Komputerowe wspomaganie projektowanie leków
|
|
- Bernard Góra
- 8 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład VI Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III Strategie projektowania leków Dopasowanie ligandów do miejsca aktywnego receptora (dokowanie) znana Budowa nowych ligandów ab-initio (de-novo) Struktura receptora Dynamika kompleksu receptor-ligand Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) nieznana Przeszukiwanie baz danych (screening) 1D i 3D QSAR (pseudoreceptory i pola molekularne) 2 1
2 Definicja farmakoforu Farmakofor trójwymiarowe ułożenie grup chemicznych wspólnych dla związków aktywnych i niezbędnych dla ich aktywności biologicznej. 3 Pharmacophore-based drug design Założenie -związki działają według tego samego mechanizmu, tj. (1) wiążą się z tym samym celem molekularnym i (2) w tym samym miejscu wiążącym. 4 2
3 Podobieństwo molekularne związki różne chemicznie 2D 5 Podobieństwo molekularne związki różne chemicznie 3D 6 3
4 Nakładanie konformacji bioaktywnych Ważność oddziaływań hydrofobowych i grupy -OH. Brak nałożenia centralnych pierścieni. 7 Techniki nakładania Minimum odległości pomiędzy wybranymi parami atomów (lub minimum kwadratów odległości) Użycie dummy atoms centroidów. 8 4
5 Ważność konformacji bioaktywnej 12 kj/mol 3 kcal/mol 9 Ograniczanie liczby konformacji Końcowy wynik nakładania 10 5
6 Podsumowanie nakładania Struktury 2D molekuł Analiza konformacyjna Wybór konformacji o niskiej energii Systematyczne nakładanie Dalsza analiza 11 Poszukiwanie konformacji bioaktywnej GABA - neurotransmiter Me-GABA związek wciąż labilny agonista receptora GABA (kanał chlorkowy w synapsie) THIP - agonista receptora GABA 12 6
7 Nakładanie w przestrzeni właściwości = R substrat Inhibitor lek przeciwrakowy Struktura chemiczna inhibitora 13 Nakładanie w przestrzeni właściwości Nakładanie według struktur chemicznych Rzeczywiste nakładanie (według struktur krystalicznych) 14 7
8 Poszukiwanie farmakoforu Pierwsza hipoteza Wiele hipotez 15 Poszukiwanie farmakoforu Więcej związków pozwala zidentyfikować właściwą hipotezę Identyfikacja sterycznych bumps w miejscu aktywnym 16 8
9 Przykład identyfikacji farmakoforu Agoniści receptora dopaminowego Farmakofor: fenyloamina w konformacji rozciągniętej 17 Nieprawidłowe użycie informacji strukturalnej Oba związki są aktywne Nieprawidłowa konformacja bioaktywna zw. #2. Wiązanie podwójne jest płaskie 18 9
10 Farmakofor pomaga w wyjaśnieniu mechanizmu działania leków Podobieństwo do dopaminy Modulacja układu dopaminergicznego 19 Różne farmakofory Różne ustawienie H* Takie samo ustawienie H* Oba farmakofory są właściwe 20 10
11 Pochodne fenylo-imidazolu Inhibitory bakteryjnego cytochromu P-450 Kamfora naturalny substrat 21 Nakładanie inhibitorów Identyczny kształt Identyczne własności elektrostatyczne 22 11
12 Nakładanie inhibitorów substrat Rzeczywiste nałożenie (struktury krystaliczne z enzymem) Grupa hemowa Fragment miejsca aktywnego enzymu 23 Rola nieaktywnych molekuł Możliwość określenia wielkości miejsca aktywnego 24 12
13 Rola nieaktywnych molekuł nieaktywny Zmiana konformacji liganda aktywny 25 Zasada aktywnych analogów Definiowanie miejsca aktywnego 26 13
14 Mapowanie receptora Agoniści receptora nikotynowego Samo nakładanie nie wyjaśnia różnic w aktywnościach. Związki mniej aktywne wystają poza miejsce aktywne 27 Dwie generacje farmakoforów I II 28 14
15 Analog design modyfikacje ligandów Grupy bioizosteryczne podobne własności fizykochemiczne 29 Przeszukiwanie baz danych Podobieństwo kształtów 30 15
16 Konstrukcja w oparciu o farmakofor Farmakofor Dużo efektów ubocznych z powodu podobieństwa do struktury steroidu Wynik poszukiwań 31 Ręczne budowanie łącznika do grup farmakoforowych 32 16
17 QSAR 33 QSPR Poszukiwane własności: rozpuszczalność, biodostępność, stabilność metaboliczna, przenikalność przez błony komórkowe, toksyczność, 34 17
18 Przykłady i typy deskryptorów 35 Deskryptory 1D, 2D i 3D 1D 2D związane z topologią (połączeniami między atomami) 3D związane z kształtem cząsteczki 36 18
19 Równanie Hammetta Pochodne kwasu benzoesowego Ph-COOH Stała dysocjacji 37 Równanie Hammetta Brak odniesienia do efektu biologicznego 38 19
20 Parametr Efekt zależny od położenia podstawnika w pierścieniu (dodatkowy efekt rezonansowy w położeniu para) 39 Przewidywanie pka na podstawie równania Hammetta 40 20
21 Współczynnik Hanscha rola hydrofobowości Efekt istotny przy przekraczaniu błon komórkowych przez lek 41 logp miara hydrofobowości 42 21
22 Przykład korelacji z logp Log(1/C) oznacza efekt biologiczny 43 Definicja deskryptora 44 22
23 Zależności liniowe i paraboliczne Niedostateczna liczba związków Wyznaczenie optymalnej hydrofobowości 45 Parametr steryczny Tafta (ES) Większe podstawniki dają niższe wartości ES (reakcja estryfikacji trudniej zachodzi) 46 23
24 Kroki analizy QSAR Wybór związków Wybór deskryptorów Budowanie modelu QSAR Walidacja modelu 47 Wybór związków i deskryptorów 48 24
25 Eliminacja obserwacji odstających (outliers) Outlier: inny mechanizm działania lub błędna wartość 49 Związek log(1/c) z potencjałem termodynamicznym C efektywne stężenie związku. Aktywności biologiczne powinny być dokładne i pokrywać 2-3 rzędy wielkości 50 25
26 Przykład deskryptorów skorelowanych Masa molekularna (MW) i liczba atomów węgla dla serii alkanów 51 Liczba deskryptorów Liczba związków większa od liczby deskryptorów 3-5 razy 52 26
27 Rodzaje regresji 53 Wpływ złożoności równania na predyktywność Niebieski zbiór treningowy Żółty zbiór testowy 54 27
28 Przykład użycia QSAR r uzyskane współczynniki korelacji Ocena ważności deskryptorów Dobre modele: r 2 > 0.5 (r > 0.71) 55 Modele nieliniowe 56 28
29 Metoda kros-walidacji Podział na N części i traktowanie jednej części (za każdym razem innej) jako zbioru testowego 57 Ograniczenia metody 1D-QSAR Niemożność wyjścia poza zakresy deskryptorów dla wyjściowych związków 58 29
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoFarmakofory. metody QSAR
Farmakofory metody QSAR Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego
Bardziej szczegółowoQSAR i związki z innymi metodami. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski
QSAR i związki z innymi metodami Wstęp QSAR Quantitative Structure-Activity Relationship. Jest to metoda polegająca na znalezieniu (i analizie) zależności pomiędzy strukturą chemiczną (geometria cząsteczki,
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład IV Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowocz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne Prof. dr hab. Sławomir Filipek Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii 1 Strategie projektowania leków
Bardziej szczegółowoLek od pomysłu do wdrożenia
Lek od pomysłu do wdrożenia Lek od pomysłu do wdrożenia KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 11
Podstawy projektowania leków wykład 11 Łukasz Berlicki QSAR i 3D QSAR 1964, C. Hansch i T. Fujita: QSAR 1984, P. Andrews: wkład grup funkcyjnych do oddziaływania z celem molekularnym 1985, P. Goodford:
Bardziej szczegółowoModelowanie molekularne w projektowaniu leków
Modelowanie molekularne w projektowaniu leków Wykład I Wstęp (o czym będę a o czym nie będę mówić) Opis układu Solwent (woda z rozpuszczonymi jonami i innymi substancjami) Ligand (potencjalny lek) Makromolekuła
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 12
Podstawy projektowania leków wykład 12 Łukasz Berlicki Projektowanie wspomagane komputerowo Ligand-based design QSAR i 3D-QSAR Structure-based design projektowanie oparte na strukturze celu molekularnego
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład II Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoProjektowanie Nowych Chemoterapeutyków
Jan Mazerski Katedra Technologii Leków i Biochemii Wydział Chemiczny Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków XV. QSAR 3D QSAR w przestrzeni Rozwój metod ustalania struktury 3D dla białek i ich kompleksów.
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowania leków
Komputerowe wspomaganie projektowania leków MECHANIKA MOLEKULARNA I KWANTOWA W MM korzysta się z równań wynikających z praw fizyki klasycznej i stosuje się je do jader atomów z pominięciem elektronów,
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład VII Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoReakcje enzymatyczne. Co to jest enzym? Grupy katalityczne enzymu. Model Michaelisa-Mentena. Hamowanie reakcji enzymatycznych. Reakcje enzymatyczne
Reakcje enzymatyczne Enzym białko katalizujące reakcje chemiczne w układach biologicznych (przyśpieszają reakcje przynajmniej 0 6 raza) 878, Wilhelm uehne, użył po raz pierwszy określenia enzym (w zaczynie)
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR
Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR JAKIE OBIEKTY SĄ INTERESUJĄCE? Długość pojazdu wynosi 2 nm, szerokość 2nm. Pojazd porusza się na kołach złożonych z 60 atomów czystego węgla, uformowanych
Bardziej szczegółowoRysunki pochodzą z książki Chemia medyczna, G.L. Patrick, WNT. Odwołanie do wykładu z STL
Rysunki pochodzą z książki Chemia medyczna, G.L. Patrick, WNT Odwołanie do wykładu z STL Izolacja z surowców naturalnych jak np. rośliny, tkanki zwierzęce Lek naturalny Lek biotechnologiczny Lek syntetyczny
Bardziej szczegółowoOddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych
Bardziej szczegółowoDokowanie molekularne. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski
molekularne Wstęp Dokowanie metoda modelowania molekularnego, pozwalająca na znalezienie położenia (i konformacji) liganda w miejscu wiążącym receptora. Informacja ta pozwala na ocenę energii swobodnej
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 10
Podstawy projektowania leków wykład 10 Łukasz Berlicki Od eksperymentu do teorii 1964, C. Hansch i T. Fujita: QSAR 1984, P. Andrews: wkład grup funkcyjnych do oddziaływania z celem molekularnym 1985, P.
Bardziej szczegółowocz. III leki przeciwzapalne
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. III leki przeciwzapalne Prof. dr hab. Sławomir Filipek Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Uniwersytet Warszawski 1 Leki przeciwzapalne
Bardziej szczegółowoUniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Wydział
Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Kierunek i poziom studiów: Chemia II stopień Sylabus modułu: : Przedmiot C związany ze specjalnością (0310-CH-S2-003) Nazwa wariantu modułu (opcjonalnie): Chemoinformatyka
Bardziej szczegółowoChemia ogólna nieorganiczna Wykład XII Kinetyka i statyka chemiczna
Chemia ogólna nieorganiczna Wykład 10 14 XII 2016 Kinetyka i statyka chemiczna Elementy kinetyki i statyki chemicznej bada drogi przemiany substratów w produkty szybkość(v) reakcji chem. i zależność od
Bardziej szczegółowoChemia organiczna. Stereochemia. Zakład Chemii Medycznej Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego
Chemia organiczna Stereochemia Zakład Chemii Medycznej Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego Chemia organiczna jest nauką, która zajmuje się poszukiwaniem zależności pomiędzy budową cząsteczki a właściwościami
Bardziej szczegółowoModelowanie molekularne
Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii
Bardziej szczegółowoWskaż grupy reakcji, do których można zaliczyć proces opisany w informacji wstępnej. A. I i III B. I i IV C. II i III D. II i IV
Informacja do zadań 1. i 2. Proces spalania pewnego węglowodoru przebiega według równania: C 4 H 8(g) + 6O 2(g) 4CO 2(g) + 4H 2 O (g) + energia cieplna Zadanie 1. (1 pkt) Procesy chemiczne można zakwalifikować
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 13
odstawy projektowania leków wykład 13 Łukasz Berlicki rojektowanie wspomagane komputerowo rojektowanie leków oparte na strukturze często wykorzystuje metody komputerowe, aby: rzeanalizować duŝą liczbę
Bardziej szczegółowoStructure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State
Maura Malińska Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski Promotorzy: prof. dr hab. Krzysztof Woźniak, prof. dr hab. Andrzej Kutner Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the
Bardziej szczegółowoWiązania kowalencyjne
Wiązania kowalencyjne (pierw. o dużej E + pierw. o dużej E), E < 1,8 TERIE WIĄZANIA KWALENCYJNEG Teoria hybrydyzacji orbitali atomowych Teoria orbitali molekularnych Teoria pola ligandów YBRYDYZACJA RBITALI
Bardziej szczegółowoModelowanie molekularne
Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii
Bardziej szczegółowoBadanie oddziaływań związków biologicznie aktywnych z modelowymi membranami lipidowymi
UNIWERSYTET JAGIELLOŃSKI W KRAKOWIE WYDZIAŁ CHEMII STRESZCZENIE ROZPRAWY DOKTORSKIEJ Badanie oddziaływań związków biologicznie aktywnych z modelowymi membranami lipidowymi Marcelina Gorczyca Promotorzy:
Bardziej szczegółowoRepetytorium z wybranych zagadnień z chemii
Repetytorium z wybranych zagadnień z chemii Mol jest to liczebność materii występująca, gdy liczba cząstek (elementów) układu jest równa liczbie atomów zawartych w masie 12 g węgla 12 C (równa liczbie
Bardziej szczegółowoRJC # Defin i i n c i ja
Alkany - Izomery Strukturalne & Konformacyjne - Nomenklatura - Projekcje Newmana Slides 1 to 41 Definicja Wzór ogólny dla alkanów C n 2n+2 Przykładowo... metan C 4 etan C 2 6 propan C 3 8 butan C 4 10
Bardziej szczegółowoModelowanie jako sposób opisu rzeczywistości. Katedra Mikroelektroniki i Technik Informatycznych Politechnika Łódzka
Modelowanie jako sposób opisu rzeczywistości Katedra Mikroelektroniki i Technik Informatycznych Politechnika Łódzka 2015 Wprowadzenie: Modelowanie i symulacja PROBLEM: Podstawowy problem z opisem otaczającej
Bardziej szczegółowoEtap wstępny badań nad lekiem - projektowanie cząstki aktywnej, ocena właściwości fizykochemicznych oraz biologicznych
Etap wstępny badań nad lekiem - projektowanie cząstki aktywnej, ocena właściwości fizykochemicznych oraz biologicznych Pierwszy etap poszukiwań nowej cząsteczki chemicznej, mogącej mieć zastosowanie w
Bardziej szczegółowoAutoreferat. do wniosku o nadanie stopnia naukowego doktora habilitowanego. Andrzej Bąk
Autoreferat do wniosku o nadanie stopnia naukowego doktora habilitowanego Andrzej Bąk Środowisko analiz masowych danych molekularnych Molekularna i Strukturalna Bioinformatyczna Baza Danych (MoStBioDat)
Bardziej szczegółowoOptymalizacja optymalizacji
7 maja 2008 Wstęp Optymalizacja lokalna Optymalizacja globalna Algorytmy genetyczne Badane czasteczki Wykorzystane oprogramowanie (Algorytm genetyczny) 2 Sieć neuronowa Pochodne met-enkefaliny Optymalizacja
Bardziej szczegółowoProgram studiów studia I stopnia, kierunek: CHEMIA MEDYCZNA studia inżynierskie o profilu ogólnoakademickim
Program studiów studia I stopnia, kierunek: CHEMIA MEDYCZNA studia inżynierskie o profilu ogólnoakademickim Legenda: W- wykład; P- proseminarium; Ć ćwiczenia; L laboratorium * : egz (egzamin pisemny),
Bardziej szczegółowoWykład 21 XI 2018 Żywienie
Wykład 21 XI 2018 Żywienie Witold Bekas SGGW Elementy kinetyki i statyki chemicznej bada drogi przemiany substratów w produkty szybkość(v) reakcji chem. i zależność od warunków przebiegu reakcji pomaga
Bardziej szczegółowoPODSTAWY CHEMII INŻYNIERIA BIOMEDYCZNA. Wykład 2
PODSTAWY CEMII INŻYNIERIA BIOMEDYCZNA Wykład Plan wykładu II,III Woda jako rozpuszczalnik Zjawisko dysocjacji Równowaga w roztworach elektrolitów i co z tego wynika Bufory ydroliza soli Roztwory (wodne)-
Bardziej szczegółowoWIĄZANIA. Co sprawia, że ciała stałe istnieją i są stabilne? PRZYCIĄGANIE ODPYCHANIE
WIĄZANIA Co sprawia, że ciała stałe istnieją i są stabilne? PRZYCIĄGANIE ODPYCHANIE Przyciąganie Wynika z elektrostatycznego oddziaływania między elektronami a dodatnimi jądrami atomowymi. Może to być
Bardziej szczegółowoSZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab
SZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab CZĄSTECZKA I RÓWNANIE REKCJI CHEMICZNEJ potrafi powiedzieć co to jest: wiązanie chemiczne, wiązanie jonowe, wiązanie
Bardziej szczegółowoEGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2018/2019 CZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNICZE
EGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2018/2019 CZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNICZE ZASADY OCENIANIA ROZWIĄZAŃ ZADAŃ ARKUSZE: GM-PX1, GM-P2, GM-P4, GM-P5, GM-P7 KWIECIEŃ 2019 Zadanie 1. (0 1)
Bardziej szczegółowoRóżne typy wiązań mają ta sama przyczynę: energia powstającej stabilnej cząsteczki jest mniejsza niż sumaryczna energia tworzących ją, oddalonych
Wiązania atomowe Atomy wieloelektronowe, obsadzanie stanów elektronowych, układ poziomów energii. Przykładowe konfiguracje elektronów, gazy szlachetne, litowce, chlorowce, układ okresowy pierwiastków,
Bardziej szczegółowo2. Właściwości kwasowo-zasadowe związków organicznych
2. Właściwości owo-zasadowe związków organicznych 1 2.1. Teoria Bronsteda-Lowriego Kwas - indywiduum chemiczne oddające proton Zasada - indywiduum chemiczne przyjmujące proton Proton - kation wodorkowy
Bardziej szczegółowoCF 3. Praca ma charakter eksperymentalny, powstałe produkty będą analizowane głównie metodami NMR (1D, 2D).
Tematy prac magisterskich 2017/2018 Prof. dr hab. Henryk Koroniak Zakład Syntezy i Struktury Związków rganicznych Zespół Dydaktyczny Chemii rganicznej i Bioorganicznej 1. Synteza fosfonianowych pochodnych
Bardziej szczegółowoEGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2017/2018 CZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNICZE ZASADY OCENIANIA ROZWIĄZAŃ ZADAŃ ARKUSZ GM-P8
EGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2017/2018 CZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNICZE ZASADY OCENIANIA ROZWIĄZAŃ ZADAŃ ARKUSZ GM-P8 KWIECIEŃ 2018 Zadanie 1. (0 1) II. Znajomość metodyki badań
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 9
Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne
Bardziej szczegółowoOPIS MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU (SYLABUS) I.
OPIS MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU (SYLABUS) I. Informacje ogólne 1. Nazwa modułu zajęć/przedmiotu Struktura a właściwości związków organicznych 2. Kod modułu zajęć/przedmiotu 02-SWZOXJ 3. Rodzaj modułu zajęć/przedmiotu
Bardziej szczegółowoKomputerowo wspomagane projektowanie leków przykłady sukcesów i porażek. Marcin Najgebauer
Komputerowo wspomagane projektowanie leków przykłady sukcesów i porażek Marcin Najgebauer Historia Cóż jest trucizną? Wszystko jest trucizną i nic nie jest trucizną. Tylko dawka czyni, że dana substancja
Bardziej szczegółowoMODUŁ. Wirtualne laboratorium
MODUŁ Warsztaty podstawowe: Wirtualne laboratorium 1. Zakładane efekty kształcenia modułu rozwijanie kompetencji informatycznych w tym wyszukiwania informacji i danych naukowych poprzez zapoznanie się
Bardziej szczegółowoStrategie projektowania leków
Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego znana 1D i 3D QSAR
Bardziej szczegółowoWYMAGANIA EDUKACYJNE na poszczególne oceny śródroczne i roczne. Z CHEMII W KLASIE III gimnazjum
WYMAGANIA EDUKACYJNE na poszczególne oceny śródroczne i roczne Z CHEMII W KLASIE III gimnazjum Program nauczania chemii w gimnazjum autorzy: Teresa Kulawik, Maria Litwin Program realizowany przy pomocy
Bardziej szczegółowoStereochemia Ułożenie atomów w przestrzeni
Slajd 1 Stereochemia Ułożenie atomów w przestrzeni Slajd 2 Izomery Izomery to różne związki posiadające ten sam wzór sumaryczny izomery izomery konstytucyjne stereoizomery izomery cis-trans izomery zawierające
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 2. Ilościowe zależności pomiędzy strukturą chemiczną a właściwościami chemicznymi (QSPR) dla nowych związków chemicznych. I.
1 Ćwiczenie 2. Ilościowe zależności pomiędzy strukturą chemiczną a właściwościami chemicznymi (QSPR) dla nowych związków chemicznych I. Cel ćwiczenia: Celem ćwiczenia jest nabycie umiejętności wykonania
Bardziej szczegółowoTeoria Orbitali Molekularnych. tworzenie wiązań chemicznych
Teoria Orbitali Molekularnych tworzenie wiązań chemicznych Zbliżanie się atomów aż do momentu nałożenia się ich orbitali H a +H b H a H b Wykres obrazujący zależność energii od odległości atomów długość
Bardziej szczegółowoProfil metaboliczny róŝnych organów ciała
Profil metaboliczny róŝnych organów ciała Uwaga: tkanka tłuszczowa (adipose tissue) NIE wykorzystuje glicerolu do biosyntezy triacylogliceroli Endo-, para-, i autokrynna droga przekazu informacji biologicznej.
Bardziej szczegółowoWYMAGANIA WSTĘPNE W ZAKRESIE WIEDZY, UMIEJĘTNOŚCI I INNYCH KOMPETENCJI 1. Brak
WYDZIAŁ Podstawowych Problemów Techniki KARTA PRZEDMIOTU Nazwa w języku polskim Podstawy chemii ogólnej Nazwa w języku angielskim General chemistry Język wykładowy polski Kierunek studiów Optyka Specjalność
Bardziej szczegółowoKonformacje cykloheksanu
I O T E C N O L CEMI O G ORGNICZN I Konformacje cykloheksanu Konformacje cykloheksanu sposób rysowania pierścienia sześcioczłonowego Dekalina MONOPODSTWIONE pochodne cykloheksanu Konformacja krzesłowa
Bardziej szczegółowoLeki przeciwzapalne. Niesteroidowe (NSAID nonsteroidal. Steroidowe
Leki przeciwzapalne Leki przeciwzapalne Niesteroidowe (NSAID nonsteroidal anti-inflammatory drug) Steroidowe Kwas acetylosalicylowy (Aspirin ) rok odkrycia 1897 (F. Hoffmann), rok wprowadzenia 1899 (Bayer)
Bardziej szczegółowopodstawowa/chemia/jak-zmienia-sie-podreczniki-dostosowane-do-nowej-podstawy-
Jak zmienią się podręczniki dostosowane do nowej podstawy programowej? Nowa podstawa programowa wprowadza nauczanie chemii do szkoły podstawowej. Na nauczanie chemii zostały przewidziane po dwie godziny
Bardziej szczegółowoEfekty kształcenia dla kierunku studiów CHEMIA studia pierwszego stopnia profil ogólnoakademicki
Załącznik nr 1 Efekty kształcenia dla kierunku studiów CHEMIA studia pierwszego stopnia profil ogólnoakademicki Umiejscowienie kierunku w obszarze kształcenia Kierunek studiów chemia należy do obszaru
Bardziej szczegółowoKARTA KURSU. Chemia fizyczna I. Physical Chemistry I
Biologia, I stopień, studia stacjonarne, 2017/2018, II semestr KARTA KURSU Nazwa Nazwa w j. ang. Chemia fizyczna I Physical Chemistry I Koordynator Prof. dr hab. Maria Filek Zespół dydaktyczny Prof. dr
Bardziej szczegółowoKombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk
Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność
Bardziej szczegółowoKryteria oceniania z chemii kl VII
Kryteria oceniania z chemii kl VII Ocena dopuszczająca -stosuje zasady BHP w pracowni -nazywa sprzęt laboratoryjny i szkło oraz określa ich przeznaczenie -opisuje właściwości substancji używanych na co
Bardziej szczegółowoEGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2016/2017 CZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNICZE ZASADY OCENIANIA ROZWIĄZAŃ ZADAŃ ARKUSZ GM-P8
EGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2016/2017 CZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNICZE ZASADY OCENIANIA ROZWIĄZAŃ ZADAŃ ARKUSZ GM-P8 KWIECIEŃ 2017 Zadanie 1. (0 2) II. Znajomość metodyki badań
Bardziej szczegółowoGeometria cząsteczek wieloatomowych. Hybrydyzacja orbitali atomowych.
Geometria cząsteczek wieloatomowych. Hybrydyzacja orbitali atomowych. Geometria cząsteczek Geometria cząsteczek decyduje zarówno o ich właściwościach fizycznych jak i chemicznych, np. temperaturze wrzenia,
Bardziej szczegółowoWykład 3-4. Materiały z wykładów (plik PDF): http://www.biomodellab.eu/lecture/
Wykład 3-4 Materiały z wykładów (plik PDF): http://www.biomodellab.eu/lecture/ Porównanie zakresów modelowania układów biologicznych Symulacje mezoskopowe, jedno ziarno = kilkanaście aminokwasów, ziarna
Bardziej szczegółowoLINIOWOŚĆ METODY OZNACZANIA ZAWARTOŚCI SUBSTANCJI NA PRZYKŁADZIE CHROMATOGRAFU
LINIOWOŚĆ METODY OZNACZANIA ZAWARTOŚCI SUBSTANCJI NA PRZYKŁADZIE CHROMATOGRAFU Tomasz Demski, StatSoft Polska Sp. z o.o. Wprowadzenie Jednym z elementów walidacji metod pomiarowych jest sprawdzenie liniowości
Bardziej szczegółowoDeskryptory molekularne
Deskryptory molekularne Molekuła - definicje Konstytucja sposób łączenia atomów Stereochemia sposób rozmieszczenia atomów w przestrzeni (konfiguracja) Izomery związki o tym samym wzorze cząsteczkowym różniące
Bardziej szczegółowoEGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2014/2015
EGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2014/2015 CZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNICZE ZASADY OCENIANIA ROZWIĄZAŃ ZADAŃ ARKUSZE: GM-P1X, GM-P2, GM-P4, GM-P5, GM-P7, GM-P1L, GM-P1U KWIECIEŃ 2015
Bardziej szczegółowoRECENZJA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ. zatytułowanej
Wydział Farmaceutyczny Uniwersytet Medyczny w Łodzi Prof. dr hab. n. farm. Elżbieta Budzisz (elzbieta.budzisz@umed.lodz.pl) Łódź, dn. 02.11.2016 r. RECENZJA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ zatytułowanej Synteza,
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Rozdział 1. Pomiar: jednostki miar... 1. Rozdział 2. Pomiar: liczby i obliczenia liczbowe... 16
Spis treści Przedmowa.......................... XI Rozdział 1. Pomiar: jednostki miar................. 1 1.1. Wielkości fizyczne i pozafizyczne.................. 1 1.2. Spójne układy miar. Układ SI i jego
Bardziej szczegółowoProgram studiów od roku akad. 2019/20 studia I stopnia, kierunek: Chemia medyczna. studia inżynierskie o profilu ogólnoakademickim
Program studiów od roku akad. 2019/20 studia I stopnia, kierunek: Chemia medyczna studia inżynierskie o profilu ogólnoakademickim Legenda: W- wykład; P- proseminarium; Ć ćwiczenia; L laboratorium * do
Bardziej szczegółowoWYMAGANIA EDUKACYJNE w klasie III
WYMAGANIA EDUKACYJNE w klasie III Nr lekcji Temat lekcji Treści nauczania (pismem pogrubionym zostały zaznaczone treści Podstawy Programowej) Węgiel i jego związki z wodorem Wymagania i kryteria ocen Uczeń:
Bardziej szczegółowoTemat : Budowa, właściwości i zastosowanie acetylenu jako przedstawiciela alkinów.
Konspekt lekcji chemii w klasie 2 liceum ogólnokształcącego. Temat : Budowa, właściwości i zastosowanie acetylenu jako przedstawiciela alkinów. 1. Zakres treści: 2. cele lekcji: Budowa cząsteczki acetylenu;
Bardziej szczegółowoProjektowanie Procesów Biotechnologicznych
Projektowanie Procesów Biotechnologicznych wykład 14 styczeń 2014 Kinetyka prostych reakcji enzymatycznych Kinetyka hamowania reakcji enzymatycznych 1 Enzymy - substancje białkowe katalizujące przemiany
Bardziej szczegółowoWykład 5: Cząsteczki dwuatomowe
Wykład 5: Cząsteczki dwuatomowe Wiązania jonowe i kowalencyjne Ograniczenia teorii Lewisa Orbitale cząsteczkowe Kombinacja liniowa orbitali atomowych Orbitale dwucentrowe Schematy nakładania orbitali Diagramy
Bardziej szczegółowoWodorotlenki. n to liczba grup wodorotlenowych w cząsteczce wodorotlenku (równa wartościowości M)
Wodorotlenki Definicja - Wodorotlenkami nazywamy związki chemiczne, zbudowane z kationu metalu (zazwyczaj) (M) i anionu wodorotlenowego (OH - ) Ogólny wzór wodorotlenków: M(OH) n M oznacza symbol metalu.
Bardziej szczegółowoROZPORZĄDZENIE KOMISJI (UE) / z dnia r.
KOMISJA EUROPEJSKA Bruksela, dnia 29.5.2018 C(2018) 3193 final ROZPORZĄDZENIE KOMISJI (UE) / z dnia 29.5.2018 r. zmieniające rozporządzenie (WE) nr 847/2000 w odniesieniu do definicji pojęcia podobnego
Bardziej szczegółowopisemne, prezentacje multimedialne; laboratorium W1-3 wykład test pisemny; konwersatorium kolokwia pisemne, prezentacje multimedialne; laboratorium
UNIWERSYTET MARII CURIE-SKŁODOWSKIEJ W LUBLINIE Projekt Zintegrowany UMCS Centrum Kształcenia i Obsługi Studiów, Biuro ds. Kształcenia Ustawicznego telefon: +48 81 537 54 61 Podstawowe informacje o przedmiocie
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 6
Podstawy projektowania leków wykład 6 Łukasz Berlicki Peptydy i peptydomimetyki Peptydy oligomery zbudowane z aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym. Peptydomimetyki cząsteczki naśladujące strukturę
Bardziej szczegółowoEGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2017/2018 CZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNICZE ZASADY OCENIANIA ROZWIĄZAŃ ZADAŃ ARKUSZE: GM-P5
EGZAMIN W KLASIE TRZEIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2017/2018 ZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNIZE ZASADY OENIANIA ROZWIĄZAŃ ZADAŃ ARKUSZE: GM-P5 KWIEIEŃ 2018 Zadanie 1. (0 1) III. Poszukiwanie, wykorzystanie
Bardziej szczegółowoZAGADNIENIA NA POPRAWĘ OCENY NIEDOSTATECZNEJ ZA SEMESTR I 2012/2013 CHEMIA. Klasa I Gimnazjum
Klasa I Gimnazjum 1. Znajomość podstawowych elementów szkła i sprzętu laboratoryjnego. 2. Umiejętność określania właściwości substancji tj: stan skupienia, barwa, zapach, połysk, smak, palność, twardość,
Bardziej szczegółowoZ47 BADANIA WŁAŚCIWOŚCI ELEKTROFIZJOLOGICZNYCH BŁON KOMÓRKOWYCH
Z47 BADANIA WŁAŚCIWOŚCI ELEKTROFIZJOLOGICZNYCH BŁON KOMÓRKOWYCH I. Cel ćwiczenia Celem ćwiczenia jest zapoznanie się z podstawową wiedzą na temat pomiarów elektrofizjologicznych żywych komórek metodą Patch
Bardziej szczegółowoProgram studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2015/16
Program studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2015/16 Semestr 1M Przedmioty minimum programowego na Wydziale Chemii UW L.p. Przedmiot Suma godzin Wykłady Ćwiczenia Prosem.
Bardziej szczegółowoTransport przez błony
Transport przez błony Transport bierny Nie wymaga nakładu energii Transport aktywny Wymaga nakładu energii Dyfuzja prosta Dyfuzja ułatwiona Przenośniki Kanały jonowe Transport przez pory w błonie jądrowej
Bardziej szczegółowoNowe liceum i technikum REFORMA 2019
Nowe liceum i technikum REFORMA 2019 Przedmiot: Zakres: CHEMIA PODSTAWOWY Zasadnicza zmiana w stosunku do podstawy z 2012 roku Kształcenie chemiczne dla 3-letniego liceum w zakresie podstawowym stanowiło
Bardziej szczegółowoEGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2017/2018 CZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNICZE
EGZAMIN W KLASIE TRZEIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2017/2018 ZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNIZE ZASADY OENIANIA ROZWIĄZAŃ ZADAŃ ARKUSZE: GM-PX1, GM-P2, GM-P4, GM-P7 KWIEIEŃ 2018 Zadanie 1. (0 1) III. Poszukiwanie,
Bardziej szczegółowoPlan dydaktyczny z chemii klasa: 2TRA 1 godzina tygodniowo- zakres podstawowy. Dział Zakres treści
Anna Kulaszewicz Plan dydaktyczny z chemii klasa: 2TRA 1 godzina tygodniowo- zakres podstawowy lp. Dział Temat Zakres treści 1 Zapoznanie z przedmiotowym systemem oceniania i wymaganiami edukacyjnymi z
Bardziej szczegółowoTemat Ocena dopuszczająca Ocena dostateczna Ocena dobra Ocena bardzo dobra Ocena celująca. Uczeń:
Chemia - klasa I (część 2) Wymagania edukacyjne Temat Ocena dopuszczająca Ocena dostateczna Ocena dobra Ocena bardzo dobra Ocena celująca Dział 1. Chemia nieorganiczna Lekcja organizacyjna. Zapoznanie
Bardziej szczegółowoTeoretyczne badania reakcji odwodornienia borazanu katalizowanych przez kompleksy oparte na palladzie
Teoretyczne badania reakcji odwodornienia borazanu katalizowanych przez kompleksy oparte na palladzie Monika Parafiniuk Praca wykonywana pod opieką dr Mariusza Mitoraja Cele pracy i plan prezentacji Cel
Bardziej szczegółowoZagadnienia z chemii na egzamin wstępny kierunek Technik Farmaceutyczny Szkoła Policealna im. J. Romanowskiej
Zagadnienia z chemii na egzamin wstępny kierunek Technik Farmaceutyczny Szkoła Policealna im. J. Romanowskiej 1) Podstawowe prawa i pojęcia chemiczne 2) Roztwory (zadania rachunkowe zbiór zadań Pazdro
Bardziej szczegółowoChemia bionieorganiczna / Rosette M. Roat-Malone ; red. nauk. Barbara Becker. Warszawa, Spis treści
Chemia bionieorganiczna / Rosette M. Roat-Malone ; red. nauk. Barbara Becker. Warszawa, 2010 Spis treści Przedmowa IX 1. WYBRANE ZAGADNIENIA CHEMII NIEORGANICZNEJ 1 1.1. Wprowadzenie 1 1.2. Niezbędne pierwiastki
Bardziej szczegółowoElementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin
Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin 1. Zapisz konfigurację elektronową dla atomu helu (dwa elektrony) i wyjaśnij, dlaczego cząsteczka wodoru jest stabilna, a cząsteczka
Bardziej szczegółowoTrójkąt Gibbsa Równowagi układów z ograniczoną mieszalnością składników Prawo podziału Nernsta
Termodynamiczny opis równowag w układach trójskładnikowych 3.4.1. Trójkąt Gibbsa 3.4.2. Równowagi układów z ograniczoną mieszalnością składników 3.4.3. Prawo podziału Nernsta Układy trójskładnikowe Liczba
Bardziej szczegółowoBIOTECHNOLOGIA OGÓLNA
BIOTECHNOLOGIA OGÓLNA 1. 2. 3. 4. 5. Ogólne podstawy biologicznych metod oczyszczania ścieków. Ścieki i ich rodzaje. Stosowane metody analityczne. Substancje biogenne w ściekach. Tlenowe procesy przemiany
Bardziej szczegółowoPodstawy chemoinformatyki leków
Podstawy chemoinformatyki leków Jarosław Polański, Andrzej Bąk Podstawy chemoinformatyki leków Wydanie drugie rozszerzone Wydawnictwo Uniwersytetu Śląskiego Katowice 2018 Recenzenci prof. dr hab. Barbara
Bardziej szczegółowoModel wiązania kowalencyjnego cząsteczka H 2
Model wiązania kowalencyjnego cząsteczka H 2 + Współrzędne elektronu i protonów Orbitale wiążący i antywiążący otrzymane jako kombinacje orbitali atomowych Orbital wiążący duża gęstość ładunku między jądrami
Bardziej szczegółowoChemia ogólna i nieorganiczna
S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) Chemia ogólna i nieorganiczna I nformacje ogólne Kod F6/B modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów Nazwa modułu
Bardziej szczegółowoXXII KONKURS CHEMICZNY DLA GIMNAZJALISTÓW ROK SZKOLNY 2014/2015
IMIĘ I NAZWISKO PUNKTACJA SZKOŁA KLASA NAZWISKO NAUCZYCIELA CHEMII I LICEUM OGÓLNOKSZTAŁCĄCE Inowrocław 23 maja 2015 Im. Jana Kasprowicza INOWROCŁAW XXII KONKURS CHEMICZNY DLA GIMNAZJALISTÓW ROK SZKOLNY
Bardziej szczegółowo