Bazy danych czynników biologicznych i ich wykorzystanie w identyfikacji zagrożenia biologicznego. ppłk. Dr lek. wet. Marcin Niemcewicz Ośrodek Diagnostyki i Zwalczania Zagrożeń Biologicznych Wojskowego Instytutu Higieny i Epidemiologii
. Istniejące bazy danych dotyczące czynników biologicznych: Metadatabases Genome databases Protein sequence databases Proteomics databases Protein structure databases Protein model databases RNA databases Microarray databases Exosomal databases PCR and quantitative PCR primer databases Specialized databases Taxonomic databases
Techniki wykorzystane do tworzenia charakterystyk molekularnych baz danych Pełna identyfikacja czynnika biologicznego Techniki: 16s 23s MLVA MLST SNP Sekwencjonowanie Spektrometria masowa Testy biochemiczne Źródło: Baza danych czynników biologicznych EDA
Korzyści wynikające z udziału w tworzeniu baz danych czynników biologicznych Rozszerzenie spektrum diagnostycznego Wymiana protokołów badawczych (5) oraz doświadczeń Wymiana kolekcji szczepów pomiędzy poszczególnymi państwami uczestniczącymi w projekcie B. ceti T B. suis T (4) B. ovis T (3) (2) (1) GTs bibliographic data GTs VRC1 (1) No of changes 1 strain 2 strains 4 strains B.melitensis T B. microti B. pinipedialis T Źródło: Baza danych czynników biologicznych EDA B. neotomae T Brucella MLVA panel 1
Korzyści wynikające z udziału w tworzeniu baz danych czynników biologicznych Wymiana kolekcji szczepów pomiędzy poszczególnymi państwami uczestniczącymi w projekcie Wspólne projekty naukowe i publikacje. Etc.
Możliwe wykorzystanie bazy danych czynników biologicznych Pełna identyfikacja czynnika biologicznego Potwierdzenie obecności czynnika biologicznego Wykluczenie ewentualnego szczepu endemicznego Identyfikacja taksonomiczna patogenu Wskazanie różnic genetycznych ze szczepem referencyjnym mogące mieć wpływ na: Patogenność, Zaraźliwość, Oporność na środowisko i środki terapeutyczne, Itd..
Możliwe wykorzystanie baz danych czynników biologicznych Dochodzenie epidemiologiczne Postępowanie prowadzone w celu wykrycia: Czynnika etiologicznego, Sposobu dostarczenia, Dróg szerzenia, Mechanizmów szerzenia się choroby, Utrzymywania się szczepów epidemicznych czy endemicznych w środowisku, Wrażliwości na środki lecznicze, Wrażliwości na środki dekontaminacyjne. Źródło: Phenotypic and genetic analyses of 111 clinical and environmental O1, O139, and non O1/O139 Vibrio cholerae strains from different geographical areas. R. E. SELLEK, M. NIEMCEWICZ, J. S. OLSEN, O. BASSY, P. LORENZO, L. MARTÍ, A. ROSZKOWIAK, J. KOCIK 2 AND J. C. CABRIA
Możliwe wykorzystanie bazy danych czynników biologicznych Dochodzenie kryminalne Postępowanie prowadzone w celu wykrycia: Źródła pochodzenia czynnika etiologicznego, Pomoc w ustaleniu sprawcy (ów), Przeprowadzenie dochodzenia epidemiologicznego. 75 72 5088 66 76 51 74 25 57 6042 94 63 38 293092 73 59 62 90 B. ceti 65 43 42 86 36 37 28 27 26 79 31 Bruc015 71 85 64 84 83 89 33 9132 40 39 39 53 48 24 614458 23 34 41 69 52 77 78 54 55 93 46 35 70 21 18 20 47 22 B. suis 80 16 87 19 56 Bruc013 17 Bruc007 Bruc006 American 8 Bruc010 15 Bruc008 9 7 13 10 14 1112 B. ovis 6 *brucella published data V2 (2010). 5 1 1 2 3 3 4 B. pinnipedialis B. canis Bruc014 West Mediterranean B. melitensis 49 East Mediterranean Bruc004 Bruc003 Bruc005 Bruc009 B. abortus Bruc011 Bruc002 Bruc001 B. neotomae Bruc012 GTs MLVA8 (panel 1) VRC1 Brucella (colorless) Bibliographic data* (colored) 68 67 B. microti Źródło: Baza danych czynników biologicznych EDA
Dziękuje za uwagę