pojedynczych mutacji punktowych, lokalizujących się we fragmencie genu o wielkości około 600 pz. Uważa się, że poszczególne układy mutacji są

Podobne dokumenty
uzyskanymi przy zastosowaniu innych metod użyto testu Manna-Whitney a. Jako miarę korelacji wykorzystano współczynnik. Przedstawiona w dysertacji

zarodków SPF oraz materiały z trzeciego pasażu hodowli komórek CEK, przebadano za pomocą AGID. Wynik pozytywny uzyskano dla wszystkich zakażonych

Cracow University of Economics Poland. Overview. Sources of Real GDP per Capita Growth: Polish Regional-Macroeconomic Dimensions

mechanizmach latencji i onkogenezy BLV. Wykazano, że zakażenie BLV powoduje wzrost aktywności telomerazy i skracanie sekwencji telomerowych we

Katarzyna Durda STRESZCZENIE STĘŻENIE KWASU FOLIOWEGO ORAZ ZMIANY W OBRĘBIE GENÓW REGULUJĄCYCH JEGO METABOLIZM JAKO CZYNNIK RYZYKA RAKA W POLSCE

Analysis of infectious complications inf children with acute lymphoblastic leukemia treated in Voivodship Children's Hospital in Olsztyn

Akademia Morska w Szczecinie. Wydział Mechaniczny

Molekularna charakterystyka zoonotycznych szczepów rotawirusa świń Streszczenie

Rozpoznawanie twarzy metodą PCA Michał Bereta 1. Testowanie statystycznej istotności różnic między jakością klasyfikatorów

Genotypy i antybiotykooporność izolatów Staphylococcus aureus wyosobnionych od świń, kur oraz z mięsa wieprzowego i drobiowego

Pro-tumoral immune cell alterations in wild type and Shbdeficient mice in response to 4T1 breast carcinomas


Has the heat wave frequency or intensity changed in Poland since 1950?

Tychy, plan miasta: Skala 1: (Polish Edition)

ZGŁOSZENIE WSPÓLNEGO POLSKO -. PROJEKTU NA LATA: APPLICATION FOR A JOINT POLISH -... PROJECT FOR THE YEARS:.

ERASMUS + : Trail of extinct and active volcanoes, earthquakes through Europe. SURVEY TO STUDENTS.

ARNOLD. EDUKACJA KULTURYSTY (POLSKA WERSJA JEZYKOWA) BY DOUGLAS KENT HALL

OPTYMALIZACJA PUBLICZNEGO TRANSPORTU ZBIOROWEGO W GMINIE ŚRODA WIELKOPOLSKA

Ocena wpływu nasilenia objawów zespołu nadpobudliwości psychoruchowej na masę ciała i BMI u dzieci i młodzieży

INSTYTUT GENETYKI I HODOWLI ZWIERZĄT POLSKIEJ AKADEMII NAUK W JASTRZĘBCU. mgr inż. Ewa Metera-Zarzycka

Weronika Mysliwiec, klasa 8W, rok szkolny 2018/2019

ZGŁOSZENIE WSPÓLNEGO POLSKO -. PROJEKTU NA LATA: APPLICATION FOR A JOINT POLISH -... PROJECT FOR THE YEARS:.

Warsztaty Ocena wiarygodności badania z randomizacją

SWPS Uniwersytet Humanistycznospołeczny. Wydział Zamiejscowy we Wrocławiu. Karolina Horodyska

Ocena wpływu ludzkiego antygenu leukocytarnego HLA B5701 na progresję zakażenia HIV 1 i odpowiedź na leczenie antyretrowirusowe.

Łukasz Supronowicz ZASTOSOWANIE NIEINWAZYJNYCH BIOMARKERÓW DO DIAGNOSTKI ALKOHOLOWYCH CHORÓB WĄTROBY

Ekonomiczne i społeczno-demograficzne czynniki zgonów osób w wieku produkcyjnym w Polsce w latach

Gorączka Q epidemiologia, patogeneza oraz diagnostyka laboratoryjna. Wskazówki dla lekarzy weterynarii i hodowców

Charakterystyka kliniczna chorych na raka jelita grubego

potwierdzają, że w naturalnych warunkach SRLV są w stanie pokonać barierę międzygatunkową i równolegle zakażać owce i kozy. Badania potwierdziły

czynnikami ryzyka i chorobami układu sercowo-naczyniowego.

Fig 5 Spectrograms of the original signal (top) extracted shaft-related GAD components (middle) and

Wykrywanie i charakterystyka szczepów wirusa myksomatozy królików z zastosowaniem metod molekularnych Streszczenie

Mgr Paweł Musiał. Promotor Prof. dr hab. n. med. Hanna Misiołek Promotor pomocniczy Dr n. med. Marek Tombarkiewicz

Cracow University of Economics Poland

Krytyczne czynniki sukcesu w zarządzaniu projektami

Gdański Uniwersytet Medyczny Wydział Nauk o Zdrowiu z Oddziałem Pielęgniarstwa i Instytutem Medycyny Morskiej i Tropikalnej. Beata Wieczorek-Wójcik

Hard-Margin Support Vector Machines

Updated Action Plan received from the competent authority on 4 May 2017

tkanki płucnej obecność App i Ss stwierdzono odpowiednio w 6,6% i 22,2% próbek. W

Machine Learning for Data Science (CS4786) Lecture11. Random Projections & Canonical Correlation Analysis

Helena Boguta, klasa 8W, rok szkolny 2018/2019

kdpw_stream Struktura komunikatu: Status komunikatu z danymi uzupełniającymi na potrzeby ARM (auth.ste ) Data utworzenia: r.

EDYTA KATARZYNA GŁAŻEWSKA METALOPROTEINAZY ORAZ ICH TKANKOWE INHIBITORY W OSOCZU OSÓB CHORYCH NA ŁUSZCZYCĘ LECZONYCH METODĄ FOTOTERAPII UVB.

Revenue Maximization. Sept. 25, 2018

WYDZIAŁ BIOLOGII I OCHRONY ŚRODOWISKA

DIAGNOSTYKA POLSKICH SZCZEPÓW WIRUSA MOZAIKI PEPINO (PEPINO MOSAIC VIRUS)

Gdański Uniwersytet Medyczny. Polimorfizm genów receptorów estrogenowych (ERα i ERβ) a rozwój zespołu metabolicznego u kobiet po menopauzie

REGIONAL DIFFERENTIATION OF THE POWER OF AGRICULTURAL TRACTORS PURCHASED IN POLAND IN THE YEARS

Zarządzanie sieciami telekomunikacyjnymi

Sargent Opens Sonairte Farmers' Market

Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu

EXAMPLES OF CABRI GEOMETRE II APPLICATION IN GEOMETRIC SCIENTIFIC RESEARCH


Baptist Church Records

Wojewodztwo Koszalinskie: Obiekty i walory krajoznawcze (Inwentaryzacja krajoznawcza Polski) (Polish Edition)

Maria Szczotka ROZPRAWA HABILITACYJNA

Ocena częstości występowania bólów głowy u osób chorych na padaczkę.

TRANSPORT W RODZINNYCH GOSPODARSTWACH ROLNYCH

AKTUALNOÂCI BINET. Nr 10/ Drogie Koleżanki i Koledzy. Inwazyjna choroba meningokokowa w 2015 roku

Network Services for Spatial Data in European Geo-Portals and their Compliance with ISO and OGC Standards

Profil alergenowy i charakterystyka kliniczna dorosłych. pacjentów uczulonych na grzyby pleśniowe

SNP SNP Business Partner Data Checker. Prezentacja produktu

STRESZCZENIE Słowa kluczowe: Wstęp Cel pracy

OncoOVARIAN Dx (Jajniki) - Raport

INSPECTION METHODS FOR QUALITY CONTROL OF FIBRE METAL LAMINATES IN AEROSPACE COMPONENTS

Ocena rozpowszechnienia pierwotniaków z rodzaju Babesia w wybranych regionach Polski przy zastosowaniu technik molekularnych STRESZCZENIE

Ocena rozprawy doktorskiej Pani lek. wet. Iwony Kozyry p.t. Molekularna charakterystyka zoonotycznych szczepów rotawirusa świń

ZALEŻNOŚĆ MIĘDZY WYSOKOŚCIĄ I MASĄ CIAŁA RODZICÓW I DZIECI W DWÓCH RÓŻNYCH ŚRODOWISKACH

UMOWY WYPOŻYCZENIA KOMENTARZ

B IURO B ADAWCZE DS. J AKOŚCI

Konsorcjum Śląskich Uczelni Publicznych

POLISH PARASITOLOGY AT THE TURN OF THE 21 st CENTURY

deep learning for NLP (5 lectures)

Karpacz, plan miasta 1:10 000: Panorama Karkonoszy, mapa szlakow turystycznych (Polish Edition)

Clinical Trials. Anna Dziąg, MD, ąg,, Associate Director Site Start Up Quintiles

Częstość występowania aktywnych zakażeń wirusami z rodziny Herpesviridae wśród członków rodzin wychowujących dzieci

Tytuł pracy w języku angielskim: Physical properties of liquid crystal mixtures of chiral and achiral compounds for use in LCDs

Zakopane, plan miasta: Skala ok. 1: = City map (Polish Edition)

Podsumowanie Raportu o Romach i Travellers

Employment. Number of employees employed on a contract of employment by gender in Company

MaPlan Sp. z O.O. Click here if your download doesn"t start automatically

Analysis of Movie Profitability STAT 469 IN CLASS ANALYSIS #2

Ingrid Wenzel. Rozprawa doktorska. Promotor: dr hab. med. Dorota Dworakowska

Domy inaczej pomyślane A different type of housing CEZARY SANKOWSKI

Wstęp ARTYKUŁ REDAKCYJNY / LEADING ARTICLE

EGZAMIN MATURALNY Z JĘZYKA ANGIELSKIEGO POZIOM ROZSZERZONY MAJ 2010 CZĘŚĆ I. Czas pracy: 120 minut. Liczba punktów do uzyskania: 23 WPISUJE ZDAJĄCY

Lek. Ewelina Anna Dziedzic. Wpływ niedoboru witaminy D3 na stopień zaawansowania miażdżycy tętnic wieńcowych.

Egzamin maturalny z języka angielskiego na poziomie dwujęzycznym Rozmowa wstępna (wyłącznie dla egzaminującego)

Patients price acceptance SELECTED FINDINGS

OCENA ENDOMETRIUM NIEPŁODNYCH KLACZY WYBRANYMI METODAMI DIAGNOSTYCZNYMI

Ćwiczenie 12. Diagnostyka molekularna. Poszukiwanie SNPs Odczytywanie danych z sekwencjonowania. Prof. dr hab. Roman Zieliński

EPS. Erasmus Policy Statement

Ankiety Nowe funkcje! Pomoc Twoje konto Wyloguj. BIODIVERSITY OF RIVERS: Survey to students

Ankiety Nowe funkcje! Pomoc Twoje konto Wyloguj. BIODIVERSITY OF RIVERS: Survey to teachers

EGARA Adam Małyszko FORS. POLAND - KRAKÓW r

Dominika Janik-Hornik (Uniwersytet Ekonomiczny w Katowicach) Kornelia Kamińska (ESN Akademia Górniczo-Hutnicza) Dorota Rytwińska (FRSE)

ANNALES UNIVERSITATIS MARIAE CURIE-SKŁODOWSKA LUBLIN - POLONIA VOL.LIX, SUPPL. XIV, 17 SECTIO D 2004


W trzech niezależnych testach frezy z powłoką X tremeblue typu V803 był w każdym przypadku prawie 2 razy bardziej wydajne niż wersja niepowlekana.

Transkrypt:

Streszczenie Spośród herpeswirusów występujących u koni najważniejsze znaczenie, zarówno z klinicznego jak i ekonomicznego punktu widzenia posiada EHV-1. Wirus ten powoduje zapalenie górnych dróg oddechowych i płuc, poronienia i upadki nowonarodzonych źrebiąt oraz zapalenie mózgu i rdzenia kręgowego określane jako herpeswirusowa mieloencefalopatia (EHM). W ostatnich latach odnotowano wyraźny wzrost zachorowań koni na EHM, których przyczyną było bardzo często zakażenie neuropatogennymi szczepami EHV-1. Ze względu na brak danych dotyczących występowania w populacji koni w naszym kraju szczepów neuropatogennych, postanowiono poddać analizie genetycznej terenowe izolaty EHV-1, wyizolowane w Zakładzie Wirusologii z przypadków poronień u klaczy odnotowanych w latach 1999 2012. Do badań użyto test PCR-RFLP, który dzięki zastosowaniu enzymu restrykcyjnego SalI umożliwił określenie przynależności szczepów EHV-1 do genotypu neuropatogennego lub nieneuropatogennego wirusa. Dodatkowo, celem potwierdzenia obecności mutacji niesynonimicznej w pozycji 2254 genu ORF30 wykorzystano technikę sekwencjonowania metodą Sangera. Stwierdzono, że dwa izolaty spośród 20 zbadanych wykazywały obecność guaniny, podczas gdy u pozostałych 18 izolatów stwierdzono w tej pozycji adeninę. Uzyskane dane potwierdziły obecność neuropatogennych (genotyp G2254) szczepów EHV-1 w populacji koni w Polsce tym samym wskazując na zwiększone ryzyko wystąpienia postaci nerwowej zakażenia EHV-1. Są to pierwsze opisane przypadki występowania neuropatogennych szczepów EHV-1 w populacji koni w Polsce. Powyższe badania rozszerzono o izolaty, wyizolowane w latach 2012 2016, jak również o homogenaty, w których stwierdzono obecność materiału genetycznego EHV-1. We wszystkich próbkach pochodzących z tego okresu wykryto obecność szczepów o genotypie nieneuropatogennym (genotyp A2254). Ocenie poddano także przydatność genu ORF68 wirusa EHV-1 jako markera genetycznego umożliwiającego klasyfikowanie szczepów do ustanowionych w 2006 roku grup genetycznych. Gen ten charakteryzuje się najwyższym współczynnikiem zmienności genetycznej w całym genomie EHV-1, co wynika z obecności licznych

pojedynczych mutacji punktowych, lokalizujących się we fragmencie genu o wielkości około 600 pz. Uważa się, że poszczególne układy mutacji są specyficzne dla wirusów izolowanych od koni z poszczególnych krajów/kontynentów, co pozwala na określenie ich pochodzenia geograficznego. W związku z tym badaniami objęto 38 sekwencji krajowych szczepów EHV-1, wykrytych z dotychczasowych przypadków poronień u klaczy w latach 1999 2016. Na podstawie analizy sekwencji nukleotydowej genu ORF68 wykazano, że trzy szczepy (7,9%) należały do III grupy genetycznej, cztery (10,5%) do IV grupy genetycznej (obie typowe dla izolatów zachodnioeuropejskich), podczas gdy pozostałe 31 szczepów EHV-1 (81,6%) nie zostało zaklasyfikowane do żadnej z sześciu ustanowionych grup genetycznych. Przeprowadzone badania obejmowały także aspekt praktyczny, który polegał na zastosowaniu testu real-time PCR w diagnostyce ronień u klaczy wywoływanych przez EHV-1. W badaniach użyto starterów komplementarnych do sekwencji nukleotydowej genu kodującego glikoproteinę B wirusa. Wykazano, że najniższe wartości Cq, które jednocześnie wskazują na najwyższą zawartość wirusowego DNA, występują w próbkach płuc, wątroby i śledziony. Dlatego też, w przypadkach podejrzenia wystąpienia poronienia na tle EHV-1, narządy te powinny być w pierwszej kolejności pobrane przez lekarzy weterynarii do diagnostyki laboratoryjnej poronień u klaczy. W ostatnich kilkunastu latach obserwuje się wzmożone zainteresowanie tematyką związaną z zakażeniami wywoływanymi przez gammaherpeswirusy u koni. Badania te dotyczyły w głównej mierze określenia występowania wirusów u różnych ras koni, mniej uwagi poświęcano z kolei ich charakterystyce molekularnej. Dlatego też kolejnym celem badań było określenie aktualnej sytuacji epizootycznej zakażeń powodowanych zarówno przez alfa- jak i gammaherpeswirusy, u koni należących do dziewięciu różnych ras użytkowych hodowanych w Polsce. Dodatkowo, przeprowadzone badania umożliwiły poznanie zmienności genetycznej wśród krajowych izolatów EHV-2 i EHV-5. Wykazano, że prewalencja EHV-2 i EHV-5 wynosiła odpowiednio 77,2% i 47%. Wskaźnik wykrywalności aktywnych zakażeń, a także zawartość wirusa w wydzielinie z górnych dróg oddechowych były najwyższe u młodych koni. U źrebiąt dominowały zakażenia powodowane przez EHV-2, a u koni rocznych przez EHV-5. Spośród wszystkich zbadanych ras koni, konie czystej krwi

arabskiej i konie rasy małopolskiej były najbardziej podatne na zakażenie EHV-5, podczas gdy u Konika Polskiego i koni rasy śląskiej stwierdzono najmniejszy odsetek wyników EHV-2/5 dodatnich. Analiza filogenetyczna sekwencji fragmentu genu ORF8 kodującego glikoproteinę B wykazała, że większość krajowych izolatów EHV-2 należy do I i II grupy genetycznej opisanych w 2007 roku. Wykazano także, że cztery izolaty utworzyły dwie odrębne grupy. Ponadto, stwierdzono że dwa krajowe izolaty EHV-5 należą do dwóch różnych grup genetycznych.

Summary Of the five currently described equine herpesviruses, EHV-1 remains particularly important, due to its high clinical and economic impact. The virus can cause respiratory disease, abortion, neonatal foal death and the neurological disease called equine herpesvirus myeloencephalopathy (EHM). The number of reported cases of infection caused by neuropathogenic strains of EHV-1 has markedly increased especially in Western countries over the last decades. Due to the lack of data regarding the occurrence of neuropathogenic strains among horses in Poland, an investigation of the prevalence of the neuropathogenic and non-neuropathogenic variants was carried out. The study of neuropathogenic markers concerned field isolates of the virus associated with abortions that occurred in Polish studs between 1999 and 2012. For that purpose a PCR RFLP neuropathogenic/non-neuropathogenic discrimination assay with SalI enzyme was used. In addition, the presence of nonsynonymous substitution at position 2254 of the ORF30 gene was analysed using sequence analysis. The results of the study clearly indicated that two of the 20 EHV-1 isolates belonged to the G2254 neuropathogenic variant, whereas all remaining 18 isolates were non-neuropathogenic (A2254). Therefore, the presence of the neuropathogenic genotype of EHV-1 in the horse population in Poland may indicate an increase in the risk of EHM outbreaks. These studies were further extended by testing new field isolates propagated at the Department of Virology between 2012 and 2016, as well as field tissue samples positive for DNA of EHV-1, which failed to be detected in the isolation test. Using the same methodology as in the previous study, all viruses in this group were allocated to the non-neuropathogenic genotype (A2254). Additionally, the usefulness of the ORF68 gene as a putative genetic marker for the grouping of EHV-1 isolates into genetic groups (as described in 2006) was assessed. According to the previous studies, a 600 bp region of this gene is characterized by the presence of multiple single nucleotide polymorphism sites (SNPs), unique for the viral strains isolated from horses from particular geographical regions of the world. To test this assumption sequences of 38 EHV-1 viruses obtained from cases of abortions in Poland between 1999 and 2016 were investigated. Comparative nucleotide sequence analysis of the SNPs within the ORF68 gene revealed that three (7.9%) EHV-1 strains

belonged to group III, four (10.5%) belonged to group IV (both groups were typical for West European isolates), and the remaining 31 of them (81.6%) could not be classified. In addition, the application of a quantitative PCR for rapid detection of EHV-1 in the tissues of aborted fetuses was described. The primers used in that study were based on the highly conserved region, encompassing the glycoprotein B gene. It has been shown that the lowest mean Cq (indicating the highest mean load of viral DNA) was obtained in samples taken from lung, liver and spleen tissues. Therefore, those tissues should be considered primarily as diagnostic material when aborted fetuses are tested for the presence of EHV-1 infection. In recent years equine herpesvirus infections caused by EHV-2 and EHV-5 have become the topic of interest of many research groups. The majority of scientific reports have analysed the occurrence of equid gammaherpesviruses in horses, whereas investigation of the genetic characteristics of those viruses has rarely been undertaken. Hence, the aim was to estimate the prevalence of infections with alpha- and gammaherpesviruses among Polish horses belonging to nine different breeds and to determine genetic variability within EHV-2 and EHV-5 isolates. It was shown that the prevalence of EHV-2 and EHV-5 was 77.2% and 47%, respectively. The detection rate of active EHV-2/5 infections and the viral load in nasal secretions were the highest in young horses, which was particularly evident for EHV-2-infected foals and EHV-5-infected yearlings. Arabians and Malopolska horses were more likely to be positive for EHV-5 than horses from other breeds, while Silesian and Polish Konik horses were less likely to be positive for either EHV-2 or EHV-5. Phylogenetic analysis of the sequences of the ORF8 region encoding glycoprotein B gene has shown that the majority of Polish EHV-2 isolates clustered within two genetic groups (I and II), originally described in 2007, whereas the remaining four isolates formed two separate clusters. Two Polish EHV-5 isolates appeared to be genetically different and clustered within two different groups.