Człowiek mendlowski? Genetyka człowieka w XX i XXI w.
Informacje Kontakt: Paweł Golik Instytut Genetyki i Biotechnologii, Pawińskiego 5A pgolik@igib.uw.edu.pl Informacje, materiały: http://www.igib.uw.edu.pl/
Mendlowska krzyżówka jednogenowa Roślina wysoka produkuje gamety T Roślina niska produkuje gamety t Roślina F1 to heterozygota, objawia się allel dominujący T Heterozygoty produkują gamety T oraz t (po 50%) Stosunek fenotypów 3:1 Stosunek genotypów 1:2:1
Metoda kwadratu Punnetta Gamety ê T t T t TT Tt Tt tt
W XX wieku Ponowne odkrycie prac Mendla (Hugo de Vries, Erich von Tschermak, Carl Correns) ~ 1900 1905 - pierwsze użycie terminu genetyka (William Bateson) 1900-1903 Teoria mutacji H. de Vries Chromosomowa teoria dziedziczności (Thomas H. Morgan) 1910-1915
Dziedziczenie Mendlowskie - jeden gen = jedna cecha np. allele jednego genu decydują o barwie kwiatów groszku Bardziej złożone - interakcje kilku genów Wieloczynnikowe - interakcje wielu genów i środowiska
Fenotypy badane w genetyce człowieka W większości choroby jednogenowe (Mendlowskie) wieloczynnikowe nowotwory (mutacje somatyczne) zaburzenia chromosomowe Inne cechy (elementy zmienności prawidłowej) jednogenowe (rzadko) wieloczynnikowe np. inteligencja, cechy behawioralne
Cechy jednogenowe Prosty wzór dziedziczenia Oprócz chorób nieliczne cechy o charakterze anegdotycznym zdolność do zwijania języka w trąbkę, odstający płatek uszny, smak PTC, itp. rude włosy (80% - recesywny allel genu MC1R) markery immunologiczne (grupy krwi) układ AB0, czynnik Rh markery molekularne
Choroby jednogenowe Znanych jest bardzo wiele (~5800) chorób jednogenowych Większość jest bardzo rzadka (najczęstsze ~1/1000-1/2000 urodzeń) W sumie ~4/1000 żywych urodzeń Dane wg. http://omim.org/statistics/entry
Mukowiscydoza Najczęstsza choroba jednogenowa w Europie Północnej (w tym Polska) ~1/2000 urodzeń Cecha recesywna - rodzice to heterozygoty - nosiciele
Mukowiscydoza http://learn.genetics.utah.edu/content/disorders/singlegene/cf/
Mukowiscydoza - ilu jest nosicieli? Rodzi się 1/2000 chorych Oboje rodzice muszą być nosicielami Jeżeli nosicieli jest w populacji n to par 2 nosicieli jest n 2 choruje ¼ dzieci nosicieli, zatem ¼ n 2 = 1/2000 n 1/22 Nosicieli jest o wiele więcej niż chorych!
Cechy sprzężone z płcią Płeć chromosomowa człowieka: kobiety XX, mężczyźni XY Na chromosomie X znajduje się wiele genów Na chromosomie Y kilkanaście genów, w tym SRY kierujący rozwojem jąder Geny leżące na chromosomie X - sprzężenie z płcią
Inaktywacja X Kobiety mają dwie kopie chromosomu X, mężczyźni jedną Regulacja genów człowieka jest bardzo wrażliwa na liczbę kopii np. zespół Downa - trzecia kopia chromosomu 21 U kobiet (i samic innych ssaków) jedna z dwóch kopii X jest nieaktywna losowo, w różnych komórkach różna
Mozaikowatość inaktywacji X Mutacja genu odpowiadającego za barwę futra (czarne lub rude) na chromosomie X U samic łaty czarne i rude zależnie od inaktywacji Samce albo czarne, albo rude
Choroby sprzężone z X Jeżeli matka jest nosicielką, to zachoruje średnio ½ synów (a ½ córek będzie nosicielkami)
Choroby sprzężone z X Jeżeli ojciec jest chory, to wszystkie córki będą nosicielkami, ale żaden syn nie zachoruje
Królewska hemofilia
Cechy dominujące Wystarczy jeden zmutowany allel, by zachorować Choruje średnio ½ dzieci chorych rodziców Np. choroba Huntingtona
Choroba Huntingtona Postępująca degeneracja tkanki mózgu Pierwsze objawy zwykle w wieku 35-45 lat Zaburzenia behawioralne, zaburzenia ruchu (pląsawica), postępująca ciężka demencja Oczekiwany czas życia - ~20 lat od pojawienia się objawów
Choroby jednogenowe Znanych jest bardzo wiele (~5800) chorób jednogenowych Większość jest bardzo rzadka (najczęstsze ~1/1000-1/2000 urodzeń) W sumie ~4/1000 żywych urodzeń Dane wg. http://omim.org/statistics/entry
Jeden gen jedna cecha? Proste przełożenie jednego genu na jedną cechę fenotypową (jak u Mendla) zdarza się rzadko Na powstanie wielu cech wpływają interakcję wielu różnych genów Powstają złożone sieci współzależności złożoność budowana przez oddziaływania i kombinacje, a nie liczbę elementów składowych
Cechy wieloczynnikowe
Odziedziczalność Za każdy fenotyp odpowiada interakcja genotypu ze środowiskiem Odziedziczalność: proporcja zmienności fenotypowej wyjaśnianej zmiennością genetyczną w populacji badania bliźniąt monozygotyczne (MZ) vs. dizygotyczne (DZ) agregacja rodzinna częstość objawów u krewnych I stopnia przewyższa obserwowaną u dalszych krewnych i osób niespokrewnionych
Badania bliźniąt - przykład Wikimedia Commons
Agregacja rodzinna Czy prawdopodobieństwo wystąpienia cechy jest znacząco wyższe u bliskich krewnych osób mających tę cechę w stosunku do całej populacji
Agregacja rodzinna Choroby afektywne (ostre cykliczne zaburzenia nastroju) jednobiegunowa (epizody depresyjne) dwubiegunowa (epizody maniakalne i depresyjne)
Agregacja rodzinna Choroba jednobiegunowa ryzyko w populacji ~3 % (mężczyźni) ~5-9% (kobiety) krewni I stopnia osoby chorej ryzyko ~10% stosunkowo mała odziedziczalność Choroba dwubiegunowa ryzyko w populacji ~1% krewni I stopnia osoby chorej ryzyko ~ 20% istotna odziedziczalność
Asocjacja Nieprzypadkowe współwystępowanie czynników (alleli i fenotypów) na poziomie populacji Czy zawsze asocjacja oznacza zależność przyczynową? Czy każda asocjacja ma wartość diagnostyczną? Czy asocjacja odkrywa gen na...?
Zesztywniające zapalenie stawów
Asocjacja - przykład HLA-B27 i choroby autoimmunologiczne, np. zesztywniające zapalenie stawów Chorzy Zdrowi HLA-B27 + 90 1000 HLA-B27-10 9000 Ryzyko 8% Ryzyko 0,11% test statystyczny Fishera (Fisher exact test): p 2 10-76 Ryzyko dla całej populacji ~1%
Geny na...?
A w rzeczywistości... Ryzyko u posiadaczy wariantu wzrasta z ~2% (w populacji) do ~4,5% (posiadający wariant) >95% posiadających wariant nie zachoruje
Dla porównania HLA-B27 i choroby autoimmunologiczne, np. zesztywniające zapalenie stawów Chorzy Zdrowi HLA-B27 + 90 1000 Ryzyko 8% HLA-B27-10 9000 Ryzyko 0,11% test statystyczny Fishera (Fisher exact test): p 2 10-76 Ryzyko dla całej populacji ~1% OR = 90 1000 10 9000 = 81
Ważne!! Asocjacja to nie jest gen na...! Czynnik ryzyka nie ma zwykle znaczenia diagnostycznego Zależnie od częstości w populacji (dla rzadkich mniej) Może być przydatny w diagnostyce różnicowej Zawsze należy analizować asocjację na tle ogólnego ryzyka w populacji, jakie są wartości bezwzględne
Asocjacje i geny na Bardzo wiele doniesień typu odkryto gen odpowiedzialny za w rzeczywistości dotyczy asocjacji Wiele testów predyspozycji genetycznych opiera się na badaniach asocjacyjnych Ich wartość może być wątpliwa Asocjacja nie oznacza wynikania
Asocjacje mogą być zwodne Allel 3A4 cytochromu P450 (CYP3A) i rak prostaty (bardziej zaawansowana postać w momencie diagnozy) CYP3A może w pływać na tempo hydroksylowania testosteronu - związek przyczynowy? Nie ma wpływu allelu 3A4 na kinetykę metabolizmu testosteronu Allel 3A4 częściej występuje u ludzi pochodzenia afrykańskiego (Afroamerykanie), niż europejskiego Podobne korelacje dla raka prostaty dla innych alleli częstszych w populacji afrykańskiej Bardziej zaawansowany rak prostaty u Afroamerykanów (przyczyny społeczne)?
Paradoks Simpsona - przykład Prosty przykład: uniwersytet powinien faworyzować kobiety przy przyjmowaniu na studia doktoranckie: Mężczyźni Kobiety Historia 1/5 (20%) 2/8 (25%) Geografia 6/8 (75%) 4/5 (80%) Razem 7/13 (54%) 6/13 (46%)
O korelacji i wynikaniu
O korelacji i przyczynowości Populacja okolic Oldenburga, 1930-1936, za Richard F. Mould Introductory Medical Statistics
O korelacji i przyczynowości
O korelacji i przyczynowości
Luka odziedziczalności Missing heritability Klasyczne badania wykazują znaczną odziedziczalność wielu cech wieloczynnikowych Badania asocjacyjne wykazują jedynie niewielki wzrost prawdopodobieństwa dla danego polimorfizmu (np. badania asocjacji tłumaczą tylko 5% różnic wzrostu) Za odziedziczalność złożonych cech wieloczynnikowych odpowiadają interakcje genetyczne wielu polimorfizmów, w tym rzadkich
Genom i wzrost Na zróżnicowanie wzrostu człowieka wpływają warianty ponad 150 genów GIANT (Genetic Investigation of Anthropometric Traits), Lango et al. Nature. 2010 467(7317):832-8.
Różnorodność genetyczna człowieka Projekt 1000 genomów poszukiwanie różnic w genomach różnych ludzi (2500 osób) Wstępne dane (2012): 38 mln. miejsc zmiennych (SNP) 1,4 mln. indeli >14 000 większych delecji Więcej nukleotydów, niż w całym genomie drożdży
Projekt 1000 genomów
Podsumowanie Większość cech zmienności prawidłowej i częstych chorób człowieka to cechy wieloczynnikowe Badanie pojedynczych genów nie pozwala na przewidywanie fenotypu takich cech Genetyka dobrze opisuje i przewiduje dziedziczenie cech jednogenowych Nie ma dobrego opisu teoretycznego pozwalającego na przewidywanie dla cech wieloczynnikowych - wyzwanie na kolejne stulecia