Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych"

Transkrypt

1 Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Agnieszka Obarska-Kosińska Prof. dr hab. Bogdan Lesyng Promotorzy: Dr hab. Janusz Bujnicki Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej, UW Pracownia Bioinformatyki i InŜynierii Białka, IIMCB

2 Metody badania struktur białek i oddziaływań białko-białko Doświadczalne: Krystalografia rentgenowska NMR Teoretyczne: Modelowanie ab initio Modelowanie homologiczne Modelowanie de novo Dokowanie

3 Modelowanie teoretyczne Problemy: DuŜy koszt obliczeniowy Niedoskonała funkcja pseudoenergii Alternatywne modele de novo Alternatywne modele dimeru

4 Sieciowanie molekularne (ang. molecular cross-linking) Grupy funkcyjne białek: -NH 2, -COOH, -SH Sieciowanie wewnątrz- i między- molekularne Reszty lizynowe Reszty Glu i Asp Reszty cysteinowe

5 Czynniki sieciujące I rodzaju (ang. bridge type cross-linkers) BIAŁKO A BIAŁKO B CZYNNIK SIECIUJĄCY I RODZAJU homo-dwufunkcyjne hetero-dwufunkcyjne MTS-11-O3-MTS

6 Czynniki sieciujące II rodzaju (ang. zero-length cross-linkers) CZYNNIK SIECIUJĄCY II RODZAJU BIAŁKO A BIAŁKO B Np.: karbodiimidy, Cu2+-o-fenantrolina

7 Sieciowanie zdefiniowanych miejsc BIAŁKO A MUTAGENEZA MUTANTY JEDNOCYSTEINOWE BIAŁKO B CZYNNIKI SIECIUJĄCE + ELEKTROFOREZA śelowa (SDS-PAGE)

8 Sieciowanie nieznanych miejsc CZYNNIKI SIECIUJĄCE BIAŁKO A BIAŁKO B TRAWIENIE WIDMO MASOWE SPEKTROMETRIA MAS I m/z

9 Grupy funkcyjne czynników sieciujących Reaktywne wobec grupy aminowej: Estry N-hydroksysukcynoimidylowe (estry NHS) i ich pochodne sulfo-nhs. Estry kwasu imidowego Reaktywne wobec grupy sulfhydrylowej: Maleimidy. Disulfidy.

10 Zalety metody sieciowania molekularnego MoŜliwość badania białek w ich stanie natywnym białka błonowe i inne, które nie ulegają krystalizacji regiony ruchliwe, niewidoczne w strukturach krystalograficznych Wielkość białka teoretycznie nieograniczona Analiza wyników sieciowania: Elektroforeza Ŝelowa szybka i prosta Spektrometria mas szybka i czuła DuŜa róŝnorodność czynników sieciujących: Szeroki zakres długości Szeroki zakres specyficzności grup reaktywnych

11 Określanie długości czynników sieciujących Sumowanie długości wiązań Symulacje dynamiki stochastycznej: Green i wsp popularne homo-dwufunkcyjne czynniki sieciujące

12 Metody przeszukiwania przestrzeni konformacyjnej Przeszukiwanie konformacyjne systematyczne i losowe Metoda symulacji Monte Carlo Metoda symulacji Dynamiki Molekularnej i Stochastycznej Metoda mieszana MC/SD

13 Cel pracy Obliczenie długości 16 homo-dwufunkcyjnych czynników sieciujących metodą MC/SD pracownia dr. hab. J. Bujnickiego IIMCB, Warszawa pracownia dr. hab. P. Friedhoffa Uniwersytet Giessen, Niemcy

14 Materiały Obliczenia: Klaster halo Oprogramowanie firmy Schrodinger: Maestro budowa modelowych cząsteczek Jaguar obliczenia ab initio MacroModel minimalizacja energii, symulacje MC/SD Analiza danych: Statistica

15 Metody Zbudowanie modelowych cząsteczek Minimalizacja energii metoda najszybszego spadku 100 kroków metodą sprzęŝonych gradientów RMS gradientu energii 0,05 kj*mol -1 * Å -1 Model rozpuszczalnika GB/SA Pole siłowe AMBER* Obliczenia ładunków atomowych ESP Obliczenia ab initio B3LYP (metoda DFT) Baza funkcyjna 6-31G** Model Poissona-Boltzmanna dla wody Symulacje MC/SD Pole siłowe AMBER* Model rozpuszczalnika GB/SA Temperatura 300 K Krok czasowy 1,5 fs Stosunek kroków SD : MC wynosił 1:1 Faza równowaŝenia 50 ps Czas symulacji 100 ns Monitorowanie długości co 1 ps

16 Homo dwufunkcyjne czynniki sieciujące MTS owe -SH -NH 2 MTS-1-MTS MTS-8-O2-MTS MTS-pX-MTS MTS-2-MTS MTS-11-O3-MTS MTS-3-MTS MTS-14-O4-MTS MTS-4-MTS MTS-17-O5-MTS MTS-5-MTS MTS-6-MTS maleimido-azobenzen (AzoMal) maleimidowe MTS-8-MTS zawierające grupę sulfo NHS MTS-10-MTS BS3 DTSSP

17 Cząsteczki modelowe -SH -NH 2 MTS owe maleimidowe zawierające grupę sulfo NHS

18 Wyniki MTS-pX-MTS liczba konformacji odległość S [Å]

19 MTS-owe czynniki sieciujące

20 Homo-dwufunkcyjne MTS-owe czynniki sieciujące

21 Homo-dwufunkcyjne maleimidowe czynniki sieciujące AzoMal-cis AzoMal-trans O O O N N O N N liczba konformacji liczba konformacji odległość S [Å] odległość S [Å]

22 Homo-dwufunkcyjne maleimidowe czynniki sieciujące 6000 AzoMal 5000 liczba konformacji cis trans odleg S [Å]

23 Homo-dwufunkcyjne czynniki sieciujące zawierające grupę sulfo-nhs BS3 DTSSP liczba konformacji liczba konformacji odległość S [Å] odległość S [Å]

24 Testy zbieŝności

25 Porównanie otrzymanych długości z wartościami uŝywanymi w publikacjach {Green, 2001 #15},{Guan, 2002 #31},{Grintsevich, 2008 #11},{Ermolova, 2003 #32},{Loo, 2001 #33} (Pierce Chemical, Rockford IL, 2008), (Pierce Chemical, 1999)

26 Czynniki sieciujące jako linijki molekularne

27 Doświadczalna weryfikacja wyników liczba konformacji odległość S [Å]

28 Dziękuję za uwagę.

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Modelowanie molekularne

Modelowanie molekularne Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii

Bardziej szczegółowo

Dotyczy to zarówno istniejących już związków, jak i związków, których jeszcze dotąd nie otrzymano.

Dotyczy to zarówno istniejących już związków, jak i związków, których jeszcze dotąd nie otrzymano. Chemia teoretyczna to dział chemii zaliczany do chemii fizycznej, zajmujący się zagadnieniami związanymi z wiedzą chemiczną od strony teoretycznej, tj. bez wykonywania eksperymentów na stole laboratoryjnym.

Bardziej szczegółowo

Zastosowania algorytmów genetycznych w badaniach struktury związków biologicznie czynnych

Zastosowania algorytmów genetycznych w badaniach struktury związków biologicznie czynnych Dr hab. inż. Halina Szatyłowicz Zakład Chemii Fizycznej Wydział Chemiczny Politechniki Warszawskiej Warszawa, 19.08.2015 Recenzja rozprawy doktorskiej pt. Zastosowania algorytmów genetycznych w badaniach

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko,

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład IV Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 10.I.2008

Bioinformatyka wykład 10.I.2008 Bioinformatyka wykład 10.I.2008 Przewidywanie struktur białek krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-10 1 Plan wykładu pole siłowe - opis energetyczny struktur białka proces zwijania się białek przewidywanie

Bardziej szczegółowo

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 3.I.2008

Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-03 1 Plan wykładu analiza i porównywanie struktur białek. doświadczalne metody badania struktur

Bardziej szczegółowo

Metody obliczeniowe i krystalografia polskim oraz angielskim) Theoretical calculation methods and crystalography Jednostka oferująca przedmiot

Metody obliczeniowe i krystalografia polskim oraz angielskim) Theoretical calculation methods and crystalography Jednostka oferująca przedmiot Nazwa pola Komentarz Nazwa (w języku Metody obliczeniowe i krystalografia polskim oraz angielskim) Theoretical calculation methods and crystalography Jednostka oferująca przedmiot CBMiM PAN Liczba punktów

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 13

Podstawy projektowania leków wykład 13 odstawy projektowania leków wykład 13 Łukasz Berlicki rojektowanie wspomagane komputerowo rojektowanie leków oparte na strukturze często wykorzystuje metody komputerowe, aby: rzeanalizować duŝą liczbę

Bardziej szczegółowo

Konformery paklitakselu

Konformery paklitakselu Konformery paklitakselu Maciej Janicki i Marek Łożyński Zakład Biotechnologii, Wydział Biologii UAM Instytut Technologii i Inżynierii Chemicznej Politechniki Poznańskiej Trwa poszukiwanie skutecznych terapii

Bardziej szczegółowo

IDENTYFIKACJA JAKOŚCIOWA NIEZNANEGO ZWIĄZKU ORGANICZNEGO

IDENTYFIKACJA JAKOŚCIOWA NIEZNANEGO ZWIĄZKU ORGANICZNEGO IDENTYFIKACJA JAKOŚCIOWA NIEZNANEGO ZWIĄZKU ORGANICZNEGO Schemat raportu końcowego w ramach ćwiczeń laboratoryjnych z przedmiotu Badanie struktury związków organicznych 1. Symbol kodujący identyfikowaną

Bardziej szczegółowo

Spis treści. Przedmowa... XI. Rozdział 1. Pomiar: jednostki miar... 1. Rozdział 2. Pomiar: liczby i obliczenia liczbowe... 16

Spis treści. Przedmowa... XI. Rozdział 1. Pomiar: jednostki miar... 1. Rozdział 2. Pomiar: liczby i obliczenia liczbowe... 16 Spis treści Przedmowa.......................... XI Rozdział 1. Pomiar: jednostki miar................. 1 1.1. Wielkości fizyczne i pozafizyczne.................. 1 1.2. Spójne układy miar. Układ SI i jego

Bardziej szczegółowo

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność PROJEKTOWANIE MOLEKULARNE I BIOINFORMATYKA W trakcie egzaminu licencjackiego student udziela ustnych

Bardziej szczegółowo

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:

Bardziej szczegółowo

Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków

Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych

Bardziej szczegółowo

Struktura i funkcja białek (I mgr)

Struktura i funkcja białek (I mgr) Struktura i funkcja białek (I mgr) Dr Filip Jeleń fj@protein.pl http://www.protein.pl/ Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer Biochemia Carl Branden, John Tooze Introduction to Protein Structure

Bardziej szczegółowo

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych... Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe

Bardziej szczegółowo

ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH. Witold Danikiewicz. Instytut Chemii Organicznej PAN ul. Kasprzaka 44/52, 01-224 Warszawa

ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH. Witold Danikiewicz. Instytut Chemii Organicznej PAN ul. Kasprzaka 44/52, 01-224 Warszawa ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH Witold Danikiewicz Instytut Chemii Organicznej PAN ul. Kasprzaka 44/52, 01-224 Warszawa CZĘŚĆ I PRZEGLĄD METOD SPEKTRALNYCH Program wykładów Wprowadzenie:

Bardziej szczegółowo

KATEDRA CHEMII MEDYCZNEJ http://www.chem.univ.gda.pl/kchmed/struktura.html

KATEDRA CHEMII MEDYCZNEJ http://www.chem.univ.gda.pl/kchmed/struktura.html Sylwia Rodziewicz-Motowidło KATEDRA CHEMII MEDYCZNEJ http://www.chem.univ.gda.pl/kchmed/struktura.html Katedra Chemii Medycznej dr hab. Sylwia Rodziewicz-Motowidło dr hab. Franciszek Kasprzykowski dr hab.

Bardziej szczegółowo

Klaster obliczeniowy

Klaster obliczeniowy Warsztaty promocyjne Usług kampusowych PLATON U3 Klaster obliczeniowy czerwiec 2012 Przemysław Trzeciak Centrum Komputerowe Politechniki Łódzkiej Agenda (czas: 20min) 1) Infrastruktura sprzętowa wykorzystana

Bardziej szczegółowo

Hybrydowe materiały organiczno-nieorganiczne: od struktury do wyznaczania eksperymentalnych rozkładów gęstości elektronowej i ich analizy.

Hybrydowe materiały organiczno-nieorganiczne: od struktury do wyznaczania eksperymentalnych rozkładów gęstości elektronowej i ich analizy. Radosław Kamiński Hybrydowe materiały organiczno-nieorganiczne: od struktury do wyznaczania eksperymentalnych rozkładów gęstości elektronowej i ich analizy. Moja rozprawa doktorska składa się z czterech

Bardziej szczegółowo

Metody analizy białek - opis przedmiotu

Metody analizy białek - opis przedmiotu Metody analizy białek - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Metody analizy białek Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-MAB-L-S14_pNadGenPEBES Wydział Kierunek Wydział Nauk Biologicznych Biologia /

Bardziej szczegółowo

Spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego - wprowadzenie

Spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego - wprowadzenie Spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego - wprowadzenie Streszczenie Spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego jest jedną z technik spektroskopii absorpcyjnej mającej zastosowanie w chemii,

Bardziej szczegółowo

Fizyka komputerowa(ii)

Fizyka komputerowa(ii) Instytut Fizyki Fizyka komputerowa(ii) Studia magisterskie Prowadzący kurs: Dr hab. inż. Włodzimierz Salejda, prof. PWr Godziny konsultacji: Poniedziałki i wtorki w godzinach 13.00 15.00 pokój 223 lub

Bardziej szczegółowo

ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH. Witold Danikiewicz

ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH. Witold Danikiewicz ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH Witold Danikiewicz Instytut Chemii Organicznej PAN ul. Kasprzaka 44/52, 01-224 Warszawa Listopad 2013 styczeń 2014 Program wykładów Wprowadzenie:

Bardziej szczegółowo

Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples

Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples from Hsp70 molecular chaperones, αa-crystallin, and sericin Badanie metodą dynamiki molekularnej zależności

Bardziej szczegółowo

The influence of N-methylation on conformational properties of peptides with Aib residue. Roksana Wałęsa, Aneta Buczek, Małgorzata Broda

The influence of N-methylation on conformational properties of peptides with Aib residue. Roksana Wałęsa, Aneta Buczek, Małgorzata Broda The influence of N-methylation on conformational properties of peptides with ib residue. Roksana Wałęsa, neta Buczek, Małgorzata Broda Konformacje peptydów w W W w 2 Budowa białek 3 Modyfikacje peptydów

Bardziej szczegółowo

Metody dokowania ligandów

Metody dokowania ligandów Metody dokowania ligandów Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego

Bardziej szczegółowo

Proteomika. 1. Definicja proteomiki i techniki stosowane w proteomice

Proteomika. 1. Definicja proteomiki i techniki stosowane w proteomice Proteomika 1. Definicja proteomiki i techniki stosowane w proteomice Przepływ informacji, złożoność, *mika DNA RNA Białko Funkcja Genomika Transkryptomika Proteomika Metabolomika Liczba obiektów ~+ ++

Bardziej szczegółowo

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

Bardziej szczegółowo

Małe, średnie i... nano. Modelowanie molekularne w Opolu (i nie tylko) Teobald Kupka, Małgorzata A. Broda

Małe, średnie i... nano. Modelowanie molekularne w Opolu (i nie tylko) Teobald Kupka, Małgorzata A. Broda Małe, średnie i... nano. Modelowanie molekularne w Opolu (i nie tylko) Badania podstawowe wspomagane obliczeniami w WCSS Teobald Kupka, Małgorzata A. Broda Uniwersytet Opolski, Wydział Chemii, Opole e-mail:

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład VI Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Ramowy Program Specjalizacji MODELOWANIE MATEMATYCZNE i KOMPUTEROWE PROCESÓW FIZYCZNYCH Studia Specjalistyczne (III etap)

Ramowy Program Specjalizacji MODELOWANIE MATEMATYCZNE i KOMPUTEROWE PROCESÓW FIZYCZNYCH Studia Specjalistyczne (III etap) Ramowy Program Specjalizacji MODELOWANIE MATEMATYCZNE i KOMPUTEROWE PROCESÓW FIZYCZNYCH Studia Specjalistyczne (III etap) Z uwagi na ogólno wydziałowy charakter specjalizacji i możliwość wykonywania prac

Bardziej szczegółowo

Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State

Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State Maura Malińska Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski Promotorzy: prof. dr hab. Krzysztof Woźniak, prof. dr hab. Andrzej Kutner Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the

Bardziej szczegółowo

Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin

Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin 1. Zapisz konfigurację elektronową dla atomu helu (dwa elektrony) i wyjaśnij, dlaczego cząsteczka wodoru jest stabilna, a cząsteczka

Bardziej szczegółowo

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA W trakcie egzaminu licencjackiego student udziela ustnych odpowiedzi na pytania

Bardziej szczegółowo

była obserwowana poniżej temperatury 200. Dla wyższych temperatur widać redukcję drugiego momentu M^ w zakresie (1.5-2) [G*].

była obserwowana poniżej temperatury 200. Dla wyższych temperatur widać redukcję drugiego momentu M^ w zakresie (1.5-2) [G*]. PL9801017 DYNAMIKA GRUP CH ORAZ CH OH W POLIKRYSTALICZNYCH a 2 METYLOPYRANOZYDACH E.Knop. L.Latanowicz. S.Idziak Instytut Fizyki Uniwersytetu im.a.mickiewicza. Poznań Instytut Fizyki Molekularnej PAN.

Bardziej szczegółowo

Przewidywanie struktur białek

Przewidywanie struktur białek Łukasz Ołdziejewski Wydział Chemii UW Przewidywanie struktur białek czyli droga do projektowania indywidualnych leków Sprawozdanie studenckie 2007/2008 1 Indywidualność jednostki KaŜdy człowiek jest indywidualnym

Bardziej szczegółowo

Kraków, 20 kwietnia 2015

Kraków, 20 kwietnia 2015 Prof. dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii Uniwersytet Jagielloński ul. R. Ingardena 3, 30-060 Kraków tel. +48-12-663-2217 fax. +48-12-634-0515 e-mail: michalak@chemia.uj.edu.pl

Bardziej szczegółowo

Przewidywanie struktury kanału białkowego z wykorzystaniem probabilistycznych gramatyk formalnych oraz modelu ciągłego przepływu jonów

Przewidywanie struktury kanału białkowego z wykorzystaniem probabilistycznych gramatyk formalnych oraz modelu ciągłego przepływu jonów Przewidywanie struktury kanału białkowego z wykorzystaniem probabilistycznych gramatyk formalnych oraz modelu ciągłego przepływu jonów Witold Dyrka Instytut Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej, Politechnika

Bardziej szczegółowo

4.1 Hierarchiczna budowa białek

4.1 Hierarchiczna budowa białek Spis treści 4.1 ierarchiczna budowa białek... 51 4.1.1 Struktura pierwszorzędowa... 51 4.1.2 Struktura drugorzędowa... 53 4.1.3 Struktura trzeciorzędowa... 60 4.1.4 Rodzaje oddziaływań stabilizujących

Bardziej szczegółowo

Wieloskalowe modelowanie molekularne bia³ek

Wieloskalowe modelowanie molekularne bia³ek Osi¹gniêcia Nauki i Techniki Kierunki Rozwoju i Metody KONWERSATORIUM POLITECHNIKI WARSZAWSKIEJ Wk³adka nr 10 do Miesiêcznika Politechniki Warszawskiej nr 2/2007 Redaktor merytoryczny Stanis³aw Janeczko

Bardziej szczegółowo

Program MC. Obliczyć radialną funkcję korelacji. Zrobić jej wykres. Odczytać z wykresu wartość radialnej funkcji korelacji w punkcie r=

Program MC. Obliczyć radialną funkcję korelacji. Zrobić jej wykres. Odczytać z wykresu wartość radialnej funkcji korelacji w punkcie r= Program MC Napisać program symulujący twarde kule w zespole kanonicznym. Dla N > 100 twardych kul. Gęstość liczbowa 0.1 < N/V < 0.4. Zrobić obliczenia dla 2,3 różnych wartości gęstości. Obliczyć radialną

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 12

Podstawy projektowania leków wykład 12 Podstawy projektowania leków wykład 12 Łukasz Berlicki Projektowanie wspomagane komputerowo Ligand-based design QSAR i 3D-QSAR Structure-based design projektowanie oparte na strukturze celu molekularnego

Bardziej szczegółowo

Dwuletnie studia indywidualne II stopnia na kierunku fizyka, specjalność Matematyczne i komputerowe modelowanie procesów fizycznych

Dwuletnie studia indywidualne II stopnia na kierunku fizyka, specjalność Matematyczne i komputerowe modelowanie procesów fizycznych Dwuletnie studia indywidualne II stopnia na kierunku fizyka, specjalność Matematyczne i komputerowe modelowanie procesów fizycznych 1. CHARAKTERYSTYKA STUDIÓW Celem specjalności Matematyczne i komputerowe

Bardziej szczegółowo

Program Obliczeń Wielkich Wyzwań Nauki i Techniki (POWIEW)

Program Obliczeń Wielkich Wyzwań Nauki i Techniki (POWIEW) Program Obliczeń Wielkich Wyzwań Nauki i Techniki (POWIEW) Maciej Cytowski, Maciej Filocha, Maciej E. Marchwiany, Maciej Szpindler Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego

Bardziej szczegółowo

Architektura dużych projekty bioinformatycznch

Architektura dużych projekty bioinformatycznch Architektura dużych projekty bioinformatycznch Treści kształcenia: Konwersja formatów w bioinformatyce. Metadane, ontologie, schematy baz danych. Chado vs. BioSQL oraz przegląd narzędzi w ramach projektu

Bardziej szczegółowo

Jonizacja plazmą wzbudzaną indukcyjnie (ICP)

Jonizacja plazmą wzbudzaną indukcyjnie (ICP) Jonizacja plazmą wzbudzaną indukcyjnie (ICP) Inductively Coupled Plasma Ionization Opracowane z wykorzystaniem materiałów dr Katarzyny Pawlak z Wydziału Chemicznego PW Schemat spektrometru ICP MS Rozpylacz

Bardziej szczegółowo

Doświadczenia w eksploatacji gazomierzy ultradźwiękowych

Doświadczenia w eksploatacji gazomierzy ultradźwiękowych Doświadczenia w eksploatacji gazomierzy ultradźwiękowych Daniel Wysokiński Mateusz Turkowski Rogów 18-20 września 2013 Doświadczenia w eksploatacji gazomierzy ultradźwiękowych 1 Gazomierze ultradźwiękowe

Bardziej szczegółowo

Cząsteczki wieloatomowe - hybrydyzacja. Czy w oparciu o koncepcję orbitali molekularnych można wytłumaczyć budowę cząsteczek?

Cząsteczki wieloatomowe - hybrydyzacja. Czy w oparciu o koncepcję orbitali molekularnych można wytłumaczyć budowę cząsteczek? ząsteczki wieloatomowe - hybrydyzacja zy w oparciu o koncepcję orbitali molekularnych można wytłumaczyć budowę cząsteczek? Koncepcja OA OA O zdelokalizowane OA hyb OA O zlokalizowane OA hyb OA hyb OA orbitale

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład II Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Konsorcjum Biofarma i Centrum Biotechnologii Politechniki Śląskiej. Konferencja Nauka.Infrastruktura.Biznes

Konsorcjum Biofarma i Centrum Biotechnologii Politechniki Śląskiej. Konferencja Nauka.Infrastruktura.Biznes Konsorcjum Biofarma i Centrum Biotechnologii Politechniki Śląskiej Konferencja Nauka.Infrastruktura.Biznes Konsorcjum Śląska Biofarma Głównym celem zawiązania konsorcjum Śląska BIO FARMA, było nawiązanie

Bardziej szczegółowo

Kierunek Informatyka stosowana Studia stacjonarne Studia pierwszego stopnia

Kierunek Informatyka stosowana Studia stacjonarne Studia pierwszego stopnia Studia pierwszego stopnia I rok Matematyka dyskretna 30 30 Egzamin 5 Analiza matematyczna 30 30 Egzamin 5 Algebra liniowa 30 30 Egzamin 5 Statystyka i rachunek prawdopodobieństwa 30 30 Egzamin 5 Opracowywanie

Bardziej szczegółowo

cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne

cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne Prof. dr hab. Sławomir Filipek Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii 1 Strategie projektowania leków

Bardziej szczegółowo

RMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych

RMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych RMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych Joanna Wiśniewska Promotor: dr inż. P. Łukasiak Spis treści 1. Zakres pracy magisterskiej 2. Struktura białka 3. Struktura kwasów nukleionowych

Bardziej szczegółowo

Kontakt. Badania naukowe:

Kontakt. Badania naukowe: Kontakt - tel.: 032 359 12 86 - email: awozniakowski@o2.pl - wydział: Informatyki i Nauki o Materiałach - instytut: Nauki o Materiałach - zakład/katedra: Modelowania materiałów - opiekun naukowy: dr hab.

Bardziej szczegółowo

KATEDRA CHEMII BIOMEDYCZNEJ

KATEDRA CHEMII BIOMEDYCZNEJ Sylwia Rodziewicz-Motowidło KATEDRA CHEMII BIOMEDYCZNEJ Katedra Chemii Biomedycznej dr hab. Sylwia Rodziewicz-Motowidło budynek A, piętro I i parter Pracownia Chemii Medycznej dr hab. Sylwia Rodziewicz-Motowidło

Bardziej szczegółowo

Repetytorium z wybranych zagadnień z chemii

Repetytorium z wybranych zagadnień z chemii Repetytorium z wybranych zagadnień z chemii Mol jest to liczebność materii występująca, gdy liczba cząstek (elementów) układu jest równa liczbie atomów zawartych w masie 12 g węgla 12 C (równa liczbie

Bardziej szczegółowo

Fizyka w symulacji komputerowej i modelowaniu komputerowym Dynamika Molekularna. Łukasz Pepłowski

Fizyka w symulacji komputerowej i modelowaniu komputerowym Dynamika Molekularna. Łukasz Pepłowski Fizyka w symulacji komputerowej i modelowaniu komputerowym Dynamika Molekularna Łukasz Pepłowski Plan Co to jest Dynamika Molekularna (MD) Zadania MD Cechy MD Ograniczenia i problemy MD Pole siłowe Oddziaływania

Bardziej szczegółowo

Modelowanie molekularne w projektowaniu leków

Modelowanie molekularne w projektowaniu leków Modelowanie molekularne w projektowaniu leków Wykład I Wstęp (o czym będę a o czym nie będę mówić) Opis układu Solwent (woda z rozpuszczonymi jonami i innymi substancjami) Ligand (potencjalny lek) Makromolekuła

Bardziej szczegółowo

Właściwości błony komórkowej

Właściwości błony komórkowej Właściwości błony komórkowej płynność asymetria selektywna przepuszczalność szybka dyfuzja: O 2, CO 2, N 2, benzen Dwuwarstwa lipidowa - przepuszczalność Współczynnik przepuszczalności [cm/s] 1 Transport

Bardziej szczegółowo

Czy białka zbudowane są z 20 rodzajów aminokwasów? jak radzi sobie z tym problemem modelowanie molekularne.

Czy białka zbudowane są z 20 rodzajów aminokwasów? jak radzi sobie z tym problemem modelowanie molekularne. Czy białka zbudowane są z 20 rodzajów aminokwasów? jak radzi sobie z tym problemem modelowanie molekularne. mgr Adrian Jasiński Zespół Teoretycznej Biofizyki Molekularnej Plan prezentacji Wstęp Niestandardowe

Bardziej szczegółowo

2. Metody, których podstawą są widma atomowe 32

2. Metody, których podstawą są widma atomowe 32 Spis treści 5 Spis treści Przedmowa do wydania czwartego 11 Przedmowa do wydania trzeciego 13 1. Wiadomości ogólne z metod spektroskopowych 15 1.1. Podstawowe wielkości metod spektroskopowych 15 1.2. Rola

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. z sylabusu...

Bioinformatyka. z sylabusu... Bioinformatyka Wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2008 1 Co to jest Bioinformatyka? Zastosowanie technologii informacji do

Bardziej szczegółowo

mgr Agnieszki Kobielak

mgr Agnieszki Kobielak PUBLICZNA OBRONA PRACY DOKTORSKIEJ Dnia 24 stycznia 2013 r. o godz.9 30 na Wydziale Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego w sali nr 170, parter, przy ul. Przybyszewskiego 63 odbędzie się publiczna

Bardziej szczegółowo

Egzamin Gimnazjalny z WSiP MAJ 2015. Analiza wyników próbnego egzaminu gimnazjalnego

Egzamin Gimnazjalny z WSiP MAJ 2015. Analiza wyników próbnego egzaminu gimnazjalnego Egzamin Gimnazjalny z WSiP MAJ 205 Analiza wyników próbnego egzaminu gimnazjalnego Część matematyczno-przyrodnicza z przedmiotów przyrodniczych Klasa 2 Arkusz egzaminu próbnego składał się z 23 zadań zamkniętych

Bardziej szczegółowo

JANUSZ M. BUJNICKI. Tom Numer 2 3 ( ) Strony

JANUSZ M. BUJNICKI. Tom Numer 2 3 ( ) Strony Tom 54 2005 Numer 2 3 (267 268) Strony 155 162 JANUSZ M. BUJNICKI Pracownia Bioinformatyki i Inżynierii Białka Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej (IIMCB) Trojdena 4, 02-109 Warszawa

Bardziej szczegółowo

ul. Żwirki i Wigury 93 02 89 Warszawa Prof. dr hab. Paweł Kowalczyk Zastępca Dyrektora Instytutu Fizyki Doświadczalnej Wydział Fizyki UW:

ul. Żwirki i Wigury 93 02 89 Warszawa Prof. dr hab. Paweł Kowalczyk Zastępca Dyrektora Instytutu Fizyki Doświadczalnej Wydział Fizyki UW: Warszawa, dn. 28.05.2010 Prof. dr hab. Ryszard Stolarski UNIWERSYTET WARSZAWSKI WYDZIAŁ FIZYKI Tel. 55 40772 Instytut Fizyki Doświadczalnej Fax: 55 40771 Zakład Biofizyki ul. Żwirki i Wigury 93 02 89 Warszawa

Bardziej szczegółowo

Oznaczenia konfiguracji absolutnej związków konformacyjnie labilnych

Oznaczenia konfiguracji absolutnej związków konformacyjnie labilnych Uniwersytet im. Adama Mickiewicza Wydział Chemii Zakład Stereochemii Organicznej Grunwaldzka 6, 60 780 Poznań Poznań, 20 lutego 2012 r. Dr Marcin Kwit Autoreferat Oznaczenia konfiguracji absolutnej związków

Bardziej szczegółowo

Czy poprawki ZPV do stałych ekranowania zależą od konformacji? Przypadek dimetoksymetanu

Czy poprawki ZPV do stałych ekranowania zależą od konformacji? Przypadek dimetoksymetanu Czy poprawki ZPV do stałych ekranowania zależą od konformacji? Przypadek dimetoksymetanu Wojciech Migda Wydział Chemii, Uniwersytet Jagielloński, Kraków Bronowice, 1-2 XII 2004 Zero-Point Vibrational Corrections

Bardziej szczegółowo

Politechnika Gdańska i gospodarka Pomorza wspólne wyzwania rozwojowe

Politechnika Gdańska i gospodarka Pomorza wspólne wyzwania rozwojowe Politechnika Gdańska i gospodarka Pomorza wspólne wyzwania rozwojowe Wydział Fizyki Technicznej i Matematyki Stosowanej Gdańsk, 08.05.2012 1. STRATEGIA ROZWOJU WYDZIAŁU Wydział Fizyki Technicznej i Matematyki

Bardziej szczegółowo

Wydział Matematyki, Fizyki i Informatyki UMCS. Instytut Matematyki UMCS

Wydział Matematyki, Fizyki i Informatyki UMCS. Instytut Matematyki UMCS Wydział Matematyki, Fizyki i Informatyki UMCS Dziekan Wydziału B 3 Prodziekan Wydziału B 2 Dziekanat B 7a (Kierownik Dziekanatu), B 6, B 6a, B 7 Sala konferencyjna i posiedzeń Rady Wydziału D 217 Biblioteka

Bardziej szczegółowo

Wyznaczenie struktury i dynamiki białka CsPin oraz jego oddziaływania z modelowymi peptydami metodami spektroskopii NMR

Wyznaczenie struktury i dynamiki białka CsPin oraz jego oddziaływania z modelowymi peptydami metodami spektroskopii NMR mgr Łukasz Jaremko Warszawa, 21.11.2012 Wydział Chemii, UW Autoreferat rozprawy doktorskiej pt.: Wyznaczenie struktury i dynamiki białka CsPin oraz jego oddziaływania z modelowymi peptydami metodami spektroskopii

Bardziej szczegółowo

Obliczanie Dokładnych Parametrów NMR Charakterystyka struktury i parametrów spektroskopowych wybranych układów molekularnych

Obliczanie Dokładnych Parametrów NMR Charakterystyka struktury i parametrów spektroskopowych wybranych układów molekularnych Obliczanie Dokładnych Parametrów NMR Charakterystyka struktury i parametrów spektroskopowych wybranych układów molekularnych Teobald Kupka Uniwersytet Opolski, Wydział Chemii, Opole e-mail: teobaldk@yahoo.com

Bardziej szczegółowo

Metody teoretyczne przewidywania struktury białek oraz ich kompleksów z peptydami

Metody teoretyczne przewidywania struktury białek oraz ich kompleksów z peptydami Maciej Błaszczyk Metody teoretyczne przewidywania struktury białek oraz ich kompleksów z peptydami Praca doktorska wykonana w Pracowni Teorii Biopolimerów Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego Promotor

Bardziej szczegółowo

KARTA KURSU. Kod Punktacja ECTS* 4

KARTA KURSU. Kod Punktacja ECTS* 4 KARTA KURSU Nazwa Nazwa w j. ang. Chemia organiczna Organic chemistry Kod Punktacja ECTS* 4 Koordynator dr Waldemar Tejchman Zespół dydaktyczny dr Waldemar Tejchman Opis kursu (cele kształcenia) Celem

Bardziej szczegółowo

Weryfikacja hipotez statystycznych za pomocą testów statystycznych

Weryfikacja hipotez statystycznych za pomocą testów statystycznych Weryfikacja hipotez statystycznych za pomocą testów statystycznych Weryfikacja hipotez statystycznych za pomocą testów stat. Hipoteza statystyczna Dowolne przypuszczenie co do rozkładu populacji generalnej

Bardziej szczegółowo

Dekada polskiego Internetu w nauce

Dekada polskiego Internetu w nauce Dekada polskiego Internetu w nauce Bogdan Lesyng Internet wywarł olbrzymi wpływ na przyspieszenie procesów globalizacji w wielu obszarach zjawisk społecznych, kulturowych, ekonomicznych oraz w nauce. Prawdziwa

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 6 Aminokwasy

Ćwiczenie 6 Aminokwasy Ćwiczenie 6 Aminokwasy Aminokwasy są to związki dwufunkcyjne, których cząsteczki zawierają grupy karboksylowe i aminowe: grupa aminowa:nh 2 grupa karboksylowa COOH Nomenklatura aminokwasów: Naturalne aminokwasy

Bardziej szczegółowo

Plan dydaktyczny z chemii klasa: 2TRA 1 godzina tygodniowo- zakres podstawowy. Dział Zakres treści

Plan dydaktyczny z chemii klasa: 2TRA 1 godzina tygodniowo- zakres podstawowy. Dział Zakres treści Anna Kulaszewicz Plan dydaktyczny z chemii klasa: 2TRA 1 godzina tygodniowo- zakres podstawowy lp. Dział Temat Zakres treści 1 Zapoznanie z przedmiotowym systemem oceniania i wymaganiami edukacyjnymi z

Bardziej szczegółowo

Kierunek i poziom studiów: Chemia. Drugi. Sylabus modułu: Chemia kwantowa i modelowanie molekularne (0310-CH-S2-B-062)

Kierunek i poziom studiów: Chemia. Drugi. Sylabus modułu: Chemia kwantowa i modelowanie molekularne (0310-CH-S2-B-062) Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Kierunek i poziom studiów: Chemia. Drugi. Sylabus modułu: Chemia kwantowa i modelowanie molekularne (0310-CH-S2-B-062) 1. Informacje ogólne koordynator modułu dr

Bardziej szczegółowo

Czy białka zbudowane są tylko z 20 rodzajów aminokwasów?

Czy białka zbudowane są tylko z 20 rodzajów aminokwasów? Czy białka zbudowane są tylko z 20 rodzajów aminokwasów? mgr Adrian Jasiński Seminarium Zakładu Biofizyki i Fizyki Medycznej Plan prezentacji Wstęp Niestandardowe aminokwasy Wariacje standardowego kodu

Bardziej szczegółowo

Wykaz specjalności na studiach magisterskich

Wykaz specjalności na studiach magisterskich Wykaz specjalności na studiach magisterskich Na Wydziale Fizyki UW prowadzone są studia magisterskie w ramach następujących specjalnościach: specjalności na kierunku fizyka fizyka cząstek i oddziaływań

Bardziej szczegółowo

Jest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka

Jest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka Wstęp do obsługi biologicznych baz danych i analizy porównawczej białek i genów Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin Pok. 113 CB jan.jastrzebski@uwm.edu.pl bioinformatyka@gmail.com www.ebiology.net

Bardziej szczegółowo

Wstęp. Krystalografia geometryczna

Wstęp. Krystalografia geometryczna Wstęp Przedmiot badań krystalografii. Wprowadzenie do opisu struktury kryształów. Definicja sieci Bravais go i bazy atomowej, komórki prymitywnej i elementarnej. Podstawowe typy komórek elementarnych.

Bardziej szczegółowo

Badanie procesów zwijania i agregacji GFP i jego mutantów. Monika Olasek, Zakład Biofizyki IFD UW

Badanie procesów zwijania i agregacji GFP i jego mutantów. Monika Olasek, Zakład Biofizyki IFD UW Badanie procesów zwijania i agregacji GFP i jego mutantów. Monika Olasek, Zakład Biofizyki IFD UW Plan O Green Fluorescent Protein i jego mutantach Absorpcyjne badanie agregacji EGFP Emisyjne badanie agregacji

Bardziej szczegółowo

4.2 Rozgrzewka, czyli Centralne Twierdzenie Graniczne

4.2 Rozgrzewka, czyli Centralne Twierdzenie Graniczne 4.1 Wprowadzenie do modelowania Uwaga!!! Rzut monetą nie jest eksperymentem losowym. Znając warunki początkowe oraz wiedząc wszystko o otoczeniu, wyposażeni w znajomość zasad dynamiki jesteśmy w stanie

Bardziej szczegółowo

SESJA 5 STRUKTURA, MODYFIKACJE I FUNKCJE BIAŁEK WYKŁADY

SESJA 5 STRUKTURA, MODYFIKACJE I FUNKCJE BIAŁEK WYKŁADY SESJA 5 STRUKTURA, MODYFIKACJE I FUNKCJE BIAŁEK WYKŁADY 90 SESJA 5 WYKŁADY W05-01 ROZPOZNANIE LIGANDÓW BIAŁKOWYCH PRZEZ RECEPTORY INTEGRYNOWE Czesław Cierniewski Zaklad Biofizyki Akademii Medycznej, Łódź

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie nr 2 Komputerowe modelowanie cząsteczek związków chemicznych przy uŝyciu programu HyperChem Lite

Ćwiczenie nr 2 Komputerowe modelowanie cząsteczek związków chemicznych przy uŝyciu programu HyperChem Lite Ćwiczenie nr 2 Komputerowe modelowanie cząsteczek związków chemicznych przy uŝyciu programu HyperChem Lite Część teoretyczna Cel ćwiczenia 1) Zapoznanie studentów z modelowaniem molekularnym 2) Zapoznanie

Bardziej szczegółowo

2.1.M.06: Modelowanie i wspomaganie komputerowe w inżynierii powierzchni

2.1.M.06: Modelowanie i wspomaganie komputerowe w inżynierii powierzchni 2nd Workshop on Foresight of surface properties formation leading technologies of engineering materials and biomaterials in Białka Tatrzańska, Poland 29th-30th November 2009 1 Panel nt. Procesy wytwarzania

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Spektroskopia elektronowa. Etylen. Trypletowe przejścia elektronowe *

Ćwiczenie 3. Spektroskopia elektronowa. Etylen. Trypletowe przejścia elektronowe * Ćwiczenie 3 Spektroskopia elektronowa. Etylen. Trypletowe przejścia elektronowe * 1 Ćwiczenie 3 Spektroskopia elektronowa. Etylen. Trypletowe przejścia elektronowe * I. Narysuj etylen a) Wybierz Default

Bardziej szczegółowo

Oprogramowanie w ICM

Oprogramowanie w ICM Oprogramowanie w ICM Zespół KDM Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwerystet Warszawski Szkolenie KDM (Kontakt: pomoc@icm.edu.pl) Oprogramowanie w ICM Szkolenie KDM

Bardziej szczegółowo

Spektrometria mas (1)

Spektrometria mas (1) pracował: Wojciech Augustyniak Spektrometria mas (1) Spektrometr masowy ma źródło jonów, które jonizuje próbkę Jony wędrują w polu elektromagnetycznym do detektora Metody jonizacji: - elektronowa (EI)

Bardziej szczegółowo

ZASTOSOWANIA SPEKTROMETRII MAS W CHEMII ORGANICZNEJ I BIOCHEMII WYKŁAD II ZASTOSOWANIA SPEKTROMETRII MAS

ZASTOSOWANIA SPEKTROMETRII MAS W CHEMII ORGANICZNEJ I BIOCHEMII WYKŁAD II ZASTOSOWANIA SPEKTROMETRII MAS ZASTSWANIA SPEKTRMETRII MAS W CHEMII RGANICZNEJ I BICHEMII WYKŁAD II ZASTSWANIA SPEKTRMETRII MAS Prof. dr hab. Witold Danikiewicz Instytut Chemii rganicznej PAN Warszawa PYTANIA, NA KTÓRE MŻE DPWIEDZIEĆ

Bardziej szczegółowo

Teoretyczne metody badania właściwości katalitycznych enzymów oraz inhibicji na przykładzie mutazy choryzmianowej i amoniakoliazy fenyloalaninowej

Teoretyczne metody badania właściwości katalitycznych enzymów oraz inhibicji na przykładzie mutazy choryzmianowej i amoniakoliazy fenyloalaninowej Teoretyczne metody badania właściwości katalitycznych enzymów oraz inhibicji na przykładzie mutazy choryzmianowej i amoniakoliazy fenyloalaninowej Borys Szefczyk Praca doktorska wykonana pod kierunkiem

Bardziej szczegółowo

Fizyka w symulacji komputerowej i modelowaniu komputerowym Metody Monte Carlo Algorytmy Genetyczne. Łukasz Pepłowski

Fizyka w symulacji komputerowej i modelowaniu komputerowym Metody Monte Carlo Algorytmy Genetyczne. Łukasz Pepłowski Fizyka w symulacji komputerowej i modelowaniu komputerowym Metody Monte Carlo Algorytmy Genetyczne Łukasz Pepłowski Plan Metody Stochastyczne Łańcuchy Markowa Dynamika Brownowska Metoda Monte Carlo Symulowane

Bardziej szczegółowo

BIOINFORMATYKA. Copyright 2011, Joanna Szyda

BIOINFORMATYKA. Copyright 2011, Joanna Szyda BIOINFORMATYKA 1. Wykład wstępny 2. Struktury danych w badaniach bioinformatycznych 3. Bazy danych: projektowanie i struktura 4. Bazy danych: projektowanie i struktura 5. Powiązania pomiędzy genami: równ.

Bardziej szczegółowo