NextSeq 550Dx. Instrukcja obsługi aparatu DO STOSOWANIA W DIAGNOSTYCE IN VITRO. English Source: v01 Grudzień 2018 r.

Transkrypt

1 NextSeq 550Dx Instrkcja obsłgi aparat Grdzień 2018 r. ZASTRZEŻONE MATERIAŁY FIRMY ILLUMINA

2 Niniejszy dokment oraz jego treść stanowią własność firmy Illmina, Inc. oraz jej podmiotów zależnych ( Illmina ) i są przeznaczone wyłącznie do żytk zgodnego z mową przez klienta firmy w związk z żytkowaniem prodktów opisanych w niniejszym dokmencie, z wyłączeniem innych celów. Niniejszy dokment oraz jego treść nie będą wykorzystywane ani rozpowszechniane do innych celów i/lb pblikowane w inny sposób, jawniane ani kopiowane bez pisemnej zgody firmy Illmina. Firma Illmina na podstawie niniejszego dokment nie przenosi żadnych licencji podlegających przepisom w zakresie patentów, znaków towarowych czy praw atorskich ani praw powszechnem lb prawom pokrewnym osób trzecich. W cel zapewnienia właściwego i bezpiecznego żytkowania prodktów opisanych w niniejszym dokmencie podane instrkcje powinny być ściśle przestrzegane przez wykwalifikowany i właściwie przeszkolony personel. Przed rozpoczęciem żytkowania tych prodktów należy zapoznać się z całą treścią niniejszego dokment. NIEZAPOZNANIE SIĘ LUB NIEDOKŁADNE PRZESTRZEGANIE WSZYSTKICH INSTRUKCJI PODANYCH W NINIEJSZYM DOKUMENCIE MOŻE SPOWODOWAĆ USZKODZENIE PRODUKTÓW LUB OBRAŻENIA CIAŁA UŻYTKOWNIKÓW LUB INNYCH OSÓB ORAZ USZKODZENIE INNEGO MIENIA, A TAKŻE SPOWODUJE UNIEWAŻNIENIE WSZELKICH GWARANCJI DOTYCZĄCYCH PRODUKTÓW. FIRMA ILLUMINA NIE PONOSI ODPOWIEDZIALNOŚCI ZA NIEWŁAŚCIWE UŻYTKOWANIA PRODUKTÓW (W TYM ICH CZĘŚCI I OPROGRAMOWANIA) OPISANYCH W NINIEJSZYM DOKUMENCIE Illmina, Inc. Wszelkie prawa zastrzeżone. Wszystkie znaki towarowe są własnością firmy Illmina, Inc. lb ich właścicieli. Szczegółowe informacje na temat znaków towarowych można znaleźć na stronie ii

3 Historia wersji Dokment Data Opis zmiany Dokment nr wer. 01 Dokment nr wer. 00 marzec 2018 r. listopad 2017 r. Dodano informacje dotyczące słgi monitorowania Illmina Proactive w części Dostosowywanie stawień system. Zaktalizowano instrkcje w części Wymiana filtra powietrza. Zmieniono odniesienia do plików rozpoznań nkleotydów z *.bcl na *.bcl.bgzf, aby wskazać, że są to pliki skompresowane. Zaktalizowano instrkcje rozwiązywania błęd kontroli system Reqired Software (Wymagane oprogramowanie). Dodano oznaczenia zgodności z przepisami dotyczące Astralii. Pierwsze wydanie. iii

4 [Tę stronę celowo pozostawiono pstą] iv

5 Spis treści Historia wersji iii Rozdział 1 Przegląd 1 Fnkcje sekwencjonowania 1 Materiały dodatkowe 1 Elementy aparat 2 Materiały eksploatacyjne do sekwencjonowania omówienie 4 Materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika 7 Rozdział 2 Oprogramowanie NextSeq 550Dx 9 Informacje ogólne na temat oprogramowania NextSeq 550Dx 9 Lokalny menedżer przebieg omówienie 11 Hasła żytkowników 17 Rozdział 3 Rozpoczęcie 19 Urchamianie aparat 19 Dostosowywanie stawień system 20 Opcje ponownego rchamiania i wyłączania 21 Rozdział 4 Sekwencjonowanie 23 Wstęp 23 Procedra sekwencjonowania 24 Tworzenie przebieg za pomocą oprogramowania Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg) 24 Przygotowywanie kasety odczynników 25 Przygotowywanie komory przepływowej 25 Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania 26 Ładowanie bibliotek do kasety odczynników 26 Konfigracja przebieg sekwencjonowania 26 Kontrola postęp przebieg 32 Wyświetlanie danych dotyczących przebieg i próbek 33 Możliwe stany przebieg 35 Ponowne mieszczanie analizy w kolejce lb zatrzymywanie analizy 36 Atomatyczne płkanie po przebieg 37 Rozdział 5 Konserwacja 39 Wstęp 39 Przeprowadzanie płkania ręcznego 39 Wymiana filtra powietrza 42 Dodatek A Ustawienia i zadania administracyjne 45 Wstęp 45 v

6 User Management (Zarządzanie żytkownikami) 45 System Settings (Ustawienia system) 48 Modle Settings (Ustawienia modł) 49 Ścieżki adyt 49 Dodatek B Rozwiązywanie problemów 53 Wstęp 53 Kontrola system 53 Pliki możliwiające rozwiązywanie problemów 55 Uswanie błędów atomatycznego test kontrolnego 56 Pojemnik na zżyte odczynniki jest pełny 57 Komnikat o błędzie macierzy RAID 58 Konfigracja stawień system 58 Dodatek C Analiza w czasie rzeczywistym 61 Analiza w czasie rzeczywistym omówienie 61 Procedra analizy w czasie rzeczywistym 62 Dodatek D Pliki i foldery wyjściowe 67 Pliki wyjściowe sekwencjonowania 67 Strktra folder wyjściowego 70 Indeks 71 Pomoc techniczna 75 vi

7 Rozdział 1 Przegląd Fnkcje sekwencjonowania 1 Materiały dodatkowe 1 Elementy aparat 2 Materiały eksploatacyjne do sekwencjonowania omówienie 4 Materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika 7 Fnkcje sekwencjonowania High-throghpt seqencing (Sekwencjonowanie o wysokiej przepstowości) aparat NextSeq 550Dx możliwia sekwencjonowanie bibliotek DNA. Real-Time Analysis (RTA) (Analiza w czasie rzeczywistym) wykonje przetwarzanie obraz i rozpoznawanie nkleotydów. Więcej informacji na ten temat zawiera część Analiza w czasie rzeczywistym na stronie 61. On-instrment data analysis capability (Fnkcja analizy danych w aparacie) modły analizy oprogramowania Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg) określone dla przebieg mogą analizować dane tego przebieg. Dal Boot (Podwójne rchomienie) aparat NextSeq 550Dx jest wyposażony w osobne dyski twarde obsłgjące tryb diagnostyczny (Dx) i tryb badania (RUO). Materiały dodatkowe W witrynie internetowej firmy Illmina dostępna do pobrania jest następjąca dokmentacja. Źródło NextSeq 550Dx Instrment Site Prep Gide (Przewodnik dotyczący przygotowania miejsca instalacji aparat NextSeq 550Dx) dokment nr NextSeq 550Dx Instrment Safety and Compliance Gide (Instrkcja bezpieczeństwa i zgodności z przepisami aparat NextSeq 550Dx) dokment nr RFID Reader Compliance Gide (Przewodnik dotyczący zgodności czytnika RFID z przepisami) dokment nr NextSeq 550Dx Research Mode Instrment Reference Gide (Instrkcja obsłgi aparat NextSeq 550Dx w trybie badania) dokment nr Opis Zawiera specyfikacje dotyczące miejsca w laboratorim, wymagań dotyczących instalacji elektrycznej oraz kwestii związanych z ochroną środowiska. Zawiera informacje dotyczące kwestii bezpieczeństwa działania, oświadczeń dotyczących zgodności z przepisami i etykiet aparat. Zawiera informacje dotyczące czytnika RFID w aparacie, certyfikatów zgodności z przepisami i kwestii dotyczących bezpieczeństwa. Zawiera informacje o obsłdze aparat NextSeq 550Dx w trybie badania. 1

8 Elementy aparat Aparat NextSeq 550Dx jest wyposażony w monitor z ekranem dotykowym, pasek stan i cztery przedziały. Rysnek 1 Elementy aparat A B C D E F G Przedział obrazowania znajdje się w nim komora przepływowa podczas przebieg sekwencjonowania. Monitor z ekranem dotykowym możliwia konfigrację aparat za pomocą interfejs oprogramowania sterjącego. Pasek stan określa stan aparat: w trakcie przetwarzania (niebieski), wymagający wagi (pomarańczowy) lb gotowy do sekwencjonowania (zielony). Przedział bfora znajdje się w nim kaseta z bforem oraz pojemnik na zżyte odczynniki. Przedział odczynników znajdje się w nim kaseta odczynników. Przedział filtra powietrza znajdje się w nim filtr powietrza. Dostęp do filtra można zyskać z tył aparat. Przycisk zasilania słży do włączania lb wyłączania zasilania aparat oraz jego komptera. Przedział obrazowania W przedziale obrazowania znajdje się stolik, na którym są trzy bolce reglacyjne do stawiania komory przepływowej. Po załadowani komory przepływowej drzwiczki przedział obrazowania zamykają się atomatycznie i przeswają elementy na miejsce. 2

9 Przedziały odczynników i bfora Ustawienie przebieg sekwencjonowania w aparacie NextSeq 550Dx wymaga dostęp do przedział odczynników i przedział bfora w cel załadowania zżytych materiałów eksploatacyjnych i opróżnienia pojemnika ze zżytych odczynników. Rysnek 2 Przedziały odczynników i bfora A B C D E Drzwiczki przedział odczynników słżą do zamykania przedział odczynników za pomocą zatrzask pod prawą dolną częścią drzwiczek. W przedziale odczynników znajdje się kaseta odczynników. Kaseta odczynników jest to wstępnie napełniony materiał eksploatacyjny jednorazowego żytk. Kaseta z bforem jest to wstępnie napełniony materiał eksploatacyjny jednorazowego żytk. Pojemnik na zżyte odczynniki zżyte odczynniki są zbierane i swane po każdym przebieg. Drzwiczki przedział bfora słżą do zamykania przedział bfora za pomocą zatrzask znajdjącego się pod prawym dolnym rogiem drzwiczek. Przedział filtra powietrza Przedział filtra powietrza podtrzymje filtr powietrza i znajdje się w tylnej części aparat. Filtr powietrza należy wymieniać co 90 dni. Informacje na temat wymiany filtra zawiera część Wymiana filtra powietrza na stronie 42. Przycisk zasilania Przycisk zasilania z przod aparat NextSeq 550Dx słży do włączania zasilania aparat oraz jego komptera. W zależności od stan zasilania aparat przycisk zasilania słży do wykonywania wymienionych poniżej czynności. Domyślnie aparat NextSeq 550Dx rchamia się w trybie diagnostycznym. Informacje dotyczące pierwszego rchamiania aparat zawiera część Urchamianie aparat na stronie 19. Informacje dotyczące wyłączania aparat zawiera część Wyłączanie aparat na stronie 22. Stan zasilania Zasilanie aparat jest wyłączone Zasilanie aparat jest włączone Zasilanie aparat jest włączone Działanie Krótko nacisnąć przycisk, aby włączyć zasilanie. Krótko nacisnąć przycisk, aby wyłączyć zasilanie. Na ekranie pojawi się okno dialogowe z potwierdzeniem normalnego wyłączenia aparat. Nacisnąć i przytrzymać przez 10 seknd przycisk zasilania, aby wykonać twarde wyłączenie aparat i jego komptera. Tej metody można żyć do wyłączania aparat, tylko jeśli aparat przestał odpowiadać. 3

10 UWAGA Wyłączenie aparat podczas przebieg sekwencjonowania powodje natychmiastowe zatrzymanie przebieg. Zatrzymanie przebieg jest ostateczne. Materiałów eksploatacyjnych przebieg nie można żyć ponownie, a dane sekwencjonowania przebieg nie są zapisywane. Materiały eksploatacyjne do sekwencjonowania omówienie Materiały eksploatacyjne do sekwencjonowania wymagane do pracy aparat NextSeq 550Dx są dostarczane oddzielnie w ramach zestaw jednorazowego żytk. Każdy zestaw zawiera jedną komorę przepływową, kasetę odczynników, kasetę z bforem i bfor do rozcieńczeń biblioteki. Więcej informacji znajdje się na dołączonej do opakowania lotce zestaw NextSeq 550Dx High Otpt Reagent Kit v2. Komora przepływowa, kaseta odczynników i kaseta z bforem korzystają z identyfikacji radiowej (RFID) do dokładnego śledzenia materiałów eksploatacyjnych i zgodności. UWAGA Materiały eksploatacyjne do sekwencjonowania należy przed życiem przechowywać w opakowaniach. Wymagania dotyczące przechowywania materiałów eksploatacyjnych do sekwencjonowania Element (jeden na przebieg) Bfor do rozcieńczeń biblioteki Kaseta odczynników Wymagania dotyczące przechowywania od 25 C do 15 C od 25 C do 15 C Kaseta z bforem od 15 C do 30 C Kaseta komory przepływowej od 2 C do 8 C Komora przepływowa omówienie Rysnek 3 Kaseta komory przepływowej A Para pasm A pasma 1 i 3 B Para pasm B pasma 2 i 4 C Rama kasety komory przepływowej Komora przepływowa to szklane podłoże, na którym są generowane klastry i przeprowadzana jest reakcja sekwencjonjąca. Komora przepływowa jest zamknięta w swojej kasecie. 4

11 Komora przepływowa zawiera cztery pasma, które są obrazowane parami. Pasma 1 i 3 (para pasm A) są obrazowane w tym samym czasie. Pasma 2 i 4 (para pasm B) są obrazowane po zakończeni obrazowania pary pasm A. Mimo że komora przepływowa ma cztery pasma, tylko jedna biblioteka lb jeden zbiór połączonych bibliotek lega sekwencjonowani w komorze przepływowej. Biblioteki są ładowane na kasetę odczynników z jednego zbiornika i przenoszone atomatycznie do komory przepływowej na wszystkie cztery pasma. Każde pasmo jest obrazowane na małych obszarach obrazowania zwanych płytkami. Więcej informacji na ten temat zawiera część Płytki komory przepływowej na stronie 67. Kaseta odczynników omówienie Kaseta odczynników jest materiałem eksploatacyjnym jednorazowego żytk ze śledzeniem identyfikatora RFID. Zawiera ona zbiorniczki z folią zabezpieczającą, wstępnie napełnione odczynnikami do klastrowania i sekwencjonowania. Rysnek 4 Kaseta odczynników Kaseta odczynników zawiera specjalny zbiorniczek przeznaczony do ładowania przygotowanych bibliotek. Po rozpoczęci przebieg biblioteki są atomatycznie przenoszone ze zbiorniczka do komory przepływowej. Kilka zbiorniczków jest zarezerwowanych na atomatyczne płkanie po przebieg. Roztwór płczący jest pompowany z kasety z bforem przez kład do zarezerwowanych zbiorniczków, a następnie do pojemnika na zżyte odczynniki. OSTRZEŻENIE Ten zestaw odczynników zawiera potencjalnie niebezpieczne sbstancje chemiczne. Wdychanie, połknięcie, kontakt ze skórą i oczami może powodować szczerbek na zdrowi. Należy nosić wyposażenie ochronne, w tym ochronę ocz, rękawiczki oraz fartch laboratoryjny odpowiednie do ryzyka narażenia. Zżyte odczynniki należy traktować jako odpady chemiczne i tylizować je zgodnie z odpowiednimi przepisami regionalnymi, krajowymi i lokalnymi. Dodatkowe informacje dotyczące ochrony środowiska, zdrowia i bezpieczeństwa zawiera karta charakterystyki dostępna na stronie spport.illmina.com/sds.html. 5

12 Zarezerwowane zbiorniczki Rysnek 5 Ponmerowane zbiorniczki Pozycja Opis 7, 8 i 9 Zarezerwowane na opcjonalne startery niestandardowe 10 Ładowanie bibliotek Wyjmowany zbiorniczek w pozycji nr 6 Wstępnie napełniona kaseta odczynników zawiera odczynnik denatracyjny w pozycji 6 (formamid). W cel łatwienia bezpiecznej tylizacji odczynnika niezżytego po przebieg sekwencjonowania zbiorniczek w pozycji 6 można wyjmować. Więcej informacji na ten temat zawiera część Wyjmowanie zżytego zbiorniczka z pozycji nr 6 na stronie 31. Kaseta z bforem omówienie Kaseta z bforem jest jednorazowym materiałem eksploatacyjnym zawierającym trzy zbiorniki, które są wstępnie napełnione bforami i roztworem do przemywania. Zawartość kasety z bforem wystarcza do sekwencjonowania w jednej komorze przepływowej. Rysnek 6 Kaseta z bforem 6

13 Bfor do rozcieńczeń biblioteki omówienie Bfor do rozcieńczeń biblioteki znajdje się w opakowani z akcesoriami aparat NextSeq 550Dx. W cel zyskania zalecanych gęstości klastrów należy żyć bfora do rozcieńczenia bibliotek zgodnie z instrkcją przygotowania biblioteki. Materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika Do przygotowania materiałów eksploatacyjnych, sekwencjonowania i konserwacji aparat stosowane są wymienione poniżej materiały eksploatacyjne i elementy wyposażenia. Materiały eksploatacyjne dostarczane przez żytkownika w cel sekwencjonowania Materiał eksploatacyjny Dostawca Cel Chsteczki nasączane 70% alkoholem izopropylowym lb 70% etanolem Chsteczki laboratoryjne, niestrzępiące się VWR, nr kat (lb równoważne) Ogólny dostawca laboratoryjny VWR, nr kat (lb równoważne) Czyszczenie komory przepływowej i przeznaczenie ogólne Czyszczenie komory przepływowej i przeznaczenie ogólne Materiały eksploatacyjne dostarczane przez żytkownika w cel konserwacji aparat Materiał eksploatacyjny Dostawca Cel NaOCl, 5% (podchloryn sod) Sigma-Aldrich, nr kat (lb odpowiednik o jakości laboratoryjnej) Płkanie aparat za pomocą ręcznego płkania po przebieg; rozcieńczony do 0,12% Tween 20 Sigma-Aldrich, nr kat. P7949 Płkanie aparat za pomocą opcji płkania ręcznego; rozcieńczony do 0,05% Woda, jakość laboratoryjna Ogólny dostawca laboratoryjny Płkanie aparat (płkanie ręczne) Filtr powietrza Illmina, nr kat Oczyszczanie powietrza pobieranego przez aparat do chłodzenia Wyposażenie dostarczane przez żytkownika Element Zamrażarka, od 25 C do 15 C, bezszronowa Chłodziarka, od 2 C do 8 C Źródło Ogólny dostawca laboratoryjny Ogólny dostawca laboratoryjny 7

14 Wytyczne dotyczące wody laboratoryjnej Do przeprowadzania procedr w aparacie zawsze należy żywać wody laboratoryjnej lb wody dejonizowanej. Nie wolno żywać wody z kran. Należy żywać wyłącznie następjących rodzajów wody lb jej odpowiedników: Woda dejonizowana Illmina PW1 Woda o rezystywności 18 megaomów (MΩ) Woda Milli-Q Woda Sper-Q Woda do biologii moleklarnej 8

15 Rozdział 2 Oprogramowanie NextSeq 550Dx Informacje ogólne na temat oprogramowania NextSeq 550Dx 9 Lokalny menedżer przebieg omówienie 11 Hasła żytkowników 17 Informacje ogólne na temat oprogramowania NextSeq 550Dx Oprogramowanie opisane w niniejszym rozdziale stosowane jest do konfigracji, obsłgi i analizy danych z aparat NextSeq 550Dx. Oprogramowanie aparat zawiera wbdowane aplikacje słżące do przeprowadzania przebiegów sekwencjonowania. Aktalizacja oprogramowania wykonywana jest przez pracowników firmy Illmina. Oprogramowanie Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg) zintegrowane rozwiązanie informatyczne słżące do tworzenia przebieg i analizy wyników (analiza wtórna). Oprogramowanie możliwia również śledzenie próbek i kontrolę prawnień żytkowników. Więcej informacji na ten temat zawiera część Lokalny menedżer przebieg omówienie na stronie 11. Oprogramowanie NextSeq 550Dx Operating Software (NOS) możliwia sterowanie działaniem aparat. Oprogramowanie to jest instalowane fabrycznie i działa na aparacie NextSeq 550Dx. Oprogramowanie NOS zapewnia wykonanie przebieg zgodnie z parametrami określonymi w modle oprogramowania Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg). Przed rozpoczęciem przebieg sekwencjonowania należy wybrać przebieg tworzony za pomocą lokalnego menedżera przebieg. Interfejs oprogramowania NOS prowadzi żytkownika przez kolejne czynności ładowania komory przepływowej i odczynników. Podczas przebieg oprogramowanie zapewnia działanie stolika komory przepływowej, dozowanie odczynników, sterowanie kładem przepływowym, stawienie temperatr, przechwytywanie obrazów klastrów w komorze przepływowej i przedstawienie wizalnego podsmowania statystyk jakościowych. Przebieg można monitorować za pomocą oprogramowania NOS lb lokalnego menedżera przebieg. Oprogramowanie Real-Time Analysis (RTA) (Analiza w czasie rzeczywistym) wykonje analizę obrazów i rozpoznawanie nkleotydów (w dalszej części dokment określane jako analiza pierwotna). Więcej informacji na ten temat zawiera część Analiza w czasie rzeczywistym na stronie 61. Wymagane miejsce na dysk Zintegrowany kompter aparat ma około 1,5 TB pamięci. Przed rozpoczęciem przebieg oprogramowanie sprawdza dostępne miejsce na dysk. Wymagana ilość miejsca na dysk zależy od modł analizy lokalnego menedżera przebieg. Jeśli miejsca jest za mało na wykonanie przebieg, zostaje wyświetlony komnikat oprogramowania. Komnikat wskazje, ile miejsca na dysk wymaga przebieg i ile miejsca na dysk należy zwolnić, zanim przebieg będzie mógł zostać rchomiony. Jeśli nie ma wystarczającej ilości miejsca, należy snąć foldery przebiegów, które nie wymagają ponownej analizy w modle lokalnego menedżera przebieg. Więcej informacji na ten temat zawiera część Uswanie folder przebieg na stronie 16. 9

16 Ikony stan Ikona stan w prawym górnym rog ekran NOS sygnalizje wszelkie zmiany parametrów podczas konfigracji oraz trwania przebieg. Ikona stan Nazwa stan Stan OK Opis System działa prawidłowo. Przetwarzanie System jest w trakcie przetwarzania. Ostrzeżenie Błąd Wystąpiło ostrzeżenie. Ostrzeżenia nie zatrzymją przebieg ani nie wymagają podjęcia działania przed kontynowaniem przebieg. Wystąpił błąd. Błędy wymagają podjęcia działania przed kontynowaniem przebieg. Wymagany serwis Pojawiło się powiadomienie wymagające wagi. Należy odnieść się do powiadomienia w cel zyskania dodatkowych informacji. Po zmianie stan ikona zaczyna ostrzegawczo migać. Aby wyświetlić opis stan, należy wybrać daną ikonę. Należy wybrać Acknowledge (Zatwierdź), aby zaakceptować komnikat, a następnie Close (Zamknij), aby zamknąć okno dialogowe. UWAGA Potwierdzenie komnikat resetje ikonę, a komnikat jest wyświetlany na szaro. Komnikat jest nadal widoczny dla żytkownika po kliknięci ikony, ale znika po ponownym rchomieni NOS. Ikony na pask nawigacji Ikona minimalizacji NOS znajdje się w prawym górnym rog interfejs oprogramowania sterjącego i jest widoczna tylko dla administratorów. Ikona dostęp Nazwa ikony Wylogj Opis Słży do wylogowania się z oprogramowania. Minimalizj NOS Słży do minimalizacji NOS, aby zyskać dostęp do aplikacji i folderów system Windows. Ikona ta widoczna jest tylko dla administratorów. 10

17 Ekran główny NOS Na ekranie głównym NOS są wyświetlane cztery przedstawione poniżej ikony. Seqence (Sekwencjonowanie) możliwia rchomienie przebieg sekwencjonowania ze wstępnie zdefiniowanej listy przebiegów. Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg) możliwia rchomienie lokalnego menedżera przebieg słżącego do tworzenia przebiegów, monitorowania stan przebieg, analizowania danych sekwencjonowania oraz wyświetlania wyników. Zobacz część Lokalny menedżer przebieg omówienie na stronie 11. Manage Instrment (Zarządzanie aparatem) możliwia sterowanie stawieniami system, ponowne rchomienie do tryb badania lb zamknięcie oprogramowania aparat. Perform Wash (Wykonaj płkanie) możliwia wykonanie płkania za pomocą opcji Qick Wash (Szybkie płkanie) lb Manal Post-Rn Wash (Ręczne płkanie po przebieg). Lokalny menedżer przebieg omówienie Oprogramowanie Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg) jest wbdowanym w aparat rozwiązaniem słżącym do tworzenia przebiegów, monitorowania stan przebieg, analizowania danych sekwencjonowania oraz wyświetlania wyników. Lokalny menedżer przebieg ma następjące cechy: Działa w formie słgi na kompterze aparat oraz integrje się z oprogramowaniem sterjącym tego aparat. Rejestrje próbki przeznaczone do sekwencjonowania. Udostępnia interfejs konfigracji przebieg specyficzny dla modł analizy. Wykonje serię kroków analizy specyficznych dla wybranego modł analizy. Wyświetla dane analizy w formie tabel i wykresów po zakończeni analizy. Lokalny menedżer przebieg przeglądanie Interfejs lokalnego menedżera przebieg jest wyświetlany w oprogramowani NOS lb w przeglądarce internetowej. Obsłgiwaną przeglądarką jest Chromim. 11

18 UWAGA W przypadk żywania nieobsłgiwanej przeglądarki należy pobrać obsłgiwaną przeglądarkę po wyświetleni w oknie monit Confirm Unspported Browser (Potwierdź nieobsłgiwaną przeglądarkę). Wybrać here (ttaj), aby pobrać obsłgiwaną wersję Chromim. Widok z komptera sieciowego 1 Otworzyć przeglądarkę internetową Chromim na kompterze z dostępem do tej samej sieci co aparat i połączyć się za pomocą adres IP aparat lb nazwy aparat. Na przykład Przeglądanie na monitorze aparat 1 Aby przeglądać interfejs lokalnego menedżera przebieg na monitorze aparat, należy wybrać jedną z następjących opcji: Z ekran głównego oprogramowania NOS wybrać Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg). Kliknąć X w prawym górnym rog, aby po zakończeni wrócić do ekran NOS. Wybrać ikonę minimalizacji NOS, otworzyć przeglądarkę Chromim na aparacie i wpisać w pask adres. Tylko administratorzy mogą zminimalizować NOS. Sekwencjonowanie podczas analizy Zasoby obliczeniowe aparat NextSeq 550Dx są przeznaczone do sekwencjonowania lb analizy. Jeśli w aparacie NextSeq 550Dx wymagane jest rchomienie nowego przebieg sekwencjonowania przed zakończeniem analizy wtórnej wcześniejszego przebieg, żytkownik może anlować analizę wtórną za pomocą lokalnego menedżera przebieg, a następnie rchomić nowy przebieg sekwencjonowania. Aby rchomić ponownie analizę wykonywaną za pomocą lokalnego menedżera przebieg, należy po zakończeni nowego przebieg sekwencjonowania żyć fnkcji ponownego mieszczania w kolejce z poziom interfejs menedżera. W tym momencie analiza wtórna rozpocznie się od początk. Zobacz część Ponowne mieszczanie analizy w kolejce lb zatrzymywanie analizy na stronie 36. Procedry w lokalnym menedżerze przebieg Aby tworzyć przebieg, należy żyć interfejs lokalnego menedżera przebieg. Z wagi na to, że poszczególne działania różnią się w każdym modle analizy, należy zapoznać się z instrkcjami wykonywania krok po krok procedr dla wybranego modł analizy. Używając oprogramowania NOS, należy wybrać planowany przebieg, załadować materiały eksploatacyjne i rozpocząć sekwencjonowanie. Lokalny menedżer przebieg ładje zaznaczony modł analizy i wykonje analizę danych. Aby wyświetlić stronę z wynikami, należy wybrać kończony przebieg w interfejsie lokalnego menedżera przebieg. 12

19 Panel omówienie Po zalogowani się do oprogramowania Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg) otwiera się panel, z którego można wykonywać następjące zadania: Śledzenie sekwencjonowania i stan analizy Sortowanie i filtrowanie przebiegów Tworzenie i edytowanie przebiegów Ponowne mieszczanie przebiegów w kolejce lb wstrzymywanie przebiegów Wyświetlanie wyników analizy Ukrywanie przebiegów Przypinanie przebiegów W panel wyświetlana jest lista wszystkich przebiegów wykonywanych na aparacie, po 10 przebiegów na stronę. Do przechodzenia między stronami należy żyć strzałek nawigacyjnych na dole listy. Każdy przebieg z listy zawiera nazwę przebieg, modł analizy, stan przebieg, a także datę ostatniej modyfikacji przebieg. Aby sortować przebiegi, należy klikać nazwy kolmn. Rn Name / ID (Nazwa / identyfikator przebieg) wyświetla przypisaną nazwę przebieg i łączy ze stronami jego wyników. Po zakończeni analizy nazwa folder analizy zostanie dodana do kolmny nazwy przebieg. Modle (Modł) wyświetla modł analizy przypisany do przebieg. Stats (Stan) wyświetla stan przebieg i zawiera pasek postęp stan. Więcej informacji na ten temat zawiera część Możliwe stany przebieg na stronie 35. Last Modified (Ostatnia modyfikacja) wyświetla datę i godzinę ostatniej modyfikacji przebieg lb sesji analizy. Domyślnie strona Active Rns (Aktywne przebiegi) jest sortowana wedłg tej kolmny. Ikony lokalnego menedżera przebieg W lokalnym menedżerze przebieg do wykonywania różnych zadań żywane są ikony przedstawione poniżej. Należy zwrócić wagę, że w zależności od rozmiar ekran niektóre ikony znajdją się pod ikoną Więcej opcji. Ikona Nazwa Opis Kopij do schowka Usń folder przebieg Edytj Edytj lokalizację folder wyjściowego Edytj żytkowników Eksportj Umożliwia skopiowanie pole do schowka komptera. Umożliwia snięcie danych dotyczących przebieg, aby zwolnić miejsce na dysk twardym. Umożliwia edycję parametrów przebieg przed sekwencjonowaniem. Umożliwia edycję ścieżki folder przebieg. Umożliwia edycję haseł i żytkowników. Polecenie eksport elementów. 13

20 Ikona Nazwa Opis Ukryj przebieg Zablokowane Więcej opcji Przypnij Przywróć przebieg Ponownie linkj folder przebieg Ponownie mieść w kolejce Przebieg został przypięty Przebieg snięty Zapisz lokalizację folder wyjściowego Szkaj Pokaż filtry Zatrzymaj analizę Odepnij Użytkownik Wykryto ostrzeżenia Umożliwia przeniesienie przebieg ze stron aktywnych przebiegów na stronę przebiegów krytych. Zapewnia podgląd krytych przebiegów za pomocą men w prawym dolnym rog strony aktywnych przebiegów. Wskazje, że przebieg jest sekwencjonowany lb inny żytkownik edytje przebieg w innej sesji przeglądarki. Otwiera dostępne opcje dla wpis w panel. W zależności od rozmiar ekran kropki mogą wyglądać na bardziej okrągłe. Umożliwia przypięcie przebieg do strony aktywnych przebiegów, aby pewnić się, że folder rchamiania nie zostanie snięty. Umożliwia przeniesienie przebieg ze strony krytych przebiegów na stronę przebiegów aktywnych. Umożliwia ponowne linkowanie przebieg po przywróceni sniętego folder przebieg. Przebieg można następnie ponownie mieścić w kolejce do analizy. Umożliwia ponowne rchomienie analizy wybranego przebieg. Wskazje, że przebieg został przypięty do strony aktywnych przebiegów. Wskazje, że przebieg został snięty. Umożliwia zapisanie zmian w ścieżce folder wyjściowego przebieg. Otwiera pole wyszkiwania, aby wyszkiwać nazwy przebiegów i identyfikatory próbek. W zależności od rozmiar ekran ikona może znajdować się pod ikoną Więcej opcji. Pokazje filtry. Umożliwia zatrzymanie analizy za pomocą modł lokalnego menedżera przebieg. Umożliwia odpięcie przebieg. Otwiera men żytkownika konta. Zobacz tekst powiadomienia, aby zyskać informacje o ostrzeżeniach. Strona Active Rns (Aktywne przebiegi) Po otwarci panel wyświetla się strona Active Rns (Aktywne przebiegi). Na górze strony Active Rns (Aktywne przebiegi) zestawienie aktywnych przebiegów pokazje liczbę rchomień w każdej z podanych poniżej kategorii stan rchamiania. Aby filtrować aktywne przebiegi wedłg stan, należy kliknąć nmer. Ready (Gotowe) wskazje, że przebieg jest gotowy do sekwencjonowania. In Progress (W tok) wskazje, że przebieg jest w trakcie sekwencjonowania lb analizy danych. Stopped or Unsccessfl (Zatrzymano lb niepowodzenie) wskazje, że analiza została zatrzymana ręcznie lb że nie powiodła się. Complete (Zakończone) wskazje, że analiza została pomyślnie zakończona. 14

21 Total (Łącznie) łączna liczba przebiegów na stronie Active Rns (Aktywne przebiegi). Filtrowanie przebiegów 1 Kliknąć kategorię stan przebieg w podsmowani aktywnych przebiegów, aby przefiltrować stronę Active Rns (Aktywne przebiegi) w sposób podany poniżej. Ready (Gotowe) możliwia filtrowanie listy tak, aby wyświetlić tylko te przebiegi, które są gotowe do sekwencjonowania. In Progress (W tok) możliwia filtrowanie listy tak, aby wyświetlić tylko te przebiegi, które są w tok. Stopped or Unsccessfl (Zatrzymano lb niepowodzenie) możliwia filtrowanie listy tak, aby wyświetlić tylko te przebiegi, które zostały zatrzymane lb zakończyły się niepowodzeniem. Complete (Zakończone) możliwia filtrowanie listy tak, aby wyświetlić tylko te przebiegi, które zostały zakończone. Total (Łącznie) słży do snięcia filtrów i wyświetlenia wszystkich aktywnych przebiegów. Ukrywanie i przywracanie przebiegów 1 Na stronie Active Rns (Aktywne przebiegi) kliknąć ikonę Więcej opcji, a następnie kliknąć Hide (Ukryj). 2 Po wyświetleni monit o potwierdzenie przeniesienia kliknąć Hide (Ukryj). Przebieg zostanie przeniesiony na stronę Hidden Rns (Ukryte przebiegi). 3 Aby wyświetlić stronę Hidden Rns (Ukryte przebiegi), kliknąć strzałkę listy rozwijanej Active Rns (Aktywne przebiegi) i wybrać Hidden Rns (Ukryte przebiegi). 4 Na stronie Hidden Rns (Ukryte przebiegi) kliknąć ikonę Przywróć. 5 Po wyświetleni monit o potwierdzenie przeniesienia kliknąć Restore (Przywróć). Przebieg zostanie przywrócony na stronę Active Rns (Aktywne przebiegi). 6 Aby wyświetlić stronę Active Rns (Aktywne przebiegi), kliknąć strzałkę listy rozwijanej Hidden Rns (Ukryte przebiegi) i wybrać Active Rns (Aktywne przebiegi). Wyszkiwanie przebiegów lb próbek 1 Na pask nawigacyjnym panel kliknąć ikonę Szkaj. 2 W pol wyszkiwania wprowadzić nazwę przebieg lb identyfikator próbki. W cel łatwienia wyszkiwania podczas wpisywania wyświetlana jest lista możliwych dopasowań. 3 Wybrać dopasowanie z listy lb nacisnąć Enter. Jeśli wyszkiwano nazwę przebieg, zostanie otwarta karta Rn Overview (Przegląd przebieg). Jeśli wyszkiwano identyfikator próbki, zostanie otwarta karta Samples and Reslts (Próbki i wyniki). Więcej informacji na ten temat zawiera część Wyświetlanie danych dotyczących przebieg i próbek na stronie 33. Edycja przebieg 1 Na stronie Active Rns (Aktywne przebiegi) kliknąć ikonę Więcej opcji obok nazwy przebieg, który ma być edytowany. 2 Kliknąć Edit (Edytj). 15

22 3 Po wyświetleni monit o potwierdzenie działania kliknąć Contine (Kontynj). 4 W razie potrzeby edytować parametry przebieg. 5 Po zakończeni kliknąć Save Rn (Zapisz przebieg). Daty ostatniej modyfikacji są aktalizowane na stronie Active Rns (Aktywne przebiegi). Przypinanie przebieg Przypiętych przebiegów nie można snąć ani kryć. Przebieg nie można przypiąć, jeśli przebieg jest kryty lb jego folder przebieg został snięty. 1 Na stronie Active Rns (Aktywne przebiegi) kliknąć ikonę Więcej opcji obok przebieg. 2 Wybrać Pin (Przypnij). Opcje Delete Rn Folder (Usń folder przebieg) i Hide (Ukryj) zostaną wyłączone. Opcja Pin (Przypnij) zostanie zastąpiona opcją Unpin (Odepnij). Uswanie folder przebieg Można ręcznie swać foldery przebiegów, aby zarządzać przestrzenią dyskową. Przebieg nie można przypiąć i msi być w jednym z następjących stanów: Seqencing Complete (Sekwencjonowanie zakończone) Primary Analysis Complete (Podstawowa analiza zakończona) Primary Analysis Unsccessfl (Podstawowa analiza nie powiodła się) Seqencing Errored (Błąd sekwencjonowania) Analysis Errored (Błąd analizy) Analysis Completed (Analiza kończona) Seqencing Stopped (Przerwanie sekwencjonowania) Analysis Stopped (Przerwanie analizy) 1 Na stronie Active Rns (Aktywne przebiegi) kliknąć ikonę Więcej opcji obok nazwy przebieg, który ma być snięty. 2 Wybrać Delete Rn Folder (Usń folder przebieg). Opcja Delete Rn Folder (Usń folder przebieg) zostaje zastąpiona opcją linkj folder przebieg). W przebieg pojawia się ikona sniętego przebieg. Ponowne linkowanie folder przebieg Jedynie administrator może ponownie linkować snięte foldery przebieg. Relink Rn Folder (Ponownie 1 Skopiować folder przebieg z powrotem do pierwotnej lokalizacji. Jeśli przebieg nie jest zapisany w pierwotnej lokalizacji, po próbie przywrócenia oprogramowanie wyświetli komnikat o błędzie. 2 Wskazać krsorem ikonę Więcej opcji obok przebieg. 3 Wybrać Relink Rn Folder (Ponownie linkj folder przebieg). 4 Potwierdzić kontynację i przywrócić przebieg. Przebieg zostanie przywrócony do stan sprzed snięcia folder przebieg. 16

23 Hasła żytkowników Aby zyskać dostęp do interfejs lokalnego menedżera przebieg, należy zalogować się do system za pomocą poprawnej kombinacji nazwy żytkownika i hasła. Jedynie administrator może przydzielić poświadczenia żytkownika. UWAGA Konta żytkowników są przypisane do danego aparat. Hasła żytkowników nie są niwersalne dla różnych aparatów. Przy zbliżani się daty wygaśnięcia hasła góry interfejs pojawi się komnikat przypominający o zresetowani hasła. My Accont (Moje konto) W oknie My Accont (Moje konto) można sprawdzić nazwę żytkownika, przypisaną rolę i prawnienia, a także zmienić hasło. Po pierwszym zalogowani się w oknie My Accont (Moje konto) w dowolnym momencie można zmienić istniejące hasło. Bieżące hasło jest wyświetlane w postaci zaszyfrowanej. Dlatego aby zmienić hasło na nowe, należy znać aktalne hasło. Jeśli żytkownik zapomni hasła, konieczna będzie pomoc administratora system lb żytkownika z prawnieniami administratora. Stany hasła Możliwe są następjące stany hasła: Temporary password (Hasło tymczasowe) podczas tworzenia konta przez administratora przypisje on nowem żytkownikowi hasło tymczasowe. User password (Hasło żytkownika) po pierwszym dostępie na ekranie logowania nowego żytkownika wyświetlany jest monit o zmianę hasła tymczasowego na hasło przypisane przez żytkownika. Forgotten password (Zapomniane hasło) jeśli żytkownik zapomni hasła, żytkownik z prawieniami administratora może przypisać ponownie hasło tymczasowe, które będzie można zmienić przy następnej próbie dostęp. Used password (Używane hasło) żaden żytkownik nie może żyć ponownie hasła przez maksymalnie pięć cykli z podawaniem hasła. User lockot (Blokada żytkownika) liczba prób logowania przy życi nieprawidłowego hasła jest konfigrowana przez żytkownika z prawnieniami administratora. Jeśli żytkownik przekroczy liczbę dozwolonych prób, konto żytkownika zostanie zablokowane. Tylko żytkownik z prawnieniami administratora może odblokować konto bądź przypisać hasło tymczasowe. 17

24 Zmiana hasła 1 Z paska nawigacyjnego w górnej części interfejs wybrać ikonę Użytkownik znajdjącą się obok nazwy żytkownika. UWAGA W zależności od rozmiar ekran, na którym wyświetlane jest oprogramowanie, ikona Użytkownik znajdować się pod More Options (Więcej opcji). 2 Na rozwijanej liście kliknąć My Accont (Moje konto). może 3 Kliknąć ikonę Edytj w części dotyczącej hasła. 4 W pol Old Password (Stare hasło) wpisać stare hasło. 5 W pol New Password (Nowe hasło) wpisać nowe hasło. 6 W pol Confirm New Password (Potwierdź nowe hasło) ponownie wpisać nowe hasło. 7 Kliknąć Save (Zapisz). 18

25 Rozdział 3 Rozpoczęcie Urchamianie aparat 19 Dostosowywanie stawień system 20 Opcje ponownego rchamiania i wyłączania 21 Urchamianie aparat Ustawić przełącznik zasilania w położeni włączenia I. Rysnek 7 Przełącznik zasilania z tył aparat 1 Nacisnąć przycisk zasilania nad przedziałem odczynników. Przycisk zasilania włącza zasilanie aparat oraz rchamia zintegrowany kompter z oprogramowaniem aparat. Rysnek 8 Przycisk zasilania z przod aparat 2 Poczekać na zakończenie ładowania system operacyjnego. Oprogramowanie NextSeq 550Dx Operating Software (NOS) atomatycznie rchamia system oraz inicjalizje jego pracę. Po zakończeni etap inicjalizacji zostaje wyświetlony ekran główny. 3 Wprowadzić nazwę żytkownika i hasło oprogramowania Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg). Informacje na temat haseł zawiera część Hasła żytkowników na stronie 17. Informacje na temat konfigracji konta w lokalnym menedżerze przebieg zawiera część Wstęp na stronie Wybrać Login (Zalogj). Zostanie wyświetlony ekran główny z ikonami Seqence (Sekwencjonowanie), Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg), Manage Instrment (Zarządzanie aparatem) oraz Perform Wash (Wykonaj płkanie). 19

26 Wskaźniki tryb aparat Trybem domyślnym aparat NextSeq 550Dx jest tryb diagnostyczny. Poniższe wskaźniki na ekranie NOS określają tryb aparat. Tryb Ekran główny Kolorowy pasek Orientacja ikony stan Tryb diagnostyczny Witamy w NextSeqDx Niebieski Pozioma Tryb badania Witamy w NextSeq Pomarańczowy Pionowa Dostosowywanie stawień system Oprogramowanie sterjące zawiera konfigrowalne stawienia systemowe do identyfikacji aparat, preferencji wejściowych, stawień adio i lokalizacji folder wyjściowego. Więcej informacji dotyczących zmiany konfigracji sieci zawiera część Konfigracja stawień system na stronie 58. Opcje dostosowywania: Dostosowanie identyfikacji aparat (awatar i psedonim) Opcja stawiania wejścia i wskaźnik dźwiękowy Opcje konfigracji przebieg Opcje wyłączania Konfigracja aparat po wstępnym teście kontrolnym Wybranie przekazywania danych dotyczących działania aparat do firmy Illmina Wyznaczanie folder wyjściowego przebieg Dostosowanie awatara i psedonim na aparacie 1 Na ekranie głównym wybrać Manage Instrment (Zarządzanie aparatem). 2 Wybrać System Cstomization (Dostosowanie system). 3 Aby przypisać obraz awatara do aparat, wybrać Browse (Przeglądaj) i wyszkać obraz. 4 W pol Nick Name (Psedonim) wprowadzić preferowaną nazwę aparat. 5 Wybrać Save (Zapisz), aby zapisać stawienia i przejść do następnego ekran. Obraz i nazwa będą pojawiać się w lewym górnym rog każdego ekran. Opcja stawiania klawiatry i wskaźnik dźwiękowy 1 Na ekranie głównym wybrać Manage Instrment (Zarządzanie aparatem). 2 Wybrać System Cstomization (Dostosowanie system). 3 Zaznaczyć pole wybor Use on-screen keyboard (Użyj klawiatry ekranowej), aby aktywować klawiatrę ekranową w cel wprowadzenia danych do aparat. 4 Zaznaczyć pole wybor Play adio (Odtwarzaj dźwięk), aby włączyć wskaźniki dźwiękowe dla podanych poniżej zdarzeń. Włączanie aparat Rozpoczęcie przebieg Wystąpienie określonych błędów Wymagana interakcja żytkownika Zakończenie przebieg 20

27 5 Wybrać Save (Zapisz), aby zapisać stawienia i przejść do następnego ekran. Ustawienie rozpoczęcia przebieg, danych dotyczących działania aparat i lokalizacji folder wyjściowego 1 Na ekranie głównym wybrać Manage Instrment (Zarządzanie aparatem). 2 Wybrać System Cstomization (Dostosowanie system). 3 (Opcjonalnie) Zaznaczyć pole wybor Atomatically start rn after pre-rn check (Atomatyczne rozpoczęcie przebieg po wstępnym teście kontrolnym), aby atomatycznie rozpocząć sekwencjonowanie po pozytywnym wstępnym teście kontrolnym. 4 Wybrać Send Instrment Performance Data to Illmina (Wysyłaj dane dotyczące działania aparat do Illmina) (Wysyłaj dane dotyczące stan aparat do Illmina), aby aktywować słgę monitorowania Illmina Proactive. W zależności od wersji oprogramowania NOS nazwa tego stawienia w interfejsie oprogramowania może się różnić od nazwy w niniejszej instrkcji obsłgi. Po włączeni tego stawienia dane o działani aparat są wysyłane do firmy Illmina. Dane te łatwiają firmie Illmina rozwiązywanie problemów oraz wykrywanie potencjalnych sterek, co pozwala na proaktywną konserwację i maksymalizację czas działania aparat. Więcej informacji na temat korzyści z tej słgi zawiera dokment Illmina Proactive Technical Note (Uwaga techniczna dotycząca słgi Illmina Proactive) (dokment nr ). Usłga ta: Nie wysyła danych sekwencjonowania. Wymaga połączenia aparat z siecią z dostępem do internet. Domyślnie jest wyłączona. Aby rchomić tę słgę, włączyć opcję Send Instrment Performance Data to Illmina (Wysyłaj dane dotyczące stan aparat do Illmina). 5 Aby stawić domyślny folder wyjściowy dla danych przebieg, wybrać Browse (Przeglądaj), aby przejść do lokalizacji folder. 6 Wybrać Save (Zapisz), aby zapisać stawienia, i wrócić do ekran Manage Instrment (Zarządzanie aparatem). Opcje ponownego rchamiania i wyłączania Po wybrani przycisk Sht Down Options (Opcje wyłączania) dostępne są następjące fnkcje: Reboot to RUO (Urchom ponownie w trybie RUO). Restart (Urchom ponownie) aparat rchamia się w trybie Dx. Sht Down (Zamknij) aparat rchamia się w trybie Dx. Exit to Windows (Wyjdź do system Windows) w zależności od prawnień można zamknąć system NOS i wyświetlić system Windows. Ponowne rchomienie w trybie RUO Należy żyć polecenia Reboot to RUO (Urchom ponownie w trybie RUO), aby zmienić tryb działania oprogramowania system na tryb badania (RUO). Dostęp do tej fnkcji żytkownikowi dziela administrator. W cel powrot do tryb diagnostycznego należy w trybie badania żyć polecenia Restart (Urchom ponownie). 1 Wybrać Manage Instrment (Zarządzaj aparatem). 21

28 2 Wybrać Reboot / Sht Down (Urchom ponownie / zamknij). 3 Wybrać Reboot to RUO (Urchom ponownie w trybie RUO). Ponowne rchomienie w trybie diagnostycznym W cel bezpiecznego wyłączenia aparat i jego ponownego rchomienia w trybie diagnostycznym należy żyć polecenia Restart (Urchom ponownie). Tryb diagnostyczny jest domyślnym trybem rchamiania system. 1 Wybrać Manage Instrment (Zarządzaj aparatem). 2 Wybrać Reboot / Sht Down (Urchom ponownie / zamknij). 3 Wybrać Restart (Urchom ponownie). Wyłączanie aparat 1 Wybrać Manage Instrment (Zarządzaj aparatem). 2 Wybrać Reboot / Sht Down (Urchom ponownie / zamknij). 3 Wybrać Sht Down (Zamknij). Polecenie Sht Down (Zamknij) możliwia bezpieczne zamknięcie oprogramowania i wyłączenie zasilania aparat. Przed ponownym włączeniem aparat należy odczekać co najmniej 60 seknd. UWAGA Domyślnie aparat po włączeni rchamia się w trybie diagnostycznym. PRZESTROGA Nie należy zmieniać lokalizacji aparat. Przestawienie aparat w niewłaściwy sposób może mieć wpływ na optyczne stawienie aparat oraz narszyć spójność danych. Jeśli wymagana jest zmiana lokalizacji aparat, należy skontaktować się z przedstawicielem firmy Illmina. Wyjście do system Windows Polecenie Exit to Windows (Wyjdź do Windows) zapewnia dostęp do system operacyjnego aparat i dowolnego folder na kompterze aparat. Polecenie bezpiecznie wyłącza oprogramowanie i wychodzi do system Windows. Do system Windows może wyjść tylko administrator. 1 Wybrać Manage Instrment (Zarządzaj aparatem). 2 Wybrać Exit to Windows (Wyjdź do Windows). 22

29 Rozdział 4 Sekwencjonowanie Wstęp 23 Procedra sekwencjonowania 24 Tworzenie przebieg za pomocą oprogramowania Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg) 24 Przygotowywanie kasety odczynników 25 Przygotowywanie komory przepływowej 25 Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania 26 Ładowanie bibliotek do kasety odczynników 26 Konfigracja przebieg sekwencjonowania 26 Kontrola postęp przebieg 32 Wyświetlanie danych dotyczących przebieg i próbek 33 Możliwe stany przebieg 35 Ponowne mieszczanie analizy w kolejce lb zatrzymywanie analizy 36 Atomatyczne płkanie po przebieg 37 Wstęp W cel wykonania przebieg sekwencjonowania na aparacie NextSeq 550Dx należy przygotować kasetę odczynników i komorę przepływową, a następnie postępować zgodnie z monitami oprogramowania, aby skonfigrować i rchomić przebieg. Tworzenie klastrów i sekwencjonowanie są wykonywane w aparacie. Po wykonani przebieg atomatycznie zostanie rchomione płkanie aparat przy życi składników załadowanych wcześniej do aparat. Tworzenie klastrów Podczas tworzenia klastrów pojedyncze cząsteczki DNA wiążą się z powierzchnią komory przepływowej, a następnie legają amplifikacji, tworząc klastry. Sekwencjonowanie Klastry są obrazowane przy życi dwkanałowego oznaczania sekwencjonowania i kombinacji filtrów odpowiednich dla każdego ze znakowanych florescencyjnie nkleotydów. Po kończeni obrazowania jednej płytki w komorze przepływowej obrazowana jest kolejna płytka. Proces ten jest powtarzany dla każdego cykl sekwencjonowania. Po analizie obrazów oprogramowanie wykonje rozpoznawanie nkleotydów, filtrowanie i ocenę jakościową. Analiza W miarę postęp przebieg oprogramowanie operacyjne atomatycznie przesyła pliki rozpoznań nkleotydów (BCL) do wskazanej lokalizacji wyników do analizy wtórnej. Czas trwania przebieg sekwencjonowania Czas trwania przebieg sekwencjonowania zależy od liczby przeprowadzonych cykli. Maksymalna dłgość przebieg odpowiada przebiegowi w trybie sparowanych końców i wynosi 150 cykli na każdy z odczytów (2 x 150) oraz dodatkowych 8 cykli na każdy z dwóch odczytów indeksów. Liczba cykli w odczycie W przebieg sekwencjonowania liczba cykli wykonanych w odczycie jest o jeden większa niż liczba analizowanych cykli. Na przykład podczas przebieg sekwencjonowania w trybie sparowanych końców składającego się ze 150 cykli wykonywane są dwa odczyty po 151 cykli (2 x 151), co daje łącznie 302 cykle. 23

30 Analiza po zakończeni przebieg obejmje 2 x 150 cykli. Ten dodatkowy cykl jest potrzebny do obliczeń dotyczących fazowania i fazowania wyprzedzającego. Procedra sekwencjonowania Utworzyć przebieg w modle oprogramowania Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg). Postępować zgodnie z instrkcjami wykonywania procedr dla danego modł. Przygotować nową kasetę odczynników: rozmrozić i skontrolować. Przygotować nową komorę przepływową: doprowadzić do temperatry pokojowej, rozpakować i skontrolować. Wykonać denatrację i rozcieńczyć biblioteki. Instrkcje przygotowania znajdją się na lotce dołączonej do opakowania bibliotek. Załadować rozcieńczoną bibliotekę do zbiorniczka nr 10 w kasecie odczynników. Na ekranie głównym oprogramowania NOS aparat wybrać Seqence (Sekwencjonowanie) oraz własny identyfikator przebieg i rozpocząć konfigrację przebieg. Wybrać Rn (Przebieg). Załadować komorę przepływową. Opróżnić i załadować ponownie pojemnik na zżyte odczynniki. Załadować kasetę z bforem oraz kasetę odczynników. Przejrzeć wyniki wstępnego test kontrolnego. Wybrać Start (Urchom). (Nie jest wymagane, jeśli stawiono rchamianie atomatyczne). Monitorować przebieg za pomocą interfejs oprogramowania operacyjnego lb komptera sieciowego połączonego z lokalnym menedżerem przebieg. Po zakończeni sekwencjonowania atomatycznie rozpocznie się przemywanie aparat. Tworzenie przebieg za pomocą oprogramowania Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg) Szczegółowe instrkcje dotyczące tworzenia przebieg znajdją się w instrkcji modł lokalnego menedżera przebieg. Chociaż proces konfigracji przebieg w lokalnym menedżerze przebieg różni się w zależności od żywanego modł przepływ pracy, zawiera on kroki przedstawione poniżej. Z panel lokalnego menedżera przebieg wybrać Create Rn (Utwórz przebieg) i wybrać modł analizy. Na stronie Create Rn (Utwórz przebieg) wpisać nazwę przebieg, wprowadzić próbki dla przebieg i jeśli ma to zastosowanie importować pliki manifest. 24

31 Przygotowywanie kasety odczynników W cel pomyślnego wykonania sekwencjonowania należy dokładnie przestrzegać wskazówek dotyczących kasety odczynników. 1 Wyjąć kasetę odczynników z chłodni o temperatrze od 25 C do 15 C. 2 W cel rozmrożenia odczynników wybrać jedną z podanych poniżej metod. Nie zanrzać kasety. Po rozmrożeni kasety osszyć ją przed przejściem do następnego etap. Temperatra Czas rozmrażania Czas stabilności Łaźnia wodna o temperatrze od 15 C do 30 C 60 mint Nie przekraczać 6 godzin Od 2 C do 8 C 7 godzin Nie przekraczać 5 dni UWAGA Jeśli w tej samej łaźni wodnej rozmrażanych jest więcej kaset, należy wydłżyć czas rozmrażania. 3 Wymieszać odczynniki, odwracając kasetę 5-krotnie. 4 Sprawdzić dno kasety, aby pewnić się, że odczynniki zostały rozmrożone i nie zawierają osadów. Sprawdzić, czy pozycje 29, 30, 31 i 32 zostały rozmrożone, ponieważ są one największe, a ich rozmrażanie trwa najdłżej. 5 Delikatnie stknąć o blat w cel zmniejszenia liczby pęcherzyków powietrza. W cel zyskania najlepszych rezltatów należy mieścić próbkę w aparacie i skonfigrować przebieg. OSTRZEŻENIE Ten zestaw odczynników zawiera potencjalnie niebezpieczne sbstancje chemiczne. Wdychanie, połknięcie, kontakt ze skórą i oczami może powodować szczerbek na zdrowi. Należy nosić wyposażenie ochronne, w tym ochronę ocz, rękawiczki oraz fartch laboratoryjny odpowiednie do ryzyka narażenia. Zżyte odczynniki należy traktować jako odpady chemiczne i tylizować je zgodnie z odpowiednimi przepisami regionalnymi, krajowymi i lokalnymi. Dodatkowe informacje dotyczące ochrony środowiska, zdrowia i bezpieczeństwa zawiera karta charakterystyki dostępna na stronie spport.illmina.com/sds.html. Przygotowywanie komory przepływowej 1 Wyjąć opakowanie z nową komorą przepływową z miejsca przechowywania w temperatrze od 2 C do 8 C. 2 Zdjąć folię zabezpieczającą z opakowania i zostawić na 30 mint w temperatrze pokojowej. UWAGA Jeśli folia zabezpieczająca opakowanie jest nienarszona, komora przepływowa może pozostawać w temperatrze pokojowej maksymalnie 12 godzin. Należy nikać naprzemiennego schładzania i ogrzewania komory przepływowej. 25

32 Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania Zdenatrować i rozcieńczyć biblioteki do objętości ładowania wynoszącej 1,3 ml. W praktyce stężenie ładowania może się różnić w zależności od przygotowania biblioteki i metod oznaczenia ilościowego. Rozcieńczenie bibliotek próbek zależy od złożoności pl oligonkleotydów. Wskazówki dotyczące przygotowywania bibliotek próbek do sekwencjonowania, w tym przygotowywania rozcieńczeń i pl bibliotek, zawiera część instrkcji żytkowania dotycząca przygotowania odpowiedniej biblioteki. Wymagana jest optymalizacja gęstości klastra aparat NextSeq 550Dx. Ładowanie bibliotek do kasety odczynników 1 Oczyścić folię zabezpieczającą zbiorniczek nr 10 z oznaczeniem Load Library Here (Ttaj załadj bibliotekę) niestrzępiącą się ściereczką. 2 Przedzirawić folię końcówką czystej pipety 1 ml. 3 Załadować 1,3 ml przygotowanych bibliotek do zbiorniczka nr 10 z oznaczeniem Load Library Here (Ttaj załadj bibliotekę). Należy ważać, aby podczas pipetowania bibliotek nie dotknąć folii zabezpieczającej. Rysnek 9 Ładowanie bibliotek Konfigracja przebieg sekwencjonowania Wybór przebieg 1 Na ekranie głównym wybrać Seqence (Sekwencjonowanie). 2 Wybrać przebieg z listy. Informacje na temat tworzenia przebieg sekwencjonowania zawiera część Procedry w lokalnym menedżerze przebieg na stronie 12. Zostaną otwarte drzwiczki przedział obrazowania, nastąpi zwolnienie materiałów eksploatacyjnych z poprzedniego przebieg oraz zostanie otwarta seria ekranów konfigracji przebieg. Krótkie opóźnienie jest normalne. 3 Wybrać Next (Dalej). 26

33 Ładowanie komory przepływowej 1 Wyjąć zżytą komorę przepływową z poprzedniego przebieg. 2 Wyjąć komorę przepływową z opakowania foliowego. Rysnek 10 Wyjmowanie z opakowania foliowego 3 Otworzyć przezroczystą, plastikową kasetkę i wyjąć komorę przepływową. Rysnek 11 Wyjmowanie z kasetki 4 Oczyścić szklaną powierzchnię komory przepływowej niestrzępiącą się ściereczką nasączoną alkoholem. Osszyć szklaną powierzchnię niestrzępiącą się chsteczką laboratoryjną. UWAGA Upewnić się, że szklana powierzchnia komory przepływowej jest czysta. W razie potrzeby powtórzyć etap czyszczenia. 5 Ustawić komorę przepływową nad bolcami reglacyjnymi i mieścić ją na stolik. 27

34 Rysnek 12 Ładowanie komory przepływowej 6 Wybrać Load (Załadj). Drzwiczki zamkną się atomatycznie, na ekranie pojawi się identyfikator komory przepływowej, a czjniki zostaną sprawdzone. UWAGA Aby zapobiec przytrzaśnięci, dłonie należy trzymać z dala od zamykających się drzwiczek komory przepływowej. 7 Wybrać Next (Dalej). Opróżnianie pojemnika na zżyte odczynniki 1 Otworzyć drzwiczki przedział bfora za pomocą zatrzask znajdjącego się pod lewym dolnym rogiem drzwiczek. 2 Wyjąć pojemnik na zżyte odczynniki i ztylizować zawartość zgodnie z odpowiednimi normami. Rysnek 13 Wyjmowanie pojemnika na zżyte odczynniki UWAGA Podczas wyjmowania pojemnika należy drgą dłonią od spod podtrzymać pojemnik. 28

35 OSTRZEŻENIE Ten zestaw odczynników zawiera potencjalnie niebezpieczne sbstancje chemiczne. Wdychanie, połknięcie, kontakt ze skórą i oczami może powodować szczerbek na zdrowi. Należy nosić wyposażenie ochronne, w tym ochronę ocz, rękawiczki oraz fartch laboratoryjny odpowiednie do ryzyka narażenia. Zżyte odczynniki należy traktować jako odpady chemiczne i tylizować je zgodnie z odpowiednimi przepisami regionalnymi, krajowymi i lokalnymi. Dodatkowe informacje dotyczące ochrony środowiska, zdrowia i bezpieczeństwa zawiera karta charakterystyki dostępna na stronie spport.illmina.com/sds.html. 3 Wsnąć psty pojemnik na zżyte odczynniki do samego końca przedział bfora. Słyszalne kliknięcie wskazje, że pojemnik znalazł się na swoim miejsc. Rysnek 14 Wswanie pstego pojemnika na zżyte odczynniki Ładowanie kasety z bforem 1 Wyjąć zżytą kasetę z bforem z górnego przedział. Do podniesienia, a następnie wyjęcia kasety z bforem należy żyć pewnej siły. 2 Wsnąć nową kasetę z bforem do samego końca przedział bfora. Słyszalne kliknięcie oznacza, że kaseta znalazła się na miejsc. Na ekranie pojawi się identyfikator kasety z bforem, a czjnik zostanie sprawdzony. Rysnek 15 Ładowanie kasety z bforem 3 Zamknąć drzwiczki przedział bfora i wybrać Next (Dalej). 29

36 Ładowanie kasety odczynników 1 Otworzyć drzwiczki przedział odczynników za pomocą zatrzask znajdjącego się pod prawym dolnym rogiem drzwiczek. 2 Wyjąć zżytą kasetę odczynników z przedział odczynników. Ztylizować niezżytą zawartość zgodnie z właściwymi normami. OSTRZEŻENIE Ten zestaw odczynników zawiera potencjalnie niebezpieczne sbstancje chemiczne. Wdychanie, połknięcie, kontakt ze skórą i oczami może powodować szczerbek na zdrowi. Należy nosić wyposażenie ochronne, w tym ochronę ocz, rękawiczki oraz fartch laboratoryjny odpowiednie do ryzyka narażenia. Zżyte odczynniki należy traktować jako odpady chemiczne i tylizować je zgodnie z odpowiednimi przepisami regionalnymi, krajowymi i lokalnymi. Dodatkowe informacje dotyczące ochrony środowiska, zdrowia i bezpieczeństwa zawiera karta charakterystyki dostępna na stronie spport.illmina.com/sds.html. UWAGA W cel łatwienia bezpiecznej tylizacji niezżytego odczynnika zbiorniczek w pozycji 6 można wyjmować. Więcej informacji na ten temat zawiera część Wyjmowanie zżytego zbiorniczka z pozycji nr 6 na stronie Wsnąć kasetę odczynników do przedział odczynników do wyczcia opor, a następnie zamknąć drzwiczki przedział odczynników. Rysnek 16 Ładowanie kasety odczynników 4 Wybrać Load (Załadj). Oprogramowanie przesnie atomatycznie kasetę do właściwej pozycji (ok. 30 seknd). Na ekranie pojawi się identyfikator kasety odczynników, a czjniki zostaną sprawdzone. 5 Wybrać Next (Dalej). 30

37 Wyjmowanie zżytego zbiorniczka z pozycji nr 6 1 Po wyjęci z aparat kasety ze zżytym odczynnikiem zdjąć gmową zatyczkę zabezpieczającą z gniazda obok pozycji nr 6. Rysnek 17 Wyjmowanie z pozycji nr 6 A Gmowa zatyczka zabezpieczająca B Pozycja nr 6 2 W cel wyjęcia zbiorniczka docisnąć przezroczystą, plastikową wypstkę i pchnąć ją w lewo. 3 Ztylizować zbiorniczek zgodnie z obowiązjącymi normami. Przegląd wyników wstępnego test kontrolnego Oprogramowanie wykonje atomatyczny wstępny test kontrolny system. Podczas test na ekranie są wyświetlane następjące wskaźniki: Szary znacznik wybor test kontrolny nie został jeszcze wykonany. Ikona Postęp test kontrolny jest w tok. Zielony znacznik wybor test kontrolny zaliczony. Czerwony test kontrolny niezaliczony. W przypadk niezaliczonych pozycji w cel kontynowania należy wykonać wymagane działanie. Zobacz część Uswanie błędów atomatycznego test kontrolnego na stronie 56. Aby przerwać wykonywanie atomatycznego wstępnego test kontrolnego, wybrać przycisk Cancel (Anlj). Aby rchomić ponownie test, wybrać przycisk Retry (Ponów próbę). Test zostanie wznowiony od pierwszego niedokończonego lb niezaliczonego test. Aby wyświetlić wyniki poszczególnych testów w danej kategorii, należy wybrać kartę Category (Kategoria). Jeśli aparat nie został skonfigrowany do atomatycznego rchamiania przebiegów, dany przebieg należy rchomić po zakończeni atomatycznego wstępnego test kontrolnego. Urchamianie przebieg Po zakończeni atomatycznego wstępnego test kontrolnego system wybrać Start (Urchom). Rozpocznie się przebieg sekwencjonowania. Aby skonfigrować system tak, aby rchamiał przebieg atomatycznie po zaliczeni test, zobacz część Ustawienie rozpoczęcia przebieg, danych dotyczących działania aparat i lokalizacji folder wyjściowego na stronie

38 PRZESTROGA Użytkownik powinien być przez cały czas zalogowany w systemie Windows. Jeśli żytkownik wylogje się z system Windows podczas przebieg sekwencjonowania, przebieg zostanie zatrzymany. UWAGA Odczynniki nie mogą być przechowywane w aparacie w stanie bezczynności dłżej niż przez 24 godziny. Kontrola postęp przebieg 1 Podczas przebieg można monitorować jego postęp, poziom intensywności i wyniki jakościowe wyświetlane na ekranie. Rysnek 18 Postęp i pomiary przebieg sekwencjonowania A B C D E F G H Rn progress (Postęp przebieg) pokazje bieżący krok i liczbę zakończonych cykli poszczególnych odczytów. Pasek postęp nie jest proporcjonalny do stopnia przebieg poszczególnych kroków. Szacowana data i godzina zakończenia przebieg jest wyświetlana w dolnej części ekran. Q-Score (Wynik jakościowy) pokazje rozkład wyników jakościowych (Q-score). Zobacz część Ocena jakościowa na stronie 65. Intensity (Intensywność) pokazje wartość intensywności klastrów 90. percentyla dla każdej płytki. Kolory wykres oznaczają poszczególne nkleotydy: czerwony A, zielony C, niebieski G, a czarny T. Clster Density (K/mm²) (Gęstość klastra (K/mm²)) pokazje liczbę klastrów wykrytych w ramach przebieg. Clsters Passing Filter (%) (Klastry przechodzące przez filtr (%)) pokazje procent klastrów przechodzących przez filtry. Zobacz część Klastry przechodzące przez filtr na stronie 64. Estimated Yield (Gb) (Szacowany zysk (Gb)) pokazje liczbę prognozowanych nkleotydów w danym przebieg. Lot Information (Informacje o partii) pokazje nmery partii materiałów eksploatacyjnych sekwencjonowania. W przypadk komory przepływowej wyświetla nmer seryjny. End Rn (Zakończ przebieg) zatrzymje trwający przebieg sekwencjonowania. Materiałów eksploatacyjnych nie można żyć ponownie. UWAGA Po wybrani przycisk Home (Strona główna) nie można wrócić do widok pomiarów przebieg. Dostęp do pomiarów przebieg można zyskać za pomocą lokalnego menedżera przebieg w oprogramowani NOS. Należy wybrać opcję Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg) na ekranie głównym lb zdalnie w przeglądarce internetowej na kompterze sieciowym. 32

39 Cykle w pomiarach przebieg Pomiary przebieg pojawiają się w różnych momentach przebieg. Na etapie generowania klastrów nie pojawiają się żadne pomiary. Pięć pierwszych cykli jest zarezerwowanych na potrzeby tworzenia szablon. Pomiary przebieg pojawiają się po 25. cykl (w tym gęstość klastra, klastry przechodzące przez filtr, zysk i wyniki jakościowe). Przesyłanie danych Stan Lokalny menedżer przebieg Folder wyjściowy Połączenie Połączenie i przesyłanie danych Brak połączenia Wyłączone Jeśli przesyłanie danych zostanie przerwane podczas przebieg, dane są tymczasowo przechowywane na kompterze aparat. Po przywróceni połączenia przesyłanie danych zostanie wznowione atomatycznie. Jeśli połączenie nie zostanie przywrócone przed zakończeniem przebieg, należy ręcznie przesłać dane z komptera aparat przed rozpoczęciem kolejnego przebieg. Wyświetlanie danych dotyczących przebieg i próbek Aby wyświetlić dane dotyczące przebieg i próbek należy kliknąć nazwę przebieg w panel lokalnego menedżera przebieg. Podsmowanie wyników analizy przestawiane jest na trzech następjących kartach: Rn Overview (Przegląd przebieg) Seqencing Information (Informacje dotyczące sekwencjonowania) Samples and Reslts (Próbki i wyniki) 33

40 Karta Rn Overview (Przegląd przebieg) Karta Rn Overview (Przegląd przebieg) zawiera informacje dotyczące przebieg, podsmowanie danych sekwencjonowania oraz lokalizację folder przebieg. Tytł sekcji Rn Name / Rn ID (Nazwa przebieg/identyfikator przebieg) Created By (Utworzony przez) Description (Opis) Otpt Rn Folder (Folder wyjściowy przebieg) Total Clsters (Łączna liczba klastrów) Opis Nazwa przebieg nadawana jest w momencie tworzenia przebieg. Nazwa żytkownika, który tworzył przebieg. Opis przebieg, jeżeli został dodany. Ścieżka do folder wyjściowego przebieg sekwencjonowania. Aby zyskać szybki dostęp do folder wyjściowego, kliknąć ikonę Copy to Clipboard (Kopij do schowka). Liczba klastrów w danym przebieg. % Clsters PF (% klastrów PF) Procent klastrów przechodzących przez filtr. % Q30 (Read 1) (Odczyt 1) Procent odczytów w odczycie 1 z wynikiem jakości 30 (Q30) lb wyższym. % Q30 (Read 2) (Odczyt 2) Procent odczytów w odczycie 2 z wynikiem jakości 30 (Q30) lb wyższym. Last Scored Cycle (Ostatni cykl z wynikiem) Ostatni cykl w przebieg z wynikiem jakości. Jeśli przebieg nie zakończył się przedwcześnie, wartość ta przedstawia ostatni cykl w przebieg. Karta Seqencing Information (Informacje dotyczące sekwencjonowania) Karta Seqencing Information (Informacje dotyczące sekwencjonowania) zawiera podsmowanie parametrów przebieg sekwencjonowania. Na karcie Seqencing Information (Informacje dotyczące sekwencjonowania) prezentowane są następjące informacje: Tytł sekcji Instrment Name (Nazwa aparat) Seqenced By (Sekwencjonowanie wykonane przez) Seqencing Start (Rozpoczęcie sekwencjonowania) RTA Version (Wersja RTA) Modle Version (Wersja modł) Read Lengths (Dłgości odczyt) Flow Cell Information (Informacje dotyczące komory przepływowej) Bffer Information (Informacje dotyczące bfora) Reagent Cartridge Information (Informacje dotyczące kasety odczynników) Opis Nazwa aparat żytego do wykonania przebieg. Nazwa żytkownika, który rchomił przebieg. Data i godzina rozpoczęcia przebieg sekwencjonowania. Wersja oprogramowania RTA żytego do przebieg. Wersja modł analizy przypisanego do przebieg. Liczba odczytów i cykli w każdym odczycie wykonanym podczas przebieg. Kod kreskowy, nmer katalogowy, nmer partii oraz data ważności komory przepływowej żytej do przebieg. Kod kreskowy, nmer katalogowy, nmer partii oraz data ważności kasety z bforem żytej do przebieg. Kod kreskowy, nmer katalogowy, nmer partii oraz data ważności kasety odczynników żytej do przebieg. 34

41 Karta Samples and Reslts (Próbki i wyniki) Karta Samples and Reslts (Próbki i wyniki) zawiera podsmowanie wyników analizy dla każdej próbki wymienionej w tabeli próbek, lokalizację folder analiz oraz opcję ponownego mieszczenia analizy w kolejce. Informacje zawarte na karcie Samples and Reslts (Próbki i wyniki) są specyficzne dla danego modł analizy żytego do przebieg. Każdy raport zawiera nazwy próbek, wersję oprogramowania do analizy lb aplikacji oraz datę raport. Karta zawiera następjące pola informacyjne: Tytł sekcji Select Analysis (Wybór analizy) Analysis Folder (Folder analiz) Reqee Analysis (Ponowne mieszczenie analizy w kolejce) Opis Rozwijana lista wszystkich wykonanych analiz na podstawie danych wygenerowanych z przebieg sekwencjonowania. Każda przeprowadzona analiza otrzymje kolejny nmer. Wyniki przedstawiane są osobno. Ścieżka do folder analiz. Aby zyskać szybki dostęp do folder analiz, należy kliknąć ikonę Kopij do schowka. Polecenie wykonania ponownej analizy danych z przebieg sekwencjonowania. Polecenie zawiera opcję edytowania parametrów analizy lb kontynowania bez zmian. Możliwe stany przebieg Kolmna Stats (Stan) w panel przedstawia stany poszczególnych przebiegów. W poniższej tabeli opisano możliwe stany przebieg oraz kolor paska stan w kolmnie Stats (Stan). Stan Kolor paska stan Opis stan Ready for Seqencing (Gotowość do sekwencjonowania) Seqencing Rnning (Trwa sekwencjonowanie) Seqencing Unsccessfl (Sekwencjonowanie niedane) Seqencing Stopped (Przerwanie sekwencjonowania) Seqencing Complete (Sekwencjonowanie zakończone) Primary Analysis Complete (Podstawowa analiza zakończona) Primary Analysis Unsccessfl (Podstawowa analiza nie powiodła się) Analysis Qeed (Analiza mieszczona w kolejce) Analysis Rnning (Trwa analiza) Analysis Unsccessfl (Analiza niedana) Stopping Analysis (Przerywanie analizy) Brak Niebieski Czerwony Czerwony Niebieski Niebieski Czerwony Niebieski Niebieski Czerwony Czerwony Oczekiwanie na rozpoczęcie przebieg sekwencjonowania. Sekwencjonowanie w tok. Problem dotyczący sekwencjonowania. Brak działań. Sekwencjonowanie zatrzymane. Brak działań. Sekwencjonowanie zakończone. Pasek stan w 50%. Zakończono zbieranie danych sekwencjonowania. Pasek stan w 50%. Niedana analiza RTA. Pasek stan w 25%. Oczekiwanie na rozpoczęcie analizy. Analiza w tok. Problem dotyczący analizy. Brak działań. Otrzymano żądanie przerwania analizy. 35

42 Stan Kolor paska stan Opis stan Analysis Stopped (Przerwanie analizy) Analysis Completed (Analiza kończona) Czerwony Zielony Przerwano analizę. Brak działań. Ukończono działanie. Pasek stan wskazje 100%. Ponowne mieszczanie analizy w kolejce lb zatrzymywanie analizy Analizę można ponownie mieścić w kolejce po jej zatrzymani w przypadk jej niepowodzenia lb w cel ponownego przeanalizowania przebieg przy różnych stawieniach. Analizę można ponownie mieścić w kolejce z poziom panel lokalnego menedżera przebieg lb na karcie Samples and Reslts (Próbki i wyniki). Można anlować analizę lokalnego menedżera przebieg, rchomić kolejny przebieg sekwencjonowania, a następnie później powrócić do analizy ponownie mieszczonej w kolejce w pierwotnym przebieg. Zatrzymywanie analizy lokalnego menedżera przebieg 1 Na stronie Active Rns (Aktywne przebiegi) kliknąć More Options (Więcej opcji) obok nazwy przebieg, który ma zostać przerwany. 2 Wybrać Stop Analysis (Zatrzymaj analizę). Ponowne mieszczenie analizy w kolejce na stronie Active Rns (Aktywne przebiegi) 1 Na stronie Active Rns (Aktywne przebiegi) kliknąć ikonę Więcej opcji obok nazwy przebieg, który ma zostać ponownie mieszczony w kolejce. 2 Kliknąć Reqee (Ponownie mieść w kolejce). 3 Po wyświetleni monit wybrać jedną z następjących opcji: Kliknąć Edit Setp (Edytj konfigrację), aby zmienić parametry analizy. Na stronie Reqee Analysis (Ponowne mieszczanie analizy w kolejce) zmienić preferowane stawienia, a następnie kliknąć Reqee Analysis (Ponowne mieszczanie analizy w kolejce). Kliknąć Reqee (Ponownie mieść w kolejce). Analiza zostanie rchomiona z jej bieżącymi parametrami. Ponowne mieszczenie analizy w kolejce na stronie Reslts (Wyniki) 1 Kliknąć nazwę przebieg na stronie Active Rns (Aktywne przebiegi). 2 (Opcjonalnie) Zmienić folder wyjściowy. Zobacz część Zmiana lokalizacji wyjściowego folder przebieg na stronie Kliknąć kartę Samples and Reslts (Próbki i wyniki). 4 Kliknąć Reqee Analysis (Ponowne mieszczanie analizy w kolejce). 5 Po wyświetleni monit wybrać jedną z następjących opcji: Kliknąć Edit Setp (Edytj konfigrację), aby zmienić parametry analizy. Na stronie Reqee Analysis (Ponowne mieszczanie analizy w kolejce) zmienić preferowane stawienia, a następnie kliknąć Reqee Analysis (Ponowne mieszczanie analizy w kolejce). 36

43 Kliknąć Reqee (Ponownie mieść w kolejce). Analiza zostanie rchomiona z jej bieżącymi parametrami. Zmiana lokalizacji wyjściowego folder przebieg Lokalizacja wyjściowego folder przebieg może zostać zmieniona przed wykonaniem polecenia ponownego mieszczenia przebieg w kolejce zadań. Zmiana folder wyjściowego nie jest wymagana, ponieważ ponowne mieszczenie analizy w kolejce nie powodje zastąpienia starszych analiz. 1 W panel Active Rns (Aktywne przebiegi) wybrać przebieg z listy. 2 Wybrać Rn Overview (Przegląd przebieg). 3 Wybrać ikonę Edytj i wprowadzić nową ścieżkę folder. Mimo że lokalizacja plik może się zmienić, nie można zmienić nazwy folder wyjściowego przebieg. 4 Wybrać ikonę Zapisz. Atomatyczne płkanie po przebieg Po zakończeni przebieg sekwencjonowania oprogramowanie inicjje atomatyczne płkanie, stosjąc roztwór płczący dostarczony w kasecie z bforem i NaOCl dostarczony w kasecie odczynników. Atomatyczne płkanie po przebieg trwa około 90 mint. Po zakończeni płkania aktywniony zostaje przycisk strony głównej. Podczas płkania wyniki sekwencjonowania pozostają widoczne na ekranie. Po płkani Po płkani dozowniki pozostają w pozycji dolnej, aby zapobiec przedostawani się powietrza do system. Kasety należy pozostawić na miejsc do następnego przebieg. Wyładowanie materiałów eksploatacyjnych W rzadkich przypadkach może zaistnieć konieczność wyładowania wszystkich materiałów eksploatacyjnych z aparat. W tym cel, aby wyładować materiały eksploatacyjne, należy żyć ekran szybkiego płkania. 1 Wybrać Perform Wash (Wykonaj płkanie), a następnie Qick Wash (Szybkie płkanie). 2 Drzwiczki komory przepływowej zostaną otwarte, a kaseta odczynników przesnie się na pozycję wyładowania. 3 Wyjąć komorę przepływową, kasetę z bforem oraz kasetę odczynników. 4 Wyjąć pojemnik na zżyte odczynniki i ztylizować zawartość zgodnie z odpowiednimi normami. 5 Wsnąć psty pojemnik na zżyte odczynniki do samego końca przedział bfora. Słyszalne kliknięcie wskazje, że pojemnik znalazł się na swoim miejsc. 6 Wybrać Exit (Wyjdź), aby powrócić do ekran głównego NOS. 37

44 [Tę stronę celowo pozostawiono pstą] 38

45 Rozdział 5 Konserwacja Wstęp 39 Przeprowadzanie płkania ręcznego 39 Wymiana filtra powietrza 42 Wstęp Procedry konserwacji obejmją ręczne płkanie aparat oraz wymianę filtra powietrza. Opisano również opcje wyłączania i ponownego rchamiania aparat. Instrment washes (Płkanie aparat) atomatyczne płkanie po przebieg sekwencjonowania pozwalające zachować wydajność aparat. W pewnych warnkach wymagane jest jednak okresowe płkanie ręczne. Zobacz część Przeprowadzanie płkania ręcznego na stronie 39. Air filter replacement (Wymiana filtra powietrza) reglarna wymiana filtra powietrza zapewnia właściwy przepływ powietrza przez aparat. Konserwacja zapobiegawcza Firma Illmina zaleca coroczne zaplanowanie konserwacji zapobiegawczej. Użytkownicy nieposiadający mowy serwisowej powinni skontaktować się z regionalnym menedżerem ds. obsłgi klientów lb działem pomocy technicznej firmy Illmina, aby zaplanować płatną słgę konserwacji zapobiegawczej. Przeprowadzanie płkania ręcznego Procedry płkania ręcznego aktywowane są na ekranie głównym. Opcje płkania to Qick Wash (Szybkie płkanie) oraz Manal Post-Rn Wash (Ręczne płkanie po przebieg). Rodzaje płkania Qick Wash (Szybkie płkanie) Czas trwania: 20 mint Manal Post-Rn Wash (Ręczne płkanie po przebieg) Czas trwania: 90 mint Opis Przepłkje system dostarczonym przez żytkownika roztworem płczącym, składającym się z wody o jakości laboratoryjnej i Tween 20 (kaseta z bforem płczącym). Wymagane jest włączenie aparat co 14 dni na bieg jałowym z założoną kasetą odczynników i kasetą z bforem. Wymagane jest, aby aparat co 7 dni był w stanie schym (wyjęte kaseta odczynników i kaseta z bforem). Przepłkje system dostarczonym przez żytkownika roztworem płczącym, składającym się z wody o jakości laboratoryjnej, Tween 20 (kaseta z bforem płczącym) oraz podchloryn sod o stężeni 0,12% (kaseta z odczynnikiem płczącym). Wymagane, jeśli nie wykonano atomatycznego płkania po przebieg. Płkanie ręczne wymaga życia kaset z odczynnikiem płczącym i z bforem płczącym dostarczonych z aparatem, a także żywanej komory przepływowej. Używaną komorę przepływową można żyć do płkania aparat maksymalnie 20 razy. 39

46 Rysnek 19 Kaseta z odczynnikiem płczącym oraz kaseta z bforem płczącym. Przygotowanie do ręcznego płkania po przebieg Należy podjąć decyzję, czy przygotować się do płkania ręcznego po przebieg zgodnie z poniższym opisem, czy też przygotować się do szybkiego płkania (następna część). W przypadk zamiar wykonania płkania ręcznego po przebieg należy ominąć część poświęconą szybkiem płkani i przejść do części Ładowanie żywanej komory przepływowej oraz kaset płczących na stronie 41. Materiały eksploatacyjne dostarczane przez żytkownika Objętość i opis NaOCl 1 ml, rozcieńczony do 0,12% Ładowany do kasety z odczynnikiem płczącym (pozycja nr 28) 100% Tween 20 Woda o jakości laboratoryjnej Stosowane do przygotowania 125 ml roztwor płczącego Tween 20 0,05% Ładowane do kasety z bforem płczącym (pojemniczek pośrodk) UWAGA Zawsze należy stosować świeży roztwór NaOCl przygotowany w ciąg ostatnich 24 godzin. Jeśli przygotowano więcej niż 1 ml objętości, pozostałą część roztwor należy przechowywać w temperatrze od 2 C do 8 C i zżyć w ciąg następnych 24 godzin. W przeciwnym razie pozostały roztwór NaOCl należy ztylizować. 1 W cel przygotowania 1 ml NaOCl o stężeni 0,12% należy wymieszać w probówce do mikrowirówki podane poniżej objętości: 5% NaOCl (24 µl) woda o jakości laboratoryjnej (976 µl) 2 Odwrócić probówkę, aby wymieszać. 3 Dodać 1 ml NaOCl 0,12% do kasety z odczynnikiem płczącym. Prawidłowy pojemniczek odpowiada pozycji nr 28 na kasecie ładowanej fabrycznie. 40

47 Rysnek 20 Ładowanie NaOCl 4 W cel przygotowania roztwor płczącego Tween 20 0,05% należy wymieszać następjące objętości: 100% Tween 20 (62 µl) woda o jakości laboratoryjnej (125 ml) 5 Dodać 125 ml roztwor płczącego do pojemniczka pośrodk kasety z bforem płczącym. 6 Wybrać Perform Wash (Wykonaj płkanie), a następnie Manal Post-Rn Wash (Ręczne płkanie po przebieg). Przygotowanie do szybkiego płkania Przygotowanie do szybkiego płkania zgodnie z poniższym opisem stanowi alternatywę dla sekcji Przygotowanie do ręcznego płkania po przebieg na stronie 40. Materiały eksploatacyjne dostarczane przez żytkownika 100% Tween 20 Woda o jakości laboratoryjnej Objętość i opis Stosowane do przygotowania 40 ml roztwor płczącego Tween 20 0,05% Ładowane do kasety z bforem płczącym (pojemniczek pośrodk) 1 W cel przygotowania roztwor płczącego Tween 20 0,05% należy wymieszać następjące objętości: 100% Tween 20 (20 µl) woda o jakości laboratoryjnej (40 ml) 2 Dodać 40 ml roztwor płczącego do pojemniczka pośrodk kasety z bforem płczącym. 3 Wybrać Perform Wash (Wykonaj płkanie), a następnie Qick Wash (Szybkie płkanie). Ładowanie żywanej komory przepływowej oraz kaset płczących 1 Załadować żywaną komorę przepływową, jeśli nie jest załadowana. Wybrać Load (Załadj), a następnie wybrać Next (Dalej). 2 Wyjąć pojemnik na zżyte odczynniki i ztylizować zawartość zgodnie z obowiązjącymi normami. OSTRZEŻENIE Ten zestaw odczynników zawiera potencjalnie niebezpieczne sbstancje chemiczne. Wdychanie, połknięcie, kontakt ze skórą i oczami może powodować szczerbek na zdrowi. Należy nosić wyposażenie ochronne, w tym ochronę ocz, rękawiczki oraz fartch laboratoryjny odpowiednie do ryzyka narażenia. Zżyte odczynniki należy traktować jako odpady chemiczne i tylizować je zgodnie z obowiązjącymi przepisami regionalnymi, krajowymi i lokalnymi. Dodatkowe informacje dotyczące ochrony środowiska, zdrowia i bezpieczeństwa zawiera karta charakterystyki dostępna na stronie spport.illmina.com/sds.html. 41

48 3 Wsnąć psty pojemnik na zżyte odczynniki do samego końca przedział bfora. 4 Usnąć zżytą kasetę z bforem z poprzedniego przebieg, jeśli jest obecna. 5 Załadować kasetę z bforem płczącym zawierającą roztwór płczący. 6 Usnąć zżytą kasetę odczynników z poprzedniego przebieg, jeśli jest obecna. 7 Załadować kasetę z odczynnikiem płczącym. 8 Wybrać Next (Dalej). Kontrola płkania wstępnego rozpocznie się atomatycznie. Urchamianie płkania 1 Wybrać Start (Urchom). 2 Po zakończeni płkania wybrać Home (Strona główna). Po płkani Po płkani dozowniki pozostają w pozycji dolnej, aby zapobiec przedostawani się powietrza do system. Kasety należy pozostawić na miejsc do następnego przebieg. Wymiana filtra powietrza Filtr powietrza zapewnia przepływ powietrza przez aparat. Oprogramowanie wyświetla powiadomienie o konieczności wymiany filtra powietrza co 90 dni. Po wyświetleni monit wybrać Remind in 1 day (Przypomnij za 1 dzień) lb wykonać poniższą procedrę i wybrać Filter Changed (Wymieniono filtr). Licznik 90 dni zostanie zresetowany po wybrani opcji Filter Changed (Wymieniono filtr). 1 Wyjąć nowy filtr powietrza z opakowania i na ramce filtra zapisać datę założenia. 2 Z tył aparat docisnąć górną część tacy filtra, aby zwolnić tacę. 3 Chwycić górną część tacy filtra i pociągnąć ją w górę, aby wyjąć ją z aparat. 4 Wyjąć stary filtr powietrza i ztylizować go. 5 Założyć nowy filtr powietrza na tacy. UWAGA Filtr powietrza nie działa prawidłowo, jeśli jest założony odwrotnie. Filtr powietrza należy założyć na tacę w taki sposób, aby zielona strzałka W górę była widoczna, a etykieta ostrzegawcza była niewidoczna. Strzałka powinna wskazywać chwyt tacy filtra. 6 Wsnąć tacę filtra do aparat. Docisnąć górną część tacy filtra tak, aby wskoczyła na miejsce. 42

49 Rysnek 21 Zakładanie filtra powietrza 43

50 [Tę stronę celowo pozostawiono pstą] 44

51 Dodatek A Ustawienia i zadania administracyjne Wstęp 45 User Management (Zarządzanie żytkownikami) 45 System Settings (Ustawienia system) 48 Modle Settings (Ustawienia modł) 49 Ścieżki adyt 49 Wstęp Poniższe stawienia i zadania wymagają prawnień żytkownika administracyjnego: Manage ser acconts (Zarządzanie kontami żytkowników) możliwia dodawanie żytkowników, przypisywanie prawnień i stawianie haseł. Edit NOS system settings (Edycja stawień systemowych NOS) pozwala edytować oprogramowanie NOS za pomocą ikony Manage Instrment (Zarządzaj aparatem) na ekranie głównym aparat NextSeq 550Dx. Manage Local Rn Manager system settings (Zarządzanie stawieniami systemowymi lokalnego menedżera przebieg) możliwia stawienie parametrów bezpieczeństwa system, odstępów między konserwacjami oraz kont słg. Relink the Rn Folder (Ponowne linkowanie folder przebieg) jeśli folder rchamiania zostanie snięty, a następnie przywrócony, możliwia linkowanie proces w przywróconym folderze do ponownego mieszczania w kolejce do analizy. View adit trails (Przegląd ścieżek adyt) możliwia monitorowanie częstotliwości dostęp i aktywności żytkownika. Uprawnienia do wykonania poniższego zadania można konfigrować w zarządzani żytkownikami: Reboot into research se only mode (Ponowne rchomienie wyłącznie do życia w trybie badania) możliwia zmianę tryb działania oprogramowania system na tryb badania (RUO). Edit modle settings (Edytowanie stawień modł) możliwia konfigrację stawień modł, takich jak przesyłanie plików manifest do życia we wszystkich przebiegach z określonym modłem analizy. Reqee analysis (Ponowne mieszczanie analizy w kolejce) możliwia edycję parametrów, a następnie ponowne rchomienie analizy. Zobacz część Ponowne mieszczanie analizy w kolejce lb zatrzymywanie analizy na stronie 36. User Management (Zarządzanie żytkownikami) Wszystkie konta żytkowników wymienione są na stronie User Management (Zarządzanie żytkownikami). Każde konto zawiera imię, nazwisko i nazwę żytkownika. W ramach każdego konta zarządzani podlegają takie informacje szczegółowe, jak rola i powiązane z nią prawniania. Możliwe są dwie role: administratora lb żytkownika. Rola administratora role administratora domyślnie mają pełen zakres prawnień. Rola żytkownika role żytkownika podlegają konfigracji w oparci o podzbiór możliwych prawnień. Wszyscy żytkownicy mogą tworzyć przebiegi bez względ na stawienia ich prawnień. Strona User Management (Zarządzanie żytkownikami) widoczna jest tylko dla administratorów. 45

52 UWAGA Należy tworzyć więcej niż jedno konto administratora. W przypadk zablokowania jedynego administratora aparat tylko dział pomocy technicznej firmy Illmina może odblokować aparat. UWAGA W zależności od rozmiar ekran, na którym wyświetlane jest oprogramowanie, men Tools (Narzędzia) może znajdować się w lewym górnym rog men. Uprawnienia żytkowników Uprawnienie Opis Rola administratora Edytowanie stawień systemowych lokalnego menedżera przebieg Wyjście do system Windows Edytowanie stawień modł Zarządzanie kontami żytkowników Minimalizacja NOS i dostęp do komptera Ponowne mieszczanie analizy w kolejce Ponowne rchomienie wyłącznie w trybie badania Wyświetlanie ścieżek adyt Dodawanie nowego żytkownika Konfigracja stawień bezpieczeństwa, zarządzania i kont słgi Opszczenie NOS i dostęp do komptera aparat Ładowanie plików wykazów do modłów analizy Dozwolone Dozwolone Dozwolone Rola żytkownika Niedozwolone Niedozwolone Dozwolone, jeśli wybrane Tworzenie i edytowanie kont żytkowników Dozwolone Niedozwolone Minimalizacja NOS i dostęp do komptera aparat Ponowna analiza przebiegów, edytowanie parametrów analizy Zmiana oprogramowania aparat na tryb RUO Wyświetlanie, filtrowanie i eksport ścieżek adyt Dozwolone Dozwolone Dozwolone Dozwolone Niedozwolone Dozwolone, jeśli wybrane Dozwolone, jeśli wybrane Niedozwolone 1 Na pask nawigacyjnym panel kliknąć men Tools (Narzędzia), a następnie kliknąć User Management (Zarządzanie żytkownikami). 2 Na stronie User Management (Zarządzanie żytkownikami) kliknąć Create User (Dodaj żytkownika). 3 W oknie dialogowym dodawania nowego żytkownika wprowadzić imię i nazwisko nowego żytkownika. 4 W pol User Name (Nazwa żytkownika) wpisać nazwę żytkownika. Nazwy żytkowników mszą być nikalne i nie można ich później żyć ponownie ani edytować. 5 W pol New Password (Nowe hasło) wpisać hasło tymczasowe. Tymczasowe hasła nie są przechowywane w historii haseł i mogą być żyte ponownie. 6 W pol Confirm Password (Potwierdź hasło) ponownie wpisać hasło tymczasowe. 7 Aby wybrać rolę, kliknąć Admin (Administrator) lb User (Użytkownik) w cel przełączenia między opcjami. 8 Wybrać prawnienia żytkowników na podstawie określonej roli żytkownika. 9 Kliknąć Create User (Dodaj żytkownika). 46

53 Resetowanie hasła żytkownika 1 Na pask nawigacyjnym panel kliknąć men Tools (Narzędzia), a następnie kliknąć User Management (Zarządzanie żytkownikami). 2 Odszkać nazwę żytkownika do edycji, a następnie kliknąć ikonę Edit (Edytj). 3 W pol New Password (Nowe hasło) wpisać hasło tymczasowe. Tymczasowe hasła nie są przechowywane w historii haseł i mogą być ponownie żyte. 4 W pol Confirm Password (Potwierdź hasło) ponownie wpisać hasło tymczasowe. 5 Kliknąć Update User (Aktalizj żytkownika). Odblokowanie hasła żytkownika 1 Na pask nawigacyjnym panel kliknąć men Tools (Narzędzia), a następnie kliknąć User Management (Zarządzanie żytkownikami). 2 Odszkać nazwę żytkownika do edycji, a następnie kliknąć ikonę Edytj. 3 W oknie dialogowym edycji żytkownika kliknąć Unlock User (Odblokj żytkownika). 4 W pol New Password (Nowe hasło) wpisać hasło tymczasowe. 5 W pol Confirm Password (Potwierdź hasło) ponownie wpisać tymczasowe hasło. 6 Kliknąć Update User (Aktalizj żytkownika). Zmiana prawnień żytkownika 1 Na pask nawigacyjnym panel kliknąć men Tools (Narzędzia), a następnie kliknąć User Management (Zarządzanie żytkownikami). 2 Odszkać nazwę żytkownika do edycji, a następnie kliknąć ikonę Edytj. 3 Aby zmienić rolę, kliknąć Admin (Administrator) lb User (Użytkownik) w cel przełączenia między opcjami. 4 Wybrać prawnienia żytkowników na podstawie określonej roli żytkownika. 5 Kliknąć Update User (Aktalizj żytkownika). Uswanie żytkownika 1 Na pask nawigacyjnym panel kliknąć men Tools (Narzędzia), a następnie kliknąć User Management (Zarządzanie żytkownikami). 2 Odszkać nazwę żytkownika do edycji, a następnie kliknąć ikonę Edytj. 3 W oknie dialogowym dodawania nowego żytkownika kliknąć Delete User (Usń żytkownika). Po snięci żytkownika nie można ponownie tworzyć konta o tej samej nazwie. 4 Po wyświetleni monit o snięcie żytkownika kliknąć Delete (Usń). 47

54 System Settings (Ustawienia system) Ustawienia system to globalne parametry dotyczące zabezpieczeń żytkownika i atomatycznego zarządzania danymi. Ustawienia zabezpieczeń żytkownika obejmją datę ważności hasła, maksymalną liczbę prób logowania oraz limit czas trwania bezczynności. Ustawienia zarządzania danymi obejmją atomatyczne swanie nieaktywnych folderów przebieg, częstotliwość wykonywania kopii zapasowej bazy danych oraz polecenie wykonania natychmiastowej kopii zapasowej bazy danych. Jeśli katalog przebieg z wynikami ma ścieżkę sieciową, należy stawić w systemie Windows konta słgi analizy i słgi pracy. Ustawieniem domyślnym jest lokalne konto systemowe. Strona System Settings (Ustawienia system) jest widoczna tylko dla administratora. UWAGA W zależności od rozmiar ekran, na którym wyświetlane jest oprogramowanie, men Tools (Narzędzia) może znajdować się w lewym górnym rog men. Określenie stawień zabezpieczeń system 1 Na pask nawigacyjnym panel kliknąć men Tools (Narzędzia), a następnie kliknąć System Settings (Ustawienia system). 2 Kliknąć kartę Secrity (Zabezpieczenia). 3 Określić liczbę dni, zanim hasło wygaśnie i będzie wymagało zresetowania. 4 Określić, po il dniach żytkownik otrzyma przypomnienie o zresetowani hasła, zanim ono wygaśnie. 5 Określić maksymalną liczbę prób wpisania nieprawidłowych danych logowania, zanim system zostanie zablokowany. 6 Określić, przez ile mint system może pozostawać w bezczynności, zanim żytkownik zostanie atomatycznie wylogowany. 7 Kliknąć Save (Zapisz). Określanie stawień konserwacji system 1 Na pask nawigacyjnym panel kliknąć men Tools (Narzędzia), a następnie kliknąć System Settings (Ustawienia system). 2 Kliknąć kartę Maintenance (Konserwacja). 3 Aby włączyć atomatyczne swanie nieaktywnych folderów, zaznaczyć pole wybor Enable Atomatic Deletion (Włącz atomatyczne swanie). Po włączeni tej opcji system będzie swać po określonym czasie nieaktywne foldery z domyślnego folder analizy. 4 Po zaznaczeni pola wybor Enable Atomatic Deletion (Włącz atomatyczne swanie) podać liczbę dni brak aktywności przed rchomieniem polecenia atomatycznego snięcia. 5 Aby określić lokalizację kopii zapasowej bazy danych, wprowadzić preferowaną ścieżkę do lokalizacji kopii zapasowej. Aby przywrócić zarchiwizowaną bazę danych, skontaktować się z działem pomocy technicznej firmy Illmina. 48

55 6 W pol Backp Period (Okres kopii zapasowej) wprowadzić liczbę dni między operacjami wykonywania kopii zapasowej. 7 Aby natychmiast tworzyć kopię zapasową, kliknąć opcję Backp Now (Utwórz teraz kopię zapasową). 8 Kliknąć Save (Zapisz). Określenie stawień kont słg system 1 Na pask nawigacyjnym panel kliknąć men Tools (Narzędzia), a następnie kliknąć System Settings (Ustawienia system). 2 Kliknąć kartę Service Acconts (Konta słg). 3 Aby aktywować w systemie Windows konta słgi analizy oraz słgi pracy, wybrać Windows Accont (Konto Windows). 4 W pol User Name (Nazwa żytkownika) wpisać nazwę żytkownika. 5 W pol Password (Hasło) wpisać hasło. 6 Kliknąć Save (Zapisz). Modle Settings (Ustawienia modł) Strona Modle Settings (Ustawienia modł) zawiera listę zainstalowanych modłów analizy w lewym panel nawigacyjnym. Poszczególne nazwy modłów analizy możliwiają otwarcie strony z wersją modł i datą ostatniej modyfikacji. W przypadk modłów wymagających manifest do modł należy dodać pliki manifest, aby dostępnić je dla wszystkich przebiegów. Wymagane są prawnienia administratora. 1 Na pask nawigacyjnym panel kliknąć men Tools (Narzędzia), a następnie kliknąć Modle Settings (Ustawienia modł). UWAGA W zależności od rozmiar ekran, na którym wyświetlane jest oprogramowanie, men Tools (Narzędzia) może znajdować się w lewej górnej części men. 2 Kliknąć nazwę modł w lewym panel nawigacyjnym. 3 Kliknąć Add Manifest(s) (Dodaj manifesty). 4 Przejść do plik manifest, wybrać manifest do dodania i kliknąć Open (Otwórz). Ścieżki adyt Ścieżki adyt słżą do rejestrowania informacji o określonych czynnościach, takich jak dostęp żytkownika, zmiany profil żytkownika i zmiany parametrów system, przebieg lb analizy. Każdy wpis ścieżki adyt zawiera następjące informacje: Kiedy przedstawione w formie daty RRRR-MM-DD i godziny w formacie 24-godzinnym. Kto przedstawione za pomocą nazwy żytkownika, który zainicjował działanie. Co przedstawione w formie krótkiego, stawionego wcześniej opis podjętych działań. Element odnośny przedstawiony za pomocą czterech kategorii elementów dotyczących żytkownika, przebieg, analizy oraz system. 49

56 Aby posortować listę ścieżek adyt, należy kliknąć dowolny nagłówek kolmny, sortjąc ją w porządk rosnącym lb malejącym. Strona Adit Trails (Ścieżki adyt) jest widoczna tylko dla administratora. UWAGA W zależności od rozmiar ekran, na którym wyświetlane jest oprogramowanie, men Tools (Narzędzia) może znajdować się w lewej górnej części men. Filtrowanie ścieżek adyt 1 Na pask nawigacyjnym plpit kliknąć men Tools (Narzędzia), a następnie kliknąć Adit Trails (Ścieżki adyt). 2 Na stronie Adit Trails (Ścieżki adyt) kliknąć ikonę Filtrj. Uwaga Można stosować filtry do wcześniej filtrowanych wyników, aby jeszcze bardziej zawęzić listę. Aby zastosować filtr do całej bazy danych ścieżek adyt, należy najpierw wyczyścić poprzednie filtry. Filtrowanie wedłg daty 1 Kliknąć ikonę Kalendarz i wybrać datę From (Od). 2 Kliknąć ikonę Kalendarz i wybrać datę To (Do). 3 Kliknąć Filter (Filtrj). Filtrowanie wedłg nazwy żytkownika 1 W pol Who (Kto) wpisać nazwę żytkownika. Można wpisać jej dowolną część. Gwiazdki (*) nie są wymagane. 2 Kliknąć Filter (Filtrj). Filtrowanie wedłg działania 1 W pol What (Co) wprowadzić opis działania. Można wpisać dowolną część opis. Gwiazdki (*) nie są wymagane. 2 Kliknąć Filter (Filtrj). Filtrowanie wedłg opis elementów odnośnych 1 W pol tekstowym Affected Item (Element odnośny) wprowadzić dowolną część opisywanego element. Opis może być na przykład nazwą przebieg, nazwą żytkownika, nazwą modł analizy lb nazwą raport. Można wpisać dowolną część opis. Gwiazdki (*) nie są wymagane. 2 Kliknąć Filter (Filtrj). 50

57 Filtrowanie wedłg kategorii elementów odnośnych 1 Aby filtrować wedłg kategorii elementów, których dotyczy problem, kliknąć ikonę Category (Kategoria) w pol Affected Item (Element odnośny) i wybrać jedną z następjących opcji: User (Użytkownik) możliwia filtrowanie listy w cel wyświetlenia działań żytkownika i działań związanych z jego wierzytelnianiem. Rn (Przebieg) możliwia filtrowanie listy w cel wyświetlenia zmian dotyczących parametrów przebieg lb stan przebieg. Analysis (Analiza) możliwia filtrowanie listy w cel wyświetlenia zmian dotyczących parametrów lb stan analizy. System możliwia filtrowanie listy w cel wyświetlenia działań na poziomie system, takich jak przesyłanie plików, konserwacja system czy stawienia zabezpieczeń. 2 Kliknąć Filter (Filtrj). Eksport ścieżek adyt 1 Na pask nawigacyjnym panel kliknąć men Tools (Narzędzia), a następnie kliknąć Adit Trails (Ścieżki adyt). 2 Na stronie Adit Trails (Ścieżki adyt) kliknąć ikonę Filtrj. 3 Zastosować preferowane filtry. 4 Kliknąć ikonę Eksportj. Oprogramowanie generje raport w formacie plik PDF, który zawiera nazwę żytkownika, datę eksport i parametry filtra. Ikony ścieżek adyt Na ekranie Adit Trails (Ścieżki adyt) żywane są przedstawione poniżej ikony. Ikona Nazwa Opis Analiza Przebieg System Użytkownik Wskazje na zmianę parametrów lb stan analizy. Wskazje na zmianę parametrów lb stan przebieg. Wskazje na zmianę stawień modł lb system. Wskazje na działanie żytkownika lb działanie związane z jego wierzytelnianiem. 51

58 [Tę stronę celowo pozostawiono pstą] 52

59 Dodatek B Rozwiązywanie problemów Wstęp 53 Kontrola system 53 Pliki możliwiające rozwiązywanie problemów 55 Uswanie błędów atomatycznego test kontrolnego 56 Pojemnik na zżyte odczynniki jest pełny 57 Komnikat o błędzie macierzy RAID 58 Konfigracja stawień system 58 Wstęp W przypadk problemów z jakością lb wydajnością przebieg należy skontaktować się z działem pomocy technicznej firmy Illmina. Zobacz część Pomoc techniczna na stronie 75. Kontrola system Kontrola system nie jest wymagana podczas standardowej obsłgi ani w cel przeprowadzenia konserwacji aparat. W cel rozwiązania problem przedstawiciel dział pomocy technicznej firmy Illmina może jednak poprosić o wykonanie kontroli system. UWAGA W przypadk zaległego płkania aparat należy je wykonać przez rchomieniem kontroli system. Urchomienie kontroli system powodje atomatyczne zamknięcie oprogramowania sterjącego oraz rchomienie oprogramowania NextSeq 550Dx Service Software (NSS). Po rchomieni oprogramowania serwisowego zostanie otwarty ekran Load (Ładowanie) ze skonfigrowanymi opcjami zaawansowanego ładowania. Rysnek 22 Dostępne testy system Nieaktywne pola wybor na ekranie Select (Wybór) przedstawiają testy wymagające pomocy przedstawiciela serwis firmy Illmina. 53

60 Przeprowadzanie kontroli system 1 Na ekranie Manage Instrment (Zarządzanie aparatem) wybrać System Check (Kontrola system). Po wyświetleni monit o zamknięcie oprogramowania NOS wybrać Yes (Tak). 2 Załadować materiały eksploatacyjne w następjący sposób: a b c d Jeśli żywana komora przepływowa nie znajdje się w aparacie, załadować ją. Opróżnić i załadować ponownie do aparat pojemnik na zżyte odczynniki. Dodać 120 ml wody laboratoryjnej do środkowego zbiorniczka kasety z bforem płczącym i załadować go. Załadować kasetę z odczynnikiem płczącym. Upewnić się, że kaseta z odczynnikiem płczącym jest opróżniona i czysta. 3 Wybrać Load (Załadj). Oprogramowanie zapewni przesnięcie komory przepływowej oraz kasety z odczynnikiem płczącym do właściwej pozycji. Wybrać Next (Dalej). 4 Wybrać Next (Dalej). Rozpocznie się kontrola system. 5 (Opcjonalnie) Po zakończeni test system wybrać View (Wyświetl) obok nazwy test, aby wyświetlić wartości powiązane z poszczególnymi testami. 6 Wybrać Next (Dalej). Zostanie otwarty raport kontroli system. 7 Wybrać Save (Zapisz), aby zapisać raport w spakowanym plik. Przejść do lokalizacji sieciowej, aby zapisać plik. 8 Po zakończeni wybrać Exit (Wyjdź). 9 Po wyświetleni monit o zamknięcie oprogramowania serwisowego oraz ponowne rchomienie oprogramowania NOS wybrać Yes (Tak). Oprogramowanie sterjące atomatycznie rchomi się ponownie. Testy kontrolne Kontrola system BSM FCLM & FAM Stage Tests (Testy stolików) Opis Sprawdza zysk i odległość mechanizm słomkowego bfora (BSM) w cel potwierdzenia prawidłowości działania modł. Sprawdza zysk i odległość mechanizm ładowania komory przepływowej (FCLM) oraz modł atomatyki przepływ (FAM) w cel potwierdzenia prawidłowości działania modłów. Sprawdzają limity przesw oraz działanie stolików XY oraz 6 stolików Z, po jednym dla każdej kamery. Test kład optycznego Kontrola system Flow Cell Registration (Rejestracja komory przepływowej) Opis Mierzy odchylenie komory przepływowej na płaszczyźnie optycznej, sprawdza działanie kamery i modł obrazowania oraz rejestrację komory przepływowej w prawidłowej pozycji obrazowania. 54

61 Testy kład przepływowego Kontrola system Valve Response (Reakcja zawor) Pressre Decay (Zanik ciśnienia) Flow Rate (Prędkość przepływ) Opis Sprawdza dokładność rchów zawor i pompy, a także zakres rch strzykawki pompy. Sprawdza stopień nieszczelności kład przepływowego, potwierdzając prawidłowość osadzenia komory przepływowej w pozycji sekwencjonowania. Sprawdza działanie czjników pęcherzyków powietrza słżących do wykrywania obecności powietrza w przewodach odczynników. Mierzy prędkości przepływ w cel sprawdzenia niedrożności lb nieszczelności. Testy kład termicznego Kontrola system Fans (Wentylatory) Thermal Probes (Sondy termiczne) Opis Sprawdza prędkość wentylatorów system w implsach na mintę (PPM) w cel potwierdzenia prawidłowości działania wentylatorów. Niedziałające wentylatory zwracają wartość jemną. Sprawdza średnie temperatry poszczególnych czjników termicznych. Niedziałające czjniki termiczne zwracają wartość jemną. Pliki możliwiające rozwiązywanie problemów W cel rozwiązania problem przedstawiciel dział pomocy technicznej firmy Illmina może poprosić o kopie plików dotyczących przebieg lb skanowania. Do rozwiązywania problemów żywane są zazwyczaj wymienione poniżej pliki. Pliki możliwiające rozwiązywanie problemów z przebiegami sekwencjonowania Klczowy plik Folder Opis Plik z danymi przebieg (RnInfo.xml) Plik z parametrami przebieg (RnParameters.xml) Plik konfigracyjny RTA (RTAConfigration.xml) Folder główny Folder główny Folder główny Zawiera następjące informacje: nazwa przebieg, liczba cykli w przebieg, liczba cykli w każdym odczycie, informacja o ewentalnym indeksowani odczyt, liczba pasm i płytek w komorze przepływowej. Zawiera informacje na temat parametrów przebieg oraz elementów przebieg. Informacje te obejmją RFID, nmer seryjny, nmer katalogowy oraz datę ważności. Zawiera stawienia konfigracji RTA dla danego przebieg. Plik RTAConfigration.xml tworzony jest na początk przebieg. Pliki InterOp (*.bin) InterOp Binarne pliki sprawozdawcze. Pliki InterOp są aktalizowane przez cały czas trwania przebieg. Pliki dziennika Logs Pliki dziennika opisją wszystkie czynności wykonane za pomocą aparat w każdym cykl i zawierają wersje oprogramowania i oprogramowania sprzętowego żytego podczas przebieg. Plik o nazwie NazwaAparat_ CrrentHardware.csv zawiera nmery seryjne elementów aparat. 55

62 Klczowy plik Folder Opis Pliki dziennika błędów (*ErrorLog*.txt) Pliki dziennika globalnego (*GlobalLog*.tsv) Pliki dziennika pasma (*LaneLog*.txt) RTA logs RTA logs RTA logs Dziennik błędów RTA. Pliki dziennika błędów są aktalizowane za każdym razem, gdy wystąpi błąd. Dziennik wszystkich zdarzeń dotyczących RTA. Pliki dziennika globalnego są aktalizowane przez cały czas trwania przebieg. Dziennik zdarzeń dotyczących przetwarzania RTA. Pliki dziennika pasma są aktalizowane przez cały czas trwania przebieg. Błędy RTA Aby snąć błędy RTA, należy najpierw sprawdzić dziennik błędów RTA w folderze RTALogs. Ten plik nie jest tworzony dla prawidłowych przebiegów. Podczas zgłaszania problemów do dział pomocy technicznej firmy Illmina należy dołączyć dziennik błędów. Uswanie błędów atomatycznego test kontrolnego Jeśli w trakcie atomatycznego test kontrolnego wystąpi błąd, w cel jego snięcia należy wykonać zalecane poniżej działania. Testy przebiegów sekwencjonowania Jeśli wstępne testy kontrolne nie powiodą się, identyfikator RFID kasety odczynników nie zostanie zablokowany i będzie można go żyć do kolejnego przebieg. Identyfikator RFID zostanie jednak zablokowany po przekłci folii zabezpieczającej. Testy system Doors Closed (Zamknięcie drzwiczek) Consmables Loaded (Załadowanie materiałów eksploatacyjnych) Reqired Software (Wymagane oprogramowanie) Instrment Disk Space (Miejsce na dysk aparat) Network Connection (Połączenie sieciowe) Network Disk Space (Miejsce na dysk sieciowym) Zalecane działanie Upewnić się, że drzwiczki przedział są zamknięte. Czjniki materiałów eksploatacyjnych nie rejestrją ich obecności. Upewnić się, że poszczególne materiały eksploatacyjne są właściwie załadowane. Na ekranach konfigracji przebieg wybrać Back (Wstecz), aby powrócić do etap ładowania i powtórzyć konfigrację przebieg. Brak istotnych składników oprogramowania. Skontaktować się z pomocą techniczną firmy Illmina. Na dysk twardym aparat nie ma wystarczającej ilości miejsca na wykonanie przebieg. Być może dane z poprzedniego przebieg nie zostały przesłane. Usnąć dane przebieg z dysk twardego aparat. Połączenie sieciowe zostało przerwane. Sprawdzić stan sieci oraz fizyczne połączenie z siecią. Serwer sieciowy jest zapełniony. Temperatra Temperatre (Temperatra) Temperatre Sensors (Czjniki temperatry) Fans (Wentylatory) Zalecane działanie Skontaktować się z pomocą techniczną firmy Illmina. Skontaktować się z pomocą techniczną firmy Illmina. Skontaktować się z pomocą techniczną firmy Illmina. 56

63 Układ obrazowania Imaging Limits (Limity dotyczące obrazowania) Z Steps-and-Settle (Z kroków do rozwiązania) Bit Error Rate (Bitowa stopa błędów) Flow Cell Registration (Rejestracja komory przepływowej) Zalecane działanie Skontaktować się z pomocą techniczną firmy Illmina. Skontaktować się z pomocą techniczną firmy Illmina. Skontaktować się z pomocą techniczną firmy Illmina. Być może komora przepływowa nie jest właściwie sadowiona. Na ekranach konfigracji przebieg wybrać Back (Wstecz), aby powrócić do etap komory przepływowej. Zostaną otwarte drzwiczki przedział obrazowania. Wyładować i załadować ponownie komorę przepływową, aby pewnić się, że jest właściwie sadowiona. Dostarczanie odczynników Valve Response (Reakcja zawor) Pmp (Pompa) Bffer Mechanism (Mechanizm bfor) Spent Reagents Empty (Psty pojemnik na zżyte odczynniki) Zalecane działanie Skontaktować się z pomocą techniczną firmy Illmina. Skontaktować się z pomocą techniczną firmy Illmina. Skontaktować się z pomocą techniczną firmy Illmina. Opróżnić i załadować ponownie pojemnik na zżyte odczynniki. Pojemnik na zżyte odczynniki jest pełny Zawsze należy rozpoczynać przebieg od opróżnienia pojemnika na zżyte odczynniki. Jeśli przebieg zostanie rozpoczęty bez opróżnienia pojemnika na zżyte odczynniki, czjniki system zasygnalizją programowi zatrzymanie przebieg, gdy pojemnik będzie pełny. Czjniki system nie mogą wstrzymać przebieg podczas pracy z klastrami, ponownej syntezy w trybie sparowanych końców ani podczas atomatycznego płkania po przebieg. Po wstrzymani przebieg zostanie otwarte okno dialogowe z opcjami możliwiającymi podniesienie dozowników oraz opróżnienie pełnego pojemnika. Opróżnianie pojemnika na zżyte odczynniki 1 Wybrać Raise Sippers (Podnieś dozowniki). 2 Wyjąć pojemnik na zżyte odczynniki i odpowiednio ztylizować jego zawartość. 3 Umieścić ponownie psty pojemnik w przedziale bfora. 4 Wybrać Contine (Kontynj). Przebieg zostanie atomatycznie wznowiony. 57

64 Komnikat o błędzie macierzy RAID Kompter aparat NextSeq 550Dx jest wyposażony w cztery dyski twarde: po dwa dla tryb diagnostycznego i tryb badania. W przypadk sterki dysk twardego system wygenerje komnikat o błędzie macierzy RAID oraz zaleci skontaktowanie się z działem pomocy technicznej firmy Illmina. Zwykle wymagana jest wymiana takiego dysk twardego. Można wykonać odpowiednie kroki konfigracji przebieg oraz przejść do normalnej obsłgi. Celem tego komnikat jest wcześniejsze zaplanowanie prac serwisowych w cel niknięcia przerw w normalnym działani aparat. Ostrzeżenie dotyczące macierzy RAID może zostać skasowane wyłącznie przez administratora. Użytkowanie aparat tylko z jednym dyskiem twardym może spowodować tratę danych. Konfigracja stawień system System jest konfigrowany podczas instalacji. Jeśli jednak wymagana jest zmiana lb konieczna jest ponowna konfigracja system, należy żyć opcji konfigracji system. Tylko konto administratora system Windows ma prawnienia dostęp do opcji konfigracji system. Network Configration (Konfigracja sieci) możliwia dostęp do opcji stawień adres IP, adres serwera DNS, nazwy komptera i nazwy domeny. Ustawianie konfigracji sieci 1 Na ekranie Manage Instrment (Zarządzanie aparatem) wybrać System Configration (Konfigracja system). 2 Wybrać Obtain an IP address atomatically (Uzyskaj adres IP atomatycznie), aby zyskać adres IP przy życi serwera DHCP. UWAGA Protokół dynamicznego konfigrowania hostów (ang. Dynamic Host Configration Protocol, DHCP) jest standardowym protokołem sieciowym żywanym w sieciach IP do dynamicznej dystrybcji parametrów konfigracji sieci. Alternatywnie można wybrać Use the following IP address (Użyj następjącego adres IP), aby połączyć aparat z innym serwerem w podany poniżej sposób. Skontaktować się z administratorem sieci, aby zyskać adresy żywane w placówce żytkownika. Wprowadzić adres IP. Adres IP to ciąg czterech liczb oddzielonych kropkami, np Wprowadzić maskę podsieci będącej podzbiorem sieci IP. Wprowadzić bramę domyślną, rolę której pełni roter sieciowy zapewniający łączność z internetem. 3 Wybrać Obtain a DNS server address atomatically (Uzyskaj adres serwera DNS atomatycznie), aby połączyć aparat z serwerem nazw domen powiązanym z adresem IP. Alternatywnie można wybrać Use the following DNS server addresses (Użyj następjących adresów serwera DNS), aby połączyć aparat ręcznie z serwerem nazw domen w podany poniżej sposób. Wprowadzić preferowany adres serwera DNS. Adres serwera DNS jest nazwą serwera słżącego do tłmaczenia nazw domen na adresy IP. Wprowadzić adres alternatywnego serwera DNS. Alternatywny adres jest żywany, jeśli preferowany serwer DNS nie możne przetłmaczyć określonej nazwy domeny na adres IP. 58

65 4 Wybrać Save (Zapisz), aby przejść do ekran Compter (Kompter). UWAGA Nazwa komptera aparat zostaje do niego przypisana podczas prodkcji. Wszelkie zmiany nazwy komptera mogą wpływać na łączność i wymagają dział administratora sieci. 5 Podłączyć kompter aparat do domeny lb grpy roboczej w podany poniżej sposób. W przypadk aparatów połączonych z internetem wybrać Member of Domain (Członek domeny), a następnie wprowadzić nazwę domeny powiązaną z połączeniem internetowym w placówce żytkownika. Zmiany domeny wymagają podania nazwy i hasła żytkownika z prawnieniami administratora. W przypadk aparatów niepołączonych z internetem wybrać Member of Work Grop (Członek grpy roboczej), a następnie wprowadzić nazwę grpy roboczej. Nazwa grpy roboczej jest jednoznaczna dla placówki. 6 Wybrać Save (Zapisz). 59

66 [Tę stronę celowo pozostawiono pstą] 60

67 Dodatek C Analiza w czasie rzeczywistym Analiza w czasie rzeczywistym omówienie 61 Procedra analizy w czasie rzeczywistym 62 Analiza w czasie rzeczywistym omówienie Aparat NextSeq 550Dx korzysta z implementacji oprogramowania Real-Time Analysis (RTA) (Analiza w czasie rzeczywistym) o nazwie RTA2. Oprogramowanie RTA2 działa na kompterze aparat i wyodrębnia intensywność z obrazów, wykonje rozpoznanie nkleotydów, a następnie przypisje wynik jakościowy do każdego rozpoznania nkleotyd. Oprogramowanie RTA2 i oprogramowanie sterjące komnikją się za pośrednictwem interfejs sieciowego HTTP i dostępnionych w pamięci plików. W przypadk przerwania działania program RTA2 przetwarzanie nie jest wznawiane, a dane przebieg nie zostają zapisane. RTA2 wejścia Oprogramowanie RTA2 wymaga następjących plików wejściowych do przetwarzania: Obrazy płytek zawarte w pamięci lokalnej system. Plik RnInfo.xml generowany atomatycznie na początki przebieg i zawierający nazwę przebieg, liczbę cykli, informację o ewentalnym indeksowani odczyt oraz liczbę płytek w komorze przepływowej. Plik RTA.exe.config, czyli plik konfigracji oprogramowania w formacie XML. Oprogramowanie RTA2 otrzymje z oprogramowania sterjącego polecenia zawierające informacje dotyczące lokalizacji plik RnInfo.xml oraz ewentalnie wybranego folder wyników. RTA wer. 2 pliki wyjściowe Obrazy dotyczące poszczególnych kanałów są przekazywane w pamięci jako płytki. Płytki są to małe obszary obrazowania w komorze przepływowej zdefiniowane jako pole widzenia przez kamerę. Na podstawie tych obrazów oprogramowanie generje wynik w postaci zestaw plików rozpoznań nkleotydów z oceną jakościową oraz plików filtrów. Wszystkie pozostałe pliki są pomocniczymi plikami wyjściowymi. Typ plik Pliki rozpoznań nkleotydów Pliki filtrów Pliki lokalizacji klastrów Pliki indeksów rozpoznań nkleotydów Opis Każda z analizowanych płytek jest zawarta w zagregowanym plik rozpoznań nkleotydów (*.bcl.bgzf) dla każdego pasma i cykl. Zagregowany plik rozpoznań nkleotydów zawiera rozpoznanie nkleotyd oraz powiązaną ocenę jakościową dla każdego klastra w danym pasmie. Poszczególne płytki zapewniają informacje o filtrach, które następnie zostaną zagregowane w jednym plik filtra (*.filter) dla każdego pasma. Plik filtra określa, czy klaster przechodzi przez filtry. Pliki lokalizacji klastrów (*.locs) zawierają współrzędne X, Y wszystkich klastrów w płytce. Plik lokalizacji klastrów jest generowany dla każdego pasma podczas tworzenia matrycy. Plik indeks rozpoznania nkleotyd (*.bci) jest generowany dla każdego pasma w cel zachowania pierwotnych informacji o płytce. Plik indeks zawiera parę wartości dotyczących każdej płytki, czyli nmer płytki i liczbę jej klastrów. Oprogramowanie RTA wer. 2 dostępnia dane w czasie rzeczywistym dotyczące jakości przebieg w postaci plików InterOp. Pliki InterOp są wyjściem binarnym zawierającym dane pomiarowe płytki, cykl i poziomy odczytów. 61

68 Uswanie błędów Oprogramowanie RTA2 tworzy pliki dziennika i zapisje je w folderze RTALogs. Błędy są zapisywane w plik błędów w formacie *.tsv. Następjące pliki dziennika i błędów są przesyłane do końcowej lokalizacji docelowej wyników pod koniec przetwarzania: *GlobalLog*.tsv zawiera podsmowanie ważnych zdarzeń dotyczących przebiegów. W plik *LaneNLog*.tsv znajdje się lista przetwarzanych zdarzeń dla każdego pasma. *Error*.tsv zawiera listę błędów, które wystąpiły w czasie przebieg. *WarningLog*.tsv zawiera listę ostrzeżeń, które pojawiły się podczas przebieg. Universal Copy Service Oprogramowania NextSeq 550Dx zawiera słgę Universal Copy Service. RTA v2 żąda słgi kopiowania plików z lokalizacji źródłowej do lokalizacji docelowej, a słga przetwarza żądania kopiowania w otrzymanej kolejności. Jeśli wystąpi wyjątek, plik jest stawiany w kolejce do kopiowania na podstawie liczby plików w kolejce kopiowania. Procedra analizy w czasie rzeczywistym Tworzenie matrycy Mapowanie lokalizacji klastrów. Rejestracja i określanie intensywności Rejestracja lokalizacji poszczególnych klastrów w komorze przepływowej oraz określenie wartości intensywności tych klastrów. Korekta fazowania Korekta efektów fazowania i fazowania wyprzedzającego. Rozpoznawanie nkleotydów Określenie rozpoznania nkleotyd w przypadk każdego klastra. Ocena jakościowa Przypisanie wynik jakościowego do każdego rozpoznania nkleotyd. Tworzenie matrycy Pierwszym krokiem w procedrze RTA jest tworzenie matrycy, która określa pozycję każdego klastra w płytce za pomocą współrzędnych X i Y. Tworzenie matrycy wymaga danych obrazowych z pierwszych pięci cykli przebieg. Matryca tworzona jest po ostatnim zobrazowani danej płytki w cykl matrycy. UWAGA Aby wykryć klaster podczas tworzenia matrycy potrzeba co najmniej jednego nkleotyd innego niż G w pierwszych pięci cyklach. W przypadk sekwencji indeksów RTA v2 wymagany jest co najmniej jeden nkleotyd inny niż G w pierwszych dwóch cyklach. Matryca słży jako pnkt odniesienia do następnego krok, jakim jest rejestracja i określanie intensywności. Pozycje klastrów całej komory przepływowej zapisywane są w plikach lokalizacji klastra (*.locs) po jednym plik dla każdego pasma. 62

69 Rejestracja i określanie intensywności Rejestracja i określanie intensywności rozpoczynają się po tworzeni matrycy. Rejestracja powodje dopasowanie do matrycy obrazów wytwarzanych podczas następjących po sobie cykli obrazowania. Określanie intensywności możliwia zyskanie wartości intensywności poszczególnych klastrów w matrycy dla danego obraz. Jeśli rejestracja nie powiedzie się dla któregokolwiek z obrazów w cykl, w danym cykl nie zostaną tworzone żadne rozpoznania nkleotydów na danej płytce. Korekta fazowania Podczas reakcji sekwencjonowania każda nić DNA w klastrze wydłża się o jeden nkleotyd na cykl. Fazowanie i fazowanie wyprzedzające występją, gdy nić znajdzie się poza fazą, w której przebiega bieżący cykl dołączania. Fazowanie występje, gdy dochodzi do opóźnienia o jedną zasadę. Fazowanie wyprzedzające występje, gdy dochodzi do wyprzedzenia o jedną zasadę. Rysnek 23 Fazowanie i fazowanie wyprzedzające A B Odczyt z nkleotydem na etapie fazowania Odczyt z nkleotydem na etapie fazowania wyprzedzającego. Oprogramowanie RTA2 korygje efekty fazowania i fazowania wyprzedzającego, co pozwala zmaksymalizować jakość danych w każdym cykl podczas przebieg. Rozpoznawanie nkleotydów Rozpoznawanie nkleotydów określa zasadę (A, C, G lb T) dla każdego klastra danej płytki w określonym cykl. Aparat NextSeq 550Dx korzysta z dwkanałowego sekwencjonowania, które wymaga tylko dwóch obrazów do kodowania danych dla czterech nkleotydów DNA, jednego z kanał czerwonego i jednego z kanał zielonego. Poziomy intensywności wyekstrahowane z jednego obraz i porównane z drgim obrazem dają cztery odrębne poplacje, z których każda odpowiada jednem nkleotydowi. Proces rozpoznawania nkleotydów określa, do której poplacji należy każdy klaster. 63

70 Rysnek 24 Wizalizacja poziomów intensywności klastrów Tabela 1 Zasada Rozpoznawanie nkleotydów w sekwencjonowani dwkanałowym Kanał czerwony Kanał zielony Wynik A 1 (wł.) 1 (wł.) Klastry, które wykazją intensywność zarówno w kanale czerwonym, jak i zielonym. C 1 (wł.) 0 (wył.) Klastry, które wykazją intensywność wyłącznie w kanale czerwonym. G 0 (wył.) 0 (wył.) Klastry, które nie wykazją intensywności w znanej lokalizacji klastra. T 0 (wył.) 1 (wł.) Klastry, które wykazją intensywność wyłącznie w kanale zielonym. Klastry przechodzące przez filtr Podczas przebieg RTA2 powodje odfiltrowanie nieprzetworzonych danych w cel snięcia odczytów, które nie spełniają kryterim jakości danych. Klastry nakładające się i niskiej jakości są swane. W przypadk analizy dwkanałowej RTA2 w cel określenia czystości proces rozpoznania nkleotydów stosowany jest system oparty na poplacji. Klastry przechodzą przez filtr (PF), gdy nie więcej niż jeden rozpoznany nkleotyd w pierwszych 25 cyklach ma czystość < 0,63. Klastry, które nie przechodzą przez filtr, nie są poddawane procesowi rozpoznania nkleotydów. Kwestie dotyczące indeksowania Proces odczyt indeksów rozpoznawania nkleotydów różni się od rozpoznawania nkleotydów podczas innych odczytów. Odczyty indeksów mszą zaczynać się od co najmniej jednego nkleotyd innego niż G w jednym z dwóch pierwszych cykli. Jeśli odczyt indeks zaczyna się od dwóch rozpoznań nkleotydów G, intensywność sygnał nie jest generowana. Sygnał msi być obecny w ob pierwszych dwóch cyklach, aby zapewnić wydajność demltipleksacji. Aby zwiększyć niezawodność demltipleksacji, należy wybrać sekwencje indeksów z sygnałem na co najmniej jednym kanale, a najlepiej na ob kanałach w każdym cykl. Przestrzeganie tej wytycznej pozwala niknąć kombinacji indeksów dających wyłącznie nkleotydy G w cykl. Kanał czerwony A lb C Kanał zielony A lb T Proces rozpoznawania nkleotydów zapewnia dokładność podczas analizowania próbek o niskiej krotności. 64

71 Ocena jakościowa Wynik jakościowy (Q-score) określa prawdopodobieństwo rozpoznania niewłaściwego nkleotyd. Wyższy wynik jakościowy wskazje, że rozpoznanie nkleotyd mają wyższą jakość i większe prawdopodobieństwo poprawności. Pomiar Q-score stanowi prosty sposób identyfikacji prawdopodobieństwa wystąpienia niewielkich błędów. Wyniki jakościowe są wyświetlane jako Q(X), gdzie X to wynik. W poniższej tabeli przedstawiono relację między wynikiem jakościowym i prawdopodobieństwem błęd. Q-Score Q(X) Prawdopodobieństwo błęd Q40 0,0001 (1 na ) Q30 0,001 (1 na 1000) Q20 0,01 (1 na 100) Q10 0,1 (1 na 10) UWAGA Wynik jakościowy jest obliczany na podstawie zmodyfikowanej wersji algorytm Phred. W ramach oceny jakościowej dla każdego rozpoznania nkleotyd obliczany jest zbiór wartości prognostycznych, które następnie są żywane w cel wyszkania wynik jakościowego w tabeli jakości. Tabele jakości zostały tworzone w cel zapewnienia optymalnej dokładności prognostycznej oceny jakościowej przebiegów wygenerowanych w określonej konfigracji platformy do sekwencjonowania oraz metody oznaczania. Po określeni wyników jakościowych są one zapisywane w plikach rozpoznań nkleotydów (*.bcl.bgzf). 65

72 [Tę stronę celowo pozostawiono pstą] 66

73 Dodatek D Pliki i foldery wyjściowe Pliki wyjściowe sekwencjonowania 67 Strktra folder wyjściowego 70 Pliki wyjściowe sekwencjonowania Typ plik Pliki rozpoznań nkleotydów Plik indeks rozpoznań nkleotydów Pliki lokalizacji klastrów Pliki filtrów Pliki InterOp Plik konfigracyjny RTA Plik z danymi przebieg Opis, lokalizacja i nazwa plik Każda z analizowanych płytek jest zawarta w plik rozpoznań nkleotydów zagregowanym w jednym plik dla każdego pasma/cykl. Zagregowany plik zawiera rozpoznanie nkleotyd oraz zakodowaną ocenę jakościową dla każdego klastra w danym pasmie. Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] pliki są przechowywane w jednym folderze dla każdego pasma. [Cykl].bcl.bgzf, gdzie [Cykl] oznacza nmer cykl podawany w formie czterech cyfr. Pliki rozpoznań nkleotydów są kompresowane przy życi kompresji gzip. W przypadk każdego pasma binarny plik indeks zawiera pierwotne dane płytki w parze wartości dotyczących każdej płytki, czyli nmer płytki i liczbę jej klastrów. Pliki indeksów rozpoznań nkleotydów są tworzone przy podczas pierwszego tworzenia plik rozpoznań nkleotydów dla danego pasma. Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] pliki są przechowywane w jednym folderze dla każdego pasma. s_[pasmo].bci W przypadk każdej płytki współrzędne XY wszystkich klastrów są zagregowane w postaci jednego plik lokalizacji klastra dla każdego pasma. Pliki lokalizacji klastrów są wynikiem tworzenia matrycy. Data\Intensities\L00[X] pliki są przechowywane w jednym folderze na każde pasmo. s_[pasmo].locs Plik filtra określa, czy klaster przeszedł przez filtry. Informacje o filtrze są agregowane w jednym plik filtra dla każdego pasma i odczyt. Pliki filtrów są tworzone podczas cykl 26 z życiem 25 cykli danych. Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] pliki są przechowywane w jednym folderze na każde pasmo. s_[pasmo].filter Binarne pliki sprawozdawcze. Pliki InterOp są aktalizowane przez cały czas trwania przebieg. Folder InterOp Utworzony na początk przebieg plik konfigracji RTA zawiera stawienia przebieg. [Folder główny], RTAConfigration.xml Zawiera nazwę przebieg, liczbę cykli w poszczególnych odczytach, informację, czy odczyt jest odczytem indeksów, a także liczbę zbiorów i płytek w komorze przepływowej. Plik informacji o przebieg jest tworzony na początk przebieg. [Folder główny], RnInfo.xml Płytki komory przepływowej Płytki to małe obszary obrazowania w komorze przepływowej zdefiniowane jako pole widzenia przez kamerę. Całkowita liczba płytek zależy od liczby pasm, zbiorów i powierzchni, które są obrazowane w komorze przepływowej, oraz od tego, jak kamery współpracją ze sobą, aby zebrać obrazy. Komory przepływowe o dżej wydajności mają łącznie 864 płytki. 67

74 Tabela 2 Element komory przepływowej Dża wydajność Opis Pasma 4 Pasmo jest kanałem fizycznym z dedykowanymi portami wejściowym i wyjściowym. Powierzchnie 2 Komora przepływowa jest obrazowana na dwóch powierzchniach, górnej i dolnej. Obrazowana jest górna powierzchnia płytki 1, a następnie jej dolna powierzchnia przed przejściem do następnej płytki. Zbiory w paśmie 3 Zbiór to kolmna płytek w paśmie. Segmenty kamery 3 Aparat korzysta z sześci kamer do obrazowania komory przepływowej w trzech segmentach dla każdego pasma. Płytki w zbiorze na każdy segment kamery Płytki komory przepływowej Łączna liczba obrazowanych płytek Nmeracja pasm 12 Płytka to obszar komory przepływowej, który kamera widzi jako jeden obraz. 864 Łączna liczba płytek równa się pasma powierzchnie zbiory segmenty kamery płytki na jeden zbiór w segmencie. Pasma 1 i 3, nazywane parą pasm A, są obrazowane w tym samym czasie. Pasma 2 i 4, nazywane parą pasm B, są obrazowane po zakończeni obrazowania pary pasm A. Rysnek 25 Nmeracja pasm A Para pasm A pasma 1 i 3 B Para pasm B pasma 2 i 4 Nmeracja zbiorów Każda ścieżka jest obrazowana na trzech zbiorach. Zbiory są ponmerowane od 1 do 3 dla komór przepływowych o dżej wydajności. Rysnek 26 Nmeracja zbiorów 68

75 Nmeracja kamer Aparat NextSeq 550Dx korzysta z sześci kamer do obrazowania komory przepływowej. Kamery są ponmerowane 1 6. Kamery 1 3 obrazją pasmo 1. Kamery 4 6 obrazją pasmo 3. Po zobrazowani pasma 1 i 3 modł obrazowania przeswa się wzdłż osi X, aby zobrazować pasma 2 i 4. Rysnek 27 Nmeracja kamer i segmentów (pokazano komorę przepływową o dżej wydajności) Nmeracja płytek W każdym zbiorze każdego segment kamery znajdje się 12 płytek. Płytki są ponmerowane od 01 do 12, niezależnie od liczby zbiorów lb segment kamery, a zapisywane są dwcyfrowo. Rysnek 28 Nmeracja płytek Pełny nmer płytki składa się z pięci cyfr oznaczających lokalizację w następjący sposób: Srface (Powierzchnia) 1 reprezentje górną powierzchnię; 2 reprezentje dolną powierzchnię. Swath (Zbiór) 1, 2 lb 3. Camera (Kamera) 1, 2, 3, 4, 5 lb 6. Tile (Płytka) 01, 02, 03, 04, 05, 06, 07, 08, 09, 10, 11 lb 12. Przykład: nmer płytki wskazje górną powierzchnię, zbiór 2, kamerę 5 i płytkę 8. Kompletny pięciocyfrowy nmer płytki jest żywany w nazwie plik miniatr i plikach fazowania empirycznego. Więcej informacji na ten temat zawiera część Pliki wyjściowe sekwencjonowania na stronie

76 Strktra folder wyjściowego Oprogramowanie sterjące atomatycznie tworzy nazwę folder wyjściowego. Data Intensities BaseCalls L001 pliki rozpoznań nkleotydów dla pasma 1 zagregowane w jednym plik na cykl. L002 pliki rozpoznań nkleotydów dla pasma 2 zagregowane w jednym plik na cykl. L003 pliki rozpoznań nkleotydów dla pasma 3 zagregowane w jednym plik na cykl. L004 pliki rozpoznań nkleotydów dla pasma 4 zagregowane w jednym plik na cykl. L001 zagregowany plik *.locs dla pasma 1. L002 zagregowany plik *.locs dla pasma 2. L003 zagregowany plik *.locs dla pasma 3. L004 zagregowany plik *.locs dla pasma 4. Images Focs L001 obrazy strktr dla pasma 1. L002 obrazy strktr dla pasma 2. L003 obrazy strktr dla pasma 3. L004 obrazy strktr dla pasma 4. InterOp pliki binarne. Logs pliki dzienników opisjące czynności obsłgowe. Recipe specyficzny dla przebieg plik protokoł z identyfikatorem kasety odczynników w nazwie. RTALogs pliki dziennika zawierające opisy etapów analizy. RTAComplete.txt RTAConfigration.xml RnInfo.xml RnParameters.xml 70

77 Indeks A alerty stan 10 algorytm Phred 65 analiza pliki wyjściowe 67 ponowne mieszczenie w kolejce 36 wyświetlanie wyników 33 analiza, podstawowa czystość sygnał 64 aparat awatar 20 dane dotyczące działania 21 ponowne rchomienie przycisk zasilania 3 psedonim 20 rchomienie 19 stawienia konfigracji 58 wskaźniki tryb 20 wyłączanie 22 wyłączenie 21 B błędy i ostrzeżenia 10, 62 błędy wstępnego test kontrolnego 56 brak aktywności w systemie 48 C cykle w odczycie czas trwania przebieg 23, 25 D dane okres kopii zapasowej 48 dłgość odczyt dokmentacja 1, 75 dźwięk 20 E elementy pasek stan 2 przedział bfora 2 przedział obrazowania 2 przedział odczynników 2 F fazowanie 63 fazowanie empiryczne 63 fazowanie, fazowanie wyprzedzające 63 filtr czystości 64 filtr powietrza 3, 42 folder przebiegów swanie 16 folder przebieg ponowne linkowanie 16 stawianie lokalizacji 21 zmiana lokalizacji 37 formamid, pozycja 6 31 H hasła żytkownik 17 hasło dozwolona liczba prób 48 odblokowanie 47 resetowanie 47 stany 17 tworzenie 46 wygaśnięcie 48 zarządzanie 45 zmiana 18 I ikony błędy i ostrzeżenia 10 lokalny menedżer przebieg 13 minimalizacja NOS 10 stan 10 ścieżki adyt 51 K karta informacji dotyczących sekwencjonowania 34 kaseta odczynników omówienie 5 pojemniczek nr zbiorniczek nr 6 31 kaseta z bforem 6, 29 klastry przechodzące przez filtr 64 71

78 klawiatra 20 komora przepływowa bolce reglacyjne 27 czyszczenie 25 nmer zbior 68 nmeracja pasm 68 nmeracja płytek 69 obrazowanie 69 omówienie 4 opakowanie 25 pary pasm 4 płytki 67 komponenty komora obrazowania 2 komnikat o błędzie macierzy RAID 58 konserwacja aparat materiały eksploatacyjne 7 konserwacja zapobiegawcza 39 konserwacja, zapobiegawcza 39 kontrola system 53 kwestie dotyczące indeksowania 64 L limit czas trwania bezczynności 48 lokalizacja klastra pliki 67 lokalizacja klastrów tworzenie matrycy 62 lokalizacja kopii zapasowej 48 lokalny menedżer przebieg hasła żytkowników 17 ikony 13 procedry 12 przeglądanie 11, 13 tworzenie przebieg 24 stawienia modł 49 M materiał eksploatacyjny kaseta z bforem 6 materiały eksploatacyjne 4 kaseta odczynników 5 konserwacja aparat 7 materiały eksploatacyjne do płkania przebiegi sekwencjonowania 7 woda laboratoryjna 8 materiały eksploatacyjne dostarczane przez żytkowników 7 miejsce na dysk sprawdzanie 9 my accont (moje konto) 17 N nazwa i hasło żytkownika 19 nazwa i hasło żytkownika system 19 nmeracja pasm 68 nmeracja płytek 69 nmeracja zbiorów 68 nmerowanie kamer 69 O obrazowanie, sekwencjonowanie dwkanałowe 63 obsłga klienta 75 odczynniki w zestawie 4 właściwa tylizacja 30 oprogramowanie analiza obrazów, rozpoznawanie nkleotydów 9 czas trwania przebieg 23, 25 inicjalizacja 19 na aparacie 9 sprawdzanie miejsca na dysk 9 tworzenie przebieg 24 stawienia konfigracji 58 oprogramowanie Real-Time Analysis 9, 63 procedra 62 wyniki 67 oprogramowanie sterjące 9 P pary pasm 68 pasek stan 2 pliki filtrów 67 pliki InterOp 55, 67 pliki lokalizacji 67 pliki rozpoznań nkleotydów 67 pliki wyjściowe 67 pliki wyjściowe, sekwencjonowanie 67 płkanie atomatyczne 37 elementy słżące do płkania 39 materiały eksploatacyjne dostarczane przez żytkownika 39 72

79 płkanie ręczne 39 płkanie aparat 39 płkanie po przebieg 37 podchloryn sod, płkanie 40 pomiary cykle gęstości klastra 33 cykle intensywności 33 rozpoznawanie nkleotydów 63 pomiary przebieg 32 pomoc dokmentacja 1 pomoc techniczna 75 ponowne mieszczenie analizy w kolejce 36 ponowne rchomienie 22 aparat tryb badania 21 ponowne rchomienie do tryb badania 20 poziomy intensywności 63 prawdopodobieństwo błęd 65 procedra czas trwania przebieg 23, 25 kaseta odczynników 30 kaseta z bforem 29 komora przepływowa 27 kwestie dotyczące indeksowania 64 podchloryn sod 40 pomiary przebieg 32 przegląd 24 przygotowanie komory przepływowej 25 sekwencjonowanie 62 wstępny test kontrolny 31 zżyte odczynniki 28 procedra sekwencjonowania 24, 62 próbki karta próbki i wyniki 35 wyszkiwanie 15 przebiegi aktywne 14 edycja 15 filtrowanie 15 karta Rn Overview 34 postęp 32 przypinanie 16 tworzenie 24 krywanie 15 stawienie rozpoczęcia 21 wyszkiwanie 15 przechodzące przez filtr (PF) 64 przedział bfora 2 przedział obrazowania 2 przedział odczynników 2 przełącznik zasilania 19 przesyłanie danych niwersalna słga kopiowania 62 przycisk zasilania 3, 19 Q Q-score 65 R rozpoznawanie nkleotydów 63 kwestie dotyczące indeksowania 64 rozwiązywanie problemów kontrola system 53 pliki dotyczące przebieg 55 pojemnik na zżyte odczynniki 57 wstępny test kontrolny 56 RnInfo.xml 55, 67 S sekwencjonowanie materiały eksploatacyjne dostarczane przez żytkowników 7 wstęp 23 sekwencjonowanie podczas analizy 12 szkolenie internetowe 1 Ś ścieżki adyt eksport 51 filtrowanie 50 ikony 51 przeglądanie 49 śledzenie RFID 4 T tryb RUO tworzenie klastrów 23, 33 tworzenie matrycy tworzenie przebieg 24 U Universal Copy Service 62 prawnienia żytkownika zmiana 47 73

80 prawnienia żytkowników swanie 47 słga monitorowania Illmina Proactive 21 stawienia i zadania administracyjne 45 stawienia konfigracji 58 stawienia konserwacji 48 stawienia konta słg 49 stawienia system 20, 48 swanie nieaktywnych folderów 48 swanie żytkownika 47 W Windows dostęp 10 wyjście 22 wstępny test kontrolny 31 wyłączanie aparat 22 wytyczne dotyczące wody laboratoryjnej 8 Z zarządzanie aparatem wyłączanie 22 zamknięcie 22 zarządzanie żytkownikami 45 zgodność komora przepływowa, kaseta odczynników 4 śledzenie RFID 4-5 zżyte odczynniki opróżnianie 28 pełny pojemnik 57 tylizacja 41 74

81 Pomoc techniczna W cel zyskania pomocy technicznej należy skontaktować się z działem pomocy technicznej firmy Illmina. Witryna: Adres techspport@illmina.com Nmery telefonów do dział pomocy technicznej firmy Illmina Region Bezpłatne Regionalne Ameryka Północna Astralia Astria Belgia Chiny Dania Finlandia Francja Hiszpania Holandia Hongkong Irlandia Japonia Niemcy Norwegia Nowa Zelandia Singapr Szwajcaria Szwecja Tajwan Wielka Brytania Włochy Inne kraje Karty charakterystyki dostępne na stronie internetowej firmy Illmina pod adresem spport.illmina.com/sds.html. Dokmentacja prodkt jest dostępna do pobrania w formacie PDF w witrynie internetowej firmy Illmina. Należy otworzyć stronę spport.illmina.com, wybrać prodkt, a następnie zaznaczyć pozycję Docmentation & Literatre (Dokmentacja i literatra). 75

82 [Tę stronę celowo pozostawiono pstą] 76

83 Illmina 5200 Illmina Way San Diego, California 92122, USA ILMN (4566) (poza Ameryką Północną) Illmina Cambridge Limited Chesterford Research Park, Little Chesterford Saffron Walden, CB10 1XL WIELKA BRYTANIA Sponsor astralijski Illmina Astralia 1 International Cort Scoresby, Victoria, 3179 Astralia 2018 Illmina, Inc. Wszelkie prawa zastrzeżone.