Diagnostyka molekularna w OIT

Podobne dokumenty
Sepsa, wstrząs septyczny, definicja, rozpoznanie

ZAKRES AKREDYTACJI LABORATORIUM BADAWCZEGO Nr AB 448

ZAŁĄCZNIK DO PRZEGLĄDU ZLECEŃ

L.p. Nazwa badania. Czas oczekiwania na wynik. Pobranie materiału do badania BADANIA MIKROBIOLOGICZNE - POSIEWY

WYTYCZNE W-0018_001 WYTYCZNE WYDAWANIA RAPORTÓW Z BADAŃ MIKROBIOLOGICZNYCH. Data wprowadzenia:

CENNIK - DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ

Zakład Mikrobiologii Klinicznej [1]

CENNIK DIAGNOSTYKA NIEPŁODNOŚCI MĘSKIEJ

PROKALCYTONINA infekcje bakteryjne i sepsa. wprowadzenie

Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych

1. Wykonanie preparatów bezpośrednich i ich ocena: 1a. Wykonaj własny preparat bezpośredni ze śliny Zinterpretuj i podkreśl to co widzisz:

Diagnostyka mikrobiologiczna zakażeń krwi Paweł Zwierzewicz

SHL.org.pl SHL.org.pl

DZIERŻAWA KOMPLETNEGO SYSTEMU RT-PCR (APARAT, KOMPUTER Z OPROGRAMOWANIEM, DRUKARKA, CZYTNIK KODÓW KRESKOWYCH, UPS)

Anna Durka. Opiekun pracy: Dr n. med. Waldemar Machała

DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH

DETEKCJA PATOGENÓW POWODUJĄCYCH ZAPALENIE OPON MÓZGOWO-RDZENIOWYCH

Centrum Badań DNA - przykład start-up u w biotechnologii

Kurs pt. " MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII "

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO

Diagnostyka mikrobiologiczna swoistych i nieswoistych zakażeń układu oddechowego

DIAGNOSTYKA BEZPOŚREDNIA. Joanna Kądzielska Katedra Mikrobiologii Lekarskiej Warszawski Uniwersytet Medyczny

MATERIAŁY Z GÓRNYCH DRÓG ODDECHOWYCH - badanie bakteriologiczne + mykologiczne

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów

CENNIK BADANIA Z ZAKRESU DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ


Harmonogram zajęć z Mikrobiologii z parazytologią i Immunologii dla studentów II roku kierunku lekarskiego WL 2018/2019 GRUPA 5

SHL.org.pl SHL.org.pl

Interpretacja wg EUCAST S-wrażliwy I-średniowrażliwy R - oporny

Wirus HPV w ciąży. 1. Co to jest HPV?

Platforma Genie II. innowacyjne narzędzie do identyfikacji materiału genetycznego patogenów techniką LAMP Loop-mediated Isothermal AMPlification

Patogeny wielooprone (MDRO)

I. Wykaz drobnoustrojów alarmowych w poszczególnych jednostkach organizacyjnych podmiotów leczniczych.

MIASTO NAZWA BADANIA CZAS WSTRZYMANIA UWAGI. Przed przyjmujemy materiał do: wznawiamy przyjmowanie od:

Program ćwiczeń z mikrobiologii dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2014/2015 SEMESTR LETNI

Mikrobiologia - Bakteriologia

SHL.org.pl SHL.org.pl

Badania w kierunku wirusów oddechowych 6. Badania w kierunku wirusów RS

Status oznaczenia / pomiaru Bakteriologiczne badanie krwi. Metoda badawcza

ZLECANIE BADAŃ. WARUNKI POBRANIA I TRANSPORTU MATERIAŁU

Spis treści: 1. Cel 2. Opis postepowania 3. Dokumenty związane 4. Załączniki

Diagnostyka zakażeo w OIT. Waleria Hryniewicz. Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Narodowy Instytut Leków, Warszawa

- podłoża transportowo wzrostowe..

S Y LA BUS MODUŁU. In f o r m acje o gólne. Mikrobiologia

Ogniska epidemiczne:

1. Zmianie ulega załącznik nr 1 do Szczegółowych warunków konkursu otrzymując następujące brzmienie: FORMULARZ OFERTOWY

Zapalenia płuc u dzieci. Joanna Lange

Mikrobiologia - Bakteriologia

RSV RHINO CMV. HCoV. Panel oddechowy Multi Well System (MWS) r-gene. hmpv EBV. AdV HPIV HSV VZV. HBoV. Bordetella pertussis

DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH

FAX : (22) PILNE

Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych

Zestawy do izolacji DNA i RNA

Zastosowanie nowych technologii w diagnostyce mikrobiologicznej. Ireneusz Popławski

S Y LA BUS MODUŁU. In f o r m acje o gólne. Mikrobiologia

1. Zamawiający: 2. Opis przedmiotu zamówienia:

DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG ODDECHOWYCH

Antybiotyk oryginalny czy generyk? Czy rzeczywiście nie ma różnicy

WYKAZ METOD BADAWCZYCH STOSOWANYCH W LABORATORIUM EPIDEMIOLOGII WSSE W SZCZECINIE Nazwa oznaczenia/ IV z dnia immunoenzymatyczną ELISA -

Szpitalna polityka antybiotykowa. Agnieszka Misiewska Kaczur Szpital Śląski w Cieszynie

Ćwiczenie 1. Ekosystem jamy ustnej

Oporność na antybiotyki w Unii Europejskiej Dane zaprezentowane poniżej zgromadzone zostały w ramach programu EARS-Net, który jest koordynowany przez

Cennik badań i usług klinicznych wykonywanych przez WSSE w Olsztynie Laboratorium Badań Epidemiologiczno-Klinicznych obowiązujący od r.

Ochrony Antybiotyków. AktualnoŚci Narodowego Programu

Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE

Agencja Oceny Technologii Medycznych

Ćwiczenie 1. Ekosystem jamy ustnej

ZAKRES AKREDYTACJI LABORATORIUM BADAWCZEGO Nr AB 639

S YL AB US MODUŁ U. I nforma cje ogólne. Mikrobiologia i Biologia

NIPT Nieinwazyjny Test Prenatalny (ang. Non-Invasive Prenatal Test)

Interpretacja wyników testów serologicznych


Jedyny nieinwazyjny test prenatalny wykonywany w Polsce

Jedyny nieinwazyjny test prenatalny wykonywany w Polsce

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)

Badanie mikrobiologiczne płynów z jam ciała

Wyroby medyczne jako wsparcie w kontroli zakażeń na sali operacyjnej Endotoksyny w rękawicach chirurgicznych

Nowoczesna diagnostyka mikrobiologiczna

VZV EBV. AdV CMV HHV7 HHV8. BK virus HSV1 HSV2. Zestawy R-gene real-time PCR HHV6

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących

Molekularna diagnostyka sepsy i sekwencjonowanie następnej generacji. (NGS) - czyli co możemy jeszcze zrobić? Dr hab.

Ćwiczenie 1 Morfologia I fizjologia bakterii

ZAKAŻENIA SZPITALNE. Michał Pytkowski Zdrowie Publiczne III rok

INFORMACJA NA TEMAT ZAKAŻEŃ SKÓRY WYWOŁYWANYCH PRZEZ GRONKOWCA ZŁOCISTEGO (STAPHYLOCOCCUS AUREUS) OPORNEGO NA METICYLINĘ (MRSA)

UNIWERSYTET MEDYCZNY W BIAŁYMSTOKU SYLABUS - CHIRURGIA.... (imię i nazwisko)

Rekomendacje diagnostyczne inwazyjnych zakażeń bakteryjnych nabytych poza szpitalem M. Kadłubowski, A. Skoczyńska, W. Hryniewicz, KOROUN, NIL, 2009

Cennik badań i usług klinicznych wykonywanych przez WSSE w Olsztynie Laboratorium Badań Epidemiologiczno-Klinicznych obowiązujący od 1 lipca 2018 r.

NIFTY TM Nieinwazyjny, Genetyczny Test Prenataly określający ryzyko wystąpienia zespołu Downa, Edwardsa i Patau

Osiągnięcia Katedry i Zakładu Mikrobiologii

Jeśli wyniki tego samego badania przeprowadzone dwoma różnymi metodami nie różnią się od siebie

adaptacji oraz mutacji uzyskały zdolność infekowania innych organizmów. Zakażenia ptaków dzikich następują najczęściej bezobjawowo na drodze kontaktu

Formularz cen jednostkowych

Harmonogram zajęć z Mikrobiologii z parazytologią i Immunologii. dla studentów II roku kierunku lekarskiego Wydziału Lekarskiego 2016/2017

PROBLEMY TERAPEUTYCZNE WTÓRNYCH ZAKAŻEŃ KRWI POWODOWANE PRZEZ PAŁECZKI Enterobacterales W PRAKTYCE ODDZIAŁÓW ZABIEGOWYCH I ZACHOWAWCZYCH

WYKAZ METOD BADAWCZYCH STOSOWANYCH W LABORATORIUM EPIDEMIOLOGII WSSE W SZCZECINIE Nazwa oznaczenia/ Procedura Badawcza PB/EP/PS/03

WYKAZ METOD BADAWCZYCH STOSOWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM EPIDEMIOLOGII WSSE W SZCZECINIE Nazwa oznaczenia/

Program ćwiczeń z mikrobiologii dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2018/2019 SEMESTR LETNI

WYKAZ METOD BADAWCZYCH STOSOWANYCH W LABORATORIUM EPIDEMIOLOGII WSSE W SZCZECINIE Nazwa oznaczenia/ z dnia immunoenzymatyczną ELISA -

REGULAMIN ZAKŁADU MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ

Transkrypt:

Diagnostyka molekularna w OIT B A R B A R A A D A M I K K A T E D R A I K L I N I K A A N E S T E Z J O L O G I I I I N T E N S Y W N E J T E R A P I I U N I W E R S Y T E T M E D Y C Z N Y W E W R O C Ł A W I U

DNA RNA Białko

Diagnostyka molekularna w OIT Niska czułość metod mikrobiologicznych - brak identyfikacji patogenu krwi w 50-70% przypadków ciężkiej sepsy. Długi czas oczekiwania na wynik badania mikrobiologicznego. Przedłużona/niewłaściwa antybiotykoterapia empiryczna jest związana z rozwojem szczepów opornych oraz ze zwiększoną śmiertelnością.

Diagnostyka molekularna w OIT wymagająca hodowli patogenów Metoda diagnostyczna PNA FISH Fluorescencja + hybrydyzacja 10 Liczba patogenów identyfikowanych ACCU PROBE chemiluminescencja + sondy DNA 5 HYPLEX PCR + hybrydyzacja 10 Prove-it Sepsis PCR + mikromacierze 64 PLEX-ID BAC PCR +spektroskopia > 300 MALDI-TOF PCR +spektroskopia > 300 Verigene mikromacierze Gram(+) / Gram (-)

Diagnostyka molekularna w OIT wymagająca hodowli patogenów Metoda diagnostyczna PNA FISH Fluorescencja + hybrydyzacja 10 Liczba patogenów identyfikowanych ACCU PROBE chemiluminescencja + sondy DNA 5 HYPLEX PCR + hybrydyzacja 10 Prove-it Sepsis PCR + mikromacierze 64 PLEX-ID BAC PCR +spektroskopia > 300 MALDI-TOF PCR +spektroskopia > 300 Verigene mikromacierze Gram(+) / Gram (-)

Diagnostyka molekularna z pominięciem etapu hodowli patogenów Metoda diagnostyczna Liczba patogenów możliwych do identyfikacji System GeneExpert RT-PCR 1-2 / 1 godz. LightCycler SeptiFast RT-PCR 25 / 6 godz VYOO PCR + elektroforeza 34 / 7 godz. MagicplexTM Sepsis RT-PCR 91 / 8 godz. SepsiTest PCR + elektroforeza + sekwencjonowanie >300 / 8 godz

Standardowa hodowla i identyfikacja Verigene HYPLEX Prove-it Sepsis PLEX-ID BAC MALDI-TOF PNA FISH SepsiTest MagicplexTM Sepsis VYOO LightCycler SeptiFast GeneExpert 0 10 20 30 40 50 60 czas [godz.]

Diagnostyka molekularna w OIT Żywe komórki bakterii/grzybów Komórki bakterii/grzybów w fagocytach Martwe komórki bakterii/grzybów tętnica/żyła Wolne DNA bakterii i grzybów

Diagnostyka molekularna w OIT Badanie molekularne składa się z trzech etapów: 1. Ekstrakcja i oczyszczenie DNA 2. Amplifikacja lub hybrydyzacja fragmentu DNA 3. Identyfikacja fragmentu DNA

1. Ekstrakcja i oczyszczenie DNA 2. Amplifikacja lub hybrydyzacja fragmentu DNA PCR (Polymerase Chain Reaction) 3. Identyfikacja fragmentu DNA

Diagnostyka molekularna w OIT System GeneExpert Prosty i szybki w użyciu system diagnostyczny POCT Test oparty na metodzie RT-PCR Pozwala na identyfikację pojedynczych patogenów

System GeneXpert Detekcja MRSA i SA (wymaz z nosa) Detekcja MRSA i SA (+BC) Detekcja MRSA i SA (wymaz ze skóry i z tkanek miękkich) Detekcja RNA Enterowirusów (PMR) Detekcja DNA Streptococcus grupy B (wymaz z pochwy, odbytu) Detekcja C. difficile (kał) Detekcja Mycobacterium tuberculosis, wrażliwość na rifampicynę (plwocina) Detekcja wirusa grypy (plwocina)

System GeneXpert Zalety Wady POCT prosty w użyciu, w pełni zautomatyzowany Diagnostyka gruźlicy, grypy, Detekcja C. difficile szybki ograniczone menu brak możliwości jednoczesnej analizy wielu patogenów brak możliwości określania antybiotykooporności koszt

Diagnostyka molekularna w OIT System MagicplexTM Sepsis

Pathogen DNA extraction from whole blood 2 h Amplification on PCR 2, 5 h Screening 30 min Identification 30 min Gram (+) bacteria screening for: 40 Streptococcus spp. 3 Enterococcus spp. 30 Staphylococcus spp. Drug resistance screening for meca, vana, vanb Gram (-) bacteria screening for 12 pathogens Fungi screening for 6 pathogens

Charakterystyka pacjentów (N=117) Wiek [lata] 60 ± 17 (18-92) Płeć M/K (%) 81 / 36 (70/30) APACHE II przy przyjęciu 26 ± 8 (9-40) Diagnoza przy przyjęciu na OIT Zapalenie otrzewnej Ostre zapalenie trzustki Niewydolność oddechowa Niewydolność nerek Po przeszczepieniu wątroby Uraz komunikacyjny Neuroinfekcja Infekcja wewnątrzmaciczna Inne 44 3 36 12 5 6 2 1 8 Ciężka sepsa n(%) 29 (25) Wstrząs septyczny n(%) 88 (75) Długość pobytu w OIT [dni] 24 ± 24 (2-107) Śmiertelność [%] 40

Magicplex PCR Hodowla dodatni 16% dodatni 49% ujemny 51% ujemny 33% ujemny 51%

System MagicplexTM Sepsis Zalety pozwala na jednoczesną identyfikację 91 różnych patogenów oraz meca, VanA, VanB identyfikacja patogenów grzybiczych lista patogenów odpowiada warunkom epidemiologicznym OIT identyfikacja patogenów bezpośrednio z krwi pobranej od pacjenta test dokładny i czuły Wady tylko 91 patogenów w menu częściowo zautomatyzowany wymaga 3 oddzielnych pomieszczeń brak możliwości określania antybiotykooporności koszt szybki, badanie trwa 8 godz.

Diagnostyka molekularna w OIT SepsiTest - możliwość jednoczesnej detekcji i identyfikacji ponad 300 patogenów bakteryjnych i grzybiczych. Badanie jest wykonywane w materiale pobranym bezpośrednio od pacjenta. Test oparty na reakcji PCR, sekwencjonowaniu amplikonu i identyfikacji patogenu za pomocą baz danych on line.

SepsiTest - materiał do badań Krew pobrana bezpośrednio od pacjenta Krew z hodowli PMR, BAL, mocz Wymazy z ran Wydzielina z drenu Tkanki

1. Pobranie krwi 2. Ekstrakcja 3. PCR 4. Elektroforeza Bazy danych genów dostępne on line (BLAST/FASTA) 8 godzin 5. Sekwencjonowanie 6. Identyfikacja patogenu

System SepsiTest Zalety Wady pozwala na jednoczesną identyfikację > 300 patogenów identyfikacja patogenów grzybiczych identyfikacja patogenów bezpośrednio z materiału pobranego od pacjenta koszt duże wymogi sprzętowe wymaga oddzielnych pomieszczeń test dokładny i czuły brak możliwości określania antybiotykooporności szybki, badanie trwa 8 godz.

Badania przesiewowe Stosowane u pacjentów wysokiego ryzyka Nosicielstwo MRSA Diagnoza Do potwierdzenia diagnozy TB, grypa, sepsa Prognozowanie Wybór i monitorowanie terapii Ocena ryzyka Do oceny ciężkości stanu lub ryzyka nawrotu choroby Monitorowanie skuteczności terapii Badania molekularne wspomagają tradycyjne czynniki ryzyka (OncoType Dx) Gram +/ Gram Sepsa, nawrót choroby, sepsa grzybicza GenOSept - badanie genetycznych predyspozycji na sepsę

GENOSEPT (Genetics of Sepsis and septic shock in Europe) badanie genetycznych predyspozycji na sepsę 1. genetyczne predyspozycje na sepsę / zachorowalność 2. genetyczne predyspozycje na sepsę / śmiertelność 3. genetyczne predyspozycje na sepsę / zróżnicowanie odpowiedzi na leczenie sepsy 4. genetyczne predyspozycje na sepsę / płeć 5. ustalenie standardów postępowania dla genotypowania w kier. predyspozycji na sepsę Start Date / End Date: 2005-01-01 / 2008-12-31 Project Cost: Project Status: 3114228 euro Completed www.genosept.eu

Liesenfeld et al. Eur J Microbiol Immunol. 2014; 4(1): 1 25