Program cyfrowych atlasów mózgu Piotr Majka, Pracownia Neuroinformatyki, IBD PAN

Transkrypt

1 Program cyfrowych atlasów mózgu Piotr Majka, Pracownia Neuroinformatyki, IBD PAN

2 Atlasy mózgu Nazewnictwo obszarów Układ współrzędnych Wiele dodatkowych informacji

3 Atlasy mózgu Nazewnictwo obszarów Układ współrzędnych Wiele dodatkowych informacji Narzędzia (oprogramowanie + dane) pozwalające na integrację danych z atlasem Portale do zasobów atlasowych

4 Program cyfrowych atlasów mózgu Koordynacja oraz promocja projektów atlasowych Dostęp do rozproszonych zasobów atlasowych Stworzenie mechanizmów współdzielenia oraz integracji danych Wypracowanie technik eksperymentalnych oraz obliczeniowych Propagowanie otwartych rozwiązań

5 Program cyfrowych atlasów mózgu Koordynacja oraz promocja projektów atlasowych Dostęp do rozproszonych zasobów atlasowych Stworzenie mechanizmów współdzielenia oraz integracji danych Wypracowanie technik eksperymentalnych oraz obliczeniowych Propagowanie otwartych rozwiązań Program on Digital Brain Atlasing: Digital Atlasing Infrastructure Task Force The Waxholm Space Task Force

6 Program cyfrowych atlasów mózgu Koordynacja oraz promocja projektów atlasowych Dostęp do rozproszonych zasobów atlasowych Stworzenie mechanizmów współdzielenia oraz integracji danych Wypracowanie technik eksperymentalnych oraz obliczeniowych Propagowanie otwartych rozwiązań Program on Digital Brain Atlasing: Digital Atlasing Infrastructure Task Force The Waxholm Space Task Force C57BL/J6

7 Integracja zasobów atlasowych

8 The Waxholm Space Mouse Atlas Referencyjna przestrzeń w postaci atlasu mózgu samca myszy

9 The Waxholm Space Mouse Atlas Referencyjna przestrzeń w postaci atlasu mózgu samca myszy Przeznaczona do umieszczania w niej (mapowania) danych różnych typów

10 The Waxholm Space Mouse Atlas Referencyjna przestrzeń w postaci atlasu mózgu samca myszy Przeznaczona do umieszczania w niej (mapowania) danych różnych typów Docelowo dostępna wraz z zestawem narzędzi

11 The Waxholm Space Mouse Atlas Referencyjna przestrzeń w postaci atlasu mózgu samca myszy Przeznaczona do umieszczania w niej (mapowania) danych różnych typów Docelowo dostępna wraz z zestawem narzędzi Wysoka rozdzielczość (21µm), MRI + histologia

12 Common Atlas Format (CAF)

13 Common Atlas Format (CAF) Paczka z atlasem - format do przechowywania kompletu dwuwymiarowych danych atlasowych Zawiera dane charakterystyczne dla dwuwymiarowych atlasów Oparty na otwartych standardach: SVG oraz XML

14 Common Atlas Format (CAF) Paczka z atlasem - format do przechowywania kompletu dwuwymiarowych danych atlasowych Zawiera dane charakterystyczne dla dwuwymiarowych atlasów Oparty na otwartych standardach: SVG oraz XML

15 Common Atlas Format (CAF)

16 Common Atlas Format (CAF)

17 Common Atlas Format (CAF) Slajd w formacie CAF

18 3D Brain Atlas Reconstructor 3dBAR narzędzie do rekonstrukcji trójwymiarowych modeli struktur mózgowych na podstawie dwuwymiarowych obrysów

19 3D Brain Atlas Reconstructor 3dBAR narzędzie do rekonstrukcji trójwymiarowych modeli struktur mózgowych na podstawie dwuwymiarowych obrysów DG-L-in DG-R-in ncx-r CA-L-in ncx-l str-l CA-R-in CA-L-in ncx-l ncx-r DG-L-in DG-R-in str-l str-r

20 3D Brain Atlas Reconstructor 3dBAR narzędzie do rekonstrukcji trójwymiarowych modeli struktur mózgowych na podstawie dwuwymiarowych obrysów DG-L-in DG-R-in ncx-r CA-L-in ncx-l str-l CA-R-in CA-L-in ncx-l ncx-r DG-L-in DG-R-in str-l str-r CAF

21 3D Brain Atlas Reconstructor 3dBAR narzędzie do rekonstrukcji trójwymiarowych modeli struktur mózgowych na podstawie dwuwymiarowych obrysów DG-L-in DG-R-in ncx-r CA-L-in ncx-l str-l CA-R-in CA-L-in ncx-l ncx-r DG-L-in DG-R-in str-l str-r CAF NIFTI, VTK, X3D, VRML,...

22 Rekonstrukcje

23 Podsumowanie Pełna, otwarta implementacja API w Pythonie, Zestaw kilkunastu atlasów Narzędzie rekonstrukcyjne: GUI, CLI Punkt wyjścia dla dalszych narzędzi

24 Podsumowanie Pełna, otwarta implementacja API w Pythonie, Zestaw kilkunastu atlasów Narzędzie rekonstrukcyjne: GUI, CLI Punkt wyjścia dla dalszych narzędzi Więcej szczegółów na stronie oraz w Majka i in. (Neuroinformatics 2011, w druku).