Analiza częstości mutacji w parach ojciec-syn w wybranych

Transkrypt

1 ARCH. MED. SĄD. KRYMINOL., 2012, LXII, PRACE ORYGINALNE / ORIGINAL PAPERS Joanna Wysocka, Aneta Stasiewicz 1, Krzysztof Rębała, Ewa Kapińska, Lidia Cybulska, Zofia Szczerkowska Analiza częstości w parach ojciec-syn w wybranych markerach Y-STR Analysis of in father-son pairs within selected Y-STR loci Z Katedry i Zakładu Medycyny Sądowej Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego Kierownik: dr hab. med. Z. Jankowski 1 Z Samodzielnej Pracowni Embriologii Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego Kierownik: dr hab. M. Cichorek Określono mutacyjność markerów loci chromosomu Y w 200 parach ojciec-syn z terenu Polski północnej, w których ojcostwo potwierdzono uprzednio w analizach autosomalnych systemów STR (PI>= ) badając standardowo profil genetyczny matki, dziecka i domniemanego ojca. Zakres badań obejmował 18 markerów typu Y-STR. W przeanalizowanej grupie zaobserwowano 11. Pięć z nich miało charakter insercyjny, natomiast pozostałe sześć to mutacje delecyjne. Większość niezgodności wynikała ze zmiany liczby pojedynczego powtórzenia jednostki repetytywnej. W locus DYS385, w dwóch parach ojciec/syn, obserwowano utratę dwóch jednostek repetytywnych. Całkowita częstość dla 18-tu markerów chromosomu Y wyniosła 0,0031. W loci Y-STR 200-tu zbadanych par ojciec/syn nie zaobserwowano znaczących różnic w wartości częstości z danymi pochodzącymi ze światowej bazy danych YHRD. The objective of the study was to examine the mutation rates of Y-chromosomal STR from father- -son pairs. The paternity in these cases was confirmed previously with the use of autosomal STR system performing standard analyses of genetic profiles of the mother, child and putative father (PI>=100000). We examined 200 father-son sample pairs from Northern Poland using the Y-STR 18-plex. We identified eleven. Five resulted in the gain of a repeat in the sons chromosome and six resulted in a loss of a repeat. All the samples resulted in single repeat from one sample, which contained a two repeat loss at DYS385. The overall average mutation rate estimate was There was no significant difference in the mutation rate between Y-STR loci of the 200 tested father-son pairs and the YHRD base. Słowa kluczowe: Y-STR, częstości, ustalanie ojcostwa Key words: Y-STR, mutation rates, paternity testing WSTĘP Określenie polimorficznych sekwencji DNA stało się w ostatnich latach rutynową praktyką laboratoriów genetyczno-sądowych. Wykorzystuje się je w szerokim zakresie zarówno w badaniu śladów biologicznych i identyfikacji osobniczej, jak również w ustalaniu pokrewieństwa, w tym ojcostwa. Początkowo w badaniach znalazły zastosowanie markery chromosomów autosomalnych, zwłaszcza krótkie repetytywne powtórzenia nukleotydowe typu STR. Stało się tak z uwagi na powszechność ich występowania w genomie ludzkim i wysoki polimorfizm. W ostatnich latach obiektem dużego zainteresowania genetyków sądowych stały się polimorficzne markery płci, a zwłaszcza chromosomu Y. Stanowi on zaledwie 2% genomu człowieka, a większa jego część (95%) nie podlega rekombinacji. Posiada jednak szczególne właściwości

2 148 Joanna Wysocka, Aneta Stasiewicz, Krzysztof Rębała, Ewa Kapińska, Lidia Cybulska, Zofia Szczerkowska Nr 3 charakterystyczny jest dla osobników płci męskiej i dziedziczony jest w linii ojciec-syn. Ta unikalna specyfika chromosomu Y sprawia, że oznaczenie jego markerów jest niezwykle przydatne w sprawach dotyczących m.in. dochodzenia ojcostwa (gdy dziecko jest płci męskiej). W każdym przypadku badań DNA w ustalaniu ojcostwa, w którym obserwuje się zgodność profili DNA domniemanego ojca i dziecka, niezbędna jest analiza statystyczna otrzymanych wyników. W rachunku tym brana jest pod uwagę częstość występowania w populacji układu cech odziedziczonych po ojcu, z uwzględnieniem ewentualnych, których obecność w znaczący sposób obniża indeks ojcostwa, a tym samym, prawdopodobieństwo ojcostwa. Najprostszym sposobem ich analizy jest bezpośrednia detekcja przez genotypowanie. Z badań J. C. Roach wynika, że średni stopień u człowieka wynosi ~1,1x10-8 na zasadę w haploidalnym genomie [1], zaś średnia częstość dla wszystkich 17 Y-STR loci (zestaw AmpFISTRY- -filer f-my Applied Biosystems) osiąga wartość 0,0025 [2]. W niniejszych badaniach podjęto ocenę częstości dla 18-tu Y-STR loci znajdujących coraz częstsze zastosowanie w genetyce sądowej [3]. MATERIAŁ I METODY Materiał do badań stanowił DNA wyizolowany z krwi lub wymazów z jamy ustnej pochodzący od 200-tu par ojciec-syn z terenu Polski północnej, w których ojcostwo potwierdzono analizą autosomalnych systemów STR (PI>= ) archiwum Katedry i Zakładu Medycyny Sądowej GUMed). Zakres badań obejmował Y-STR 18-plex: DYS19, DYS385a/b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS388, DYS426, DYS437, DYS348, DYS439, DYS460, GATA H4.1, YCA II. Reakcję PCR przeprowadzono w termocyclerze Mastercycler Gradient (f-my Eppendorf) w całkowitej objętości 5 µl, w warunkach opisanych przez K. Rębałę [3]. Produkty amplifikacji rozdzielano drogą elektroforezy kapilarnej przy użyciu analizatora genetycznego 3130 ABI Prism (Applied Biosystems) i genetypowano stosując program GeneMapper Id v.3.2 software. WYNIKI I DYSKUSJA Analizie poddano 18 markerów Y-STR: DYS19, DYS385a/b, DYS383I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS426, DYS437, DYS438, DYS439, DYS460, GATA H4.1, YCA II, DYS388. W tym zakresie mieści się 9 systemów tworzących tzw. minimalny haplotyp. Przyjęte nazewnictwo alleli było zgodne z zaleceniami ISFG. Wśród poddanych badaniom osób w obrębie 18- tu Y-STR loci zaobserwowano 11 niezgodności w parach ojciec-syn. Pięć z nich wynikało z pojawienia się dodatkowej jednostki repetytywnej u dziecka (insercja), sześć pozostałych było wynikiem jej utraty (delecja). Podczas analizy badanych próbek określono profil DNA zawierający dodatkowy allel. W locus DYS438 u ojca zaobserwowano duplikację, obecność dwóch alleli 9 i 11, podczas gdy u dziecka w tym samym markerze genetycznym pojawił się tylko allel 11 (tabela I). Tabela I. Rodzaje zaobserwowanych w 200-tu parach ojciec-syn w 18-tu Y-STR loci. Table I. Types of observed in 200 father-son pairs in 18 Y-STR loci. Lp. Allel ojca Paternal allele Allel syna Filial allele Rodzaj Type of mutation 1 DYS39 II insercja / insertion 2 DYS insercja / insertion 3 DYS insercja / insertion 4 DYS 389 I insercja / insertion 5 DYS insercja / insertion 6 DYS delecja / deletion 7 DYS 385 a/b 14,17 12,17 delecja / deletion 8 DYS 385 a/b 11,14 11,12 delecja / deletion 9 DYS 385 a/b 14,16 14,15 delecja / deletion 10 DYS delecja / deletion 11 DYS 438 9,11 11 duplikacja / duplication

3 Nr 3 ANALIZA CZĘSTOŚCI MUTACJI W PARACH OJCIEC SYN W WYBRANYCH MARKERACH Y-STR 149 Większość niezgodności w parach ojciec-syn, które odnotowano przy analizie markerów Y-STR było konsekwencją zmiany długości allela o pojedynczą jednostkę repetytywną (tabela II). W jednym przypadku zaobserwowano obecność dodatkowej w obrębie markerów autosomalnych. Tabela II. Liczba i częstość w 18-tu Y-STR loci wykazanych w analizowanej populacji Polski północnej. Table II. The number and frequency of in 18 Y-STR loci observed in the population of Northern Poland. Najwyższa obliczona wartość częstości wynosiła 0,015 i wystąpiła w locus DYS385, który został uznany za najbardziej polimorficzny marker badanego multipleksu [3]. Ten sam parametr w oparciu o analizę znacznie większej populacji (aż par mężczyzn) wyniósł zaledwie 0,00213 [4]. Na podstawie przeprowadzonych badań zauważono, że jedynie w przypadku delecyjnej, zmiany, które zaszły dotyczyły utraty dwóch jednostek repetytywnych. W wysoce polimorficznym markerze DYS 385 a/b zaobserwowano 3 niezgodności w parach ojciec-syn, w tym dwie, które dotyczyły utraty dwóch jednostek repetytywnych (ryc. 1). Liczba Number of Mejozy Meioses Częstość Frequency of DYS DYS 389 I ,005 DYS DYS ,005 DYS 389 II ,005 DYS DYS YCA II DYS ,010 DYS 385 a/b ,015 DYS ,005 GATA H DYS DYS ,005 DYS ,005 DYS Całkowita częstość Total frequency of ,0031 Ryc. 1. Elektroforegram przedstawiający zmianę długości allela o dwie jednostki repetytywne w locus DYS385 (panel górny syn, panel środkowy ojciec). Fig. 1. Electropherogram presenting a change in the length of the allele, resulting in a shift from allele 14 to 12, in DYS438 locus (upper panel son, middle panel father). W sześciu markerach: DYS389 I, DYS439, DYS389 II, DYS460, DYS19 oraz DYS438 wystąpiły pojedyncze mutacje, a ich częstość dla wszystkich wynosiła 0,005. Częstości wykazane w przeprowadzonych badaniach nie odbiegają w znaczący sposób od wyników przeanalizowanych tysięcy par ojciec- -syn z obszaru całego świata. Niewielkie rozbieżności zaobserwowane w częstościach dla

4 150 Joanna Wysocka, Aneta Stasiewicz, Krzysztof Rębała, Ewa Kapińska, Lidia Cybulska, Zofia Szczerkowska Nr 3 poszczególnych markerów chromosomu Y badanej grupy 200 par ojciec-syn wynikają z różnicy pomiędzy liczebnością zbadanych mejoz. Obliczona całkowita częstość dla badanego multipleksu Y-STR wyniosła 0,0031. Zbliżoną średnią wartość zaobserwowano dla 17 loci Y-STR (Y-filer, Applied Biosystems), analizując dwukrotnie większą grupę osób [5]. W tabeli III przedstawiono uzyskane wyniki wraz z danymi występującymi w międzynarodowej bazie danych YHRD i z publikacji naukowych [2, 4, 6, 7]. Uzyskane wyniki badań i dane z innych populacji wskazują, że mutacje w markerach Y-STR pojawiają się niezwykle rzadko, stąd ich wysoka przydatność w genetyce sądowej. Mutacje w markerach Y-STR występują znacznie rzadziej niż w loci autosomalnych [8]. Zmienność mutacyjna jest podstawą procesów ewolucyjnych. Dzięki niej powstają nowe allele, a tym samym wzrasta polimorficzność genu, przyczyniając się do zwiększenia jego informatywności. Odkąd istotne zróżnicowanie haplotypów Y-STR pomiędzy populacjami, jak i wewnątrz nich znalazło szerokie zastosowanie w badaniach filogenetycznych, ewolucyjnych, a przede wszystkim w medycynie sądowej w ustalaniu pokrewieństwa, w tym ojcostwa, zestaw analizowanych i dobrze poznanych markerów sukcesywnie rośnie. Wykazane w przedstawionej pracy właściwości mutacyjne loci Y-STR mają znaczący wpływ na interpretację wyników, stąd znajomość współczynnika dla poszczególnych markerów genetycznych wydaje się być niezbędną do prawidłowego opiniowania w sprawach sądowych. Wiedza ta jest konieczna szczególnie w przypadkach analizy pokrewieństwa, gdy dostępny jest wyłącznie materiał porównawczy od osób niespokrewnionych w pierwszej linii [9]. Tabela III. Tabela przedstawiająca obliczone częstości dla 200 par ojciec- -syn wraz z danymi występującymi w międzynarodowej bazie danych YHRD i z publikacji naukowych. Table III. Mutation rates for 200 father-son pairs with the data from YHRD database scientific papers. YHRD/ dane z literatury + badana próbka 200 par ojciec/syn YHRD/data from literature + investigated sample of 200 father-son pairs Mutacje Mutations Mejozy Meioses Częstość Frequency of DYS `821 0,00256 DYS 389 I 35 13`674 0,00256 DYS `987 0,00120 DYS `982 0,00520 DYS 389 II 50 13`645 0,00366 DYS `008 0,00039 DYS ` DYS `539 0,00103 YCAII a/b 0 1` DYS `947 0,00220 DYS 385 a/b 57 25`506 0,00223 DYS `310 0,00229 GATA H `595 0,00236 DYS ` DYS `425 0,00233 DYS `753 0,00040

5 Nr 3 ANALIZA CZĘSTOŚCI MUTACJI W PARACH OJCIEC SYN W WYBRANYCH MARKERACH Y-STR 151 PIŚMIENNICTWO 1. Roach J. C., Glusman G., Smit A. F. A i wsp.: Analysis of Genetic Inheritance in a Family Quartet by Whole-Genome Sequencing. Science, 2010, 328: Goedbloed M. i wsp.: Comprehensive mutation of 17 Y-chromosomal short tandem repeat polymorphisms included in the AmpFISTR Yfiler PCR amplification kit; International Journal of Legal Medicine. 2009, 6: Rębała K., Szczerkowska Z.: Polish population study on Y chromosome haplotypes defined by 18 STR loci, International Journal of Legal Medicine. 2005, 119: Roewer L.: Jaki ojciec taki syn, Genetyka i prawo, Kwartalnik Naukowy Zakładu Genetyki Molekularnej i Sądowej. Bydgoszcz 2009, 2: Hadley K. i wsp.: Non-paternity and locus Specific Mutation Rates of 36 Y Chromosome STRs, American Society of Human Genetics, Pepiński W. i wsp.: Population genetics of Y- chromosome STRs in a population of Podlasie, northeastern Poland, Forensic Sci. Int. 2004, 144: Decker A. i wsp.: Analysis of mutation in father-son pairs with 17 Y-STR loci, Forensic Sci. Int.: Genetics. 2008, 2: Woźniak M., Skowron A., Bednarek J.: Ocena polimorfizmu loci STR chromosomu Y: DYS 19, DYS 389I, DYS 389II i DYS 390 w populacji Kujawsko-Pomorskiej, Arch. Med. Sąd. Kryminol. 2001, 3: Adres do korespondencji: Dr n. med. Joanna Wysocka wysocka@gumed.edu.pl Katedra i Zakład Medycyny Sądowej Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego ul. Dębowa Gdańsk