Dr hab. inż.tomasz Markiewicz

Podobne dokumenty
PIKAOM Platforma Internetowa Komputerowej Analizy Obrazów Medycznych. Dr hab. inż.tomasz Markiewicz Andrzej Kowalski

Platforma internetowa komputerowej analizy obrazów mikroskopowych do wspomagania współczesnej diagnostyki patomorfologicznej

Autoreferat rozprawy doktorskiej

ć Ł Ł ć Ż Ż Ł Ż

Ł Ł Ź

Metoda cyfrowej korelacji obrazu w badaniach geosyntetyków i innych materiałów drogowych

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

XVIII Seminarium Naukowe Tomografia procesowa aplikacje, systemy pomiarowe i algorytmy numeryczne

System IntelliSpace w codziennej praktyce prof. dr hab. n. med. Marek Dedecjus Centrum Onkologii- Instytut im. Marii Skłodwskiej Curie w Warszawie

LIDER MAŁOPOLSKI 2011 Nagroda specjalna dla Narodowego Centrum Nauki

Materiał tkankowy opracowano z godnie z obowiązującymi standardami.

Planowanie, realizacja i dokumentacja wzorcowego procesu digitalizacji 3D

KARTA PRZEDMIOTU / SYLABUS Wydział Nauk o Zdrowiu PIELĘGNIARSTWO ogólnoakademicki x praktyczny inny jaki. Zakład Statystyki i Informatyki Medycznej

Warszwa, Polska. Platforma do wymiany obrazów radiologicznych oraz telekonsultacji.

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

Załącznik nr 5 do materiałów informacyjnych PRO

Wydział Informatyki, Elektroniki i Telekomunikacji. Katedra Informatyki

Opracowanie systemu sterowania wybranej linii technologicznej z uwzględnieniem zagadnień inżynierii oprogramowania

PLATFORMA DO PRZETWARZANIA ZDJĘĆ TOMOGRAFII KOMPUTEROWEJ MÓZGU ORAZ ZDJĘĆ MAMMOGRAFICZNYCH WSPOMAGAJĄCA DIAGNOZOWANIE CHORÓB

STUDIA I MONOGRAFIE NR

Forum ezdrowia Sopot 2018

Jakub Kisielewski.

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

Funkcjonalność oprogramowania Bazy Wiedzy i Repozytorium Politechniki Warszawskiej

ZAKŁAD INŻYNIERII BIOMEDYCZNEJ

XII Seminarium Naukowe Tomografia procesowa aplikacje, systemy pomiarowe i algorytmy numeryczne

Nazwa i adres Wojewódzkiego Ośrodka Koordynującego. Data, miejscowość. Numer protokołu kontroli. Nazwa i adres świadczeniodawcy.

dr hab. inż. Lidia Jackowska-Strumiłło, prof. PŁ Instytut Informatyki Stosowanej, PŁ

Projektowanie Wirtualne bloki tematyczne PW I

SZCZEGÓŁOWY OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA (dotyczy każdej części zamówienia)

PROGRAM NAUCZANIA PRZEDMIOTU FAKULTATYWNEGO NA WYDZIALE LEKARSKIM I ROK AKADEMICKI 2014/2015 PRZEWODNIK DYDAKTYCZNY

Cyfrowe przetwarzanie obrazu w praktyce diagnostycznej

KARTA PRZEDMIOTU / SYLABUS Wydział Nauk o Zdrowiu ELEKTROLADIOLOGIA ogólnoakademicki praktyczny inny jaki. Zakład Statystyki i Informatyki Medycznej

Dr Stefan Szyszko Dyrektor Działu Zarządzania Informacją Ubezpieczeniową Polska Izba Ubezpieczeń. Warszawa, 19 kwietnia 2010 r.

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

Regulamin Komisji do spraw Licencji Polskiego Towarzystwa Patologów

Tom 6 Opis oprogramowania

PROJEKT Z BAZ DANYCH

PRZEWODNIK dydaktyczny z patomorfologii

Michał Strzelecki Metody przetwarzania i analizy obrazów biomedycznych (3)

HERIe - oprogramowanie do ilościowej oceny zagrożenia obiektów zabytkowych przez wahania parametrów klimatycznych. Arkadiusz Kupczak, Artur Działo

WOJEWÓDZKI OŚRODEK KOORDYNACYJNY.

FORMATY PLIKÓW GRAFICZNYCH

Plan studiów na kierunku inżynieria biomedyczna studia stacjonarne WL CM UMK obowiązujący studentów rozpoczynających naukę w roku akad.

Ź Ć Ż Ż Ź Ź ż ż Ć Ć

Projekt współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka

VI Seminarium Naukowe Tomografia procesowa aplikacje, systemy pomiarowe i algorytmy numeryczne - relacja

Politechnika Łódzka Biblioteka. Dokumentowanie i rozpowszechniania informacji o publikacjach naukowych pracowników Politechniki Łódzkiej

Ż ć

LABORATORIUM 8,9: BAZA DANYCH MS-ACCESS

ż Ę Ę ż ż

ć ż ż ć ż Ł ć ż ć

Tematyka seminariów z informatyki dla studentów I roku kierunku lekarsko-dentystycznego w roku akademickim 2017/2018.

PRZEWODNIK I PROGRAM NAUCZANIA PRZEDMIOTU FAKULTATYWNEGO NA WYDZIALE LEKARSKIM I dla STUDENTÓW I ROKU STUDIÓW


Narodowe Centrum Nauki a Uniwersytet Jagielloński. Kraków, 19 grudnia 2012 Andrzej Jajszczyk

Ą

Zintegrowany system zmniejszenia eksploatacyjnej energochłonności budynków. Konsorcjum:

SYMULACYJNE BADANIE SKUTECZNOŚCI AMUNICJI ODŁAMKOWEJ

LABORATORIUM WIRTUALNE W DYDAKTYCE I BADANIACH NAUKOWYCH

Ż ć Ż ż ć ż Ż Ż Ż ć ż Ż Ż ć

Wykorzystanie innowacyjnego programu komputerowego AnalizatorOZE do oceny bilansów energii w budynkach mieszkalnych

WYKONANIE OPROGRAMOWANIA DEDYKOWANEGO

WYZNACZANIE NIEPEWNOŚCI POMIARU METODAMI SYMULACYJNYMI

Biomedyczne repozytorium mikroskopowych obrazów i sygnałów

SYSTEM ZARZĄDZANIA DANYMI OSOBOWYMI - INSTRUKCJA UŻYTKOWNIKA

XI Seminarium Naukowe Tomografia procesowa aplikacje, systemy pomiarowe i algorytmy numeryczne

Ż Ł Ń

Ń ć ć ć

Patomorfologia. 1. Metryczka. 2. Cele kształcenia. WYDZIAŁ FARMACEUTYCZNY z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej

METADANE GEOINFORMACYJNE PODLASIA

RIS. Razem budujemy jakość w radiologii

OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA

Aktualizacja

KARTA PRZEDMIOTU / SYLABUS

Zastosowanie Informatyki w Medycynie

Zak?ad Patologii Nowotworów Published on?co Kielce (

Agnieszka Markowska-Radomska

PROGRAM NAUCZANIA PRZEDMIOTU FAKULTATYWNEGO NA WYDZIALE LEKARSKIM I ROK AKADEMICKI 2015/2016 PRZEWODNIK DYDAKTYCZNY

Prezentacja założeo projektu Obserwatorium losów zawodowych absolwentów uczelni wyższych

Ewidencja dorobku naukowego lata wcześniejsze

Zapewniamy indywidualny tryb szkolenia praktycznego na dwu i wielostanowiskowych mikroskopach.

Marlena Plebańska, Piotr Kopciał Ośrodek Kształcenia na Odległość OKNO Politechnika Warszawska

Spółka z o.o. UCZESTNICY WARSZTATÓW: Lekarze rezydenci i specjaliści, technicy w pracowniach diagnostycznych i histopatologicznych

KARTA PRZEDMIOTU / SYLABUS

ASAP Akademicki System Archiwizacji Prac

Baza Wiedzy Politechniki Warszawskiej uregulowania prawne, organizacja. Jolanta Stępniak Biblioteka Główna Politechniki Warszawskiej

Instrukcja dla użytkowników Bazy Wiedzy Wojskowej Akademii Technicznej

Spis treści. Wstęp Część I Internet rozwiązania techniczne... 13

SYSTEM BIOMETRYCZNY IDENTYFIKUJĄCY OSOBY NA PODSTAWIE CECH OSOBNICZYCH TWARZY. Autorzy: M. Lewicka, K. Stańczyk

Wykaz tematów prac inżynierskich dla studentów studiów stacjonarnych kierunku Informatyka i agroinżynieria w roku akademickim 2013/2014

PRZEWODNIK dydaktyczny z patomorfologii

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

Perspektywa Technologiczna Kraków-Małopolska 2020

GEOHeritage Cyfrowe kopie obiektów dziedzictwa kulturowego w systemie informacji geograficznej Geneza projektu, założenia, przyjęte rozwiązania

Budowa uniwersalnej architektury dla Laboratorium Wirtualnego

PRZEWODNIK dydaktyczny z patologii

ZASADY REALIZACJI PROGRAMU PROFILAKTYKI RAKA SZYJKI MACICY

Katedra Inżynierii Oprogramowania Tematy prac dyplomowych inżynierskich STUDIA NIESTACJONARNE (ZAOCZNE)

Politechnika Gdańska Wydział Elektrotechniki i Automatyki Katedra Elektroenergetyki Technologie informatyczne

Transkrypt:

PIKAOM czyli projekt konsultacyjnej platformy internetowej dla komputerowych analiz obrazów wspierających diagnostykę histopatologiczną w Wojskowym Instytucie Medycznym. Dr hab. inż.tomasz Markiewicz

PIKAOM co to jest? Platforma Internetowa Komputerowej Analizy Obrazów Mikroskopowych wspomagająca diagnostykę patomorfologiczną. Platforma dla zarejestrowanych lekarzy, naukowców i studentów bezpłatnie. Analiza ilościowa obrazów histopatologicznych wybranych odczynów i tkanek za pomocą algorytmów firmowanych przez autorów projektu. Archiwizacja obrazów mikroskopowych. Prowadzenie wzajemnych konsultacji dotyczących wybranych preparatów. Wspólne badania naukowe.

Instytucje (Lider) Wojskowy Instytut Medyczny, Zakład Patomorfologii i Oddział Teleinformatyki. Politechnika Warszawska, Instytut Elektrotechniki Teoretycznej i Systemów Informacyjno-Pomiarowych. Polska Akademia Nauk, Instytut Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej.

Zespół Kierownik Projektu: dr hab. inż. Tomasz Markiewicz. WIM - Zakład Patomorfologii: prof. Wojciech Kozłowski, lek. B. Grala, lek. J. Patera, lek. M. Lorent, prof. J. Słodkowska, lek. S. Cierniak. WIM - Oddział Teleinformatyki: dr Piotr Murawski, A. Kowalski, P. Zapała, A. Wycech. PW: T. Markiewicz, mgr inż. Ż. Świderska-Chadaj, mgr inż. M. Wdowiak, prof. S. Osowski, dr. T. Leś, dr hab. K. Siwek. IBIB PAN: dr Anna Korzyoska, dr hab. D. Pijanowska, mgr inż. Ł. Roszkowiak, mrg inż. Jakub Żak, mgr inż. A. Wesołowska.

Plan projektu - Zadania Utworzenie platformy internetowej do analizy obrazów histopatologicznych. Opracowanie i implementacja algorytmów standaryzacji i analizy obrazów oraz ich weryfikacja na reprezentatywnej bazie danych. Rozszerzenie opracowanych metod analizy na preparaty wirtualne. Weryfikacja działalności systemu przez zewnętrzne jednostki naukowe.

Architektura

Strona przeglądania danych

Założenia projektu Analiza wybranych rodzajów odczynów oraz tkanek ocena ilościowa. Analiza obrazów histopatologicznych (odpowiadających polu widzenia w mikroskopie) i wirtualnych preparatów. Obrazy, opis przypadków i wyniki analizy przechowywane w bazie danych. Warunkowe publikowanie przypadków.

Proponowane scenariusze użycia Zawsze określony i zweryfikowany użytkownik logowanie. Grupa badawcza grupowe udostępnianie przypadków. Możliwośd wzajemnych konsultacji. Baza prezentacyjno edukacyjna przypadków.

Kryteria dla preparatów Kryteria poprawności przygotowania preparatów problem standaryzacji i jakości. Szczegółowe kryteria przygotowania i akwizycji obrazów oraz zapewnienia niezbędnych danych technicznych. Obsługiwane formaty danych i ich jakośd (otwartośd).

Obsługiwane formaty danych Formaty plików graficznych jpg, tiff, itp. Formaty WSI: 3DHistech mrxs Dane struktura plików Czas skanowania 1 min. 20 sek. Rozmiar piksela (rozdzielczośd) 0.24 µm/piksel Rozmiar danych 2.6 GB (kompresja do 80%)

Obsługiwane formaty danych Leica (Aperio) svs Dane jeden plik Czas skanowania? Rozmiar piksela (rozdzielczośd) 0.28µm/piksel Rozmiar danych 0.6 GB (kompresja do 30%) Hamamatsu ndpi Dane jeden plik Czas skanowania 9 min. 51 sek. Rozmiar piksela (rozdzielczośd) 0.22µm/piksel Rozmiar danych 4.03 GB (kompresja do 80%) Philips bigtiff Dane jeden plik Czas skanowania ~ 6 min.

Wyświetlanie - DZI Deep Zoom Image

Przeglądanie plików WSI

Algorytmy analizy ilościowej Odczyny jądrowe ER, PgR, Ki-67 (rak gruczołu piersiowego, nowotwory OUN), Odczyny błonowe HER-2/neu (rak gruczołu piersiowego, badania nad rakiem nerki), Odczyny molekularne CISH (rak gruczołu piersiowego), Wyznaczanie pól hot-spot Ki-67 (nowotwory OUN, w planie guzy neuroendokrynne).

Przykładowy algorytm

Przykład analiz pojedynczego pola widzenia (Ki-67, oponiak)

Wybór pól hot-spot Autorski algorytm oparty na procesie stopniowego wygaszania pól hot-spot. Dla WSI (obiektyw 20x) w pomniejszeniu 8-mio krotnym tworzona jest maska preparatu oraz rozkładu komórek immunododatnich. Po wyborze kolejnego pola z najwyższą koncentracją komórek immunododatnich mapa ich gęstości jest modyfikowana zgodnie ze wzorem:

skorygowany Wybór pól hot-spot 1 i 0.5 2 x x y y 2 W ten sposób obniża się wskaźnik koncentracji komórek E dając możliwośd zwycięstwa innemu regionowi proliferacji guza. Współczynnik został dobrany eksperymentalnie (wartośd 0.2, dla której uzyskano najlepszą zgodnośd wyboru pól przez algorytm i przez ekspertów). i 1 i

Wybór pól hot-spot - przykład 0

Wybór pól hot-spot - przykład 0. 2

Ocena Ki-67 w 20 polach widzenia

https://demopikaom.wim.mil.pl https://pikaom.wim.mil.pl Podziękowania Projekt jest finansowany w ramach Programu Badao Stosowanych Narodowego Centrum Badao i Rozwoju, PBS2/A9/21/2013 w latach 2013-2016.

Dziękuję za uwagę