Harmonogram r. 26 czerwca r. 27 czerwca r. 8 września 2017 r. 5 października. str. 1

Transkrypt

1 Harmonogram Data Czynność w postępowaniu o nadanie stopnia doktora habilitowanego dr. inż. Pawła Paszka 3 maja Dr inż. Paweł Paszek złożył wniosek do Centralnej Komisji ds. Stopni i Tytułów 2017 r. o wszczęcie postępowania o nadanie stopnia doktora habilitowanego w dyscyplinie Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna, ze wskazaniem Rady Wydziału Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej jako jednostki do przeprowadzenia tego postępowania. 11 maja 2017 r. Centralna Komisja ds. Stopni i Tytułów wszczęła postępowanie habilitacyjne dr. inż. Pawła Paszka 12 czerwca Centralna Komisja ds. Stopni i Tytułów zwróciła się do Rady Wydziału Automatyki, 2017 r. Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej załączając wniosek Habilitanta wraz z dokumentacją, z prośbą o podjęcie uchwał w sprawie zgody na przeprowadzenie postępowania habilitacyjnego oraz w sprawie wyznaczenia trzech członków Komisji 26 czerwca 2017 r. 27 czerwca 2017 r. 8 września 2017 r. 5 października 2017 r. Habilitacyjnej. Zespół dziekański ds. postępowań habilitacyjnych zarekomendował Radzie Wydziału Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej podjęcie uchwały, wyrażającej zgodę na przeprowadzenie postępowania habilitacyjnego dr. inż. Pawła Paszka oraz uchwały, zawierającej propozycję trzech członków komisji w osobach: 1. Prof. dr. hab. inż. Andrzeja Polańskiego z Politechniki Śląskiej, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki jako recenzenta, 2. Dr. hab. inż. Dariusza Choińskiego z Politechniki Śląskiej, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki jako sekretarza, 3. Dr. hab. inż. Ewę Straszecką z Politechniki Śląskiej, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki jako członka Komisji Habilitacyjnej. Rada Wydziału Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej podjęła uchwałę w sprawie wyrażenia zgody na przeprowadzenie postępowania habilitacyjnego oraz uchwały w sprawie wyznaczenia trzech członków Komisji Habilitacyjnej w osobach: 1. Prof. dr. hab. inż. Andrzeja Polańskiego z Politechniki Śląskiej, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki jako recenzenta, 2. Dr. hab. inż. Dariusza Choińskiego z Politechniki Śląskiej, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki jako sekretarza, 3. Dr. hab. inż. Ewę Straszecką z Politechniki Śląskiej, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki jako członka Komisji Habilitacyjnej. Centralna Komisja ds. Stopni i Tytułów powołała Komisję Habilitacyjną w składzie: 1. Prof. dr hab. inż. Józef Korbicz przewodniczący Uniwersytet Zielonogórski 2. Dr hab. inż. Dariusz Choiński sekretarz Politechnika Śląska 3. Prof. dr hab. Jacek Miękisz - recenzent Uniwersytet Warszawski 4. Prof. dr hab. inż. Piotr Formanowicz recenzent Politechnika Poznańska 5. Prof. dr hab. inż. Andrzej Polański recenzent Politechnika Śląska 6. Dr hab. Dorota Pijanowska - członek komisji Instytut Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej w Warszawie 7. Dr hab. inż. Ewa Straszecka - członek komisji Politechnika Śląska Dziekan, Prof. dr hab. inż. Adam Czornik przekazał wszystkim Członkom Komisji Habilitacyjnej dokumentację wniosku, w tym także recenzentom, z prośbą str. 1

2 11 stycznia 11 stycznia 16 stycznia o opracowanie recenzji i opinii w sprawie nadania lub odmowy nadania stopnia doktora habilitowanego. Wpłynięcie ostatniej recenzji do Dziekanatu Wydziału Automatyki, Elektroniki i Informatyki Wysłanie wszystkich recenzji wszystkim członkom Komisji Habilitacyjnej Wyznaczenie terminu posiedzenia Komisji Habilitacyjnej na dzień 5 lutego 5 lutego POSIEDZENIE Komisji Habilitacyjnej poświęcone podjęciu uchwały zawierającej opinię w sprawie nadania dr. inż. Pawłowi Paszkowi stopnia doktora habilitowanego. INNE: 16 stycznia 1. Omówienie recenzji Wysłanie do Habilitanta zaproszenia na posiedzenie Komisji Habilitacyjnej w celu udzielenia informacji odnośnie osiągnięć naukowych i planów naukowych Następnie Przewodniczący Komisji poprosił poszczególnych członków Komisji o przedstawienie się, a recenzentów o omówienie swoich recenzji. Prof. Miękisz wskazał, że praca dr. Paszka jest interdyscyplinarna. Jej interdyscyplinarny charakter łączy badania z zakresu modelowania matematycznego oraz badania w laboratorium biologicznym (w tym przypadku przy pomocy konfokalnej mikroskopii przeżyciowej) oraz ich jakościową i ilościową analizą służącą modyfikacji modeli matematycznych i kalibracji ich parametrów. Na specjalne uznanie zasługuje tu fakt, że Habilitant jest specjalistą na każdym etapie tego metodologicznego procesu. Odnosząc się do osiągnięć Habilitanta zaakcentował, że: W opracowanym modelu stochastycznym, fluktuacje liczby poszczególnych białek prowadzą do heterogeniczności odpowiedzi poszczególnych komórek na stymulację cytokinami TNF. Pojawia się więc pytanie jaki jest mechanizm prowadzący do tego, że populacje komórek, pomimo tej heterogeniczności, odpowiadają w sposób skoordynowany i funkcjonalny na docierający do nich sygnał o infekcji organizmu. Uważało się, że koordynacja ta wynika z redukcji heterogeniczności odpowiedzi na stymulacje poszczególnych komórek, czemu służyć mogą dodatnie sprzężenia zwrotne. Badania dr. Paszka wykazały, że heterogeniczność odpowiedzi może być zjawiskiem pożądanym: asynchroniczne oscylacje NF-κB mogą zmniejszyć zmiany w produkcji cytokin, synchroniczne oscylacje natomiast mogą powodować zwiększone ryzyko niekontrolowanych reakcji zapalnych. Dalej wskazał, że: W pracach opublikowanych przez Habilitanta zaobserwowano, że transkrypcja IκBε jest opóźniona w stosunku do IκBα o 45 minut (model matematyczny zawiera w związku z tym równania różniczkowe z opóźnieniem czasowym). Wykazano, że czas ten jest zoptymalizowany w celu zapewnienia heterogeniczności odpowiedzi komórek. Optymalne opóźnienie prowadzi do stabilnych oscylacji NF-κB i do zmniejszenia wrażliwości komórek na zmiany parametrów modelu. W celu wyjaśnienia istnienia oscylacji NF-κB przy małych dawkach TNFα opracowano model stochastyczny, w którym losowość poziomu TNF przesuwa punkt bifurkacji Hopfa (oryginalnego modelu deterministycznego) prowadząc do oscylacji dla dziesięciokrotnie niższych średnich stężeń TNF. Prof. Miękisz podkreślił, że wyniki te są fundamentalne, o bardzo dużym potencjale do zastosowań biomedycznych i już same w sobie są wystarczające do przyznania habilitacji autorowi rozprawy. Na zakończenie omawiania recenzji podsumował, że na rozprawę składa się 5 prac opublikowanych w prestiżowych czasopismach, w tym w Science, Proceedings of the National Academy of Sciences, Nature Communications, w dwóch z nich Habilitant jest pierwszym autorem, w dwóch występuje jako ostatni autor - szef laboratorium. Jest to dorobek znacznie przekraczający wymagania stawiane kandydatom do stopnia naukowego doktora habilitowanego. str. 2

3 Następnie swoją recenzję omówił prof. Formanowicz. Zwrócił uwagę, że Habilitant prowadzi bardzo interesujące badania z zakresu biologii systemowej, a w szczególności w swoich badaniach koncentruje się na, zbadanym w niewielkim stopniu, a najprawdopodobniej niezwykle istotnym zjawisku, jakim jest zróżnicowanie odpowiedzi poszczególnych komórek na docierające do nich sygnały. W szczególności jak to się dzieje, że pomimo wspomnianego zróżnicowania, komórki reagują jednak w sposób skoordynowany na pojawiające się sygnały. Doktor Paszek podjął próbę przybliżenia się do uzyskania odpowiedzi na to pytanie i uzyskał interesujące i ważne wyniki. W swoich badaniach, stosując metody inżynierii systemów i biocybernetyki, skoncentrował się on na analizie ścieżek sygnałowych związanych z czynnikiem transkrypcyjnym NF-κB. Potwierdził swoje wnioski z recenzji, że zarysowany zakres badań prowadzonych przez dr. inż. Pawła Paszka oraz uzyskanych przez niego wyników opisanych w cyklu publikacji stanowiących habilitacyjne osiągnięcie naukowe jasno wskazują, iż Habilitant podejmuje ważne tematy badawcze i rozwiązuje je za pomocą zaawansowanych i nowoczesnych metod uzyskując interesujące wyniki. Wyniki te, opisane przez Habilitanta w przedstawionym cyklu publikacji, w takich czasopismach jak: Science, Proceedings of the National Academy of Sciences czy Journal of Cell Science, stanowią istotny wkład do biocybernetyki i inżynierii biomedycznej. Habilitant umiejętnie łączy wiedzę biologiczną ze zastosowaniem metod matematycznych, a także w przemyślany sposób prowadził i kształtował swoją karierę. Wart podkreślenia jest fakt utworzenia przez Habilitanta własnego zespołu badawczego, z którym część tych wyników uzyskał. Prof. Formanowicz podkreślił, że nie ma wątpliwości, iż doktor Paszek osiągnął już jakiś czas temu samodzielność naukową. Następnie prof. Polański, potwierdził, że jego opinia jest zdecydowanie pozytywna. Zwrócił uwagę, że cykl publikacji przedstawionych jako osiągnięcie w postępowaniu habilitacyjnym można podzielić na dwie części. We wcześniejszych pracach Habilitant jest współautorem, wykonawcą części z zaplanowanych badań. W późniejszych pracach występuje jako kierownik zespołu, odpowiada za całościowy plan badań naukowych, koordynację prac wielu autorów. Świadczy to o osiągnięciu przez niego bardzo wysokiego poziomu naukowego, wiedzy, zaawansowanego warsztatu i kreatywności. Przypomniał, że Habilitant jest autorem lub współautorem łącznie 22 oryginalnych publikacji naukowych, z listy JCR, z których 5 stanowi osiągnięcie naukowe będące bazą do wniosku habilitacyjnego. Łączny Impact Factor, w momencie składania wniosku habilitacyjnego, publikacji habilitanta wynosił, według bazy Web of Science, , a jego indeks Hirscha, według bazy Web of Science wynosił 12. Na zakończenie Recenzent jeszcze raz zaakcentował rangę naukową badań prowadzonych przez Habilitanta. Następnie Przewodniczący Komisji zaprosił na posiedzenie Komisji Kandydata i poprosił o przedstawienie w formie krótkiej prezentacji swoich osiągnięć. 2. Wystąpienie Habilitanta i dyskusja Habilitant przedstawił prezentację zatytułowaną: Ilościowa analiza dynamiki i działania czynnika transkrypcyjnego NF-κB na poziomie pojedynczych komórek. W ramach tej prezentacji przedstawił swoje wykształcenie, zatrudnienie, prowadzone badania naukowe oraz doświadczenie organizacyjne i dydaktyczne. Krótko omówił swoje dane bibliometryczne, a następnie zaprezentował główne tezy swojego osiągnięcia naukowego: sygnalizację komórkową w układzie odpornościowym, dynamikę sygnalizacji szlaku NF-κB na poziomie pojedynczych komórek, ilościową analizę dynamiki i działania czynnika transkrypcyjnego NF-κB na poziomie pojedynczych komórek, ścieżki sygnałowe zależne od czynnika transkrypcyjnego NF-κB, ilościową analizę dynamiki NF-κB, model oddziaływań A20-IKK, analizę odpowiedzi NF- κb na stymulację niskimi dawkami TNFα, analizę stochastyczności w sprzężeniu IκB oraz sprzężenie IκB, str. 3

4 które reguluje heterogeniczność odpowiedzi NF-κB, która stabilizuje parakrynną odpowiedź populacyjną. Przedstawił także regulację dynamiki NF-κB przez stany refrakcyjne i ich modele matematyczne, a na zakończenie zaproponowany nowy paradygmat regulacji szlaku sygnalizacji NF-κB. Dyskusja. Przewodniczący Komisji zaprosił członków Komisji do dyskusji i zadawania pytań Kandydatowi. str. 4 Wszyscy członkowie Komisji wykorzystali możliwość zadawania pytań, a w szczególności Prof. Korbicz zapytał: 1. Proszę przedstawić Pana główny wkład w dyscyplinę naukową biocybernetyka i inżynieria biomedyczna? Mam na uwadze fakt, że od wielu lat pracuje Pan w zespołach badawczych, co jest bardzo cenne, ale istotny jest Pana wkład w tą dyscyplinę. 2. Jakie modle stochastyczne wykorzystywał Pan w swoich badaniach? Następnie prof. Formanowicz zwrócił się do Habilitanta o wyjaśnienie: Jakie jest największe wyzwanie związane z Pana dalszymi badaniami ścieżek sygnałowych związanych z czynnikiem NF-κB? Gdzie leży największa trudność związana z tym wyzwaniem po stronie biologicznej, czy po stronie matematycznej i jak można by tą trudność przezwyciężyć? W dalszym ciągu dyskusji prof. Polański zapytał o to: 1. W jaki sposób bada się występowanie oraz typ bifurkacji Hopfa w złożonych modelach ścieżek sygnałowych? 2. Czy w publikowanych modelach matematycznych ścieżek sygnałowych można obserwować kaskadę bifurkacji prowadzących do chaosu? Dr. hab. Straszecka zapytała: Na jakim etapie badań naukowych prowadzonych w Pana dziedzinie występuje największa niepewność związana z wyborem właściwego rozwiązania: eksperyment, pomiar, model, parametry, obliczenia? Natomiast prof. Pijanowska zapytała: W jednym ze w swoich artykułów, będących podstawą habilitacji, stwierdza Pan, że komórki różnych linii komórkowych transdukowane lentiwrusami zachowują niezmieniony i prawie fizjologiczny, względnie homogeniczny poziom ekspresji genów w stosunku do komórek przejściowo transfekowanych i komórek wyjściowych. Zatem moje pytanie dotyczy zakresu i sposobu prowadzenia badań eksperymentalnych, które uprawniły do takiego stwierdzenia? Prof. Miękisz zwrócił uwagę na następujące zagadnienia: 1. Opóźnienia czasowe w produkcji mrna są jak najbardziej naturalne - proces transkrypcji jest rozłożony w czasie. Jak w związku z tym mamy rozumieć stwierdzenie Habilitanta, że "mechanizm biologiczny odpowiedzialny za opóźnienia czasowe pozostaje niejasny"? 2. W jaki sposób "naturalne przedstawienie aktywności transkrypcyjnej... pozwala rozwiązać problemy związane z opóźnieniami..."? Pytania do Habilitanta zakończył Dr. hab. Choiński: W swoim autoreferacie opisuje Pan wyniki swoich badań dotyczących heterogenicznej odpowiedzi komórki. Jednocześnie wspomina Pan o heterogenicznej dynamice ścieżki sygnałowej. Czy związane to jest także z heterogeniczną kinetyką reakcji biochemicznych? Wszyscy członkowie Komisji byli usatysfakcjonowani odpowiedziami Habilitanta. Dyskusja w trakcie odpowiedzi skupiła się na tematyce modelowania układów z opóźnieniami oraz analizy bifurkacji.

5 Po dyskusji Kandydat opuścił salę posiedzenia Komisji. 3. Podsumowanie i podjęcie uchwały Przewodniczący zwrócił się do członków komisji z dwoma pytaniami: 1. Czy dyscyplina naukowa, biocybernetyka i inżynieria biomedyczna wymieniona we wnioski Habilitanta, jest właściwą dyscypliną w stosunku do jego dorobku? 2. Czy jego osiągnięcie jest na tyle istotne, że można się przychylić do wniosku dr. inż. Pawła Paszka o nadanie stopnia doktora habilitowanego? Wszyscy członkowie Komisji odpowiedzieli na obydwa pytania twierdząco, a Recenzenci jeszcze raz przypomnieli swoje zdecydowanie pozytywne opinie. Przewodniczący podjął także dyskusję na temat oświadczeń procentowego udziału Habilitanta w zgłoszonych we wniosku publikacjach. Członkowie Komisji wskazali, że udział Habilitanta w badaniach, które były przedmiotem publikacji, nie budzi wątpliwości. Przewodniczący zwrócił się do członków komisji z zapytaniem, czy ktoś jeszcze chciałaby zabrać głos. W związku z brakiem dalszych głosów, Przewodniczący stwierdził, że dyskusję uważa za zamkniętą. Następnie podsumował dyskusję mówiąc, że: Upoważnia to do stwierdzenia, że osiągnięcia naukowe Habilitanta czynią zadość wymaganiom określonym w art. 16 ust. 1 i 2 Ustawy z dnia 14 marca 2003 roku o stopniach i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki. Spełniają one też zdecydowaną większość kryteriów ujętych w Rozporządzeniu Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 1 września 2011 roku w sprawie kryteriów oceny osiągnięć osoby ubiegającej się o nadanie stopnia doktora habilitowanego. Stwierdził też, że: 1. Opinie o dorobku naukowym i aktywności naukowej dr. inż. Pawła Paszka, sporządzone przez trzech Recenzentów mają pozytywne konkluzje. 2. Osiągnięcie naukowe zatytułowane Ilościowa analiza dynamiki i działania czynnika transkrypcyjnego NF-κB na poziomie pojedynczych komórek. dotyczące regulacji i funkcji systemu sygnalizacji wewnątrzkomórkowej zależnej od czynnika transkrypcyjnego NF-κB, jest cyklem 5 publikacji w renomowanych czasopismach: Science, (IF=29,7; 73 cytowania wg WoS), Proceedings of the National Academy of Sciences,.(IF= 9,7; 78 cytowań wg WoS), Journal of Cell Science, (IF=6,3; 50 cytowań wg WoS), Integrative Biology, (IF- 3,4; 7 cytowań wg WoS) oraz Nature Communications, (IF= 11,3 2 cytowania wg WoS) oraz pozostałe elementy dorobku naukowego, a w szczególności: 24 artykuły, z czego 20 opublikowanych po uzyskaniu stopnia naukowego doktora, wśród których 5 wchodzi w skład habilitacyjnego osiągnięcia naukowego, wśród publikacji, które nie weszły w skład cyklu będącego tym osiągnięciem znajduje się 13 artykułów opublikowanych w bardzo dobrych czasopismach z listy JCR, całkowita liczba cytowań publikacji dr. inż. Pawła Paszka w momencie składania wniosku wynosiła wg bazy Web of Science 892, a jego indeks Hirsha miał wartość 12, natomiast sumaryczny Impact Factor jest równy 139,95, wnoszą znaczny wkład Habilitanta w rozwój dyscypliny biocybernetyka i inżynieria biomedyczna. str. 5

6 3. Dorobek w zakresie działalności dydaktycznej i popularyzatorskiej oraz współpracy międzynarodowej, obejmujący m.in. takie elementy jak: opracowanie programów przedmiotów Computational Approaches to Biology oraz Mathematical Biology, do których Habilitant prowadzi wykłady i laboratoria w University of Manchester, prowadzenie jako promotor 7 prac licencjackich oraz 3 magisterskich, ponadto Habilitant był promotorem 3 doktoratów obronionych w University of Manchester oraz pełnił rolę promotora pomocniczego w przypadku 3 innych doktoratów obronionych na tym samym uniwersytecie, uzyskanie stypendium BBSRC David Philips Fellowship w wyniku czego Habilitant pracuje na stanowisku Independent Research Fellow w University of Manchester, praca i kierowanie międzynarodowymi projektami badawczymi, współpraca z instytucjami naukowymi o wysokiej randze, w sposób jednoznaczny świadczą o wysokiej aktywności zawodowej Habilitanta. Po dokonaniu podsumowania dotychczasowych obrad Komisji Przewodniczący przedstawił wniosek o przeprowadzenie głosowania nad podjęciem uchwały zawierającej pozytywną opinię w sprawie nadania stopnia doktora habilitowanego dr. inż. Pawłowi Paszkowi. Wyjaśnił, że jeśli głosowanie wykaże brak poparcia dla przedstawionego wniosku, będzie to znaczyło automatycznie, że Komisja wyraża opinię negatywną odnośnie nadania Kandydatowi stopnia doktora habilitowanego, a uchwała będzie miała treść zawierającą opinię w sprawie odmowy nadania stopnia doktora habilitowanego. Przypomniał, że głosowanie odbędzie się na zasadzie bezwzględnej większości głosów (głosów za więcej niż suma głosów przeciw i wstrzymujących się ). Następnie poinformował, że we wniosku wszczynającym postępowanie Habilitant nie wniósł prośby o głosowanie w trybie tajnym. Mając to na uwadze, Przewodniczący poprosił członków komisji o oddanie głosów w trybie jawnym przez podniesienie ręki i pisemne potwierdzenie swojej decyzji na przygotowanym formularzu protokołu z przebiegu głosowania. Przewodniczący stwierdził, że w wyniku przeprowadzonego głosowania jawnego uchwała zawierająca pozytywną opinię w sprawie nadania stopnia doktora habilitowanego dr. inż. Pawłowi Paszkowi została przyjęta 7 (siedmioma) głosami za, 0 (zero) głosami przeciw i 0 (zero) głosami wstrzymującymi się i stała się prawomocna w chwili jej podjęcia. Dr hab. inż. Dariusz Choiński Sekretarz Prof. dr hab. inż. Józef Korbicz Przewodniczący str. 6