Zakażenia szpitalne/zakładowe Różne definicje: - zakażenie, które powstaje i rozwija się w trakcie pobytu chorego w szpitalu (lub po jego opuszczeniu), rozpoznane klinicznie i potwierdzone laboratoryjnie jest zakażeniem szpitalnym niezależnie od tego czy czynnika chorobotwórczy jest pochodzenia endogennego (autogennego) czy egzogennego - każde zakażenie, które nie występowało w formie jawnej, bądź w okresie inkubacji w czasie przyjęcia chorego do szpitala/innej placówki - zakażenie szpitalne (ustawa o zapobieganiu i zwalczaniu zakażeń i chorób zakaźnych u ludzi z dnia 5 grudnia 2008, Dz. U. Nr 234, poz. 1570) - zakażenie, które wystąpiło w związku z udzielaniem świadczeń zdrowotnych, w przypadku, gdy choroba: a/ nie pozostawała w momencie udzielania świadczeń zdrowotnych w okresie wylęgania albo b/ wystąpiła po udzielaniu świadczeń zdrowotnych, w okresie nie dłuższym niż najdłuższy okres jej wylęgania Zakażenia szpitalne, krzyżowe, zakładowe - związane z udzielaniem świadczeń zdrowotnych oraz innych czynności, w trakcie których dochodzi do naruszenia czynności tkanek ludzkich Przenoszenie (transmisja) czynnika zakaźnego w obrębie palcówki zdrowotnej/innej: szpital, przychodnia, gabinety - różne, dom starców, koszary, akademik.. Kontakt: pacjent-pacjent; pacjent personel; pacjent personel pacjent, środowisko; personel pacjent; skażone przedmioty - pacjent Drogi przenoszenia: kontakt bezpośredni: krew, wydaliny: ślina, kał, mocz, tkanki; skażone narzędzia, aparatura, krany, zlewy, klamki; droga kropelkowa, powietrzna; ssaki, stawonogi.. Drogi wnikania: inhalacyjna, pokarmowa, krwionośna, przez łożysko, przez uszkodzone tkanki, skórę.. Zakażenia szpitalne były, są i będą nie można wyeliminować można zapobiegać i ograniczać mogą być endogenne (własna flora lub kolonizacja florą szpitalną) lub egzogenne zwiększają koszty leczenia i cierpienia chorego szpitale płacą odszkodowania za zakażenia własne, ale pacjent może trafić do szpitala już z zakażeniem!! inny oddział, inny szpital, przychodnia, dom opieki, gabinet kosmetyczny... w różnym okresie: okres wylęgania kliniczne objawy zakażenia kolonizacja szczepem szpitalnym nosicielstwo np. Salmonella, HBV Źródła zakażenia w praktyce ambulatoryjnej Osoba z zakażeniem objawowym: drogi oddechowe, pokarmowe, zmiany skórne.. Osoba w okresie wylęgania zakażenia: drobnoustroje namnażają się, brak objawów największa zakaźność (wirusowe) Nosiciel S.aureus, S.pneumoniae, C.diphteriae, S.pyogenes, N.meningitidis, Salmonella, Shigella, H.influenzae, HBV, HCV, HIV, szczepy szpitalne.. - w okresie rekonwalescencji, po przechorowaniu - bezobjawowy Należy przyjąć zasadę: Każdy pacjent powinien być traktowany jako rezerwuar patogenów uniwersalne procedury postępowania dotyczą wszystkich pracowników Czynniki etiologiczne bakterie - należące do flory fizjologicznej, szczepy szpitalne oporne na antybiotyki MRSA, VRE, ESBL(+), Pseudomonas, Acinetobacter, prątki gruźlicy.. wirusy - przenoszone drogą krwi: HBV, HDV, HCV, HIV, CMV, jelitowe: Rotavirus, Norwalk, oddechowe: Influenza, RSV, inne: Herpes, świnki, różyczki, odry... grzyby - Candida (C. albicans, C. parapsilosis, C. cruzei, C. glabrata, C. tropicalis), Aspergillus, Rhizopus, Mucor, Pneumocystis jiroveci pasożyty - Toxoplasma gondii, Cryptosporidium, Giardia lamblia, wszy, pchły, roztocza (świerzb) Zakażenia szpitalne problem - szczepy szpitalne (drobnoustroje alarmowe) * łatwość przenoszenia się w środowisku - oddział, szpital, szpitale
* kolonizacja personelu i chorych * ciężki, często śmiertelny przebieg zakażenia: pacjenci z obniżoną odpornością, leczeni lekami immunosupresyjnymi, po interwencjach chirurgicznych (sztuczne zastawki, endoprotezy, cewniki..), noworodki.. * wielooporność na stosowane antybiotyki i chemioterapeutyki!!! przenoszenie genów oporności Czynniki ryzyka - środowiskowe liczba łóżek mniej łóżek, mniej zakażeń rodzaj i architektura oddziałów IOM, oddziały zabiegowe więcej zakażeń inwazyjne procedury diagnostyczne i lecznicze cewnikowanie, endoskopia, dializa, transplantacja... codzienna dezynfekcja, sterylizacja, kontrola jałowości kuchnia, pralnia, gospodarka odpadami reżim sanitarny na sali operacyjnej, system wentylacji niestaranność personelu polityka antybiotykowa oporność szczepów Czynniki zależne od chorego wiek wcześniactwo, niemowlęta, osoby starsze choroby współistniejące - cukrzyca, miażdżyca, niewydolność krążenia, oddychania.. choroby upośledzające odporność nowotwory, dializa, transplantacja... uraz wielonarządowy liczba i długość wcześniejszych pobytów w szpitalu kolonizacja, zakażenie przebyte zabiegi inwazyjne nosicielstwo np.. MRSA Czynniki związane z diagnostyką/leczeniem zabiegi operacyjne czysty, brudny, czas pobytu w oddziale przed zabiegiem, przygotowanie zespołu do zabiegu, traumatyzacja (krwiaki, drenaż), czas trwania zabiegu.. sztuczna wentylacja czas trwania cewniki obwodowe, pęcherzowe, pępkowe, wkłucia centralne.. protezy naczyniowe, stawowe.. endoskopia, koronarografia.. liczba procedur u chorego Czynniki ryzyka zakażenia u chorych operowanych - różne na różnych oddziałach zabiegowych oddział chirurgiczny - mały szpital, duży szpital neurochirurgia, kardiochirurgia, torakochirurgia, ortopedia, ch. naczyniowa, transplantacyjna, ginekologiczna, stomatologiczna dorośli, dzieci Zakażenia szpitalne pojedyncze przypadki szpitalne ognisko epidemiczne - wystąpienie co najmniej dwóch przypadków zakażeń, powiązanych łańcuchem epidemiologicznym, wywołanych tym samym drobnoustrojem - nagły wzrost zakażeń w porównaniu ze średnią okresu poprzedzającego - pojawienie się drobnoustroju alarmowego wraz z objawami klinicznymi Postaci kliniczne zakażeń Zakażenie układu moczowego - ZUM Zakażenie miejsca operowanego - ZMO: powierzchowne, głębokie, narządu lub jamy ciała Zakażenie układu oddechowego Zakażenie krwi: pierwotne, wtórne Inne Zakażenia u chorych operowanych - różne postaci kliniczne: zakażenie miejsca operowanego zapalenie dróg moczowych
zapalenie płuc sepsa inne każda postać może wystąpić jako ognisko epidemiczne ten sam drobnoustrój może dać różne postaci kliniczne zakażeń Zapobieganie zakażeniom dotyczy innych chorych, personelu, odwiedzających ale i danego pacjenta zakażenie szczepami własnego/nowego szpitala ustalenie skali problemu kolonizacja, zakażenie, okres wylęgania znajomość biologii drobnoustroju/ów, dróg przenoszenia, wrażliwości gospodarza wprowadzenie odpowiednich środków zapobiegawczych świadomość problemu i odpowiedzialność - u chorego, personelu, innych chorych, odwiedzających i z o l a c j a c h o r e g o Kontrola zakażeń w praktyce ambulatoryjnej Zasada każdy pacjent zakażony Każdy pracownik podejmujący pracę szkolenie teoretyczne i praktyczne - wg napisanych procedur, odpowiednich do specyfiki danej praktyki Szkolenia w trakcie zatrudnienia aktualizacja zasad i norm Aspekty kontroli w praktyce ambulatoryjnej Ocena zakaźności pacjenta Środki ochrony personelu higiena osobista (nie dotykać niczego, co nie jest potrzebne: oczy, nos, usta, włosy; skaleczenia, włosy związane, mycie rąk!!) odzież ochronna, izolacja kontaktowa (rękawiczki, okulary, maski..), program szczepień Mycie, sterylizacja, przechowywanie narzędzi Sprzęt jednorazowego użytku Dezynfekcja Zachowanie zasad aseptyki w pracy Usuwanie odpadów: zakaźne, komunalne Szkolenie personelu Zasady izolacji chorego izolacja jako środek ostrożności działa tylko wtedy, gdy przestrzega się jej zasad stale i prawidłowo dotyczy personelu, chorego/chorych, odwiedzających dwa poziomy ostrożności: I. rutynowe środki związane z kontrolą zakażeń przewidziane niezależnie od choroby lub podejrzenia II. dodatkowe, w zależności od dróg przenoszenia różne kategorie, modyfikowane w zależności od potrzeby Rutynowe środki ostrożności izolacja chorych w chwili przyjęcia, zgłoszenie do ZKSZ, odrębne pomieszczenie z sanitariatem, ew. na końcu oddziału blisko toalety, ograniczenie poruszania się, odwiedzin, transportu odrębny personel odzież ochronna: rękawiczki, maski, fartuchy, bezpieczne obchodzenie się z ostrymi przedmiotami, dezynfekcja rozpryśniętej krwi, sprzętu, pranie, sprzątanie, usuwanie odpadów, mycie rąk!!! personel ten sam - pacjentem izolowanym zajmować się na końcu odwiedziny ograniczone, po instrukcji pielęgniarki edukacja rodziny co do zagrożenia końcowe mycie i dezynfekcja sali, sprzętu Rodzaje izolacji izolacja źródła zakażenia pacjent stanowi źródło zakażenia dla innych chorych i personelu izolacja ochronna chorzy z ciężkim upośledzeniem odporności, wrażliwi na zakażenie ze strony personelu, otoczenia przeszczepy, neutropenia, chemioterapia, sala powinna mieć wentylację z dodatnim ciśnieniem izolacja ścisła zapobiega rozprzestrzenianiu się chorób przenoszonych drogą oddechową, kontaktową, pokarmową, bardzo niebezpiecznych i zakaźnych: gorączki krwotoczne, dżuma, błonica gardła, cholera... przewóz specjalną karetką z zachowaniem szczególnych środków ostrożności ograniczenie personelu, odwiedzających ścisła lista
jednorazowa odzież ochronna, rękawiczki, higiena rąk!!!... odpowiednio oznakowane odpady, materiał do laboratorium... Izolacja przy zakażeniach drogą kontaktową przez kontakt bezpośredni z pacjentem, otoczeniem, wydalinami, wydzielinami - MRSA, VRE, HLAR, wielooporne pałeczki Gram(-), gonokokowe zapalenie spojówek noworodków, rozsiana opryszczka, zakażenia paciorkowcowe, gronkowcowe oddzielna sala z toaletą, minimum sprzętów personel opiekujący się chorym bez chorób skóry, skaleczeń odwiedzający powinni zgłosić się do pielęgniarki rękawiczki jednorazowe, niejałowe przy kontakcie z wydalinami, opatrunkiem, fartuchy bez rękawów, chirurgiczne tylko przy dużym zabrudzeniu, maski nie są konieczne, sprzęt jednorazowy higiena rąk mycie płynem antyseptycznym, przed i po kontakcie odpady szpitalne transport ograniczony do minimum Izolacja przy zakażeniach drogą pokarmową zakażenia fekalno-oralne: drobnoustroje wywołujące zapalenia żołądka i jelit: Salmonella, Shigella, Clostridium difficile, HAV, HEV, Rotavirus... jednoosobowa sala z umywalką i toaletą nakaz mycia rąk mydłem pod bieżącą wodą po wyjściu z toalety odpowiedni zapas mydła, ręczników papierowych i papieru toaletowego!!! basen, kaczka, inny sprzęt do osobistego użytku, potem odpowiednia dezynfekcja końcowa rodzice dzieci staranne mycie i wysuszenie rąk po zmianie pieluszki u dziecka cały personel może się zajmować chorym rękawiczki przy kontakcie z kałem, zabrudzonymi przedmiotami, maski nie, ręce!!! odpady szpitalne rozpryski kału mycie i dezynfekcja jednorazową ściereczką Izolacja przy zakażeniach drogą oddechową przenoszą się przez jądra skraplania: małe <5 um śr. gruźlica, odra, ospa wietrzna, VZV, duże > 5 um zak.pneumokokowe, paciorkowcowe, meningokokowe, krztusiec kropelki powstają w czasie mówienia, kaszlu, kichania, podczas zabiegów: odsysanie, intubacja, bronchoskopia izolatka -zamknięte drzwi, mało sprzętu rękawiczki, fartuchy - niekonieczne, maski - tak ograniczenie poruszania się i odwiedzin, transport chorego w masce mycie rąk płyn dezynfekcyjny pranie, odpady, sprzęt procedury szpitalne Izolacja przy zakażeniach drogą krwiopochodną zakażenia drogą krwi i płynami ustrojowymi: HBV, HCV, HIV.. izolacja nie jest konieczna tylko w przypadku krwawienia, biegunki, otwartej rany, założonego drenu, chory nieprzytomny, upośledzony umysłowo.. skaleczenia, otarcia wodoszczelny opatrunek opieka przez osoby z nieuszkodzoną skórą rękawiczki, maski, fartuchy, kalosze gdy jest ekspozycja na krew i płyny ustrojowe higiena rąk mycie z płynem antyseptycznym, osuszone papierowym ręcznikiem, po zdjęciu odzieży ochronnej, przed kontaktem z następnym chorym dezynfekcja sprzętu, odpady, pranie, rozpryśnięcie krwi (chlor), materiał do badania laboratoryjnego, zwłoki zalecenia z grupy wysokiego ryzyka, oznakowanie Monitorowanie chorych z innej placówki wnikliwa ocena kliniczno-epidemiologiczna ustalenie czynników ryzyka zakażenia - długość pobytu, oddział, stosowane procedury wystarczy, aby doszło tylko do kolonizacji w ciągu kilku dni do 80% flory szpitalnej - kolonizacja szczepami opornymi ocena nosicielstwa przed przyjęciem lub pobranie materiału w izbie przyjęć, np.. MRSA, VRE - czynniki ryzyka ze strony pacjenta - już istniejące wdrożenie środków zapobiegawczych - odpowiedni typ izolacji chorego, - dezynfekcja izby przyjęć, karetki, sprzętu.. - przestrzeganie zasad postępowania
Czynniki ryzyka - np.kardiochirurgia czas i pobyt na oddziale kardiologicznym/innym szpitalu przed zabiegiem możliwość zakażenia HCV nosicielstwo szczepów patogennych własnych - S.aureus, E. coli, Klebsiella, Enterobacter... szpitalnych MRSA, ESBL(+), VRE, HLAR stan kliniczny, schorzenia dodatkowe - zęby Zapobieganie: wymaz z nosa i gardła konsultacja stomatologiczna przyjęcie na oddział kardiochirurgii dzień przed zabiegiem Czynniki ryzyka - kardiochirurgia rodzaj zabiegu zabiegi czyste, > 2 godz., wysokie ryzyko 15% ***CABG - wszczepienie pomostów aortalno-wieńcowych w krążeniu pozaustrojowym, przez mostek, pacjent 65-70 lat, 2.5-3.5 godz. **OPCAB - pomosty na bijącym sercu, pacjent, czas j.w. *MIDCAB pomosty przez żebra, pacient, czas j.w. *** zastawki wymiana, plastyka, krążenie pozaustrojowe, mostek, różny wiek, 2-2.5godz traumatyzacja w czasie zabiegu!!! - kaniulacja dużych naczyń, tęt. promieniowa., wenflon dożylny, cewnik Foley,a, intubacja - cewnik doopłucnowy (MIDCAB) lub zewnątrz oponowy (OPCAB) leki p/bólowe - kontrapulsacja wewnątrzaortalna prze tętnicę udową przy niskim rzucie serca blokery H2 lub pompy protonowej - ph kolonizacja heparynizacja Zapobieganie zakażeniom na kardiochirurgii likwidacja nosicielstwa S.aureus mupirocyna, 0,1% chlorheksydyna+0,5% neomycyna kąpiel przed zabiegiem, higiena jamy ustnej eliminacja pałeczek Gram(-)!!! profilaktyka okołooperacyjna 1-2 doby cefazolina, cefamandol, cefuroksym, amoksycylina/kw.klawulanowy, kloksacylina + gentamycyna nie cefalosporyny III generacji, wankomycyna- incydentalnie, selekcja opornych MRSA i VRE jeżeli na oddziale MRSA zabiegi eradykacyjne stała ocena miejsc wkłucia, rany posiewy, celowane leczenie powikłania nie zawsze są związane z zakażeniem uogólniona odpowiedź zapalna SIRS, wielonarządowa niewydolność MODS znajomość stanu epidemiologicznego oddziału/szpitala/innych szpitali!!! System kontroli zakażeń szpitalnych Zespół Kontroli Zakażeń Szpitalnych: lekarz - przewodniczący, pielęgniarka/położna - specj. ds. epidemiologii (1/200 łóżek), diagn. lab. - specj. ds. mikrobiologii, jeżeli lekarz nie posiada specj. z mikrobiologii lek. Komitet Kontroli Zakażeń Szpitalnych: kierownik szpitala, kierownicy komórek organiz. diagn. mikrob. centr. steryl. apteka, przew. ZKZS, naczelna pielęgn. lekarz med. pracy Zadania: - opracowanie, aktualizacja, plany, systemu zapobiegania i zwalczania zakażeń, szkolenia personelu, kontrole wewnętrzne, standardy farmakoprofilaktyki, terapii itp. : * profilaktyka - sterylizacja, dezynfekcja, higiena szpitalna, instrukcje, procedury postępowania * rozpoznawanie zakażeń mikrobiologia, monitorowanie drobnoustrojów, oporności * polityka antybiotykowa, antybiotyki w profilaktyce i leczeniu, zużycie a oporność, antybiotyki w lecznictwie otwartym, w regionie * edukacja rekomendacje, standardy, zjazdy * własna strategia postępowania własne procedury Efekty - świadomość, zaangażowanie czynnik ludzki!! Bieżący nadzór nad zakażeniami w oddziale Cel: rozpoznanie i ocena sytuacji epidemiologicznej (specyfiki procesu epidemicznego) w danym oddziale optymalny program zapobiegania i zwalczania zakażeń
ważne - przy ocenie zagrożenia dla pacjenta we własnym oddziale - przy przejęciu chorego z innej placówki celem oceny już istniejącego zakażenia/zagrożenia dane specyficzne dla oddziału: częstość występowania poszczególnych typów zakażeń, gęstość zapadalności, czynniki ryzyka zakażenia np. miejsca operowanego, zależne od chorego, procedury chirurgicznej, czynnika etiologicznego, analiza ognisk epidemicznych. Ustawa o zapobieganiu oraz zwalczaniu zakażeń i chorób zakaźnych z dnia 5 grudnia 2008 - Dz.U. Nr 234 poz. 1570 Rozdz. 3 - Zakażenia związane z udzielaniem świadczeń zdrowotnych oraz innych czynności, w trakcie wykonywania których dochodzi do naruszenia ciągłości tkanek ludzkich Kierownik jednostki - obowiązek wdrożenia i funkcjonowania systemu zapobiegania i zwalczania zakażeń zespół i komitet kontroli zakażeń szpitalnych - ocena ryzyka zakażeń związanych z wyk. świadczeń, warunki izolacji - rejestracja zakażeń szpitalnych i czynników alarmowych (11 marca 2005, Dz. U. Nr 54, poz. 484) - obowiązkowe zgłaszanie zakażeń szpitalnych PIS - bieżące raporty-aktualnie brak przepisów wykonawczych odnośnie rodzaju zakażeń szpitalnych podlegających obowiązkowi zgłaszania i rejestracji, dotychczas obowiązkowe było zgłaszanie ognisk epidemicznych - ognisko epidemiczne zgłosić w ciągu 24 godzin - możliwość badań mikrobiologicznych w ciągu całej doby - weryfikacja badań - jednostki referencyjne, płatność z budżetu MZ Ognisko epidemiczne rozporządzenie ministra zdrowia z dnia 11 marca 2005 r. w sprawie rejestrów zakażeń zakładowych oraz raportów o występowaniu tych zakażeń (Dz. U. Nr 54, poz. 484) Zał. Nr 1 - drobnoustroje alarmowe Zał. Nr 2 - wzór raportu półrocznego o zakażeniach zakładowych i drobnoustrojach alarmowych Zał. nr 3 - wzór raportu rocznego o zakażeniach zakładowych i drobnoustrojach alarmowych Zał. nr 4 - wzór raportu wstępnego o podejrzeniu ogniska epidemicznego w zakładzie opieki zdrowotnej Zał. nr 5 - wzór raportu końcowego z czynności podejmowanych w celu wygaszenia ogniska epidemicznego w zakładzie opieki zdrowotnej Załącznik nr 1 - DROBNOUSTROJE ALARMOWE 1 : 1) gronkowiec złocisty (Staphylococcus aureus) oporny na metycylinę (MRSA) lub glikopeptydy (VISA lub VRSA); 2) paciorkowiec ropotwórczy (Streptococcus pyogenes); 3) enterokoki (Enterococcus spp.) oporne na glikopeptydy (VRE); 4) pałeczki Gram-ujemne (Enterobacteriaceae) wytwarzające beta-laktamazy o rozszerzonym spektrum substratowym (ESBL) lub oporne na karbapenemy; 5) pałeczka ropy błękitnej (Pseudomonas aeruginosa) oporna na karbapenemy lub inne dwie grupy leków; 6) pałeczki niefermentujące z gatunku Acinetobacter spp. oporne na karbapenemy lub inne dwie grupy leków; 7) laseczka beztlenowa z gatunku Clostridium difficile; 8) pałeczki z gatunków Salmonella spp., Shigella spp. oraz Campylobacter jejuni; 9) maczugowiec błonicy (Corynebacterium diphteriae) - szczepy toksynotwórcze; 10) pałeczka krztuśca (Bordetella pertussis); 11) dwoinka zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych (Neisseria meningitidis); 12) dwoinka zapalenia płuc (Streptococcus pneumoniae) oporna na cefalosporyny III generacji lub penicylinę; 13) pałeczka z gatunku Legionella pneumophila; 14) prątki chorobotwórcze (Mycobacterium spp.)2); 15) wirusy: a) ospy wietrznej (Varicella-zoster virus), b) odry (Morbillivirus), c) grypy (influenzavirus), d) rota (rotavirus), e) syncytialny (respiratory syncytial virus), f) zapalenia wątroby typu B (hepatitis B virus)2) g) zapalenia wątroby typu C (hepatitis C virus)2) h) nabytego niedoboru odporności u ludzi (HIV)2); 16) inne biologiczne czynniki chorobotwórcze wskazane przez kierownika zakładu opieki zdrowotnej, zespół kontroli zakażeń zakładowych lub ośrodki referencyjne w kraju lub za granicą, w zależności od bieżącej sytuacji epidemiologicznej. Objaśnienia:
1) Drobnoustroje podlegające rejestracji są izolowane z zakażeń objawowych lub inwazyjnych. Przypadki bezobjawowej kolonizacji nie podlegają rejestracji. Wykrycie drobnoustroju może być uzyskane w wyniku przeprowadzonego badania mikrobiologicznego lub pośrednio, np. wiarygodnymi testami serologicznymi lub metodami histopatologicznymi. 2) Drobnoustroje podlegające rejestracji są izolowane z zakażeń ostrych lub badań pierwszorazowych. Metody biologii molekularnej poszukiwanie - analiza charakterystycznych unikatowych sekwencji DNA lub RNA * podstawowa zasada - komplementarność czyli łączenie się nukleotydów należących do obu nici kwasu nukleinowego z odpowiednimi starterami (primerami) fingerprinting PCR (polimerazowa reakcja łańcuchowa) możliwość amplifikacji ( namnożenia ) fragmentów DNA RT-PCR odwrotna transkrypcja PCR hybrydyzacja in situ z odpowiednią sondą genetyczną LCR - ligazowa reakcja łańcuchowa Zastosowanie metod biologii molekularnej w diagnostyce mikrobiologicznej identyfikacja bakterii, wirusów, grzybów, pierwotniaków w materiale klinicznym in situ lub po izolacji Mycobacterium,, M. pneumoniae, C. trachomatis,c. pneumoniae N.gonorrhoeae, B.burgdorferi,L.pneumophila, C.difficile, Ehrlichia, Candida, HBV, HCV, CMV, HSV... identyfikacja genów oporności na antybiotyki meca, kata, rpob.. genów kodujących czynniki wirulencji toksyny S.pyogenes, C.difficile, E.coli, B.anthracis, H.pylori.. taksonomia drobnoustrojów, analiza ewolucyjna i filogenetyczna typowanie genetyczne dla celów epidemiologii szpitalnej ustalenie pokrewieństwa w obrębie gatunku, określenie źródła zakażenia, dróg transmisji... Metody typowania szczepów do celów epidemiologicznych fenotypowe - biotyp, serotyp, profil wrażliwości na antybiotyki, bakteriofagi, bakteriocyny, analiza typu wzrostu, LPS, kwasów tłuszczowych, białek genotypowe * rypotypowanie loci rrna * DNA plazmidowe (ruchome) nie nadaje się do badań długoterminowych * DNA chromosomalne wiarygodność badań zależy od wyboru metody: typowalność - otrzymywanie wyników dla każdego izolatu powtarzalność - wielokrotne uzyskiwanie identycznych rezultatów tej samej próby, dyskryminacja - rozróżnianie szczepów epidemiologicznie niespokrewnionych Brak standaryzacji uniemożliwia powtarzalność wyników, powoduje błędną ich interpretację i ogranicza szersze zastosowanie metody w diagnostyce!!! ale wybór metody to także możliwości laboratorium, cena, czas wykonania... Metody genotypowe w badaniach epidemiologicznych szereg odmian RFLP polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych (duża liczba fragmentów DNA różniących się kilkoma parami zasad, utrudniona interpretacja profili) * locus specific RFLP urec gen, katg gen * PFGE elektroforeza w zmiennym polu elektrycznym (fragmenty DNA dużo większe, łatwiejsza interpretacja, duża powtarzalność, specjalna aparatura, 2-3 dni) na bazie PCR-RFLP * Rep-PCR (strater o znanej homologii), łatwa * RAPD (random amplified polymorphic DNA - przypadkowa amplifikacja) stratery o dł. ok.. 20 nukleotydów, rozdział w żelu poliakrylamidowym, łatwa * AP-PCR (arbitrary primimg startery o nieznanej homologii) 10-12 nukleotydów, żel agarozowy, trudna * DAF (DNA amplification fingerprinting amplifikacja polimorficznych odcinków DNA) 5-8 nukleotydów, skomplikowany profil * CFLP (cleavase fragment lenght polymorphism) - trudna * AFLP (amplified fragment lenght polymorphism amplifikacja wybranych podjednostek DNA), odmiana ADSRRSfingerprinting - łatwa * DNA sekwencjonowanie aparatura, wysoki poziom, drogie, wirusy * MLST ustalenie genotypu w zakresie wysoce konserwatywnych fragmentów DNA, porównanie z wzorami klonów w światowych bazach danych
Izolacja chromosomalne DNA Analiza chromosomalnego DNA enzym restrykcyjny - SmaI (gronkowce) Wzór trawienia Polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych (RLFP restriction fragment lenght polymorphism) RLFP PFGE elektroforeza pulsacyjna -interpretacja wyników wg systemu Tenovera Rola pracowni mikrobiologicznej w kontroli zakażeń szpitalnych Podstawowe zadania * ustalenie czynnika / czynników etiologicznych zakażeń * określenie wrażliwości na antybiotyki - stwarza warunki racjonalnej antybiotykoterapii * typowanie genetyczne epidemiologia zakażeń większość zakażeń szpitalnych ma charakter klonalny - pochodzi od jednej komórki bakteryjnej - wzory restrykcyjne identyczne lub prawie identyczne wykazanie różnic pomiędzy izolatami tego samego gatunku pozwala zidentyfikować powstawanie różnych klonów lub grup klonalnych istnienie szczepów identycznych, blisko spokrewnionych i potencjalnie spokrewnionych wskazuje na selekcję opornych mutantów na oddziale i horyzontalne szerzenie się opornych szczepów wśród hospitalizowanych pacjentów.