Epigenetyczne modyfikacje RNA: zastosowanie symulacji dynamiki molekularnej do badania ich wpływu na strukturę i stabilność RNA.
|
|
- Krystian Mazurek
- 7 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Epigenetyczne modyfikacje RNA: zastosowanie symulacji dynamiki molekularnej do badania ich wpływu na strukturę i stabilność RNA. Joanna Sarzynska 1,2, Indrajit Deb 1,2,3, Ryszard Kierzek 1 1 Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Noskowskiego 12/14, Poznań 2 Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki, Politechnika Poznańska, Piotrowo 2, Poznań 3 Department of Biophysics, Molecular Biology & Bioinformatics, University of Calcutta, Kolkata , West Bengal, India 1
2 Modyfikacje RNA 109 modyfikacji (database at The RNA Institute, State University of New York at Albany) trna (transportujacy RNA transfer RNA) 93 różnych modyfikacji dla trna Modyfikacje epigenetyczne modyfikacje mrna dynamiczne dodawane i usuwane przez specyficzne enzymy Pseudourydyna (PSU) 6-metylo-adenozyna (m 6 A) Frequency of ~ m 6 A per 2000nt
3 Nasze obiekty badawcze: Dupleksy Spinki RNA trna Metodologia: metody eksperymentalne (chemiczna synteza oligonukleotydów, spektroskopia NMR, badanie trwałości teromodynamicznej) metody obliczeniowe parametryzacja pola siłowego dla modyfikowanych reszt RNA symulacje dynamiki molekularnej, MM/PBSA, perturbacja energii swobodnej 3
4 Parametryzacja pola siłowego AMBER dla PSU The glycosidic (χ) torsion parameters were reparameterized at the individual nucleoside level. The parameters were also tested by 16 ns Replica Exchange MD simulations in 16 temperature windows ranging from 300K to 400K in water (equivalent to 256 ns normal MD simulation) I Deb, R Pal, J Sarzynska, A Lahiri, Journal of Computational Chemistry, 2016, 37,
5 RNA duplex under study with PSU modification Symulowane wyżarzanie (simulated annealing, SA) Przygotowanie struktury do zdeponowania w banku PDB Więzy strukturalne na podstawie widm NMR Distance restrains: 310 HB restrains: 54 Torsion angles: 177 Chirality: 90 Total: runs/~2 days 20 runs 5 -UCAG CAGU-3 3 -AGUCAGUCA-5 5 -UCAC GAGU-3 3 -AGUGACUCA-5 A B 5
6 RNA duplex under study with/without PSU modification PSU(N3H) - A14 TAK PSU(N1H) - A14? 500ns MD siumulations were carried out in explicit water at 300K with AMBER FF14SB force field for regular RNA and our newly developed parameter sets for pseudouridine (PSU/Ψ) Jak wyjaśnić stabilizującą role PSU? stabilizująca rola wody strukturalnej oddziaływania warstwowe 6
7 RNA duplex 18 nt atoms AMBER pmemd.cuda (GPU) performance - 42ns/day 7
8 Analiza trajektorii MD Sequence A Sequence B Radial distribution function g(r) of Water Oxygen WAT O atom around H5 atom of U (Uridine) and N1H atom of (Pseudouridine) Thermodynamic parameters of duplex formation calculated by MM/PBSA method in presence/absence of one explicit water molecule using 8000 frames of last 400ns of the simulated trajectories ΔΔG SIM (kcal/mol) ΔΔG SIM + WAT (kcal/mol) ΔΔG Exp (kcal/mol) Sequence A (±6.30) (±6.72) (±00.55) Sequence B (±6.54) (±6.94) (±00.49) Kierzek E, Malgowska M, Lisowiec J, et al (2014) The contribution of pseudouridine to stabilities and structure of RNAs. 8 Nucleic Acids Res 42:
9 Przełacznik m 6 A (m 6 A switch) RNA hairpin derived from the m 6 A-switch in MALAT1 with m 6 A modifications. Zhou KI, Parisien M, Dai Q, et al (2016) N6-Methyladenosine Modification in a Long Noncoding RNA Hairpin Predisposes Its Conformation to Protein Binding. J Mol Biol 428: Modelowanie struktury przestrzennej za pomocą RNAComposer Symulacje MD Experymentalne badanie twałości termodynamicznej spinek RNA Kierzek E, Kierzek R (2003) The thermodynamic stability of RNA duplexes and hairpins containing N6-alkyladenosines and 2-methylthio-N6- alkyladenosines. Nucleic Acids Res 31: Kierzek E, Kierzek R (2003) The synthesis of oligoribonucleotides containing N6-alkyladenosines and 2-methylthio-N6-alkyladenosines via 9 post-synthetic modification of precursor oligomers. Nucleic Acids Res 31:
10 trna 76 nt atoms AMBER pmemd.cuda (GPU) performance - 10ns/day
11 Acknowledgements: International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB), Trieste, Italy for providing SMART Fellowship to Indrajit Deb to work at Institute of Bioorganic Chemistry (IBCh), Poznan, Poland Poznan Supercomputing and Networking Center (PSNC), Poznan, Poland for computational support European Center for Bioinformatics and Genomics (ECBiG), Poznan, Poland for computer lab support Dziękujemy na utworzenie kolejki GPU 11
Wpływ pseudourydyny na strukturę i stabilność RNA: symulacje dynamiki molekularnej i obliczenia kwantowo-mechaniczne
Wpływ pseudourydyny na strukturę i stabilność RNA: symulacje dynamiki molekularnej i obliczenia kwantowo-mechaniczne Joanna Sarzynska 1,2, Indrajit Deb 1,2,3, Ryszard Kierzek 1 1 Instytut Chemii Bioorganicznej
Bardziej szczegółowoWielofunkcyjne bialko CBC dynamika wiazania konca 5 mrna
Wielofunkcyjne bialko CBC dynamika wiazania konca 5 mrna Ryszard Stolarski UNIWERSYTET WARSZAWSKI Wydzial Fizyki, Instytut Fizyki Doswiadczalnej, Zaklad Biofizyki ul. Zwirki i Wigury 93, 02-089 Warszawa
Bardziej szczegółowoTHEORETICAL STUDIES ON CHEMICAL SHIFTS OF 3,6 DIIODO 9 ETHYL 9H CARBAZOLE
THEORETICAL STUDIES ON CHEMICAL SHIFTS OF 3,6 DIIODO 9 ETHYL 9H CARBAZOLE Teobald Kupkaa, Klaudia Radula-Janika, Krzysztof Ejsmonta, Zdzisław Daszkiewicza, Stephan P. A. Sauerb a Faculty of Chemistry,
Bardziej szczegółowoSilica Surface Modification and its Application in Permanent Link with Nucleic Acids
Supporting Information Silica Surface Modification and its Application in Permanent Link with Nucleic Acids Krzysztof Kuciński, a Magdalena Jankowska-Wajda, a Tomasz Ratajczak, b Sandra Bałabańska-Trybuś,
Bardziej szczegółowoBridgeCloud Project CASE STUDY
BridgeCloud Project CASE STUDY Tomasz Piontek Dział Aplikacji i Usług Wielkiej Skali Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe e-mail: piontek@man.poznan.pl Możliwość i potrzeba wszechstronnej współpracy
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 3.I.2008
Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-03 1 Plan wykładu analiza i porównywanie struktur białek. doświadczalne metody badania struktur
Bardziej szczegółowoBSc Biotechnology Curriculum 2018/2019
BSc Biotechnology Curriculum 2018/2019 Semester I (winter) Plant Biology exam Dr Alicja Dołzbłasz (WNB**) Plant Biology 1 15 Animal Biology Dr Magdalena Chmielewska (WNB**) exam Animal Biology Dr Marta
Bardziej szczegółowoWyznaczanie struktury długich łańcuchów RNA za pomocą Jądrowego Rezonansu Magnetycznego. Marta Szachniuk Politechnika Poznańska
Wyznaczanie struktury długich łańcuchów RNA za pomocą Jądrowego Rezonansu Magnetycznego Marta Szachniuk Politechnika Poznańska Plan prezentacji 1. Wprowadzenie do problematyki badań: cel i zasadność projektu.
Bardziej szczegółowoSYMULACJA DYNAMIKI MOLEKULARNEJ
SYMULACJA DYNAMIKI MOLEKULARNEJ ionized.psf min2.coor xyz.xsc par_all27_na.prm dyn2.conf NAMD dyn2.coor dyn2.xsc dyn2.vel dyn2.out dyn2.dcd dyn2.restart.coor dyn2.restart.xsc dyn2.restart.vel dyn2.restart.coor.old
Bardziej szczegółowoKaja Milanowska. Lista publikacji - październik 2012. I. Prace oryginalne (rozdziały w książkach zbiorowych, artykuły w czasopismach):
Kaja Milanowska Lista publikacji - październik 2012 I. Prace oryginalne (rozdziały w książkach zbiorowych, artykuły w czasopismach): 1. Philips A, Milanowska K, Lach G, Boniecki M, Rother K, Bujnicki JM
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury
Bardziej szczegółowoPlan prezentacji. Wprowadzenie Metody Wyniki Wnioski Podziękowania. Yaghi et al. Nature 2003, 423, 705 2
Molecular Modeling of Hydrogen Storage. M+ H2 and M+ Benzene vs. Metal Organic Frameworks (MOF) P. Groch1, M. Stachów1, T. Kupka1 oraz L. Stobiński2 1Uniwersytet Opolski, Wydział Chemii, 45-052 Opole 2Instytut
Bardziej szczegółowoSupplementary Information
Supplementary Information ovel -alkyl derivatives of naringenin and their oximes with antimicrobial and anticancer activity Joanna Kozłowska 1,*, Ewa Grela 2, Dagmara Baczyńska 3, Agnieszka Grabowiecka
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka obejmuje technologie wykorzystujące
Bardziej szczegółowoZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka. 2-letnie studia II stopnia (magisterskie)
ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka 2-letnie studia II stopnia (magisterskie) 1. OGÓLNA CHARAKTERYSTYKA STUDIÓW Wieloskalowe metody molekularnego
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) http://bioinformaticsonline.com/file/view/4482/bioinformatics-definitions-and-applications
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.
Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 11.01.11 1 Dopasowanie strukturalne (alignment) odległość: d ij = (x i -x J ) 2 + (y i -y J ) 2
Bardziej szczegółowoPublic gene expression data repositoris
Public gene expression data repositoris GEO [Jan 2011]: 520 k samples 21 k experiments Homo, mus, rattus Bos, sus Arabidopsis, oryza, Salmonella, Mycobacterium et al. 17.01.11 14 17.01.11 15 17.01.11 16
Bardziej szczegółowoLista przedmiotów prowadzonych przez pracowników Zakładu Sieci i Systemów Elektroenergetycznych
Lista przedmiotów prowadzonych przez pracowników Zakładu Sieci i Systemów Elektroenergetycznych Informatyka w elektroenergetyce 1DE1703 W15, L30 Projektowanie komputerowe i systemy informacji przestrzennej
Bardziej szczegółowoMolecular Modeling of Small and Medium Size Molecular Systems. Structure and Spectroscopy
Molecular Modeling of Small and Medium Size Molecular Systems. Structure and Spectroscopy Teobald Kupka 1, Michał Stachów 1, Marzena Nieradka 1, Klaudia Radula-Janik 1, Paweł Groch 1, Małgorzata Broda
Bardziej szczegółowoANALIZA ROZKŁADU POLA MAGNETYCZNEGO W KADŁUBIE OKRĘTU Z CEWKAMI UKŁADU DEMAGNETYZACYJNEGO
POZNAN UNIVE RSITY OF TE CHNOLOGY ACADE MIC JOURNALS No 81 Electrical Engineering 2015 Mirosław WOŁOSZYN* Kazimierz JAKUBIUK* Mateusz FLIS* ANALIZA ROZKŁADU POLA MAGNETYCZNEGO W KADŁUBIE OKRĘTU Z CEWKAMI
Bardziej szczegółowoMałe, średnie i... nano. Modelowanie molekularne w Opolu (i nie tylko) Teobald Kupka, Małgorzata A. Broda
Małe, średnie i... nano. Modelowanie molekularne w Opolu (i nie tylko) Badania podstawowe wspomagane obliczeniami w WCSS Teobald Kupka, Małgorzata A. Broda Uniwersytet Opolski, Wydział Chemii, Opole e-mail:
Bardziej szczegółowoMULTI-MODEL PROJECTION OF TEMPERATURE EXTREMES IN POLAND IN
MULTI-MODEL PROJECTION OF TEMPERATURE EXTREMES IN POLAND IN 2021-2050 Joanna Jędruszkiewicz Department of Meteorology and Climatology University of Lodz, Poland jjedruszkiewicz@gmail.com Funded by grant
Bardziej szczegółowoMolecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples
Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples from Hsp70 molecular chaperones, αa-crystallin, and sericin Badanie metodą dynamiki molekularnej zależności
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład I.2009
Bioinformatyka wykład 13 20.I.2009 biologia systemów biologiczne dane wielowymiarowe Krzysztof Pawłowski Krzysztof_Pawlowski@sggw.pl 2009-01-22 1 Plan wykładu Biologia systemów Bazy danych ekspresji genów
Bardziej szczegółowoSPRAWOZDANIE z grantu obliczeniowego za rok 2011
Zakład Chemii Nieorganicznej i Strukturalnej Wydział Chemiczny Politechnika Wrocławska SPRAWOZDANIE z grantu obliczeniowego za rok 2011 Teoretyczne badania związków kompleksowych i metaloorganicznych,
Bardziej szczegółowoKonsorcjum Biofarma i Centrum Biotechnologii Politechniki Śląskiej. Konferencja Nauka.Infrastruktura.Biznes
Konsorcjum Biofarma i Centrum Biotechnologii Politechniki Śląskiej Konferencja Nauka.Infrastruktura.Biznes Konsorcjum Śląska Biofarma Głównym celem zawiązania konsorcjum Śląska BIO FARMA, było nawiązanie
Bardziej szczegółowoAdres do korespondencji: Instytut Metalurgii i Inżynierii Materiałowej PAN, Kraków, ul. Reymonta 25
Adres do korespondencji: Instytut Metalurgii i Inżynierii Materiałowej PAN, 30059 Kraków, ul. Reymonta 25 Tel.: (012) 295 28 14, pokój 214, fax: (012) 295 28 04 email: a.debski@imim.pl Miejsca zatrudnienia
Bardziej szczegółowoTeoretyczne badania reakcji odwodornienia borazanu katalizowanych przez kompleksy oparte na palladzie
Teoretyczne badania reakcji odwodornienia borazanu katalizowanych przez kompleksy oparte na palladzie Monika Parafiniuk Praca wykonywana pod opieką dr Mariusza Mitoraja Cele pracy i plan prezentacji Cel
Bardziej szczegółowoRamowy Program Specjalizacji MODELOWANIE MATEMATYCZNE i KOMPUTEROWE PROCESÓW FIZYCZNYCH Studia Specjalistyczne (III etap)
Ramowy Program Specjalizacji MODELOWANIE MATEMATYCZNE i KOMPUTEROWE PROCESÓW FIZYCZNYCH Studia Specjalistyczne (III etap) Z uwagi na ogólno wydziałowy charakter specjalizacji i możliwość wykonywania prac
Bardziej szczegółowobyły jedynie sekwencje aminokwasowe, a także wykorzystał go do oszacowania aktywności przeciwdrobnoustrojowej wybranych bakteriocyn.
Prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula Kraków, 28 grudnia 2015. Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Zakład Biofizyki Obliczeniowej i Bioinformatyki Uniwersytet Jagielloński Recenzja pracy doktorskiej
Bardziej szczegółowoPolitechnika Wrocławska
Politechnika Wrocławska 14 maja 2019 r. Prof. dr hab. inż. Wacław Andrzej Sokalski Katedra nżynierii i Modelowania Materiałów Zaawansowanych Politechnika Wrocławska Wyb. Wyspiańskiego 27 50-370 Wrocław
Bardziej szczegółowoUporzadkowanie magnetyczne w niskowymiarowym magnetyku molekularnym
Uporzadkowanie magnetyczne w niskowymiarowym magnetyku molekularnym (tetrenh 5 ) 0.8 Cu 4 [W(CN) 8 ] 4 7.2H 2 O T. Wasiutyński Instytut Fizyki Jadrowej PAN 15 czerwca 2007 Zespół: M. Bałanda, R. Pełka,
Bardziej szczegółowoEpigenome - 'above the genome'
e - 'above the genome' Wydziaª Matematyki i Informatyki UJ Instytut Informatyki 14 stycznia 2013 e Rysunek: ¹ródªo: http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/ e Plan Genom 1 Genom e
Bardziej szczegółowoOptymalizacja. Symulowane wyżarzanie
dr hab. inż. Instytut Informatyki Politechnika Poznańska www.cs.put.poznan.pl/mkomosinski, Maciej Hapke Wyżarzanie wzrost temperatury gorącej kąpieli do takiej wartości, w której ciało stałe topnieje powolne
Bardziej szczegółowoField of study: Computational Engineering Study level: First-cycle studies Form and type of study: Full-time studies. Auditorium classes.
Faculty of: Metals and Industrial Computer Science Field of study: Computational Study level: First-cycle studies Form and type of study: Full-time studies Annual: 2014/2015 Lecture language: Polish Project
Bardziej szczegółowoTytuł pracy w języku angielskim: Microstructural characterization of Ag/X/Ag (X = Sn, In) joints obtained as the effect of diffusion soledering.
Dr inż. Przemysław Skrzyniarz Kierownik pracy: Prof. dr hab. inż. Paweł Zięba Tytuł pracy w języku polskim: Charakterystyka mikrostruktury spoin Ag/X/Ag (X = Sn, In) uzyskanych w wyniku niskotemperaturowego
Bardziej szczegółowoUNIWERSYTET O P O L S K I
UIWERSYTET P L S K I Właściwości konformacyjne -metyloamidu kwasu (3-acetamido-1-pirazolo-5-karboksylowego) Monika Porada Anna Kusakiewicz-Dawid Dawid Siodłak Zakopane, 216 Związki zawierające pierścień
Bardziej szczegółowoModel Poissona-Nernsta-Plancka w predykcji struktury kanałów białkowych
Model Poissona-Nernsta-Plancka w predykcji struktury kanałów białkowych mgr inż. Witold Dyrka Opiekun: dr hab. inż. Małgorzata Kotulska Instytut Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej Plan wystąpienia Nanopory
Bardziej szczegółowoDotyczy to zarówno istniejących już związków, jak i związków, których jeszcze dotąd nie otrzymano.
Chemia teoretyczna to dział chemii zaliczany do chemii fizycznej, zajmujący się zagadnieniami związanymi z wiedzą chemiczną od strony teoretycznej, tj. bez wykonywania eksperymentów na stole laboratoryjnym.
Bardziej szczegółowoPrzewidywanie struktury kanału białkowego z wykorzystaniem probabilistycznych gramatyk formalnych oraz modelu ciągłego przepływu jonów
Przewidywanie struktury kanału białkowego z wykorzystaniem probabilistycznych gramatyk formalnych oraz modelu ciągłego przepływu jonów Witold Dyrka Instytut Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej, Politechnika
Bardziej szczegółowoSymulacje procesów logistycznych i produkcyjnych w KDM- wyzwania, wyniki, wnioski
Symulacje procesów logistycznych i produkcyjnych w KDM- wyzwania, wyniki, wnioski Paweł Pawlewski Patrycja Hoffa-Dąbrowska 1 Agenda Przedstawienie zespołu Socilapp WIZ PUT Tematyka badawcza Projekty KDM
Bardziej szczegółowoTechnologia organiczna
WYDZIAŁ TECHNOLOGII CHEMICZNEJ Dziekanat ul. Berdychowo 4, 60-965 Poznań, tel. +48 61 665 2351, fax +48 61 665 2852 e-mail: office_dctf@put.poznan.pl, www.put.poznan.pl Plan studiów i punkty dla kierunku
Bardziej szczegółowoTab.1 Występowanie na liście pierwszej piętnastki w kategoriach: NCN - Wnioski zakwalifikowane /Pracownicy naukowi (2015)
Lp. Tab.1 Występowanie na liście pierwszej piętnastki w kategoriach: Nazwa Instytutu 1 Centrum Astronomiczne im. Mikołaja Kopernika 2 Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego 3 NCN - Wnioski zakwalifikowane
Bardziej szczegółowoBadanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych
Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Agnieszka Obarska-Kosińska Prof. dr hab. Bogdan Lesyng Promotorzy: Dr hab. Janusz Bujnicki Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej,
Bardziej szczegółowoGranty Europejskiej Rady ds. Badań Naukowych (ERC)
Kraków, 17 stycznia 2018 r. Granty Europejskiej Rady ds. Badań Naukowych (ERC) Bogna Hryniszyn Krajowy Punkt Kontaktowy Programów Badawczych UE Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN www.kpk.gov.pl
Bardziej szczegółowoSYMULACJA ZAKŁÓCEŃ W UKŁADACH AUTOMATYKI UTWORZONYCH ZA POMOCĄ OBWODÓW ELEKTRYCZNYCH W PROGRAMACH MATHCAD I PSPICE
POZNAN UNIVE RSITY OF TE CHNOLOGY ACADE MIC JOURNALS No 76 Electrical Engineering 2013 Piotr FRĄCZAK* SYMULACJA ZAKŁÓCEŃ W UKŁADACH AUTOMATYKI UTWORZONYCH ZA POMOCĄ OBWODÓW ELEKTRYCZNYCH W PROGRAMACH MATHCAD
Bardziej szczegółowoObliczanie Dokładnych Parametrów NMR Charakterystyka struktury i parametrów spektroskopowych wybranych układów molekularnych
Obliczanie Dokładnych Parametrów NMR Charakterystyka struktury i parametrów spektroskopowych wybranych układów molekularnych Teobald Kupka Uniwersytet Opolski, Wydział Chemii, Opole e-mail: teobaldk@yahoo.com
Bardziej szczegółowoINICJACJA ELONGACJA TERMINACJA
INICJACJA ELONGACJA TERMINACJA 2007 by National Academy of Sciences Kornberg R D PNAS 2007;104:12955-12961 Struktura chromatyny pozwala na różny sposób odczytania informacji zawartej w DNA. Możliwe staje
Bardziej szczegółowoTermodynamika i właściwości fizyczne stopów - zastosowanie w przemyśle
Termodynamika i właściwości fizyczne stopów - zastosowanie w przemyśle Marcela Trybuła Władysław Gąsior Alain Pasturel Noel Jakse Plan: 1. Materiał badawczy 2. Eksperyment Metodologia 3. Teoria Metodologia
Bardziej szczegółowoRMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych
RMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych Joanna Wiśniewska Promotor: dr inż. P. Łukasiak Spis treści 1. Zakres pracy magisterskiej 2. Struktura białka 3. Struktura kwasów nukleionowych
Bardziej szczegółowoPLAN STUDIÓW. Tygodniowa liczba godzin. w ć l p s. 2 30 90 3 Exam in molecular media 2. CHC024027c Light-matter interactions 1 15 60 2 Credit
PLAN STUDIÓW Załącznik nr 2 do ZW 1/2007 KIERUNEK: Biotechnologia WYDZIAŁ: Chemiczny STUDIA: II stopnia, stacjonarne (4 semesters, is for candidates who possesses a BSc degree) SPECJALNOŚĆ: Molecular Nano-Bio
Bardziej szczegółowoPROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA. prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego
PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego W trakcie studiów II stopnia student kierunku Energetyka i Chemia
Bardziej szczegółowoPrzejścia fazowe w uogólnionym modelu modelu q-wyborcy na grafie zupełnym
Przejścia fazowe w uogólnionym modelu modelu q-wyborcy na grafie zupełnym Piotr Nyczka Institute of Theoretical Physics University of Wrocław Artykuły Opinion dynamics as a movement in a bistable potential
Bardziej szczegółowoZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Biofizyka molekularna. 2-letnie studia II stopnia (magisterskie)
ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Biofizyka molekularna 2-letnie studia II stopnia (magisterskie) 1. OGÓLNA CHARAKTERYSTYKA STUDIÓW Biofizyka to uznana dziedzina nauk przyrodniczych
Bardziej szczegółowoMiędzynarodowe Projekty Doktoranckie
at the - new materials modern technologies sustainable concepts - Jacek Młynarski Międzynarodowe Projekty Doktoranckie Wydział Chemii Uniwersytet Jagielloński budŝet całkowity budŝet dla 20 projektów ok.
Bardziej szczegółowoTadeusz SZKODNY. POLITECHNIKA ŚLĄSKA ZESZYTY NAUKOWE Nr 1647 MODELOWANIE I SYMULACJA RUCHU MANIPULATORÓW ROBOTÓW PRZEMYSŁOWYCH
POLITECHNIKA ŚLĄSKA ZESZYTY NAUKOWE Nr 1647 Tadeusz SZKODNY SUB Gottingen 217 780 474 2005 A 3014 MODELOWANIE I SYMULACJA RUCHU MANIPULATORÓW ROBOTÓW PRZEMYSŁOWYCH GLIWICE 2004 SPIS TREŚCI WAŻNIEJSZE OZNACZENIA
Bardziej szczegółowoRecent Developments in Poland: Higher Education Reform Qualifications Frameworks Environmental Studies
544524-TEMPUS-1-2013-1-PL-TEMPUS-SMHES Qualifications Frameworks for Environmental Studies at Ukrainian Universities Recent Developments in Poland: Higher Education Reform Qualifications Frameworks Environmental
Bardziej szczegółowoOcena jakości modeli strukturalnych białek w oparciu o podobieństwo strukturalne i semantyczny opis funkcji w ontologii GO
Ocena jakości modeli strukturalnych białek w oparciu o podobieństwo strukturalne i semantyczny opis funkcji w ontologii GO Bogumil Konopka 1, Jean-Christophe Nebel 2, Malgorzata Kotulska 1 * 1 Politechnika
Bardziej szczegółowoAbstracts of the. BIO 2016 Congress. 2nd Congress of the Polish Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics
2nd Congress of the Polish Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics 50th Meeting of the Polish Biochemical Society 13th Conference of the Polish Society for Cell Biology Honorary Patronage:
Bardziej szczegółowoTowards Stability Analysis of Data Transport Mechanisms: a Fluid Model and an Application
Towards Stability Analysis of Data Transport Mechanisms: a Fluid Model and an Application Gayane Vardoyan *, C. V. Hollot, Don Towsley* * College of Information and Computer Sciences, Department of Electrical
Bardziej szczegółowoCracow University of Economics Poland. Overview. Sources of Real GDP per Capita Growth: Polish Regional-Macroeconomic Dimensions 2000-2005
Cracow University of Economics Sources of Real GDP per Capita Growth: Polish Regional-Macroeconomic Dimensions 2000-2005 - Key Note Speech - Presented by: Dr. David Clowes The Growth Research Unit CE Europe
Bardziej szczegółowoPolskie koordynacje w 7PR. Zawód manager projektów badawczych
Sympozjum Krajowej Rady Koordynatorów Projektów Badawczych UE Poznań, 17 maja 2013 r. Polskie koordynacje w 7PR Zawód manager projektów badawczych Zygmunt Krasiński Krajowy Punkt Kontaktowy Programów Badawczych
Bardziej szczegółowoDokowanie molekularne. Andrzej Bąk
Dokowanie molekularne Andrzej Bąk Import bibliotek sys, pybel, openbabel oraz gzip niezbędnych do wykonania ćwiczenia. import sys sys.path.append('/usr/lib/pymodules /python2.6') try: import sys import
Bardziej szczegółowoCzy białka zbudowane są z 20 rodzajów aminokwasów? jak radzi sobie z tym problemem modelowanie molekularne.
Czy białka zbudowane są z 20 rodzajów aminokwasów? jak radzi sobie z tym problemem modelowanie molekularne. mgr Adrian Jasiński Zespół Teoretycznej Biofizyki Molekularnej Plan prezentacji Wstęp Niestandardowe
Bardziej szczegółowoPLANY I PROGRAMY STUDIÓW
WYDZIAŁ INŻYNIERII PRODUKCJI I LOGISTYKI PLANY I PROGRAMY STUDIÓW STUDY PLANS AND PROGRAMS KIERUNEK STUDIÓW FIELD OF STUDY - ZARZĄDZANIE I INŻYNIERIA PRODUKCJI - MANAGEMENT AND PRODUCTION ENGINEERING Studia
Bardziej szczegółowoPROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA. prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego
PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego W trakcie studiów II stopnia student kierunku Energetyka i Chemia
Bardziej szczegółowoProposal of thesis topic for mgr in. (MSE) programme in Telecommunications and Computer Science
Proposal of thesis topic for mgr in (MSE) programme 1 Topic: Monte Carlo Method used for a prognosis of a selected technological process 2 Supervisor: Dr in Małgorzata Langer 3 Auxiliary supervisor: 4
Bardziej szczegółowoWULS Plant Health-Warsaw Plant Health Initiative Regpot (EU FP7)
SZKOŁA GŁÓWNA GOSPODARSTWA WIEJSKIEGO W WARSZAWIE Wydział Ogrodnictwa, Biotechnologii i Architektury Krajobrazu WULS Plant Health-Warsaw Plant Health Initiative Regpot -2011-1 (EU FP7) SZKOŁA GŁÓWNA GOSPODARSTWA
Bardziej szczegółowoPLANY I PROGRAMY STUDIÓW
WYDZIAŁ INŻYNIERII PRODUKCJI I LOGISTYKI PLANY I PROGRAMY STUDIÓW STUDY PLANS AND PROGRAMS KIERUNEK STUDIÓW FIELD OF STUDY - ZARZĄDZANIE I INŻYNIERIA PRODUKCJI - MANAGEMENT AND PRODUCTION ENGINEERING Studia
Bardziej szczegółowoNOWE METODY SYNTEZY STRUKTURALNEJ ŁAŃCUCHÓW KINEMATYCZNYCH O ZEROWEJ LICZBIE STOPNI SWOBODY
MODELOWANIE INŻYNIERSKIE ISSN 1896-771X 8, s. 18-19, Gliwice 2009 NOWE METODY SYNTEZY STRUKTURALNEJ ŁAŃCUCHÓW KINEMATYCZNYCH O ZEROWEJ LICZBIE STOPNI SWOBODY KRYSTYNA ROMANIAK Wydział Architektury, Politechnika
Bardziej szczegółowoZałącznik numer 1. PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA
Załącznik numer 1 Uchwały nr 2/02/2018 Zarządu Samorządu Studentów Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego z 21.02.2018 Prodziekan Krasnodębska-Ostręga zwraca się do RW Chemii o zaakceptowanie zmian
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2010/2011. Krzysztof Pawłowski
Bioinformatyka wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2010/2011 Krzysztof Pawłowski Wykład 5.X.2010 Co to jest bioinformatyka? Program wykładów Zastosowanie bioinformatyki: sekwencjonowanie
Bardziej szczegółowoEDB BAZA DANYCH ROZKŁADÓW ENERGII POTENCJALNEJ BIAŁEK *
STUDIA INFORMATICA 2009 Volume 30 Number 2B (84) Dariusz MROZEK, Bożena MAŁYSIAK-MROZEK, Stanisław KOZIELSKI, Krzysztof KRAL, Marcin MOCZAŁA, Łukasz OLEŚ, Tomasz SUWAŁA, Adam SZECÓWKA Politechnika Śląska,
Bardziej szczegółowoI II III TS W C L P RAZEM (TOTAL)
BOTHNOLOGA CH-D STOPEŃ - NŻYNERSKE STACJONARNE 16.05.2012 r. 1 CM 2 CN 3 CF 4 CA 5 CM 6 FF 7 ZB Grupa modułów kształcenia W01 w zakresie matematyki, fizyki i chemii (Group of training modules W01 in mathematics,
Bardziej szczegółowoSPITSBERGEN HORNSUND
Polska Stacja Polarna Instytut Geofizyki Polska Akademia Nauk Polish Polar Station Institute of Geophysics Polish Academy of Sciences BIULETYN METEOROLOGICZNY METEOROLOGICAL BULLETIN SPITSBERGEN HORNSUND
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.
Bioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 18.01.11 1 Struktura natywna minimum energii swobodnej F = U TS Prawdopodobieństwo stanu ~ exp(-f/k
Bardziej szczegółowoFunkcjonalne nano- i mikrocząstki dla zastosowań w biologii, medycynie i analityce
Funkcjonalne nano- i mikrocząstki dla zastosowań w biologii, medycynie i analityce dr Magdalena Oćwieja (ncocwiej@cyf-kr.edu.pl) Prace prowadzone w ramach projektu Funkcjonalne nano i mikrocząstki synteza
Bardziej szczegółowoAromatic or Not? An Insight from the Calculated Magnetic Indexes
Aromatic or Not? An Insight from the Calculated Magnetic Indexes Teobald Kupka 1, Aneta Buczek1, Tomasz Płowucha,1 Małgorzata M. Broda1, Krzysztof Ejsmont1, Małgorzata Leszczyńska1, Weronika Pilis1, Agnieszka
Bardziej szczegółowoHistoria Bioinformatyki
Historia Bioinformatyki 1859 Darwin i Wallace opublikowali O powstaniu gatunku 1865 Mendel eksperymentując z grochem, wykazuje, że cechy dziedziczą się w odrębnych jednostkach 1869 Meischer wyizolował
Bardziej szczegółowoCENTRUM CZYSTYCH TECHNOLOGII WĘGLOWYCH CLEAN COAL TECHNOLOGY CENTRE. ... nowe możliwości. ... new opportunities
CENTRUM CZYSTYCH TECHNOLOGII WĘGLOWYCH CLEAN COAL TECHNOLOGY CENTRE... nowe możliwości... new opportunities GŁÓWNY INSTYTUT GÓRNICTWA fluidalnym przy ciśnieniu maksymalnym 5 MPa, z zastosowaniem różnych
Bardziej szczegółowoFEEDBACK CONTROL OF ACOUSTIC NOISE AT DESIRED LOCATIONS
POLITECHNIKA SU^KA ZESZYTY NAUKOWE NM684 Marek PAWELCZYK FEEDBACK CONTROL OF ACOUSTIC NOISE AT DESIRED LOCATIONS SUB Gottingen 7 219 023 859 2006 A 3802 Gliwice 2005 CONTENTS Objective Structure. Contribution
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Krzysztof Pawłowski. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2012 / 2013
Bioinformatyka wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2012 / 2013 Krzysztof Pawłowski Wykład 8.X.2012 Co to jest bioinformatyka? Program wykładów Zastosowanie bioinformatyki: sekwencjonowanie
Bardziej szczegółowoBIOTECHNOLOGIA MEDYCZNA
BIOTECHNOLOGIA MEDYCZNA K WBT BT2 101 Genomika funkcjonalna 30 4 WBT BT350 In vivo veritas praktikum pracy ze zwierzętami laboratoryjnymi 60 4 Mechanisms of cell trafficking from leucocyte homing to WBT
Bardziej szczegółowoBioinformatyka 2 (BT172) Progresywne metody wyznaczania MSA: T-coffee
Bioinformatyka 2 (BT172) Wykład 5 Progresywne metody wyznaczania MSA: T-coffee Krzysztof Murzyn 14.XI.2005 PLAN WYKŁADU Ostatnio : definicje, zastosowania MSA, złożoność obliczeniowa algorytmu wyznaczania
Bardziej szczegółowoWARTOŚCI CZASU TRWANIA ZWARCIA PODCZAS ZAKŁÓCEŃ W ROZDZIELNIACH NAJWYŻSZYCH NAPIĘĆ W ŚWIETLE BADAŃ SYMULACYJNYCH
POZNAN UNIVE RSITY OF TE CHNOLOGY ACADE MIC JOURNALS No 78 Electrical Engineering 2014 Ryszard FRĄCKOWIAK* Piotr PIECHOCKI** WARTOŚCI CZASU TRWANIA ZWARCIA PODCZAS ZAKŁÓCEŃ W ROZDZIELNIACH NAJWYŻSZYCH
Bardziej szczegółowoInstruct will be represented by its director, prof. David Stuart from Oxford University, and representatives from other member states.
CONFERENCE MULTIDISCIPLINARY APPROACH TO STRUCTURAL BIOLOGY FROM MACROMOLECULES TO CELLS Poznan Science Center Wieniawskiego 17/19, Poznan, Poland March 6 7, 2015 Department of Crystallography - Center
Bardziej szczegółowoStudia II stopnia, magisterskie (4 semestralne, dla kandydatów bez tytułu zawodowego inżyniera)
(4 semestralne, dla kandydatów bez tytułu zawodowego inżyniera) specjalności: Biotechnologia farmaceutyczna Biotechnologia molekularna i biokataliza Biotechnologia środowiska Procesy biotechnologiczne
Bardziej szczegółowoComprehensive solutions to limit the inflow of pollutants to surface and groundwater
Comprehensive solutions to limit the inflow of pollutants to surface and groundwater Jerzy Mirosław Kupiec, PhD. Scientific partners and co-authors of solutions Jerzy Mirosław Kupiec, PhD Poznan University
Bardziej szczegółowoAdres do korespondencji: Instytut Metalurgii i Inżynierii Materiałowej PAN, Kraków, ul. Reymonta 25
Adres do korespondencji: Instytut Metalurgii i Inżynierii Materiałowej PAN, 30059 Kraków, ul. Reymonta 25 Tel.: (012) 295 28 14, pokój 214, fax: (012) 295 28 04 email: a.debski@imim.pl Miejsca zatrudnienia
Bardziej szczegółowoKOMPUTEROWA SYMULACJA POLA TWARDOŚCI W ODLEWACH HARTOWANYCH
3/38 Solidification of Metals and Alloys, No. 38, 1998 Krzepnięcie Metali i Stopów, nr 38, 1998 PAN Katowice PL ISSN 0208-9386 KOMPUTEROWA SYMULACJA POLA TWARDOŚCI W ODLEWACH HARTOWANYCH JURA Stanisław,
Bardziej szczegółowobioinformatorek #3 (2010)
Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego Polish_BioInformatics_Society_News http://ptbi.org.pl/ Szanowni Państwo, Działalność PTBI toczy się zaplanowanym rytmem. W ub. roku pod patronatem PTBI zorganizowano
Bardziej szczegółowoSPITSBERGEN HORNSUND
Polska Stacja Polarna Instytut Geofizyki Polska Akademia Nauk Polish Polar Station Institute of Geophysics Polish Academy of Sciences BIULETYN METEOROLOGICZNY METEOROLOGICAL BULLETIN SPITSBERGEN HORNSUND
Bardziej szczegółowoCracow University of Economics Poland
Cracow University of Economics Poland Sources of Real GDP per Capita Growth: Polish Regional-Macroeconomic Dimensions 2000-2005 - Keynote Speech - Presented by: Dr. David Clowes The Growth Research Unit,
Bardziej szczegółowoIDENTYFIKACJA I ANALIZA PARAMETRÓW GEOMETRYCZNYCH I MECHANICZNYCH KOŚCI MIEDNICZNEJ CZŁOWIEKA
POLITECHNIKA ŚLĄSKA ZESZYTY NAUKOWE Nr 1651 Antoni JOHN SUB Gottingen 7 217 780 458 2005 A 3012 IDENTYFIKACJA I ANALIZA PARAMETRÓW GEOMETRYCZNYCH I MECHANICZNYCH KOŚCI MIEDNICZNEJ CZŁOWIEKA Gliwice 2004
Bardziej szczegółowoPLAN STUDIÓW STACJONARNYCH Rekrutacja w roku akademickim 2019/2020 Uniwersytet Zielonogórski Załącznik nr 1a
PLAN TUDIÓW TACJONARNYCH Rekrutacja w roku akademickim 2019/2020 Uniwersytet Zielonogórski Załącznik nr 1a Nazwa kierunku studiów:fizyka czas trwania: 4 semestry WYDZIAŁ FIZYKI i ATRONOMII do uchwały nr
Bardziej szczegółowoWARUNKI ZWARCIOWE W ROZDZIELNI SPOWODOWANE ZAKŁÓCENIAMI NA RÓŻNYCH ELEMENTACH SIECI ELEKTROENERGETYCZNEJ
POZNAN UNIVE RSITY OF TE CHNOLOGY ACADE MIC JOURNALS No 86 Electrical Engineering 2016 Piotr PIECHOCKI* Ryszard FRĄCKOWIAK** WARUNKI ZWARCIOWE W ROZDZIELNI SPOWODOWANE ZAKŁÓCENIAMI NA RÓŻNYCH ELEMENTACH
Bardziej szczegółowoMultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński
MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński Wprowadzenie Budowa RNA: - struktura pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów w łańcuchu: A, U, G,
Bardziej szczegółowo