Molecular Modeling of Small and Medium Size Molecular Systems. Structure and Spectroscopy



Podobne dokumenty
Obliczanie Dokładnych Parametrów NMR Charakterystyka struktury i parametrów spektroskopowych wybranych układów molekularnych

Małe, średnie i... nano. Modelowanie molekularne w Opolu (i nie tylko) Teobald Kupka, Małgorzata A. Broda

THEORETICAL STUDIES ON CHEMICAL SHIFTS OF 3,6 DIIODO 9 ETHYL 9H CARBAZOLE

Aromatic or Not? An Insight from the Calculated Magnetic Indexes

Dr Aneta Buczek. Miejsce pracy i zajmowane stanowiska. Działalność naukowa. Nagrody i wyróŝnienia. Kontakt:

Plan prezentacji. Wprowadzenie Metody Wyniki Wnioski Podziękowania. Yaghi et al. Nature 2003, 423, 705 2

Charakterystyka strukturalna i spektroskopowa wybranych nanostruktur węglowych

SPRAWOZDANIE z grantu obliczeniowego za rok 2011

THEORETICAL AND EXPERIMENTAL NMR STUDIES ON CARBAZOLES

Czy poprawki ZPV do stałych ekranowania zależą od konformacji? Przypadek dimetoksymetanu

Wpływ heterocyklicznego ugrupowania na natywną konformację naturalnych peptydów

Infrastruktura PLGrid

Fiszka oferty usług proinnowacyjnych

PLGrid: informatyczne usługi i narzędzia wsparcia w nauce

Proceedings. Conference. Zakopane. Fifth ACC Cyfronet AGH Users'

All-Poland Scientific Conference

Spatial planning in floodplains in mountain catchments of different row, in the basin of the Upper Vistula and the Upper and Central Odra

Institute of Metallurgy and Materials Science, Polish Academy of Sciences: metallurgist (since 2010), assistant professor (since 2014).

photo graphic Jan Witkowski Project for exhibition compositions typography colors : : janwi@janwi.com

CHARAKTERYSTYKA STRUKTURALNA I SPEKTROSKOPOWA WYBRANYCH POCHODNYCH KARBAZOLU

Supplementary Information

Metody obliczeniowe i krystalografia polskim oraz angielskim) Theoretical calculation methods and crystalography Jednostka oferująca przedmiot

Przejścia fazowe w uogólnionym modelu modelu q-wyborcy na grafie zupełnym

Szanowni Państwo, Koleżanki i Koledzy,

POLISH POLITICAL SCIENCE YEARBOOK 2015, Vol. 44 PL ISSN NOTES ABOUT AUTHORS

Strukturalne, elektryczne i optyczne właściwości kompleksów i materiałów molekularnych Sprawozdanie za rok 2013

ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH. Witold Danikiewicz. Instytut Chemii Organicznej PAN ul. Kasprzaka 44/52, Warszawa

Uniwersytet Rzeszowski

Informacje ogólne o kierunku studiów

BridgeCloud Project CASE STUDY

STUDIA TURYSTYKI I REKREACJI W POLSCE

Sesje Sprawozdawcze IChF. Sesja: I, II, III, IV, V, VI, VII, VIII, IX, X, XI Wykłady zaproszonych gości. I Sesja Sprawozdawcza IChF PAN

Abstracts of the. BIO 2016 Congress. 2nd Congress of the Polish Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics

MULTI-MODEL PROJECTION OF TEMPERATURE EXTREMES IN POLAND IN

INADEQUATE-ID I DYNAMICZNY NMR MEZOJONOWYCH. 3-FENYLO-l-TIO-2,3,4-TRIAZOLO-5-METYUDÓW. Wojciech Bocian, Lech Stefaniak

PLANY I PROGRAMY STUDIÓW

WULS Plant Health-Warsaw Plant Health Initiative Regpot (EU FP7)

Infrastruktura PLGrid: narzędzia wsparcia w nauce i dydaktyce. Mariola Czuchry, Klemens Noga, Katarzyna Zaczek. ACK Cyfronet AGH

PLANY I PROGRAMY STUDIÓW

PLAN STUDIÓW. efekty kształcenia

Recenzja Dorobku Naukowego nauk chemicznych chemia Michała H. Jamroza,

KATOWICE SPECIAL ECONOMIC ZONE GLIWICE SUBZONE and its influence on local economy KATOWICE SPECIAL ECONOMIC ZONE - GLIWICE SUBZONE

Prof. dr hab. M ichał K. Cyrań ski

Recent Developments in Poland: Higher Education Reform Qualifications Frameworks Environmental Studies

DZIAŁALNOŚĆ NAUKOWA. Kontakt telefon: pokój: Wydział Chemii UO, V piętro, p. 512

NIEDZIELA, 17 czerwca 2018 r. PONIEDZIAŁEK, 18 czerwca 2018 r.

PRZEDSIEBIORSTWO LUSARSKO-BUDOWLANE LESZEK PLUTA

ZAKŁAD CHEMII TEORETYCZNEJ

Zastosowania algorytmów genetycznych w badaniach struktury związków biologicznie czynnych

Professor Michał Marczak Ph. D. Technical University of Łódź Faculty of Organisation and Management

Infrastruktura PLGrid Nowa jakość usług informatycznych w służbie nauki

kierunek: BIOTECHNOLOGIA specjalność: Bioinformatics RW , Obowiązuje od 2013/2014

Faculty of Environmental Engineering. St.Petersburg 2010

ANALIZA WYDAJNOŚCI PRODUKCYJNEJ RODZINNEGO GOSPODARSTWA ROLNEGO PRZY POMOCY SIECI NEURONOWEJ

Chemia informatyczna

UNIA EUROPEJSKA PERSPEKTYWY SPOŁECZNO-EKONOMICZNE ROCZNIK NAUKOWY 2/2010

Noty o autorach. Prof. Aurela Anastasi Faculty of Law, University of Tirana, Albania ( aurela_anast@yahoo.com).

BSc Biotechnology Curriculum 2018/2019

Field of study: Chemical Technology Study level: First-cycle studies Form and type of study: Full-time studies. Auditorium classes.

Wydział Inżynierii Produkcji i Logistyki (Faculty of Production Engineering and Logistics)

Sprawa postępowania habilitacyjnego doktora Mirosława Zachwieji - powołanie 3 członków komisji habilitacyjnej

Praca licencjacka. Imię i nazwisko Studenta, czcionka 12 pt., pogrubiona Numer albumu

Genetyka i biologia eksperymentalna studia I stopnia 2017/18/19/20

Tab.1 Występowanie na liście pierwszej piętnastki w kategoriach: NCN - Wnioski zakwalifikowane /Pracownicy naukowi (2015)

Field of study: Computer Science Study level: First-cycle studies Form and type of study: Full-time studies. Auditorium classes.

Lista przedmiotów. Kierunek CHEMIA studia I stopnia stacjonarne do roku akademickiego 2011/2012. Nazwa w języku angielskim

przewidziany do realizacji w latach przez uczestnika studiów doktoranckich 1

Biogospodarka jako platforma współpracy tradycyjnych i nowych gałęzi gospodarki

PLAN STUDIÓW. Tygodniowa liczba godzin. w ć l p s Exam in molecular media 2. CHC024027c Light-matter interactions Credit

Effective Governance of Education at the Local Level

Prace doktorskie i magisterskie współfinansowane z projektu NanoBiom

Struktura elektronowa σ-kompleksu benzenu z centrum aktywnym Fe IV O cytochromu P450

Projekty Marie Curie Actions w praktyce: EGALITE (IAPP) i ArSInformatiCa (IOF)

ETICS: Few words about the Polish market Dr. Jacek Michalak Stowarzyszenie na Rzecz Systemów Ociepleń (SSO), Warsaw, Poland

Field of study: Computational Engineering Study level: First-cycle studies Form and type of study: Full-time studies. Auditorium classes.

Znaczenie udziału w sieciach i stowarzyszeniach dla jakości kształcenia przykład Wydziału Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie

Infrastruktura PLGrid Nowa jakość usług informatycznych dla Polskiej Nauki

Program Obliczeń Wielkich Wyzwań Nauki i Techniki (POWIEW)

ZAAWANSOWANE METODY USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH. Witold Danikiewicz

Wydział Podstawowych Problemów Techniki (WPPT) 28, 29 III 2008 DNI OTWARTE

Infrastruktura PLGrid (nie tylko) dla młodych naukowców

Auditorium classes. Lectures

DZIAŁALNOŚĆ NAUKOWA. Kontakt telefon: pokój: Wydział Chemii UO, V piętro, p. 512

Badanie słabych przemian fazowych pierwszego rodzaju w eksperymencie komputerowym dla trójwymiarowego modelu Ashkina-Tellera


Wyjazdy dla studentów Politechniki Krakowskiej zainteresowanych studiami częściowymi w Tianjin Polytechnic University (Chiny).

Infrastruktura PLGrid Nowa jakość usług informatycznych dla Polskiej Nauki

Equipment for ultrasound disintegration of sewage sludge disseminated within the Record Biomap project (Horizon 2020)

Zakład Eksperymentu ATLAS (NZ14)

Dom Development S.A., Pl. Piłsudskiego 3, Warsaw

Wydział Podstawowych (WPPT) 28, 29 III 2008 DNI OTWARTE.

WPŁYW ŹRÓDEŁ FINANSOWANIA RYNKU MIESZKANIOWEGO

Modelowanie molekularne

Politechnika Łódzka, Wydział Chemiczny, Instytut Chemii Ogólnej i Ekologicznej Centrum Materiałów Polimerowych i Węglowych PAN

Środowisko InSilicoLab dla chemii obliczeniowej

Model Poissona-Nernsta-Plancka w predykcji struktury kanałów białkowych

PROGRAM POLSKO-WŁOSKIEGO SPOTKANIA PARTNERÓW PROJEKTU Erasmus+

Tytuł pracy w języku angielskim: Physical properties of liquid crystal mixtures of chiral and achiral compounds for use in LCDs

Transkrypt:

Molecular Modeling of Small and Medium Size Molecular Systems. Structure and Spectroscopy Teobald Kupka 1, Michał Stachów 1, Marzena Nieradka 1, Klaudia Radula-Janik 1, Paweł Groch 1, Małgorzata Broda 1, Aneta Buczek 1, Leszek Stobiński 2, Karol Pasterny 3, Elżbieta Chełmecka 4, Stephan Sauer 5, Jacob Kongstead 6, Hanna Kjear 7, Jakub Kaminsky 8 and Tadeusz Pluta 9 1 University of Opole, Faculty of Chemistry, 45-052 Opole, Poland; 2 Institute of Physical Chemistry, PAS, 01-224 Warsaw, Poland; 3 A. Chełkowski Institute of Physics, University of Silesia, 40-007, Katowice, Poland; 4 Division of Statistics, Department of Instrumental Analysis, Medical University of Silesia, 41-200, Sosnowiec, Poland; 5 University of Copenhagen, Department of Chemistry, Universitetsparken 5, 2100 Copenhagen, Denmark; 6 Department of Physics, Chemistry and Pharmacy, University of Southern Denmark, DK-5230 Odense, Denmark; 7 Department of Chemistry, University of Copenhagen, DK-2100 Copenhagen, Denmark; 8 Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, 166 10 Prague, Czech Republic; 9 Institute of Chemistry, University of Silesia, 40-007 Katowice, Poland teobaldk@yahoo.com KUKDM, Zakopane 28.02-01.03.2013 1

Autor Dr hab. Teobald Kupka, prof. U. O. Uniwersytet Opolski Wydział Chemii Ul. Oleska 48, 45-052 Opole teobaldk@yahoo.com; teobaldk@gmail.com Tel. 77 452 7126; 665 921 475 2

WPROWADZENIE 1. Wstęp 2. Bilans roku 2012 3. Szczegóły 4. Problematyka naukowa 5. Podziękowania 3

BILANS ROKU 2012 Publikacje: Opublikowane 7 Wysłane 1 Razem 8 Ponadto: Praca licencjacka 1 Prace doktorskie (kontynuacja + nowe) 3 4

A. Publikacje opublikowane w 2012 r. 1. E. Chełmecka, K. Pasterny, T. Kupka* and L. Stobiński, OH-functionalized open-ended armchair single-wall carbon nanotubes (SWCNT) studied by density functional theory, J. Mol. Model, 18 (2012) 1463-1472, (IF= 1.797 w 2011, cyt. = 2).Gaussian. Obliczenia wykonano przy pomocy oprogramowania i sprzętu WCSS Wrocław. 2. E. Chełmecka, K. Pasterny, T. Kupka*, and L. Stobiński, "DFT studies of COOH tip-functionalized zigzag and armchair single wall carbon nanotubes", J. Mol. Model.,18 (2012) 2241-2246 (IF=1.797 w 2011, cyt. = 5). Gaussian. Obliczenia wykonano przy pomocy oprogramowania i sprzętu WCSS Wrocław. 3. T. Kupka*, E. Chełmecka, K. Pasterny, M. Stachów and L. Stobiński, DFT calculations of structures, 13C NMR chemical shifts and Raman RBM mode of simple models of small diameter (4.0) zigzag carboxylated single wall carbon nanotubes, Magn. Reson. Chem., 50 (2012) 142-151(IF=1.437 w 2010, cyt. = 0). Gaussian. Obliczenia wykonano przy pomocy oprogramowania i sprzętu ACK Cyfronet Kraków + WCSS Wrocław. 5

A. Publikacje opublikowane w 2012 r. (kontynuacja) 4. T. Kupka*, M. Stachów, E. Chełmecka, K. Pasterny and L. Stobiński, "DFT calculations of structures, 13C NMR chemical shifts and Raman RBM mode of simple models of ultra small diameter (4.0) zigzag hydroxylated single wall carbon nanotubes", Synth. Metals, 162 (2012) 573-583 (IF=1.829 in 2011, cyt. = 0). Gaussian. Obliczenia wykonano przy pomocy oprogramowania i sprzętu ACK Cyfronet Kraków + WCSS Wrocław. 5. T. Kupka*, M. Nieradka, M. Stachów, T. Pluta, P. Nowak, H. Kjær, J. Kongsted, J. Kaminsky*, Basis set convergence of indirect spin-spin coupling constants in the Kohn-Sham limit for several small molecules J. Phys. Chem. A, 116 (2012) 3728 3738 (IF =2.946 in 2011, cyt. = 1) Gaussian. Obliczenia wykonano przy pomocy oprogramowania i sprzętu ACK Cyfronet Kraków + WCSS Wrocław. 6. A. Buczek, T. Kupka*, S. P. A. Sauer, M. A. Broda, Estimating the carbonyl anharmonic vibrational frequency from affordable harmonic frequency calculations, J. Mol. Model., 18 (2012) 2471-2478, (IF=1.797 in 2011, cyt. = 1). Gaussian. Obliczenia wykonano przy pomocy oprogramowania i sprzętu ACK Cyfronet Kraków + WCSS Wrocław. 7. M. A. Broda*, A. Buczek, T. Kupka, J. Kaminsky* Anharmonic Frequencies of Solvated Molecules in the Complete Basis Set Limit, Vibr. Spectrosc., 63 (2012) 432-439 (IF=1.650 in 2011, cyt. = 0) Gaussian. Obliczenia wykonano przy pomocy oprogramowania i sprzętu ACK Cyfronet Kraków + WCSS Wrocław. 6

B. Oprogramowanie i sprzęt ACK Cyfronet i WCSS Wrocław pozwoliły również na zakończenie jednej pracy licencjackiej: 1. Katarzyna Łebek, Modelowanie molekularne parametrów strukturalnych i spektroskopowych wybranych antybiotyków β-lactamowych (promotor dr hab. T. Kupka, obrona 28.06.2012). C. Ponadto 24 wystąpień (14 wykładów i 10 posterów konferencyjnych) opierało się na materiale obliczeniowym uzyskanym zarówno w Cyfronecie jak i w WCSS Wrocław. 7

Badania koncentrowały się na przewidywaniu struktury geometrycznej oraz wybranych parametrów spektroskopowych (NMR, IR, Raman) małych molekuł modelowych oraz jednościennych nanorurek węglowych (SWCNT) przed i po funkcjonalizowaniu. SWCNT: podstawienie końca grupami -OH i -COOH NMR: stałych sprzężeń spin-spin do granicy bazy zupelnej (CBS) IR: anharmoniczność metodą VPT2 (również CBS) Obliczenia - Gausian 09; metody -DFT, HF; CFOUR (CCSD(T)) 8

Uporządkowane materiały węglowe 9

Uporządkowane materiały węglowe 10

Uporządkowane materiały węglowe 11

Uporządkowane materiały węglowe 12

Uporządkowane materiały węglowe 13

Uporządkowane materiały węglowe 14

Uporządkowane materiały węglowe 15

Uporządkowane materiały węglowe 16

Uporządkowane materiały węglowe 17

Uporządkowane materiały węglowe 18

Wnioski: 1. Owocna kontynuacja testowania metody CBS NMR (stałe sprzężeń spinowo-spinowych). 2. Zastosowanie CBS do wyznaczania innych parametrów molekularnych i spektroskopowych (struktura geometryczna, częstości drgań harmonicznych i anharmonicznych 3. Obliczenia DFT dla SWCNTs 19

Podziękowania: 1. ACK Cyfronet i WCSS Wrocław (oprogramowanie, sprzęt komputerowy i pomoc techniczna). 2. Uniwersytet Opolski, Wydział Chemii Acknowledgments This work was supported by the Faculty of Chemistry, University of Opole (Grant 8/WCH/2012-S) and the National Centre for Research and Development through the PBS1 Grant for the years 2012-2015 NR PBS1/A5/15/2012. Marzena Nieradka, Michał Stachów, Klaudia Radula-Janik and Aneta Buczek are recipients of Ph. D. fellowships from a project funded by the European Union Social Funds. The calculation facilities and software in the Supercomputing and Networking Center ACK CYFRONET AGH in Krakow and calculation facilities and software at WCSS Wrocław are also acknowledged. 20

Z Kraju Ryżu, Herbaty i Tajfunów do... KUKDM Zakopane 2013 21

Dziękuję za uwagę 22