Przedmiot: Nazwa przedmiotu Nazwa testu: Bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 0 Klasa: V zaoczne WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Analiza porównawcza białek zwykle zaczyna się na badaniach porównawczych A) chromosomowej lokalizacji genów kodujących porównywane białka B) funkcji biologicznych białek C) struktur przestrzennych D) spsobu zwinięcia łańcuchów białkowych na poziomie struktury drugorzędowej E) sekwencji łańcuchów białkowych F) tempa i zakresu zmienności analizowanych na wielu poziomach organizacji cząsteczki 2. Stopień identyczności porównywanych sekwencji jest to A) względny udział identycznych fragmentów struktury przestrzennej porównywanych cząsteczek B) stosunek liczby pozycji identycznych do liczby wszystkich porównywanych pozycji C) parametr określający zbieżność cech fizykochemicznych porównywanych cząsteczek D) parametr określajacy podobieństwo funkcjonalne porównywanych biomolekuł E) parametr określający zbieżność w budowie przestrzennej porównywanych cząsteczek F) stosunek liczby pozycji identycznych do liczby pozycji nieidentycznych 3. Programy z grupy SSSS obliczają stopień istotności podobieństwa porównywanych sekwencji w odniesieniu do A) wartości zawartych w macierzach BLOSUM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów B) losowego prawdopodobieństwa wystąpienia takich sekwencji C) nielosowego prawdopodobieństwa wystąpienia takich sekwencji D) wartości zawartych w macierzach PAM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów E) wartości zawartych w macierzach PAM i BLOSUM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów F) relacji genetycznych między pozycjami nieidentycznymi 4. Macierze z grupy PAM A) opisują relacje genetyczne między aminokwasami odpowiadających sobie pozycji homologicznych B) opisują odległości między kontaktującymi się pozycjami w cząsteczce białkowej C) opisują charakter hydrofobowy/hydrofilny dopasowanych pozycji białek homologicznych D) opisują procentowy udział pozycji identycznych w porównywanych białkach homologicznych E) opisują częstość akceptowanych mutacji w białkach homologicznych w przeliczeniu na odcinego o długości 100 pozycji F) opisują mutacje sprzężone występujące w obrębie białek homologicznych 5. Białko uważa się za przynależne do danej rodziny białek jeśli A) wykazuje ono co najmniej 20% identyczność z innymi członkami tej rodziny B) jest ono homologiczne do wszystkich członków tworzących tę grupę C) wykazuje istotne podobieństwa w strukturze przestrzennej z innymi białkami tej rodziny D) wykazuje istotny stopień identyczności przynajmniej z połową białek należących do tej rodziny E) wykazuje ono co najmniej 50% identyczność z innymi członkami tej rodziny F) wykazuje ono co najmniej 80% identyczność z innymi członkami tej rodziny 6. Analiza porównawcza nieidentycznych fragmentów jest jednym z kryteriów oszacowania istotności podobieństwa A) sekwencji nukleotydowych RNA B) wyłącznie struktury drugorzędowej kwasów nukleinowych C) wyłącznie struktury trzeciorzędowej białek D) sekwencji nukleotydowych DNA E) sekwencji F) sekwencji i nukleotydowych 7. Algorytm semihomologii genetycznej A) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym i nukleotydowym (ich genów) jednocześnie B) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym w odniesieniu do struktury przestrzennej cząsteczki białkowej C) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym w odniesieniu do ich właściwości fizykochemicznych D) dokonuje porównania sekwencji nukleotydowych dla fragmentów kodujących w genomie E) dokonuje porównania sekwencji białkowych wyłącznie na poziomie nukleotydowym (ich genów) F) dokonuje porównania sekwencji białkowych wyłącznie na poziomie aminokwasowym 8. Program FASTA służy do A) przewidywania struktury drugorzędowej białek B) tłumaczenia kodu genetycznego na sekwencję aminokwasową C) przeszukiwania strukturalnej bazy danych białek (PDB) D) wykrywania lokalnego podobieństwa porównywanych sekwencji E) przewidywania struktury trzeciorzędowej białek F) analizy interakcji białko-białko 9. Tranzycja jest to... A) przesunięcie pozycji nukleotydów w kodonie o jedną B) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, w obrębie tej samej podgrupy zasad azotowych (np. wymiana puryna-puryna) Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka wer. 1.0.6 / 0 Strona: 1
C) przesunięcie całego kodonu w genie o jeden D) zamiana miejsc dwóch nukleotydów w kodonie (np. zamiana pozycji 1 i 2) E) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, pochodzącym z odrębnej podgrupy zasad azotowych (np. wymiana puryna-pirymidyna) F) wzajemne przemieszczenie pozycji dwóch kodonów w genie 10. Największy stopień zróżnicowania w obrębie kodonów synonimowych obserwuje się w przypadku kodonów A) metioniny B) tryptofanu C) seryny D) cysteiny E) argininy F) leucyny 11. Dot matrix jest to określenie A) macierzy o charakterze i przeznaczeniu podobnym do macierzy PAM i BLOSUM B) graficznej interpretacji wyniku porównania najwyżej dwóch różnych sekwencji C) graficznej interpretacji wyniku porównania wyłącznie dwóch różnych sekwencji D) macierzy opisującej odległości między poszczególnymi aminokwasami w strukturze przestrzennej cząsteczki białkowej E) sposobu określania relacji genetycznych między różnymi aminokwasami występującymi w odpowiadających sobie pozycjach białek homologicznych F) narzędzia tłumaczącego "język kodu genetycznego" na "język aminokwasowy" 12. W uproszczonym (planarnym) diagramie relacji genetycznych między aminokwasami A) zakłada się, że istotne znaczenie w kodowaniu aminokwasów i procesach zmienności mutacyjnej ma tylko druga pozycja kodonu B) pomija się znaczenie transwersji w przemianach mutacyjnych na poziomie aminokwasów C) zakłada się jednołańcuchową strukturę białek D) pominięte jest znaczenie trzeciej pozycji kodonu w kodowaniu aminokwasu E) ignorowane są aminokwasy jednokodonowe F) zakłada się kodowanie każdego aminokwasu przez tylko jeden rodzaj kodonu 13. Metody optymalnego wzajemnego dopasowania dwóch sekwencji w celu dokonania analizy porównawczej kojarzą się z nazwiskamigarnier i Robson A) Garnier i Robson B) Needleman i Wunsch C) Watson i Crick D) Dayhoff i Eck E) Michaelis i Menten F) Chou i Fasman 14. Prawdopodobieństwo losowego wystąpienia danego stopnia identyczności (Pan) w funkcji długości porównywanych sekwencji (n) jest A) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(pan); log(n)) B) liniowo zależne w normalnej skali (Pan; n) C) liniowo zależne w skali półlogarytmicznej (log(pan); n) D) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(pan); log(n)) tylko dla sekwencji nukleotydowych E) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(pan); log(n)) tylko dla sekwencji F) nieliniowo zależne w skali półlogarytmicznej (log(pan); n) 15. Sekwencja konsensusowa jest to A) sekwencja nukleotydowa kodująca białko konsensazę B) sekwencja posiadająca cechy wspólne dla dwóch lub więcej odrębnych rodzin sekwencji, często zupełnie niespokrewnionych ze sobą C) jedna z sekwencji danej rodziny homologicznej wybrana jako wzorcowy przedstawiciel tej rodziny D) wynik graficznej interpretacji dot matrix E) sekwencja aminokwasowa białka wraz z opisem występującej w niej topologii mostków disiarczkowych F) nieistniejąca w naturze sekwencja definiująca daną rodzinę sekwencji homologicznych 16. Algorytm semihomologii genetycznej uwzględnia A) udział aminokwasów w stabilizacji struktury trzeciorzędowej B) właściwości fizykochemiczne aminokwasów C) przemiany kodonów na drodze pojednynczej tranzycji lyb transwersji D) rozmiary łańcucha bocznego aminokwasów E) udział aminokwasów w stabilizacji struktury drugorzędowej F) udział aminokwasów w stabilizacji struktury drugorzędowej i trzeciorzędowej 17. Wynik analizy porównawczej podobieństwa sekwencji tym bardziej może świadczyć o ich pokrewieństwie, im prawdopodobieństwo uzyskania takiego wyniku jest A) bardziej potwierdzane przez wartości zawarte w macierzach PAM lub BLOSUM B) to kryterium jest nieistotne w aspekcie oceny istotności podobieństwa sekwencji C) niższe D) wyższe E) bardziej zróżnicowane w obrębie całej analizowanej rodziny sekwencji F) bardziej jednolite w obrębie całej analizowanej rodziny sekwencji 18. Do aminokwasów sześciokodonowych należą A) L, R i S Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka wer. 1.0.6 / 0 Strona: 2
B) G, R i K C) C, W i P D) L, I i V E) E i D F) M i W 19. Istotność podobieństwa sekwencji nukleotydowych nie zależy od długości porównywanych sekwencji jedynie wtedy, gdy są one A) nie ma takiego przypadku, istotność podobieństwa jest zawsze zależna od długości porównywanych sekwencji. B) identyczne w 50% C) identyczne w 40% D) identyczne w 25% E) identyczne w 100% F) identyczne w 5% 20. Podstawę algorytmu semihomologii genetycznej stanowi A) macierz kodu genetycznego GCM B) markowowski model mutacyjnej substytucji aminowkasów w pozycjach homologicznych C) macierz BLOSUM D) macierz unitarna UM E) macierz PAM F) trójwymiarowy diagram relacji genetycznych między aminokwasami kodowanymi genetycznie 21. Dodatkowymi kryteriami oszacowania istotności podobieństwa wyłącznie dla sekwencji są A) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych B) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz długość porównywanych sekwencji C) procentowy udział identyczności oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych D) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji E) relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji F) długość porównywanych sekwencji oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych 22. Kryterium dystrybucji pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji uwzględniane jest poprzez szczegółową analizę A) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 4 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne B) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 4 pozycje są identyczne C) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne D) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne E) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 4 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne F) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 4 pozycje są identyczne 23. Do podstawowych kryteriów oszacowania istotności podobieństwa sekwencji biologicznych należą A) procentowy udział identyczności, długość porównywanych sekwencji oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji B) długość porównywanych sekwencji, rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji C) procentowy udział identyczności oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji D) długość porównywanych sekwencji oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji E) procentowy udział identyczności oraz długość porównywanych sekwencji F) procentowy udział identyczności, rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji 24. Algorytm semihomologii genetycznej A) jest typowym algorytmem statystycznym B) opiera się na macierzy unitarnej (UM) w ocenie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji C) odwołuje się do struktury przestrzennej białek w analizie ich przemian ewolucyjnych D) pomija model Markowa w interpretowaniu ewolucyjnych przemian białek E) stosuje model Markowa w interpretowaniu ewolucyjnych przemian białek F) stosuje macierz PAM do interpretowania ewolucyjnych przemian białek 25. Algorytm MDM opracowany został w celu A) tworzenia bazy struktur białkowych B) tłumaczenia kodu genetycznego na sekwencję aminokwasową białka kodowanego przez dany gen C) przeprowadzenia wirtualnej odwrotnej translacji na podstawie dopasownych homologicznych sekwencji D) analizy interakcji białko-białko E) rozpatrywania częstości mutacyjnej zamiany jednego aminokwasu w inny w procesie ewolucji akceptowanym przez dobór naturalny F) przewidywania struktury drugorzędowej białek 26. Liczba elementów (węzłów) w uproszczonym planarnym diagramie relacji genetycznych aminokwasów wynosi A) 64 B) 20 C) 12 D) 16 E) 61 F) 10 Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka wer. 1.0.6 / 0 Strona: 3
27. Wirtualna odwrotna translacja jest to A) proces odtwarzania właściwej sekwencji nukleotydowej genu oparty na analizie relacji genetycznych między aminokwasami zajmujacymi odpowiadające sobie pozycje w sekwencjach białek homologicznych B) teoretyczny model innego sposobu odczytywania kodu genetycznego polegający na odwróceniu kolejności pozycji w kodonie C) nieistniejący w naturze proces translacji oparty odczytywaniu informacji genetycznej poza otwartą ramką odczytu D) teoretyczny opis procesu pozarybosomowych przemian sekwencji białkowych E) teoretyczny model translacji przebiegającej w kierunku od C-końca do N-końca łańcucha białkowego F) teoretyczne przewidywanie biosyntezy białka, w którym aminokwasy sześciokodonowe zastąpione są przez aminokwasy jednokodonowe 28. Macierz GCM (Gemetic Code Matrix) określa stopień identyczności porównywanych kodonów stosując skalę wartości A) odpowiadającą częstości podobieństwa występującej dla danej pary kodonów B) ujemnych, dodatnich oraz wartość 0 C) od 1 do +3 D) od 0 do +3 E) od 0 do +2 F) 0 lub 1 29. Istotność podobieństwa sekwencji nie zależy od długości porównywanych sekwencji jedynie wtedy, gdy są one A) identyczne w 25% B) identyczne w 5% C) identyczne w 50% D) identyczne w 100% E) nie ma takiego przypadku, istotność podobieństwa jest zawsze zależna od długości porównywanych sekwencji. F) identyczne w 40% 30. Ponadprzeciętny, wybujały stopień zmienności mutacyjnej obserwowany w niektórych pozycjach białek homologicznych może być osiągnięty przy udziale A) intensywnego nagromadzenia czynników mutagennych B) kodonów aminokwasów jednokodonowych niepodlegających procesowi doboru naturalnego C) plazmidów D) procesów pozatranslacyjnych (zachodzących poza rybosomami) E) procesów posttranslacyjnych F) kodonów aminokwasów sześciokodonowych niepodlegających procesowi doboru naturalnego 31. Podstawowe założenia algorytmu semihomologii genetycznej sprowadzają się do A) uniwersalnego charakteru kodu genetycznego dla wszystkich organizmów oraz przyjęcia, że pojedyncza tranzycja/translacja jest najpowszechniejszym i najczęściej występującym mechanizmem zmienności mutacyjnej B) macierzy stochastycznych substytucji aminokwasów w pozycjach homologicznych C) zastosowania macierzy kodu genetycznego (GCM) D) markowowskiego charakteru przemian mutacyjnych w sekwencjach kodujących E) przyjęcia, że pojedyncza tranzycja/translacja jest jedynym istotnym mechanizmem zmienności mutacyjnej w białkach homologicznych F) zastosowania macierzy unitarnej (UM) dla określenia stopnia identyczności między sekwencjami białek homologicznych 32. William Pearson jest twórcą A) pakietu programów BLAST B) programów z grupy FASTA służących do analizy porównawczej sekwencji homologicznych C) bazy struktur białkowych PDB D) serwisu bioinformatycznego NCBI E) bazy sekwencji białek Swiss-Prot występujących w naturze F) bazy danych genomu człowieka 33. Analiza istotności podobieństwa sekwencji uwzględniająca trzy podstawowe kryteria oszacowania pozwala na A) przeprowadzenie wirtualnej odwrotnej translacji B) bezpośrednie przewidywanie struktury trzeciorzędowej C) bezpośrednie wyjaśnienie mechanizmów różnicowania ewolucyjnego fragmentów nieidentycznych D) przewidywanie nieodkrytych jeszcze sekwencji, należących do danej rodziny E) obliczenie dystansów ewolucyjnych miedzy sekwencjami i konstrukcję molekularnych drzew filogenetycznych F) kompletne projektowanie molekuł o zadeklarowanej funkcji biologicznej i specyficzności działania 34. Sekwencja konsensusowa jest to A) jedna z sekwencji danej rodziny homologicznej wybrana jako wzorcowy przedstawiciel tej rodziny B) nieistniejąca w naturze sekwencja definiująca daną rodzinę sekwencji homologicznych C) sekwencja posiadająca cechy wspólne dla dwóch lub więcej odrębnych rodzin sekwencji, często zupełnie niespokrewnionych ze sobą D) sekwencja aminokwasowa białka wraz z opisem występującej w niej topologii mostków disiarczkowych E) wynik graficznej interpretacji dot matrix F) sekwencja nukleotydowa kodująca białko konsensazę 35. Relacje genetyczne porównywanych pozycji nieidentycznych stanowią kryterium oszacowania istotności podobieństwa A) sekwencji B) sekwencji nukleotydowych RNA C) sekwencji nukleotydowych DNA D) sekwencji nukleotydowych E) sekwencji i nukleotydowych Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka wer. 1.0.6 / 0 Strona: 4
F) sekwencji nukleotydowych mrna i białek 36. Dwie sekwencje składające się z x i y elementów można wzajemnie dopasować na A) x+y sposobów B) (x+y)! sposobów C) (x+y)*(x-y) sposobów D) x*y sposobów E) x-y sposobów F) x+y-1 sposobów 37. Macierz unitarna (UM - unitary matrix) pozwala oszacować A) relacje genetyczne między aminokwasami odpowiadających sobie pozycji homologicznych B) mutacje sprzężone występujące w obrębie białek homologicznych C) stopień identyczności optymalnie dopasowanych sekwencji D) częstość akceptowanych mutacji w białkach homologicznych w przeliczeniu na odcinego o długości 100 pozycji E) opisują charakter hydrofobowy/hydrofilny dopasowanych pozycji białek homologicznych F) parametry struktury drugorzędowej porównywanych białek 38. Dany stopień (procent) identyczności porównywanych sekwencji jest tym istotniejszy im sekwencje są A) mniej liczne B) liczniejsze C) krótsze D) dłuższe E) mniej zróżnicowane F) bardziej zróżnicowane 39. Termin "homologiczny" odnosi się np. do dwóch sekwencji, które A) kodowane są przez ten sam gen B) są identyczne przynajmniej w 25% C) są identyczne przynajmniej w 50% D) są sekwencjami białek o tej samej funkcji biologicznej E) wykazują istotne podobieństwo na poziomie struktury pierwszorzędowej i przestrzennej F) wywodzą się od wspólnego przodka 40. Białka homologiczne, są to: A) Białka o podobnej strukturze B) Białka wywodzące się filogenetycznie od wspólnego przodka C) Białka o identycznej sekwencji aminokwasowej D) Białka o podobnej funkcji biologicznej E) Białka o podobnej strukturze i funkcji biologicznej F) Różne białka kodowane przez ten sam gen Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka wer. 1.0.6 / 0 Strona: 5