OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII

Transkrypt

1 OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII Opracowanie zestawu do wykrywania DNA Aspergillus flavus za pomocą specjalistycznego sprzętu medycznego. Jednym z gatunków, który stanowi poważny problem na oddziałach intensywnej opieki czy hematologii jest Aspergillus flavus. Celem pracy jest opracowanie prototypu zestawu opartego na reakcji PCR wykrywającego DNA A. flavus. W skład testu wchodzić będzie zarówno reakcja identyfikująca, jak i kontrola wewnętrzna umożliwiająca kontrolę poprawności oraz kontrole kontaminacji przeprowadzanych reakcji, a co za tym idzie zapewniająca możliwość wdrożenia opracowywanego zestawu do użytku w rutynowym laboratorium diagnostycznym. Metodyka pracy obejmuje: projektowanie starterów do reakcji PCR, reakcja PCR, reakcja Real Time PCR, klonowanie.

2 Opracowanie zestawu do wykrywania DNA Aspergillus fumigatus za pomocą specjalistycznego sprzętu medycznego. Jednym z gatunków, który stanowi poważny problem na oddziałach intensywnej opieki czy hematologii jest Aspergillus fumigatus. Celem pracy jest opracowanie prototypu zestawu opartego na reakcji PCR wykrywającego DNA A. flavus. W skład testu wchodzić będzie zarówno reakcja identyfikująca, jak i kontrola wewnętrzna umożliwiająca kontrolę poprawności oraz kontrole kontaminacji przeprowadzanych reakcji, a co za tym idzie zapewniająca możliwość wdrożenia opracowywanego zestawu do użytku w rutynowym laboratorium diagnostycznym. Metodyka pracy obejmuje: projektowanie starterów do reakcji PCR, reakcja PCR, reakcja Real Time PCR, klonowanie.

3 Optymalizacja reakcji RT-PCR wykrywajacej DNA dermatofitów oraz identyfikującej DNA Trichophyton rubrum bezpośrednio w próbkach klinicznych Dermatofity są grzybami wywołującymi większość grzybic powierzchownych u ludzi. Jednakże ze względu na ich powolny wzrost, diagnostyka klasyczna opierająca się na obserwacjach makro- i mikroskopowych wyhodowaych grzybów, nie jest wystarczająco rozpowszechniona. Dlatego alternatywą może być opracowany test wykrywający DNA deramtofitów w badanych próbkach oraz zapewniajacy jednocześnie możliwość identyfikacji grzybó z gatunku Trichophyton ruibrum. Celem pracy jest dostosowanie opracowanego testu do metodyiki RealTime PCR oraz sprawdzenie możliwości identyfikacji gatunkowej opracowanego już testu z użyciem analizy temperatury topnienia poszczególnych produktów. Metodyka pracy obejmuje: oczyszczanie DNA, reakcję Real Time PCR, analiza wyników reakcji uzyskanych dla próbek klinicznych, projektowanie algorytmów diagnostycznych.

4 Opracowanie wydajnej metody izolacji DNA Aspergillus fumigatus z próbek krwi za pomocą specjalistycznego sprzętu medycznego. W przypadku zakażeń poszczególnych organów oraz zakażeń układowych konieczna jest szybka diagnoza. Techniką umożliwiajacą szybką identyfikację patogenu jest technika PCR. Jednakże, aby w pełni wykorzystać jej możliwości niezbędne jest stworzenie protokołu izolacji DNA bezpośrednio z próbek klinicznych. Na rynku istnieje wiele zestawów do izolacji DNA z grzybów, jednakże izolacja DNA grzybów z rodzaju Aspergillus jest trudna, a istniejące protokoły nie nadaja się do zastosowania w praktyce rutynowego laboratorium diagnostycznego. Celem pracy jest opracowanie protokołu wydajnej oraz prostej izolacji DNA A. fumgatus, możliwego do zastosowania w laboratorium rutynowym, w celu wykorzystania w technikach opartych na reakcji PCR. Metodyka pracy obejmuje: izolację DNA, PCR, Real Time PCR, analizę danych.

5