Ocena wewnątrzgatunkowego podobieństwa genetycznego Avena fatua L. w oparciu o polimorfizm DNA

Podobne dokumenty
Zastosowanie metod RAPD i SSR do oceny podobieństwa genetycznego tetraploidalnych gatunków z rodzaju Avena L.

Zastosowanie markerów ISSR do analizy wewnątrzgatunkowego podobieństwa genetycznego Avena sterilis L.

Analiza podobieństwa genetycznego odmian orkiszu (Triticum aestivum ssp. spelta L.) za pomocą markerów RAPD

A N N A L E S U N I V E R S I T A T I S M A R I A E C U R I E - S K Ł O D O W S K A L U B L I N P O L O N I A

Zastosowanie markerów RAPD do określenia podobieństwa genetycznego odmian jęczmienia ozimego (Hordeum vulgare L.)

Instytut Genetyki i Hodowli Roślin, Akademia Rolnicza, ul. Akademicka 15, Lublin

Ocena zróżnicowania genetycznego materiałów kolekcyjnych pszenżyta ozimego. stabilny pod względem cech plonotwórczych,

Wpływ formy ojcowskiej na żywotność pyłku i niektóre cechy plonotwórcze mieszańców międzygatunkowych Avena sativa L. cv. Borowiak Avena sterilis L.

Autor: dr Mirosława Staniaszek

Zastosowanie metod RAPD i ISSR do oceny podobieństwa genetycznego greckich form Dasypyrum villosum (L.) P. Candargy

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL

Analiza molekularna i cytologiczna oraz ocena niektórych cech ilościowych mieszańców międzygatunkowych Avena sativa L. Avena fatua L.

Reakcja odmian gryki na długoterminowe przechowywanie w banku genów

ANALIZA ELEMENTÓW PLONU MIESZAŃCÓW MIĘDZYODMIANOWYCH OWSA ZWYCZAJNEGO (AVENA SATIVA L.) ZAWIERAJĄCYCH RÓŻNE GENY ODPORNOŚCI NA MĄCZNIAKA PRAWDZIWEGO

Badanie polimorfizmu rzepakochwastów za pomocą markerów RAPD *

Reakcja odmian pszenżyta ozimego na długoterminowe przechowywanie w banku genów

Fizjologiczne i molekularne markery tolerancji buraka cukrowego na suszę. Dr Danuta Chołuj

Zad. 2.2 Poszerzenie puli genetycznej jęczmienia

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych

Prof. dr hab. Helena Kubicka- Matusiewicz Prof. dr hab. Jerzy PuchalskI Polska Akademia Nauk Ogród Botaniczny Centrum Zachowania Różnorodności

OWIES GŁUCHY (AVENA FATUA L.) W MAŁOPOLSCE PO DZIESIĘCIU LATACH BADAŃ

Zadanie 2.4. Cel badań:

Ocena mieszańców BC 1 (Avena sativa L. Avena maroccana Gdgr.) Avena sativa L. pod względem stabilności cytogenetycznej i wybranych cech ilościowych

Analiza podobieństwa genetycznego wybranych gatunków w rodzaju Secale

31 SPRAWOZDANIE MERYTORYCZNE

Analiza zróżnicowania genetycznego komponentów mieszańców żyta

Struktura plonu wybranych linii wsobnych żyta ozimego

Zastosowanie nowych technologii genotypowania w nowoczesnej hodowli i bankach genów

ANNALES UMCS VOL. LXX (4) SECTIO E AGRICULTURA 2015

WYKORZYSTANIE MARKERÓW MOLEKULARNYCH W HODOWLI ODPORNOŚCIOWEJ POMIDORA NA CHOROBY POWODOWANE PRZEZ FUSARIUM OXYSPORUM

WYSTĘPOWANIE WYBRANYCH GENÓW ODPORNOŚCI NA PARCH JABŁONI U ODMIAN I GATUNKÓW DZIKICH UŻYWANYCH W PROGRAMACH HODOWLANYCH JABŁONI.

Wykorzystanie markerów RAPD do oceny zróżnicowania genotypowego polskich odmian pszenżyta ozimego

FOLIA POMERANAE UNIVERSITATIS TECHNOLOGIAE STETINENSIS Folia Pomer. Univ. Technol. Stetin., Agric., Aliment., Pisc., Zootech. 2014, 310(30), 75 84

Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów:

Analiza zmienności allelicznej w locus Xgwm261 w odmianach pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum L.) zarejestrowanych w Polsce w latach

ZRÓŻNICOW ANIE GENETYCZNE SZCZEPÓW DROŻDŻY FERM ENTUJĄCYCH KSYLOZĘ

Anna Litwiniec 1, Beata Choińska 1, Aleksander Łukanowski 2, Żaneta Świtalska 1, Maria Gośka 1

Genetyka, materiały dla studentów Pielęgniarstwa

Biologia medyczna, materiały dla studentów

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących

Dziedziczenie cech warunkujących plonowanie owsa jarego (Avena sativa L.)

Acta Agrophysica, 2009,14(3),

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

Zmienność i współzależność niektórych cech struktury plonu żyta ozimego

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R

Zmienność, zależność i genetyczne uwarunkowanie ważnych cech u rodów i odmian owsa (Avena sativa L.)

Zmiany obrazu fragmentów DNA po traktowaniu nasion jęczmienia promieniowaniem laserowym *

Zadanie 2.4. Dr inż. Anna Litwiniec Dr inż. Barbara Skibowska Dr inż. Sandra Cichorz

ANNALES UNIVERSITATIS MARIAE CURIE-SKŁODOWSKA LUBLIN POLONIA

Ocena zdolności kombinacyjnej linii wsobnych kukurydzy

SPRAWOZDANIE O STANIE REALIZACJI ZADANIA z wykonania badań podstawowych na rzecz postępu biologicznego w produkcji roślinnej w 2011 roku

Ocena zdolności kombinacyjnej linii wsobnych kukurydzy (Zea mays L.)

SPRAWOZDANIE MERYTORYCZNE

WPŁYW TECHNICZNEGO UZBROJENIA PROCESU PRACY NA NADWYŻKĘ BEZPOŚREDNIĄ W GOSPODARSTWACH RODZINNYCH

HODOWLA SOI I LNIANKI W KATEDRZE GENETYKI I HODOWLI ROŚLIN SOYBEAN AND CAMELINA BREEDING IN DEPARTMENT OF GENETICS AND PLANT BREEDING.

Temat badawczy 1 Ocena wewnętrznej struktury genetycznej odmian populacyjnych i mieszańcowych żyta. Wyniki (opisać)

PRZEGLĄD CHORÓB OWSA

Ocena zmienności i współzależności cech ilościowych w kolekcji jarej pszenicy twardej pochodzenia afgańskiego

MOLEKULARNE PODSTAWY ODPORNOŚCI MIOTŁY ZBOŻOWEJ (APERA SPICA-VENTI L.) NA HERBICYDY SULFONYLOMOCZNIKOWE

Badanie podobieństwa genetycznego pomiędzy formami rodzicielskimi mieszańców liniowych kukurydzy przy użyciu markerów molekularnych AFLP i RAPD

Zakres zmienności i współzależność cech owoców typu soft flesh mieszańców międzygatunkowych Capsicum frutescens L. Capsicum annuum L.

Genetyczne uwarunkowania mrozoodporności pszenicy i jej współdziałanie z wybranymi cechami użytkowymi

Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)

Wpływ dawek azotu na plon ziarna i jego komponenty u nowych odmian owsa

Zadanie 2.4. Wykonawcy: Dr hab. inż. Maria Gośka, prof. IHAR PIB Dr inż. Anna Litwiniec Dr inż. Barbara Skibowska Mgr inż.

Przydatność technologii Sekwencjonowania Nowej Generacji (NGS) w kolekcjach Banków Genów Joanna Noceń Kinga Smolińska Marta Puchta Kierownik tematu:

Genetyczne zróżnicowanie białek zapasowych kilkunastu odmian pszenżyta ozimego (X Triticosecale Wittmack)

Tab.1 Powierzchnia i liczba ankietowanych pól

VIII Owies. Tabela 41. Owies badane odmiany w 2012 roku. Rok wpisania do

Zadanie 2.4 Poszerzanie puli genetycznej buraka cukrowego przez doskonalenie procesu gynogenezy oraz podnoszenie odporno

Wykorzystanie krajowych i światowych zasobów genowych w pracach badawczych oraz hodowlanych pszenicy

SPRAWOZDANIE O STANIE REALIZACJI ZADANIA z wykonania badań podstawowych na rzecz postępu biologicznego w produkcji roślinnej w 2011 roku

Organic plant breeding: EU legal framework and legislative challenges Ekologiczna hodowla roślin: ramy prawne UE i wyzwania legislacyjne

ANNALES UNIVERSITATIS MARIAE CURIE-SKŁ ODOWSKA LUBLIN POLONIA

Owies. Tabela 40. Owies odmiany badane w 2014 r. Rok wpisania do KRO LOZ

Zdolność kombinacyjna odmian lnu oleistego pod względem cech plonotwórczych

BADANIE PODOBIEŃSTWA GENETYCZNEGO MIĘDZY LINIAMI WSOBNYMI KUKURYDZY PRZY UŻYCIU MARKERÓW MOLEKULARNYCH SSR

Badania cytogenetyczne i molekularne mieszańców międzygatunkowych heksaploidalnego owsa Avena sativa L. Avena sterilis L. oraz form wyjściowych

Emilia Wójtowicz. Markery molekularne i ich wykorzystanie w hodowli roślin

Ocena zmienności i współzależności cech rodów pszenicy ozimej twardej Komunikat

Tabela 42. Owies odmiany badane w 2013 r.

Działania prowadzone w ramach zadania

Mikrosatelitarne sekwencje DNA

WPŁYW BIOLOGICZNYCH I CHEMICZNYCH ZAPRAW NASIENNYCH NA PARAMETRY WIGOROWE ZIARNA ZBÓŻ

ANNALES UNIVERSITATIS MARIAE CURIE-SKŁODOWSKA LUBLIN POLONIA

Wykorzystanie azotu z nawozów przez nagoziarnistą i oplewioną formę owsa

A N N A L E S U N I V E R S I T A T I S M A R I A E C U R I E - S K Ł O D O W S K A L U B L I N P O L O N I A

PORÓWNANIE KOSZTÓW PRODUKCJI JĘCZMIENIA JAREGO I OZIMEGO W WYBRANYCH GOSPODARSTWACH WOJ. ZACHODNIOPOMORSKIEGO

Ampli-LAMP Babesia canis

Ocena stabilności genetycznej rozmnażanych in vitro polskich odmian tulipanów przy użyciu markerów molekularnych ISSR

Lista Odmian Zalecanych do uprawy na obszarze województwa małopolskiego na rok 2015

MARKERY MIKROSATELITARNE

Charakterystyka zmienności cech użytkowych na przykładzie kolekcji pszenżyta

ZESZYTY PROBLEMOWE POSTĘPÓW NAUK ROLNICZYCH 2007 z. 517:

PORÓWNANIE PLONOWANIA MIESZANEK JĘCZMIENIA Z OWSEM NIEOPLEWIONYMI OPLEWIONYM

Lista Odmian Zalecanych do uprawy na obszarze Województwa Małopolskiego na rok 2016

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Transkrypt:

NR 253 BIULETYN INSTYTUTU HODOWLI I AKLIMATYZACJI ROŚLIN 2009 EDYTA PACZOS-GRZĘDA KATARZYNA KRUK SYLWIA OKOŃ Instytut Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie Ocena wewnątrzgatunkowego podobieństwa genetycznego Avena fatua L. w oparciu o polimorfizm DNA Assessment of Avena fatua L. intraspecific genetic similarity based on DNA polymorphism W pracy analizowano poziom polimorfizmu DNA oraz podobieństwo genetyczne polskich i zagranicznych ekotypów Avena fatua L. za pomocą metod ISSR i REMAP. Dziewiętnaście starterów ISSR oraz 20 par starterów REMAP zostało wykorzystanych do uzyskania profili DNA, a amplifikacji uległo odpowiednio 238 i 468 fragmentów. Wartość współczynnika informacji o polimorfizmie (PIC) określona dla metody ISSR wahała się od 0,52 do 0,81, zaś dla REMAP od 0,46 do 0,99. Średnia wartość PIC dla obu metod była taka sama i wyniosła 0,65. Podobieństwo genetyczne szacowano wykorzystując algorytm Dice a, a klasteryzację przeprowadzono metodą UPGMA, niezależnie dla obu technik. Korelacja między matrycami indeksów podobieństwa była relatywnie wysoka i wyniosła 0,69. Pomimo dużego podobieństwa w topologii, na dendrogamach uzyskanych w oparciu o polimorfizm identyfikowany metodami ISSR oraz REMAP obserwowano również pewne różnice. Klasteryzacja nie wykazała zgodności z pochodzeniem geograficznym obiektów. Formy skolekcjonowane w Polsce charakteryzowały się nieznacznie mniejszym zróżnicowaniem, aniżeli formy pochodzące z pozostałych krajów. Wyniki badań wykazały wysokie wewnątrzgatunkowe podobieństwo Avena fatua. Słowa kluczowe: Avena fatua L., ISSR, podobieństwo genetyczne, REMAP The level of DNA polymorphism and genetic similarity of Polish and foreign Avena fatua L. ecotypes were studied using the ISSR and REMAP approaches. Nineteen ISSR primers and 20 REMAP primer pairs combinations used for DNA profiling, amplified 238 and 468 fragments, respectively. Polymorphic information content (PIC) values ranged from 0.52 to 0.81 for ISSR and from 0.46 to 0.99 for REMAP. Mean values of PIC for ISSR and REMAP were the same 0.65. Genetic similarities were estimated using Dice algorithm and cluster analyses were performed using UPGMA method, independently for the two molecular marker techniques. Data obtained with both techniques were relatively high correlated (r = 0.69). Despite of high similarity of dendrograms obtained with ISSR and REMAP methods, some clustering differences were observed. Clustering did not display agreement with geographic region or country of origin. Polish ecotypes showed less 235

diversity than forms originating from the other countries. The results of this study have provided evidence of high intra-species genetic similarity of Avena fatua. Key words: Avena fatua L., genetic similarity, ISSR, REMAP WSTĘP Owies głuchy (Avena fatua L.) pochodzi z Azji, jednak bliższe określenie rejonu jego różnicowania nie jest możliwe (Nalewaja, 1977; Kieć, 2000). Gatunek ten jest charakterystyczny dla strefy klimatu umiarkowanego, ale pojawia się także w warunkach klimatu suchego i półsuchego (Sharma i Van den Born, 1978; Morikawa, 1989). Należy do najgroźniejszych chwastów, szczególnie zbóż jarych (Sharma i Van den Born, 1978; Li i in., 2007). Obserwuje się stałe rozprzestrzenianie tego gatunku na świecie, co wskazuje na jego duży potencjał adaptacyjny (Mengistu i in., 2005). W Polsce Avena fatua pojawia się w uprawach na terenie całego kraju, stale rozszerzając zasięg swego występowania (Skrzyczyńska, 1998; Kieć, 2000). Na produkcję swej suchej masy zużywa około 50% więcej wody, niż choćby pszenica jara. Powoduje to znaczącą obniżkę plonów zbóż, którym towarzyszy w uprawie (Sharma i Van Den Born, 1978; Skrzyczyńska, 1998). Avena fatua odznacza się dużą zmiennością cech morfologicznych (Darmency i Aujas, 1992). Falkowski i wsp. (1982) wyróżniają 4 jego odmiany botaniczne: var. fatua, var. glabrata Peterm., var. intermedia (Lestib.) Lej. Et Cort. i var. pilosissima S. F. Gray. Z kolei Kieć (2000), opierając się na zmienności cech morfologicznych i biochemicznych, proponuje wyodrębnienie dwóch podgatunków: subsp. fatua i subsp. brevipilosa, a w obrębie każdego z nich pięciu odmian botanicznych. A. fatua postrzegany jako bardzo agresywny i trudny do zwalczenia chwast, z hodowlanego punktu widzenia stanowi potencjalny rezerwuar zmienności genetycznej, bardzo pożądanej w hodowli owsa zwyczajnego. Wśród ekotypów A. fatua zidentyfikowano geny decydujące o wczesności dojrzewania, odporności na suszę (Rines i in., 1980), szybkim wzroście wegetatywnym (Welch i Leggett, 1997), dorodności ziarniaków, wysokiej zawartości białka i tłuszczu w ziarnie (Frey, 1975), odporności na rdzę koronową i źdźbłową (Frey, 1986), tolerancji na wirus żółtej karłowatości jęczmienia (BYDV) (Comeau, 1984), warunkujących karłowatość (Milach i in., 1998; Morikawa i in., 2007), odporność na herbicydy (Cavan i in., 1998) czy długi okres spoczynku ziarniaków (Fennimore i in., 1999). A. fatua dotychczas wykorzystywany był w programach hodowlanych w niewielkim zakresie. Jednym z nielicznych przykładów wprowadzenia materiału genetycznego tego dzikiego gatunku do form uprawnych jest przystosowanie do uprawy na obszarach suchych i wyjątkowa wczesność amerykańskich odmian Sierra, Rapida i Montezuma oraz odporność na rdzę koronową cv. Sierra (McMullen i Patterson, 1992). Zróżnicowanie morfologiczne, bogactwo wartościowych genów i niespotykana zdolność adaptacyjna A. fatua pozwalają przypuszczać, że pula genetyczna tego gatunku jest bogata i heterogeniczna. Analizy molekularne, które przeprowadzono dotychczas dla 236

form amerykańskich, chińskich i pakistańskich nie potwierdziły jednak tej hipotezy (Mengistu i in., 2005; Li i in., 2007; Mirza i in., 2007). Celem pracy było dokonanie: oceny genetycznego podobieństwa wewnątrzgatunkowego Avena fatua L. w oparciu o polimorfizm DNA identyfikowany metodami ISSR i REMAP, analizy porównawczej ekotypów pochodzących z Polski z formami skolekcjonowanymi w różnych rejonach świata (Japonii, Albanii, Etiopii, Grecji, Libii, Rosji i Rumunii). MATERIAŁ I METODY Materiał badawczy stanowiło 12 ekotypów Avena fatua L. (tab. 1) sprowadzonych z banków genów: Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK), Gatersleben w Niemczech, Research Institute of Crop Production (RICP), Gene Bank, Praga Ruzyne w Republice Czeskiej, N. I. Vavilow All- Russian Scientific Institute of Plant Industry (VIR), St. Petersburg w Rosji oraz Krajowego Centrum Roślinnych Zasobów Genowych (KCRZG), Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie. Charakterystyka badanych ekotypów Avena fatua L. Characteristics of the analyzed Avena fatua L. ecotypes Oznaczenie ekotypu Ecotype description Bank genów Genebank Kraj pochodzenia Country of origin AVE 270 IPK Albania AVE 438 IPK Grecja Greece AVE 1322 IPK Etiopia Ethiopia AVE 2407 IPK Libia Libya AVE 2804 IPK Rumunia Romania PI 51631 IHAR Polska Poland PI 51633 IHAR Polska PI 52190 IHAR Polska PI 51601 IHAR Polska PI 51635 IHAR Polska 03C0701476 RICP Rosja Russia 1963 VIR VIR Japonia Japan IPK Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research, Gatersleben, Germany IHAR Krajowe Centrum Roślinnych Zasobów Genowych, IHAR w Radzikowie RICP Research Institute of Crop Production, Gene Bank, Ruzyne, Czech Republic VIR N. I. Vavilov All- Russian Scientific Institute of Plant Industry, St. Petersburg, Russian Tabela 1 DNA wyizolowano metodą Milligana (1992) z fragmentów 15 20 koleoptyli kilkudniowych siewek w dwóch niezależnych powtórzeniach dla każdej formy. Reakcje ISSR przeprowadzono zmodyfikowaną metodą Ziętkiewicz i wsp. (1994), zaś REMAP zmodyfikowaną metodą Kalendara i wsp. (1999) dla każdej formy w dwóch powtórzeniach z jednoczesną kontrolą negatywną. W metodzie ISSR w skład mieszaniny reakcyjnej o objętości 15 μl wchodziły: 1 bufor do PCR (75 mm Tris-HCl ph 8,8; 20 mm (NH 4 ) 2 SO 4, 0,01% Tween 20) (Fermentas, Litwa); 160 µm każdego dntp; 5,3 pm startera; 1,3 mm MgCl 2, 0,4 mm spermidyny, 80 ng genomowego DNA; 0,5 U 237

238 Edyta Paczos-Grzęda... polimerazy DNA Taq (Fermentas, Litwa). Stosowano następujący profil termiczny: 95 C 2 30 ; 6 (94 C 45, 58 C< -0.5 C/cykl> 45, 72 C 45 ); 32 (94 C 45, 55 C 45, 72 C 45 ); 72 C 10. W metodzie REMAP mieszanina reakcyjna o objętości 15 µl składała się z: 1 bufor do PCR (10 mm Tris ph 8,8; 50 mm KCl; 0,08% Nonidet P40) (Fermentas, Litwa), 200 μm każdego dntp, 3 pm startera Foreward i Reverse, 2,2 mm MgCl 2, 0,4 mm spermidyny, 60 ng genomowego DNA, 1U polimerazy DNA Taq (Fermentas, Litwa). Profil termiczny reakcji amplifikacji był następujący: 95 C 4 ; 38 (94 C 45, 55 C 45, 72 C 45 ); 72 C 10. Elektroforetyczny rozdział produktów PCR prowadzono w 2,5% żelu agarozowym z 0,01% EtBr w buforze TBE przez 2,5 h przy napięciu 120 V. Zdjęcia rozdziałów analizowano określając obecność lub brak prążków. Na podstawie uzyskanych wyników obliczono współczynnik informacji o polimorfizmie PIC (polymorphism information content) zgodnie z założeniami Nei (1973). Podobieństwo genetyczne (SI similarity index) szacowano pomiędzy parami wszystkich badanych obiektów zgodnie z formułą Dice a (Nei i Li, 1979). Matryce SI uzyskane na podstawie polimorfizmu identyfikowanego metodami ISSR oraz REMAP posłużyły do konstrukcji dendrogramów metodą UPGMA przy zastosowaniu programu NTSYS-pc (Rohlf, 2001). Obliczono współczynnik korelacji pomiędzy matrycami indeksów podobieństwa. WYNIKI Reakcje amplifikacji DNA przeprowadzono z 19 starterami ISSR oraz 20 parami starterów REMAP. Całkowita liczba uzyskanych produktów ISSR wyniosła 238, z których 106 (44,5%) było polimorficznych (tab. 2). Porównanie polimorfizmu identyfikowanego metodami ISSR i REMAP Comparison of polymorphism identified by the ISSR and REMAP methods Tabela 2 Porównywany parametr Comparative parameter ISSR REMAP Liczba użytych starterów Number of primers used 19 20 Całkowita liczba produktów Total number of products 238 468 Liczba produktów polimorficznych Number of polymorphic products 106 208 Udział produktów polimorficznych Contribution of polymorphic products (%) 44,5 44,4 Średnia liczba produktów / starter Mean number of products per primer 12,5 23,4 Średnia liczba produktów polimorficznych / starter Mean number of polymorphic products per primer 5,6 10,4 Liczba produktów specyficznych Number of specific products 13 18 Średnia wartość PIC Mean PIC value 0,65 0,65 Całkowita liczba profili Total number of profiles 131 200 Średnia liczba profili / starter Mean number of profiles per primer 6,9 10,0 Amplifikacji metodą REMAP uległo 468 fragmentów, w tym 208 (44,4%) polimorficznych. Średnio każdy starter ISSR uczestniczył w syntezie 5,6 polimorficznych fragmentów DNA, a para starterów REMAP inicjowała amplifikację 10,4 takich odcinków. Wartość współczynnika informacji o polimorfizmie (PIC) określona dla metody ISSR wahała się od 0,52 do 0,81, zaś dla REMAP od 0,46 do 0,99. Średnia

wartość PIC dla obu metod była taka sama i wyniosła 0,65. Zidentyfikowano 10 specyficznych produktów ISSR oraz 20 REMAP. Większość z nich była charakterystyczna dla ekotypu AVE 270. Liczba wszystkich profili prążków, czyli liczba kombinacji fragmentów DNA uzyskiwanych dla poszczególnych obiektów przy udziale starterów ISSR wyniosła 131, zaś REMAP 200. Uzyskane profile umożliwiły identyfikację wszystkich badanych form. Wyniki badań polimorfizmu metodami ISSR i REMAP stanowiły podstawę do utworzenia matrycy indeksów podobieństwa genetycznego Dice a. Wartości indeksów uzyskane dla obu metod były bardzo zbliżone (tab. 3). Tabela 3 Średnie wartości indeksów podobieństwa genetycznego Dice a oszacowane na podstawie polimorfizmu identyfikowanego metodami ISSR i REMAP Mean values of Dice genetic similarity indices estimated based on polymorphism identified by the ISSR and REMAP methods Średnia wartość indeksów podobieństwa Dice a Zakres wartości indeksów podobieństwa Metoda Mean values of Dice genetic similarity indices genetycznego Method Polska Poland świat world razem total Range of genetic similarity indices values ISSR 0,91 0,89 0,90 0,84 0,98 REMAP 0,91 0,89 0,90 0,85 0,96 Rys. 1. Dendrogram analizowanych ekotypów A. fatua L. uzyskany metodą UPGMA w oparciu o polimorfizm identyfikowany metodą ISSR Fig. 1. UPGMA dendrogram of the analysed A. fatua L. ecotypes based on polymorphism identified by the ISSR method 239

Wartości indeksów określone na podstawie polimorfizmu identyfikowanego metodą REMAP zawierały się w przedziale 0,85 0,96, zaś metodą ISSR 0,84 0,98, średnio 0,90 niezależnie dla każdej z metod. Współczynnik korelacji matryc indeksów podobieństwa był statystycznie istotny i wyniósł 0,69. Wysokie podobieństwo genetyczne analizowanych form A. fatua wskazuje na ich małą różnorodność. Podobieństwo genetyczne obiektów skolekcjonowanych w Polsce było nieznacznie większe, aniżeli form pochodzących z innych rejonów świata. Niezależnie od zastosowanej metody oceny polimorfizmu DNA topologia uzyskanych dendrogramów była podobna (rys. 1 i 2). Rys. 2. Dendrogram analizowanych ekotypów A. fatua L. uzyskany metodą UPGMA w oparciu o polimorfizm identyfikowany metodą REMAP Fig. 2. UPGMA dendrogram of the analysed A. fatua L. ecotypes based on polymorphism identified by the REMAP method Najmniejszym podobieństwem do wszystkich badanych form charakteryzował się AVE 270 pochodzący z Albanii. Usytuował się on na obrzeżach obu dendrogramów. Pozostałe obiekty uformowały dwa klastry. W obrębie pierwszego z nich znalazły się formy: PI 51601, PI 51635 oraz 03C0701476. W tej grupie skupień na dendrogramie skonstruowanym na podstawie polimorfizmu markerów ISSR znalazł się również 1963 VIR. Pozostałe ekotypy utworzyły na obu dendrogramach odrębny klaster, jednakże zaobserwowano dość duże różnice w obrębie subklastrów. 240

DYSKUSJA Avena fatua L. jest jednym z siedmiu heksaploidalnych gatunków w obrębie rodzaju Avena L. (Zeller, 1998), a jego skład genomowy, podobnie jak u pozostałych heksaploidów opisano jako AACCDD (Rajhtahy i Thomas, 1974). Spadek zróżnicowania genetycznego odmian A. sativa skłania do poszukiwania zmienności w gatunkach pokrewnych. Najprostszym i budzącym najmniej kontrowersji sposobem poszerzenia zmienności odmian jest wprowadzenie pożądanych genów z gatunków dzikich poprzez krzyżowanie. W obrębie rodzaju Avena nie stwierdzono występowania barier krzyżowalności na heksaploidalnym poziomie ploidalności (Leggett, 1992). Uzyskiwane mieszańce są płodne i stabilne cytogenetycznie, a więc możliwy jest transfer genów z gatunków dzikich do form uprawnych (Leggett, 1992; Chrząstek i in., 2003). A. fatua był zaledwie kilkakrotnie obiektem analiz molekularnych. Cavan i wsp. (1998) wykorzystując metodę RAPD stwierdzili możliwość spontanicznego powstawania mieszańców międzygatunkowych A. sterilis A. fatua i wyjaśnili zjawisko rozprzestrzeniania się odporności na herbicydy. Fennimore i wsp. (1999) zidentyfikowali markery RAPD sprzężone z genami warunkującymi długi okres spoczynku ziarniaków u A. fatua. Chrząstek i wsp. (2003) stosując tę samą metodę potwierdzili mieszańcowy charakter kombinacji A. sativa A. fatua. Analiza polimorfizmu DNA pozwala na bezpośrednie oszacowanie zróżnicowania genetycznego (Sztuba-Solińska, 2005). Ocenę zmienności genetycznej w obrębie A. fatua przeprowadzili Mengistu i wsp. (2005) wykorzystując polimorfizm identyfikowany metodami RAPD i ISSR, zaś Li i wsp. (2007) metodą SSR. Mengistu i wsp. (2005) analizowali 36 amerykańskich populacji A. fatua, skolekcjonowanych w Północnej Dakocie, odpornych i wrażliwych na herbicydy. Średni dystans genetyczny pomiędzy badanymi przez autorów formami wyniósł zaledwie 0,08. Populacje tego gatunku pochodzące z USA oraz sześciu prowincji Chin oceniali Li i wsp. (2007). Uzyskane przez autorów wyniki również wykazały duże podobieństwo badanych form indeksy podobieństwa przyjmowały wartości od 0,87 do 0,99. W niniejszej pracy w celu określenia zróżnicowania genetycznego A. fatua zastosowano metody ISSR i REMAP. Wartości indeksów podobieństwa genetycznego, obliczone niezależnie, na podstawie polimorfizmu identyfikowanego za pomocą obu technik, były zbliżone do uzyskanych w badaniach Mengitsu i wsp. (2005) oraz Li i wsp. (2007). Zarówno wyniki badań własnych, jak i cytowanych wyżej autorów wykazały niewielkie zróżnicowanie genetyczne A. fatua na poziomie DNA, co wskazuje na małą różnorodność tego gatunku. Jednocześnie wysokie wewnątrzgatunkowe podobieństwo genetyczne nie odzwierciedla dużych zdolności adaptacyjnych owsa głuchego. Wartość współczynnika informacji o polimorfizmie (PIC) dla poszczególnych starterów ISSR wynosiła od 0,21 do 0,81, zaś dla par starterów REMAP wahała się od 0,47 do 0,99. Średnia wartość tego indeksu obliczona niezależnie dla każdej z metod była identyczna i wyniosła 0,65. Li i wsp. (2000) stosując zaprojektowane dla owsa startery SSR dla 12 gatunków z rodzaju Avena uzyskali średnią wartość PIC 0,57 (0,28 0,79), zaś dla 20 odmian Avena sativa 0,51 (0,10 0,85). Metoda analizy polimorfizmu długości 241

242 Edyta Paczos-Grzęda... sekwencji mikrosatelitarnych (SSR) jest postrzegana jako najbardziej efektywna w detekcji polimorfizmu (Powell i in., 1996). Wyniki uzyskane w badaniach własnych wskazują, że metody ISSR i REAMP identyfikują podobny poziom polimorfizmu, porównywalny z uzyskiwanym w metodzie SSR, jednakże z uwagi na większą wydajność, metodą z wyboru do analizy podobieństwa genetycznego w obrębie A. fatua powinna być REMAP. Na podstawie polimorfizmu DNA identyfikowanego metodami ISSR i REMAP przeprowadzono analizę skupień metodą UPGMA. Skonstruowane dendrogramy różniły się od siebie w niewielkim stopniu. Nie stwierdzono jednakże wspólnej klasteryzacji form pochodzących z podobnych rejonów świata, bądź skolekcjonowanych w jednym banku genów. Mengistu i wsp. (2005) badając zróżnicowanie form owsa głuchego odpornych i wrażliwych na herbicydy wyodrębnili na dendrogramie 10 grup, przy czym 27 z 36 obiektów formowało cztery grupy główne. W trzech klastrach skupiły się formy charakteryzujące się podobnym pochodzeniem i identyczną odpornością na herbicydy. Li i wsp. (2007) analizując podobieństwo genetyczne 7 populacji owsa głuchego pochodzących z Chin i ze Stanów Zjednoczonych, w przeciwieństwie do wyników uzyskanych w niniejszej pracy, obserwowali na dendrogramie formowanie skupień odpowiadających pochodzeniu badanych form. Autorzy stwierdzili jednak, że obiekty pochodzące z obszarów Chin położonych bliżej siebie wcale nie ulegały silniejszej klasteryzacji, aniżeli formy pochodzące z odległych rejonów kraju. WNIOSKI 1. Analiza polimorfizmu DNA z zastosowaniem metod ISSR i REMAP wykazała wysokie podobieństwo genetyczne analizowanych form Avena fatua L. Formy skolekcjonowane w Polsce charakteryzowały się mniejszym zróżnicowaniem genetycznym, aniżeli pochodzące z innych rejonów świata. 2. Efektywność metody REMAP w detekcji polimorfizmu była niemal dwukrotnie wyższa aniżeli metody ISSR, w związku z tym byłaby ona metodą polecaną do dalszych badań zróżnicowania tego gatunku. LITERATURA Cavan G., Biss P., Moss S. R. 1998. Herbicide resistance and gene flow in wild oats (Avena fatua and Avena sterilis ssp. ludoviciana). Ann. Appl. Biol. 133: 207 217. Chrząstek M., Paczos-Grzęda E. 2003. Analiza molekularna i cytologiczna oraz ocena niektórych cech ilościowych mieszańców międzygatunkowych Avena sativa L. A. fatua L. Biul. IHAR 230: 387 397. Comeau A. 1984. Barley yellow dwarf virus resistance in the genus Avena. Euphytica 33: 49 55. Darmency H., Aujas C. 1992. Genetic diversity for competitive and reproductive ability in wild oats (Avena fatua). Weed Science 40: 215 219. Falkowski M., Filipek J., Filipek M., Grzyb S., Kozłowski S., Kukułka I., Rudnicka-Sterna W., Rutkowska B., Sulinowski S. 1982. Trawy polskie. Falkowski M (red.). Państwowe Wydawnictwo Rolnicze i Leśne. Warszawa: 131 134. Fennimore S. A., Nyquist W. E., Shaner G. E., Doerge R. W., Foley M. E. 1999. A genetic model and molecular markers for wild oat (Avena fatua L.) seed dormancy. Theor. Appl. Genet. 99: 711 718. Frey K. J. 1975. Heritability of groat-protein percentage of hexaploid oats. Crop Sci. 15: 227 228.

Frey K. J. 1986. Genetic resources and their use in oat breeding. Proc. of II. Int. Oat Conf. Aberystwyth. Dordrecht: 7 15. Kalendar R., Grob T., Souniemi A., Schulman A. H. 1999. IRAP and REMAP: two new retrotransposons based DNA fingerprinting techniques. Theor. Appl. Genet. 98: 740 711. Kieć J. 2000. Zróżnicowanie morfologiczne, ekologiczne i enzymatyczne gatunku Avena fatua L. występującego na polach Polski południowo-wschodniej. Rozprawa habilitacyjna. Zesz. Nauk. AR. im. Hugona Kołłątaja w Krakowie. Leggett J. M. 1992. Oat science and technology. Agronomy monograph no. 33. American Society of Agron. Crop Sci. Soc. of Amer.: 29 52. Li C. D., Rossnagel B. G., Scoles G. J. 2000. The development of oat microsatellite markers and their use in identifying relationships among Avena species and oat cultivars. Theor. Appl. Genet. 101: 1259 1268. Li R., Wang S., Duan L., Li Z., Christoffers M. J., Mengistu L. W. 2007. Genetic diversity of wild oat (Avena fatua) populations from China and the United States. Weed Sci. 55: 95 101. McMullen M. S., Patterson F. L. 1992. Oat cultivar development in the USA and Canada. In oat science and technology. Edited by H.G. Marshall and Sorrells. American Society of Agronomy. Agronomy Monograph No. 33, Madison, Wis., USA, 573 612. Mengistu L. W., Messersmith C. G., Christoffers M. J. 2005. Genetic diversity of herbicide - resistant and susceptible Avena fatua populations in North Dakota and Minnesota. Weed Res. 45: 413 423. Milach S. C. K., Rines H. W., Philips R. L., Stuthman D. D., Morikawa T. 1998. Inheritance of a new dwarfing gene in oat. Crop Sci. 38: 356 360. Milligan B. G. 1992. Plant DNA isolation. In: Molecular analysis of populations: a practical approach. IRL Press, Oxford, UK, 59 88. Mirza B., Mohammad S., Ahmad M., Fu Y. B. 2007. Genetic diversity in Pakistani populations of Avena fatua revealed by seed storage protein polymorphism. Comm. Biomet. and Crop Sci. 2: 41 48. Morikawa T. 1989. Genetic analysis on dwarfness of wild oats, Avena fatua. Jap. J. Genet. 64: 363 371. Morikawa T., Sumiya M., Kuriyama S. 2007. Transfer of new dwarfing genes from the weed species Avena fatua into cultivated oat A. byzantina. Plant Breed. 126: 30 35. Nalewaja J. D. 1977. Wild oats: global gloom. Proc. West. Soc. of Weed Science. Vol. 30: 21 32. Nei M. 1973. Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 70: 3321 3323. Nei M., Li H. 1979. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 76: 5269 5273. Powell W., Machray G., Provan J. 1996. Polymorphism revealed by simple sequence repeats. Trends in Plant Science. 1: 215 222. Rajhathy T., Thomas H. 1974. Cytogenetics of oats (Avena L.). Misc. Publ. Genet. Soc., No. 2. Ottawa, Ontario, Kanada: 5 90. Rines H. W., Stuthman D. D., Briggle L. W., Youngs V. L., Jedlinski H., Smith D. H., Webster J. A., Rothman P. R. 1980. Collection and evaluation of Avena fatua for use in oat improvement. Crop Sci. 20: 63 68. Rohlf F. J. 2001. NTSYS-pc numerical taxonomy and multivariate analysis system. Version 5.1. Exeter Publishing Ltd., Setauket, N.Y. Sharma M. D., Van Den Born W. H. 1978. The biology of Canadian weeds. Avena fatua L. Can. J. Plant Sci. 58: 141 157. Skrzyczyńska J., Pawlonka Z. 1998. Ekspansja owsa głuchego. Now. Rol. 5 (6): 13 14. Sztuba-Solińska J. 2005. Systemy markerów molekularnych i ich zastosowanie w hodowli roślin. Kosmos 54: 227 239. Welch R. W., Leggett J. M. 1997. Nitrogen content, oil content and oil composition of oat cultivars (Avena sativa) and wild Avena species in relation to nitrogen fertility, yield and partitioning of assimilates. J. Cereal Sci. 26: 105 120. Zeller F. J. 1998. Nutzung des genetischen Potenzials der Avena Wildarten zur Verbesserung des Saathafers (Avena sativa L.). J. Appl. Genet. 72: 180 185. Ziętkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. 1994. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR) anchored polymerase chain reaction amplification. Genomics 20: 176 183. 243