Instrukcja do Gry Fold it

Wielkość: px

Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Instrukcja do Gry Fold it"

Grzegorz Rosiński
6 lat temu
Przeglądów:

Instrukcja do Gry Fold it Autor: Artur Wrona Instytut Inżynierii

Najważniejsze funkcje Nazwa narzędzia Widok Opis Shake i Wiggle

łańcucha głównego w poszukiwaniu optymalnego kształtu Rubber

Przy pomocy Shift+lewy przycisk myszy można zaznaczyć dwa punkty

1 Instrukcja do Gry Fold it Autor: Artur Wrona Instytut Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej WPPT, Politechnika Wrocławska, Najważniejsze funkcje Nazwa narzędzia Widok Opis Shake i Wiggle Shake przemieszczanie łańcuchów bocznych Wiggle przemieszczanie łańcucha głównego w poszukiwaniu optymalnego kształtu Rubber bands Rubber bands wiązania z gumy. Przy pomocy Shift+lewy przycisk myszy można zaznaczyć dwa punkty na łańcuchu głównym w celu stworzenia pseudo wiązań Rebuild Rebuild przebudowa fragmentów łańcucha głównego

Tweak i Freeze Tweak rotacja łańcucha głównego

Zmiana struktury Zmiana struktury - użytkownik

kształtów łańcucha głównego : Sheet kartka

struktury Design projektowanie struktury

2 Tweak i Freeze Tweak rotacja łańcucha głównego Freeze zamrażanie fragmentu łańcucha głównego Zmiana struktury Zmiana struktury - użytkownik może samodzielnie wybrać jeden z trzech kształtów łańcucha głównego : Sheet kartka Helix spirala Loop pętla Projektowanie struktury Design projektowanie struktury łańcuchów bocznych Alignment Alignment ustawienie sekwencji łańcucha głównego

2. Plansze dla Tutoriala Nr planszy Widok planszy Instrukcja I Lewym przyciskiem myszy złap jeden z niebieskich

zbliżona do poprzedniej, w tym przypadku postępujemy tak samo tylko musimy zmienić ułożenie dwóch łańcuchów

III Wybierz z menu (w lewym dolnym rogu) procedurę shake sidechains Program samodzielnie znajdzie optymalne

Ponadto należy rozsunąć fragmenty łańcucha głównego V Złap za jeden z końców łańcucha głównego a następnie

3 2. Plansze dla Tutoriala Nr planszy Widok planszy Instrukcja I Lewym przyciskiem myszy złap jeden z niebieskich łańcuchów bocznych molekuły i przeciągnij go w przeciwnym kierunku do ułożenia początkowego II Plansza bardzo zbliżona do poprzedniej, w tym przypadku postępujemy tak samo tylko musimy zmienić ułożenie dwóch łańcuchów bocznych znajdujących się na zewnętrznej części łańcucha głównego, środkowy łańcuch boczny zostaje bez zmian III Wybierz z menu (w lewym dolnym rogu) procedurę shake sidechains Program samodzielnie znajdzie optymalne rozwiązanie w lewym górnym rogu IV Plansza zbliżona do poprzedniej. Początkowe procedury analogiczne. Ponadto należy rozsunąć fragmenty łańcucha głównego V Złap za jeden z końców łańcucha głównego a następnie zbliż go do drugie (proces zbliżania musi być wykonywany powoli, zbyt szybko wykonana procedura nie przyniesie oczekiwanego rezultatu)

VI Z rozwijalnego menu wybierz operacje Wiggle all Program samodzielnie znajdzie optymalny kształt molekuły w lewym górnym

górnym rogu Warto zauważyć iż w miejscach gdzie struktura łańcucha głównego była płaska powstały wiązania wodorowe VIII W

łańcucha głównego Pojawia się fioletowa kreska.

znajduje optymalny kształt w lewym górnym rogu IX Procedura analogiczna jak w poprzedniej planszy.

4 VI Z rozwijalnego menu wybierz operacje Wiggle all Program samodzielnie znajdzie optymalny kształt molekuły w lewym górnym rogu VII Z rozwijalnego menu wybierz operacje Wiggle all Program samodzielnie znajdzie optymalny kształt molekuły w lewym górnym rogu Warto zauważyć iż w miejscach gdzie struktura łańcucha głównego była płaska powstały wiązania wodorowe VIII W pierwszej kolejności należy stworzyć wiązanie: Naciśnij Shift oraz lewym przyciskiem wybierz jeden z płaskich końców łańcucha głównego Pojawia się fioletowa kreska. Przeciągnij ją do drugiego płaskiego końca łańcucha głównego Z rozwijalnego meny wybierz Wiggle all Program samodzielnie znajduje optymalny kształt w lewym górnym rogu IX Procedura analogiczna jak w poprzedniej planszy. W tym przypadku należy stworzyć dwa wiązania tak aby połączyć dwa końcowe odcinki łańcucha głównego ze środkowym odcinkiem (wszystkie trzy odcinki są płaskie w porównaniu do pozostałych fragmentów) Następnie wybierz z menu polecenie Wiggle all

X XI Planszę można rozwiązać na kilka sposobów!

Shake Sidechains oraz Wiggle all (jeszcze raz) Warto zwrócić uwagę na powstanie wiązań wodorowych pomiędzy odstającym fragmentem łańcucha głównego a pozostałą częścią białka Naciśnij lewym

5 X XI Planszę można rozwiązać na kilka sposobów! Poniżej przedstawiony zostanie tylko jeden z nich, z wykorzystaniem procedury tworzenia własnych wiązań Połącz za pomocą wiązania (Shift + lewy przycisk myszy) odstający fragment łańcucha głównego. Tak aby znajdował się on jak najbliżej pozostałej części Z menu wybierz Wiggle all Porgram automatycznie znajdzie optymalną strukturę Może się zdarzyć że konieczne będzie wykonanie operacji Shake Sidechains oraz Wiggle all (jeszcze raz) Warto zwrócić uwagę na powstanie wiązań wodorowych pomiędzy odstającym fragmentem łańcucha głównego a pozostałą częścią białka Naciśnij lewym przyciskiem myszy na czerwony fragment łańcucha głównego Po pojawieniu się meny wybierz Rebuild Program przedstawi wszystkie możliwe rozwiązania Wybierz to które uznasz za najlepsze (nie musi to być najlepsze rozwiązanie ze wszystkich) Z meny w lewym dolny rogu wybierz Wiggle all Program samodzielnie znajdzie optymalny kształt białka XII Plansza poświęcona zagadnieniom hydrofobowości i hydrofilowości Lewym przyciskiem myszy przemieść niebieski boczny łańcuch na zewnątrz Analogicznie przemieść żółty łańcuch boczny do środka

XIII XIV XV XVI Prawym przyciskiem myszy naciśnij na spiralny fragment łańcucha głównego białka Pojawi się meny z którego wybierz polecenie Tweak Kliknij i przytrzymaj fioletową strzałkę a następnie

Kolejna plansza w której istnieje wiele możliwości rozwiązań Naciśnij na spiralny fragment łańcucha głównego Prawym przyciskiem myszy wybierz z meny procedurę Freeze Stwórz wiązania pomiędzy płaskimi

z komend Z menu w dolny lewym rogu wybierzshake Sidechains Program automatycznie znajdzie najbardziej optymalne rozwiązanie Z meny wybierz Wiggle All Program samodzielnie zoptymalizuje kształt

6 XIII XIV XV XVI Prawym przyciskiem myszy naciśnij na spiralny fragment łańcucha głównego białka Pojawi się meny z którego wybierz polecenie Tweak Kliknij i przytrzymaj fioletową strzałkę a następnie przesuń ją w lewo lub w prawo spiralna struktura obróci się wokół własnej osi w lewym górnym rogu Z menu w lewym dolnym rogu wybierz Wiggle All Program samodzielnie znajdzie optymalną strukturę Kolejna plansza w której istnieje wiele możliwości rozwiązań Naciśnij na spiralny fragment łańcucha głównego Prawym przyciskiem myszy wybierz z meny procedurę Freeze Stwórz wiązania pomiędzy płaskimi odcinkami łańcucha Z meny w donym rogu wybierz procedurę Wiggle All a następnie Shake Sidechains Program samodzielnie będzie znajdował optymalne rozwiązanie Na końcu naciskaj STOP aby zatrzymać każdą z komend Z menu w dolny lewym rogu wybierzshake Sidechains Program automatycznie znajdzie najbardziej optymalne rozwiązanie Z meny wybierz Wiggle All Program samodzielnie zoptymalizuje kształt Zgodnie ze wskazówkami zamień trzy fragmenty łańcucha głównego na typ Sheet: a) Z menu w lewym dolny rogu wybierz Mode->Structure Mode b) Wybierz odpowiednio trzy fragmenty i prawym przyciskiem myszy zaznacz każdy z nich c) Pojawi się meny z którego wybierz Assign Sheet Powtórz operacje trzykrotnie

Z menu w lewym dolnym rogu wybierz Wiggle all XVII XVIII Z meny w lewym rogu wybierz operację Wiggle all Program znajdzie samodzielnie optymalny kształt Jeżeli operacja będzie

kształt, który widoczny jest jako cień Prawym przyciskiem myszy wybierz środkowy odcinek dolnego łańcucha, pojawi się fioletowa kulka umożliwiająca ruch łańcucha zarówno

Aby przejść planszę wystarczy wybrać z menu w lewym dolnym rogu Shake Sidechains.

XX Ustaw białko tak cztery płaskie fragmenty białka były dobrze widoczne Zamroź jeden z dwóch środkowych fragmentów a następnie drugi z nich odsuń Stwórz własne wiązania,

7 Z menu w lewym dolnym rogu wybierz Wiggle all XVII XVIII Z meny w lewym rogu wybierz operację Wiggle all Program znajdzie samodzielnie optymalny kształt Jeżeli operacja będzie niewystarczająca powtórz całą procedurę dla komendy Shake Sidechains W tej planszy istotne jest aby użytkownik zauważył iż molekuła dąży w trakcie przemian do określonego kształt, który widoczny jest jako cień Prawym przyciskiem myszy wybierz środkowy odcinek dolnego łańcucha, pojawi się fioletowa kulka umożliwiająca ruch łańcucha zarówno dookoła osi jak i ruch bez zmiany kąta nachylenia Umieść cały łańcuch w miejscu zaznaczonym przez program Wybierz z menu w lewym dolnym rogu Shake Sidechains i Wiggle all XIX Aby przejść planszę wystarczy wybrać z menu w lewym dolnym rogu Shake Sidechains. Autorzy gry chcieli aby użytkownik zapoznał się w tym miejscu z możliwością obserwacji gęstości elektronów, jest to typowa plansza poglądowa. XX Ustaw białko tak cztery płaskie fragmenty białka były dobrze widoczne Zamroź jeden z dwóch środkowych fragmentów a następnie drugi z nich odsuń Stwórz własne wiązania, których celem będzie przywrócenie początkowej konformacji białka Włącz Wiggle all XXI Ustaw wartość clashing importance na wartości bliskiej 0.0 Z meny w lewym dolnym rogu wybierz Wiggle all W trakcie jak program będzie znajdywał optymalny kształt białka zwiększaj wartość clashing importance aż do osiągnięcia 1.0

XXII Z menu w lewym dolny rogu wybierz Show Alignment Naciśnij na białą kłódkę w lewym rogu nowego okna które

menu w lewym dolny rogu wybierz Show Alignment Naciśnij na białą kłódkę w lewym rogu nowego okna które pojawi się

planszy Wybierz z menu w lewym rogu Shake Sidechains Wybierz z menu w lewym rogu Wiggle all Plansza polega na

klawiszem myszy dwa fragmenty łańcucha głównego które zaznaczone są na czerwono Z menu które pojawi się w oknie

łańcuchy boczne tak aby zmniejszyć wolne przestrzenie w strukturze białka lub je całkowicie usunąć.

8 XXII Z menu w lewym dolny rogu wybierz Show Alignment Naciśnij na białą kłódkę w lewym rogu nowego okna które pojawi się na planszy Wybierz z menu w lewym rogu Shake Sidechains Wybierz z menu w lewym rogu Wiggle all XXIII Z menu w lewym dolny rogu wybierz Show Alignment Naciśnij na białą kłódkę w lewym rogu nowego okna które pojawi się na planszy Wybierz z menu w lewym rogu Shake Sidechains Wybierz z menu w lewym rogu Wiggle all XXIV XXV Z menu w lewym dolny rogu wybierz Show Alignment Naciśnij na białą kłódkę w lewym rogu nowego okna które pojawi się na planszy Wybierz z menu w lewym rogu Shake Sidechains Wybierz z menu w lewym rogu Wiggle all Plansza polega na zaprojektowaniu łańcuchów bocznych Wybierz z menu w lewym dolnym rogu Modes -> Design Mode Naciśnij prawym klawiszem myszy dwa fragmenty łańcucha głównego które zaznaczone są na czerwono Z menu które pojawi się w oknie wybierz własną kombinację łańcucha bocznego XXVI Plansza zbliżona do poprzedniej, należy wybrać odpowiednie łańcuchy boczne tak aby zmniejszyć wolne przestrzenie w strukturze białka lub je całkowicie usunąć. Sposób postępowania analogiczny jak dla planszy XXV

XXVII XXVIII Plansza zbliżona do poprzednich dwóch.

w lewym dolnym rogu wybierz Mutate Sidechains Program samodzielnie zoptymalizuje kształt w tym przypadku dokona odpowiednich mutacji zmienionego

Insert two between spowoduje to dodanie dwóch fragmentów do wyróżnionej helisy Z menu w lewym dolny rogu wybierz Wiggle all i Mutate Sidechains

9 XXVII XXVIII Plansza zbliżona do poprzednich dwóch. W pierwszej części należy zamienić łańcuch hydrofobowy na hydrofilowy, procedura z planszy XXV, a następnie postępuj zgodnie z instrukcją: Z menu w lewym dolnym rogu wybierz Mutate Sidechains Program samodzielnie zoptymalizuje kształt w tym przypadku dokona odpowiednich mutacji zmienionego łańcucha bocznego Z menu w lewym dolnym rogu wybierz Modes - >Design Mode Prawym przyciskiem myszy zaznacz wyróżnioną helisę i z meny wybierz Insert two between spowoduje to dodanie dwóch fragmentów do wyróżnionej helisy Z menu w lewym dolny rogu wybierz Wiggle all i Mutate Sidechains lub Shake Sidechains Program sam znajdzie najlepsze dopasowanie kształtu XXIX Lewym przyciskiem myszy staraj się tak przesunąć jeden z łańcuchów aby powstały wiązania wodorowe. (czerwone końce jednego z łańcuchów muszą znaleźć się odpowiednio blisko niebieskich końców drugiego łańcucha) Z menu w lewym dolny rogu wybierz Wiggle all Po znalezieniu optymalnego kształtu naciśnij STOP XXX Z menu w lewym dolnym rogu wybierz Wiggle all Program automatycznie znajdzie odpowiednie położenie łańcucha tak aby mogły wytworzyć się wiązania wodorowe

XXXI Z menu w lewym dolny rogu wybierz Modes -> Design Mode Prawym przyciskiem myszy zaznacz dolny fragment łańcucha DNA Wybierz odpowiednią zasadę azotową pamiętając które mogą łączyć się ze sobą w

Mode a następnie dobrać odpowiedni łańcuch boczny w dwóch wskazanych przez program miejscach (są one zaznaczone na czerwono) 3.

10 XXXI Z menu w lewym dolny rogu wybierz Modes -> Design Mode Prawym przyciskiem myszy zaznacz dolny fragment łańcucha DNA Wybierz odpowiednią zasadę azotową pamiętając które mogą łączyć się ze sobą w pary Operacje powtarzaj tak długo aż w każdym rzędzie będą albo dwie żółte zasady azotowe albo dwie różowe XXXII Plansza zbliżona do poprzedniej, z menu w dolnym rogu należy wybrać Modes ->Design Mode a następnie dobrać odpowiedni łańcuch boczny w dwóch wskazanych przez program miejscach (są one zaznaczone na czerwono) 3. Dodatki Różne dodatkowe informacje oraz instrukcje jak grać można znaleźć na stronach: Komentarze i uwagi Wszelkie komentarze i uwagi odnośnie skryptu proszę kierować na adres: artur.wrona@pwr.wroc.pl lub beowulfart@wp.pl

Podobne dokumenty

Rysunek 3. Rejestracja użytkownika i wybór wersji online/offline

Rysunek 3. Rejestracja użytkownika i wybór wersji online/offline Autor: Artur Wrona Instytut Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej WPPT, Politechnika Wrocławska, 2012 Wprowadzenie do programu Foldit 1. Wstęp Foldit jest programem-grą, który dzięki zastosowaniu ciekawych