Wykład 1 BIOMATEMATYKA DR WIOLETA DROBIK

Transkrypt

1 Wykład 1 BIOMATEMATYKA DR WIOLETA DROBIK

2 SPRAWY ORGANIZACYJNE Konsultacje: czwartek 12-14, pokój Wykład 30 h (10 x 3 h w tygodniu) Ćwiczenia 15 h (od grudnia) Zaliczenie: Egzamin - 40 % Projekt i jego prezentacja - 50 % Analiza statystyczna, przygotowanie symulacji, opracowanie wybranego zagadnienia z wykorzystaniem danych praca na ćwiczeniach - 10%

3 TEMATYKA WYKŁADÓW I ĆWICZEŃ Modele matematyczne dla przykładowych zjawisk ekologicznych, ewolucyjnych, demograficznych, epidemiologicznych oraz zakres ich stosowania. Narzędzia do modelowania i ocena jakości wyników: Statystyka: regresja, analiza wariancji, testy nieparametryczne Środowisko R, podstawy programowania Praca z dużymi zbiorami danych: Metody analizy porównawczej sekwencji DNA Metody określania funkcji genów Techniki prezentowania wyników naukowych

4 DLACZEGO BIOMATEMATYKA?

5 DLACZEGO BIOMATEMATYKA?

6 ZASTOSOWANIE MODELI MATEMATYCZNYCH W NAUKACH BIOLOGICZNYCH Jaka będzie liczebność populacji ludzkiej w przyszłości? (demografia, ekologia) Jak rozprzestrzeniają się choroby zakaźne? (epidemiologia) Jak działają mięśnie? (fizjologia) Jaka jest zależność pomiędzy stężeniem glukozy, a insuliny? (medycyna) Dlaczego zebra ma paski, a lampart cętki? (wzory w przyrodzie) Jak działa mózg? (neurologia) Jak przebiega rozwój zarodkowy? (embriologia) Jaką strukturę genetyczną będzie miała populacja w przyszłości? (genetyka)

7 ROZWÓJ POPULACJI

8 ROZWÓJ POPULACJI W jakim stopniu populacja rysia zależy od populacji zającowatych?

9 WZORY W PRZYRODZIE W latach 50-tych XX wieku Alan Turing zaproponował jak wykorzystać matematykę do studiowania wzorów pojawiających się w przyrodzie W latach 80-tych XX wieku teoria ta została rozwinięta przez Jamesa Murraya 1. Równania matematyczne opisujące powstawanie wzorów 2. Program komputerowy, który rozwiązywał równania 3. Wykorzystanie grafiki komputerowej Fraktale

10 WZROST NOWOTWORÓW Modele matematyczne są wykorzystywane do przewidywania wzrostu nowotworów oraz skuteczności terapii (Benzekry i wsp., 2014)

11 EPIDEMIOLOGIA S I R S = s(t) liczba osobników podatnych I = i(t) osobniki zainfekowane (chorują i roznoszą infekcje) R = r(t) liczba osobników ozdrowiałych (wyzdrowieli i nabyli odporność)

12 GENETYKA Prawo Hardy ego i Weinberga pozwala wyznaczyć frekwencję genotypów na podstawie frekwencji alleli przy spełnieniu szeregu założeń

13 MODEL Reprezentacja badanego zjawiska, czyli substytut rzeczywistości, celowo uproszczony, potraktowany wycinkowo z pominięciem szczegółów i cech nieistotnych MODEL MATEMATYCZNY Opis rzeczywistości w języku matematyki i logiki formalnej, który składa się z: Symboli, parametrów Relacji matematycznych Zasad operowania powyższymi

14 MODEL MATEMATYCZNY Największe wyzwanie Wyodrębnienie jedynie najważniejszych elementów z bardzo złożonego układu rzeczywistego Cele modelu: Opis przebiegu procesów na podstawie znajomości danych początkowych i parametrów charakteryzujących konkretny proces Określenie prawdopodobieństwa zdarzeń Ile jest możliwych różnych struktur złożonych z elementów o określonych cechach Opis różnych cech morfologicznych, kształtów przy użyciu pojęć matematycznych

15 MODEL MATEMATYCZNY Nawet najlepszy model jest tylko przybliżeniem rzeczywistości Nie ma i nie może być jednego, idealnego modelu dla danego fragmentu rzeczywistości Wpływ na to w jakim stopniu model oddaje rzeczywistość ma przede wszystkim: Niepewność parametrów Niepewność warunków brzegowych Problemy związane ze skalą czasową lub przestrzenną

16 MODEL MATEMATYCZNY Dwuskładnikowa struktura modelu Teoretyczny opis danego zjawiska na podstawie bieżącej wiedzy (modelem heurystycznym) Struktura matematyczna Niezbędne składniki: Zbiór parametrów modelu Wartości wyznaczane na podstawie eksperymentów i obserwacji Zbiór zmiennych niewiadomych, których wartości są wyznaczane przez model

17 MODEL MATEMATYCZNY Prawidłowy model matematyczny powinien posiadać jednoznaczne rozwiązanie, które jest stabilne względem warunków początkowych i parametrów Model symulacyjny: Nie jest reprezentowany przez jedną określoną strukturę matematyczną, ale algorytm i zbudowany na jego podstawie program, którego elementy skonstruowane są na podstawie modeli matematycznych Realizacja programu symuluje przebieg rzeczywistego procesu

18 JAK POWSTAJE MODEL MATEMATYCZNY? Dane eksperymentalne Dane uzyskane na podstawie modelu Problem badawczy Rozwiązanie i weryfikacja modelu Sformułowanie modelu matematycznego Helen M. Byrne (2010), Nature Reviews Cancer Proces modelowania ma charakter iteracyjny i multidyscyplinarny

19 WERYFIKACJA MODELU Porównanie tego co model przewiduje z rzeczywistością Model powinien być tak prosty, jak to tylko możliwe, ale nie prostszy Albert Einstein Szczególne wyzwania w biologii ze względu na stopień złożoności układów biologicznych i ich zmienność

20 WERYFIKACJA MODELU Zasada falsyfikowalności Każdy model lub teoria w naukach przyrodniczych powinny być tak sformułowane, aby choćby teoretycznie możliwe było ich obalenie, czyli falsyfikacja Wystarczy aby wyniki choć jednego eksperymentu były niezgodne z przewidywaniami aby nie uznać modelu za poprawny! Statystyka jako narzędzie do weryfikacji modelu Pozwala przyjąć lub odrzucić model z pewnym prawdopodobieństwem na podstawie zgodności między przewidywaniami a wynikami eksperymentu

21 WERYFIKACJA MODELU Teoria grawitacji Newtona, która nie uwzględnia efektu zakrzywienia czasoprzestrzeni przez rozmieszczone w niej ciała Teoria względności Einsteina pozwoliła wyjaśnić odchylenia w ruchu planety merkury oraz promieni świetlnych z odległych gwiazd

22 MODEL DETERMINISTYCZNY Wielkość wyjściowa jest jednoznacznie przypisana do wielkości wejściowej za pomocą określonej zależności funkcyjnej Określa stany wybranego układu w czasie Nie uwzględnia losowego rozrzutu wartości zmiennych MODEL STOCHASTYCZNY (PROBABILISTYCZNY) Wielkość wyjściowa jest wyznaczona z pewnym prawdopodobieństwem Określa prawdopodobieństwo, że dany układ znajdzie się w danym stanie

23 MODEL DETERMINISTYCZNY A STOCHASTYCZNY

24 LITERATURA Matematyka dla biologów Wrzosek Dariusz. Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego. Warszawa. Modelowanie matematyczne w biologii i medycynie Foryś Urszula, Poleszczuk Jan. Uniwersytet Warszawski. Mathematical Biology Murray J.D.,Third Edition. Springer.