lutego 2016 r. Instytut Chemii Ogólnej i Ekologicznej Wydział Chemiczny Politechnika Łódzka Żeromskiego 116 90-924 Łódź Recenzja rozprawy doktorskiej Pana magistra
października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Wiązania kowalencyjne
Wiązania kowalencyjne (pierw. o dużej E + pierw. o dużej E), E < 1,8 TERIE WIĄZANIA KWALENCYJNEG Teoria hybrydyzacji orbitali atomowych Teoria orbitali molekularnych Teoria pola ligandów YBRYDYZACJA RBITALI
Wykład z Chemii Ogólnej
Wykład z Chemii Ogólnej Część 2 Budowa materii: od atomów do układów molekularnych 2.3. WIĄZANIA CHEMICZNE i ODDZIAŁYWANIA Katedra i Zakład Chemii Fizycznej Collegium Medicum w Bydgoszczy Uniwersytet Mikołaja
Spektroskopowe i teoretyczne badania wpływu niektórych metali na układ elektronowy wybranych kwasów aromatycznych
Politechnika Białostocka Wydział Budownictwa i Inżynierii Środowiska Grzegorz Świderski Streszczenie rozprawy doktorskiej p.t: Spektroskopowe i teoretyczne badania wpływu niektórych metali na układ elektronowy
Orbitale typu σ i typu π
Orbitale typu σ i typu π Dwa odpowiadające sobie orbitale sąsiednich atomów tworzą kombinacje: wiążącą i antywiążącą. W rezultacie mogą powstać orbitale o rozkładzie przestrzennym dwojakiego typu: σ -
Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples
Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples from Hsp70 molecular chaperones, αa-crystallin, and sericin Badanie metodą dynamiki molekularnej zależności
Pasmowa teoria przewodnictwa. Anna Pietnoczka
Pasmowa teoria przewodnictwa elektrycznego Anna Pietnoczka Wpływ rodzaju wiązań na przewodność próbki: Wiązanie jonowe - izolatory Wiązanie metaliczne - przewodniki Wiązanie kowalencyjne - półprzewodniki
Konkurs przedmiotowy z chemii dla uczniów gimnazjów 6 marca 2015 r. zawody III stopnia (wojewódzkie)
Konkurs przedmiotowy z chemii dla uczniów gimnazjów 6 marca 2015 r. zawody III stopnia (wojewódzkie) Kod ucznia Suma punktów Witamy Cię na trzecim etapie konkursu chemicznego. Podczas konkursu możesz korzystać
RECENZJA. dr hab. Lilianna Chęcińska
Strona 1 z 6 dr hab. Lilianna Chęcińska RECENZJA rozprawy doktorskiej mgr inż. Anny Pietrzak zatytułowanej Organizacja układów supramolekularnych w kryształach fosforylowanych związków azaheterocyklicznych
KRYTERIA OCEN Z FIZYKI DLA KLASY II GIMNAZJUM. ENERGIA I. NIEDOSTATECZNY - Uczeń nie opanował wiedzy i umiejętności niezbędnych w dalszej nauce.
KRYTERIA OCEN Z FIZYKI DLA KLASY II GIMNAZJUM ENERGIA - Uczeń nie opanował wiedzy i umiejętności niezbędnych w dalszej nauce. - Wie, kiedy jest wykonywana praca mechaniczna. - Wie, że każde urządzenie
WYZNACZANIE NIEPEWNOŚCI POMIARU METODAMI SYMULACYJNYMI
WYZNACZANIE NIEPEWNOŚCI POMIARU METODAMI SYMULACYJNYMI Stefan WÓJTOWICZ, Katarzyna BIERNAT ZAKŁAD METROLOGII I BADAŃ NIENISZCZĄCYCH INSTYTUT ELEKTROTECHNIKI ul. Pożaryskiego 8, 04-703 Warszawa tel. (0)
USTALANIE WZORÓW I NAZW SOLI
USTALANIE WZORÓW I NAZW SOLI Spis treści Pojęcia podstawowe Wzór ogólny soli Znane kwasy, wartościowość reszt, nazewnictwo pochodzących od nich soli Wartościowość znanych metali Ustalanie wzorów sumarycznych
3. Cząsteczki i wiązania
20161020 3. Cząsteczki i wiązania Elektrony walencyjne Wiązania jonowe i kowalencyjne Wiązanie typu σ i π Hybrydyzacja Przewidywanie kształtu cząsteczek AX n Orbitale zdelokalizowane Cząsteczki związków
Grupa Moniki Musiał. Uniwersytet Śląski Instytut Chemii Zakład Chemii Teoretycznej
Wieloreferencyjna metoda sprzężonych klasterów w dwuwalencyjnych sektorach przestrzeni Focka oraz metoda równań ruchu w zastosowaniu do opisu stanów wzbudzonych Grupa Moniki Musiał Uniwersytet Śląski Instytut
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład IV Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Teoretyczne podstawy analizy indeksowej klasyfikacja indeksów, konstrukcja, zastosowanie
Teoretyczne podstawy analizy indeksowej klasyfikacja indeksów, konstrukcja, zastosowanie Szkolenie dla pracowników Urzędu Statystycznego nt. Wybrane metody statystyczne w analizach makroekonomicznych dr
Zakład Chemii Teoretycznej i Strukturalnej
Badania strukturalne pochodnych indolu przy użyciu dyfrakcji rentgenowskiej. Indol, jak i jego pochodne są powszechnie spotykane w tkankach żywych, są częścią istotnych związków chemicznych jak tryptofan
Warszawa, 26 września 2017 r. prof. dr hab. Kinga Suwińska Wydział Matematyczno-Przyrodniczy Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie
prof. dr hab. Kinga Suwińska Wydział Matematyczno-Przyrodniczy Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie Warszawa, 26 września 2017 r. Recenzja rozprawy doktorskiej mgr inż. Karoliny Kopczyńskiej
STRUKTURA IDEALNYCH KRYSZTAŁÓW
BUDOWA WEWNĘTRZNA MATERIAŁÓW METALICZNYCH Zakres tematyczny y 1 STRUKTURA IDEALNYCH KRYSZTAŁÓW 2 1 Sieć przestrzenna kryształu TRANSLACJA WĘZŁA TRANSLACJA PROSTEJ SIECIOWEJ TRANSLACJA PŁASZCZYZNY SIECIOWEJ
Zasady obsadzania poziomów
Zasady obsadzania poziomów Model atomu Bohra Model kwantowy atomu Fala stojąca Liczby kwantowe -główna liczba kwantowa (n = 1,2,3...) kwantuje energię elektronu (numer orbity) -poboczna liczba kwantowa
Zadania powtórkowe do egzaminu maturalnego z chemii Wiązania chemiczne, budowa cząsteczek
strona 1/11 Zadania powtórkowe do egzaminu maturalnego z chemii Wiązania chemiczne, budowa cząsteczek Monika Gałkiewicz Zad. 1 () Podaj wzory dwóch dowolnych kationów i dwóch dowolnych anionów posiadających
Dokowanie molekularne. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski
molekularne Wstęp Dokowanie metoda modelowania molekularnego, pozwalająca na znalezienie położenia (i konformacji) liganda w miejscu wiążącym receptora. Informacja ta pozwala na ocenę energii swobodnej
Wpływ heterocyklicznego ugrupowania na natywną konformację naturalnych peptydów
Wpływ heterocyklicznego ugrupowania na natywną konformację naturalnych peptydów Monika Staś, Dawid Siodłak, Małgorzata Broda mstas@uni.opole.pl Zakład Chemii Fizycznej i Modelowania Molekularnego Wydział
Budowa atomu Poziom: rozszerzony Zadanie 1. (2 pkt.)
Budowa atomu Poziom: rozszerzony Zadanie 1. (2 pkt.) Zadanie 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Punkty Okres połowiczego rozpadu pewnego radionuklidu wynosi 16 godzin. a) Określ, ile procent atomów tego izotopu rozpadnie
TEORIA PASMOWA CIAŁ STAŁYCH
TEORIA PASMOWA CIAŁ STAŁYCH Skolektywizowane elektrony w metalu Weźmy pod uwagę pewną ilość atomów jakiegoś metalu, np. sodu. Pojedynczy atom sodu zawiera 11 elektronów o konfiguracji 1s 2 2s 2 2p 6 3s
ZAKŁAD CHEMII TEORETYCZNEJ
ZAKŁAD CHEMII TEORETYCZNEJ Prof. Krzysztof Nieszporek Kierownik Zakładu Prof. Krzysztof Woliński Prof. Paweł Szabelski Dr Mariusz Barczak Dr Damian Nieckarz Dr Przemysław Podkościelny prof. Krzysztof Woliński
Bank asferycznych atomów i jego rola w krystalografii i biologii strukturalnej
ZAŁĄCZNIK NR 3 Autoreferat wraz z wykazem opublikowanych prac naukowych lub twórczych prac zawodowych oraz informacją o osiągnięciach dydaktycznych, współpracy naukowej i popularyzacji nauki I. Autoreferat
Obliczenia stechiometryczne, bilansowanie równań reakcji redoks
Obliczenia stechiometryczne, bilansowanie równań reakcji redoks Materiały pomocnicze do zajęć wspomagających z chemii opracował: dr Błażej Gierczyk Wydział Chemii UAM Obliczenia stechiometryczne Podstawą
Zakład Chemii Teoretycznej i Strukturalnej
Badania struktury i aktywności nietypowego enzymu dekapującego ze Świdrowca nagany Białko TbALPH1 zostało zidentyfikowane jako enzym dekapujący w pasożytniczym pierwotniaku, świdrowcu nagany Trypasonoma
WYZNACZANIE ROZMIARÓW
POLITECHNIKA ŁÓDZKA INSTRUKCJA Z LABORATORIUM W ZAKŁADZIE BIOFIZYKI Ćwiczenie 6 WYZNACZANIE ROZMIARÓW MAKROCZĄSTECZEK I. WSTĘP TEORETYCZNY Procesy zachodzące między atomami lub cząsteczkami w skali molekularnej
Zadanie 1. (2 pkt) Określ, na podstawie różnicy elektroujemności pierwiastków, typ wiązania w związkach: KBr i HBr.
Zadanie 1. (2 pkt) Określ, na podstawie różnicy elektroujemności pierwiastków, typ wiązania w związkach: KBr i HBr. Typ wiązania w KBr... Typ wiązania w HBr... Zadanie 2. (2 pkt) Oceń poprawność poniższych
2. Ocena dorobku naukowego
Prof. dr hab. Marek Cypryk. Łódź, 13 sierpnia 2013 Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN w Łodzi Samodzielna Pracownia Modelowania Komputerowego Łódź, ul. Sienkiewicza 112 Ocena dorobku
prof. dr hab. Zbigniew Czarnocki Warszawa, 3 lipca 2015 Uniwersytet Warszawski Wydział Chemii
prof. dr hab. Zbigniew Czarnocki Warszawa, 3 lipca 2015 Uniwersytet Warszawski Wydział Chemii Recenzja pracy doktorskiej Pana mgr Michała Smolenia, zatytułowanej Modyfikacja N-heterocyklicznych karbenów
Wnioskowanie bayesowskie
Wnioskowanie bayesowskie W podejściu klasycznym wnioskowanie statystyczne oparte jest wyłącznie na podstawie pobranej próby losowej. Możemy np. estymować punktowo lub przedziałowo nieznane parametry rozkładów,
Wydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, Wrocław
Wydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, 50-370 Wrocław Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, 12.03.2014 r. Recenzja rozprawy doktorskiej mgra Damiana Paliwody zatytułowanej Intermolecular interactions