Klastery. Analiza przestrzenna. Epidemiologii

Transkrypt

1 Klastery w Analiza przestrzenna Epidemiologii

2 Epidemiologia Dział medycyny zajmujący się badaniem przyczyn powstania, rozwoju, rozprzestrzeniania się chorób

3 John Snow

4 John Snow

5 John Snow

6 Analizy przestrzenne związane z mapą złożone obliczeniowo rozwój uwarunkowany rozwojem oprogramowania

7 Analizy przestrzenne 1854 John Snow GIS

8 Analizy przestrzenne 1854 John Snow GIS 1978 GPS

9 Analizy przestrzenne 1854 John Snow GIS 1978 GPS Dz. U. z 2014r. CODGiK

10 GIS Analizy przestrzenne DBF SHP

11 Moja praca PRWWR EuroCat

12 Moja praca PRWWR EuroCat GUS TERYT Wady TERYT UŻ CODGiK

13 Klastery w epidemiologii Wyszukiwanie nietypowych SKUPISK występowania chorób na określonym obszarze i w określonym czasie

14 Autokorelacja

15 Autokorelacja <0 losowość >0

16 Sąsiedztwo nr

17 Queen Sąsiedztwo

18 Sąsiedztwo Queen Euklidesowa

19 Sąsiedztwo Queen Euklidesowa Czebyszewa

20 * według definicji EUROCAT (2003r.) Definicja klasteru KLASTER w rozumieniu wad wrodzonych, to skupisko przypadków wystąpienia wad wrodzonych w czasie i / lub przestrzeni, które wydaje się być nieprzeciętne

21 Definicja klasteru KLASTER w rozumieniu wad wrodzonych, to skupisko przypadków wystąpienia wad wrodzonych w czasie i / lub przestrzeni, które wydaje się być nieprzeciętne Nieprzeciętne?

22 Definicja klasteru INNE niż zdefiniowana PRZECIĘTNOŚĆ Nieprzeciętne?

23 Definicja klasteru Statystyka Lokalna Moran Częstość w obiekcie wyższa niż średnia: wysokie wysokie wysokie - niskie Nieprzeciętne?

24 Definicja klasteru Statystyka Skanująca Kulldorffa Częstość wewnątrz okna wyższa niż na zewnątrz Nieprzeciętne?

25 Wyniki analiz Iloraz szans z 95% przedziałem ufności dolnośląskie kujawsko-pomorskie lubelskie lubuskie opolskie podkarpackie pomorskie śląskie warmińsko-mazurskie wielkopolskie zachodniopomorskie Wieś Miasto Rozszczep wargi i/lub podniebienia

26 Wyniki analiz Rozszczep wargi i/lub podniebienia

27 Wyniki analiz Rozszczep wargi i/lub podniebienia Klaster 1999 r Klaster: 24.05/10000 Poza kl.: 7.3 /10000 Wieś kl.: 32.5/10000 Miasto kl.: 20.4/10000

28 Wyniki analiz Dolnośląskie Kujawsko-pomorskie Lubelskie Lubuskie Opolskie Podkarpackie Pomorskie Śląskie Warmińsko-mazurskie Wielkopolskie Zachodniopomorskie Wytrzewienie

29 Wyniki analiz Wytrzewienie

30 Wyniki analiz Nie udało się znaleźć bezpośredniej przyczyny wewnętrznej typu: palenie papierosów wcześniejsze poronienia niska masa urodzeniowa wcześniejszy tydzień ciąży 1997 Powódź tysiąclecia, która objęła również obszary klasteru Wysokie częstości obserwowane były na terenie ówczesnej Czechosłowacji Ok 85% składowisk odpadów na terenach wiejskich woj. dolnośląskiego Generowane odpady przemysłowe >27% Niskie odsetki korzystania z wód wodociągowych (brak: 30%) i kanalizacji (brak: 91%) na terenach wiejskich (woj. dolnośląskiego) Nie można wykluczyć aspektu genetycznego

31 Definicja klasteru Statystyka CutLine Częstość wewnątrz obiektu (grupy obiektów) wyższa niż częstość zadana Nieprzeciętne?

32 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

33 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

34 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

35 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

36 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

37 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

38 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

39 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

40 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

41 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

42 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Dołączamy w oparciu o niegorszy wspóczynnik c j = d j X n CCCCCCC n j j Statystyka CutLine

43 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

44 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

45 Algorytm Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną Statystyka CutLine

46 Algorytm Binominal test for one proportion Wyznacz współczynniki dla gmin Podaj linię odcięcia CutLine Wygładź powierzchnię Znajdź punkty zaczepne Buduj klaster Połącz w klaster Badaj istotność statystyczną correction of multiple comparisons Statystyka CutLine

47 Symulacja Statystyka CutLine

48 Symulacja Populacja N = Statystyka CutLine

49 Symulacja Populacja N = Chorzy D=3333 Statystyka CutLine

50 Symulacja Populacja N = Chorzy D=3333 pppp = D N Statystyka CutLine

51 Symulacja brak klasterów 𝑯𝟎 : 𝒅𝟏, 𝒅𝟐,, 𝒅𝒎 ~𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎 występowanie klasterów 𝒅𝟏 𝒅𝟐 𝒅𝒎,,, 𝒏𝟏 𝒏𝟐 𝒏𝒎 𝑯𝑨 : 𝒅𝟏, 𝒅𝟐,, 𝒅𝒎 ~𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎𝒎 𝒓𝟏 𝒅𝟏 𝒅 𝒅, 𝒓𝟐 𝟐,, 𝒓 𝒎 𝒎 𝒏𝟏 𝒏𝟐 𝒏𝒎 S tatystyka C ut L ine

52 Symulacja 100 powtórzeń RR=1 RR=1.5 CutLine Kulldorff s scan statistic RR=2.5 RR=4 RR= S tatystyka C ut L ine

53 Symulacja RR=2.5 S tatystyka C ut L ine

54 Symulacja RR=2.5 S tatystyka C ut L ine

55 Symulacja Methods Sensitivity Specificity PPV NPV Accuracy (1) rozkład losowy RR=1 CutLine Kulldorff s scan statistic (2a) dwa klastery RR=1.5 RR=2.5 RR=4 RR=10 CutLine Kulldorff s scan statistic CutLine Kulldorff s scan statistic CutLine Kulldorff s scan statistic CutLine Kulldorff s scan statistic (2b) klaster wzdłuż rzeki RR=1.5 RR=2.5 RR=4 RR=10 CutLine Kulldorff s scan statistic CutLine Kulldorff s scan statistic CutLine Kulldorff s scan statistic CutLine Kulldorff s scan statistic S tatystyka C ut L ine

56 Metoda oprogramowana Statystyka CutLine

57 Barbara Więckowska Dziękuję