Przewodnik dotyczący przygotowania miejsca instalacji

Sekwenator iseq 100 Przewodnik dotyczący przygotowania miejsca instalacji Wstęp 3 Dostawa i instalacja 3 Wymagania dotyczące laboratorim 6 Wymagania dotyczące instalacji elektrycznej 8 Zasilacz awaryjny (UPS) 9 Kwestie środowiskowe 9 Wytyczne dotyczące sieci hosta 10 Materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika 15 Historia wersji 17 Pomoc techniczna 19 Sierpień 2018 r. WŁASNOŚĆ FIRMY ILLUMINA

Niniejszy dokment oraz jego treść stanowią własność firmy Illmina, Inc. oraz jej podmiotów zależnych ( Illmina ) i są przeznaczone wyłącznie do żytk zgodnego z mową przez klienta firmy w związk z żytkowaniem prodktów opisanych w niniejszym dokmencie, z wyłączeniem innych celów. Niniejszy dokment oraz jego treść nie będą wykorzystywane ani rozpowszechniane do innych celów i/lb pblikowane w inny sposób, jawniane ani kopiowane bez pisemnej zgody firmy Illmina. Firma Illmina na podstawie niniejszego dokment nie przenosi żadnych licencji podlegających przepisom w zakresie patentów, znaków towarowych, praw atorskich ani praw powszechnem lb prawom pokrewnym osób trzecich. W cel zapewnienia właściwego i bezpiecznego żytkowania prodktów opisanych w niniejszym dokmencie podane instrkcje powinny być ściśle przestrzegane przez wykwalifikowany i właściwie przeszkolony personel. Przed rozpoczęciem żytkowania tych prodktów należy zapoznać się z całą treścią niniejszego dokment. NIEZAPOZNANIE SIĘ LUB NIEDOKŁADNE PRZESTRZEGANIE WSZYSTKICH INSTRUKCJI PODANYCH W NINIEJSZYM DOKUMENCIE MOŻE SPOWODOWAĆ USZKODZENIE PRODUKTÓW LUB OBRAŻENIA CIAŁA UŻYTKOWNIKÓW LUB INNYCH OSÓB ORAZ USZKODZENIE INNEGO MIENIA, A TAKŻE SPOWODUJE UNIEWAŻNIENIE WSZELKICH GWARANCJI DOTYCZĄCYCH PRODUKTÓW. FIRMA ILLUMINA NIE PONOSI ODPOWIEDZIALNOŚCI ZA NIEWŁAŚCIWE UŻYTKOWANIA PRODUKTÓW (W TYM ICH CZĘŚCI I OPROGRAMOWANIA) OPISANYCH W NINIEJSZYM DOKUMENCIE. 2018 Illmina, Inc. Wszelkie prawa zastrzeżone. Wszystkie znaki towarowe są własnością firmy Illmina, Inc. lb odpowiednich firm. Szczegółowe informacje na temat znaków towarowych można znaleźć pod adresem www.illmina.com/company/legal.html. 2

Wstęp Niniejsza instrkcja zawiera specyfikacje i wytyczne dotyczące przygotowania placówki do instalacji i obsłgi sekwenatora iseq 100 firmy Illmina. Kwestie dotyczące dostawy i instalacji Wymagania dotyczące miejsca w laboratorim Wymagania dotyczące instalacji elektrycznej Ograniczenia środowiskowe Wymagania dotyczące sprzęt kompterowego Materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika Kwestie dotyczące bezpieczeństwa Ważne informacje na temat kwestii dotyczących bezpieczeństwa znajdją się w dokmencie Przewodnik dotyczący bezpieczeństwa i zgodności sekwenatora iseq 100 z przepisami (nr dokment 1000000035336). Materiały dodatkowe Materiały dodatkowe dotyczące sekwenatora znajdją się na stronach pomocy technicznej sekwenatora iseq 100 witryny internetowej firmy Illmina. Materiały te obejmją oprogramowanie, szkolenie, zgodne prodkty i poniższą dokmentację. Zawsze należy sprawdzać, czy na stronach pomocy technicznej nie ma najnowszych wersji. Źródło Narzędzie do tworzenia protokołów niestandardowych Plakat instalacyjny sekwenatora iseq 100 (nr dokment: 1000000035963) Przewodnik dotyczący bezpieczeństwa i zgodności sekwenatora iseq 100 z przepisami (nr dokment: 1000000035336) Przewodnik dotyczący zgodności czytnika RFID z przepisami (nr dokment: 1000000002699) Podręcznik żytkownika sekwenatora iseq 100 (nr dokment: 1000000036024) Opis Narzędzie do generowania kompleksowych instrkcji dostosowanych do metody przygotowywania biblioteki, parametrów przebieg oraz metody analizy z możliwością zwiększenia poziom szczegółowości. Zawiera instrkcje dotyczące instalacji aparat i inicjowania pierwszej konfigracji. Zawiera informacje dotyczące kwestii bezpieczeństwa działania, oświadczeń dotyczących zgodności z przepisami i etykiet aparat. Zawiera informacje dotyczące czytnika RFID w aparacie, w tym certyfikaty zgodności z przepisami i kwestie dotyczące bezpieczeństwa. Zawiera omówienie aparat i powiązanych procedr. Uwzględnione są elementy aparat, składniki odczynnika, instrkcje żytkowania, a także procedry dotyczące konserwacji i rozwiązywania problemów. Dostawa i instalacja System iseq 100 jest instalowany przez żytkownika. Instrkcje instalacji zawiera Plakat instalacyjny sekwenatora iseq 100 (nr dokment 1000000035963), który jest dostarczany z aparatem. Po instalacji można przesnąć aparat, aby zyskać dostęp do portów USB oraz innych elementów tylnego panel. Szczegółowe instrkcje na temat zmiany położenia aparat zawiera Podręcznik żytkownika sekwenatora iseq 100 (nr dokment: 1000000036024). 3

Pierwsza konfigracja Rozpakowanie i zainstalowanie system iseq 100 zajmje około 30 mint. Instalacja obejmje podłączenie aparat do zasilania i źródeł sieciowych, jego włączenie i postępowanie zgodnie z poleceniami wyświetlanymi na ekranie w cel przeprowadzenia kontroli system i konfigracji oprogramowania. Kontrola system wymaga życia testowej kasety wielokrotnego żytk i komory przepływowej wielokrotnego żytk. Miejsce w laboratorim należy przygotować odpowiednio wcześniej, aby było gotowe do rozpakowania i instalacji system, kiedy zostanie dostarczony. W przypadk podłączania aparat do sieciowej pamięci masowej sieć należy określić przed instalacją. UWAGA Dodawanie system do sieci może zająć dodatkowy czas. Firma Illmina zaleca wczesne zaangażowanie przedstawiciela dział IT firmy klienta w proces instalacji. Więcej informacji zawiera część Wytyczne dotyczące sieci hosta na stronie 10. Wszystkie elementy niezbędne do instalacji są dostarczane z aparatem. Narzędzia dodatkowe nie są niezbędne. Zmiana hasła W systemie operacyjnym Windows są dostępne dwa konta: administrator (sbsadmin) i żytkownik standardowy (sbsser). Podczas pierwszego logowania się do system operacyjnego należy zmienić hasła dostęp do ob tych kont. W systemie operacyjnym wyświetlana jest nazwa żytkownika oraz domyślne hasło dla każdego konta. Aby przeprowadzić wymaganą zmianę hasła, należy skopiować hasło do konta sbsadmin, a następnie do konta sbsser. Każde nowe hasło msi zawierać co najmniej 10 znaków. Dalsze czynności związane z pierwszą konfigracją należy realizować po zalogowani się do konta sbsser. Jeśli wymagane jest dostosowanie stawień sieciowych, należy przełączyć się na konto sbsadmin. Zawartość opakowania transportowego Aparat i elementy dodatkowe są dostarczane w jednym brązowym opakowani transportowym. Brązowe opakowanie transportowe zawiera dwa pdełka: białe pdełko zawierające aparat oraz opakowanie z akcesoriami z oznaczeniem iseq 100 Seqencing System Accessories (Akcesoria sekwenatora iseq 100). Dołączone są następjące elementy dodatkowe: Kabel Ethernet Przewód zasilający Testowa kaseta wielokrotnego żytk system iseq 100 Testowa komora przepływowa wielokrotnego żytk system iseq 100 Zapasowy filtr powietrza system iseq 100 Zapasowa podkładka do tacki ociekowej system iseq 100 Plakat instalacyjny sekwenatora iseq 100 (nr dokment: 1000000035963) Ważne informacje dla klientów (nr dokment: 1000000047543) UWAGA Podręczniki, które nie są dostarczane z aparatem, w tym podręcznik żytkownika system, są dostępne w Internecie. Zobacz część Materiały dodatkowe na stronie 3. 4

Wymiary opakowania Aby określić plany transport, konfigracji i przechowywania, należy zastosować podane poniżej wymiary opakowań. Tabela 1 Brązowe pdełko Wielkość Wysokość Szerokość Głębokość Masa Tabela 2 Białe pdełko Wielkość Wysokość Szerokość Głębokość Masa Wymiar 49,5 cm (19,5 cala) 56,3 cm (21 cali) 58,4 cm (23 cale) 21 kg (47 fntów) Wymiar 35,6 cm (14 cali) 43,2 cm (17 cali) 43,2 cm (17 cali) 17 kg (38 fntów) Tabela 3 Wielkość Wysokość Szerokość Głębokość Masa Opakowanie z akcesoriami Wymiar 8,9 cm (3,5 cala) 33 cm (13 cali) 21,6 cm (8,5 cala) 0,82 kg (1,8 fnta) Przechowywanie elementów zapasowych oraz elementów wielokrotnego żytk Następjące elementy należy przechowywać w temperatrze pokojowej w oryginalnym opakowani: testowa kaseta wielokrotnego żytk, testowa komora przepływowa wielokrotnego żytk, zapasowy filtr powietrza i zapasowa podkładka do tacki ociekowej. Następjące elementy należy zabrać z miejsca przechowywania w cel konserwacji i rozwiązywania problemów z sekwenatorem: Po skonfigrowani rządzenia po raz pierwszy do jakichkolwiek kontroli system w przyszłości należy korzystać z testowej kasety oraz komory przepływowej wielokrotnego żytk. Wymienić elementy po 5 latach lb 36 życiach, w zależności od tego, co nastąpi wcześniej. Sześć miesięcy po pierwszej konfigracji zainstalowany filtr powietrza należy wymienić na zapasowy. Jeśli kiedykolwiek wystąpi wyciek, należy wymienić zainstalowaną podkładkę do tacki ociekowej na zapasową. 5

Wymagania dotyczące laboratorim Przygotowjąc miejsce w laboratorim, należy stosować się do specyfikacji i wymagań zawartych w tej części. Wymiary aparat Wielkość Wysokość (podniesiony monitor) Szerokość Głębokość Masa Wymiary zainstalowanego aparat 42,5 cm (16,8 cala) 30,5 cm (12 cali) 33 cm (13 cali) 16 kg (35 fntów) Wymagania dotyczące położenia Należy stawić aparat tak, aby możliwić prawidłową wentylację i dostęp w przypadk serwisowania. Aby pewnić się, że aparat jest dostępny ze wszystkich stron, należy stosować podane poniżej minimalne wymiary odstęp. Dostęp Z bok Z tył Od góry Minimalny odstęp Pozostawić co najmniej 30 cm (12 cali) po ob stronach aparat. Pozostawić co najmniej 15,25 cm (6 cali) za aparatem. Pozostawić co najmniej 30 cm (12 cali) nad aparatem (obniżony monitor). Należy pewnić się, że można sięgnąć z prawej strony aparat, aby zyskać dostęp do przełącznika zasilania na tylnym panel. Aparat należy stawić tak, aby można było szybko odłączyć przewód zasilający od gniazda. 6

Wytyczne dotyczące stoł laboratoryjnego Aparat zawiera precyzyjne elementy optyczne. Należy go mieścić na wytrzymałym i poziomo stawionym stole laboratoryjnym, z dala od źródeł wibracji. Wytyczne dotyczące wibracji Podczas przebiegów sekwencjonowania należy stosować podane poniżej najlepsze praktyki w cel zminimalizowania ciągłych i przerywanych wibracji oraz zapewnienia optymalnej wydajności. Należy pewnić się, że stół laboratoryjny jest wolny od potencjalnych źródeł wibracji, takich jak: wytrząsarki, mieszadła wirowe, wirówki, szflady, szafki i półki, które mogą powodować niezamierzone wstrząsy powierzchni stoł; powietrze lb azot pod ciśnieniem albo inne znaczne przepływy powietrza. Nie należy zastawiać obszar dostęp. Nie należy mieszczać na aparacie zżytych materiałów eksploatacyjnych ani innych narzędzi i akcesoriów laboratoryjnych. Podczas interakcji z aparatem należy stosować wyłącznie monitor ekran dotykowego oraz zalecaną procedrę ładowania i wyładowywania materiałów eksploatacyjnych. Nie należy oddziaływać bezpośrednio na powierzchnie aparat. Wymagania dotyczące przechowywania odczynników iseq 100 i1 Poniższa tabela przedstawia temperatrę przechowywania i wymiary elementów dostarczonych z odczynnikami iseq 100 i1. Element Temperatra przechowywania Dłgość Szerokość Wysokość Kaseta od 25 C do 15 C 19,6 cm (7,7 cala) 13,7 cm (5,4 cala) 13 cm (5 cali) Komora przepływowa od 2 C do 8 C* 10,2 cm (4 cale) 10,2 cm (4 cale) 2,5 cm (1 cal) * Dostarczana w temperatrze pokojowej. Wymagania dotyczące wyprowadzania i przechowywania danych Platforma BaseSpace Seqence Hb wymaga 900 MB pamięci masowej na dane przesyłane z przebieg. Jeśli dane są przechowywane lokalnie, należy żyć poniższych przybliżonych rozmiarów plików jako odniesienia. Pliki te są generowane przez przebieg sekwencjonowania i późniejszą analizę. Pliki wyników BAM BCL FASTQ gvcf i VCF InterOp Przybliżony rozmiar 600 MB 850 MB 850 MB < 10 MB 2,5 MB Przygotowanie laboratorim do procedr reakcji PCR Niektóre metody przygotowywania biblioteki wymagają proces reakcji łańcchowej polimerazy (ang. polymerase chain reaction, PCR). 7

Aby zapobiec zanieczyszczeni prodktów reakcji PCR, przed rozpoczęciem pracy w laboratorim należy wydzielić osobne strefy i opracować odpowiednie procedry laboratoryjne. Prodkty reakcji PCR mogą zanieczyszczać odczynniki, aparaty i próbki, opóźniając zwykłe działania oraz powodjąc zyskiwanie niedokładnych wyników. Obszary do etapów przed i po reakcji PCR Należy stosować się do podanych poniżej wytycznych, aby niknąć zanieczyszczenia krzyżowego. Należy wydzielić obszar dla etap przed reakcją PCR do procesów przed reakcją PCR. Należy wydzielić obszar dla etap po reakcji PCR do przetwarzania prodktów reakcji PCR. Nie należy żywać jednego zlew do mycia materiałów pochodzących z etapów przed i po reakcji PCR. Nie należy żywać jednego system oczyszczania wody do obszarów dla etapów przed i po reakcji PCR. Należy przechowywać materiały eksploatacyjne żywane do protokołów przed reakcją PCR w obszarze dla etap przed reakcją PCR. W razie potrzeby należy przenosić je do obszar dla etap po reakcji PCR. Dedykowane wyposażenie i materiały eksploatacyjne Nie należy żywać tego samego wyposażenia i materiałów eksploatacyjnych do procesów przed i po reakcji PCR. Należy żywać oddzielnego zestaw wyposażenia i materiałów eksploatacyjnych w każdej strefie. Należy wydzielić osobne obszary przechowywania materiałów eksploatacyjnych żywanych w każdej strefie. Wymagania dotyczące instalacji elektrycznej Specyfikacja zasilania Typ Napięcie sieciowe Szczytowy pobór mocy Specyfikacja 100 240 V (prąd przemienny) przy 50/60 Hz 80 W Wymagane jest ziemienie elektryczne. W przypadk wahań napięcia o ponad 10% wymagany jest reglator napięcia. Uziemienie ochronne Aparat jest wyposażony w ziemienie ochronne połączone z obdową. Uziemienie w przewodzie zasilającym zapewnia powrót ziemienia ochronnego do poziom odniesienia. Podczas żytkowania tego rządzenia połączenie ziemienia ochronnego w przewodzie zasilającym powinno być w odpowiednim stanie. Przewody zasilające Aparat ma gniazdo zgodne z międzynarodową normą IEC 60320 C13 i jest dostarczany z przewodem zasilającym stosowanym w kraj żytkowania. Przewód dla Ameryki Północnej ma dłgość 2,44 m (8 stóp). Wszystkie inne przewody mają dłgość 2,5 m (8,2 stopy). Aby zyskać równoważne gniazdka lb przewody zasilające, które spełniają lokalne normy, należy skonsltować się z niezależnym dostawcą takim jak firma Interpower Corporation (www.interpower.com). Niebezpieczne napięcia zostaną snięte z aparat tylko po odłączeni przewod zasilającego od źródła zasilania prądem przemiennym. 8

Bezpieczniki Wejściowy modł zasilający obejmje dwa bezpieczniki na wejści na liniach wejściowych wysokiego napięcia. Bezpieczniki te mają wymiary 5 mm 20 mm, wartości znamionowe 10 A, 250 VAC i są zwłoczne. Zasilacz awaryjny (UPS) Firma Illmina zaleca żywanie dostosowanego do warnków regionalnych zasilacza awaryjnego (UPS) o pojemności co najmniej 500 VA. Poniższa tabela zawiera informacje dotyczące trzech przykładowych modeli. Czas pracy (na zasilani akmlatorowym) zależy od wybranego model zasilacza UPS, a także od wiek i jakości akmlatora zasilacza UPS. Tabela 4 Specyfikacja Maks. moc w watach Maksymalna moc pozorna Napięcie wejściowe (znamionowe) Połączenie wejściowe Wymiary (wys. szer. gł.) Zalecenia specyficzne dla region Japonia APC Smart-UPS 750 LCD 100 V Nr kat. SMT750J Ameryka Północna APC Smart-UPS 750 VA LCD 120 V US Nr kat. SMT750US 500 W 500 W 500 W 750 VA 750 VA 750 VA Międzynarodowy APC Smart-UPS 750 VA LCD 230 V Nr kat. SMT750I 100 V (prąd przemienny) 120 V (prąd przemienny) 230 V (prąd przemienny) NEMA 5-15P NEMA 5-15P IEC-320 C14 Schko CEE 7/EU1-16P brytyjska wtyczka BS1363A 16,7 cm 14 cm 36 cm (6,6 cala 5,5 cala 14,2 cala) 16 cm 13,8 cm 36,3 cm (6,3 cala 5,4 cala 14,3 cala) 15, 7 cm 13,8 cm 35,8 cm (6,2 cala 5,4 cala 14 cali) Masa 13,2 kg (29 fntów) 13,2 kg (29 fntów) 13,2 kg (29 fntów) Przybliżony czas pracy na zasilacz UPS ok. 95 mint ok. 95 mint ok. 95 mint Firma Illmina nie ponosi odpowiedzialności za przebiegi zakłócone przerwami w zasilani, niezależnie od tego, czy aparat jest podłączony do zasilacza awaryjnego UPS. Zasilanie wspierane przez standardowy generator może zostać zakłócone, dlatego krótka przerwa w zasilani przed powrotem zasilania jest typowa. Kwestie środowiskowe Element Temperatra Specyfikacja Utrzymywać temperatrę laboratorim od 15 C do 30 C (22,5 C ±7,5 C). Podczas przebieg nie dopszczać do zmian temperatry otoczenia większych niż ±2 C. Wilgotność Utrzymywać wilgotność względną bez kondensacji w zakresie 20 80%. Wysokość bezwzględna Jakość powietrza Wibracje Aparat może pracować na wysokości bezwzględnej do 2000 metrów (6500 stóp) n.p.m. Użytkować aparat wewnątrz pomieszczeń. Utrzymywać poziom zanieczyszczenia powietrza drobinami zgodnie z normą ISO 9 (powietrze w zwykłym pomieszczeni) lb lepszy. Ograniczyć wibracje środowiskowe do poziom birowego ISO lb lepszego. 9

Wydzielanie ciepła Maksymalna moc znamionowa Wydajność cieplna 80 W 273 BTU/h Poziom hałas Poziom hałas (db) Odległość od aparat < 62 db 1 metr (3,3 stopy) Hałas < 62 dba odpowiada głośności rozmowy słyszanej z odległości około 1 metra (3,3 stopy). Wytyczne dotyczące sieci hosta Sekwenator iseq 100 jest przeznaczony do żytk z siecią, niezależnie od tego, czy przebiegi są skonfigrowane do żywania platformy BaseSpace Seqence Hb. Następjące operacje wymagają zewnętrznego połączenia internetowego, nawet, gdy nie żywa się platformy BaseSpace Seqence Hb: Atomatyczne aktalizowanie oprogramowania sterjącego. Przekazywanie danych dotyczących działania aparat do firmy Illmina. Skonfigrowanie folder wyjściowego, aby znajdował się w sieci lokalnej. Pomoc zdalna z dział pomocy technicznej firmy Illmina. Domyślna konfigracja sieciowa jest wystarczająca do przesyłania danych i wykonywania innych operacji związanych z obsłgą system. Jeśli organizacja ma specyficzne wymaganie sieciowe, należy skonsltować się z przedstawicielem IT, aby zyskać pomoc w sprawie zaawansowanych stawień sieciowych. Ta część zawiera wytyczne dotyczące sieci przeznaczone dla przedstawicieli dział IT. Kwestie dotyczące transfer danych Do przesyłania danych wystarczające jest połączenie z siecią Wi-Fi lb Ethernet, ale połączenie Ethernet jest bardziej niezawodne. Zmienna siła sygnał sieci i częste zakłócenia Wi-Fi mogą wydłżyć transfer danych i opóźniać kolejne przebiegi. Dopóki słga Universal Copy Service (UCS) nie zakończy transfer danych dla poprzedniego przebieg, nie można rozpocząć nowego przebieg. UWAGA Zakłócenie Wi-Fi podczas transfer danych nie powodje traty danych. Domyślnie Wi-Fi jest wyłączone. Instrkcje włączania zawiera Podręcznik żytkownika sekwenatora iseq 100 (nr dokment 1000000036024). Bezpieczeństwo sieci i komptera Poniższe części zawierają wytyczne dotyczące trzymania bezpieczeństwa sieci i komptera. Zalecenia dotyczące konfigracji znajdją się w części Konfigracja system operacyjnego na stronie 14. Informacje dotyczące aktalizacji zabezpieczeń, zapór i protokoł zdalnego plpit (ang. Remote Desktop Protocol, RDP) znajdją się w dokmencie Illmina Secrity Best Practices Gide (Przewodnik firmy Illmina po najlepszych praktykach dotyczących bezpieczeństwa), nr pb. 970-2016-016). 10

Zabezpieczenia komptera sterjącego Zwiększony poziom zabezpieczeń na kompterze sterjącym zapewnia połączenie Zasad ograniczeń oprogramowania (ang. Software Restriction Policies, SRP) system Windows i dostarczanego przez żytkownika oprogramowania antywirsowego. SRP zwiększają niezawodność i integralność kompterów w domenie, a także łatwość zarządzania nimi. Przez ograniczenie konfigracji dopszcza się do działania wyłącznie określone aplikacje. W razie potrzeby można wyłączyć SRP lb zmienić ich konfigrację. Więcej informacji na ten temat znajdje się w dokmencie Podręcznik żytkownika sekwenatora iseq 100 (nr dokment 1000000036024). Oprogramowanie antywirsowe W cel ochrony komptera sterjącego aparat przed wirsami należy zainstalować wybrane przez siebie oprogramowanie antywirsowe. Szczegółowe wytyczne dotyczące trzymania wydajności system i jednoczesnej ochrony komptera sterjącego znajdją się w dokmencie Configring Virs Scanner Software on Illmina Seqencers (Konfigrowanie oprogramowania skanera antywirsowego w sekwenatorach firmy Illmina, nr pb. 970-2010-006). Aby niknąć traty lb zakłócenia danych, należy skonfigrować oprogramowanie antywirsowe w następjący sposób: Skonfigrować atomatyczne pobieranie aktalnień oprogramowania antywirsowego, ale nieinstalowanie ich do czas zatwierdzenia przez żytkownika. Skonfigrować skanowanie ręczne i przeprowadzać skanowanie wyłącznie w czasie, kiedy aparat nie jest żywany. Uniemożliwić skanowanie atomatyczne. Ważne jest wyłączenie atomatycznego skanowania pakietów wysyłanych i otrzymywanych za pośrednictwem łącza TCP/IP. Skanowanie portów przez oprogramowanie antywirsowe może zakłócać systemową komnikację wewnętrzną. Nie dokonywać aktalizacji podczas działania aparat. Dokonywać aktalizacji wyłącznie w czasie, gdy aparat jest wyłączony i ponowne rchomienie komptera sterjącego jest bezpieczne. Nie zezwalać na atomatyczne ponowne rchomienie komptera po przeprowadzeni aktalizacji. Wyłączyć folder aplikacji (C:\Illmina) oraz katalog danych (D:\SeqencingRns) spod jakiejkolwiek ochrony system plików w czasie rzeczywistym. Wyłączyć program Windows Defender. Ten prodkt system może wpływać na zasoby system operacyjnego żywane przez oprogramowanie firmy Illmina. Właściwe stosowanie Kompter sterjący aparat jest przeznaczony do obsłgi sekwenatorów firmy Illmina. Ze względów związanych z jakością i bezpieczeństwem nie należy korzystać z tego komptera do zastosowań ogólnych. Przeglądanie stron WWW, sprawdzanie poczty e-mail, przeglądanie dokmentów i inne niepotrzebne czynności mogą spowodować obniżenie wydajności komptera oraz tratę danych. Połączenia sieciowe Firma Illmina nie instalje połączeń sieciowych ani nie dziela dla nich wsparcia technicznego. Należy sprawdzić czynności konserwacyjne dotyczące sieci pod kątem potencjalnych zagrożeń zgodności z systemem iseq 100. 11

Podczas instalowania i konfigracji połączenia sieciowego należy stosować się do następjących wytycznych: Dedykowane połączenie między aparatem a systemem zarządzania danymi powinno mieć przepstowość 1 Gb/s. Połączenie to należy tworzyć bezpośrednio lb przez przełącznik sieciowy. Wymagana przepstowość połączenia wynosi 5 Mb/s/aparat do przesyłania w sieci wewnętrznej, przesyłania w sieci BaseSpace Seqence Hb i przesyłania danych operacyjnych aparat. Minimalna szybkość połączenia, jaką mszą zapewniać przełączniki sieciowe i inne rządzenia sieciowe, wynosi 1 gigabit na sekndę. Łączne obciążenie na każdym przełącznik nie może przekraczać szybkości znamionowej. Należy obliczyć całkowitą zdolność do obciążenia na każdym przełącznik sieciowym. Liczba podłączonych aparatów i wyposażenie pomocnicze (np. drkarka) może mieć wpływ na tę zdolność. Jeśli aparat działa w złożonym środowisk sieciowym, należy korzystać z przełączników zarządzanych. W przypadk mniej złożonych środowisk z mniejszą liczbą rządzeń w sieci przełączniki zarządzane nie są wymagane. Należy stosować przewody CAT-5e lb lepsze. Opakowanie transportowe zawiera ekranowany kabel sieciowy CAT-5e, którego dłgość wynosi 3 metry (9,8 stopy). W miarę możliwości należy odizolować rch związany z sekwencjonowaniem od innego rch w sieci. Serwery proxy Sposób konfigracji system iseq 100 do żytk z serwerem proxy zależy od nikatowych stawień lokalnej sieci. Instrkcje na ten temat zawiera Podręcznik żytkownika sekwenatora iseq 100 (nr dokment: 1000000036024). Mapowane dyski sieciowe Mapowanie dysk sieciowego jest obsłgiwane, ale połączenie z folderem wyjściowym lb arkszem próbek wymaga życia ścieżki UNC. Wskazjąc lokalizację folder wyjściowego lb arksza próbek w oprogramowani sterjącym, należy wprowadzić ścieżkę UNC. Wprowadzenie zmapowanego dysk sieciowego powodje błąd. W zapisie ścieżek UNC stosje się kośniki wsteczne. Poprzedzają one nazwę komptera oraz oddzielają ścieżkę (katalog) na kompterze. Litera oznacza zmapowany dysk sieciowy. Przykładowa ścieżka UNC: \\nazwaserwera\katalog-współdzielony Przykładowa ścieżka dysk sieciowego: T:\plikisbs Folder wyjściowy jest wymagany, jeśli nie skonfigrowano fnkcji Rn Monitoring and Storage (Monitorowanie i zapis przebieg) na platformie BaseSpace Seqence Hb. Systemy, w których skonfigrowano fnkcję Rn Monitoring and Storage (Monitorowanie i zapis przebieg) na platformie BaseSpace Seqence Hb do pracy w trybie ręcznym, wymagają arksza próbek. UWAGA Sekwencjonowanie w trybie Local Rn Manager (Lokalny menedżer przebieg) również wymaga życia arksza próbek. Jednak jego lokalizacja nie jest zdefiniowana w oprogramowani sterjącym. Więcej informacji na temat konfigrowania folderów wyjściowych i arkszy próbek znajdje się w dokmencie Podręcznik żytkownika sekwenatora iseq 100 (nr dokment: 1000000036024). 12

Połączenia komptera sterjącego Kompter sterjący obsłgje dwa połączenia interfejs sieciowego. Jedno z nich słży do zewnętrznej komnikacji sieciowej, a drgie wyłącznie do systemowej komnikacji wewnętrznej. Nie należy wyłączać połączenia komnikacji wewnętrznej. Domyślnie system pobiera adres IP z sieci hosta za pomocą protokoł dynamicznej konfigracji hosta (ang. Dynamic Host Configration Protocol, DHCP). Użytkownik może wybrać statyczny adres w stawieniach sieciowych system Windows. Połączenia wychodzące Poniższa tabela przedstawia wyjściowe porty sieciowe komptera sterjącego. Adres MAC, który możliwia dostęp do sieci Ethernet i Wi-Fi, jest specyficzny dla aparat i nie może zostać dostarczony przed jego wysyłką. Port Cel 80 BaseSpace Seqence Hb, lokalny menedżer przebieg lb dane dotyczące działania aparat 443 BaseSpace Seqence Hb lb dane dotyczące działania aparat 8080 Aktalizacje oprogramowania Domeny BaseSpace Seqence Hb Poniższe domeny zapewniają dostęp przez słgę Universal Copy Service do platformy BaseSpace Seqence Hb i danych dotyczących działania aparat. Niektóre adresy firmowe zawierają pole domeny definiowane przez żytkownika. To pole definiowane jest zastrzeżone dla {domena}. Wersja Adresy firmowe w USA Adresy firmowe w UE Adresy podstawowe i profesjonalne w USA Adresy podstawowe i profesjonalne w UE Adres {domena}.basespace.illmina.com {domena}.api.basepace.illmina.com basespace-data-east.s3-external-1.amazonaws.com basespace-data-east.s3.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com {domena}.ec1.sh.basespace.illmina.com {domena}.api.ec1.sh.basepace.illmina.com ec1-prd-seq-hb-data-bcket.s3- e-central-1.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com basespace.illmina.com api.basepace.illmina.com basespace-data-east.s3-external-1.amazonaws.com basespace-data-east.s3.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com ec1.sh.basespace.illmina.com api.ec1.sh.basepace.illmina.com ec1-prd-seq-hb-data-bcket.s3- e-central-1.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com 13

Konfigracja system operacyjnego Przed wysyłką systemy Illmina są testowane i sprawdzane pod kątem działania zgodnego ze specyfikacjami. Zmiany stawień po instalacji mogą powodować zagrożenie wydajności lb bezpieczeństwa. Przestrzeganie poniższych zaleceń pozwala zmniejszyć zagrożenia dotyczące wydajności i bezpieczeństwa system operacyjnego: Należy tworzyć hasła zawierające co najmniej 10 znaków i zgodne z obowiązjącymi lokalnie zasadami. Hasło należy zanotować. Firma Illmina nie przechowje danych logowania klientów, a nieznanych haseł nie można resetować. W przypadk nieznanego hasła wymagane jest przywrócenie stawień fabrycznych w systemie. Przywrócenie to powodje snięcie wszystkich danych z system i przestój system. Korzystanie z konta administratora powinno dotyczyć wyłącznie aktalizacji system oraz innych celów realizowanych przez personel dział IT. W przypadk wszystkich innych fnkcji należy korzystać z konta żytkownika. Jeśli oprogramowanie system działa nieprawidłowo, należy skonsltować się z administratorem IT placówki w sprawie możliwych zakłóceń ze strony interfejs obiekt zasad grpy (ang. Grop Policy Object, GPO). W przypadk łączenia się z domeną z obiektem zasad grpy niektóre stawienia mogą wpływać na system operacyjny lb oprogramowanie aparat. Należy wyłączyć protokół RDP i stosować zaporę system Windows lb zaporę sieciową (sprzętową lb programową). Należy wyłączyć fnkcję aktalizacji atomatycznych system operacyjnego Windows. Aktalizacje system Windows W cel kontroli konfigracji i działania komptera sterjącego oraz zapewnienia bardziej niezawodnego środowiska roboczego w domyślnym systemie operacyjnym Windows fnkcja Windows Update jest wyłączona. Aktalizacje system nie są obsłgiwane, ponieważ mogą one stanowić zagrożenie dla środowiska roboczego. Alternatywy do włączenia oprogramowania Windows Update obejmją: silniejszą zaporę sieciową i izolację sieciową (wirtalna sieć lokalna); izolację sieciową NAS (ang. network attached storage, rządzenia pamięci masowej podłączone do sieci), która możliwia synchronizację danych z siecią; lokalne rządzenie pamięci masowej USB; nikanie niewłaściwego życia komptera sterjącego i zapewnienie odpowiednich kontroli w oparci o prawnienia. Oprogramowanie innych firm Firma Illmina obsłgje wyłącznie oprogramowanie dostarczane przy instalacji. Nie testowano programów Chrome, Java, Box ani innego oprogramowania firm zewnętrznych i mogą one niekorzystnie wpływać na wydajność i bezpieczeństwo. Na przykład program RoboCopy zakłóca przesyłanie strmieniowe wykonywane przez pakiet oprogramowania sterjącego. Wynikiem zakłócenia może być szkodzenie i brak danych sekwencjonowania. 14

Materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika Poniższe materiały eksploatacyjne i wyposażenie dostarczane przez żytkownika są stosowane do sekwencjonowania i konserwacji system oraz rozwiązywania problemów. Więcej informacji na temat tych procesów znajdje się w dokmencie Podręcznik żytkownika sekwenatora iseq 100 (nr dokment: 1000000036024). Materiały eksploatacyjne do sekwencjonowania Materiał eksploatacyjny Dostawca Cel Rękawice jednorazowe, bezpdrowe Ogólny dostawca laboratoryjny Ogólne przeznaczenie. Odczynniki iseq 100 i1 Illmina, nr kat. 20021533 (opakowanie pojedyncze) lb nr kat. 20021534 (czteropak) Mikroprobówki, 1,5 ml Fisher Scientific, nr kat. 14-222-158 lb równoważne probówki charakteryzjące się zmniejszonym przyleganiem próbki do powierzchni Zapewnia odczynniki i komorę przepływową do przebieg. Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. Ręczniki papierowe Ogólny dostawca laboratoryjny Sszenie kasety po kąpieli wodnej. Końcówki do pipety, 20 µl Ogólny dostawca laboratoryjny Rozcieńczanie i ładowanie bibliotek. Końcówki do pipety, 100 µl Ogólny dostawca laboratoryjny Rozcieńczanie i ładowanie bibliotek. Bfor do ponownego zawieszania (RSB) Illmina, dostarczany z zestawami do przygotowywania bibliotek Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. (Opcjonalnie) 10 mm Tris-HCl, ph 8,5 Ogólny dostawca laboratoryjny Zamiennik bfor do ponownego zawieszania (ang. resspension bffer, RSB) do rozcieńczania bibliotek do stężenia ładowania. (Opcjonalnie) PhiX Control v3 Illmina, nr kat. FC-110-3001 Wykonywanie przebiegów tylko z biblioteką PhiX lb roztworem specjalnym PhiX Materiały eksploatacyjne do konserwacji i rozwiązywania problemów Materiał eksploatacyjny Dostawca Cel Chsteczki nasączone 10% wybielaczem VWR, nr kat. 16200-218 (lb równoważne) Odkażanie aparat i czyszczenie powierzchni roboczych. Rękawice jednorazowe, bezpdrowe Ogólny dostawca laboratoryjny Ogólne przeznaczenie. Zapasowa podkładka do tacki ociekowej system iseq 100¹ Zapasowy filtr powietrza system iseq 100¹ Illmina, nr kat. 20023927 Illmina, nr kat. 20023928 Wyścielanie tacki ociekowej w cel wchłaniania wszelkich wyciekłych płynów. Wymiana filtra powietrza co 6 miesięcy. Zestaw testowy system iseq 100² Illmina, nr kat. 20024141 Przeprowadzanie kontroli system. Chsteczki nasączane 70% alkoholem izopropylowym VWR, nr kat. 95041-714 (lb równoważne) Czyszczenie aparat i testowej komory przepływowej wielokrotnego żytk 15

Materiał eksploatacyjny Dostawca Cel Chsteczki laboratoryjne, niestrzępiące się VWR, nr kat. 21905-026 (lb równoważne) Sszenie tacki ociekowej i testowej komory przepływowej wielokrotnego żytk Ręczniki papierowe Ogólny dostawca laboratoryjny Osszanie płyn wokół aparat. (Opcjonalnie) 10% roztwór wybielacza (Opcjonalnie) Chsteczki nasączone 70% etanolem VWR, nr kat. 16003-740 (32 ncje), 16003-742 (16 ncji) (lb równoważny) Fisher Scientific, nr kat. 19-037-876 (lb równoważne) Czyszczenie powierzchni roboczych po odkażeni. Zamiennik chsteczek nasączanych alkoholem izopropylowym, przeznaczonych do czyszczenia aparat i testowej komory przepływowej wielokrotnego żytk. ¹ Aparat jest dostarczany z jednym zainstalowanym i jednym zapasowym. W przypadkach nieobjętych gwarancją części zamienne są dostarczane przez żytkownika. Przechowywać w opakowani do moment życia. ² Zastępje elementy testowe wielokrotnego żytk dostarczane z aparatem po pływie termin ważności (po 5 latach lb 36 życiach). Wyposażenie Element Źródło Cel Zamrażarka, od 25 C do 15 C Ogólny dostawca laboratoryjny Przechowywanie kasety. Pojemnik na lód Ogólny dostawca laboratoryjny Odkładanie bibliotek. Pipeta, 10 µl Ogólny dostawca laboratoryjny Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. Pipeta, 20 µl Ogólny dostawca laboratoryjny Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. Pipeta, 100 µl Ogólny dostawca laboratoryjny Rozcieńczanie bibliotek do stężenia ładowania. Chłodziarka, od 2 C do 8 C Ogólny dostawca laboratoryjny Przechowywanie komory przepływowej. (Opcjonalnie) Klawiatra Ogólny dostawca Uzpełnienie klawiatry ekranowej. (Opcjonalnie) Mysz Ogólny dostawca Uzpełnienie interfejs ekran dotykowego. (Opcjonalnie) Kąpiel wodna Ogólny dostawca laboratoryjny Rozmrażanie kasety. 16

Historia wersji Dokment Data Opis zmiany Dokment nr 100000003533 wer. 04 Dokment nr 100000003533 wer. 03 Dokment nr 100000003533 wer. 02 Sierpień 2018 r. Czerwiec 2018 r. Maj 2018 Dodano informacje na temat serwerów proxy i mapowanych dysków sieciowych. Zaktalizowano zalecenia dotyczące oprogramowania antywirsowego w związk ze skanowaniem portów przez oprogramowanie antywirsowe oraz dodano odniesienie do dokment Configring Virs Scanner Software on Illmina Seqencers (Konfigrowanie oprogramowania skanera antywirsowego w sekwenatorach firmy Illmina, nr pb. 970-2010-006). Opisano dwa połączenia interfejs sieciowego i dodano informację, że połączenie komnikacji wewnętrznej nie może być wyłączone. Zaktalizowano informacje dotyczące probówek do rozcieńczania bibliotek: Fisher Scientific, nr kat. 14-222-158 lb równoważne probówki charakteryzjące się zmniejszonym przyleganiem próbki do powierzchni. Zmieniono nmery katalogowe następjących prodktów firmy Illmina: Podkładka do tacki ociekowej system iseq: na 20023927 Filtr powietrza system iseq: na 20023928 Zaktalizowano zalecenia dotyczące pipet i końcówek do pipet. Zaktalizowano opisy zawartości opakowania transportowego w cel dopasowania do etykiet. Zwiększono do 36 liczbę żyć testowej kasety oraz komory przepływowej wielokrotnego żytk. Zwiększono wymiary opakowania kasety. Dodano informację, że komora przepływowa jest dostarczana w temperatrze pokojowej. Dodano informację, że po instalacji można zmienić miejscowienie aparat. 17

Dokment Data Opis zmiany Dokment nr 100000003533 wer. 01 Dokment nr 100000003533 wer. 00 Lty 2018 r. Grdzień 2017 r. Dodano następjące dostarczane przez żytkownika materiały eksploatacyjne i wyposażenie: Illmina, nr kat. 20021533 odczynniki iseq 100 i1 Illmina, nr kat. 20021534 odczynniki iseq 100 i1 (czteropak) Illmina, nr kat. 20024143 podkładka do tacki ociekowej system iseq 100 Illmina, nr kat. 20024142 filtr powietrza system iseq 100 VWR, nr kat. 16200-218 chsteczki nasączone 10% wybielaczem Fischer Scientific, nr kat. 19-037-876 chsteczki nasączone 70% alkoholem etylowym Ogólny dostawca laboratoryjny, który dostarcza mikropipety, końcówki do mikropipety oraz opcjonalną kąpiel wodną Dodano informacje dotyczące pierwszej konfigracji i zmian haseł. Dodano informacje o warnkach przechowywania elementów wielokrotnego żytk oraz elementów zapasowych. Dodano informację o ilości pamięci masowej ( 900 MB) wymaganej na platformie BaseSpace Seqence Hb na każdy przebieg. Do port 80 dodano lokalnego menedżera przebieg na potrzeby połączeń wychodzących. Dodano zalecenie dotyczące odpowiedniego korzystania z konta administratora i kont żytkowników. Dodano informację o tym, że stoły laboratoryjne mszą być stawione poziomo. Wyjaśniono sposób, w jaki system zyskje adres IP. Wyjaśniono sytacje, w których należy korzystać z przełączników zarządzanych. Podano zaktalizowane przykłady modeli zasilaczy awaryjnych (ang. ninterrptible power spply, UPS). Podano zaktalizowaną konfigrację opakowania transportowego: Dodano wymiary oraz masę opakowania na akcesoria. Skorygowano informacje o tym, jakie dokmenty są dostarczane razem z aparatem. Usnięto zalecenie dotyczące trzymania prawnień administracyjnych dla żytkowników. Zmieniono nazwę zestaw odczynników na: odczynniki iseq 100 i1. Zmieniono nazwę dokment nr 1000000035963 na Plakat instalacyjny sekwenatora iseq 100. Z zestawów dostępnych jako czteropaki snięto wymiary elementów, które mają te same wymiary, co zestawy pojedyncze. Usnięto informacje o zestawie narzędzi rozszerzonego środowiska ograniczającego ryzyko (ang. Enhanced Mitigation Experience Toolkit, EMET). Pierwsze wydanie. 18

Pomoc techniczna W cel zyskania pomocy technicznej należy skontaktować się z działem pomocy technicznej firmy Illmina. Witryna internetowa: Adres e-mail: www.illmina.com techspport@illmina.com Nmery telefonów do dział pomocy technicznej firmy Illmina Region Bezpłatne Regionalne Ameryka Północna +1.800.809.4566 Astralia +1.800.775.688 Astria +43 800006249 +43 19286540 Belgia +32 80077160 +32 34002973 Chiny 400.066.5835 Dania +45 80820183 +45 89871156 Finlandia +358 800918363 +358 974790110 Francja +33 805102193 +33 170770446 Hiszpania +34 911899417 +34 800300143 Holandia +31 8000222493 +31 207132960 Hongkong 800960230 Irlandia +353 1800936608 +353 016950506 Japonia 0800.111.5011 Niemcy +49 8001014940 +49 8938035677 Norwegia +47 800 16836 +47 21939693 Nowa Zelandia 0800.451.650 Singapr +1.800.579.2745 Szwajcaria +41 565800000 +41 800200442 Szwecja +46 850619671 +46 200883979 Tajwan 00806651752 Wielka Brytania +44 8000126019 +44 2073057197 Włochy +39 800985513 +39 236003759 Inne kraje +44.1799.534000 Karty charakterystyki dostępne na stronie internetowej firmy Illmina pod adresem spport.illmina.com/sds.html. Dokmentacja prodkt jest dostępna do pobrania w formacie PDF w witrynie internetowej firmy Illmina. Należy otworzyć stronę spport.illmina.com, wybrać prodkt, a następnie zaznaczyć pozycję Docmentation & Literatre (Dokmentacja i literatra). 19

Illmina 5200 Illmina Way San Diego, California 92122 USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (poza Ameryką Północną) techspport@illmina.com www.illmina.com 2018 Illmina, Inc. Wszelkie prawa zastrzeżone.