WYKORZYSTANIE METOD FENOTYPOWYCH DO WEWNĄTRZGATUNKOWEGO RÓŻNICOWANIA METICYLINOOPORNYCH SZCZEPÓW STAPHYLOCOCCUS EPIDERMIDIS ANALIZA PORÓWNAWCZA

Podobne dokumenty
Detekcja i identyfikacja drobnoustrojów. oznaczanie lekowrażliwości bakterii

PROBLEMY TERAPEUTYCZNE WTÓRNYCH ZAKAŻEŃ KRWI POWODOWANE PRZEZ PAŁECZKI Enterobacterales W PRAKTYCE ODDZIAŁÓW ZABIEGOWYCH I ZACHOWAWCZYCH

ENTEROCOCCUS SP. OPORNE NA WANKOMYCYNĘ

XIII. Staphylococcus, Micrococcus ćwiczenia praktyczne

ESBL-DODATNIE I ESBL-UJEMNE SZCZEPY KLEBSIELLA PNEUMONIAE I KLEBSIELLA OXYTOCA WYSTĘPOWANIE W MATERIALE KLINICZNYM I WRAŻLIWOŚĆ NA WYBRANE ANTYBIOTYKI

Wrażliwość pałeczek Klebsiella oxytoca na wybrane antybiotyki

PAŁECZKI Z RODZAJU KLEBSIELLA IZOLOWANE OD PACJENTÓW ŁÓDZKICH SZPITALI W 2006 ROKU

Obszar niepewności technicznej oznaczania lekowrażliwościatu w rekomendacjach EUCAST 2019

OCCURRENCE AND ANTIMICROBIAL SUSCEPTIBILITY OF MORGANELLA MORGANII STRAINS ISOLATED FROM CLINICAL SAMPLES

Ocena amylolitycznej aktywności szczepów gronkowców koagulazo-ujemnych

OCENA AKTYWNOŚCI DORIPENEMU WOBEC PAŁECZEK Z RODZAJÓW PSEUDOMONAS SP. I ACINETOBACTER SP.

- podłoża transportowo wzrostowe..

RAPORT 1.1/SRM/2017 Z BADAŃ PRZEWIDZIANYCH W UMOWIE Z DNIA R.

Ocena lekowrażliwości szczepów Enterobacter sp. izolowanych z moczu

PODŁOŻA MIKROBIOLOGICZNE DO OZNACZANIA LEKOWRAŻLIWOŚCI

CENTRALNY OŚRODEK BADAŃ JAKOŚCI

Sekcja Higieny i Epidemiologii, Wojskowy Instytut Medyczny w Warszawie

SZCZEPY SALMONELLA SP. OPORNE NA LEKI PRZECIWBAKTERYJNE

Numer 3/2018. Oporność na antybiotyki w Polsce w 2017 roku dane sieci EARS-Net

Nowe definicje klinicznych kategorii wrażliwości wprowadzone przez EUCAST w 2019 roku

Wrażliwość na antybiotyki i zdolność wytwarzania śluzu przez szczepy gronkowców koagulazo-ujemnych

SZCZEPY ACINETOBACTER BAUMANNII OPORNE NA KARBAPENEMY

ĆWICZENIE I BADANIE WRAŻLIWOŚCI BAKTERII NA ANTYBIOTYKI I CHEMIOTERAPEUTYKI

Odpowiedzi ekspertów EUCAST na pytania najczęściej zadawane przez lekarzy klinicystów i mikrobiologów

Ćwiczenie 1. Oznaczanie wrażliwości szczepów na metycylinę

PRACA ORYGINALNA. Andrzej Siwiec. 1 mgr Iwona Kowalska, Centrum Pediatrii im. Jana Pawła II w Sosnowcu. Dyrektor dr nauk. med.

PORÓWNANIE WYBRANYCH METOD IDENTYFIKACJI METICYLINOOPORNYCH SZCZEPÓW STAPHYLOCOCCUS AUREUS

OCENA STOPNIA WRAŻLIWOŚCI NA AMINOGLIKOZYDY SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH IZOLOWANYCH OD CHORYCH Z ZAKAŻENIAMI UKŁADOWYMI I UOGÓLNIONYMI.

Raport miesięczny czerwiec/2019

METODY OZNACZANIA LEKOWRAŻLIWOŚCI DROBNOUSTROJÓW I WYKRYWANIA MECHANIZMÓW OPORNOŚCI NA LEKI MOŻLIWOŚCI TERAPII ZAKAŻEŃ PRZEWODU POKARMOWEGO

Oporność na wysokie stężenia aminoglikozydów wśród szczepów Enterococcus faecalis i Enterococcus faecium wyosobnionych z materiału klinicznego

Biegłość laboratoriów mikrobiologicznych w oznaczaniu lekowrażliwości drobnoustrojów POLMICRO 2012

ANALIZA WYNIKÓW POSIEWÓW KRWI U DZIECI Z ZAŁOŻONYM CEWNIKIEM CENTRALNYM

Projekt Alexander w Polsce w latach

Występowanie metycylinoopornych Staphylococcus aureus u dorosłych pacjentów z objawami infekcji jamy ustnej

Rekomendacje doboru testów do oznaczania wrażliwości bakterii. na antybiotyki i chemioterapeutyki 2009

ZRÓŻNICOWANIE GATUNKOWE I LEKOWRAŻLIWOŚĆ GRZYBÓW WYOSOBNIONYCH Z KRWI PACJENTÓW SZPITALA UNIWERSYTECKIEGO W BYDGOSZCZY W LATACH

Odpowiedzi ekspertów EUCAST na pytania najczęściej zadawane przez mikrobiologów dotyczące oznaczeń wrażliwości drobnoustrojów

Oporność na antybiotyki w Unii Europejskiej Dane zaprezentowane poniżej zgromadzone zostały w ramach programu EARS-Net, który jest koordynowany przez

ZMIANY DO TEKSTU. Rekomendacje doboru testów do oznaczania wraŝliwości bakterii na antybiotyki i chemioterapeutyki 2006 WPROWADZONE W ROKU 2007

Wpływ racjonalnej antybiotykoterapii na lekowrażliwość drobnoustrojów

Ocena lipolitycznej aktywności szczepów Staphylococcus epidermidis i Staphylococcus haemolyticus

III. Zapotrzebowanie roczne na odczynniki do bakteriologii ogólnej i gruźlicy. A. Gotowe podłoża hodowlane do diagnostyki. mikrobiologicznej.

ETIOLOGIA ZAKAŻEŃ SZPITALNYCH REJESTROWANYCH W SZPITALU UNIWERSYTECKIM NR 2 W BYDGOSZCZY W LATACH

Oporność na antybiotyki w Unii Europejskiej

Kontrola jakości Quality Control

WRAŻLIWOŚĆ NA WYBRANE TETRACYKLINY PAŁECZEK Z RODZINY ENTEROBACTERIACEAE

Rekomendacje doboru testów do oznaczania wrażliwości bakterii. na antybiotyki i chemioterapeutyki 2010

Charakterystyka wzorów lekowrażliwości szpitalnych szczepów Clostridium difficile w Polsce oraz badanie mechanizmów oporności na wybrane leki

Diagnostyka molekularna w OIT

10) istotne kliniczne dane pacjenta, w szczególności: rozpoznanie, występujące czynniki ryzyka zakażenia, w tym wcześniejsza antybiotykoterapia,

LEKOWRAŻLIWOŚĆ I POKREWIEŃSTWO SZCZEPÓW ENTEROCOCCUS SP. IZOLOWANYCH OD PACJENTÓW I ZE ŚRODOWISKA SZPITALNEGO.

Dane opracowane ze środków finansowych będących w dyspozycji Ministra Zdrowia w ramach realizacji programu polityki zdrowotnej pn.

LEKOWRAŻLIWOŚĆ I WŁAŚCIWOŚCI ADHEZYJNE SZCZEPÓW ESCHERICHIA COLI IZOLOWANYCH Z MOCZU I Z KRWI

Zapotrzebowanie roczne na odczynniki do bakteriologii ogólnej i gruźlicy. A. Gotowe podłoża hodowlane do diagnostyki mikrobiologicznej.

Testy aktywności przeciwdrobnoustrojowej na przykładzie metody dyfuzyjnej oraz wyznaczania wartości minimalnego stężenia hamującego wzrost.

Ogólnopolski Sprawdzian Wiarygodności Badań Mikrobiologicznych POLMICRO 2008

Ćwiczenie 1 Morfologia I fizjologia bakterii

Narodowy Instytut Leków ul. Chełmska 30/34, Warszawa Tel , Fax Warszawa, dn r.

RAPORT 1.2/SRM/2017 Z BADAŃ PRZEWIDZIANYCH W UMOWIE Z DNIA R.

ADHEZJA PAŁECZEK ESCHERICHIA COLI DO CEWNIKÓW MOCZOWYCH

BD Oxacillin Screen Agar

Ochrony Antybiotyków. AktualnoŚci Narodowego Programu. Podsumowanie aktualnych danych nt. oporności na antybiotyki w Unii Europejskiej.

Izolacja, identyfikacja i ocena lekooporności gronkowców w powietrzu domu studenckiego Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie

WIEDZA. Zna podstawy prawne realizacji programu kontroli zakażeń.

Zastosowanie nowych technologii w diagnostyce mikrobiologicznej. Ireneusz Popławski

Maciej Bryl1, Dorota Łojko1, Ryszard Giersz1, Ewa Andrzejewska2 NOSICIELSTWO STAPHYLOCOCCUS AUREUS WŚRÓD STUDENTÓW RÓŻNYCH KIERUNKÓW NAUCZANIA

Anna K. Kwaszewska, Maria Sobiś-Glinkowska, Eligia M. Szewczyk

Nowoczesna diagnostyka mikrobiologiczna

Zakład Mikrobiologii Klinicznej [1]

Zróżnicowanie typów spa i kaset SCCmec u klinicznych szczepów Staphylococcus aureus opornych na metycylinę izolowanych w ośrodkach regionu gdańskiego

Rekomendacje doboru testów do oznaczania wrażliwości bakterii. na antybiotyki i chemioterapeutyki 2009

Wrażliwość pałeczek Morganella morganii na antybiotyki

DORIPENEM NOWY LEK Z GRUPY KARBAPENEMÓW

Warsztaty szkoleniowe dla przewodniczących zespołów kontroli zakażeń szpitalnych Profilaktyka zakażeń szpitalnych

VI. Antybiotyki i chemioterapeutyki ćwiczenia praktyczne

Wrażliwość na antybiotyki bakterii izolowanych z moczu chorych leczonych w oddziale dziecięcym

Staphylococcus ćwiczenia praktyczne. a. agarze z dodatkiem 5% odwłóknionej krwi baraniej (AK)

Nazwa studiów: KONTROLA ZAKAŻEŃ W JEDNOSTKACH OPIEKI ZDROWOTNEJ Typ studiów: doskonalące WIEDZA

Czy potrzebujesz pomocy w pisaniu pracy? Nasz numer telefonu: Nasz adres prace@edutalent.pl

Dane opracowane ze środków finansowych będących w dyspozycji Ministra Zdrowia w ramach realizacji programu polityki zdrowotnej pn.

DOTYCZY REGULAMINU OCENY WYNIKÓW SPRAWDZIANÓW POLMICRO

SHL.org.pl SHL.org.pl

Wyniki Ogólnopolskiego Zewnątrzlaboratoryjnego Sprawdzianu Wiarygodności Badań Mikrobiologicznych POLMICRO 2013

Typowanie szczepów Pseudomonas aeruginosa opornych na karbapenemy techniką PCR-RAPD

II. Badanie lekowrażliwości drobnoustrojów ćwiczenia praktyczne. Ćwiczenie 1. Oznaczanie lekowrażliwości metodą dyfuzyjno-krążkową

Ogólnopolski Zewnątrzlaboratoryjny Sprawdzian Wiarygodności Badań w Diagnostyce Mikrobiologicznej POLMICRO 2017

BD BBL CHROMagar MRSA*

Interpretacja wg EUCAST S-wrażliwy I-średniowrażliwy R - oporny

Zalecenia rekomendowane przez Ministra Zdrowia. KPC - ang: Klebsiella pneumoniae carbapenemase

Kliniczne i kosztowe skutki stosowania antybiotykoterapii w polskim szpitalu

Udział beztlenowych Gram-ujemnych bakterii w zakażeniach hospitalizowanych pacjentów

Columbia Agar + 5% krew barania. Szt Sabouraud Dextrose Agar + chloramfenikol + gentamycyna. Szt. 800

Przedmiot zamówienia -Specyfikacja cenowa

Europejski Komitet ds. Oznaczania Lekowrażliwości

Anestezjologia i Intensywna Terapia. Liczba miejsc akredytacyjnych Kielce ul. Grunwaldzka Kielce ul.

Jerzy Chylak W ŁAŚCIW OŚCI SZCZEPÓW S. AU R EU S I H. IN F LU E N ZA E REZY DUJĄ CY CH W GARDLE U DZIECI

Wykrywanie karbapenemaz zalecenia 2015

WYSTĘPOWANIE W MATERIALE KLINICZNYM I LEKOWRAŻLIWOŚĆ SZCZEPÓW STENOTROPHOMONAS MALTOPHILIA

Lekowrażliwość paciorkowców beta-hemolizujących izolowanych z wymazów z gardła i materiału ropnego

Transkrypt:

MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2009, 61: 11-20 Tomasz Bogiel, Agnieszka Mikucka, Aleksander Deptuła, Eugenia Gospodarek WYKORZYSTANIE METOD FENOTYPOWYCH DO WEWNĄTRZGATUNKOWEGO RÓŻNICOWANIA METICYLINOOPORNYCH SZCZEPÓW STAPHYLOCOCCUS EPIDERMIDIS ANALIZA PORÓWNAWCZA Katedra i Zakład Mikrobiologii Collegium Medicum im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu dr hab. E. Gospodarek, prof. UMK W pracy podjęto próbę oceny wewnątrzgatunkowego zróżnicowania 46 szczepów meticylinoopornych szczepów S. epidermidis przy użyciu fenotypowych metod identyfikacji drobnoustrojów (ID 32 Staph i Vitek GPI) oraz wzorów lekowrażliwości. Najbardziej przydatną metodą typowania spośród badanych okazała się analiza wzorów lekowrażliwości, słabiej szczepy różnicował test identyfikacyjny ID 32 Staph, natomiast najmniej - karty GPI systemu automatycznego Vitek 1. Do oceny wewnątrzgatunkowego zróżnicowania drobnoustrojów najczęściej wykorzystuje się fenotypowe metody oparte na ich właściwościach biochemicznych, budowie antygenowej lub lekowrażliwości. Wykorzystanie jednocześnie kilku metod fenotypowych pozwala dokładniej zróżnicować badane mikroorganizmy, jak również porównać specyficzność, czułość oraz przydatność metod wykorzystywanych w diagnostyce mikrobiologicznej i typowaniu epidemiologicznym w odniesieniu do poszczególnych grup drobnoustrojów. Staphylococcus epidermidis należy do jednego z najczęściej izolowanych drobnoustrojów oportunistycznych, a zjawisko meticylinooporności występujące u szczepów tego gatunku wyklucza stosowanie w leczeniu antybiotyków beta-laktamowych. Celem pracy była ocena zróżnicowania wewnątrzgatunkowego meticylinoopornych szczepów S. epidermidis z zastosowaniem metod fenotypowych. MATERIAŁ I METODY Badaniem objęto 46 meticylinoopornych szczepów (Methicillin Resistant Staphylococcus epidermidis, MRSE) izolowanych w 2005 roku z materiału pobranego od chorych leczonych w Szpitalu Uniwersyteckim im. dr. A. Jurasza w Bydgoszczy. Trzynaście (28,3%) szczepów wyodrębniono od pacjentów Kliniki Chirurgii Ogólnej i Endokrynologicznej (CHOIE), 9 (19,6%) - od chorych z Kliniki Kardiochirurgii (KCH), 6 (13,0%) - od pacjentów Kliniki Chirurgii Ogólnej i Naczyń (CHION), po cztery (8,7%) - od chorych z Kliniki

12 T. Bogiel i inni Neurochirurgii i Neurotraumatologii (NCH) oraz Kliniki Anestezjologii i Intensywnej Terapii z Oddziałem Anestezjologii i Intensywnej Terapii Dziecięcej (OIT). Z próbek pobranych od pacjentów Kliniki Transplantologii i Chirurgii Ogólnej (CHIOT) oraz poradni przyklinicznych (PP) wyosobniono po trzy (6,5%) szczepy, a z Kliniki Nefrologii, Nadciśnienia Tętniczego i Chorób Wewnętrznych ze Stacją Dializ (NEF) oraz Ortopedii i Traumatologii Narządu Ruchu z Oddziałem Wczesnej Rehabilitacji w Schorzeniach Ortopedyczno-Urazowych (ORT) po dwa (4,3%) szczepy. Dane dotyczące materiału klinicznego, z którego izolowano badane szczepy S. epidermidis przedstawiono na rycinie 1. 19,6% 10,9% 2,2% 2,2% Wymaz z rany (RA) Cewnik naczyniowy (CN) Dren (DR) 65,1% Proteza (PRO) Ropa (RO) Ryc. 1. Materiał kliniczny, z którego izolowano szczepy S. epidermidis (n=46) Szczepy S. epidermidis hodowano na agarze tryptozowo-sojowym z dodatkiem 5% krwi baraniej (Trypcase-Soy Agar, TSAB, Becton Dickinson) w temperaturze 37 C przez 18-20 godzin, a następnie identyfikowano do gatunku na podstawie wyników reakcji biochemicznych ujętych w testach ID 32 Staph i kartach GPI systemu Vitek 1 (biomérieux). Testy wykonywano według instrukcji producenta. Wyniki testów ID 32 Staph odczytywano przy użyciu systemu komputerowego ATB Expression (biomérieux) z zastosowaniem bazy danych wersji V 2.8.8, a wyniki uzyskane z wykorzystaniem kart GPI - w systemie automatycznym Vitek 1 (biomérieux). Uzyskane odpowiednio 9- i 10-cyfrowe kody stanowiły podstawę do utworzenia profili. Wrażliwość na antybiotyki i chemioterapeutyki oznaczono metodą krążkowo-dyfuzyjną zgodnie z rekomendacjami CLSI (10) i KORLD (6). Zawiesinę bakterii o gęstości 0,5 według skali McFarlanda w 0,9% NaCl przygotowywano z 18-20-godzinnej hodowli na TSAB i rozprowadzano na podłożu Mueller-Hinton Agar (Becton Dickinson). Po nałożeniu krążków z antybiotykami: gentamicyna (10 μg), tetracyklina (30 μg), erytromycyna (15 μg), linezolid (30 μg), linkomycyna (2 μg), trimetoprim/sulfametoksazol (1,25/23,75 μg), ciprofloksacyna (5 μg), rifampicyna (5 μg), chloramfenikol (30 μg), kwas fusydowy (10 μg) (biomérieux), wankomycyna (30 μg), teikoplanina (30 μg) (Becton Dickinson), mupirocyna (200 μg) (Oxoid), inkubowano 18-20 godzin w temperaturze 35 C i interpretowano strefy zahamowania wzrostu wokół krążków na podstawie opracowań KORLD (6). Meticylinooporność oraz oporność typu MLS B oznaczano metodą krążkowo-dyfuzyjną stosując odpowiednio, krążki z oksacyliną (1 μg) i cefoksytyną (30 μg) oraz erytromycyną (15 μg) i linkomycyną (2 μg) (biomérieux).

Wewnątrzgatunkowe różnicowanie S. epidermidis 13 W metodzie rozcieńczeniowej z wykorzystaniem systemu automatycznego Vitek 1 do oceny wrażliwości badanych szczepów na linezolid, teikoplaninę i wankomycynę wykorzystywano karty GPS-527. Testy wykonywano zgodnie z zaleceniami producenta i odczytywano w systemie automatycznym Vitek 1. Wyniki wątpliwe weryfikowano z użyciem Etestu (AB Biodisk). Wyniki oznaczeń interpretowano jako wrażliwe, średniowrażliwe i oporne. WYNIKI Ogółem na podstawie wyników otrzymanych w teście ID 32 Staph otrzymano 18 profili, które wraz z częstością ich występowania zostały przedstawione w tabeli I. Wśród 46 badanych szczepów S. epidermidis najczęściej (15,2%) występował profil 366012200, oznaczony jako A. Na podstawie wyników uzyskanych w systemie Vitek 1 z wykorzystaniem kart GPI wyróżniono 14 profili. Zostały one zestawione razem z częstością występowania w tabeli I. Tabela I. Profile S. epidermidis uzyskane w teście ID 32 Staph i systemie Vitek 1 oraz częstość ich występowania Profil ID 32 Staph Vitek 1 Liczba Odsetek Oznaczenie szczepów Profil szczepów profilu (n = 46) Oznaczenie profilu Liczba szczepów (n = 46) Odsetek szczepów 366012200 A 7 15,2 77133011040 a 14 30,4 366032210 B 6 13,0 77133010040 b 11 23,9 366010200 C 5 10,9 77533011040 c 6 13,0 166012200 D 5 10,9 77531010040 d 2 4,3 166010200 E 4 8,7 76531011040 e 2 4,3 166032200 F 3 6,5 77733011040 f 2 4,3 366012210 G 3 6,5 57133011040 g 2 4,3 366032200 H 2 4,3 76531010040 u 7 15,2 166012210 I 2 4,3 76131011040 363012200 U 9 19,6 77131011040 167012200 66131011040 166032210 366022200 77533010040 766010000 166030202 77113010040 77131010040 366010210 366000200 367012210 Wyniki oceny lekowrażliwości wskazują, że zarówno w metodzie krążkowo-dyfuzyjnej, jak i rozcieńczeniowej z wykorzystaniem kart GPS-527 systemu Vitek 1, stwierdzono wrażliwość wszystkich badanych szczepów na wankomycynę i linezolid. Większość badanych szczepów wykazywała wrażliwość na mupirocynę (93,5%), kwas fusydowy (93,5%), chloramfenikol (91,3%) i rifampicynę (84,8%). Najmniej szczepów było wrażliwych na

14 T. Bogiel i inni erytromycynę (23,9%). Oporność typu MLS B (konstytutywną i indukcyjną) stwierdzono u 29 (63,0%) szczepów. W systemie Vitek 1, klasyfikującym szczepy na podstawie wartości MIC, stwierdzono jeden szczep średniowrażliwy, a 7 (15,2%) szczepów opornych na teikoplaninę. Dla tych szczepów wykonano oznaczenie wartości MIC z użyciem Etestu i stwierdzono dwa Tabela II. Wzory lekowrażliwości szczepów S. epidermidis Lekowrażliwość Gentamicyna Tetracyklina Erytromycyna Linkomycyna Kotrimoksazol Ciprofloksacyna Rifampicyna Chloramfenikol Kwas fusydowy Wankomycyna Teikoplanini Mupirocyna Oznaczenie fenotypu Liczba szczepów (n=46) Odsetek szczepów O W O O O O W W W W W W F1 6 13,0 W O O O W O W W W W W W F2 4 8,7 W O O W W W W W W W W W F3 4 8,7 W W W W O W W W W W W W F4 4 8,7 W O W W W O W W W W W W F5 2 4,3 O W O O O O W O W W W W F6 2 4,3 O W O O O O O W W W W W F7 2 4,3 O W O O O O W W W W O W F8 2 4,3 W W W W W W W W W W W O F9 1 W W O O W O W W W W W O F10 1 W O O O W W W W W W W O F11 1 W O W W O O W W W W O W F12 1 W O O O W O W W W W O W F13 1 W W O O W W W W W W O W F14 1 W O O W W W W W W W S W F15 1 O W W W O O W W O W W W F16 1 43,7 O W W W O O O W W W W W F17 1 O O W W O O O W W W W W F18 1 W O O O O W W W O W W W F19 1 W O O O O O W W W W O W F20 1 O O O O O O W W O W W W F21 1 O O O O O O O W W W O W F22 1 O O O O O O O W W W W W F23 1 O O O O O O O O W W W W F24 1 O O O O O O W O W W W W F25 1 W O O O O W W W W W W W F26 1 W W O O O W W W W W W W F27 1 W W O W O W W W W W W W F28 1

Wewnątrzgatunkowe różnicowanie S. epidermidis 15 szczepy średniowrażliwe i jeden oporny na teikoplaninę. Ogółem wyróżniono 28 wzorów lekowrażliwości. Najczęściej (13,0%) izolowany był fenotyp oporny na gentamicynę, erytromycynę, linkomycynę, kotrimoksazol i ciprofloksacynę. Występował on u 6 szczepów. Pozostałe fenotypy oporności na antybiotyki/chemioterapeutyki występowały u czterech, dwóch bądź jednego szczepu. Wyniki te zestawiono w tabelach II, III i IV. Tabela III. Siła różnicująca wykorzystanych metod Stosowana metoda Vitek 1 ID 32 Staph Wzory lekowrażliwości Liczba cech badanych w zastosowanej metodzie 29 26 39 (13 antybiotyków/ chemioterapeutyków; wrażliwy, średniowrażliwy, oporny) Liczba otrzymanych profili/wzorów 14 18 28 Maksymalna liczba szczepów reprezentująca ten sam profil/wzór 14 7 6 DYSKUSJA Podstawą wykrycia czynnika etiologicznego zakażenia jest wykonanie badania mikrobiologicznego, w tym jego identyfikacja do gatunku. Najpowszechniej stosowane do tego celu w laboratoriach mikrobiologicznych są komercyjne testy oparte na reakcjach biochemicznych. Liczba możliwych do otrzymania profili jest ograniczona liczbą reakcji w teście i dlatego mają one niską zdolność różnicowania szczepów dla potrzeb, np. dochodzeń epidemiologicznych. Zastosowanie kilku niezależnych metod pozwala zwiększyć prawdopodobieństwo poprawnej identyfikacji i wyeliminować rozbieżne wyniki. Idealnym rozwiązaniem jest identyfikacja szczepu metodą fenotypową, a następnie potwierdzenie wyniku z wykorzystaniem metody genotypowej (4). Wiele różnych technik typowania drobnoustrojów znalazło zastosowanie w epidemiologii zakażeń. Analizując zakażenia z udziałem tego samego gatunku drobnoustroju ważne jest określenie, czy są one spowodowane przez różne szczepy, czy jeden lub kilka klonów epidemicznych. Długofalowe badania potwierdzają, że zakażenia S. epidermidis mogą rozpowszechniać się wśród pacjentów, a wywołujące je szczepy mogą stać się endemiczne (16). Z piśmiennictwa wynika, że typowanie mikroorganizmów oparte tylko na analizie porównawczej wzorów oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki nie jest wystarczające (3). Szczepy monoklonalne różnią się często lekowrażliwością, a szczepy ze sobą niespokrewnione wykazują identyczną oporność na antybiotyki. Badanie wzorów lekowrażliwości jest powszechnie wykorzystywane w dochodzeniach epidemiologicznych. Jednak rekomendowane jest połączenie tej metody typowania z inną, w celu zwiększenia jej wiarygodności (3). Jak dotąd, nie ma ogólnie przyjętego schematu typowania S. epidermidis. Jarlov (7) poleca połączenie kilku metod, np. typowanie z wykorzystaniem DNA plazmidowego, lektyn czy z zastosowaniem fagów. Inne podejście polega na zastosowaniu hybrydyzacji i sond genetycznych (4). Stosowaną metodą typowania S. epidermidis jest PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis elektroforeza w zmiennym polu elektrycznym) ze względu na wysoki stopień powtarzalności wyników i dużą zdolność różnicowania szczepów (14).

16 T. Bogiel i inni Tabela IV. Zestawienie badanych cech szczepów, ich pochodzenie i rodzaj materiału klinicznego, z którego były izolowane (oznaczenia skrótów w tekście) Fenotyp oporności Profil uzyskany w testach ID Staph Profil uzyskany w systemie Vitek 1 Rodzaj materiału Jednostka organizacyjna szpitala A g RA NCH U b CN CHIOE E b CN OIT D b RA KCH D a RA OIT F1 G a CN CHIOE G a CN CHIOT B a RA CHION A c RA PP F2 C f RA CHIOE C b DR ORT U e RO OIT G u CN CHIOE F3 U a DR CHIOT U u RA NCH U a PRO CHION I a RA NCH F4 D b CN CHIOE A u RA KCH F5 H c RA KCH F a DR CHIOE F6 F u RA CHION E b RA CHIOE F7 U a RA KCH B b RA CHIOE F8 C u RA NEF F9 B b RA KCH F10 B c RA CHION F11 A u RA CHIOT F12 B b RA KCH F13 B f RA CHION F14 A c CN CHIOE F15 U c RA PP F16 A c DR ORT F17 C b RA PP F18 D u RA KCH F19 C e RA NCH F20 H a DR CHIOE F21 A a RA KCH F22 E d RA KCH F23 U a CN OIT F24 E d RA CHION F25 D a CN CHIOE F26 F b RA CHIOE F27 I g RA CHIOE F28 U a RA NEF

Wewnątrzgatunkowe różnicowanie S. epidermidis 17 Wyznaczanie profili biochemicznych oraz wzorów lekowrażliwości na podstawie antybiogramów to powszechnie wykorzystywane metody w laboratorium mikrobiologicznym. Nie wymagają one specjalnej aparatury i są proste w wykonaniu. Testy ID 32 Staph znajdują zastosowanie głównie w diagnostyce do potwierdzenia identyfikacji gatunkowej badanych gronkowców. Spośród porównywanych w polskim piśmiennictwie gotowych testów do identyfikacji Staphylococcus sp., najbardziej wiarygodnymi wydają się być testy ID 32 Staph (9). Becker i wsp. (2) wykazali, że wykorzystując testy ID 32 Staph otrzymuje się mniej fałszywych wyników w porównaniu do systemu Vitek 1, ale były to badania prowadzone na różnych gatunkach gronkowców (2). Z badań Grasmick i wsp. (5) wynika, że karty GPI systemu Vitek dały w 83,2% i 95,9% poprawną identyfikację odpowiednio, gronkowców koagulazo-ujemnych i S. epidermidis. Badania Bannerman i wsp. (1) polegające na ocenie przydatności kart GPI systemu Vitek potwierdziły te wyniki (w 92% poprawna identyfikacja S. epidermidis). Natomiast wykazały niewielką przydatność uzyskanych profili do celów epidemiologicznych ze względu na częste powtarzanie się pewnej liczby kilku najczęściej izolowanych biotypów. Perl i wsp. (11) ocenili przydatność systemu Vitek na 67% w identyfikacji gronkowców koagulazoujemnych. Poprawność identyfikacji S. epidermidis, Ligozzi i wsp. (8) ocenili na 88%, natomiast Spanu i wsp. (15) - na 90,5% badając różne gatunki gronkowców koagulazoujemnych izolowanych z krwi z wykorzystaniem systemu Vitek 2. W każdym przypadku do potwierdzenia używano testu ID 32 Staph. Przyczyną tych różnic może być narastająca zmienność gronkowców, czemu sprzyja trudność w ich identyfikacji i typowaniu. Porównując szczepy o takim samym wzorze lekowrażliwości na antybiotyki i chemioterapeutyki w badaniach własnych stwierdzono występowanie jednej trójki oraz trzech par szczepów, które miały również takie same profile biochemiczne w systemie Vitek 1 (odpowiednio F1 - b, F1 a, F2 a i F4 - a). W każdym przypadku były to szczepy izolowane od pacjentów różnych oddziałów. Dwie pary szczepów miały taki sam wzór lekowrażliwości i profil w teście ID 32 Staph (F1 - D i F6 - F). Grupy szczepów często miały takie same profile w teście ID 32 Staph i w systemie Vitek 1 (A c, B b, C b, D a, D b, E b, E d, G a). Zgodność wykazywało 40-66% szczepów w obrębie grup. Wzory lekowrażliwości w tych grupach były zawsze odmienne. Stwierdzono obecność 4 par szczepów o takiej samej lekowrażliwości pochodzących z tych samych oddziałów, trzy spośród nich izolowane były dodatkowo z tego samego materiału. Szczepy w obrębie każdej z par posiadały inne profile biochemiczne. Zaobserwowano, że wszystkie szczepy o fenotypie G uzyskanym na podstawie wyników z testu ID 32 Staph były izolowane z cewników naczyniowych, co stanowiło 33,3% szczepów izolowanych z tego materiału. Profil uzyskany z wykorzystaniem systemu Vitek 1 w przypadku dwóch z tych szczepów był również zgodny. Trzy szczepy spośród 5 izolowanych z drenów posiadały taki sam profil otrzymany w systemie Vitek 1. Może to świadczyć o preferencji szczepów o tych profilach do wywoływania zakażeń odpowiednio u pacjentów z cewnikiem i drenem. W dostępnym piśmiennictwie nie znaleziono prac, których autorzy badali zróżnicowanie wewnątrzgatunkowe szczepów S. epidermidis z jednoczesnym wykorzystaniem metod fenotypowych takich, jak analiza wzorów lekowrażliwości oraz wyników reakcji biochemicznych ujętych w testach ID 32 Staph i systemie Vitek 1 stosowanych w niniejszej pracy.

18 T. Bogiel i inni Ocenę zróżnicowania wewnątrzgatunkowego S. epidermidis podjął Rath i wsp. (12). Były to badania prowadzone na szczepach pochodzących od nosicieli, a nie izolowane z zakażeń. Z badań własnych wynika, że handlowo dostępne testy do identyfikacji drobnoustrojów umożliwiają podział badanej puli szczepów na niewielką liczbę profili, co ma związek z liczbą ujętych w danym zestawie reakcji (Tabela. III). W przypadku systemu Vitek 1 otrzymano 14, a testów ID 32 Staph 18 profili biochemicznych. Analiza wzorów lekowrażliwości umożliwiła podział badanych szczepów na 28 odrębnych grup. Najmniejszą zdolność różnicowania szczepów miały komercyjne testy identyfikacyjne ID 32 Staph i system Vitek 1. Stąd, nie powinny one być rekomendowane do samodzielnego typowania szczepów S. epidermidis. Najbardziej czułą metodą fenotypową, spośród badanych, była analiza lekowrażliwości, dzięki której uzyskano 28 wzorów. Przydatne w typowaniu szczepów gronkowców byłoby połączenie wykorzystanych technik z metodami genotypowymi i w tym aspekcie wyniki badań własnych mogłyby potwierdzić rezultaty otrzymane wcześniej przez innych autorów (13). PODSUMOWANIE - metody fenotypowe mają różną zdolność różnicowania meticylinoopornych szczepów S. epidermidis. Oznaczanie wzorów lekowrażliwości spośród badanych metod daje największą możliwość różnicowania szczepów. Wyznaczanie profili biochemicznych opartych o wyniki reakcji uwzględnionych w testach ID 32 Staph i kartach GPI systemu Vitek 1 jest metodą mniej przydatną. - spośród badanych komercyjnych zestawów większą zdolność różnicowania szczepów miały testy ID 32 Staph, pomimo mniejszej liczby ujętych w nich reakcji w porównaniu z kartami Vitek GPI. - grupy szczepów często miały takie same profile w teście ID 32 Staph i kartach GPI systemu Vitek 1 zgodność wykazywało 40,0 66,7% szczepów w obrębie grup. Wzory lekowrażliwości w tych grupach były różne. - cztery pary szczepów o takiej samej lekowrażliwości wyizolowano od chorych leczonych w tych samych jednostkach szpitala. T. Bogiel, A. Mikucka, A. Deptuła, E. Gospodarek USE OF PHENOTYPIC METHODS TO ESTIMATE SPECIES DIVERSITY FOR METHICILLIN-RESISTANT STAPHYLOCOCCUS EPIDERMIDIS STRAINS COMPARATIVE ANALYSIS SUMMARY Many identification and typing methods has been commonly used in microbiological laboratories. Phenotypic methods are the most frequently used. The aim of this study was to compare biochemical profiles and susceptibility patterns of methicillin-resistant S. epidermidis strains isolated from clinical material. 46 methicillin-resistant S. epidermidis strains were included in this study. Most of them were isolated from wound swabs (65,2%) and catheters (19,6%) from different surgical clinics (76,1%). To receive biochemical profiles ID 32 Staph tests and GPI cards of Vitek 1 were used receiving 18

Wewnątrzgatunkowe różnicowanie S. epidermidis 19 and 14 profiles, respectively. 28 susceptibility patterns were obtained by disc-diffusion method and automatic system Vitek 1 using GPS-527 cards. ID 32 Staph tests and Vitek GPI cards represented the lowest discriminate power for methicillin-resistant S. epidermidis strains and they should not be recommended for typing them. Estimation of the susceptibility patterns was far more sensitive among examined phenotypic methods. Groups of strains have often the same profile received in ID 32 Staph test and Vitek GPI cards but different susceptibility. PIŚMIENNICTWO 1. Bannerman TL, Kleeman KT, Kloos WE. Evaluation of the Vitek Systems Gram-Positive Identification card for species identification of coagulase-negative staphylococci. J Clin Microbiol. 1993; 31:1322-5. 2. Becker K, Harmsen D, Mellmann A i inni. Development and evaluation of a quality-controlled ribosomal sequence database for 16S ribosomal DNA-based identification of Staphylococcus species. J Clin Microbiol. 2004; 42: 4988-95. 3. Blanc DS, Petignat S, Moreillon P i inni. Quantitative antibiogram as a typing method for the prospective epidemiological surveillance and control of MRSA: comparison with molecular typing. Infect Control Hosp Epidemiol. 1996; 17: 654-9. 4. Gaszewska-Mastalarz A, Mordarski M, Zakrzewska-Czerwińska J. Molekularna diagnostyka mikroorganizmów identyfikacja Staphylococcus epidermidis. Postępy Hig Med Dośw. 1998; 52: 19-34. 5. Grasmick AE, Naito N, Bruckner DA. Clinical comparison of the AutoMicrobic system Grampositive identification card, API Staph-Ident, and conventional methods in the identification of coagulase-negative Staphylococcus spp. J Clin Microbiol. 1983; 18: 1323-8. 6. Hryniewicz W, Sulikowska A, Szczypa K i inni. Rekomendacje doboru testów do oznaczania wrażliwości bakterii na antybiotyki i chemioterapeutyki. 2006: 1-49. 7. Jarløv JO. Phenotypic characteristics of coagulase-negative staphylococci: typing and antibiotic susceptibility. APMIS Suppl. 1999; 91: 1-42. 8. Ligozzi M, Bernini C, Bonora MG i inni. Evaluation of the VITEK 2 system for identification and antimicrobial susceptibility testing of medically relevant Gram-positive cocci. J Clin Microbiol. 2002; 40: 1681-6. 9. Ławrynowicz-Paciorek M, Kochman M, Fordymacki P, Kałużewski S. Ocena przydatności wybranych systemów komercyjnych do identyfikowania ziarenkowców z rodzaju Staphylococcus. Med Dośw Mikrobiol 1999; 50: 161-9. 10. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing; Sixteenth Informational Supplement. CLSI M100-S16, January 2006. 11. Perl TM, Rhomberg PR, Bale MJ i inni. Comparison of identification systems for Staphylococcus epidermidis and other coagulase-negative Staphylococcus species. Diagn Microbiol Infect Dis. 1994; 18:151-5. 12. Rath PM, Knippschild M, Ansorg R. Diversity and persistence of Staphylococcus epidermidis strains that colonize the skin of healthy individuals. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2001; 20: 517-9. 13. Sloos JH, Dijkshoorn L, Vogel L, Van Boven CP. Performance of phenotypic and genotypic methods to determine the clinical relevance of serial blood isolates of Staphylococcus epidermidis in patients with septicemia. J Clin Microbiol. 2000; 38: 2488-93. 14. Sloos JH, Horrevorst AM, Van Boven CP, Dijkshoorn L. Identification of multiresistant Staphylococcus epidermidis in neonates of secondary care hospital using pulsed field gel electrophoresis and quantitative antibiogram typing. J Clin Pathol. 1998; 51: 62-7.

20 T. Bogiel i inni 15. Spanu T, Sanguinetti M, Ciccaglione D i inni. Use of the VITEK 2 system for rapid identification of clinical isolates of staphylococci from bloodstream infections. J Clin Microbiol. 2003; 41: 4259-63. 16. Villari P, Sarnataro C, Iacuzio L. Molecular Epidemiology of Staphylococcus epidermidis in a neonatal intensive care unit over a three-year period. J Clin Microbiol. 2000; 38: 1740-6. Otrzymano: 27 I 2009 r. Adres Autora: 85-094 Bydgoszcz, ul. M. Skłodowskiej-Curie 9, Katedra i Zakład Mikrobiologii, Collegium Medicum w Bydgoszczy, UMK w Toruniu