BLOK LICENCJACKI GENETYCZNY

Transkrypt

1 BLOK LICENCJACKI GENETYCZNY

2 Blok licencjacki genetyczny pozwala na uzyskanie szczegółowej wiedzy z zakresu genetyki na poziomie komórkowym i molekularnym

3 Jeśli chcesz wiedzieć: w jaki sposób geny decydują o rozwoju i funkcjonowaniu organizmów na czym polegają mutacje co leży u podłoża chorób genetycznych i nowotworowych jakie metody badawcze są wykorzystywane w genetyce molekularnej, cytogenetyce co to są uszkodzenia DNA i jak sobie z nimi radzić jak wykorzystać dane z zakresu genetyki w biologii, mikrobiologii, cytobiochemii wybierz blok genetyczny

4 Gdzie można realizować prace licencjackie? Katedra Genetyki Molekularnej (Instytut Biochemii) Katedra Cytobiochemii (Instytut Biochemii) Pracownia Cytogenetyki (Instytut Biologii Eksperymentalnej) Zakład Genetyki Drobnoustrojów (Instytut Mikrobiologii, Biotechnologii i Immunologii)

5 Do kogo należy się zgłaszać w związku z realizacją pracy licencjackiej? prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska Katedra Cytobiochemii prof. dr hab. Katarzyna Woźniak Katedra Genetyki Molekularnej dr hab. Renata Kontek prof. nadzw. UŁ Pracownia Cytogenetyki dr hab. Paweł Stączek prof. nadzw. UŁ Zakład Genetyki Drobnoustrojów

6 Krótki przewodnik po bloku genetycznym czyli: czym zajmują się poszczególne jednostki naukowe i jakie proponują tematy prac licencjackich w roku akademickim 2018/2019

7 Katedra Genetyki Molekularnej

8 Tematyka prac badawczych realizowanych w Katedrze Genetyki Molekularnej: Relacje pomiędzy autofagią, starzeniem i reakcją komórki na uszkodzenia DNA w nabłonku barwnikowym siatkówki Znaczenie modyfikacji epigenetycznych w reakcji komórki na uszkodzenia DNA Ekspresja genów szlaku BER w chorobie Alzheimera Zmienność genów naprawy DNA w chorobach depresyjnych Białka naprawy dwuniciowych pęknięć DNA jako cele dla spersonalizowanej terapii przeciwnowotworowej opartej na syntetycznej letalności Genetyczne uwarunkowania chorób nowotworowych Identyfikacja mechanizmu uwrażliwiania komórek nowotworowych na leki przeciwnowotworowe za pomocą inhibitorów naprawy DNA

9 Proponowane tematy prac licencjackich: Edytowanie genomów narzędzie biologii molekularnej i medycyny Reakcja łańcuchowa polimerazy nowe oblicza standardowej techniki badawczej Sekwencjonowanie DNA historia i nowoczesność Sekwencje mikrosatelitarne i ich wykorzystanie w medycynie i sądownictwie

10 Proponowane tematy prac licencjackich: Klonowanie macierzystych komórek embrionalnych problemy techniczne i etyczne Proces naprawy DNA Nobel w dziedzinie chemii w 2015 roku Długie niekodujące RNA Źródła grafiki: materiały Katedry Genetyki Molekularnej UŁ

11 Katedra Cytobiochemii

12 Katedra Cytobiochemii pracownicy samodzielni: prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska (kierownik Katedry) prof. dr hab. Magdalena Bryś, dr hab. Anna Krześlak, prof. nadzw. UŁ, dr hab. Małgorzata Rogalińska, prof. nadzw. UŁ TEMATY BADAWCZE: Zaburzenia sygnalizacji modulowanej przez receptory związane z białkami G w procesie transformacji nowotworowej Znaczenie homeostazy wapniowej w powstawaniu i progresji nowotworów Epigenetyczna regulacja receptora androgenów w raku piersi Czynniki genetyczne wpływające na niepłodność mężczyzn

13 Katedra Cytobiochemii TEMATY BADAWCZE: Rola białek Polycomb w regulacji ekspresji genów związanych z transformacją nowotworową oraz procesem autofagii Znaczenie zaburzenia modyfikacji histonów w progresji nowotworów Wpływ zaburzeń O-glikozylacji białek mitochondrialnych na metabolizm komórek nowotworowych Poszukiwanie nowych związków przeciwnowotworowych indukujących apoptozę komórek białaczkowych Personalizacja terapii przewlekłej białaczki limfocytowej

14 Katedra Cytobiochemii MATERIAŁ Nowotwory endometrium, jelita grubego, piersi, prostaty, tarczycy, białaczka limfocytowa B-komórkowa METODY Hodowle komórkowe, modele zwierzęce Real-Time PCR Western blotting ChiP (chromatin immunoprecipitation) interferencja RNA wektory plazmidowe do wyciszania lub nadekspresji genów obrazowanie immunofluorescencyjne sekwencjonowanie DNA testy oceniające przeżywalność, proliferację i zdolność komórek do migracji

15 Katedra Cytobiochemii Planowane tematy prac licencjackich* Onkowirusy Wpływ nonylofenolu na proces nowotworzenia HPV a nowotwory głowy i szyi Długie niekodujące RNA i ich znaczenie w procesie nowotworzenia Witamina D i jej znaczenie Otyłość a nowotwory * Istnieje możliwość realizowania innych prac z zakresu biologii molekularnej i genetyki po uzgodnieniu tematu z opiekunem

16 Pracownia Cytogenetyki

17 Pracownia Cytogenetyki dr hab. Renata Kontek prof. nadzw. UŁ kierownik Pracowni dr hab. Alina Błaszczyk prof. nadzw. UŁ dr Beata Marciniak adiunkt Tematyka badawcza: cytotoksyczność związków pochodzenia naturalnego (potencjalnych biofarmaceutyków) oraz związków chemicznych syntetyzowanych de novo o charakterze przeciwnowotworowym ocena poziomu apoptozy i nekrozy w komórkach analiza stopnia proliferacji komórek (indeks mitotyczny) oraz przebiegu cyklu komórkowego genotoksyczność związków o potencjalnej aktywności przeciwnowotworowej poziom stresu oksydacyjnego Materiał badawczy: prawidłowe i nowotworowe komórki człowieka Metody: hodowle komórkowe, test MTT, test komety (analiza uszkodzeń i naprawy DNA), cytometria przepływowa (badanie apoptozy i cyklu komórkowego), podwójne barwienia fluorochromami,, metody fluorescencyjne pozwalające na analizę struktur komórkowych (np. mikrotubul i wrzeciona podziałowego), badanie poziomu stresu oksydacyjnego w komórkach, mikroskopia świetlna i fluorescencyjna

18 Pracownia Cytogenetyki Tematy planowanych prac licencjackich w roku 2018/2019: Jak starzeją się komórki? (dr hab. R. Kontek prof. nadzw. UŁ) Test kometowy (comet assay) w analizie genotoksyczności (dr hab. R. Kontek prof. nadzw. UŁ) Chromosomy w jądrze interfazowym (dr hab. A. Błaszczyk prof. nadzw. UŁ) Nanocząstki węglowe w terapii chorób nowotworowych (dr hab. A. Błaszczyk prof. nadzw. UŁ) Substancje pochodzenia naturalnego w terapii przeciwnowotworowej (dr B. Marciniak) i inne w zależności od zainteresowań studenta

19 Zakład Genetyki Drobnoustrojów

20 Zakład Genetyki Drobnoustrojów dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ - kierownik zakładu, dr Anita Ciesielska, dr Aleksandra Strzelczyk, dr Paulina Jęcz, mgr Adrian Soboń Oznaczanie aktywności biologicznej nowosyntetyzowanych związków (m.in. pochodnych tiosemikarbazydu, ferroceny, azirydyny) jako potencjalnych leków antybakteryjnych ogólny wzór tiosemikarbazydu Pochodne tisemikarbazydu: - Małocząsteczkowe związki (masa <400) - Syntetyzowane w wyniku reakcji hydrazydu kwasu heterokarboksylowego z odpowiednim izotiocyjanianem - Siarkoorganiczne odpowiedniki semikarbazydów hydrazydów kwasu karbaminowego (aminomocznika) Wykazują właściwości: antybakteryjne, przeciwgrzybicze, przeciwwirusowe, przeciwpasożytnicze, owadobójcze i chwastobójcze, przeciwnowotworowe, przeciwzapalne, antydepresyjne

21 Zakład Genetyki Drobnoustrojów Analiza ekspresji genów patogenności chorobotwórczych grzybów skórnych (dermatofitów) w odpowiedzi na czynniki środowiskowe charakterystyczne dla fazy zakażenia komputerowe analizy genomów dermatofitów Trichophyton pomiar ekspresji wybranych genów, w tym transporterów leków z rodziny białek ABC, przy zastosowaniu technik qpcr oraz RNAseq Proteomic analysis Transcriptomic analysis Microsporum porównawcza analiza proteomu dermatofitów hodowanych w obecności zmiennych parametrów środowiskowych Sample preparation 1-D, 2-D SDS-PAGE LC-MS/MS, MALDI TOF/TOF Protein identification using bioinformatic software (eg. Mascot) RNA libraries preparation sequencing (total reads) Data processing (clean reads) gene assembly Analysis of changes in protein profile analysis of changes in gene expression newly discovered genes Epidermophyton PCA- principal component analysis analysis of contigs, transcript annotation, etc.

22 Tematyka prac licencjackich dla bloku genetycznego: Ewolucja genów oporności Rola integronów w lekooporności u bakterii Nowe metody odkrywania antybiotyków (genomika, transkryptomika, metabolomika) Małe cząsteczki RNA biorące udział w regulacji ekspresji genów Topoizomerazy jako cele molekularne dla leków przeciwbakteryjnych i przeciwnowotworowych Bakteryjna regulacja ekspresji genów Plazmidy jako wielofunkcyjne narzędzia w biologii bakterii

23 Studentów pragnących poszerzyć swoje zainteresowania genetyką zapraszamy do: Sekcji Genetycznej Studenckiego Koła Naukowego Biologów (opiekun dr Ewelina Synowiec) Sekcji Cytogenetycznej Studenckiego Koła Naukowego Biologów (opiekun dr hab. Alina Błaszczyk, prof. nadzw. UŁ)

24 Zapraszamy