Zakład Chemii Teoretycznej i Strukturalnej

Podobne dokumenty
Zakład Chemii Teoretycznej i Strukturalnej

Program studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2015/16

Program studiów II stopnia dla studentów kierunku chemia od roku akademickiego 2016/2017. Semestr 1M

ZAKŁAD CHEMII TEORETYCZNEJ

Chemia bionieorganiczna / Rosette M. Roat-Malone ; red. nauk. Barbara Becker. Warszawa, Spis treści

Efekty kształcenia dla kierunku studiów CHEMIA studia drugiego stopnia profil ogólnoakademicki

EWA PIĘTA. Streszczenie pracy doktorskiej

Załącznik numer 1. Informacje o studiach II stopnia Chemia rozpoczynjących się od semestru letniego każdego roku akademickiego

Moduły kształcenia. Efekty kształcenia dla programu kształcenia (kierunku) MK_06 Krystalochemia. MK_01 Chemia fizyczna i jądrowa

PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA. prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego

Program Obliczeń Wielkich Wyzwań Nauki i Techniki (POWIEW)

WYMAGANIA WSTĘPNE W ZAKRESIE WIEDZY, UMIEJĘTNOŚCI I INNYCH KOMPETENCJI 1. Brak

ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka. 3-letnie studia I stopnia (licencjackie)

Hybrydowe materiały organiczno-nieorganiczne: od struktury do wyznaczania eksperymentalnych rozkładów gęstości elektronowej i ich analizy.

Efekty kształcenia dla kierunku studiów CHEMIA studia pierwszego stopnia profil ogólnoakademicki

Dotyczy to zarówno istniejących już związków, jak i związków, których jeszcze dotąd nie otrzymano.

Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Modelowanie molekularne w projektowaniu leków

ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH. Witold Danikiewicz. Instytut Chemii Organicznej PAN ul. Kasprzaka 44/52, Warszawa

Uchwała nr 1/2013/2014 Rady Wydziału Chemii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu z dnia 20 lutego 2014 roku

Substancje o Znaczeniu Biologicznym

Wydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, Wrocław. Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, r.

Wzorcowe efekty kształcenia dla kierunku studiów biotechnologia studia pierwszego stopnia profil ogólnoakademicki

KATEDRA CHEMII BIOMEDYCZNEJ

Instytut Chemii Fizycznej Polskiej Akademii Nauk

Chemiczne składniki komórek

Wstęp. Krystalografia geometryczna

Atomy wieloelektronowe

Program studiów studia I stopnia, kierunek: CHEMIA MEDYCZNA studia inżynierskie o profilu ogólnoakademickim

Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk

1,2 1,2. WYMAGANIA WSTĘPNE W ZAKRESIE WIEDZY, UMIEJĘTNOŚCI I INNYCH KOMPETENCJI 1. Brak

Program Wydziałowej Konferencji Sprawozdawczej w dniach lutego 2013r. 11 lutego 2013 r.

Uniwersytet Śląski w Katowicach WYDZIAŁ MATEMATYKI, FIZYKI I CHEMII. Kierunek Chemia Studia stacjonarne I i II stopnia

RAMOWE PROGRAMY STUDIÓW I STOPNIA

Kierunek: Chemia, rok I Rok akademicki 2016/2017

Podstawy krystalochemii pierwiastki

QSAR i związki z innymi metodami. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski

Zestaw pytań egzaminu inŝynierskiego przeprowadzanego w Katedrze Fizykochemii i Technologii Polimerów dla kierunku CHEMIA

Ad. pkt 5. Uchwała w sprawie zatwierdzenia zmodyfikowanego programu studiów I i II stopnia o kierunku "Energetyka i Chemia Jądrowa".

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA

Studiapierwszego stopnia

KIERUNKOWE EFEKTY KSZTAŁCENIA Efekty przewidziane do realizacji od semestru zimowego roku akademickiego

Opis zakładanych efektów kształcenia OPIS ZAKŁADANYCH EFEKTÓW KSZTAŁCENIA

Plan studiów na kierunku studiów wyższych: BIOCHEMIA studia pierwszego stopnia, profil ogólnoakademicki

Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków

Kierunek: Chemia, rok I Rok akademicki 2015/2016

prof. dr hab. Zbigniew Czarnocki Warszawa, 3 lipca 2015 Uniwersytet Warszawski Wydział Chemii

Laboratorium Pomorskiego Parku Naukowo-Technologicznego Gdynia.

Uniwersytet Śląski w Katowicach WYDZIAŁ MATEMATYKI, FIZYKI I CHEMII. Kierunek Chemia Studia stacjonarne I i II stopnia

Plan studiów na kierunku studiów wyższych: BIOCHEMIA studia pierwszego stopnia, profil ogólnoakademicki

Kierunek: Chemia, rok I

Podstawy projektowania leków wykład 12

Program studiów od roku akad. 2019/20 studia I stopnia, kierunek: Chemia medyczna. studia inżynierskie o profilu ogólnoakademickim

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Marleny Łukomskiej-Rogala

Kierunek Międzywydziałowy - Inżynieria Biomedyczna. Politechnika Gdańska, Inżynieria Biomedyczna. Specjalność:

Modelowanie molekularne

Kierunek: Chemia, rok I

OFERTA TEMATÓW PROJEKTÓW DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze INŻYNIERII CHEMICZNEJ I PROCESOWEJ

ĆWICZENIA Z BIOCHEMII

Załącznik numer 1. PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II

Metody analizy fizykochemicznej związków kompleksowych"

ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka. 2-letnie studia II stopnia (magisterskie)

Komputerowe wspomaganie projektowania leków

Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych

KIERUNKOWE EFEKTY KSZTAŁCENIA Efekty przewidziane do realizacji od semestru zimowego roku akademickiego

Program studiów studia I stopnia, kierunek: Chemia medyczna. studia inżynierskie o profilu ogólnoakademickim

dr hab. Mikołaj Olejniczak, prof. UAM Zakład Biochemii 16 grudnia 2018, Poznań

Żwirki i Wigury 93, Warszawa TEL.: , FAX: , E- MAIL: Dr hab. Joanna T

CZĄSTECZKA. Do opisu wiązań chemicznych stosuje się najczęściej metodę (teorię): metoda wiązań walencyjnych (VB)

PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA. prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego

prof. dr hab. Krzysztof Lewiński Kraków, Wydział Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego

KARTA PRZEDMIOTU. 1. NAZWA PRZEDMIOTU: Podstawy chemii. 2. KIERUNEK: Mechanika i budowa maszyn. 3. POZIOM STUDIÓW: pierwszego stopnia

Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Wydział

Wyznaczanie stopnia krystaliczności wybranych próbek polimerów wykorzystanie programu WAXSFIT

Wydział Chemii, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza 2011/2012. Wydział Chemii UAM

STRUKTURA MATERIAŁÓW

Rok akademicki: 2013/2014 Kod: JFT s Punkty ECTS: 4. Poziom studiów: Studia II stopnia Forma i tryb studiów: Stacjonarne

KONSPEKT PRZEDMIOTU PIERWSZEGO POZIOMU STUDIÓW STACJONARNYCH

Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD

Ramowy Program Specjalizacji MODELOWANIE MATEMATYCZNE i KOMPUTEROWE PROCESÓW FIZYCZNYCH Studia Specjalistyczne (III etap)

STRUKTURA IDEALNYCH KRYSZTAŁÓW

MINIMALNY ZAKRES PROGRAMU STAŻU

Przemiana materii i energii - Biologia.net.pl

Nowoczesne systemy ekspresji genów

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE

Autoreferat rozprawy doktorskiej pt.: ROZSZERZENIE BANKU ASFERYCZNYCH PSEUDOATOMÓW W KIERUNKU

Termodynamika i właściwości fizyczne stopów - zastosowanie w przemyśle

Ćwiczenie 4: Modelowanie reakcji chemicznych. Stan przejściowy.

Plan studiów studia I stopnia, kierunek: Chemia medyczna. studia inżynierskie o profilu ogólnoakademickim

ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH. Witold Danikiewicz

CF 3. Praca ma charakter eksperymentalny, powstałe produkty będą analizowane głównie metodami NMR (1D, 2D).

Wyznaczanie struktury krystalicznej i molekularnej wybranego związku koordynacyjnego w oparciu o rentgenowską analizę strukturalną

Metody analizy białek - opis przedmiotu

1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej?

Badanie oddziaływań związków biologicznie aktywnych z modelowymi membranami lipidowymi

Bloki licencjackie i studia magisterskie na Kierunkach: Biotechnologia, specjalność Biotechnologia roślinna oraz Genetyka

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Transkrypt:

Badania strukturalne pochodnych indolu przy użyciu dyfrakcji rentgenowskiej. Indol, jak i jego pochodne są powszechnie spotykane w tkankach żywych, są częścią istotnych związków chemicznych jak tryptofan i serotonina oraz wielu związków biologicznie czynnych. Celem pracy będzie wyznaczenie struktur krystalicznych pochodnych indolu i określenie efektu podstawnikowego na występujące motywy oddziaływań w sieci. Chemia, Inżynieria Nanostruktur, Energetyka i Chemia Jądrowa dr Maura Malińska, Pracownia Krystalochemii, mmalinska@chem.uw.edu.pl, 26356 crystal.chem.uw.edu.pl

Badania strukturalne pochodnych pirokatechiny przy użyciu dyfrakcji rentgenowskiej. Pirokatechina jest istotnym związkiem, ze względu na występowanie tej struktury w wielu lekach. Celem pracy będzie wyznaczenie struktur krystalicznych pochodnych pirokatechiny i określenie efektu podstawnikowego na występujące motywy oddziaływań w sieci. Chemia, Inżynieria Nanostruktur, Energetyka i Chemia Jądrowa dr Maura Malińska, Pracownia Krystalochemii, mmalinska@chem.uw.edu.pl, 26356 crystal.chem.uw.edu.pl

Badania wpływu warunków krystalizacji na morfologię monokryształów pochodnych indolu. Kontrolowanie morfologii kryształów ma kluczowe znaczenie przy projektowaniu nowych materiałów z myślą o konkretnych funkcjach. Ze względu na to istotne jest kontrola morfologii otrzymywanych kryształów w tym szczególnie związków aktywnych. Celem pracy będzie przeprowadzanie krystalizacji indolu z rozpuszczalnikach o zmiennej polarności oraz zbadanie zmian morfologicznych kryształów Chemia, Inżynieria Nanostruktur, Energetyka i Chemia Jądrowa dr Maura Malińska, Pracownia Krystalochemii, mmalinska@chem.uw.edu.pl, 26356 crystal.chem.uw.edu.pl

Profilowanie termodynamiczne stosując symulacje dynamiki molekularnej dla układów gość-gospodarz. Jedyną metodą teoretyczną, która umożliwia wyznaczenie efektu entalpowego i entropowego wiązania międzycząsteczkowego są symulacje dynamiki molekularnej. Celem pracy będzie przeprowadzenie serii 1ms symulacji dla układu gość-gospodarz: kukurbit[6]uryl-piperazyna przy użyciu metody Amber Wyciągnij-Uwolnij i wyznaczenie profilu termodynamicznego rozpoznania cząsteczkowego. Chemia, Inżynieria Nanostruktur, Energetyka i Chemia Jądrowa dr Maura Malińska, Pracownia Krystalochemii, mmalinska@chem.uw.edu.pl, 26356 crystal.chem.uw.edu.pl

Badania strukturalne układów gość-gospodarz na przykładzie kukurbit[6]urylu. Po otrzymaniu serii kompleksów gość-gospodarz zostaną one scharakteryzowane ze względu na zmiany entalpii i entropii podczas procesu kompleksowania przy użyciu izotermicznej kalorymetrii miareczkowej oraz badania strukturalne wraz z analizą oddziaływań odpowiedzialnych za ich tworzenie (pomiary rentgenograficzne). Charakterystyka oddziaływań będzie wzbogacona o analizę energii z obliczeń ab-initio. Badania kalorymetrii miareczkowej zostaną zanalizowane w świetle wyników badań strukturalnych dla określenia korelacji między entalpią i energią oddziaływań. Chemia, Inżynieria Nanostruktur, Energetyka i Chemia Jądrowa dr Maura Malińska, Pracownia Krystalochemii, mmalinska@chem.uw.edu.pl, 26356 crystal.chem.uw.edu.pl

Zależność pomiędzy strukturą i morfologią kryształów odmian polimorficznych tlenku trifenylofosfiny. Tlenek trifenylofosfiny występuje w czterech odmianach polimorficznych, które otrzymywane są w zależności od polarności rozpuszczalnika użytego do krystalizacji. Odmiany polimorficzne ponadto charakteryzują się różną barwą i morfologią kryształu. Celem badań będzie scharakteryzowanie wpływu polarności rozpuszczalnika na morfologię i otrzymane odmiany polimorficzne badanego związku. Chemia, Inżynieria Nanostruktur, Energetyka i Chemia Jądrowa dr Maura Malińska, Pracownia Krystalochemii, mmalinska@chem.uw.edu.pl, 26356 crystal.chem.uw.edu.pl

Oczyszczanie białka USP1 oraz krystalizacja jego kompleksów z inhibitorami Proponowana tematyka badań jest fragmentem większego projektu łączącego badania przesiewowe oraz krystalografię rentgenowską do poznania mechanizmu inhibicji białek USP i opracowania nowych inhibitorów. System ubikwityna-proteasom jest ważnym układem regulującym funkcjonowanie komórek. Deubikwitynazy (DUBs) są enzymami wchodzącymi w skład tego systemu. Wiele białek DUB z rodziny USP, reguluje podział komórek oraz ich żywotność, co czyni je dobrymi celami dla leków nowotworowych. Inhibicja takich białek jest mocno szkodliwa dla komórek nowotworowych a ale nie ma negatywnego wpływu na prawidłowe komórki. Pierwszym celem projektu licencjackiego jest opracowanie serii konstruktów białka USP1 i przeprowadzenia ich ekspresji w bakteriach. Następnie wykorzystamy inhibitory tego białka do prowadzenia badań krystalograficznych w celu uzyskania kryształów kompleksów białko-inhibitor i rozwiązania ich struktur. Takie badania umożliwią pozyskanie danych pomocnych w stworzeniu biblioteki inhibitorów USP a następnie wykonania badań biochemicznych w celu znalezienia najsilniejszych i najbardziej selektywnych inhibitorów. Chemia dr. Marcin Ziemniak, Pracownia Krystalochemii, grupa badawcza profesora Krzysztofa Woźniaka, mziemniak@chem.uw.edu.pl, 26-642]

Optymalizacja oczyszczania białek z rodziny USP oraz badanie mechanizmu wiązania ich inhibitorów Proponowana tematyka badań jest fragmentem większego projektu łączącego badania przesiewowe oraz krystalografię rentgenowską do poznania mechanizmu inhibicji białek USP i opracowania nowych inhibitorów. System ubikwityna-proteasom jest ważnym układem regulującym funkcjonowanie komórek. Deubikwitynazy są enzymami wchodzącymi w skład tego systemu. Jedną z najważniejszych białek tego typu jest rodzina białek USP, regulująca podział komórek oraz ich żywotność, czyniąc je dobrymi celami dla leków nowotworowych. Inhibicja białek USP jest Toksyczna dla komórek nowotworowych ale nie ma negatywnego wpływu na zdrowe komórki. Pierwszym celem projektu licencjackiego jest przeprowadzenie ekspresji w bakteriach szeregu konstruktów białek USP oraz optymalizacja procesu ich oczyszczania. Następnie wykorzystamy inhibitory tego białka do prowadzenia badań krystalograficznych by uzyskać kryształy kompleksów białko-inhibitor i rozwiązania ich struktur. Takie badania umożliwią pozyskanie danych pomocnych w stworzeniu biblioteki inhibitorów USP a następnie wykonania badań biochemicznych w celu znalezienia najsilniejszych i najbardziej selektywnych inhibitorów. Chemia dr. Marcin Ziemniak, Pracownia Krystalochemii, grupa badawcza profesora Woźniaka, mziemniak@chem.uw.edu.pl, 26-642]

Krystalizacja białka USP7 oraz jego kompleksów z inhibitorami przy pomocy techniki microseeding Proponowana tematyka badań jest fragmentem większego projektu łączącego badania przesiewowe oraz krystalografię rentgenowską do poznania mechanizmu inhibicji białek USP i opracowania nowych inhibitorów. System ubikwityna-proteasom jest ważnym układem regulującym funkcjonowanie komórek. Deubikwitynazy (DUBs) są enzymami wchodzącymi w skład tego systemu. Wiele białek DUB z rodziny USP, reguluje podział komórek oraz ich żywotność, co czyni je dobrymi celami dla leków nowotworowych. Inhibicja takich białek jest mocno szkodliwa dla komórek nowotworowych a ale nie ma negatywnego wpływu na prawidłowe komórki. Pierwszym celem projektu licencjackiego jest krystalizacja szeregu wariantów białka USP7. Jest ono układem modelowym w badaniach strukturalnych nad tą rodziną. Dlatego też optymalizacja warunków krystalizacji tego białka będzie pomocna w badaniach nad innymi członkami rodziny USP. Następnie wykorzystamy inhibitory USP 7 do uzyskania kryształów kompleksów białko-inhibitor i poznania ich struktur. Taka wiedza umożliwi stworzenie biblioteki inhibitorów USP, a następnie wykonania badań biochemicznych w celu znalezienia najsilniejszych i najbardziej selektywnych inhibitorów. Chemia dr. Marcin Ziemniak, Pracownia Krystalochemii, grupa badawcza profesora Woźniaka, mziemniak@chem.uw.edu.pl, 26-642]

1) Struktury i badanie eksperymentalnego rozkładu gęstości elektronowej dla wybranych pochodnych perylenu 2) Optymalizacja metod krystalizacji oraz poszukiwanie nowych odmian polimorficznych barwnika tioflawiny T. Chemia dr. Anna Makal, Pracownia Krystalochemii, grupa badawcza profesora Woźniaka, amakal@chem.uw.edu.pl, 26-769

Optymalizacja metod krystalizacji oraz poszukiwanie nowych odmian polimorficznych aldehydu pirenowego Projekt obejmuje wykonanie serii krystalizacji w warunkach standardowych lub pod zwiększonym ciśnieniem. Chemia dr. Anna Makal, Pracownia Krystalochemii, grupa badawcza profesora Woźniaka, amakal@chem.uw.edu.pl, 26-769

Badanie wpływu zmian zachodzących w krysztale na skutek wzbudzeń elektronowych na wzór dyfrakcyjny uzyskany metodą Lauego. Celem pracy jest symulacja teoretycznych wzorów dyfrakcyjnych wynikających z możliwych zmian zachodzących w komórce elementarnej pod wpływem wzbudzeń elektronowych. Konieczne podstawy programowania w Python-ie lub C++. Prawdopodobnie temat można zacząć na magisterce i kończyć na doktoracie Chemia dr. Anna Makal, Pracownia Krystalochemii, grupa badawcza profesora Woźniaka, amakal@chem.uw.edu.pl, 26-769

Badania struktury i aktywności mitochondrialnych białek z rodziny Fas- Activated Serine/Threonine Kinase Domain Ludzkie białko z rodziny FASTKD uzyskane zostanie przez ekspresję w hodowli bakteryjnej i oczyszczanie przy pomocy niskociśnieniowej chromatografii cieczowej. Szereg ligandów RNA wyprodukowanych zostanie przez transkrypcję in vitro. Badania struktury białka obejmą próby krystalizacji, a aktywność białka w wiązaniu RNA przetestowana zostanie przez metody elektro- i mikrotermoforetyczne. Projekt wykorzystuje metody biologii molekularnej, biochemii białek i kwasów nukleinowych i metody biofizyczne badania oddziaływań białko-ligand. Wszystkie kierunki Dr Maria Górna, Grupa Biologii Strukturalnej, Pracownia Krystalochemii, mgorna@chem.uw.edu.pl, tel. 26 685. Projekt związany jest z tematyką realizowanego grantu Sonata. http://gorna.uw.edu.pl

Badania struktury i aktywności wybranych homologów przeciwwirusowych białek z rodziny Interferon Induced proteins with Tetratricopeptide repeats. Białko z rodziny IFIT uzyskane zostanie przez ekspresję w hodowli bakteryjnej i oczyszczanie przy pomocy niskociśnieniowej chromatografii cieczowej. Szereg ligandów RNA wyprodukowanych zostanie przez transkrypcję in vitro i zmodyfikowanych enzymatycznie. Badania struktury białka obejmą próby krystalizacji, a siła oddziaływania z różnymi ligandami RNA przetestowana zostanie przez metody elektro- i mikrotermoforetyczne. Projekt wykorzystuje metody biologii molekularnej, biochemii białek i kwasów nukleinowych i metody biofizyczne badania oddziaływań białko-ligand. Wszystkie kierunki Dr Maria Górna, Grupa Biologii Strukturalnej, Pracownia Krystalochemii, mgorna@chem.uw.edu.pl, tel. 26 685. Projekt związany jest z tematyką realizowanego grantu LIDER. http://gorna.uw.edu.pl

Krystalizacja oraz badania strukturalne odmian polimorficznych 2-chloro 4,6- dinitroaniliny Polimorfizm jest to występowanie tej samej substancji chemicznej w różnych odmianach krystalicznych. 2-chloro 4,6-dinitroaniliny występuje w trzech odmianach polimorficznych. Odmiany te różnią się morfologią oraz odpornością na zgniatanie. Celem pracy jest wykrystalizowanie tych odmian oraz ich wstępna analiza strukturalna. dr Anna Hoser, Pracownia Krystalochemii, annahoser@chem.uw.edu.pl, 225526356

Krystalizacja oraz wstępne badania strukturalne kokryształów izonikotynamidu z kwasami dihydroksybenzoesowymi Kokryształy są strukturami krystalicznymi zawierającymi dwa lub więcej komponentów występujących w stosunku stechiometrycznym w strukturze. Komponenty te to neutralne ciała stałe. Ponieważ kokryształ na ogół ma inne właściwości fizykochemiczne niż komponenty, z których jest zbudowany, zaczęto stosować proces kokrystalizacji jako metodę otrzymywania nowych form substancji farmaceutycznie czynnych. Celem pracy jest wykrystalizowanie co najmniej jednego kokryształu izonikotynamidu z jednym z kwasów dihydroksybezoesowych oraz wstępna analiza strukturalna otrzymanej struktury. Dane kierownika tematu pracy licencjackiej: dr Anna Hoser, Pracownia Krystalochemii, annahoser@chem.uw.edu.pl, 225526356

Krystalizacja oraz badania strukturalne odmian polimorficznych hydroksybenzaldehydu Polimorfizm jest to występowanie tej samej substancji chemicznej w różnych odmianach krystalicznych. Hydroksybenzaldehyd występuje w dwóch polimorficznych. Odmiany te różnią się morfologią. Celem pracy jest wykrystalizowanie tych odmian oraz ich wstępna analiza strukturalna. Dane kierownika tematu pracy licencjackiej: dr Anna Hoser, Pracownia Krystalochemii, annahoser@chem.uw.edu.pl, 225526356

tematy teoretyczne: 1) Rozszerzenie udokładnienia metodą atomów Hirshfelda na układy jonowe. 2) Udokładnienia metodą atomów Hirshfelda z różnymi metodami podziału gęstości elektronowej. 3) Model przenaszalnych gęstości atomowych w układach z nieporządkiem. 4) Model przenaszalnych gęstości atomowych z obliczeń kwantowomechanicznych do zastosowań w krystalografii. Praca licencjackie Tematy te związane są z rozwojem krystalografii kwantowej czyli nowych metod wyznaczania struktury i gęstości elektronowej przy pomocy metod krystalograficznych z zaadoptowanymi rozwiązaniami wykorzystującymi osiągnięcia chemii kwantowej. Prace pod kierunkiem Dr Michała Chodkiewicza w grupie Prof. Krzysztofa Woźniaka, michal.chodkiewicz@gmail.com, 22 5526392

Struktura i właściwości kryształów produkowanych przez rośliny Wiele roślin produkuje kryształy czasami całkiem zaskakujące. Przedmiotem pracy będzie identyfikacja takich roślin, ich uprawa w celu wytworzenia kryształów, zbadanie od czego zależy proces produkcji takich kryształów przez rośliny a także wyznaczenie ich struktury i roli jaką pełnią w roślinach. Praca licencjacka Chemia, Inżynieria Nanostruktur, Energetyka i Chemia Jądrowa Dr Damian Trzybiński (opiekun), Prof. Krzysztof Woźniak (promotor), Pracownia Krystalochemii, trzybinski@chem.uw.edu.pl, tel. 26 632, kwozniak@chem.uw.edu.pl, 26391 crystal.chem.uw.edu.pl

Struktura i właściwości kryształów produkowanych przez grzyby Wiele grzybów produkuje mniejsze lub większe kryształy często całkiem zaskakujące. Przedmiotem pracy będzie identyfikacja takich grzybów, ich uprawa w celu wytworzenia kryształów, zbadanie od czego zależy proces produkcji takich kryształów przez grzyby, a także wyznaczenie ich struktury i roli jaką pełnią w grzybach. Praca licencjacka Chemia, Inżynieria Nanostruktur, Energetyka i Chemia Jądrowa Dr Damian Trzybiński (opiekun), Prof. Krzysztof Woźniak (promotor), Pracownia Krystalochemii, trzybinski@chem.uw.edu.pl, tel: 26 632 kwozniak@chem.uw.edu.pl, tel: 26 391 crystal.chem.uw.edu.pl

Samoorganizacja w układach zawierających kopolimery blokowe Symulacja komputerowa układów heteropolimerowych metodą Monte Carlo. Przybliżone modele kopolimerów blokowych o cechach amfifilowych. Wykorzystany zostanie algorytm ruchów kooperatywnych (CMA). Zbadany będzie proces tworzenia układów uporządkowanych, miceli i globul, w układach makromolekularnych zawierających polimery o różnych architekturach wewnętrznych. [Chemia] [dr hab. Andrzej Sikorski, Pracownia Teorii Biopolimerów; sikorski@chem.uw.edu.pl; telefon wew. 26-366]

Struktura polimerów rozgałęzionych i silnie rozgałęzionych jako nośników leków Teoretyczne badania nad polimerami o silnie rozgałęzionej strukturze, które są zdolne do enkapsulacji i uwalniania związków małocząsteczkowych (substancji biologicznie aktywnych, leków, substancji wzorcowych). Symulacja komputerowa uproszczonych modeli (polimery gwiaździście rozgałęzione i silnie rozgałęzione, przybliżenie gruboziarniste i sieciowe) metodą Monte Carlo. Identyfikacja i charakterystyka potencjalnych miejsc aktywnych makrocząsteczki. [Chemia] [dr hab. Andrzej Sikorski, Pracownia Teorii Biopolimerów; sikorski@chem.uw.edu.pl; telefon wew. 26-366]

Projektowanie kompozytów polimerowych - zjawisko perkolacji Teoretyczne wyznaczanie struktury warstw zaadsorbowanych łańcuchów polimerowych. Zbadane zostaną układy zawierające giętkie i sztywne makrocząsteczki oraz cząsteczki wypełniacza. Przedstawienie badanych układów za pomocą modeli gruboziarnistych. Wykorzystanie metody losowej adsorpcji sekwencyjnej (RSA) do symulacji procesu nieodwracalnej adsorpcji. Wyznaczenie wpływu sekwencji w łańcuchach i stężeń na strukturę powstałej warstwy (rozmiary łańcuchów, uporządkowanie, profile gęstości), progi perkolacji, maksymalne zapełnienie powierzchni i przewodnictwo elektryczne. [Inżynieria nanostruktur] [dr hab. Andrzej Sikorski, Pracownia Teorii Biopolimerów; sikorski@chem.uw.edu.pl; telefon wew. 26-366]

Reakcje chemiczne w zatłoczonym środowisku Badanie wpływu środowiska na przebieg reakcji chemicznych za pomocą symulacji komputerowej. Symulacja komputerowa metodą Monte Carlo z wykorzystaniem modeli gruboziarnistych. Koncepcja dynamicznej cieczy sieciowej (DLL) i jej wykorzystanie do badania dynamiki układów ciekłych. Wyznaczanie wpływu zróżnicowania dyfuzji poszczególnych składników układu oraz ich reaktywności na przebieg prostych modelowych reakcji chemicznych. [Inżynieria nanostruktur] [dr hab. Andrzej Sikorski, Pracownia Teorii Biopolimerów; sikorski@chem.uw.edu.pl; telefon wew. 26-366]

Rola doboru bazy orbitali atomowych w obliczeniach walencyjnych stanów wzbudzonych dla wybranych cząsteczek organicznych Mimo nieustającego postępu w dziedzinie obliczeń ab initio wzbudzeń elektronowych dobór właściwej bazy orbitalnej pozostaje ciągle poza strefą black box. Wynika to po części z faktu, że charakter stanów wzbudzonych jest o wiele bardziej różnorodny niż to jest dla stanu podstawowego. Rozwiązaniem tego problemu może być skoncentrowanie się wyłącznie na określonych typach wzbudzeń, np. na wzbudzeniach walencyjnych, wzbudzeniach z przeniesieniem ładunku lub rydbergowskich podczas optymalizacji baz. Celem pracy będzie sprawdzenie jakości istniejących baz orbitalnych w odtwarzaniu wybranych stanów wzbudzonych dla kilku reprezentatywnych cząsteczek organicznych, których wielkość umożliwia przeprowadzenie obliczeń dla dużych baz w użyciem metod skorelowanych, oraz wystawienie,,rekomendacji'' najlepszym bazom. W wersji bardziej ambitnej student wykona także samodzielnie optymalizację nowej bazy (lub baz), ukierunkowanych na dokładne odtwarzanie wybranych wzbudzonych stanów elektronowych. Obliczenia będą wykonane z użyciem dostępnych funkcjonalności programu Molpro. [chemia, chemia i energetyka jądrowa, inżynieria nanostruktur] [dr hab. Tatiana Korona, Pracownia Chemii Kwantowej, tania@chem.uw.edu.pl, tel. 225526381]

Zmiana własności cząsteczek pod wpływem ograniczeń przestrzennych [Z uwagi na coraz bardziej powszechne zastosowanie fulerenów i nanorurek zagadnienie zmiany własności cząsteczek pod wpływem ograniczeń przestrzennych przestało być problemem czysto akademickim. W proponowanej pracy student zbada, jak zmieniają się własności wybranej cząsteczki (np. wody lub małej cząsteczki organicznej) pod wpływem,,ściany" odpychającej. Obliczenia będą wykonane z użyciem dostępnych funkcjonalności programu Molpro.] [chemia, chemia i energetyka jądrowa, inżynieria nanostruktur] [dr hab. Tatiana Korona, Pracownia Chemii Kwantowej, tania@chem.uw.edu.pl, tel. 225526381]

Ocena parametrów spektralnych serii związków o spodziewanym działaniu przeciwnowotworowym metodami chemii obliczeniowej. Proponuje się wykonanie metodami chemii obliczeniowej z wykorzystaniem teorii funkcjonału gęstości oraz odpowiednich baz funkcji Gaussa do oceny następujących parametrów spektralnych: 1) widm Ramana (częstości, intensywności) 2) widm 1 H, 13 C, 15 N NMR (przesunięcia chemiczne) dla wybranych cząsteczek zbliżonych strukturalnie do steroidów (ok. 50-60 atomów) o spodziewanym działaniu przeciwnowotworowym. Przewiduje się realizację prac w ośrodku obliczeniowym ICM UW z wykorzystaniem pakietu Gaussian. Chemia prof. dr hab. Andrzej Leś, Pracownia Chemii Kwantowej, ales@chem.uw.edu.pl, tel. 22 55 26385 Abstrakt graficzny:

Analiza geometrii wiązań wodorowych tworzonych przez grupy boczne aminokwasów w strukturach białkowych Celem pracy jest stworzenie kompendium wiedzy o wiązaniach wodorowych w których uczestniczą atomy grup bocznych reszt aminokwasowych w białkach. Zebrane wiązania podzielone będą na kategorie wg rodzaju grup funkcyjnych uczestniczących w oddziaływaniu. Obliczone zostaną również podstawowe parametry geometryczne (odległości, kąty) wiązań dla każdej z kategorii. W przyszłości wyniki tej pracy będą nieocenione w tworzeniu nowej generacji metod do modelowania białek. Praca nie wymaga umiejętności programowania; głównym zadaniem będzie wizualna analiza struktur białek w programie graficznym. Niezbędna będzie podstawowa wiedza z chemii fizycznej i organicznej. kierunek: chemia dr hab. Dominik Gront, Pracownia Teorii Biopolimerów, pokój 143, dgront@chem.uw.edu.pl

Wizualizacja symulacji molekularnych Realizacja pracy licencjackiej polegała będzie na przeprowadzeniu kilku symulacji molekularnych przy wykorzystaniu ogólnodostępnych pakietów do modelowania molekularnego. Kolejnym etapem będzie krótkie scharakteryzowanie uzyskanych wyników a następnie stworzenie fotorealistycznej grafiki oraz animacji na podstawie obliczonych trajektorii Praca nie wymaga umiejętności programowania; głównym zadaniem będzie uruchamianie programów w środowisku Linux. W toku realizacji pracy student zapozna się z podstawowymi zagadnieniami modelowania molekularnego a także grafiki komputerowej kierunek: chemia dr hab. Dominik Gront, Pracownia Teorii Biopolimerów, pokój 143, dgront@chem.uw.edu.pl Przykładowe wizualizacje białka 2gb1