SYLABUS Nazwa modułu/przedmiotu : Wydział: Kierunek studiów: Część A - Opis przedmiotu kształcenia. MIKROBIOLOGIA (moduł 1) Kod modułu LK.3.C.001 II Wydział Lekarski z Oddziałem Anglojęzycznym lekarski Specjalności: Poziom studiów: I (licencjackie) Rodzaj studiów: stacjonarne niestacjonarne Rok studiów: I II III IV V VI Typ modułu/ przedmiotu: Rodzaj modułu/ przedmiotu: Język wykładowy: Forma kształcenia obowiązkowy kształcenia ogólnego polski Wykład 8 Seminarium 8 wiczenia 20 Laboratorium E-learning Zajęcia praktyczne Praktyki zawodowe inne RAZEM 36 Semestr studiów: Godziny Cele kształcenia: Celem kształcenia w module 1 jest zaznajomienie studentów z mikrobiologią ogólną, w szczególności: 1) mikroorganizmami (bakterie, wirusy, grzyby) wywołującymi zakażenia u ludzi, ich patogennością oraz genetycznymi podstawami ich zmienności, 2) znaczeniem mikrobioty człowieka, 3) ogólnymi zasadami prawidłowego pobierania materiału do badań mikrobiologicznych, 4) ogólnymi zasadami i procedurami diagnostyki mikrobiologicznej, 5) zasadami oznaczania lekowrażliwości drobnoustrojów, 6) mechanizmami działania leków przeciwdrobnoustrojowych. Celem kształcenia w module 2 jest zaznajomienie studentów z mikrobiologią kliniczną, a w szczególności: 1) postaciami klinicznymi zakażeń oraz ich mikrobiologiczną diagnostyką, 2) wynikami badań mikrobiologicznych i umiejętnością ich interpretacji, 3) mechnizmami oporności drobnoustrojów na leki, 4) racjonalnym leczeniem zakażeń, 5) metodami zapobiegania zakażeniom, 6) zakażeniami szpitalnymi. Macierz efektów kształcenia dla modułu /przedmiotu w odniesieniu do metod weryfikacji zamierzonych efektów 1
kształcenia oraz formy realizacji zajęć. Numer efektu kształcenia Student, który zaliczy moduł ( przedmiot) wie/umie/potrafi/ - symbol EKK: Metody weryfikacji osiągnięcia zamierzonych efektów kształcenia: Forma zajęć dydaktycznych * wpisz symbol W01 Zna podstawowe struktury komórkowe i ich specjalizacje funkcjonalne - A.W4. S/ W02 Klasyfikuje drobnoustroje, z uwzględnieniem chorobotwórczych i obecnych we florze fizjologicznej- C.W12 W/S/ W03 Zna wpływ abiotycznych i biotycznych (wirusy, bakterie) czynników środowiska na organizm człowieka i populację ludzi oraz drogi ich wnikania do organizmu człowieka; opisuje konsekwencje narażenia organizmu człowieka na różne czynniki chemiczne i biologiczne oraz zasady profilaktyki- C.W14 S/ W04 W05 W06 W07 W08 W09 W10 W11 Zna rodzaje materiałów biologicznych wykorzystywanych w diagnostyce laboratoryjnej oraz zasady pobierania materiału do badań - E.W37 Zna podstawy teoretyczne i praktyczne diagnostyki laboratoryjnej- E.W38 W/S/ W/S/ Zna i rozumie podstawy diagnostyki mikrobiologicznej i parazytologicznej- C.W18. W/S/ Zna epidemiologię zarażeń wirusami, bakteriami oraz zakażeń grzybami i pasożytami, z uwzględnieniem W/S geograficznego zasięgu ich występowania - C.W13 Zna i rozumie przyczyny, objawy, zasady diagnozowania i postępowania terapeutycznego oraz profilaktycznego w najczęstszych chorobach bakteryjnych, wirusowych, pasożytniczych i grzybicach, w tym zakażeniach pneumokokowych, W/S/ wirusowym zapaleniu wątroby, nabytym niedoborze odporności AIDS, sepsie i zakażeniach szpitalnych - E.W32 Zna podstawy dezynfekcji, sterylizacji i postępowania aseptycznego- C.W19. S/ Zna główne mechanizmy działania leków oraz ich przemiany w ustroju zależne od wieku- C.W35 Zna ważniejsze działania niepożądane leków, w tym wynikające z ich interakcji- C.W38. W/S W/S W12 Zna funkcje genomu, transkryptomu i proteomu człowieka oraz podstawowe metody stosowane w ich badaniu; opisuje procesy replikacji, naprawy i rekombinacji DNA, transkrypcji i translacji oraz degradacji DNA, RNA i białek; zna koncepcje regulacji ekspresji genów- B.W14 S W13 U01 Zna rodzaje materiałów biologicznych wykorzystywanych w diagnostyce laboratoryjnej oraz zasady pobierania materiału do badań - E.W37 Obsługuje mikroskop optyczny także w zakresie korzystania z immersji- A.U1 S 2
U02 Przygotowuje preparat i rozpoznaje patogeny pod mikroskopem- C.U9. U03 U04 Interpretuje wyniki badań mikrobiologicznych- C.U10. Interpretuje badania laboratoryjne i identyfikuje przyczyny odchyleń- E.U24 U05 Pobiera materiał do badań wykorzystywanych w diagnostyce laboratoryjnej - E.U28 U06 Wykonuje podstawowe procedury lekarskie, w tym: f) ppbieranie wymazów z nosa, gardła i skóry oraz interpretuje ich wyniki E.U29 U07 Korzysta z baz danych, w tym internetowych, i wyszukuje potrzebną informację za pomocą dostępnych narzędzi- B.U11 U08 Krytycznie analizuje piśmiennictwo medyczne, w tym w języku angielskim, oraz wyciąga wnioski w oparciu o dostępną literaturę- D.U17. U09 Zna zasady pracy w grupie- D.W15 K01 Chętnie uczestniczy w części teoretycznej i praktycznej zajęć K03 Aktywnie uczestniczy w ćwiczeniach, zachowując się kulturalnie * W- wykład; - ćwiczenia; S- seminarium Proszę oznaczyć krzyżykami w skali 1-3 jak powyższe efekty lokują państwa zajęcia w działach: przekaz wiedzy, umiejętności czy kształtowanie postaw np.: Wiedza + + + Umiejętności + + Postawy + Nakład pracy (bilans punktów ECTS) Forma nakładu pracy (udział w zajęciach, aktywność, przygotowanie sprawdzenie, itp.) 1. Godziny kontaktowe 36 2. Czas pracy własnej 37 Sumaryczne obciążenie pracy 73 W/ Obciążenie (h) Punkty ECTS za moduł/przedmiotu 3 ( semestr 1) Uwagi Treść zajęć: WYKŁADY: WYKŁADY dla studentów II roku Wydziału Lekarskiego z zakresu MIKROBIOLOGII (semestr 1) W.1.. Mikrobiota człowieka, Podstawy wykrywania zakażeń (2h). W.2. Zakażenia wywoływane przez grzyby. Diagnostyka zakażeń grzybiczych. Mykotoksyny (2h) 3
W.3. Zakażenia wirusowe. Diagnostyka zakażeń wirusowych (2h). W. 4. Profilaktyka i leczenie zakażeń. Podstawy antybiotykoterapii (2h). SEMINARIA: S.1. Podstawy różnicowania drobnoustrojów -morfologia i fizjologia Morfologia bakterii i grzybów: kształt, wymiary, budowa komórki, różnice w budowie ściany komórkowej: bakterie Gram-dodatnie, Gram-ujemne, prątki, inne, cechy różnicujące bakterie. Ogólna systematyka drobnoustrojów: królestwo, typ, klasa, rząd, rodzina, rodzaj, gatunek; szczep, biotyp, serotyp, serowar, serogrupa. Metody bezpośredniego wykrywania drobnoustrojów: preparaty mikroskopowe, wykazanie antygenu bezpośrednio w materiale metodami serologicznymi lub materiału genetycznego technikami biologii molekularnej. Badanie morfologii drobnoustrojów: preparaty przyżyciowe i barwione. Metody barwienia; metoda Grama, Ziehl-Neelsena, Neissera, Giemsy, Löfflera, pozytywno-negatywna; zastosowanie praktyczne. Podstawowe grupy bakterii Gram-dodatnich ziarenkowce: Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Peptostreptococcus; laseczki: Bacillus, Clostridium; pałeczki: Corynebacterium, Listeria, Lactobacillus, Propionibacterium; prątki Mycobacterium; promieniowce: Actinomyces, Nocardia Podstawowe grupy bakterii Gram-ujemnych ziarenkowce: Neisseria, Veilonella; różne grupy pałeczek: z rodziny Enterobacteriaceae (E. coli, Klebsiella, Salmonella...),niefermentujace: Pseudomonas, Acinetobacter; inne: Vibrio, Campylobacter, Helicobacter, Haemophilus, Bordetella, Gardnerella, Legionella..., beztlenowe: Bacteroides, Fusobacterium...; krętki Treponema, Borrelia; riketsje; chlamydie; mykoplazmy Fizjologia drobnoustrojów wymagania odżywcze, źródło węgla i źródło energii (autotrofy, heterotrofy, chemolitotrofy, chemoorganotrofy); zapotrzebowanie na tlen (bezwzględne tlenowce, względne beztlenowce, beztlenowce, mikroaerofile, kapnofile); wpływ temperatury, ph, ciśnienia, potencjału oksydoredukcyjnego na wzrost bakterii. Różnice w zapotrzebowaniu wzrostowym różnych grup drobnoustrojów- bakterie typowe, atypowe, prątki, beztlenowce. Zmienność bakterii genotyp, fenotyp, mutacja, rekombinacja (koniugacja, transdukcja, transformacja). Praktyczne znaczenie zmian w genotypie (zmiana cech morfologicznych, biochemicznych, chorobotwórczości, wrażliwości na antybiotyki). Czynniki zjadliwości. Podłoża do hodowli drobnoustrojów podziały, przykłady (płynne stałe, półpłynne; proste wzbogacone, wybiórczo-różnicujące, wybiórczo-namnażające, specjalne, chromogenne; transportowe, transportowo-wzrostowe); zastosowanie różnych podłoży w diagnostyce. Różnicowanie drobnoustrojów na podstawie rodzaju wzrostu na podłożach płynnych (zmętnienie) i stałych (morfologia kolonii). Wykorzystanie metabolizmu (aktywność enzymatyczna, cechy biochemiczne) do identyfikacji i różnicowania drobnoustrojów. Metody identyfikacji/ zestawy diagnostyczne: testy API, system ATB, Vitek Compact, Maldi-Tof, inne S.2. Morfologia i fizjologia grzybów Morfologia grzybów: kształt, wymiary, budowa komórki, różnice w budowie ściany komórkowej. Cechy różnicujące bakterie i grzyby. Fizjologia grzybów. Wzrost i rozmnażanie grzybów cykle rozwojowe, fazy namnażania, szybkość wzrostu na podłożach sztucznych ( grzyby drożdżopodobne, pleśnie, dermatofity). Klasyfikacja grzybów dermatofity, drożdżaki i grzyby drożdżopodobne, pleśnie, grzyby dimorficzne Występowanie grzybów w środowisku i normalnej mikroflorze człowieka. S 3. Podstawowe cechy wirusów. Bakteriofagi, priony. Podstawowe cechy wirusów - budowa i wymiary, właściwości i udział poszczególnych struktur wirusów: w patomechanizmie zakażenia, w diagnostyce, do produkcji szczepionek. Fazy replikacji wirusów, wpływ typu replikacji na przebieg zakażenia wirusowego. Bakteriofagi. Priony. Podstawowe taksony wirusów: dsdna:herpesviridae (HHV-1, HHV-2, HHV-3 (VZV), HHV-4 (EBV), HHV-5 (CMV), HHV-6, HHV-7, HHV-8; Adenoviridae (HAdV-A, -B, -C, -D, -E, -F); Polyomaviridae (BK N, JCV);Papillomaviridae (HPV); Poxviridae: (VACV, VARV, MCV), Hepadnaviridae(HBV) ssdna: Parvoviridae(B19 virus - B19V), dsrna: Reoviridae (Rotavirus A, B,) ssrna(-): Orthomyxoviridae (Influenza A, B, C ); Paramyxoviridae (Human parainfluenza virus), Measles virus MEV, Mumps virus MuV, Human respiratory syncytial virus -HRSV); Rabdoviridae (Rabies virus ); Filoviridae (Ebola Virus,, Marburg virus); Bunyaviridae(Hantaan virus); Arenaviridae (Lassa virus), Hepatitis delta virus - HDV; ssrna(+): Coronaviridae(Coronavirus, SARS, Torovirus); Togaviridae (Rubella virus - RUBV); Flaviviridae (Tick-borne encephalitis virus, Yellow fever virus - YFV, Dengue virus,, West Nile virus,, Hepatitis C virus; Hepeviridae: Hepatitis E virus - HEV; Retroviridae Picornaviridae (enterovirusy: Coxackie, Echo Polio; rinowirusy, Hepatitis A virus HAV, Foot-and-mouth disease virus FMD); Calciviridae (Norovirus (Norwalk virus); Astroviridae; Retroviridae (HIV-1, HIV-2, - PTLV-1, PTLV-2 (HTLV); używające odwrotnej transkryptazy: DNA: Hepadnaviridae (HBV); RNA: Retroviridae (HIV). Metody namnażania wirusów (hodowle komórkowe, zarodki ptasie, wrażliwe zwierzęta). Metody wykrywania namnożonych wirusów: efekt cytopatyczny, metoda łysinkowa, odczyn hemaglutynacji, odczyn hemadsorpcji; odczyn neutralizacji; metody mikroskopowe, molekularne. Wykrywanie antygenów i materiału genetycznego wirusów. S. 4. Podstawowe grupy bakterii Gram-dodatnich Ziarenkowce Gram-dodatnie: 4
względnie beztlenowe - katalazo-dodatnie: Micrococcus, Staphylococcus (S. aureus, grupa CNS:S. epidermidis, S. saprophyticus) - katalazo-ujemne: Streptococcus(grupy serologiczne: A S. pyogenes, B S. agalactiae, C S. equisimilis, G różne szczepy); S. pneumoniae, grupa viridans, Enterococcus; bezwzględnie beztlenowe: - Gram-dodatnie: Peptococcus, Peptostreptococcus, Peptoniphilus, Finegoldia, Anaerococcus, Pałeczki Gram-dodatnie tlenowe: - nieprzetrwalnikujące,: Corynebacterium (C. diphtheriae), Mycobacterium (prątki gruźlicy, MOTT), Erysipelothrix, Listeria. - przetrwalnikujące(laseczki tlenowe): Bacillusanthracis, B. cereus - promieniowce rozgałęzione pałeczki słabo kwasooporne: Nocardia, Streptomyces, Rodoccocus, Actinomadura. Pałeczki Gram-dodatnie beztlenowe: - nieprzetrwalnikujące: Actinomyces, Propionibacterium, Eubacterium, Lactobacillus, Bifidobacterium, Mobiluncus; - przetrwalnikujące (laseczki beztlenowe): Clostridium (C. tetani, C.perfringrns, C. botulinum); Występowanie, chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń, mechanizmy obronne typ odczynu zapalnego, diagnostyka. S. 5. Podstawowe grupy bakterii Gram-ujemnych Ziarenkowce Gram-ujemne względnie beztlenowe: Neisseria (N. meningitidis, N. gonorrhoeae, gatunki komensalne występujące fizjologicznie w jamie ustnej), Moraxella catarrhalis bezwzględnie beztlenowe: - Veilonella Pałeczki Gram-ujemne jelitowe (duże) względnie beztlenowe z rodziny Enterobacteriaceae: Escherichia coli(szczepy ETEC, EPEC, EIEC, EHEC), Salmonella(serowaryS. Typhi (D) dur brzuszny, S Paratyphi(A, B, C) dury rzekome; salmonelozy - S. Enteritidis, S. Agona, S. Typhimurium, S. Heidelberg...), Shigella (S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii. S. sonnei), Klebsiella(K. pneumoniae, K. oxytoca, K.rhinoscleromatis, K. ozenae, Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Proteus, Morganella, Providencia, Yersinia Pałeczki Gram-ujemne niefermentujące niewybredne tlenowe: Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderiacepacia, Acinetobacter baumannii, Alcaligenes, Flavobacterium Pałeczki oksydazo-dodatnie, fermentujące, względnie beztlenowe: Vibrio (V. cholerae V. parahaemolyticus), Aeromonas Pałeczki oksydazo-dodatnie, mikroaerofilne: Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori Wybredne pałeczki Gram-ujemnemałe (kokopałeczki):francisella tularensis, Pasteurella multocida, Brucella abortus, Bordetella pertussis, Haemophilus influenzae, Legionella pneumophila Pałeczki Gram-ujemne bezwzględnie beztlenowe: Bacteroides, Porphyromonas, Prevotella, Fusobacterium, Leptotrichia, Aggregatibacter actinomycetemcomitans Występowanie, chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń, mechanizmy obronne typ odczynu zapalnego, diagnostyka. S. 6. Metody niszczenia drobnoustrojów poza organizmem ludzkim. Metody badania wrażliwości na leki. Dezynfekcja: * fizyczna: termiczna (pasteryzacja, tyndalizacja, dekoktacja -gotowanie), promieniowanie UV; *chemiczna: kwasy, zasady, alkohole, aldehydy, związki zawierające aktywny chlor i jod, pochodne fenolowe, detergenty i mydła, związki utleniające, związki metali ciężkich, barwniki, inne, mechanizmy działania i zasady doboru preparatów dezynfekcyjnych, Sterylizacja: * wysokotemperaturowa (suche gorące powietrze odpowiednie piece, para wodna w nadciśnieniu sterylizator parowy /autoklaw/, spalanie - spalarnie, wyżarzanie eza), * niskotemperaturowa (gazowa tlenkiem etylenu lub formaldehydem, fumigacja); * promieniowanie przenikliwe; * chemiczna: środki odkażające aldehydy, chlorowce, nadboran potasowy; * mechaniczna: filtry; * plazmowa; Kontrola procesu sterylizacji: wskaźniki fizyczne, chemiczne, biologiczne. Metody badania bakteryjnego zanieczyszczenia powietrza, powierzchni, sprzętu, rąk: metoda opadowa samoistna, wymuszonym obiegiem, odciskowa, wymazy przydatność w praktyce (wady i zalety). Metody badania wrażliwości bakterii na antybiotyki in vitro (antybiogram): jakościowa - metoda dyfuzyjno-krążkowa, ilościowe - metody kolejnych rozcieńczeń w podłożu stałym i płynnym, E-testy, automatyczne. MIC i MBC. WICZENIA: WICZENIA dla studentów II roku Wydziału Lekarskiego z zakresu MIKROBIOLOGII.1. Podstawy różnicowania bakterii Omówienie zasad BHP w pracowni mikrobiologicznej. Mycie rąk. 5
Wykonanie i oglądanie preparatów przyżyciowych kropla wisząca. Wykonanie preparatów barwionych z hodowli płynnej i stałej metodą Grama, Lőfflera, Neissera. Technika mikroskopii immersyjnej. Ocena mikroskopowa wykonanych preparatów: ocena wielkości i morfologii drobnoustrojów, różnicowanie poszczególnych grup drobnoustrojów. Oglądanie preparatów bezpośrednich z różnych materiałów klinicznych: ropa z czyraka, plwocina, krew, pochwa. Odczytanie zdolności ruchu bakterii na podłożu stałym, w agarze półpłynnym. Oglądanie podłoży do hodowli drobnoustrojów przed i po posiewie (podłoża płynne: tryptozowo-sojowe, tioglikolanowe; podłoża agarowe: z krwią owczą, Chapmana, MacConkeya, Sabourauda, czekoladowe, Mueller-Hintona, D-Coccosel, Pyocyanosel, chromogenne), ocena wzrostu, charakterystyka morfologiczna (wygląd) i biochemiczna (charakterystyczna barwa) kolonii. Różnicowanie bakterii na podstawie cech biochemicznych - testy API (odczyt wizualny), karty VITEK 2 Compact. Wizyta w pożywkarni i pracowni bakteriologicznej przygotowanie szkła i pożywek, wykorzystanie pożywek w codziennej diagnostyce, odczytanie cech biochemicznych systemem komputerowym. Oglądanie zestawów do pobierania materiałów (wymazówki, podłoża transportowe, podłoża transportowo-wzrostowe, inne)..2. Podstawy różnicowania grzybów. Ocena morfologii kolonii grzybów na podłożu Sabourauda, podłożu chromogennym oraz Dermasel (ocena wzrostu dermatofitów) Ocena morfologii komórek w hodowli szkiełkowej. Oglądanie preparatów bezpośrednich w laktofenolu ocena obecności strzępek grzybni w materiale pobranym od pacjenta. Wykonanie i ocena preparatów bezpośrednich z plwociny. Oglądanie preparatów bezpośrednich z różnych materiałów klinicznych: plwocina, krew, pochwa. Ocena morfologii grzybów w preparacie z KOH. Odczytanie testu filamentacji. Różnicowanie grzybów na podstawie cech biochemicznych - testy API (odczyt wizualny), karty VITEK 2 Compact. Odczytanie testu biochemicznego Candifast.3. Wirusy. Wykrywanie wirusów metodą hemaglutynacji - odczyn szkiełkowy (jakościowy) i probówkowy (ustalenie miana wirusa). Oglądanie ciałek wtrętowych Negriego w tkance mózgowej zwierzęcia chorego na wściekliznę) w preparacie barwionym i metodą IF. Demonstracja hodowli bakteriofagów (łysinki)..4. Różnicowanie bakterii Gram-dodatnich Różnicowanie gronkowców: morfologia kolonii gronkowców na agarze zwykłym, agarze z krwią i podłożu Chapmana, wykonanie testu na obecność katalazy i czynnika zlepnego (CF), odczyt testu probówkowego na wytwarzanie koagulazy, testu lateksowego typu Staphaurex, API, ID 32 Staph, VITEKGP. Różnicowanie paciorkowców: ocena morfologii kolonii i typu hemolizy paciorkowców β-hemolizujących, zieleniących i niehemolizujących na agarze z krwią; podłoże chromogenne (Granada S. agalactiae), różnicowanie serologiczne(streptokit), wrażliwość na optochinę (różnicowanie pneumokoków od paciorkowców zieleniących), test ASO. Różnicowanie enterokoków: wzrost na agarze zwykłym, agarze z krwią, podłożach wybiórczo-różnicujących (z eskuliną, tellurynem potasu). Oglądanie preparatów barwionych metodą Grama i Neissera z maczugowców błonicy i rzekomobłoniczych. Oglądanie hodowli maczugowców rzekomobłoniczych na agarze z krwią. Oglądanie preparatów barwionych metodą Grama oraz hodowli na agarze zwykłym (mikrokolonie) promieniowców Nocardia. Diagnostyka prątków: oglądanie prątków gruźlicy w preparatach bezpośrednich barwionych metodąziehl-neelsena i fluorescencyjnych oraz hodowli prątków na podłożu Lövensteina-Jensena, wykrywanie obecności DNA Mycobacterium tuberculosis metodą Real-Time PCR. Oglądanie hodowli Bacillus cereus.. 5. Różnicowanie bakterii Gram-ujemnych Różnicowanie Moraxella i Neisseria: test na obecność oksydazy, testy biochemiczne (API, VITEKNH), zestaw do określenia grupy serologicznej Neisseria meningitidis Ocena wyglądu kolonii różnych pałeczek Gram-ujemnych na podłożu MacConkeya kolonie laktozo-dodatnie (E coli), 6
laktozo-ujemne (Salmonella, Shigella, Proteus), śluzowe (Klebsiella). Ocena wyglądu kolonii Salmonella na podłożu SS oraz Pseudomonas na podłożu wybiórczym z cetrymidem. Różnicowanie pałeczek Gram-ujemnych na podstawie cech biochemicznych testy API, VITEK. Demonstracja zestawu do typowania serologicznego Salmonella i Shigella. Wykonanie posiewów wymazów z różnych okolic ciała (nos, ucho, gardło, pochwa, odbyt)..6. Diagnostyka zakażeń wywoływanych przez bakterie beztlenowe. Odczytanie posiewów wymazów z różnych okolic ciała (nos, ucho, gardło) wykonanych na ćwiczeniu 5. Demonstracja zestawów do hodowli bakterii beztlenowych (anaerostat). Wykonanie i oglądanie barwionych metodą Grama preparatów bezpośrednich z beztlenowcami (płytka nazębna, kieszonka dziąsłowa, kał). Oglądanie hodowli Propionibacterium na podłożu Schaedlera. Diagnostyka laseczek: ocena preparatu bezpośredniego ze zgorzeli gazowej, i Clostridium perfringens Oglądanie hodowli z bakteriami beztlenowymi (charakterystyczna woń). Schemat diagnostyki Clostridium difficile wykrycie antygenu i toksyn w kale..7. Diagnostyka zakażeń grzybiczych i wirusowych Wykrywanie antygenów rozpuszczalnych Aspergillus i Candida w surowicy pacjenta metodą ELISA. Oznaczanie DNA Aspergillus i Pneumocystis jirovecii metodą Real-Time PCR w BAL-u, plwocinie, popłuczynach oskrzelowych. Wykrycie swoistych przeciwciał w odczynie zahamowania hemaglutynacji (grypa, świnka, odra). Wykrycie antygenu HBsAg metodą Elisa. Oznaczanie DNA CMV i BK w surowicy metodą Real-Time PCR Oznaczanie ilościowe przeciwciał przeciwko wirusowi Epsteina-Barr (klasa IgM oraz IgG) metodą Map Luminex. Wykonanie posiewów: odciskowych palców (przed myciem, po myciu mydłem, po dezynfekcji), z powierzchni nieożywionych (metodą odciskową - Count-Tact) oraz badanie zanieczyszczenia powietrza metodą opadową..8. Metody dekontaminacji oraz metody oznaczania lekowrażliwości drobnoustrojów. Odczyt i interpretacja posiewów środowiskowych z ćwiczenia 7. Omówienie zasad wykonywania antybiogramu metodami dla różnych rodzajów/grup drobnoustrojów wg wytycznych CLSI i Eucast: dyfuzyjno-krążkowa, E-test, Candifast, Micronaut - odpowiednie inoculum, podłoże, sposób posiewu, dobór właściwych krążków, czas inkubacji, odczytywanie i interpretacja wynik. Demonstracja różnego typu aparatury do wyjaławiania. Oglądanie wskaźników chemicznych kontrolujących proces sterylizacji. Odczytanie posiewów sporotestu A. Oglądanie płytki z przykładem działania promieniowania UV i środków dezynfekcyjnych. Odczyt wykonanych posiewów. Przegląd prospektów najczęściej stosowanych chemicznych środków dezynfekcyjnych i sterylizujących. Wykonanie antybiogramu metodą dyfuzyjno-krążkową z wybranych szczepów bakterii. Odczytanie podstawowych antybiogramów metodą dyfuzyjno-krążkową (S. aureus ropa, nosicielstwo, S. pyogenes, E. faecalis, E. coli ropa, mocz, Pseudomonas). Odczytanie MIC na podstawie E-testu. Oznaczanie wrażliwości prątków na leki. Odczytanie antymykogramu metody półilościowe: Candifast, Micronaut.. 9. Interpretacja antybiogramów Odczyt i interpretacja antybiogramu wykonanego na ćwiczeniu nr 8..10. Odrabianie zaległości Odrabianie nieobecności na zajęciach. Literatura podstawowa i uzupełniająca, inne pomoce dydaktyczne: Literatura podstawowa Mikrobiologia - P. R. Murray, K.S. Rosenthal, M.A. Pfaller, red. A. Przondo-Mordarska, G. Martirosian, A. Szkaradkiewicz Literatura uzupełniająca, inne pomoce dydaktyczne: Antybiotykoterapia praktyczna D. Dzierżanowska najnowsze wydanie Mikrobiologia lekarska P. Heczko, M. Wróblewska Mikrobiologia lekarska F. Kayser, K. Bienz, J. Eckert, R. Zinkernagel Wirusologia lekarska M. Kańtoch najnowsze wydanie 7
Diagnostyka bakteriologiczna E. Szewczyk Wymagania dotyczące pomocy dydaktycznych Wymagania dotyczące pomocy dydaktycznych 1. Zestaw do prezentacji multimedialnych: laptop, projektor multimedialny 2. Laboratorium wyposażone w stoły laboratoryjne, Luminex, aparaty do PCR, wirówki laboratoryjne, lodówki do przechowywania pożywek mikrobiologicznych oraz hodowli bakteryjnych, pipety automatyczne, mikroskop świetlny i fluorescencyjny. Jednorazowy sprzęt laboratoryjny, odczynniki. Warunki uzyskania zaliczenia oraz system oceniania: 1. Zaliczenie wszystkich seminariów i ćwiczeń w danym semestrze jest warunkiem zaliczenia semestru. 2. Zaliczenie seminariów: obecność Nieobecność na seminariach: każdorazowo przygotowują w formie pisemnej lub ustnej referat zgodny z tematyką danego zajęcia w terminie 3 tygodni od opuszczonego seminarium. 3. Zaliczenie ćwiczeń oznacza obecność na ćwiczeniach, zatwierdzony przez asystenta protokół praktyczny, pozytywne oceny z wejściówek (cząstkowe testy sprawdzające przygotowanie do ćwiczeń praktycznych) 4. Nieobecności: Nieobecności muszą być usprawiedliwione, zaliczone teoretycznie i odrobione praktycznie. Odrabianie ćwiczeń odbywa się: tylko po wcześniejszym zaliczeniu teoretycznym ćwiczenia; jeżeli istnieje możliwość z inną grupą ćwiczeniową, zgodnie z tematem ćwiczenia, w tym samym tygodniu; obligatoryjnie pod koniec semestru letniego w ramach ostatniego ćwiczenia. Nieobecność na więcej niż 50% ćwiczeń skutkuje otrzymaniem czerwonego warunku bez możliwości odrabiania. 5. System oceniania: Na każdym ćwiczeniu asystenci prowadzący mają obowiązek pisemnego sprawdzenia aktualnych wiadomości wszystkich studentów -10 minutowa wejściówka składającą się z 10 pytań testowych typu zamkniętego i\lub otwartego. Do zaliczenia wejściówki wymagane jest 60 % prawidłowych odpowiedzi. Kryteria oceny wejściówki: Za każdą poprawną odpowiedź na pytanie student uzyskuje 1 pkt (max. 10 pkt); < 6pkt niedostateczny, 6 pkt - dostateczny, 7 pkt. dość dobry, 8 pkt. dobry, 9 pkt. ponad dobry, 10 pkt. bardzo dobry. W przypadku otrzymania oceny niedostatecznej z wejściówki, student ma prawo do dwukrotnego terminu poprawkowego pierwszy termin poprawkowy powinien odbyć się w przeciągu 3 tygodni od otrzymania wyników (po upływie 3 tygodni niewykorzystana szansa zaliczenia przepada), drugi termin po zakończeniu ćwiczeń w danym semestrze. Niezaliczenie drugiego terminu poprawkowego skutkuje niedopuszczeniem do egzaminu końcowego i otrzymaniem czerwonego warunku. Zaliczenia poprawkowe mają formę pisemną. 6. Aktywność : student jest zobowiązany do samodzielnego wykonania obowiązkowych zadań praktycznych i wypełnienia przyniesionego protokołu (do pobrania z naszej strony internetowej), który pod koniec zajęć jest oceniany przez asystenta prowadzącego. Ocena negatywna wymaga poprawy w trakcie kolejnych ćwiczeń bądź na ćwiczeniach odróbkowych. Student z trzykrotnym spóźnieniem zobowiązany jest do przygotowania i zaprezentowania referatu na wskazany przez asystenta temat. 7. Forma zaliczenia semestru 1 = zaliczenie ćwiczeń (patrz wyżej) Forma zaliczenia semestru 2 egzamin pisemny. Do zaliczenia testu składającego się z 60 pytań testowych konieczne jest 60% prawidłowych odpowiedzi. Kryteria oceny testu końcowego: < 36 pkt niedostateczny, 36-40 pkt dostateczny, 41-45 pkt. - dość dobry, 46-50 pkt. - dobry, 51-55 pkt. ponad dobry, 56-60 pkt. - bardzo dobry. Studenci, którzy uzyskali z ćwiczeń średnią ocen co najmniej 4,2 otrzymują dodatkowe punkty do wyników egzaminu końcowego: 4,20-4,29: dwa dodatkowe punkty; 4,30-4,39: trzy dodatkowe punkty; 4,4: cztery dodatkowe punkty. Zwolnień z egzaminu nie przewiduje się. Wyniki egzaminu są podane do wiadomości studentów w ciągu 5 dni roboczych. Po egzaminie studenci mają prawo wglądu do karty odpowiedzi przez 1 tydzień od dnia ogłoszenia wyników. Nazwa i adres jednostki prowadzącej moduł/przedmiot Katedra i Zakład Mikrobiologii i Immunologii PUM Koordynator zajęć: dr n.med. Joanna Jursa-Kulesza (tel. 91 466-16-52/ e-mail: asiaju@pum.edu.pl) Nazwisko osoby prowadzącej/osób prowadzących zajęcia dr n.med. Joanna Jursa-Kulesza dr n.med. Ludmiła Szymaniak dr n.med. Magdalena Mnichowska-Polanowska dr n.med. Katarzyna Galant dr n.med. Helena Masiuk Podpis Kierownik jednostki prowadzącej zajęcia..... Data sporządzenia sylabusa: 15.03.2015 8