ADF Specyfika metodologii i pliku z danymi Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii Uniwersytet Jagielloski WCSS Wrocław,
Obliczenia w bazie orbitali KS fragmentów Typowe obliczenia: 1) obliczenia atomowe (generowanie bazy; CREATE run) 2) obliczenia molekularne Automatyczne generowanie atomów na starcie
Obliczenia w bazie orbitali KS fragmentow Typowe obliczenia: - obliczenia atomowe (generowanie bazy; CREATE run) - obliczenia molekularne Automatyczne generowanie atomów na starcie Moliwo wykorzystywania poprzednio wyznaczonych atomów
Obliczenia w bazie orbitali KS fragmentow Typowe obliczenia: - obliczenia atomowe (generowanie bazy; CREATE run) - obliczenia molekularne Automatyczne generowanie atomów na starcie Moliwo wykorzystywania poprzednio wyznaczonych atomów Energia wizania wzgldem sferycznych, zamknitopowłokowych atomów Wyznaczenie sensownych energii atomizacji wymaga oblicze atomowych dla niesferycznych, otwartopowłokowych atomów
Input z GUI: #! /bin/sh #! /bin/sh ADFRESOURCES=`echo ADFRESOURCES=`echo '/' '/' xargs xargs -i\\\\ -i\\\\ echo echo $ADFRESOURCES` $ADFRESOURCES` ADFBIN=`echo ADFBIN=`echo '/' '/' xargs xargs -i\\\\ -i\\\\ echo echo $ADFBIN` $ADFBIN` DN="`dirname DN="`dirname "$0"`" "$0"`" case "$DN" in case "$DN" in /*) /*) DIRN="$DN" DIRN="$DN" ;; ;;?:*)?:*) DIRN="$DN" DIRN="$DN" ;; ;; *) *) DIRN="`pwd`/$DN" DIRN="`pwd`/$DN" ;; ;; esac esac if test "$SCM_RESULTDIR" = "" if test "$SCM_RESULTDIR" = "" then then SCM_RESULTDIR="$DIRN" SCM_RESULTDIR="$DIRN" export SCM_RESULTDIR export SCM_RESULTDIR
Input z GUI: # ============================== # ============================== # The Molecule # The Molecule # # ============================== ============================== "$ADFBIN/adf" "$ADFBIN/adf" <<eor <<eor UNITS UNITS length length Angstrom Angstrom angle Degree angle Degree END END ATOMS ATOMS 1 C x1 y1 z1 1 C x1 y1 z1 2 2 C C x2 x2 y2 y2 z2 z2 3 H x3 y3 z3 3 H x3 y3 z3 4 4 H H x4 x4 y4 y4 z4 z4 5 H x5 y5 z5 5 H x5 y5 z5 6 H x6 y6 z6 6 H x6 y6 z6 END END GEOVAR GEOVAR
Input z GUI: y4-0.82595251 y4-0.82595251 z4 0.09748703 z4 0.09748703 x5 0.60120618 x5 0.60120618 y5 0.93005796 y5 0.93005796 z5-0.25727596 z5-0.25727596 x6 x6 0.53924436 0.53924436 y6-0.92967099 y6-0.92967099 z6-0.05667653 z6-0.05667653 END END BASIS BASIS type type SZ SZ core Large core Large END END
Input z GUI: mv tapes/tape21 TAPE21 mv tapes/tape21 TAPE21 "$ADFBIN/densf" <<eor "$ADFBIN/densf" <<eor Grid Grid Coarse Coarse Potential Potential coul coul scf scf Density Density scf scf UNITS UNITS length length Angstrom Angstrom angle Degree angle Degree END END eor eor mv mv TAPE* TAPE* tapes tapes cat logfile >> tapes/logfile cat logfile >> tapes/logfile rm rm -f -f logfile logfile EORTHEJOB EORTHEJOB chmod u+x job chmod u+x job./job >theoutput./job >theoutput rm -f "$SCM_RESULTDIR"/kw-octowy-mep.out rm -f "$SCM_RESULTDIR"/kw-octowy-mep.out
ATOMS ATOMS O 000 000 H 111 100 H -1-11 100 Basis Basis Geometry Geometry
ATOMS ATOMS O 000 000 H 111 100 H -1-11 100 Basis Basis Type TypeSZ SZ Geometry Geometry
ATOMS ATOMS O 000 000 H 111 100 H -1-11 100 Basis Basis Type TypeSZ SZ [DZ, [DZ,,DZP,,DZP, TZP, TZP, QZP] QZP] Geometry Geometry
ATOMS ATOMS O 000 000 H 111 100 H -1-11 100 Basis Basis Type TypeDZP Path Path $ADFRESOURCES/ZORA Geometry Geometry
ATOMS ATOMS O 000 000 H 111 100 H -1-11 100 Basis Basis Type TypeDZP Path Path $ADFRESOURCES/ZORA Core CoreSmall [Medium/large] [Medium/large] Geometry Geometry
Basis Basis Ni Ni $ADFRESOURCES/TZ/Ni.2p C $ADFRESOURCES/DZP/C.1s O $ADFRESOURCES/DZP/O.1s H $ADFRESOURCES//DZP/H Geometry Geometry
ATOMS ATOMS [Cartesian [CartesianZ-matrix MOPAC MOPAC ZCART] ZCART]
Geometry Geometry Optim Optim [Cartesian [CartesianInternal InternalDelocal] [all [allselected]
Geometry Geometry Optim Optim [Cartesian [CartesianInternal InternalDelocal] [all [allselected] Iterations Iterationsniter niter
Geometry Geometry Optim Optim [Cartesian [CartesianInternal InternalDelocal] [all [allselected] Iterations Iterationsniter niter Converge Converge [E=tole] [E=tole][grad=tolg] [grad=tolg] rad=tolr] rad=tolr] [ang=tola] [ang=tola]
Geometry Geometry transitionstate transitionstate
Geometry Geometry Transitionstate Transitionstate [mode=n] [mode=n][neghess=neghess] [NegHess=neghess]
Geometry Geometry Geovar Geovar Rcc Rcc 1.54 1.54 F
Geometry Geometry lineartransit lineartransitnpoints npoints Geovar Geovar Var Var start_v start_v end_v end_v
Geometry Geometry lineartransit lineartransit19 19 Geovar Geovar Ang Ang180.00 0.00 0.00
GEOMETRY GEOMETRY IRC IRC [Forward] [Forward] [Backward] [Backward][Points=npoints] [Points=npoints][Step=Step] [Step=Step]
GEOMETRY GEOMETRY frequencies frequencies
XC XC [LDA [LDA[Apply] [Apply] LDA LDA [Stoll]] [Stoll]] [GGA [GGA[Apply] [Apply] GGA] GGA] end end np. np. XC XC GGA GGA Becke BeckePerdew end end
XC XC [LDA [LDA[Apply] [Apply] LDA LDA [Stoll]] [Stoll]] [GGA [GGA[Apply] [Apply] GGA] GGA] end end np. np. XC XC GGA GGA Becke BeckePerdew end end
Relativistic Relativistic [level] [level][formalism] [formalism] Level Level = None NoneScalar SpinOrbit SpinOrbit Formalism Formalism = Pauli Pauli ZORA ZORA DIRAC DIRAC program program relativistic relativisticcore corepotentials (uruchamiany (uruchamiany automatycznie) automatycznie)
Charge Charge NetQ NetQ [ab] [ab] Np.. Np.. Charge Charge 002 2
unrestricted unrestricted
Locorb Locorb end end
Bondorder Bondorder {printall} {printall}{tol=tol} {tol=tol}
Print Printargument Noprint Noprintargument
Pliki ADF
Pliki ADF Input (*.run) output (*.out) Logfile TAPE21 TAPE13 TAPE41 (densf)
Pliki ADF Input (*.run) output (*.out) logfile TAPE** TAPE21 TAPE13 TAPE41 (densf) Programy dmpkf, udmpkf
Obliczenia w bazie fragmentów w ADF
ETAPY OBLICZE 1.Optymalizacja geometrii całoci 2.Obliczenia dla fragmentu 1 zachowanie pliku TAPE21 3. Obliczenia dla fragmentu 2 zachowanie pliku TAPE21 4. Obliczenia dla całej struktury w bazie orbitali 1 oraz 2 Wykorzystanie zgenerowanych plików TAPE21 fragmentów
ETAPY OBLICZE na przykładzie NH 3 BH 3 1.Optymalizacja geometrii całoci NH 3 BH 3 2.Obliczenia dla fragmentu 1 NH 3 zachowanie pliku TAPE21 3. Obliczenia dla fragmentu 2 BH 3 zachowanie pliku TAPE21 4. Obliczenia dla całej struktury w bazie orbitali 1 oraz 2 Wykorzystanie plików TAPE21 dla fragmentów
obliczenia dla fragmentów w bazie orbitali atomowych #!/bin/bash $ADFBIN/adf << eor atoms cartesian N 0.059-0.105 0.306 H 0.080-0.270 1.049 H 1.020-0.151-0.310 H -0.459-0.881-0.390 end basis N $ADFRESOURCES/DZP/N.1s H $ADFRESOURCES/DZP/H end xc gga scf becke88 perdew86 end end input eor cp TAPE21 nh3.t21 TAPE21 nh3.t21 TAPE21 bh3.t21
#!/bin/bash $ADFBIN/adf << eor atoms N 0.059-0.105 0.306 H 0.080-0.270 1.049 H 1.020-0.151-0.310 H -0.459-0.881-0.390 B -0.590 1.305 0.506 H 0.080-0.270 1.249 H 1.020-0.151 0.310 H -0.259 0.841 0.490 end fragments nh nh3.t21 bh bh3.t21 end xc (nie basis ) gga scf becke88 perdew86 end end input eor Majc pliki nh3.t21 oraz bh3.t21 wykonujemy obliczenia dla czstczki f=nh f=nh f=nh f=nh f=bh f=bh f=bh f=bh Geometria taka, jak dla fragmentów Baza orbitali fragmentów
Otrzymano MO dla NH3BH3 w bazie orbitali NH3 oraz BH3 E (ev) NH 3 NH 3 BH 3 BH 3-0.39e +0.24e LUMO -4 ϕ 6 HOMO -8 ϕ 5 ϕ 4 Ψ 33 Ψ 32-12 ϕ 3 Ψ 31
Grid do wizualizacji #!/bin/bash $ADFBIN/densf << eor grid fine orbitals scf all occ eor TAPE41(binarny plik KF) Czytany przez ADFView Cr 2
Grid do wizualizacji #!/bin/bash $ADFBIN/densf << eor grid coarse orbitals loc all occ eor TAPE41(binarny plik KF) Czytany przez ADFView
cdn