Biotechnologia UWM. Popularne protokoły wysokopoziomowe (aplikacyjne) i ich standardowe porty:

Wielkość: px

Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Biotechnologia UWM. Popularne protokoły wysokopoziomowe (aplikacyjne) i ich standardowe porty:"

Małgorzata Rybak
8 lat temu
Przeglądów:

1 Bioinformatyka Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin p. 113 bioinformatyka@gmail.com jan.jastrzebski@uwm.edu.pl Plan spotkań Wykłady 5 2h(2 45min) czwartki 12:15 13:45 Ćwiczenia 7 3h(3 45min) wtorki i czwartki 1cz. poznawanie narzędzi bioinformatycznych 2cz. samodzielny projekt Zaliczenie (2 45 min) ostatnie ćwiczenia: test omówienie projektów Warunki zaliczenia przedmiotu Frekwencja Zaliczenie projektu Kolokwium Zaliczenie - test Bioinformatyka - Podręcznik do analizy genów i białek Baxevanis Andreas D., Ouellette B.f. Francis (red.) Internet Wykłady Skrypt Podręczniki Podstawowe pojęcia BIOINFORMATYKA to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii Aby zrozumieć bioinformatykę biolog/biotechnolog musi poznać kilka prostych zasad matematyki i umieć obsługiwać komputer Aby zrozumieć bioinformatykę informatyk/matematyk musi poznać i dogłębnie zrozumieć większość zasad i praw biologii (głównie molekularnej) Bioinformatyka "The mathematical, statistical and computing methods that aim to solve biological problems using DNA and amino acid sequences and related information." Fredj Tekaia Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych do rozwiązywania problemów biologii (głównie biologii molekularnej) i zagadnień biotechnologicznych. ja

samodzielny projekt Zaliczenie (2 45 min) ostatnie ćwiczenia: test omówienie projektów Warunki zaliczenia przedmiotu Frekwencja Zaliczenie projektu Kolokwium Zaliczenie - test Bioinformatyka -

2 Komputer urządzenie elektroniczne słuŝące do przetwarzania wszelkich informacji, które da się zapisać w formie ciągu cyfr, albo sygnału ciągłego. Internet międzysieć ogólnoświatowa sieć komputerowa, czyli grupa komputerów lub innych urządzeń połączonych ze sobą w celu wymiany danych lub współdzielenia róŝnych zasobów. Sieć globalna, sieć rozległa (Wide Area Network, WAN) sieć komputerowa zasięgiem obejmująca duŝy obszar geograficzny (np. cały kraj); najpopularniejszą siecią rozległą jest internet. Zazwyczaj składa się z wielu połączonych sieci lokalnych. Sieć lokalna (Local Area Network, LAN) najmniej rozległa postać sieci komputerowej obejmująca często kilka komputerów w jednym budynku. Serwer program (potocznie równieŝ komputer, na którym zainstalowany jest program) umoŝliwiający udostępnianie lub wymianę danych między komputerami połączonymi w sieć komputerową IP (Internet Protocol ) wewnątrzsieciowy protokół transmisji danych w formie pakietów. TCP/IP (Transmission Control Protocol / Internet Protocol) Adres IP unikalna nazwa kaŝdego urządzenia w sieci opartej na protokole TCP/IP wyraŝona czterema oktetami oddzielonymi kropkami: Oktet w praktyce oznacza 8 bitów, czyli 1 bajt i odpowiada jednej z cyfr od 0 do = NCBI domena NIH.25 podsieć National Library of Medicine w NIH.1 konkretny numer komputera w bibliotece > serwer nazw domen -> ncbi.nml.nih.gov http (Hypertext Transfer Protocol - protokół przesyłania dokumentów hypertekstowych) to protokół sieci WWW. Za pomocą protokołu HTTP przesyła się Ŝądania udostępnienia dokumentów WWW i informacje o kliknięciu odnośnika oraz informacje z formularzy. Zadaniem stron WWW jest publikowanie informacji - natomiast protokół HTTP właśnie to umoŝliwia. ftp (File Transfer Protocol) protokół, który umoŝliwia przesyłanie plików z i na serwer poprzez sieć TCP/IP. WWW (World Wide Web) (w skrócie określany jako WWW lub Web) jest hipertekstowym, multimedialnym, sieciowym (TCP/IP) systemem informacyjnym opartym na publicznie dostępnych, otwartych standardach IETF i W3C. Pierwotnym i w chwili obecnej nadal podstawowym zadaniem WWW jest publikowanie informacji. Wikipedia Popularne protokoły wysokopoziomowe (aplikacyjne) i ich standardowe porty: BOOTP - serwer 67, klient 68 DNS - 53 Finger - 79 FTP - 21 Gopher - 70 HTTP - 80, dodatkowe serwery, np. proxy, są najczęściej umieszczane na porcie 8080 HTTPS (HTTP na SSL) IMAP IMAP3-220 Jabber IRC Numery portów reprezentowane są przez LDAP liczby naturalne z zakresu od 0 do LDAPS (LDAP na SSL) MySQL Niektóre numery portów (od 0 do 1023) są NNTP POP3-110 ogólnie znane (well-known port numbers) i SPOP3-995 (POP3 na SSL) zarezerwowane na standardowo przypisane PostgreSQL Rsync do nich usługi takie, jak np. WWW czy poczta SMTP - 25 elektroniczna. Dzięki temu moŝemy SSH - 22 Telnet - 23 identyfikować nie tylko procesy, ale ogólnie TFTP - 69 znane usługi działające na odległych WAP X11 - od 6000 do 6007 systemach. XMPP domena adres domena komercyjna.edu domena edukacyjna.gov domena rządowa.mil domena wojskowa.org domena organizacji niedochodowej.pl Polska.edu.pl domena edukacyjna w Polsce Forma ogólna URL: Protocol://computer.domain > serwer nazw domen -> ncbi.nml.nih.gov

Sieć globalna, sieć rozległa (Wide Area Network, WAN) sieć komputerowa zasięgiem obejmująca duŝy obszar geograficzny (np. cały kraj); najpopularniejszą siecią rozległą jest internet.

3 Poczta elektroniczna Adres posiada uniwersalną strukturę: Adres WWW protocol://computer.domain ftp://ebiolog.pl/graf/ Adres mailowy Serwis internetowy, witryna (website) serwis informacyjny umieszczony w sieci; najczęściej wirtualny, interaktywny odpowiednik czasopisma, gazety, ksiąŝki Strona internetowa cyfrowy dokument kodowany w jednym z języków programistycznych zapewniających hipertekstowość (np. html, xml, php, flash itp. ); kod interpretowany jest przez przeglądarkę internetową i wyświetlany w postaci odpowiednio sformatowanego tekstu; serwis internetowy składa się z serii połączonych tematycznie i fizycznie (hiperłączami) stron internetowych; odpowiednik kartki lub akapitu w ksiąŝce, gazecie html Hyper Text Markup Language, hipertekstowy język znaczników), to język składający się ze znaczników (ang. tags) stosowany do pisania stron WWW php refleksywny skryptowy język programowania zaprojektowany do generowania dynamicznych stron internetowych swf / flash technologia tworzenia animacji z wykorzystaniem grafiki wektorowej na zasadzie klatek kluczowych. Narzędzia informatyczne: narzędzia na stronie narzędzia w serwisie narzędzia on-line narzędzia off-line BAZA DANYCH jest to uporządkowany zbiór danych o określonej strukturze, który zarządzany jest przez system DBMS. DBSM - DataBase Management System

pl Serwis internetowy, witryna (website) serwis informacyjny umieszczony w sieci; najczęściej wirtualny, interaktywny odpowiednik czasopisma, gazety, ksiąŝki Strona internetowa cyfrowy dokument

4 Struktura bazy danych tabele Tabela - jest podstawowym obiektem bazy danych stanowiąca zbiór informacji przedstawiona zwykle jako układ poziomych wierszy (rekordów) i kolumn (pól). Rekord i klucz Rekord - zestaw informacji o pojedynczym elemencie tabeli bazy danych. W rekordzie powinno znaleźć się pole, które umoŝliwia jednoznacznie zidentyfikowanie rekordu, czyli klucz. Klucz - atrubut nałoŝony na pole, zwykle w celu uniknięcia duplikowania się wartości. Kluczem identyfikującym moŝe być kilka pól. kwerendy Kwerenda to obiekt bazy danych zawierających grupę rekordów po selekcji. Jest to Ŝądanie okazania określonego zbioru danych. Kwerenda jest narzędziem, która zbiera dane z róŝnych tabel aby odpowiedzieć na pytanie zadane przez uŝytkownika. Jest podstawowym narzędziem analizy w bazie danych. formularze Formularz - jest to obiekt w którym umieszczamy formanty umoŝliwiające wprowadzanie, wyświetlanie i edycję danych. raporty Raporty - zawierają dane z tabel lub kwerend uporządkowane w Ŝądany przez uŝytkownika sposób.

Klucz - atrubut nałoŝony na pole, zwykle w celu uniknięcia duplikowania się wartości. Kluczem identyfikującym moŝe być kilka pól.

5 Bazy danych (NCBI) NCBI - mapa strony KONIEC Historia komputera Serwisy internetowe

6 Strona internetowa

Podobne dokumenty

Komputer urządzenie elektroniczne służące do przetwarzania wszelkich informacji, które da się zapisać w formie ciągu cyfr, albo sygnału ciągłego.

Komputer urządzenie elektroniczne służące do przetwarzania wszelkich informacji, które da się zapisać w formie ciągu cyfr, albo sygnału ciągłego. Bioinformatyka "The mathematical, statistical and computing methods that aim to solve biological problems using DNA and amino acid sequences and related information." Fredj Tekaia Bioinformatyka jest to