iseq 100 Podręcznik użytkownika sekwenatora Tylko do celów badawczych. Nieprzeznaczone do procedur diagnostycznych.

Transkrypt

1 iseq 100 Podręcznik żytkownika sekwenatora Lty 2018 WŁASNOŚĆ FIRMY ILLUMINA

2 Niniejszy dokment oraz jego treść stanowią własność firmy Illmina, Inc. oraz jej podmiotów zależnych ( Illmina ) i są przeznaczone wyłącznie do żytk zgodnego z mową przez klienta firmy w związk z żytkowaniem prodktów opisanych w niniejszym dokmencie, z wyłączeniem innych celów. Niniejszy dokment oraz jego treść nie będą wykorzystywane ani rozpowszechniane do innych celów i/lb pblikowane w inny sposób, jawniane ani kopiowane bez pisemnej zgody firmy Illmina. Firma Illmina na podstawie niniejszego dokment nie przenosi żadnych licencji podlegających przepisom w zakresie patentów, znaków towarowych, praw atorskich ani praw powszechnem lb prawom pokrewnym osób trzecich. W cel zapewnienia właściwego i bezpiecznego żytkowania prodktów opisanych w niniejszym dokmencie podane instrkcje powinny być ściśle przestrzegane przez wykwalifikowany i właściwie przeszkolony personel. Przed rozpoczęciem żytkowania tych prodktów należy zapoznać się z całą treścią niniejszego dokment. NIEZAPOZNANIE SIĘ LUB NIEDOKŁADNE PRZESTRZEGANIE WSZYSTKICH INSTRUKCJI PODANYCH W NINIEJSZYM DOKUMENCIE MOŻE SPOWODOWAĆ USZKODZENIE PRODUKTÓW LUB OBRAŻENIA CIAŁA UŻYTKOWNIKÓW LUB INNYCH OSÓB ORAZ USZKODZENIE INNEGO MIENIA, A TAKŻE SPOWODUJE UNIEWAŻNIENIE WSZELKICH GWARANCJI DOTYCZĄCYCH PRODUKTÓW. FIRMA ILLUMINA NIE PONOSI ODPOWIEDZIALNOŚCI ZA NIEWŁAŚCIWE UŻYTKOWANIA PRODUKTÓW (W TYM ICH CZĘŚCI I OPROGRAMOWANIA) OPISANYCH W NINIEJSZYM DOKUMENCIE Illmina, Inc. Wszelkie prawa zastrzeżone. Wszystkie znaki towarowe są własnością firmy Illmina, Inc. lb odpowiednich firm. Szczegółowe informacje na temat znaków towarowych można znaleźć pod adresem ii

3 Spis treści Rozdział 1 Przegląd 1 Wstęp 1 Materiały dodatkowe 1 Od próbki do analizy 2 Elementy aparat 3 Odczynniki iseq 100 i1 7 Rozdział 2 Rozpoczęcie 12 Pierwsza konfigracja 12 Konfigracja stawień przebieg 12 Dostosowywanie stawień system 15 Dostosowywanie stawień sieciowych 16 Materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika 16 Rozdział 3 Sekwencjonowanie 19 Wstęp 19 Najlepsze praktyki 19 Rozmrażanie kasety zapakowanej w torebkę 20 Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania 20 Ładowanie materiałów eksploatacyjnych do kasety 22 Konfigracja przebieg sekwencjonowania (tryb Local Rn Manager) 25 Konfigracja przebieg sekwencjonowania (tryb ręczny) 28 Rozdział 4 Konserwacja 32 Konserwacja zapobiegawcza 32 Zwalnianie miejsca na dysk twardym 32 Aktalizacje oprogramowania 32 Wymiana filtra powietrza 34 Zmiana lokalizacji aparat 36 Zasady ograniczeń oprogramowania 37 Dodatek A Rozwiązywanie problemów 40 Uswanie komnikatów o błędach 40 Anlowanie przebieg 41 Wyłączenie i ponowne włączenie aparat 41 Przeprowadzanie kontroli system 42 Ograniczanie wyciek 44 Przebieg rozwiązywania problemów kontroli PhiX 46 Przywracanie stawień fabrycznych 49 iii

4 Dodatek B Zaawansowana wymiana 50 Otrzymanie prodkt zastępczego 50 Przygotowanie oryginalnego prodkt do zwrot 50 Zwrot oryginalnego prodkt 53 Dodatek C Analiza w czasie rzeczywistym 57 Analiza w czasie rzeczywistym Przegląd 57 Analiza w czasie rzeczywistym Procedra 59 Indeks 63 Pomoc techniczna 68 iv

5 Rozdział 1 Przegląd Wstęp 1 Materiały dodatkowe 1 Od próbki do analizy 2 Elementy aparat 3 Odczynniki iseq 100 i1 7 Wstęp Sekwenator Illmina iseq 100 zapewnia kiernkowane podejście do sekwencjonowania nowej generacji (ang. next-generation seqencing, NGS). Ten system nastawiony na aplikacje to technologia sekwencjonowania firmy Illmina zintegrowana w ekonomicznym rządzeni stacjonarnym. Fnkcje Przystępność i niezawodność system System iseq 100 zajmje niewiele miejsca oraz jest łatwy w instalacji i żytkowani. Elementy kład przepływowego i obrazowania stanową część materiałów eksploatacyjnych, co praszcza konserwację aparat. Jednoetapowe ładowanie materiałów eksploatacyjnych kaseta jednorazowego żytk jest wstępnie wypełniona wszystkimi odczynnikami wymaganymi do przebieg. Bibliotekę i komorę przepływową wyposażoną w czjniki można załadować bezpośrednio do kasety, która jest następnie ładowana do aparat. Zintegrowana identyfikacja pozwala na dokładne śledzenie. Oprogramowanie System iseq 100 pakiet zintegrowanego oprogramowania słży do sterowania działaniem aparat, przetwarzania obrazów i generowania rozpoznań nkleotydów. Pakiet ten możliwia analizę danych w aparacie i zapewnia narzędzia przesyłania danych do analizy zewnętrznej. Analiza w aparacie oprogramowanie Local Rn Manager wprowadza informacje o próbkach, a następnie analizje dane przebieg za pomocą modł analizy wybranego dla przebieg. Oprogramowanie zawiera pakiet modłów analizy. Analiza oparta na chmrze procedra sekwencjonowania jest zintegrowana z platformą BaseSpace Seqence Hb, środowiskiem przetwarzania w chmrze Illmina słżącym do monitorowania przebiegów, analizy i zapis danych oraz współpracy. Pliki wyników są przesyłane strmieniowo w czasie rzeczywistym na platformę BaseSpace Seqence Hb w cel analizy. Materiały dodatkowe Materiały dodatkowe znajdją się na stronach pomocy technicznej sekwenatora Sekwenator iseq 100 na stronie internetowej firmy Illmina. Materiały te obejmją oprogramowanie, szkolenie, zgodne prodkty i poniższą dokmentację. Zawsze należy sprawdzać, czy na stronach pomocy technicznej nie ma najnowszych wersji. Źródło Narzędzie do tworzenia protokołów niestandardowych Plakat instalacyjny sekwenatora iseq 100 (nr dokment: ) Opis Kreator do generowania niestandardowej dokmentacji end to end. Dokmentacja jest dostosowana do metody przygotowywania biblioteki, parametrów przebieg, a także metody analizy. Zawiera instrkcje dotyczące instalacji aparat i inicjowania pierwszej konfigracji. 1

6 Źródło Przewodnik dotyczący przygotowania miejsca instalacji sekwenatora iseq 100 (nr dokment: ) Przewodnik dotyczący bezpieczeństwa i zgodności sekwenatora iseq 100 z przepisami (nr dokment: ) Przewodnik dotyczący zgodności czytnika RFID z przepisami (nr dokment: ) Opis Zawiera specyfikacje dotyczące miejsca w laboratorim, wymagań dotyczących instalacji elektrycznej oraz kwestii związanych ze środowiskiem i siecią. Zawiera informacje dotyczące kwestii bezpieczeństwa działania, oświadczeń dotyczących zgodności z przepisami i etykiet aparat. Zawiera informacje dotyczące czytnika RFID w aparacie, w tym certyfikaty zgodności z przepisami i kwestie dotyczące bezpieczeństwa. Od próbki do analizy Poniższy schemat przedstawia pełną procedrę sekwencjonowania, od pracy z próbką do analizy. Przy każdym etapie wyszczególniono narzędzia i dokmentację. Niniejsza instrkcja obsłgi zawiera informacje na temat etap sekwencjonowania. Pozostała dokmentacja jest dostępna na stronie internetowej spport.illmina.com. Rysnek 1 Procedra postępowania od pracy z próbką do analizy 2

7 Elementy aparat Sekwenator Sekwenator iseq 100 posiada przycisk zasilania, monitor, pasek stan, przedział materiałów eksploatacyjnych i tackę ociekową. Rysnek 2 Elementy zewnętrzne A B C D E Przycisk zasilania sterje zasilaniem aparat i wskazje, czy system jest włączony (świeci się), wyłączony (zgaszony) lb wyłączony, ale z zasilaniem prądem przemiennym (miga). Monitor z ekranem dotykowym możliwia konfigrację aparat za pomocą interfejs oprogramowania sterjącego. Pasek stan informje o stanie system: gotowy do sekwencjonowania (zielony), w trakcie przetwarzania (niebieski) lb wymagający wagi (pomarańczowy). Przedział materiałów eksploatacyjnych zawiera materiały eksploatacyjne podczas przebieg. Drzwiczki tacki ociekowej możliwiają dostęp do tacki ociekowej, która wychwytje wyciekłe płyny. Zasilanie i połączenia zewnętrzne Z tył rządzenia znajdją się przełącznik i wejście słżące do sterowania zasilaniem aparat, a także gniazdo Ethernet do opcjonalnego połączenia z siecią Ethernet. Dwa porty USB zapewniają możliwość podłączenia myszy oraz klawiatry, a także wysyłania oraz pobierania danych za pomocą rządzenia przenośnego. 3

8 Rysnek 3 Elementy panel tylnego A B C D Gniazdo Ethernet możliwia opcjonalne podłączenie kabla Ethernet. Porty USB dwa porty do podłączania elementów dodatkowych. Przełącznik słży do włączania i wyłączania zasilania rządzenia. Wejście zasilania prądem przemiennym słży do podłączania przewod zasilającego. Przedział materiałów eksploatacyjnych Przedział materiałów eksploatacyjnych zawiera kasetę do przebieg sekwencjonowania. Rysnek 4 Przedział materiałów eksploatacyjnych A B C Kaseta zawiera komorę przepływową, bibliotekę i odczynniki; słży do zbierania zżytych odczynników podczas przebieg. Taca w niej znajdje się kaseta podczas sekwencjonowania. Drzwiczki otwierają się pod kątem maksymalnie 60 stopni, aby możliwić dostęp do przedział materiałów eksploatacyjnych. Oprogramowanie powodje otwieranie i zamykanie się drzwiczek przedział i stawienie kasety do obrazowania. Drzwiczki otwiera się na zawiasach w dół, w kiernk podstawy aparat. Nie należy mieszczać przedmiotów na otwartych drzwiczkach, ponieważ nie są one przeznaczone do żywania ich jako półki. 4

9 Elementy testowe wielokrotnego żytk Aparat jest dostarczany z testową komorą przepływową wielokrotnego żytk oraz testową kasetą wielokrotnego żytk do stosowania podczas kontroli system. Elementy te należy przechowywać w oryginalnych opakowaniach w temperatrze pokojowej. Rysnek 5 Elementy testowe wielokrotnego żytk A B Testowa komora przepływowa wielokrotnego żytk Testowa kaseta wielokrotnego żytk Elementy testowe przypominają wyglądem elementy do sekwencjonowania dostępne w zestawie Odczynniki iseq 100 i1, a kiernek ich ładowania do aparat jest taki sam. Niemniej jednak kaseta testowa nie jest wyposażona w zbiorniczek na bibliotekę, a żaden z elementów testowych nie zawiera odczynników chemicznych wymaganych do przeprowadzenia przebieg. Elementy testowe po pływie termin ważności należy zastąpić zestawem Zestaw testowy system iseq 100. Elementy testowe wielokrotnego żytk tracą ważność po pływie 5 lat od daty prodkcji lb po 35 życiach, zależnie od tego, co nastąpi wcześniej. Oprogramowanie system Pakiet oprogramowania system obejmje zintegrowane aplikacje odpowiedzialne za przeprowadzanie przebiegów sekwencjonowania oraz wewnętrznej analizy danych w aparacie. Oprogramowanie sterjące iseq sterje operacjami przeprowadzanymi w aparacie oraz zapewnia interfejs możliwiający skonfigrowanie system, skonfigrowanie przebieg sekwencjonowania oraz monitorowanie statystyk dotyczących przebieg w miarę postęp proces sekwencjonowania. Local Rn Manager definije parametry przebieg oraz metodę analizy przed rozpoczęciem sekwencjonowania. Po zakończeni sekwencjonowania atomatycznie rozpoczyna się wewnętrzna analiza danych w aparacie. System jest dostarczany z zainstalowanymi aplikacjami DNA Amplicon i Generate FASTQ oraz modłami. Więcej informacji na temat tych elementów oprogramowania można znaleźć na stronach pomocy technicznej aplikacji Local Rn Manager w witrynie internetowej firmy Illmina. Analiza w czasie rzeczywistym (RTA2) przeprowadza analizę obraz i rozpoznawanie nkleotydów podczas przebieg. Więcej informacji na ten temat zawiera część Analiza w czasie rzeczywistym na stronie 57. Universal Copy Service kopije pliki wyników sekwencjonowania z folder przebieg do folder wyjściowego, w którym są one dostępne dla żytkownika. 5

10 Powiadomienia Obok nazwy aparat pojawia się ikona informjąca o powiadomieniach. Po wybrani ikony zostanie wyświetlona lista powiadomień obejmjących ostrzeżenia i błędy. Ostrzeżenia wymagają wagi, ale nie powodją zatrzymania przebieg ani czynności innej niż zatwierdzenie. Błędy wymagają wykonania czynności przed rozpoczęciem lb kontynowaniem przebieg. W panel po lewej stronie ekranów konfigracji przebieg wyświetlane są powiadomienia dotyczące ładowania kasety i wstępnych testów kontrolnych. Rysnek 6 Umiejscowienie na ekranie A B Powiadomienia dotyczące konfigracji przebieg Inne powiadomienia Informacje dotyczące system W men oprogramowania sterjącego dostępna jest sekcja Abot (Informacje), zawierająca dane kontaktowe firmy Illmina oraz podane poniżej informacje dotyczące system. Nmer seryjny Nazwa komptera i adres IP Wersja fragment protokoł Licznik przebiegów Zarządzanie procesem Na ekranie Process Management (Zarządzanie procesem) są wyświetlane informacje dotyczące miejsca na dysk twardym (D:\) oraz stats przebiegów z względnieniem nazwy, identyfikatora i daty każdego przebieg. Ekran jest atomatycznie odświeżany co 3 minty. Na podstawie przetworzonych danych plików BCL kolmna Stats wskazje, czy przebieg jest w tok, czy został kończony. Ponadto na ekranie Process Management (Zarządzanie procesem) dla każdego przebieg jest wyświetlany stats aplikacji Universal Copy Service, platformy BaseSpace Seqence Hb i aplikacji Local Rn Manager. Procesy, które nie mają zastosowania, nie są widoczne na ekranie. Jeśli na przykład przebieg nie jest połączony z platformą BaseSpace Seqence Hb, na ekranie Process Management (Zarządzanie procesem) nie zostanie wyświetlony dla niego stats BaseSpace. Informacje na temat rozwiązywania problemów ze statsami zawiera część Stats zarządzania procesem na stronie 41. 6

11 Stats aplikacji Universal Copy Service Aplikacja Universal Copy Service przedstawia stats kopiowania plików do folder wyjściowego: In Progress (W tok) aplikacja Universal Copy Service kopije pliki do folder wyjściowego. Complete (Ukończono) aplikacja Universal Copy Services pomyślnie skopiowała wszystkie pliki do folder wyjściowego. Stats platformy BaseSpace Seqence Hb Platforma BaseSpace Seqence Hb przedstawia stats wczytywania plików: In Progress (W tok) oprogramowanie sterjące przesyła pliki na platformę BaseSpace Seqence Hb. Complete (Ukończono) wszystkie pliki zostały pomyślne przesłane na platformę BaseSpace Seqence Hb. Stats aplikacji Local Rn Manager Aplikacja Local Rn Manager przedstawia stats analizy: Not Started (Nie rozpoczęto) analiza oczekje na rozpoczęcie lb aplikacja Local Rn Manager oczekje na zakończenie pracy aplikacji Analiza w czasie rzeczywistym. In Progress (W tok) aplikacja Local Rn Manager analizje pliki. Bardziej szczegółowy stats można sprawdzić w aplikacji Local Rn Manager. Stopped (Zatrzymano) analiza została zatrzymana przed kończeniem. Complete (Ukończono) aplikacja Local Rn Manager pomyślnie kończyła analizę. Odczynniki iseq 100 i1 System iseq 100 do przeprowadzenia przebieg wymaga jednego zestaw Odczynniki iseq 100 i1 przeznaczonego do jednorazowego żytk. Zestaw jest dostępny w jednym rozmiarze (300 cykli) oraz w dwóch rodzajach pakietów: Pojedynczy zawiera materiały eksploatacyjne dla jednego przebieg. Czteropak zawiera materiały eksploatacyjne dla czterech przebiegów. Zawartość i przechowywanie Odczynniki Odczynniki iseq 100 i1 obejmją kasetę i komorę przepływową do sekwencjonowania. Po otrzymani odczynników Odczynniki iseq 100 i1: Nie otwierać białych foliowych opakowań do moment otrzymania odpowiedniego polecenia. Niezwłocznie mieścić elementy we wskazanych temperatrach w cel zapewnienia poprawnego działania. Tabela 1 Kasety przechowywać tak, aby etykiety na opakowaniach były skierowane k górze. Elementy zestaw Pakiet Materiał eksploatacyjny Ilość Temperatra przechowywania Pojedynczy Kaseta 1 od 25 C do 15 C Komora przepływowa 1 od 2 C do 8 C* 7

12 Pakiet Materiał eksploatacyjny Ilość Temperatra przechowywania Czteropak Kaseta 4 od 25 C do 15 C Komora przepływowa 4 od 2 C do 8 C* * Dostarczana w temperatrze pokojowej. Oba materiały eksploatacyjne mają identyfikatory możliwiające śledzenie i zapewnienie zgodności. Kaseta wykorzystje identyfikację radiową (RFID). Komora przepływowa wykorzystje interfejs elektryczny: elektronicznie wymazywalną, programowalną pamięć tylko do odczyt (EEPROM). Kaseta Kaseta odczynników do sekwencjonowania jest wstępnie wypełniona odczynnikami do pracy z klastrami, sekwencjonowania, sekwencjonowania w trybie sparowanych końców i indeksowania. Zbiorniczek w folii zabezpieczającej jest zarezerwowany dla bibliotek, a gniazdo z przedniej strony jest zarezerwowane dla komory przepływowej. Światło ilminatora dociera do komory przepływowej przez okno dostęp na górze kasety. Rysnek 7 Elementy kasety A B C Okno dostęp Gniazdo komory przepływowej Zbiorniczek na bibliotekę Kaseta zawiera wszystkie materiały eksploatacyjne do przebieg: odczynniki, bibliotekę i komorę przepływową. Bibliotekę i komorę przepływową ładje się do przygotowanej kasety, która jest następnie ładowana do aparat. Po rozpoczęci przebieg biblioteki i odczynniki są atomatycznie przenoszone z kasety do komory przepływowej. Kaseta zawiera pompy, zawory i cały kład przepływowy do system, w tym zbiorniczek na spodniej części kasety słżący do zbierania zżytych odczynników. Ponieważ wszystkie elementy kład przepływowego są zawarte w kasecie, którą tylizje się po przebieg, aparat nie trzeba myć. 8

13 Komora przepływowa Komora przepływowa to porządkowana, jednopasmowa komora przepływowa na czjnik optycznym typ CMOS (komplementarny półprzewodnik tlenkowy). Szklana komora przepływowa znajdje się wewnątrz plastikowej kasety. Uniesione pnkty chwyt na plastik łatwiają obsłgę. Rysnek 8 Elementy komory przepływowej A B C D E F Pnkty chwyt Czjnik CMOS (góra) Obszar obrazowania Uszczelka (jedna z dwóch) Czjnik CMOS (spód) Interfejs elektryczny Powierzchnię komory przepływowej pokrywają miliony nanodołków. W nanodołkach tworzą się klastry, z poziom których jest następnie przeprowadzana reakcja sekwencjonowania. Uporządkowany kład nanodołków pozwala zwiększyć liczbę odczytów wyników i ilość danych. Podczas sekwencjonowania czjnik CMOS przechwytje obrazy do analizy. Obsłgiwana liczba cykli Etykieta z informacją o 300 cyklach widoczna na kasecie wskazje liczbę cykli, podczas których wykonywana jest analiza, a nie liczbę przeprowadzanych cykli. Komorę przepływową można stosować do dowolnej liczby cykli i dowolnego typ odczyt. Kaseta zawiera odczynnik w objętości wystarczającej do przeprowadzenia maksymalnie 318 cykli sekwencjonowania. 318 cykli obejmje 151 cykli na każdy z odczytów (odczyt 1 i odczyt 2) oraz dodatkowe osiem cykli na każdą z faz indeksowania (indeks 1 i indeks 2). Informacje na temat liczby cykli w procesie sekwencjonowania zawiera część Liczba cykli w odczycie na stronie 30. 9

14 Opisy symboli Poniższa tabela zawiera opisy symboli stosowanych na materiałach eksploatacyjnych lb ich opakowaniach. Symbol Opis Termin ważności materiał eksploatacyjnego. W cel zyskania najlepszych wyników materiał eksploatacyjny powinien zostać żyty przed tym terminem. Wskazje nazwę prodcenta (Illmina). Data prodkcji materiał eksploatacyjnego. Przeznaczenie materiał wyłącznie do celów badawczych. Wskazje nmer katalogowy możliwiający identyfikację materiał eksploatacyjnego.¹ Wskazje kod partii możliwiający identyfikację partii lb serii prodkcyjnej materiał eksploatacyjnego.¹ Wskazje na konieczność zachowania ostrożności. Wskazje na zagrożenie dla zdrowia. 10

15 Symbol Opis Zakres temperatr przechowywania w stopniach Celsjsza. Materiał eksploatacyjny należy przechowywać w temperatrze mieszczącej się we wskazanym zakresie.² ¹ Nmer REF odnosi się do konkretnego element, natomiast nmer LOT określa partię lb serię, z której pochodzi ten element. ² Temperatra przechowywania może różnić się od temperatry transport. 11

16 Rozdział 2 Rozpoczęcie Pierwsza konfigracja 12 Konfigracja stawień przebieg 12 Dostosowywanie stawień system 15 Dostosowywanie stawień sieciowych 16 Materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika 16 Pierwsza konfigracja Po pierwszym włączeni system rchamiane jest oprogramowanie sterjące, po czym wyświetlane są kolejne ekrany przeprowadzające żytkownika przez pierwszą konfigrację. Pierwsza konfigracja obejmje przeprowadzenie kontroli system w cel potwierdzenia prawidłowego działania aparat, skonfigrowanie stawień przebieg i dostosowanie stawień system. Po pierwszej konfigracji wstępne stawienia można edytować w dowolnej chwili z poziom ekran System Settings (Ustawienia system). Konta w systemie operacyjnym W systemie operacyjnym Windows są dostępne dwa konta: administrator (sbsadmin) i żytkownik (sbsser). Konto administratora jest przeznaczone wyłącznie do instalacji aktalizacji system oraz do żytk przez personel dział IT. Wszystkie inne czynności, w tym sekwencjonowanie, należy wykonywać, korzystając z konta żytkownika. Wymogi dotyczące hasła System operacyjny wymaga zmiany hasła dla ob kont (sbsadmin i sbsser) po pierwszym zalogowani. Każde hasło należy aktalizować co 180 dni (po wyświetleni monit). Tabela 2 Zasada Wymszone tworzenie historii haseł Próg blokady Domyślne zasady dotyczące haseł Minimalna dłgość hasła Hasło msi spełniać wymogi dotyczące złożoności Przechowywanie haseł z życiem odwracalnego szyfrowania Ustawienie Zapamiętywanie pięci haseł Dziesięć niedanych prób logowania Dziesięć znaków Wyłączone Wyłączone Tryb tablet Domyślnie system operacyjny jest skonfigrowany do pracy w trybie tablet w cel aktywowania klawiatry na ekranie dotykowym. Podczas nawigacji w obrębie katalogów, ręcznego instalowania aktalizacji oprogramowania oraz korzystania z innych fnkcji poza oprogramowaniem sterjącym można włączyć tryb plpit i korzystać z fizycznej klawiatry. Konfigracja stawień przebieg Ustawienia przebieg określają procedrę konfigracji przebieg, metodę analizy i wyprowadzanie danych. 12

17 Konfigracja tryb przebieg Tryb przebieg określa, gdzie są podane parametry przebieg i jak są analizowane dane. Tryb przebieg Parametry przebieg Analiza danych Local Rn Manager Manal (Ręczny) Podane przy życi oprogramowania Local Rn Manager. Podane przy życi oprogramowania Oprogramowanie sterjące iseq. Zapisanie danych w podanym folderze wyjściowym, do analizy przy życi modł Local Rn Manager. Zapisanie danych w podanym folderze wyjściowym, do późniejszej analizy poza aparatem. Domyślny tryb przebieg to tryb Local Rn Manager. Oprogramowanie Local Rn Manager to wbdowane oprogramowanie do rejestrowania próbek do sekwencjonowania, określania parametrów przebieg i analizowania danych. W przypadk stosowania tryb ręcznego czynności te są wykonywane w odrębnych aplikacjach. UWAGA Tryb Local Rn Manager nie jest fnkcją oprogramowania Oprogramowanie sterjące iseq. Po skonfigrowani tryb Local Rn Manager możliwe jest przełączanie się między trybem Local Rn Manager a oprogramowaniem sterjącym. Platformę BaseSpace Seqence Hb można sparować z którymkolwiek trybem przebieg. W przypadk połączenia tryb przebieg Local Rn Manager z platformą BaseSpace Seqence Hb dane analizje się przy życi modł i poza aparatem. Wybór tryb Local Rn Manager 1 W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję System Settings (Ustawienia system), a następnie kartę Rn Mode (Tryb przebieg). 2 Dla stawienia Rn Setp Mode (Tryb konfigracji przebieg) wybrać opcję Local Rn Manager. Konieczne jest posiadanie konta w aplikacji Local Rn Manager. Informacje na temat konfigracji konta zawiera Przewodnik żytkownika oprogramowania Local Rn Manager (nr dokment: ). 3 Jeśli zostanie wyświetlony monit o zalogowanie, wprowadzić nazwę żytkownika i hasło do konta aplikacji Local Rn Manager. Ten monit jest wyświetlany wyłącznie w przypadk, gdy dla aplikacji Local Rn Manager skonfigrowano wymóg logowania. Domyślnie logowanie nie jest wymagane. 4 Wybrać przycisk Save (Zapisz). Wybór tryb Manal (Ręczny) 1 W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję System Settings (Ustawienia system), a następnie kartę Rn Mode (Tryb przebieg). 2 Dla stawienia Rn Setp Mode (Tryb konfigracji przebieg) wybrać opcję Manal (Ręczny). Utworzenie plików FASTQ wymaga dodatkowego etap analizy po zakończeni sekwencjonowania. 3 Wybrać przycisk Save (Zapisz). Konfigrowanie platformy BaseSpace Seqence Hb Należy zastosować się do poniższych instrkcji, aby skonfigrować platformę BaseSpace Seqence Hb na aparacie. Więcej informacji, w tym instrkcje dotyczące konfigracji konta, zawiera Pomoc online platformy BaseSpace Seqence Hb (nr dokment: ). 13

18 1 W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję System Settings (Ustawienia system), a następnie kartę Rn Mode (Tryb przebieg). 2 W przypadk stawień BaseSpace wybrać jedną z następjących opcji do połączenia z platformą BaseSpace Seqence Hb: Opcja Rn Monitoring and Storage (Monitorowanie i zapis przebieg) Rn Monitoring Only (Tylko monitorowanie przebieg) Instrment Performance Data Only (Tylko dane dotyczące działania aparat) None (Brak) Opis i wymagania Powodje wysyłanie plików InterOp, plików dziennika i danych przebieg na platformę BaseSpace Seqence Hb w cel zdalnego monitorowania i analizy. Wymaga konta BaseSpace Seqence Hb, połączenia internetowego i arksza próbek, a także konfigracji przebieg w trybie Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg). Powodje wysyłanie plików InterOp i plików dziennika na platformę BaseSpace Seqence Hb w cel zdalnego monitorowania przebieg. Wymaga konta BaseSpace Seqence Hb i połączenia internetowego. Powodje wysyłanie danych operacyjnych do firmy Illmina bez podłączania przebiegów do platformy BaseSpace Seqence Hb. Wymaga połączenia internetowego. W zależności od wersji oprogramowania sterjącego nazwa tego stawienia w interfejsie oprogramowania może się różnić od nazwy w niniejszym przewodnik. Powodje odłączanie przebiegów od platformy BaseSpace Seqence Hb i nie powodje wysyłania danych dotyczących działania aparat. Po wybrani jakiejkolwiek opcji oprócz None (Brak), dane operacyjne każdego przebieg są wysyłane do dział pomocy technicznej firmy Illmina. Dane te łatwiają działowi pomocy technicznej firmy Illmina rozwiązywanie problemów oraz wykrywanie potencjalnych sterek, co pozwala na proaktywną konserwację i maksymalizację czas pracy aparat. Więcej informacji na temat korzyści z tej słgi zawiera dokment Illmina Proactive Technical Note (Uwaga techniczna dotycząca słgi Illmina Proactive), nr pb Usłga ta: Nie wysyła danych sekwencjonowania. Wymaga połączenia aparat z siecią z dostępem do Internet. Domyślnie jest włączona. Aby zrezygnować z tej słgi, wybrać opcję None (Brak). 3 W przypadk wybrania opcji None (Brak) na etapie 2, wybrać opcję Save (Zapisz), aby zakończyć konfigrację. 4 Z listy Hosting Location (Lokalizacja hostingowa) wybrać, dokąd przekazać dane: USA (N. Virginia) (Stany Zjednoczone: Wirginia Północna, EU (Frankfrt) (UE: Frankfrt), czy China (Beijing) (Chiny: Beijing). 5 W przypadk posiadania sbskrypcji Enterprise skonfigrować domenę w sposób podany poniżej. a b Zaznaczyć pole wybor Private Domain (Prywatna domena). Wprowadzić nazwę domeny (adres URL) słżącą do rejestracji jednokrotnej na platformie BaseSpace Seqence Hb. Na przykład: 6 Wybrać przycisk Save (Zapisz). 14

19 Określanie folder wyjściowego Oprogramowanie zapisje pliki BCL i inne dane dotyczące przebieg w folderze wyjściowym. Jeśli nie skonfigrowano opcji monitorowania i zapis przebieg na platformie BaseSpace Seqence Hb, folder wyjściowy jest wymagany. Aby określić lokalizację domyślną folder, należy postępować zgodnie z poniższymi instrkcjami. Tę lokalizację można zmienić w odniesieni do przebieg podczas jego konfigracji. 1 W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję System Settings (Ustawienia system), a następnie kartę Rn Mode (Tryb przebieg). 2 Wprowadzić lokalizację sieciową w pol Otpt Folder (Folder wyjściowy). Można również wybrać opcję Browse (Przeglądaj) i wyszkać lokalizację. Lokalizacja msi istnieć w sieci. Lokalizacja nie może znajdować się na dysk C:\, ponieważ nie zawiera on wystarczającej ilości wolnego miejsca. 3 Wybrać przycisk Save (Zapisz). Dostosowywanie stawień system W oprogramowani sterjącym są dostępne stawienia system z możliwością dostosowania dotyczące identyfikacji aparat, aktalizacji oprogramowania oraz dźwięk. Identyfikacja aparat 1 W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję System Settings (Ustawienia system), a następnie kartę System Cstomization (Dostosowanie system). 2 W pol Instrment Nickname (Nazwa aparat) wprowadzić preferowaną nazwę aparat. Nazwa będzie wyświetlana w górnej części każdego ekran. 3 Wybrać przycisk Save (Zapisz). Konfigracja aktalizacji oprogramowania 1 W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję System Settings (Ustawienia system), a następnie kartę System Cstomization (Dostosowanie system). 2 Wybrać, czy system ma atomatycznie sprawdzać dostępność aktalizacji oprogramowania: W cel sprawdzania atomatycznego zaznaczyć pole wybor Atocheck for software pdates (Atomatycznie sprawdzaj dostępność aktalizacji oprogramowania). W cel sprawdzania ręcznego snąć zaznaczenie pola wybor Atocheck for software pdates (Atomatycznie sprawdzaj dostępność aktalizacji oprogramowania). Więcej informacji dotyczących instalowania aktalizacji oprogramowania zawiera część Aktalizacje oprogramowania na stronie Wybrać przycisk Save (Zapisz). Włączanie i wyłączanie dźwięk 1 W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję System Settings (Ustawienia system), a następnie kartę System Cstomization (Dostosowanie system). 2 Aby włączyć lb wyłączyć dźwięki systemowe, wybrać pole wybor Adio (Dźwięk). 15

20 3 Wybrać przycisk Save (Zapisz). Dostosowywanie stawień sieciowych Połączenie Ethernet i Wi-Fi oraz domyślne stawienia sieciowe są wystarczające do obsłgi system i przesyłania danych. Jeśli organizacja ma specyficzne wymaganie sieciowe, należy skonsltować się z przedstawicielem IT, aby zyskać pomoc w sprawie zaawansowanych stawień sieciowych. Przewodnik dotyczący przygotowania miejsca instalacji sekwenatora iseq 100 (nr dokment: ) zawiera wytyczne dotyczące stawień sieciowych i zabezpieczeń komptera sterjącego. Konfigracja sieci zaawansowanej Aby zyskać dostęp do stawień sieciowych system Windows z poziom oprogramowania sterjącego w cel skonfigrowania sieci zaawansowanej, należy postępować zgodnie z poniższymi instrkcjami. 1 W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję System Settings (Ustawienia system), a następnie kartę System Cstomization (Dostosowanie system). 2 Wybrać opcję Network Configration (Konfigracja sieci), która minimalizje oprogramowanie sterjące i otwiera stawienia Windows. 3 Zmodyfikować stawienia sieciowe stosownie do potrzeb. PRZESTROGA W przypadk stosowania typowych zasad domeny, nieprawidłowo skonfigrowane obiekty zasad grpy (GPO), stawienia program antywirsowego oraz prawnienia mogą wpływać na działanie system. Nieprawidłowe działanie system może sktkować niepowodzeniem przebieg i tratą materiałów eksploatacyjnych. Zobacz dokment Illmina Secrity Best Practices Gide (Wytyczne dotyczące najlepszych praktyk w zakresie zabezpieczeń prodktów firmy Illmina), nr pb Zamknąć stawienia system Windows i zmaksymalizować oprogramowanie sterjące. Połączenie z siecią Wi-Fi Domyślne połączenie sieciowe to Ethernet, które jest bardziej pewne w przypadk przesyłania danych. 1 W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję System Settings (Ustawienia system), a następnie kartę System Cstomization (Dostosowanie system). 2 Wybrać opcję Network Configration (Konfigracja sieci), która minimalizje oprogramowanie sterjące i otwiera stawienia Windows. 3 Wybrać opcję Wi-Fi. 4 Aby włączyć sieć Wi-Fi, wybrać przełącznik Wi-Fi. 5 Skonfigrować inne sieci Wi-Fi i stawienia sieciowe stosownie do potrzeb. 6 Zamknąć stawienia system Windows i zmaksymalizować oprogramowanie sterjące. Materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika Poniższe materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika są stosowane do sekwencjonowania oraz do konserwacji system. 16

21 Materiały eksploatacyjne do sekwencjonowania Materiał eksploatacyjny Dostawca Cel Rękawice jednorazowe, bezpdrowe Ogólny dostawca laboratoryjny Ogólne przeznaczenie. Odczynniki iseq 100 i1 Illmina, nr kat (opakowanie pojedyncze) lb nr kat (czteropak) Zapewnia kasetę i komorę przepływową do przebieg. Chsteczki nasączane 70% alkoholem izopropylowym Chsteczki laboratoryjne, niestrzępiące się Probówki do mikrowirówki, 1,5 ml VWR, nr kat (lb równoważne) VWR, nr kat (lb równoważne) VWR, nr kat (lb równoważna) Czyszczenie komory przepływowej i przeznaczenie ogólne. Czyszczenie komory przepływowej i przeznaczenie ogólne. Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. Końcówki do mikropipety, 10 µl Ogólny dostawca laboratoryjny Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. Końcówki do mikropipety, 20 µl Ogólny dostawca laboratoryjny Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. Końcówki do mikropipety, 100 µl Ogólny dostawca laboratoryjny Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. Ręczniki papierowe Ogólny dostawca laboratoryjny Sszenie kasety po kąpieli wodnej. Bfor do ponownego zawieszania (RSB) Illmina, dostarczany z zestawami do przygotowywania bibliotek Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. (Opcjonalnie) 10 mm Tris-HCl, ph 8,5 Ogólny dostawca laboratoryjny Zamiennik bfor RSB do rozcieńczania bibliotek do stężenia ładowania. (Opcjonalnie) Chsteczki nasączone 70% etanolem Fisher Scientific, nr kat (lb równoważne) Zamiennik chsteczek nasączonych alkoholem izopropylowym, do czyszczenia komory przepływowej i ogólnego przeznaczenia. (Opcjonalnie) PhiX Control v3 Illmina, nr kat. FC Dodawana kontrola PhiX (biblioteka kontrolna). Materiały eksploatacyjne do konserwacji i rozwiązywania problemów Materiał eksploatacyjny Dostawca Cel Chsteczki nasączone 10% wybielaczem VWR, nr kat (lb równoważne) Odkażanie aparat i czyszczenie powierzchni roboczych. Rękawice jednorazowe, bezpdrowe Ogólny dostawca laboratoryjny Ogólne przeznaczenie. Podkładka do tacki ociekowej system iseq 100¹ Illmina, nr kat Wyścielanie tacki ociekowej w cel wchłaniania wszelkich wyciekłych płynów. Filtr powietrza system iseq 100¹ Illmina, nr kat Wymiana filtra powietrza co sześć miesięcy. Zestaw testowy system iseq 100² Illmina, nr kat Przeprowadzanie kontroli system. Chsteczki nasączane 70% alkoholem izopropylowym VWR, nr kat (lb równoważne) Czyszczenie aparat. 17

22 Materiał eksploatacyjny Dostawca Cel Chsteczki laboratoryjne, niestrzępiące się VWR, nr kat (lb równoważne) Sszenie tacki ociekowej. Ręczniki papierowe Ogólny dostawca laboratoryjny Sszenie płyn wokół aparat. PhiX Control v3 Illmina, nr kat. FC Wykonywanie przebieg rozwiązywania problemów PhiX. (Opcjonalnie) 10% roztwór wybielacza (Opcjonalnie) Chsteczki nasączone 70% etanolem VWR, nr kat (32 ncje), (16 ncji) (lb równoważny) Fisher Scientific, nr kat (lb równoważne) Czyszczenie powierzchni roboczych po odkażeni. Zamiennik chsteczek nasączonych alkoholem izopropylowym, do czyszczenia aparat. ¹ Aparat jest dostarczany z jednym zainstalowanym i jednym zapasowym. Jeśli aparat nie jest na gwarancji, żytkownik odpowiada za dostarczenie części zamiennych. Tych materiałów eksploatacyjnych nie należy rozpakowywać aż do ich życia. ² Zestaw testowy dostarczany z aparatem traci przydatność do życia po 5 latach lb 35 życiach i trzeba go wymienić. Wyposażenie Element Źródło Cel Zamrażarka, od 25 C do 15 C Ogólny dostawca laboratoryjny Przechowywanie kasety. Pojemnik na lód Ogólny dostawca laboratoryjny Odkładanie bibliotek. Mikropipeta, 10 µl Ogólny dostawca laboratoryjny Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. Mikropipeta, 20 µl Ogólny dostawca laboratoryjny Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. Mikropipeta, 100 µl Ogólny dostawca laboratoryjny Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. Chłodziarka, od 2 C do 8 C Ogólny dostawca laboratoryjny Przechowywanie komory przepływowej. (Opcjonalnie) Klawiatra Ogólny dostawca Uzpełnienie klawiatry ekranowej. (Opcjonalnie) Mysz Ogólny dostawca Uzpełnienie interfejs ekran dotykowego. (Opcjonalnie) Łaźnia wodna Ogólny dostawca laboratoryjny Rozmrażanie kasety. 18

23 Rozdział 3 Sekwencjonowanie Wstęp 19 Najlepsze praktyki 19 Rozmrażanie kasety zapakowanej w torebkę 20 Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania 20 Ładowanie materiałów eksploatacyjnych do kasety 22 Konfigracja przebieg sekwencjonowania (tryb Local Rn Manager) 25 Konfigracja przebieg sekwencjonowania (tryb ręczny) 28 Wstęp Tworzenie klastrów, sekwencjonowanie i analiza stanowią część proces sekwencjonowania w sekwenatorze Sekwenator iseq 100. Podczas przebieg sekwencjonowania każda czynność jest realizowana atomatycznie. W zależności od konfigracji system dalsza analiza jest przeprowadzana poza aparatem po zakończeni przebieg. Tworzenie klastrów Biblioteka jest atomatycznie denatrowana do pojedynczych nici i dodatkowo rozcieńczana w aparacie. Podczas tworzenia klastrów pojedyncze cząsteczki DNA wiążą się z powierzchnią komorze przepływowej i legają amplifikacji, tworząc klastry. Sekwencjonowanie Klastry są obrazowane z wykorzystaniem techniki oznaczania jednobarwnikowego, która wykorzystje jeden znacznik florescencyjny i dwa cykle obrazowania do kodowania danych dla czterech nkleotydów. W pierwszym cykl obrazowania jest wykrywana adenina (A) i tymina (T). W następnym cykl chemicznym barwnik jest odłączany od adeniny (A), a jednocześnie podobny barwnik jest dodawany do cytozyny (C). Podczas drgiego cykl obrazowania wykrywane są zasady C i T. Po drgim cykl obrazowania oprogramowanie Analiza w czasie rzeczywistym przeprowadza rozpoznawanie nkleotydów, filtrowanie i ocenę jakościową. Ten proces jest powtarzany dla każdego cykl sekwencjonowania. Więcej informacji na temat techniki oznaczania jednobarwnikowego zawiera część Rozpoznawanie nkleotydów na stronie 60. Analiza W trakcie postęp przebieg oprogramowanie sterjące atomatycznie przesyła pliki rozpoznań nkleotydów (*.bcl) do wskazanej lokalizacji wyników do analizy danych. Metoda analizy danych zależy od aplikacji oraz konfigracji system. Najlepsze praktyki Podczas posłgiwania się odczynnikami i innymi sbstancjami chemicznymi należy nosić oklary ochronne, fartch laboratoryjny i rękawiczki bez talk. Należy zmieniać rękawiczki po wyświetleni monit, aby zapobiec zanieczyszczeni krzyżowem. Przed rozpoczęciem protokoł należy pewnić się, że wymagane materiały eksploatacyjne i wyposażenie są na miejsc. Zobacz Materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika na stronie 16. Należy postępować zgodnie z protokołami w podanej kolejności, stosjąc podane objętości, temperatry i czasy trwania. 19

24 O ile nie wyszczególniono pnkt zatrzymania, należy natychmiast przejść do następnego etap. Rozmrażanie kasety zapakowanej w torebkę 1 Założyć nowe rękawiczki bez talk. 2 Wyjąć kasetę z miejsca przechowywania w temperatrze od 25 C do 15 C. 3 W razie potrzeby wyjąć kasetę z opakowania. Nie otwierać torebki foliowej. 4 Rozmrozić zapakowaną w torebkę kasetę, stosjąc jedną z poniżej opisanych metod. Po rozmrożeni nie zamrażać ponownie. Metoda Łaźnia wodna o temperatrze od 20 C do 25 C Łaźnia wodna o temperatrze od 15 C do 19 C Chłodzenie w temperatrze od 2 C do 8 C Czas rozmrażania Czas stabilności Instrkcja 6 godzin Maks. 18 godzin Całkowicie zanrzyć kasetę skierowaną etykietą do góry i zastosować obciążnik, aby zapobiec jej wypłynięci. 8 godzin Maks. 18 godzin Całkowicie zanrzyć kasetę skierowaną etykietą do góry i zastosować obciążnik, aby zapobiec jej wypłynięci. 36 godzin Maks. 72 godziny Ustawić kasetę etykietą do góry. 5 Jeśli po kąpieli w łaźni wodnej kaseta jest mokra, wytrzeć ją papierowymi ręcznikami. Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania Objętość ładowania wynosi 20 µl przy stężeni 50 pm w przypadk bibliotek AmpliSeq for Illmina Library PLUS oraz 250 pm w przypadk bibliotek Nextera DNA Flex. Przed załadowaniem bibliotek do kasety należy je rozcieńczyć do odpowiedniego stężenia ładowania i, opcjonalnie, dodać kontrolę PhiX. Biblioteki są denatrowane atomatycznie w aparacie. Poniższe instrkcje rozcieńczania dotyczą obsłgiwanych bibliotek firmy Illmina i zakładają typowy rozmiar insert. Zawsze należy przeprowadzać analizę kontroli jakości i optymalizować stężenie ładowania zgodnie z żywanym typem biblioteki. Zbyt wysokie stężenie ładowania zmniejsza odsetek klastrów przechodzących przez filtr (%PF). Zbyt niskie stężenie ładowania prowadzi do obniżenia wartości %PF i zyskania wysokiego odsetka dplikatów, co negatywnie wpływa na głębokość pokrycia. Sboptymalne stężenia ładowania mogą negatywnie wpłynąć na wartość %PF i dplikaty bez pogarszania jakości danych, co jest mierzone jako odsetek rozpoznań nkleotydów za pomocą oceny Q-score 30 (%Q30). Generowanych jest jednak mniej danych. 20

25 Rozcieńczanie biblioteki do stężenia 1 nm 1 Wyjąć bfor do ponownego zawieszania (RSB) z miejsca przechowywania w temperatrze od 25 C do 15 C. Zamiast bfor RSB można żyć roztwor 10 mm Tris-HCl, ph 8,5. 2 Rozmrażać w temperatrze pokojowej przez 10 mint. 3 W zależności od stężenia wyjściowego biblioteki wymieszać poniższe objętości w probówce do mikrowirówki, tak aby zyskać 30 µl biblioteki o stężeni 1 nm. Wyjściowe stężenie biblioteki (nm) Objętość biblioteki (µl) Objętość bfor RSB (µl) Stężenia wyjściowe mogą być różne. W tej tabeli podano przykładowe objętości dla najczęstszych stężeń, możliwiając ich skalowanie wedłg potrzeb. 4 Krótko wymieszać mieszadłem wirowym, a następnie wirować z przyspieszeniem 280 g przez 1 mintę. 5 (Opcjonalnie) Bibliotekę o stężeni 1 nm można przechowywać w temperatrze od 25 C do 15 C przez maksymalnie 1 miesiąc. Rozcieńczanie biblioteki o stężeni 1 nm do stężenia ładowania 1 W cel przygotowania 100 µl biblioteki rozcieńczonej do odpowiedniego stężenia ładowania należy wymieszać w probówce do mikrowirówki podane poniżej objętości. Typ biblioteki AmpliSeq for Illmina Library PLUS Stężenie ładowania (pm) Objętość biblioteki 1 nm (µl) Objętość bfor RSB (µl) Nextera DNA Flex Optymalne stężenie ładowania zależy od typ biblioteki. W tej tabeli podano przykładowe stężenia ładowania dla wybranych bibliotek. System System iseq 100 jest zgodny ze wszystkimi zestawami do przygotowywania bibliotek Illmina. 2 Krótko wymieszać mieszadłem wirowym, a następnie wirować z przyspieszeniem 280 g przez 1 mintę. 3 Odłożyć na lód bibliotekę o stężeni 50 pm lb 250 pm do sekwencjonowania. UWAGA Biblioteki rozcieńczone do stężenia ładowania nie nadają się do dłgookresowego przechowywania. 4 Wykonać poniższe czynności. W przypadk dodawania kontroli PhiX postępować zgodnie z częścią Dodawanie biblioteki kontrolnej PhiX Control (opcjonalnie) na stronie 22. Jeśli kontrola PhiX nie jest dodawana, postępować zgodnie z częścią Ładowanie materiałów eksploatacyjnych do kasety na stronie

26 Dodawanie biblioteki kontrolnej PhiX Control (opcjonalnie) Należy dodać kontrolę PhiX do biblioteki, aby zapewnić dodatkowe pomiary, zróżnicowanie nkleotydów lb kontrolę dodatnią. Rozcieńczanie kontroli PhiX do stężenia 1 nm 1 Wyjąć zapas 10 nm kontroli PhiX z miejsca przechowywania w temperatrze od 25 C do 15 C. 2 Rozmrażać w temperatrze pokojowej przez 10 mint. 3 W cel przygotowania 20 µl 1 nm kontroli PhiX należy wymieszać w probówce do mikrowirówki podane poniżej objętości. 10 nm kontroli PhiX (2 µl) RSB (18 µl) 4 Krótko wymieszać mieszadłem wirowym, a następnie wirować z przyspieszeniem 280 g przez 1 mintę. 5 (Opcjonalnie)Kontrolę PhiX o stężeni 1 nm można przechowywać w temperatrze od 25 C do 15 C przez maksymalnie 1 miesiąc. Rozcieńczanie kontroli PhiX o stężeni 1 nm do stężenia ładowania 1 W cel rozcieńczenia kontroli PhiX do stężenia ładowania biblioteki (50 pm lb 250 pm) należy wymieszać w probówce do mikrowirówki podane poniżej objętości. Stężenie ładowania PhiX (pm) Objętość 1 nm PhiX (µl) Objętość bfor RSB (µl) Z tych objętości zyskje się 100 µl 50 pm lb 250 pm kontroli PhiX. 2 Krótko wymieszać mieszadłem wirowym, a następnie wirować z przyspieszeniem 280 g przez 1 mintę. Łączenie biblioteki i kontroli PhiX 1 Dodać 2 µl rozcieńczonej kontroli PhiX do 100 µl rozcieńczonej biblioteki. Te objętości dają ~2% domieszkę kontroli PhiX. UWAGA Rzeczywisty procent kontroli PhiX różni się w zależności od jakości i ilości biblioteki. 2 Odłożyć mieszaninę biblioteki z kontrolą PhiX na lód do sekwencjonowania. Ładowanie materiałów eksploatacyjnych do kasety 1 Otworzyć torebkę kasety, rozrywając ją od miejsca nacięcia. 22

27 2 Wyjąć kasetę i wyrzcić torebkę. Nie należy dotykać okna dostęp w górnej części kasety. 3 Wymieszać odczynniki, odwracając kasetę pięciokrotnie. Podczas odwracania elementy wewnętrzne mogą grzechotać, co jest normalne. 4 Trzymając kasetę z etykietą skierowaną k górze, stknąć nią o blat lb inną twardą powierzchnię pięć razy, aby pozbyć się pęcherzyków. PRZESTROGA Pęcherzyki blokją pobieranie odczynnika i niemożliwiają realizację przebieg. Ostkanie zgodnie z instrkcją pozwoli snąć pęcherzyki i możliwi prawidłowe pobieranie. Ładowanie biblioteki 1 Za pomocą nowej końcówki pipety przebić zbiorniczek na bibliotekę i przycisnąć folię do krawędzi. 2 Wyrzcić końcówkę pipety. 3 Dodać 20 µl rozcieńczonej biblioteki na dno zbiorniczka. Nie dotykać folii. Ładowanie komory przepływowej 1 Wyjąć nową komorę przepływową z miejsca przechowywania w temperatrze od 2 C do 8 C. 2 Odłożyć nieotwarte opakowanie na mint w temperatrze pokojowej, aby zapobiec skraplani. 23

28 3 Otworzyć foliowe opakowanie, rozrywając je od miejsca nacięcia. Użyć w ciąg 24 godzin od otwarcia. 4 Wyjąć komorę przepływową z opakowania. Podczas posłgiwania się komorą przepływową należy dotykać wyłącznie plastik i omijać czjnik CMOS, szkło oraz szczelki z każdej strony szkła. 5 W przypadk przypadkowego dotknięcia czjnika CMOS lb szkła: a b c Oczyścić dotkniętą powierzchnię chsteczką nasączoną alkoholem. Osszyć niestrzępiącą się chsteczką laboratoryjną. Sprawdzić komorę przepływową pod kątem brak strzępków oraz włókien. W normalnych warnkach komora przepływowa nie wymaga czyszczenia. 6 Trzymać komorę przepływową za pnkty chwyt, z etykietą skierowaną k górze. 7 Umieścić komorę przepływową w gnieździe z przod kasety. Słyszalne kliknięcie wskazje, że komora przepływowa jest na swoim miejsc. Po prawidłowym załadowani chwyt będzie wystawał z kasety, a szkło będzie widoczne w oknie dostęp. A B Ładowanie komory przepływowej Załadowana komora przepływowa 8 Ztylizować opakowanie wedłg poniższych instrkcji. a b c Wyjąć kasetkę z foliowego opakowania. Usnąć środek sszący z kasetki. Poddać kasetkę recyklingowi, a foliowe opakowanie i środek sszący wyrzcić. 24

29 9 Wykonać czynności zależnie od tryb przebieg: W trybie przebieg Local Rn Manager należy postępować wedłg instrkcji w części Konfigracja przebieg sekwencjonowania (tryb Local Rn Manager) na stronie 25. W ręcznym trybie przebieg należy postępować wedłg instrkcji w części Konfigracja przebieg sekwencjonowania (tryb ręczny) na stronie 28. Konfigracja przebieg sekwencjonowania (tryb Local Rn Manager) 1 Na ekranie głównym wybrać opcję Seqence (Sekwencjonowanie). Oprogramowanie spowodje otwarcie drzwiczek pod kątem oraz wysnięcie tacy i zapoczątkje wyświetlanie ciąg ekranów konfigracji przebieg. 2 (Opcjonalnie) Wybrać opcję Help (Pomoc), aby zapoznać się z poleceniem wyświetlanym na ekranie. Polecenia te są dostępne na każdym ekranie konfigracji przebieg i zawierają dodatkowe wskazówki. Ładowanie kasety do aparat 1 Upewnić się, że kaseta jest rozmrożona i zawiera komorę przepływową oraz rozcieńczoną bibliotekę. 2 Umieścić kasetę na tacce w taki sposób, aby okno dostęp było skierowane k górze, a komora przepływowa znajdowała się wewnątrz aparat. Nie wolno wciskać kasety ani tacki do aparat. 3 Wybrać opcję Close Door (Zamknij drzwiczki), aby wycofać kasetę i zamknąć drzwiczki. Po lewej stronie ekran zostanie wyświetlony panel z danymi zeskanowanych materiałów eksploatacyjnych. Podczas skanowania można kontynować konfigrację przebieg. Logowanie na platformę BaseSpace Seqence Hb Ekran platformy BaseSpace Seqence Hb jest wyświetlany, gdy w systemie skonfigrowano fnkcję monitorowania przebieg lb jego monitorowania i zapis. 1 Aby odłączyć bieżący przebieg od aplikacji BaseSpace Seqence Hb, wybrać opcję Skip BaseSpace Seqence Hb Sign In (Pomiń logowanie do platformy BaseSpace Seqence Hb). Dane dotyczące działania aparat nadal są wysyłane do firmy Illmina. 2 Aby zmienić stats połączenia z platformą BaseSpace Seqence Hb na czas bieżącego przebieg, wybrać opcję konfigracji: Rn Monitoring Only (Tylko monitorowanie przebieg) wysyłanie na platformę BaseSpace Seqence Hb wyłącznie plików InterOp w cel możliwienia zdalnego monitorowania. 25

30 Rn Monitoring and Storage (Monitorowanie i zapis przebieg) wysyłanie danych przebieg na platformę BaseSpace Seqence Hb w cel możliwiania zdalnego monitorowania i analizy. Ta opcja wymaga arksza próbek. 3 Wprowadzić adres oraz hasło dostępowe platformy BaseSpace Seqence Hb, a następnie wybrać opcję Sign In (Zalogj). 4 Jeśli zostanie wyświetlona lista Available Workgrops (Dostępne grpy robocze), wybrać grpę roboczą, do której mają zostać wczytane dane przebieg. Lista ta pojawia się, jeśli żytkownik należy do kilk grp roboczych. 5 Wybrać opcję Rn Setp (Konfigracja przebieg). Wybór przebieg 1 Po wyświetleni ekran Local Rn Manager Log In (Logowanie do oprogramowania Local Rn Manager) wprowadzić nazwę żytkownika i hasło, a następnie wybrać opcję Log In (Zalogj). Ten ekran jest wyświetlany w przypadk, gdy dla aplikacji Local Rn Manager skonfigrowano wymóg logowania. Domyślnie logowanie nie jest wymagane. 2 Wybrać przebieg z listy Rn Name (Nazwa przebieg), na której są widoczne przebiegi skonfigrowane w aplikacji Local Rn Manager. Aby zaktalizować listę, wybrać opcję Refresh (Odśwież). Aby skonfigrować przebieg w aplikacji Local Rn Manager, zapoznać się z instrkcjami wykonywania procedr dla żytkowanego modł. 3 (Opcjonalnie) Dokonać edycji parametrów w sposób podany poniżej. a b c d e Wybrać przycisk Edit (Edytj). Aby zmienić parametr Read Type (Typ odczyt), wybrać opcję Single Read (Pojedynczy odczyt) lb Paired End (Sparowane końce). Aby zmienić parametr Read Cycle (Cykl odczyt), wprowadzić wartość z przedział dla liczby cykli w fazie Read 1 (Odczyt 1) i Read 2 (Odczyt 2). Zobacz część Liczba cykli w odczycie. Wybrać opcję Browse (Przeglądaj), aby wyszkać lokalizację folder wyjściowego dla bieżącego przebieg. Wybrać opcję Save (Zapisz), aby zaktalizować przebieg. Przebieg zostanie zaktalizowany zarówno w oprogramowani Oprogramowanie sterjące iseq, jak i aplikacji Local Rn Manager. Wybrana lokalizacja folder wyjściowego zastąpi lokalizację domyślną wyłącznie dla bieżącego przebieg. 4 Wybrać opcję Start Rn (Rozpocznij przebieg), aby rozpocząć wstępny test kontrolny. Liczba cykli w odczycie Wprowadzenie liczby cykli z przedział od 26 (minimm) do 151 (maksimm) dla każdego odczyt pomaga w trzymani jakości danych. Dokładna liczba cykli zależy od badania. Minimalna i maksymalna liczba cykli względniają dodatkowy cykl. Do żądanej dłgości odczyt należy zawsze dodać jeden cykl w cel skorygowania efektów fazowania i fazowania wyprzedzającego. Dłgość odczyt to liczba cykli sekwencjonowania w odczycie 1 i odczycie 2, co nie obejmje cykli dodatkowych ani cykli indeksowania. Przykładowa konfigracja przebieg: Przy dłgości odczyt 36 (pojedynczy odczyt) wprowadzić wartość 37 w pol Read 1 (Odczyt 1). 26

31 W przypadk dłgości odczyt 150 na odczyt (sekwencjonowanie w trybie sparowanych końców) wprowadzić wartość 151 w pol Read 1 (Odczyt 1) oraz wartość 151 w pol Read 2 (Odczyt 2). Przegląd wyników wstępnych testów kontrolnych Wstępne testy kontrolne obejmją kontrolę aparat i kontrolę przepływ. Kontrola przepływ polega na przebici membrany kasety i przepływie odczynnika przez komorę przepływową, w związk z czym po rozpoczęci kontroli przepływ nie ma jż możliwości ponownego życia materiałów eksploatacyjnych. Kontrola przepływ następje po kontroli aparat. Podczas kontroli wyświetlany jest animowany pasek postęp. 1 Poczekać około 15 mint na zakończenie wstępnych testów kontrolnych. Przebieg rozpocznie się atomatycznie po pomyślnym ich zakończeni. PRZESTROGA Otwarcie drzwiczek podczas wstępnych testów kontrolnych lb przebieg może sktkować niepowodzeniem przebieg. 2 W przypadk wystąpienia błęd podczas kontroli aparat wybrać opcję Retry (Ponów próbę), aby ponownie wykonać test kontrolny. Informacje na temat rozwiązywania powtarzających się błędów zawiera część Uswanie komnikatów o błędach na stronie 40. Kontrola postęp przebieg 1 Kontrolować postęp i dane przebieg w momencie ich wyświetlania na ekranie Seqencing (Sekwencjonowanie). Estimated rn completion (Szacowane zakończenie przebieg) przybliżona data i godzina zakończenia przebieg. %Q30 Read 1 (%Q30 odczyt 1) odsetek rozpoznań nkleotydów w odczycie 1 z wynikiem jakościowym Q-score 30. %Q30 Read 2 (%Q30 odczyt 2) odsetek rozpoznań nkleotydów w odczycie 2 z wynikiem jakościowym Q-score 30. Projected Total Yield (Prognozowany zysk całkowity) oczekiwana liczba nkleotydów rozpoznanych podczas przebieg. Dane Q30 i zysk pojawiają się po cykl Aby monitorować konkretne procesy przebieg, wybrać men programowania sterjącego, a następnie wybrać opcję Process Management (Zarządzanie procesem). Wyładowanie materiałów eksploatacyjnych 1 Po zakończeni sekwencjonowania wybrać opcję Eject Cartridge (Wysń kasetę). Oprogramowanie wysnie zżytą kasetę z aparat. 2 Wyjąć kasetę z tacy. 3 Wyjąć komorę przepływową z kasety. 4 Ztylizować komorę przepływową, która zawiera elementy elektroniczne, zgodnie z odpowiednimi normami obowiązjącymi w regionie. 5 Ztylizować kasetę, która zawiera zżyte odczynniki, zgodnie z odpowiednimi normami obowiązjącymi w regionie. 27

32 OSTRZEŻENIE Ten zestaw odczynników zawiera potencjalnie niebezpieczne sbstancje chemiczne. Wdychanie, połknięcie, kontakt ze skórą i oczami może powodować szczerbek na zdrowi. Należy nosić wyposażenie ochronne, w tym ochronę ocz, rękawiczki oraz fartch laboratoryjny odpowiednie do ryzyka narażenia. Zżyte odczynniki należy traktować jako odpady chemiczne i tylizować je zgodnie z odpowiednimi przepisami regionalnymi, krajowymi i lokalnymi. Dodatkowe informacje dotyczące ochrony środowiska, zdrowia i bezpieczeństwa zawiera karta charakterystyki dostępna na stronie internetowej spport.illmina.com/sds.html. 6 Wybrać opcję Close Door (Zamknij drzwiczki), aby powrócić do ekran głównego. Oprogramowanie atomatycznie ponownie załadje tacę, a czjniki potwierdzą snięcie kasety. UWAGA Mycie aparat po zakończeni przebieg nie jest wymagane, ponieważ elementy kład przepływowego są swane wraz z kasetą. Konfigracja przebieg sekwencjonowania (tryb ręczny) 1 Na ekranie głównym wybrać opcję Seqence (Sekwencjonowanie). Oprogramowanie spowodje otwarcie drzwiczek pod kątem oraz wysnięcie tacy i zapoczątkje wyświetlanie ciąg ekranów konfigracji przebieg. 2 (Opcjonalnie) Wybrać opcję Help (Pomoc), aby zapoznać się z poleceniem wyświetlanym na ekranie. Polecenia te są dostępne na każdym ekranie konfigracji przebieg i zawierają dodatkowe wskazówki. Ładowanie kasety do aparat 1 Upewnić się, że kaseta jest rozmrożona i zawiera komorę przepływową oraz rozcieńczoną bibliotekę. 2 Umieścić kasetę na tacce w taki sposób, aby okno dostęp było skierowane k górze, a komora przepływowa znajdowała się wewnątrz aparat. Nie wolno wciskać kasety ani tacki do aparat. 3 Wybrać opcję Close Door (Zamknij drzwiczki), aby wycofać kasetę i zamknąć drzwiczki. Po lewej stronie ekran zostanie wyświetlony panel z danymi zeskanowanych materiałów eksploatacyjnych. Podczas skanowania można kontynować konfigrację przebieg. Logowanie na platformę BaseSpace Seqence Hb Ekran platformy BaseSpace Seqence Hb jest wyświetlany, gdy w systemie skonfigrowano fnkcję monitorowania przebieg lb jego monitorowania i zapis. 28

33 1 Aby odłączyć bieżący przebieg od aplikacji BaseSpace Seqence Hb, wybrać opcję Skip BaseSpace Seqence Hb Sign In (Pomiń logowanie do platformy BaseSpace Seqence Hb). Dane dotyczące działania aparat nadal są wysyłane do firmy Illmina. 2 Aby zmienić stats połączenia z platformą BaseSpace Seqence Hb na czas bieżącego przebieg, wybrać opcję konfigracji: Rn Monitoring Only (Tylko monitorowanie przebieg) wysyłanie na platformę BaseSpace Seqence Hb wyłącznie plików InterOp w cel możliwienia zdalnego monitorowania. Rn Monitoring and Storage (Monitorowanie i zapis przebieg) wysyłanie danych przebieg na platformę BaseSpace Seqence Hb w cel możliwiania zdalnego monitorowania i analizy. Ta opcja wymaga arksza próbek. 3 Wprowadzić adres oraz hasło dostępowe platformy BaseSpace Seqence Hb, a następnie wybrać opcję Sign In (Zalogj). 4 Jeśli zostanie wyświetlona lista Available Workgrops (Dostępne grpy robocze), wybrać grpę roboczą, do której mają zostać wczytane dane przebieg. Lista ta pojawia się, jeśli żytkownik należy do kilk grp roboczych. 5 Wybrać opcję Rn Setp (Konfigracja przebieg). Wprowadzanie parametrów przebieg 1 W pol Rn Name (Nazwa przebieg) wprowadzić nikalną nazwę zgodnie z preferencjami w cel zidentyfikowania bieżącego przebieg. Nazwa przebieg może zawierać znaki alfanmeryczne, myślniki i podkreślniki. 2 Dla stawienia Read Type (Typ odczyt) wybrać liczbę odczytów sekwencjonowania do przeprowadzenia: Single Read (Pojedynczy odczyt) przeprowadzenie jednego odczyt, co jest prostszą i szybszą opcją. Paired End (Sparowane końce) przeprowadzenie dwóch odczytów, co generje dane o wyższej jakości i możliwia dokładniejsze dopasowanie. 3 Dla stawienia Read Cycle (Cykl odczyt) wprowadzić liczbę cykli wykonywanych przy każdym odczycie. Read 1 (Odczyt 1) wprowadzić wartość cykli. Index 1 (Indeks 1) wprowadzić wartość maksymalnie do 8 cykli dla startera Index 1 (i7) (Indeks 1 (i7)). Index 2 (Indeks 2) wprowadzić wartość maksymalnie do 8 cykli dla startera Index 2 (i5) (Indeks 2 (i5)). Read 2 (Odczyt 2) wprowadzić wartość cykli (zwykle ta sama wartość, co w stawieni Read 1 (Odczyt 1)). Więcej informacji zawiera część Liczba cykli w odczycie. 4 Aby wybrać lokalizację folder wyjściowego dla bieżącego przebieg lb arksza próbek, rozwinąć obszar Advanced (Zaawansowane). Wprowadzić lokalizację w pol Otpt Folder (Folder wyjściowy) lb wybrać opcję Browse (Przeglądaj), aby przejść do lokalizacji. Wybrana lokalizacja zastąpi domyślną lokalizację wyłącznie dla bieżącego przebieg. Wprowadzić lokalizację w pol Sample Sheet (Arksz próbek) lb wybrać opcję Browse (Przeglądaj), aby przejść do lokalizacji. Arkszowi próbek należy nadać nazwę SampleSheet.csv. 5 Wybrać opcję Pre-Rn Check (Kontrola przed przebiegiem), aby rozpocząć wstępny test kontrolny. 29

34 Liczba cykli w odczycie Wprowadzenie liczby cykli z przedział od 26 (minimm) do 151 (maksimm) dla każdego odczyt pomaga w trzymani jakości danych. Dokładna liczba cykli zależy od badania. Minimalna i maksymalna liczba cykli względniają dodatkowy cykl. Do żądanej dłgości odczyt należy zawsze dodać jeden cykl w cel skorygowania efektów fazowania i fazowania wyprzedzającego. Dłgość odczyt to liczba cykli sekwencjonowania w odczycie 1 i odczycie 2, co nie obejmje cykli dodatkowych ani cykli indeksowania. Przykładowa konfigracja przebieg: Przy dłgości odczyt 36 (pojedynczy odczyt) wprowadzić wartość 37 w pol Read 1 (Odczyt 1). W przypadk dłgości odczyt 150 na odczyt (sekwencjonowanie w trybie sparowanych końców) wprowadzić wartość 151 w pol Read 1 (Odczyt 1) oraz wartość 151 w pol Read 2 (Odczyt 2). Przegląd wyników wstępnych testów kontrolnych Wstępne testy kontrolne obejmją kontrolę aparat i kontrolę przepływ. Kontrola przepływ polega na przebici membrany kasety i przepływie odczynnika przez komorę przepływową, w związk z czym po rozpoczęci kontroli przepływ nie ma jż możliwości ponownego życia materiałów eksploatacyjnych. Kontrola przepływ następje po kontroli aparat. Podczas kontroli wyświetlany jest animowany pasek postęp. 1 Poczekać około 15 mint na zakończenie wstępnych testów kontrolnych. Przebieg rozpocznie się atomatycznie po pomyślnym ich zakończeni. PRZESTROGA Otwarcie drzwiczek podczas wstępnych testów kontrolnych lb przebieg może sktkować niepowodzeniem przebieg. 2 W przypadk wystąpienia błęd podczas kontroli aparat wybrać opcję Retry (Ponów próbę), aby ponownie wykonać test kontrolny. Informacje na temat rozwiązywania powtarzających się błędów zawiera część Uswanie komnikatów o błędach na stronie 40. Kontrola postęp przebieg 1 Kontrolować postęp i dane przebieg w momencie ich wyświetlania na ekranie Seqencing (Sekwencjonowanie). Estimated rn completion (Szacowane zakończenie przebieg) przybliżona data i godzina zakończenia przebieg. %Q30 Read 1 (%Q30 odczyt 1) odsetek rozpoznań nkleotydów w odczycie 1 z wynikiem jakościowym Q-score 30. %Q30 Read 2 (%Q30 odczyt 2) odsetek rozpoznań nkleotydów w odczycie 2 z wynikiem jakościowym Q-score 30. Projected Total Yield (Prognozowany zysk całkowity) oczekiwana liczba nkleotydów rozpoznanych podczas przebieg. Dane Q30 i zysk pojawiają się po cykl Aby monitorować konkretne procesy przebieg, wybrać men programowania sterjącego, a następnie wybrać opcję Process Management (Zarządzanie procesem). 30

35 Wyładowanie materiałów eksploatacyjnych 1 Po zakończeni sekwencjonowania wybrać opcję Eject Cartridge (Wysń kasetę). Oprogramowanie wysnie zżytą kasetę z aparat. 2 Wyjąć kasetę z tacy. 3 Wyjąć komorę przepływową z kasety. 4 Ztylizować komorę przepływową, która zawiera elementy elektroniczne, zgodnie z odpowiednimi normami obowiązjącymi w regionie. 5 Ztylizować kasetę, która zawiera zżyte odczynniki, zgodnie z odpowiednimi normami obowiązjącymi w regionie. OSTRZEŻENIE Ten zestaw odczynników zawiera potencjalnie niebezpieczne sbstancje chemiczne. Wdychanie, połknięcie, kontakt ze skórą i oczami może powodować szczerbek na zdrowi. Należy nosić wyposażenie ochronne, w tym ochronę ocz, rękawiczki oraz fartch laboratoryjny odpowiednie do ryzyka narażenia. Zżyte odczynniki należy traktować jako odpady chemiczne i tylizować je zgodnie z odpowiednimi przepisami regionalnymi, krajowymi i lokalnymi. Dodatkowe informacje dotyczące ochrony środowiska, zdrowia i bezpieczeństwa zawiera karta charakterystyki dostępna na stronie internetowej spport.illmina.com/sds.html. 6 Wybrać opcję Close Door (Zamknij drzwiczki), aby powrócić do ekran głównego. Oprogramowanie atomatycznie ponownie załadje tacę, a czjniki potwierdzą snięcie kasety. UWAGA Mycie aparat po zakończeni przebieg nie jest wymagane, ponieważ elementy kład przepływowego są swane wraz z kasetą. 31

36 Rozdział 4 Konserwacja Konserwacja zapobiegawcza 32 Zwalnianie miejsca na dysk twardym 32 Aktalizacje oprogramowania 32 Wymiana filtra powietrza 34 Zmiana lokalizacji aparat 36 Zasady ograniczeń oprogramowania 37 Konserwacja zapobiegawcza Firma Illmina zaleca coroczne zaplanowanie konserwacji zapobiegawczej. Użytkownicy nieposiadający mowy serwisowej powinni skontaktować się z regionalnym menedżerem ds. obsłgi klientów lb działem pomocy technicznej firmy Illmina, aby zaplanować płatną słgę konserwacji zapobiegawczej. Zwalnianie miejsca na dysk twardym Każdy przebieg wymaga około 1,5 Gb miejsca. Gdy na dysk twardym jest mało miejsca, należy wykonać poniższe czynności, aby snąć zakończone przebiegi i zwolnić miejsce. 1 W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję Process Management (Zarządzanie procesem). Wyświetlony zostanie ekran Process Management (Zarządzanie procesem) z listą przebiegów zapisanych na dysk twardym. 2 Dla przebieg, który ma zostać snięty, wybrać opcję Delete (Usń). Usnięcie przebieg spowodje snięcie folder przebieg. Folder wyjściowy, który jest kopią folder przebieg, zostanie zachowany. 3 W oknie dialogowym wybrać opcję Yes (Tak), aby potwierdzić snięcie przebieg. 4 Powtórzyć czynności 2 i 3 dla każdego przebieg, który ma zostać snięty. 5 Po zakończeni wybrać opcję Done (Gotowe), aby zamknąć opcję Process Management (Zarządzanie procesem) i powrócić do ekran głównego. Aktalizacje oprogramowania Oprogramowanie należy aktalizować w cel zapewnienia, że w systemie są dostępne najnowsze fnkcje i poprawki. Aktalizacje oprogramowania są dostępne w pakietach o nazwie System Site zawierających następjące składniki oprogramowania: Oprogramowanie sterjące iseq Protokoły system System iseq 100 Analiza w czasie rzeczywistym Local Rn Manager Universal Copy Service System zostaje skonfigrowany do atomatycznego lb ręcznego instalowania aktalizacji oprogramowania: Atomatic pdates (Aktalizacje atomatyczne) aktalizacje są atomatycznie pobierane z platformy BaseSpace Seqence Hb, a następnie instalowane przez żytkownika. Ta opcja wymaga połączenia z siecią, ale nie wymaga konta BaseSpace Seqence Hb. 32

37 Manal pdates (Aktalizacje ręczne) instalator oprogramowania System Site jest pobierany z sieci, zapisywany na rządzeni sieciowym lb przenośnym, a następnie instalowany z poziom lokalizacji, w której został zapisany. UWAGA Wraz z instalatorem System Site na stronie pomocy technicznej są dostępne wagi do wersji. W razie potrzeby należy zaktalizować modły aplikacji Local Rn Manager. Więcej informacji na temat pobierania oprogramowania można znaleźć na stronach pomocy technicznej aplikacji Local Rn Manager. Instalacja atomatycznej aktalizacji oprogramowania Jeśli w systemie skonfigrowano atomatyczne aktalizacje oprogramowania, gdy dostępna będzie aktalizacja, poniżej men oprogramowania sterjącego pojawi się powiadomienie. Można także sprawdzić dostępność aktalizacji w oknie dialogowym Software Update (Aktalizacja oprogramowania). 1 Wybrać men oprogramowania sterjącego, a następnie wybrać opcję Software Update (Aktalizacja oprogramowania). 2 Aby sprawdzić dostępność aktalizacji, wybrać w oknie dialogowym Software Update (Aktalizacja oprogramowania) jedną z następjących opcji: Check for Update (Sprawdź dostępność aktalizacji) sprawdzenie dostępności aktalizacji. Atocheck for Updates (Atomatycznie sprawdzaj dostępność aktalizacji) sprawdzenie dostępności aktalizacji i ponowne skonfigrowanie system tak, aby atomatycznie sprawdzał dostępność aktalizacji. 3 Gdy nowa wersja oprogramowania jest dostępna, wybrać opcję Update (Aktalizj). Oprogramowanie sterjące zostanie zamknięte i zostanie wyświetlony kreator instalacji. 4 W kreatorze instalacji wybrać opcję Install (Zainstalj). 5 Wybierać opcję Next (Dalej) przy każdym monicie, a następnie wybrać opcję Finish (Zakończ). Oprogramowanie sterjące zostanie atomatycznie rchomione ponownie. W przypadk aktalizacji oprogramowania sprzętowego proces aktalizacji przebiega atomatycznie po ponownym rchomieni aparat. UWAGA Anlowanie aktalizacji przed zakończeniem instalacji powodje zatrzymanie proces aktalizacji w bieżącym momencie. Wszelkie zmiany wprowadzone do moment anlowania proces nie są odinstalowywane ani nie jest przywracana poprzednia wersja. Ręczna instalacja aktalizacji oprogramowania 1 Gdy dostępna jest aktalizacja oprogramowania, pobrać instalator oprogramowania ze strony pomocy technicznej Sekwenator iseq 100 na stronie internetowej Illmina. Zapisać instalator na przenośnej pamięci USB lb w folderze C:\Illmina. 2 W przypadk zapisania instalatora na pamięci USB: a b Podłączyć pamięć do port USB z tył aparat. Skopiować instalator do folder C:\Illmina. 3 Wybrać opcję Exit Application (Zamknij aplikację), aby zamknąć oprogramowanie sterjące. 4 Przejść do folder C:\ Illmina i otworzyć plik iseqsiteinstaller.exe. 33

38 5 W kreatorze instalacji wybrać opcję Install (Zainstalj). 6 Wybierać opcję Next (Dalej) przy każdym monicie, a następnie wybrać opcję Finish (Zakończ). Oprogramowanie sterjące zostanie atomatycznie rchomione ponownie. W przypadk aktalizacji oprogramowania sprzętowego proces aktalizacji przebiega atomatycznie po ponownym rchomieni aparat. UWAGA Anlowanie aktalizacji przed zakończeniem instalacji powodje zatrzymanie proces aktalizacji w bieżącym momencie. Wszelkie zmiany wprowadzone do moment anlowania proces nie są odinstalowywane ani nie jest przywracana poprzednia wersja. Wymiana filtra powietrza Co 6 miesięcy od rozpoczęcia pierwszej konfigracji w oprogramowani jest wyświetlany monit o wymianę filtra powietrza. Aby wymienić filtr powietrza po pływie termin ważności, należy postępować zgodnie z poniższymi instrkcjami. Filtr powietrza jest elementem jednorazowego żytk wykonanym z kawałka pianki, który osłania dwa wentylatory z tył aparat. Zapewnia on prawidłowe chłodzenie i zapobiega przedostawani się zanieczyszczeń do wnętrza system. Aparat jest dostarczany z jednym zainstalowanym filtrem powietrza i jednym filtrem zapasowym. Dodatkowe części zamienne są dostępne w ramach gwarancji. Można je również zakpić od firmy Illmina. 1 Ustawić aparat w taki sposób, aby zapewnić łatwy dostęp do panel tylnego. 2 Z tył aparat nacisnąć prawą stronę panel górnego w sposób przedstawiony na poniższej ilstracji w cel zwolnienia panel. 3 Wyjąć panel z aparat. 34

39 4 Wyjąć piankowy filtr powietrza znajdjący się w środkowej części panel i wyrzcić go. 5 Umieścić nowy filtr powietrza w panel, a następnie docisnąć go w cel zabezpieczenia. 6 Umieścić dwa haczyki panel w otworach w aparacie, a następnie docisnąć panel na miejsce. 7 Ustawić aparat we wcześniejszym miejsc. 8 Wybrać opcję Filter Changed (Filtr wymieniony), aby kontynować. 35

40 Zmiana lokalizacji aparat W cel bezpiecznego przeniesienia aparat w inne miejsce należy postępować zgodnie z poniższymi instrkcjami. Należy pewnić się, że nowa lokalizacja spełnia wymagania, które określa dokment Przewodnik dotyczący przygotowania miejsca instalacji sekwenatora iseq 100 (nr dokment: ). W przypadk zwrot aparat należy pominąć tę część i przejść do części Zaawansowana wymiana na stronie W men wybrać opcję Sht Down System (Wyłącz system). 2 Jeśli system się nie wyłączy, przytrzymać przycisk zasilania po lewej stronie aparat do moment, aż kontrolki zgasną. 3 Gdy przycisk zasilania zacznie migać, wcisnąć przełącznik zasilania na panel tylnym po stronie oznaczenia (Ο). Rysnek 9 Lokalizacja przełącznika 4 Odłączyć przewód zasilający od gniazda ściennego, a następnie od gniazda zasilania prądem przemiennym na panel tylnym. 5 Jeśli ma to zastosowanie w danej instalacji, odłączyć kabel Ethernet od gniazda ściennego, a następnie od gniazda Ethernet na panel tylnym. 6 Obniżyć monitor. 7 Przenieść aparat do żądanej lokalizacji. Aparat waży 15,9 kg (35 fntów) i wymaga podnoszenia przez dwie osoby. 8 Unieść monitor. 9 Jeśli aparat jest podłączony do sieci, podłączyć kabel Ethernet do gniazda Ethernet. 10 Podłączyć przewód zasilający do gniazda zasilania prądem przemiennym na panel tylnym, a następnie do gniazda ściennego. 11 Wcisnąć przełącznik zasilania po stronie oznaczenia (I). 12 Gdy przycisk zasilania zacznie migać, nacisnąć go. 36

41 Rysnek 10 Lokalizacja przycisk zasilania 13 Po załadowani system operacyjnego zalogować się do system Windows. Oprogramowanie sterjące zostanie rchomione i zainicjalizje pracę system. Po zakończeni inicjalizacji pojawi się ekran główny. Zasady ograniczeń oprogramowania Zasady ograniczeń oprogramowania (ang. Software Restriction Policies, SRP) system Windows w oparci o regły zezwalają na rchamianie w systemie wyłącznie określonego oprogramowania. W przypadk system System iseq 100 zasady SRP są oparte na certyfikatach, nazwach i rozszerzeniach plików lb katalogach. Zasady SRP są domyślnie włączone, aby zapobiec rchamiani niepożądanego oprogramowania na kompterze sterjącym. Pracownik dział IT lb administrator system może dodawać bądź swać zasady w cel dostosowania poziom zabezpieczeń. Jeśli system jest dodany do domeny, lokalny obiekt zasad grpy (GPO) może atomatycznie zmodyfikować zasady SRP i wyłączyć je. Dopszczalne regły SRP Na sekwenatorze Sekwenator iseq 100 SRP domyślnie dopszcza następjące regły. Certyfikaty Certyfikat aplikacji iseq Pliki wykonywalne Portmon.exe Procmon.exe Procmon64.exe Tcpview.exe Rozszerzenia plików *.cfg *.lnk *.png *.tif *.txt *.xml 37

42 Foldery %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CrrentVersion\ProgramFilesDir% %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CrrentVersion\SystemRoot% C:\CrashDmps\* C:\Illmina Maintenance Logs\* C:\Illmina Manfactring Test Reslts\* C:\Illmina\* C:\Program Files (x86)\chromim\application\* C:\Program Files (x86)\illmina\* C:\Program Files (x86)\internet Explorer\* C:\Program Files\Illmina\* C:\Program Files\Internet Explorer\* C:\Program Files\Jenoptik\* C:\Program Files\Ophir Optronics\* C:\ProgramData\Illmina\* C:\ProgramData\Package Cache\* C:\ProgramData\webex\* C:\Users\*\AppData\Local\GoToAssist Corporate\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\Citrix\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\CitrixLogs\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\LogMeIn\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\LogMeInLogs\* D:\Recovery\* GoToAssist Corporate Opener*.exe Trnover to cstomer.bat Dodawanie i swanie regł SRP Należy dodawać i swać regły SRP w cel dostosowania bezpieczeństwa system. Modyfikowanie regł wymaga tymczasowego wyłączenia SRP. PRZESTROGA Wyłączenie SRP powodje nadpisanie zabezpieczeń domyślnych. 1 Zalogować się do system operacyjnego za pomocą konta administratora. Konto administratora ma prawnienia niezbędne do modyfikacji regł SRP. 2 Wyłączyć SRP: a b c Przejść do folder C:\Illmina\Secrity. Kliknąć dwkrotnie plik Disable.reg. Wybrać opcję Yes (Tak), aby potwierdzić zmiany. UWAGA Gdy żywany jest interfejs ekran dotykowego, dotknięcie i przytrzymanie przez około dwie sekndy odpowiada kliknięci prawym przyciskiem myszy. 3 Wybrać men Start, a następnie wybrać pozycję Rn (Urchom). 4 W pol Open (Otwórz) wprowadzić secpol.msc. 5 W oknie dialogowym Local Secrity Policy (Zasady zabezpieczeń lokalnych) rozwinąć listę Software Restriction Policies (Zasady ograniczeń oprogramowania), a następnie wybrać opcję Additional Rles (Regły dodatkowe). 38

43 6 Aby dodać regłę: a b c d e W men Action (Akcja) wybrać opcję New Path Rle (Nowa regła ścieżki). W pol Path (Ścieżka) wprowadzić certyfikat, nazwę plik, rozszerzenie plik, a także dostępniany katalog. Na liście Secrity level (Poziom zabezpieczeń) wybrać opcję Unrestricted (Bez ograniczeń). (Opcjonalnie) W pol Description (Opis) wprowadzić powód tworzenia regły. Wybrać opcję OK, aby dodać regłę. 7 Aby snąć regłę: a b Wybrać regłę, która ma zostać snięta, a następnie wybrać opcję Delete (Usń). Wybrać opcję Yes (Tak), aby potwierdzić snięcie. 8 Zamknąć okno dialogowe Local Secrity Policy (Zasady zabezpieczeń lokalnych). 9 Natychmiast z powrotem włączyć SRP: a b Przejść do folder C:\Illmina\Secrity. Kliknąć dwkrotnie plik Enable.reg. 10 Jeśli regły SRP zostały zmodyfikowane po raz pierwszy, wylogować się, a następnie zalogować się ponownie, aby regły zostały wprowadzone. 39

44 Dodatek A Rozwiązywanie problemów Uswanie komnikatów o błędach Anlowanie przebieg Wyłączenie i ponowne włączenie aparat Przeprowadzanie kontroli system Ograniczanie wyciek Przebieg rozwiązywania problemów kontroli PhiX Przywracanie stawień fabrycznych Uswanie komnikatów o błędach Poniższy schemat przedstawia etapy proces swania komnikatów o błędach, które pojawiły się podczas konfigracji przebieg, wstępnych testów kontrolnych lb sekwencjonowania, a których nie dało się snąć przez ponowienie czynności. Niniejszy dodatek zawiera szczegółowe instrkcje dla każdego etap. Wiele błędów można rozwiązać przez wyłączenie i ponowne włączenie aparat. Inne błędy wymagają przeprowadzenia kontroli system w cel zidentyfikowania i rozwiązania problem. Rysnek 11 Schemat postępowania z komnikatami o błędach 40

45 Stats zarządzania procesem Aby rozwiązać problem związany ze statsem na ekranie Process Management (Zarządzanie procesem): Jeśli przebieg jest w tok, zamknąć ekran Process Management (Zarządzanie procesem), odczekać około 5 mint, a następnie ponownie otworzyć ekran. Jeśli przebieg nie jest w tok, wyłączyć i ponownie włączyć aparat, a następnie ponownie otworzyć ekran Process Management (Zarządzanie procesem). Zobacz część Wyłączenie i ponowne włączenie aparat na stronie 41. Anlowanie przebieg 1 Wybrać opcję Cancel Rn (Anlj przebieg), aby zakończyć przebieg. UWAGA Zakończenie przebieg na sekwenatorze System iseq 100 jest ostateczne. Oprogramowanie nie ma opcji wznowienia przebieg. Po przeprowadzeni kontroli aparat w ramach wstępnych testów kontrolnych nie można ponownie żyć materiałów eksploatacyjnych. 2 W oknie dialogowym wybrać opcję Yes (Tak), aby otworzyć drzwiczki i wypchnąć kasetę. 3 Wyjąć kasetę z tacy. 4 Przechować lb ztylizować kasetę, w zależności od tego, kiedy nastąpiło anlowanie: W przypadk anlowania przed lb w trakcie kontroli aparat i gdy materiały eksploatacyjne mają zostać żyte ponownie, pozostawić komorę przepływową i bibliotekę w kasecie. Przechowywać kasetę w temperatrze od 2 C do 8 C przez maksymalnie trzy dni. W każdej innej sytacji ztylizować kasetę, komorę przepływową i bibliotekę zgodnie z odpowiednimi normami obowiązjącymi w regionie. 5 Wybrać opcję Close Door (Zamknij drzwiczki), aby ponownie załadować tacę i powrócić do ekran głównego. Czjniki potwierdzą wyjęcie kasety. Wyłączenie i ponowne włączenie aparat Wyłączenie i ponowne włączenie zasilania aparat pozwala w bezpieczny sposób wyłączyć i ponownie rchomić system w cel przywrócenia traconego połączenia, dopasować specyfikację lb rozwiązać problem związany z niepowodzeniem inicjalizacji. Oprogramowanie informje, gdy wyłączenie i ponowne włączenie zasilania może snąć błąd lb ostrzeżenie. 1 W men wybrać opcję Sht Down System (Wyłącz system). 2 Jeśli system się nie wyłączy, przytrzymać przycisk zasilania po lewej stronie aparat do moment, aż kontrolki zgasną. 3 Gdy przycisk zasilania zacznie migać, wcisnąć przełącznik zasilania na panel tylnym po stronie oznaczenia (Ο). 41

46 Rysnek 12 Lokalizacja przełącznika 4 Odczekać 30 seknd. Przycisk zasilania może po wyłączeni zasilania nadal migać. 5 Wcisnąć przełącznik zasilania po stronie oznaczenia (I). 6 Gdy przycisk zasilania zacznie migać, nacisnąć go. Rysnek 13 Lokalizacja przycisk zasilania 7 Po załadowani system operacyjnego zalogować się do system Windows. Oprogramowanie sterjące zostanie rchomione i zainicjalizje pracę system. Po zakończeni inicjalizacji pojawi się ekran główny. Przeprowadzanie kontroli system Kontrola system wykorzystje testową komorę przepływową wielokrotnego żytk oraz testową kasetę wielokrotnego żytk w cel snięcia błędów kontroli przed przebiegiem i rozwiązania innych problemów. Zwykłe działanie i konserwacja nie wymagają kontroli system. 42

47 1 W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję System Check (Kontrola system). Zostanie wyświetlone okno dialogowe System Check (Kontrola system) z zaznaczonymi testami mechanicznymi, termicznymi, optycznymi i testami czjników. 2 Wybrać opcję Unload (Wyładj), aby otworzyć przedział kasety i wysnąć tacę. 3 Wyjąć kasetę z tacy, jeśli się tam znajdje. 4 Wsnąć testową komorę przepływową wielokrotnego żytk do gniazda z przedniej strony kasety testowej wielokrotnego żytk. Słyszalne kliknięcie wskazje, że komora przepływowa jest na swoim miejsc. Po prawidłowym załadowani chwyt będzie wystawał z kasety, a szkło będzie widoczne w oknie dostęp. a b Ładowanie testowej komory przepływowej wielokrotnego żytk Załadowana testowa komora przepływowa wielokrotnego żytk 5 Umieścić kasetę na tacy, tak aby okno dostęp było skierowane k górze, a komora przepływowa znajdowała się wewnątrz aparat. 6 Wybrać opcję Load (Załadj), aby załadować testową kasetę wielokrotnego żytk i zamknąć drzwiczki. 7 Wybrać opcję Start (Rozpocznij), aby rozpocząć kontrolę system. Kontrola system trwa około 45 mint i sprawdzane są cztery podsystemy w cel potwierdzenia, że elementy są prawidłowo wyrównane i działają właściwie. UWAGA Podczas kontroli system oprogramowanie jeden raz wyswa i wswa kasetę. 8 Sprawdzić po zakończeni kontroli system, czy poszczególne testy zakończyły się powodzeniem czy niepowodzeniem. 43

48 Wynik Znaczenie Działanie Wszystkie testy zakończyły się powodzeniem. Co najmniej jeden test zakończył się niepowodzeniem. Aparat działa prawidłowo, a problem jest prawdopodobnie związany z materiałami eksploatacyjnymi lb biblioteką. W aparacie mógł wystąpić problem związany ze sprzętem. Skonfigrować nowy przebieg. Jeśli zachowano materiały eksploatacyjne z poprzedniego przebieg, należy wykorzystać je w nowym przebieg. Skontaktować się z działem pomocy technicznej firmy Illmina. 9 Zamknąć okno dialogowe System Check (Kontrola system). Ograniczanie wyciek W przypadk wykrycia słabego połączenia kład przepływowego, problem z kasetą czy wyciek podczas wstępnego test kontrolnego lb sekwencjonowania, oprogramowanie zakończy przebieg i wyświetlone zostanie powiadomienie. Po ocenie wyciek i wyczyszczeni aparat system potwierdzi, czy można kontynować zwykłe działanie. Tacka ociekowa podstawy aparat słży do zbierania płynów wyciekających z kasety. Wycieki płynów mogą jednak dotrzeć do innych części system. W normalnych warnkach tacka ociekowa jest scha. Ocena wyciek 1 Założyć nowe rękawiczki bez talk. OSTRZEŻENIE Ten zestaw odczynników zawiera potencjalnie niebezpieczne sbstancje chemiczne. Wdychanie, połknięcie, kontakt ze skórą i oczami może powodować szczerbek na zdrowi. Należy nosić wyposażenie ochronne, w tym ochronę ocz, rękawiczki oraz fartch laboratoryjny odpowiednie do ryzyka narażenia. Zżyte odczynniki należy traktować jako odpady chemiczne i tylizować je zgodnie z odpowiednimi przepisami regionalnymi, krajowymi i lokalnymi. Dodatkowe informacje dotyczące ochrony środowiska, zdrowia i bezpieczeństwa zawiera karta charakterystyki dostępna na stronie internetowej spport.illmina.com/sds.html. 2 Aby wypchnąć kasetę, należy postępować zgodnie z poleceniami wyświetlanymi na ekranie. 3 Sprawdzić, czy na kasecie nie ma widocznego płyn. Mała ilość płyn (< 500 µl) na szklanej powierzchni komory przepływowej jest dopszczalna. 4 Jeśli nie widać płyn (lb widać dopszczalną ilość płyn), przejść do części Czyszczenie aparat. Po czyszczeni kontrola system potwierdza zwykłe działanie. 5 Jeśli na komorze przepływowej, kasecie lb aparacie widać znaczną ilość płyn, wyłączyć i odłączyć system w podany poniżej sposób oraz skontaktować się z działem pomocy technicznej firmy Illmina. a b c d e W men wybrać opcję Sht Down System (Wyłącz system). Jeśli aparat nie zareagje na polecenie wyłączenia, nacisnąć i przytrzymać przycisk zasilania po lewej stronie aparat do moment, aż kontrolki zgasną. Gdy przycisk zasilania zacznie migać, wcisnąć przełącznik zasilania z tył aparat po stronie oznaczenia (Ο). Odczekać 30 seknd. Odłączyć przewód zasilający od gniazda ściennego, a następnie od gniazda zasilania prądem przemiennym na panel tylnym. 44

49 f Jeśli ma to zastosowanie w danej instalacji, odłączyć kabel Ethernet od gniazda ściennego, a następnie od gniazda Ethernet na panel tylnym. Czyszczenie aparat 1 Dla bezpieczeństwa wyłączyć i odłączyć aparat: a b c d e f W men wybrać opcję Sht Down System (Wyłącz system). Jeśli aparat nie zareagje na polecenie wyłączenia, nacisnąć i przytrzymać przycisk zasilania po lewej stronie aparat do moment, aż kontrolki zgasną. Gdy przycisk zasilania zacznie migać, wcisnąć przełącznik zasilania z tył aparat po stronie oznaczenia (Ο). Odczekać 30 seknd. Odłączyć przewód zasilający od gniazda ściennego, a następnie od gniazda zasilania prądem przemiennym na panel tylnym. Jeśli ma to zastosowanie w danej instalacji, odłączyć kabel Ethernet od gniazda ściennego, a następnie od gniazda Ethernet na panel tylnym. 2 Odszkać drzwiczki tacki ociekowej poniżej przedział kasety z przod aparat, a następnie obniżyć drzwiczki. 3 Otworzyć tackę ociekową i wyjąć podkładkę do tacki ociekowej. 45

50 4 Za pomocą ręczników papierowych zetrzeć z dna tacki wszelkie pozostałości płyn. 5 Ztylizować podkładkę i pozostałe materiały eksploatacyjne zgodnie z odpowiednimi normami obowiązjącymi w danym regionie. Więcej informacji zawiera karta charakterystyki (ang. Safety Data Sheet, SDS) dostępna pod adresem spport.illmina.com/sds.html. 6 Umieścić nową podkładkę na tacce ociekowej. 7 Zamknąć tackę ociekową, a następnie zamknąć jej drzwiczki. 8 Za pomocą ręczników papierowych wytrzeć wszelki płyn widoczny na aparacie lb wokół niego. 9 Włączyć i ponownie podłączyć aparat w następjący sposób: a b c d e Jeśli ma to zastosowanie, podłączyć kabel Ethernet do gniazda Ethernet. Podłączyć przewód zasilający do gniazda zasilania prądem przemiennym na panel tylnym, a następnie do gniazda ściennego. Wcisnąć przełącznik zasilania na panel tylnym po stronie oznaczenia (I). Gdy przycisk zasilania zacznie migać, nacisnąć go. Po załadowani system operacyjnego zalogować się do system Windows. Oprogramowanie sterjące zostanie rchomione i zainicjalizje pracę system. Po zakończeni inicjalizacji pojawi się ekran główny. 10 Przeprowadzić kontrolę system, aby potwierdzić, czy system działa prawidłowo. Zakończenie kontroli system powodzeniem oznacza, że aparat może wznowić zwykłe działanie. Instrkcje znajdją się w części Przeprowadzanie kontroli system na stronie 42. Przebieg rozwiązywania problemów kontroli PhiX Podczas przebieg rozwiązywania problemów kontroli PhiX sekwencjonowane jest 100% kontroli PhiX, co pozwala na dostarczenie danych przydatnych w rozwiązywani problemów. Przebieg jest konfigrowany jako typowy przebieg sekwencjonowania i wykorzystje te same materiały eksploatacyjne. Jedyna różnica jest taka, że 60 pm kontroli PhiX zastępje bibliotekę. Rozmrażanie kasety w opakowani 1 Założyć nowe rękawiczki bez talk. 2 Wyjąć kasetę z miejsca przechowywania w temperatrze od 25 C do 15 C. 3 W razie potrzeby wyjąć kasetę z opakowania. Nie otwierać torebki foliowej. 4 Rozmrozić zapakowaną w torebkę kasetę, stosjąc jedną z poniżej opisanych metod. Po rozmrożeni nie zamrażać ponownie. Metoda Łaźnia wodna o temperatrze od 20 C do 25 C Łaźnia wodna o temperatrze od 15 C do 19 C Czas rozmrażania Czas stabilności Instrkcja 6 godzin Maks. 18 godzin Całkowicie zanrzyć kasetę skierowaną etykietą do góry i zastosować obciążnik, aby zapobiec jej wypłynięci. 8 godzin Maks. 18 godzin Całkowicie zanrzyć kasetę skierowaną etykietą do góry i zastosować obciążnik, aby zapobiec jej wypłynięci. 46

51 Metoda Chłodzenie w temperatrze od 2 C do 8 C Czas rozmrażania Czas stabilności Instrkcja 36 godzin Maks. 72 godziny Ustawić kasetę etykietą do góry. 5 Jeśli po kąpieli w łaźni wodnej kaseta jest mokra, wytrzeć ją papierowymi ręcznikami. Przygotowanie kontroli PhiX do sekwencjonowania Rozcieńczanie kontroli PhiX do stężenia 1 nm 1 Wyjąć zapas 10 nm kontroli PhiX i bfor RSB z miejsca przechowywania w temperatrze od 25 C do 15 C. Zamiast bfor RSB można żyć roztwor 10 mm Tris-HCl, ph 8,5. 2 Rozmrażać w temperatrze pokojowej przez 10 mint. 3 W cel przygotowania 20 µl 1 nm kontroli PhiX należy wymieszać w probówce do mikrowirówki podane poniżej objętości. 10 nm kontroli PhiX (2 µl) RSB (18 µl) 4 Krótko wymieszać mieszadłem wirowym, a następnie wirować z przyspieszeniem 280 g przez 1 mintę. 5 (Opcjonalnie)Kontrolę PhiX o stężeni 1 nm można przechowywać w temperatrze od 25 C do 15 C przez maksymalnie 1 miesiąc. Rozcieńczanie kontroli PhiX o stężeni 1 nm do stężenia ładowania 1 W cel przygotowania 100 µl 60 pm kontroli PhiX należy wymieszać w probówce do mikrowirówki podane poniżej objętości. 1 nm kontroli PhiX (6 µl) RSB (94 µl) 2 Krótko wymieszać mieszadłem wirowym, a następnie wirować z przyspieszeniem 280 g przez 1 mintę. 3 Odłożyć na lód 20 µl 60 pm kontroli PhiX do sekwencjonowania. Ładowanie materiałów eksploatacyjnych do kasety 1 Otworzyć torebkę kasety, rozrywając ją od miejsca nacięcia. 2 Wyjąć kasetę i wyrzcić torebkę. Nie należy dotykać okna dostęp w górnej części kasety. 3 Wymieszać odczynniki, odwracając kasetę pięciokrotnie. Podczas odwracania elementy wewnętrzne mogą grzechotać, co jest normalne. 4 Trzymając kasetę z etykietą skierowaną k górze, stknąć nią o blat lb inną twardą powierzchnię pięć razy, aby pozbyć się pęcherzyków. PRZESTROGA Pęcherzyki blokją pobieranie odczynnika i niemożliwiają realizację przebieg. Ostkanie zgodnie z instrkcją pozwoli snąć pęcherzyki i możliwi prawidłowe pobieranie. 47

52 Ładowanie kontroli PhiX 1 Za pomocą nowej końcówki pipety przebić zbiorniczek na bibliotekę i przycisnąć folię do krawędzi. 2 Wyrzcić końcówkę pipety. 3 Dodać 20 µl 60 pm kontroli PhiX na dno zbiorniczka. Nie dotykać folii. Ładowanie komory przepływowej 1 Wyjąć nową komorę przepływową z miejsca przechowywania w temperatrze od 2 C do 8 C. 2 Odłożyć nieotwarte opakowanie na mint w temperatrze pokojowej, aby zapobiec skraplani. 3 Otworzyć foliowe opakowanie, rozrywając je od miejsca nacięcia. Użyć w ciąg 24 godzin od otwarcia. 4 Wyjąć komorę przepływową z opakowania. Podczas posłgiwania się komorą przepływową należy dotykać wyłącznie plastik i omijać czjnik CMOS, szkło oraz szczelki z każdej strony szkła. 5 W przypadk przypadkowego dotknięcia czjnika CMOS lb szkła: a b c Oczyścić dotkniętą powierzchnię chsteczką nasączoną alkoholem. Osszyć niestrzępiącą się chsteczką laboratoryjną. Sprawdzić komorę przepływową pod kątem brak strzępków oraz włókien. W normalnych warnkach komora przepływowa nie wymaga czyszczenia. 6 Trzymać komorę przepływową za pnkty chwyt, z etykietą skierowaną k górze. 7 Umieścić komorę przepływową w gnieździe z przod kasety. Słyszalne kliknięcie wskazje, że komora przepływowa jest na swoim miejsc. Po prawidłowym załadowani chwyt będzie wystawał z kasety, a szkło będzie widoczne w oknie dostęp. 8 Ztylizować opakowanie wedłg poniższych instrkcji. a b c Wyjąć kasetkę z foliowego opakowania. Usnąć środek sszący z kasetki. Poddać kasetkę recyklingowi, a foliowe opakowanie i środek sszący wyrzcić. Konfigracja przebieg wyłącznie kontroli PhiX 1 Postępować zgodnie z instrkcjami konfigracji przebieg dotyczącymi skonfigrowanego tryb przebieg. Skonfigrować przebieg bez indeksowania. W trybie Local Rn Manager należy postępować wedłg instrkcji w części Konfigracja przebieg sekwencjonowania (tryb Local Rn Manager) na stronie 25. W przypadk tryb ręcznego należy postępować wedłg instrkcji w części Konfigracja przebieg sekwencjonowania (tryb ręczny) na stronie 28. Sekwencjonowanie kontroli PhiX w trybie Local Rn Manager zapewnia dodatkową korzyść w postaci test połączenia między aplikacjami Local Rn Manager i Oprogramowanie sterjące iseq. 48

53 Przywracanie stawień fabrycznych Przywracanie fabrycznych stawień domyślnych system przeprowadza się w cel zmiany wersji oprogramowania na niższą, cofnięcia niepożądanej konfigracji lb snięcia danych żytkownika przed zwrotem aparat do firmy Illmina. Przywrócenie stawień domyślnych system powodje odinstalowanie oprogramowania sterjącego i wyczyszczenie dysk C:\. 1 Urchomić ponownie system Windows. 2 Po wyświetleni monit o wybór system operacyjnego wybrać opcję Restore to Factory Settings (Przywróć stawienia fabryczne). Na ekranie na krótko pojawią się opcje systemów operacyjnych, po czym procedra będzie atomatycznie kontynowana z wykorzystaniem oprogramowania Oprogramowanie sterjące iseq. 3 Poczekać około 30 mint na zakończenie proces przywracania. Proces przywracania może obejmować kilka cykli ponownego rchamiania. Po zakończeni proces system zostanie rchomiony ponownie z oryginalnymi stawieniami fabrycznymi bez oprogramowania sterjącego. 4 Zainstalować oprogramowanie sterjące: a Pobrać instalator oprogramowania ze strony pomocy technicznej sekwenatora Sekwenator iseq 100. Zapisać instalator w lokalizacji sieciowej lb na przenośnej pamięci USB. b Skopiować instalator do folder C:\Illmina. c Otworzyć plik iseqsiteinstaller.exe, a następnie postępować zgodnie z instrkcjami wyświetlanymi na ekranie w cel przeprowadzenia instalacji. d Po zakończeni aktalizacji wybrać opcję Finish (Zakończ). 5 Postępować zgodnie z instrkcjami wyświetlanymi na ekranie w cel przeprowadzenia pierwszej konfigracji, w tym kontroli system z wykorzystaniem testowej kasety wielokrotnego żytk oraz testowej komorze przepływowej wielokrotnego żytk. 49

54 Dodatek B Zaawansowana wymiana Otrzymanie prodkt zastępczego 50 Przygotowanie oryginalnego prodkt do zwrot 50 Zwrot oryginalnego prodkt 53 Otrzymanie prodkt zastępczego System iseq 100 nie zawiera żadnych części podlegających serwisowani z wyjątkiem filtra powietrza i tacki ociekowej, w związk z czym firma Illmina stosje procedrę zaawansowanej wymiany w przypadk problemów, których nie można rozwiązać zdalnie. Proces zaawansowanej wymiany polega na zastąpieni aparat szkodzonego lb wadliwego aparatem odnowionym. 1 Jeśli kontrola system oraz wszelkie inne działania mające na cel rozwiązanie problem zakończą się niepomyślnie, skontaktować się z działem pomocy technicznej firmy Illmina. Jeśli jest to możliwe, spróbować przeprowadzić kontrolę system z wykorzystaniem innej testowej kasety wielokrotnego żytk i testowej komory przepływowej wielokrotnego żytk. Upewnić się, że wyniki kontroli system zostały dostępnione działowi pomocy technicznej. Jeśli dział pomocy technicznej nie może rozwiązać problem zdalnie, rozpoczyna się procedra zwrot i wysyłane jest zamówienie na system zastępczy. 2 Po otrzymani aparat zastępczego odpakować go i zainstalować zgodnie z instrkcjami, które zawiera Plakat instalacyjny sekwenatora iseq 100 (nr dokment: ). 3 Zachować wszystkie elementy opakowania jest ono wymagane do zwrot oryginalnego aparat oraz elementów testowych wielokrotnego żytk. Firma Illmina dostarcza również dokmentację wymaganą do zwrot. Przygotowanie oryginalnego prodkt do zwrot Po otrzymani aparat zamiennego należy przygotować oryginalny aparat do zwrot zgodnie z poniższymi instrkcjami. Oryginalny aparat, testową kasetę wielokrotnego żytk oraz testową komorę przepływową wielokrotnego żytk należy dostarczyć firmie Illmina w ciąg 30 dni od otrzymania aparat zamiennego. Zapisywanie i swanie danych 1 (Opcjonalnie) Zmienić tryb tablet na tryb plpit w cel łatwienia nawigacji. Tryb plpit wymaga korzystania z klawiatry fizycznej. 2 W eksploratorze plików skopiować pliki i foldery, które mają zostać zapisane na pamięci flash USB lb innym rządzeni przenośnym. Lokalizacja zapis danych sekwencjonowania może zostać skonfigrowana przez żytkownika, lecz domyślnie jest to dysk D:\. 3 Usnąć wszystkie pliki i foldery, które nie mają zostać przekazane firmie Illmina. Wyłączanie i odłączanie 1 Jeśli aparat jest włączony, wyłączyć system w poniżej opisany sposób. a b W men wybrać opcję Sht Down System (Wyłącz system). Jeśli aparat nie zareagje na polecenie wyłączenia, nacisnąć i przytrzymać przycisk zasilania po lewej stronie aparat do moment, aż kontrolki zgasną. 50

55 c Gdy przycisk zasilania zacznie migać, wcisnąć przełącznik zasilania z tył aparat po stronie oznaczenia (Ο). 2 Jeśli kaseta znajdje się wewnątrz aparat, rchomić system ponownie i wyjąć kasetę w poniższej opisany sposób. a b c d e f g h Wcisnąć przełącznik zasilania na panel tylnym po stronie oznaczenia (I). Gdy przycisk zasilania zacznie migać, nacisnąć go. Po załadowani system operacyjnego zalogować się do system Windows. W men oprogramowania sterjącego wybrać opcję System Check (Kontrola system). Wybrać opcję Unload (Wyładj), aby wysnąć kasetę, a następnie wyjąć ją z tacy. Jeśli nie dojdzie do wysnięcia, skontaktować się z działem pomocy technicznej firmy Illmina w cel zyskania dalszych instrkcji. Wybrać opcję Load (Załadj), aby wsnąć pstą tacę, a następnie zamknąć drzwiczki. Zamknąć okno dialogowe System Check (Kontrola system), a następnie wyłączyć system. Wyłączenie i ponowne rchomienie system jest wymagane w cel stawienia kasety w położeni możliwiającym jej wyjęcie. 3 Odłączyć przewód zasilający od gniazda ściennego, a następnie od gniazda zasilania prądem przemiennym na panel tylnym. 4 Jeśli ma to zastosowanie w danej instalacji, odłączyć kabel Ethernet od gniazda ściennego, a następnie od gniazda Ethernet na panel tylnym. Odkażanie aparat Wysyłka aparat wymaga przeprowadzenia poniższej procedry odkażania. W związk z zagrożeniami zależnymi od placówki może być wymagane dodatkowe odkażanie. Odkażanie wybielaczem 1 Założyć nowe rękawiczki bez talk. 2 Obniżyć monitor. 3 Delikatnie pociągnąć drzwiczki przedział kasety od strony krawędzi bocznych, aby je otworzyć. 51

56 4 Wyczyścić obie strony drzwiczek oraz zawiasy drzwiczek chsteczką z wybielaczem. 5 Zamknąć drzwiczki przedział kasety. 6 Odszkać drzwiczki tacki ociekowej poniżej przedział kasety z przod aparat, a następnie obniżyć drzwiczki. 7 Otworzyć tackę ociekową i wyjąć podkładkę do tacki ociekowej. 8 Za pomocą ręczników papierowych zetrzeć z dna tacki wszelkie pozostałości płyn. 9 Ztylizować podkładkę i pozostałe materiały eksploatacyjne zgodnie z odpowiednimi normami obowiązjącymi w danym regionie. Więcej informacji zawiera karta charakterystyki (ang. Safety Data Sheet, SDS) dostępna pod adresem spport.illmina.com/sds.html. 10 Wyczyścić tackę ociekową chsteczką z wybielaczem. 11 Odczekać 15 mint, aby wybielacz zadziałał. 52

57 Netralizacja alkoholem 1 Zwilżyć szmatkę lb ręczniki papierowe wodą. Dopszczalna jest woda dowolnej klasy, w tym woda z kran. 2 Przetrzeć drzwiczki przedział kasety, włączając zawiasy, oraz tackę ociekową zwilżoną szmatką lb ręcznikami papierowymi. Woda zapobiega wymieszani wybielacza z alkoholem. 3 Ponownie wyczyścić drzwiczki, zawiasy i tackę ociekową ściereczką nasączoną alkoholem. Alkohol swa resztki wybielacza, który może powodować korozję. 4 Upewnić się, że drzwiczki tacki ociekowej i przedział kasety są zamknięte. 5 Oczyścić powierzchnie robocze wokół aparat za pomocą roztwor wybielacza lb chsteczek nasączonych wybielaczem. Dołączony certyfikat dekontaminacji Certyfikat dekontaminacji jest wymagany jako dowód dekontaminacji. 1 Wypełnić, podpisać i opatrzyć datą dokment Decontamination Certificate and Information Reqest (Certyfikat dekontaminacji i wniosek o dzielenie informacji (dokment nr )). 2 Przesłać za pomocą wiadomości kopię elektroniczną wypełnionego certyfikat do dział pomocy technicznej firmy Illmina. 3 Odłożyć kopię papierową do zapakowania i zwrot z aparatem. Zwrot oryginalnego prodkt Przed zapakowaniem wszystkich elementów do zwrot należy przygotować wolną przestrzeń w laboratorim na potrzeby aparat i opakowań. Pakowanie aparat 1 Umieścić niewielką podkładkę piankową między obniżonym monitorem i aparatem. 2 Nałożyć na aparat szarą plastikową torbę. 3 Opścić przednią klapę białego opakowania. 4 Umieścić aparat w białym opakowani tak, aby przód aparat był skierowany w stronę osoby pakjącej. 53

58 5 Położyć kwadratową piankę na aparacie tak, aby cieńsze strony pianki leżały na przedniej i tylnej części aparat. Upewnić się, że pianka jest wyrównania względem górnej części opakowania. 6 Zamknąć przednią klapę, a następnie zamknąć górną część opakowania. Pakowanie elementów testowych wielokrotnego żytk 1 Umieścić testową kasetę wielokrotnego żytk w zamykanej torebce i zamknąć ją. 2 Umieścić testową komorę przepływową wielokrotnego żytk w kasetce. 3 Umieścić kasetkę w zamykanej torebce i zamknąć torebkę. 4 Umieścić obie zamykane torebki w opakowani na akcesoria. 5 Zamknąć opakowanie na akcesoria. 54

59 Przygotowanie opakowania transportowego 1 Jeśli z opakowania transportowego wyjęto dolne zabezpieczenie piankowe, mieścić je ponownie na dnie pdełka. 2 Podnosząc białe opakowanie za chwyty (zaleca się wykonywanie tej czynności przez dwie osoby), mieścić je we wnętrz brązowego opakowania. Orientacja jest dowolna. PRZESTROGA Podczas transport białe opakowanie msi być mieszczone wewnątrz brązowego opakowania. Na białym opakowani nie należy mieszczać etykiet transportowych. 3 Umieścić górne zabezpieczenie piankowe na białym pdełk. 4 Umieścić opakowanie z akcesoriami pośrodk zabezpieczenia piankowego. 5 Umieścić czarną podkładkę piankową na opakowani z akcesoriami. 6 Umieścić wypełniony certyfikat dekontaminacji w dowolnym miejsc wewnątrz brązowego opakowania. 55

60 7 (Opcjonalnie) Umieścić kabel Ethernet oraz przewód zasilający w dowolnym miejsc w brązowym opakowani. 8 Zamknąć brązowe opakowanie i zabezpieczyć je taśmą pakową. Wysyłka aparat 1 Umieścić etykietę zwrotną na oryginalnej etykiecie transportowej lb snąć oryginalną etykietę transportową. 2 (Wysyłka międzynarodowa) Przymocować faktrę handlową do opakowania transportowego. 3 Odesłać aparat do firmy Illmina, korzystając z słg firmy krierskiej UPS. Jeśli laboratorim planowo codziennie odbiera przesyłki od firmy UPS, przekazać krierowi oznaczone etykietą opakowanie transportowe. Jeśli laboratorim na co dzień nie odbiera przesyłek dostarczanych przez firmę UPS, skontaktować się z działem obsłgi klienta firmy Illmina w cel zaplanowania transport zwrotnego aparat. 56

61 Dodatek C Analiza w czasie rzeczywistym Analiza w czasie rzeczywistym Przegląd 57 Analiza w czasie rzeczywistym Procedra 59 Analiza w czasie rzeczywistym Przegląd Oprogramowanie Analiza w czasie rzeczywistym działa na kompterze sterjącym aparat. Oprogramowanie to wyodrębnia intensywność z obrazów w cel rozpoznawania nkleotydów, a następnie przypisje wynik jakościowy do każdego rozpoznania nkleotyd. Sekwenator Sekwenator iseq 100 korzysta z wersji RTA2 oprogramowania Analiza w czasie rzeczywistym. Oprogramowanie RTA2 i oprogramowanie sterjące komnikją się za pośrednictwem interfejs sieciowego HTTP i dostępnionych w pamięci plików. W przypadk przerwania działania oprogramowania RTA2 przetwarzanie nie jest wznawiane, a dane przebieg nie zostają zapisane. UWAGA Wydajność demltipleksacji nie jest obliczana, w związk z czym pola danych na karcie Index (Indeks) przeglądarki Seqencing Analysis Viewer nie są wypełniane. Pliki wejściowe Aplikacja RTA2 otrzymje polecenia z oprogramowania sterjącego zawierające informacje dotyczące lokalizacji plik RnInfo.xml oraz ewentalnie wybranego folder wyjściowego. Aplikacja RTA2wymaga następjących plików wejściowych do przetwarzania: Obrazy płytek zawarte w pamięci lokalnej system. Plik konfigracyjny Analiza w czasie rzeczywistym w formacie XML. Plik RnInfo.xml, który jest tworzony atomatycznie przez oprogramowanie sterjące na początk przebieg. Z tego plik aplikacja RTA2 odczytje nazwę przebieg, liczbę cykli, informację o ewentalnym indeksowani odczyt oraz liczbę płytek w komorze przepływowej. Pliki wyników Obrazy są przesyłane w pamięci RTA2 jako płytki, które stanowią niewielkie obszary obrazowania w komorze przepływowej zdefiniowane przez jeden widok z kamery. Komora przepływowa iseq 100 obejmje 16 płytek. Na podstawie tych obrazów RTA2 generje wstępny wynik w postaci zestaw plików rozpoznań nkleotydów z oceną jakościową oraz plików filtrów. Inne pliki obsłgją tworzenie plików wstępnych wyników. Typ plik Pliki rozpoznań nkleotydów Pliki indeksów rozpoznań nkleotydów Opis, lokalizacja i nazwa plik W plik rozpoznań nkleotydów względniana jest każda przeanalizowana płytka, przy czym płytki są grpowane do jednego plik na cykl. Plik ze zbiorem zawiera rozpoznanie nkleotyd oraz powiązaną ocenę jakościową dla każdego klastra. Data\Intensities\BaseCalls\L001 [Cykl].bcl.bgzf, gdzie [Cykl] oznacza nmer cykl podawany w postaci czterech cyfr. Pliki rozpoznań nkleotydów są kompresowane przy życi kompresji gzip. Plik indeks rozpoznania nkleotyd zachowje pierwotne dane płytki. W przypadk każdej płytki plik indeks zawiera nmer płytki i liczbę klastrów. Data\Intensities\BaseCalls\L001 [Cykl].bcl.bgzf.bci 57

62 Typ plik Plik lokalizacji klastrów Pliki filtrów Pliki InterOp Plik konfigracyjny RTA Plik z danymi przebieg* Pliki miniatr Opis, lokalizacja i nazwa plik Jeden plik lokalizacji klastrów (s.locs) zawiera współrzędne X, Y wszystkich klastrów komory przepływowej. Data\Intensities s.locs Pliki filtrów określają, czy klastry przechodzą przez filtr. Dla każdej płytki tworzony jest jeden plik filtra. Pliki filtrów są tworzone podczas cykl 26 z życiem 25 cykli danych. Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[pasmo].filter Dane w czasie rzeczywistym dotyczące jakości przebieg, aktalizowane w ciąg całego przebieg. Te pliki binarne zawierają dane płytek, cykl oraz poziom odczyt i są wymagane do wyświetlania danych w przeglądarce Seqencing Analysis Viewer. Folder InterOp Tworzony na początk przebieg, zawiera listę parametrów przebieg. Plik łączy w sobie wartości z wejściowego plik konfigracyjnego i wartości definiowane przez aplikację RTA2. [Folder główny], RTAConfigration.xml Tworzony na początk przebieg. Zawiera nazwę przebieg, liczbę cykli na odczyt, informację, czy odczyt jest odczytem indeksów, a także liczbę zbiorów i płytek. [Folder główny], RnInfo.xml Obrazy miniatr pierwszych pięci płytek. Images\L001\C[X.1] pliki są zapisywane w jednym folderze dla każdego pasma i w jednym podfolderze dla każdego cykl. s_[pasmo]_[płytka].jpg obraz miniatry zawiera nmer płytki. * Tworzony przez oprogramowanie sterjące. Aplikacja RTA2 tworzy wszystkie pozostałe pliki wymienione w tabeli. Tryb Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg) i platforma BaseSpace Seqence Hb wykorzystją pliki rozpoznań nkleotydów do analizy danych. W przypadk konwersji FASTQ i rozwiązań do analizy innych prodcentów należy korzystać z oprogramowania do konwersji bcl2fastq. Najnowszą wersję można pobrać ze strony pomocy technicznej Sekwenator iseq 100 na stronie internetowej Illmina. Nazwa i ścieżka folder wyjściowego Oprogramowanie sterjące atomatycznie tworzy folder wyjściowy i folder przebieg dla każdego przebieg. Dostęp do danych przebieg można zyskać z folder wyjściowego, który jest kopią folder przebieg. Folder przebieg jest przeznaczony do żytk przez system. Ścieżka folder wyjściowego jest definiowana przez żytkownika, ale domyślnie jest to D:\. Oprogramowanie sterjące nadaje nazwę folderowi wyjściowem, korzystając z przedstawionego poniżej format. Format <RRRRMMDD>_<ID aparat>_<nmer przebieg>_<id komory przepływowej> Przykład _FFSP247_4_BNS Nmer przebieg zwiększa się o jeden za każdym razem, gdy system realizje przebieg. Nmery seryjne identyfikją aparat i komorę przepływową. Strktra folder wyjściowego Recipe plik protokoł danego przebieg. Logs pliki dzienników opisjące analitykę aparat, czynności obsłgowe i inne zdarzenia. Config stawienia konfigracji przebieg. 58

63 RnParameters.xml RnInfo.xml CopyComplete.txt RnCompletionStats.txt RTAComplete.txt RTAConfigration.xml Data InterOp Images Intensities BaseCalls s.locs L001 SampleSheet.csv arksz próbek lb wykaz próbek. RTALogs pliki dziennika zawierające opisy zdarzeń dotyczące aplikacji RTA2. Uswanie błędów Aplikacja RTA2 tworzy pliki dziennika i zapisje je w folderze RTALogs. Błędy są zapisywane w plik błędów w formacie TSV. Następjące pliki dziennika i błędów są przesyłane do końcowej lokalizacji docelowej wyników pod koniec przetwarzania: *GlobalLog*.tsv zawiera podsmowanie ważnych zdarzeń dotyczących przebiegów. *Error*.tsv zawiera listę błędów, które wystąpiły w czasie przebieg. *WarningLog*.tsv zawiera listę ostrzeżeń, które pojawiły się podczas przebieg. Analiza w czasie rzeczywistym Procedra Określanie intensywności Określenie wartości intensywności w przypadk każdego klastra. Korekta fazowania Korekta efektów fazowania i fazowania wyprzedzającego. Rozpoznawanie nkleotydów Określenie rozpoznania nkleotyd w przypadk każdego klastra. Ocena jakościowa Przypisanie wynik jakościowego do każdego rozpoznania nkleotyd. Określanie intensywności Podczas określania intensywności obliczana jest wartość intensywności dla każdego nanodołka na danym obrazie. 59

64 Korekta fazowania Podczas reakcji sekwencjonowania każda nić DNA w klastrze wydłża się o jeden nkleotyd na cykl. Fazowanie i fazowanie wyprzedzające występją, gdy nić znajdzie się poza fazą, w której przebiega bieżący cykl dołączania. Fazowanie występje, gdy dochodzi do opóźnienia o jedną zasadę. Fazowanie wyprzedzające występje, gdy dochodzi do wyprzedzenia o jedną zasadę. Rysnek 14 Fazowanie i fazowanie wyprzedzające A B Odczyt z nkleotydem na etapie fazowania Odczyt z nkleotydem na etapie fazowania wyprzedzającego. Aplikacja RTA2 korygje efekty fazowania i fazowania wyprzedzającego, co pozwala zmaksymalizować jakość danych w każdym cykl podczas przebieg. Rozpoznawanie nkleotydów Rozpoznawanie nkleotydów określa zasadę (A, C, G, lb T) dla każdego klastra danej płytki w określonym cykl. Sekwenator System iseq 100 wykorzystje sekwencjonowanie jednobarwnikowe, które wymaga jednego barwnika i dwóch obrazów do kodowania danych dla czterech zasad. Poziomy intensywności wyekstrahowane z jednego obraz i porównane z drgim obrazem dają cztery odrębne poplacje, z których każda odpowiada jednem nkleotydowi. Rozpoznawanie nkleotydów określa, do której poplacji należy każdy klaster. Rysnek 15 Wizalizacja poziomów intensywności klastrów 60