Infrastruktura PLGrid Usługi dla chemii obliczeniowej

Podobne dokumenty
Infrastruktura PLGrid Nowa jakość usług informatycznych dla Polskiej Nauki

Infrastruktura PLGrid dla młodych naukowców

Infrastruktura PLGrid Nowa jakość usług informatycznych dla Polskiej Nauki

Infrastruktura PLGrid Nowa jakość usług informatycznych w służbie nauki

Infrastruktura PLGrid Nowa jakość usług informatycznych w służbie nauki

Infrastruktura PLGrid Nowa jakość usług informatycznych dla Polskiej Nauki

Infrastruktura PLGrid dla młodych polskich naukowców

Efektywne wykorzystanie zasobów PLGrid w chemii obliczeniowej

Infrastruktura PLGrid (nie tylko) dla młodych naukowców

PLGrid: informatyczne usługi i narzędzia wsparcia w nauce

Środowisko InSilicoLab dla chemii obliczeniowej

Infrastruktura PLGrid: narzędzia wsparcia w nauce i dydaktyce. Mariola Czuchry, Klemens Noga, Katarzyna Zaczek. ACK Cyfronet AGH

Efektywne wykorzystanie zasobów PLGrid w chemii obliczeniowej

Środowisko InSilicoLab dla chemii obliczeniowej

Infrastruktura PL-Grid wsparciem dla naukowców

Infrastruktura PL-Grid wsparciem dla naukowców

Wsparcie polskich naukowców infrastrukturą informatyczną PLGrid

Akademickie Centrum Komputerowe

Jak wykorzystać Wirtualne Laboratorium Cyfronetu w pracy naukowej?

Infrastruktura PL-Grid wsparciem dla naukowców

Infrastruktura PL-Grid wsparciem dla naukowców

Infrastruktura gridowa

Infrastruktura PL-Grid wsparcie i rozwiązania dla polskiej nauki

Wprowadzenie do użytkowania infrastruktury PL Grid. Bartosz Bosak Piotr Kopta Tomasz Piontek

Plan prezentacji. Infrastruktura PLGrid. Zasoby i usługi oferowane przez PLGrid. Oprogramowanie. Użytkownicy. kto i jak może zostać użytkownikiem

Zasoby i usługi Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego

IT Solutions and Hardware Resources extending the National Grid Infrastructure for Polish Science

Usługi i narzędzia QCG

Infrastruktura PLGrid

Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe

Cyfronet w CTA. Andrzej Oziębło DKDM

Infrastruktura PL-Grid - usługi dla chemii obliczeniowej

Klaster obliczeniowy

Piotr Dziubecki Piotr Grabowski, Tomasz Kuczyński Tomasz Piontek, Dawid Szejnfeld, PCSS

Usługi HEP w PLGrid. Andrzej Olszewski

Zasoby obliczeniowe Poznańskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego

Komputery Dużej Mocy w Cyfronecie. Andrzej Oziębło Patryk Lasoń, Łukasz Flis, Marek Magryś

Technologie taśmowe wprowadzenie i zastosowania. Jacek Herold, WCSS

CA w praktyce Warsztaty promocyjne dla użytkowników Usługi Powszechnej Archiwizacji. Gracjan Jankowski, Maciej Brzeźniak, PCSS

Równoległe aplikacje duŝej skali w środowisku PL-Grid. Kick-off PL-GRID Kraków, kwietnia 2009

Efektywne wykorzystanie klastra Zeus w obliczeniach wykonywanych pakietem Blender. Maciej Czuchry, Klemens Noga

Bartosz Bosak Piotr Kopta Tomasz Piontek

Skalowalna Platforma dla eksperymentów dużej skali typu Data Farming z wykorzystaniem środowisk organizacyjnie rozproszonych

USŁUGI HIGH PERFORMANCE COMPUTING (HPC) DLA FIRM. Juliusz Pukacki,PCSS

Projekt współfinansowany przez Unię Europejską w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Opis oferowanego przedmiotu zamówienia

Laboratorium Chmur obliczeniowych. Paweł Świątek, Łukasz Falas, Patryk Schauer, Radosław Adamkiewicz

Wykorzystanie platformy GPGPU do prowadzenia obliczeń metodami dynamiki molekularnej

Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe

System Użytkowników Wirtualnych

High Performance Computers in Cyfronet. Andrzej Oziębło Zakopane, marzec 2009

Program Obliczeń Wielkich Wyzwań Nauki i Techniki (POWIEW)

Efektywne wykorzystanie klastra Zeus w obliczeniach naukowych

Laboratorium Wirtualne w środowisku gridowym

Rejestracja użytkownika Bentley Często zadawane pytania techniczne

Wdrożenie infrastruktury klucza publicznego (PKI) dla użytkowników sieci PIONIER

Nowe aplikacje i usługi w środowisku Grid

INŻYNIERIA OPROGRAMOWANIA

Odpowiedź na pytania Wykonawców

Opis aktualizacji programu Kancelaria Komornika

Działanie 2.3: Inwestycje związane z rozwojem infrastruktury informatycznej nauki

Usługi kampusowe U3 w projekcie PLATON. Wrocław, czerwiec 2012

SZKOLENIE DLA NAUCZYCIELI Z WYKORZYSTANIEM

Xopero Backup Build your private cloud backup environment. Rozpoczęcie pracy

7.2 Szkoleniowiec Tworzenie szkolenia Zarządzanie szkoleniami Operator Rejestracja Użytkowników

System Zdalnej Obsługi Certyfikatów 2.0 Instrukcja użytkownika

Certyfikat Certum Basic ID. Instrukcja dla użytkowników Windows Vista. wersja 1.3 UNIZETO TECHNOLOGIES SA

Instrukcja dla użytkowników Windows Vista Certyfikat Certum Basic ID

System Zdalnej Obsługi Certyfikatów Instrukcja użytkownika

Zasady_Funkcjonowania.odt 1.2 Zespół Planowania Strategicznego. Cyfronet, ICM, WCSS, PCSS, TASK,

CC1 Cracow Cloud One

Sieć PIONIER i sieci miejskie Warsztaty

SUPERKOMPUTER OKEANOS BADAWCZE GRANTY OBLICZENIOWEWE

Zintegrowany system usług certyfikacyjnych. Dokumentacja użytkownika. Obsługa wniosków certyfikacyjnych i certyfikatów. Wersja dokumentacji 1.

PL-Grid i PLGrid Plus fundusze unijne wspierają przyspieszenie procesów innowacyjnych w obszarze e-science w Polsce

Instrukcja wgrywania Certyfikatu Klienta do przeglądarki Mozilla Firefox. System Bankowości Internetowej KIRI BS 2012

Tworzenie i obsługa wirtualnego laboratorium komputerowego

Exchange 2007 Konfiguracja protokołu SSL/TLS w serwerze pocztowym Exchange 2007 wersja 1.1 UNIZETO TECHNOLOGIES S.A.

Efektywne wykorzystanie zasobów obliczeniowych KDM w PCSS

Win Admin Monitor Instrukcja Obsługi

System Zdalnej Obsługi Certyfikatów 2.0 Instrukcja użytkownika

Wysyłka wniosko w ZUS - EKS. Instrukcja użytkownika aplikacji Wysyłka wniosków ZUS EKS

Exchange Konfiguracja protokołu SSL/TLS w serwerze pocztowym Exchange wersja 1.0

Portal SRG BFG Instrukcja korzystania z Portalu SRG BFG

Tom 6 Opis oprogramowania Część 8 Narzędzie do kontroli danych elementarnych, danych wynikowych oraz kontroli obmiaru do celów fakturowania

Cyfronet Centrum komputerowe przyjazne użytkownikom

Wyższa Szkoła Bankowa we Wrocławiu

TECHNOLOGIA INFORMACYJNA

Katalog FEN NVR. Samsung Security Manager. rejestratorów. przeznaczonych do współpracy z oprogramowaniem

Polityka wspierania prac naukowych i wdrożeniowych w obszarze informatyki jako element budowy społeczeństwa informacyjnego w Polsce

Podręcznik użytkownika

Uslugi chmurowe dla nauki na podstawie BonFIRE

Logowanie z zewnątrz. Np. Program PUTTY, SSH

LIDERZY DATA SCIENCE CENTRUM TECHNOLOGII ICM CENTRUM TECHNOLOGII ICM ICM UW TO NAJNOWOCZEŚNIEJSZY OŚRODEK DATA SCIENCE W EUROPIE ŚRODKOWEJ.

Exchange Konfiguracja protokołu SSL/TLS w serwerze pocztowym Exchange wersja 1.0 UNIZETO TECHNOLOGIES S.A.

Win Admin Replikator Instrukcja Obsługi

Szanowni Państwo, za pomocą poczty elektronicznej telefonicznie pod numerem Zespół Kylos.

Portal SRG BFG. Instrukcja korzystania z Portalu SRG BFG

Agenda. Podstawowe informacje o IT Essentials Prezentacja systemu e- learning Akademii Cisco. nauczycieli Kolejne kroki na przyszłość Podsumowanie

Instrukcja aktywacji i instalacji Certum Code Signing

Exchange Konfiguracja protokołu SSL/TLS w serwerze pocztowym Exchange wersja 1.0

Transkrypt:

Infrastruktura PLGrid Usługi dla chemii obliczeniowej Klemens Noga ACK Cyfronet AGH Wydział Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego, Kraków 15 maj 2015

Agenda ACK Cyfronet AGH główne kompetencje Infrastruktura PLGrid PLGrid to Oferta Dostęp do Infrastruktury Kto może uzyskać dostęp Portal PLGrid Wnioskowanie o zasoby Co nas wyróżnia

ACK Cyfronet AGH

Główne kompetencje

Infrastruktura PLGrid

PLGrid to... Infrastruktura obliczeniowa dla polskich naukowców. Udostępnia usługi informatyczne o satysfakcjonującym i gwarantowanym poziomie jakości

Struktura konsorcjum Akademickie Centrum Komputerowe CYFRONET AGH w Krakowie (koordynator) Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej Poznańskie Centrum Superkomputerowo Sieciowe w Poznaniu Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego w Warszawie Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe we Wrocławiu

Infrastruktura PLGrid W infrastrukturze liczy blisko 3000 użytkowników. Efektem prac prowadzonych z pomocą Infrastruktury jest ponad 1000 publikacji. Znakomita większość publikacji jest znajduje się w czasopismach z Listy Filadelfijskiej oraz jest wysoko punktowana przez MNiSW Z infrastruktury korzystają: 700 Histogram liczby publikacji wobec punktacji MNSIW czasopism z Listy Filadelfijskiej Pracownicy naukowi i dydaktyczni Doktoranci Magistranci w ramach prac dyplomowych Studenci 600 500 400 587 436 Inne osoby uczestniczące w badaniach naukowych (w tym obcokrajowcy) 300 200 200 100 0 85 58 41 19 3 1 6 50 45 40 35 30 25 20 15 10 1

Rozwój PLGrid Dziedzinowe Usługi Nowej Generacji w Infrastrukturze PLGrid dla Polskiej Nauki Centrum Kompetencji w Zakresie Rozproszonych Infrastruktur obliczeniowych Typu Gridowego - PLGridCore

Oferta

Główne usługi

Parametry zasobów obliczeniowych 588,02 TFLOPS 40 288 rdzeni 107,9 TB RAM 5.8 PB dysków

Parametry zasobów obliczeniowych Moc obliczeniowa

Parametry zasobów obliczeniowych

Parametry zasobów obliczeniowych Dostępne rodzaje procesorów Intel Xeon 4- oraz 6-rdzeniowe (do 12 rdzeni na węźle) AMD Opteron 6-, 12-, 16-rdzeniowe (do 64 rdzeni na węźle) Akceleratory obliczeń karty GPGPU NVidia Tesla (do 8 kart na węźle) Intel Xeon Phi (do 2 kart na węźle) Różne konfiguracje węzłów obliczeniowych od 8 do 64 rdzeni na węzeł do 256 GB RAM na węzeł vsmp (Intel Xeon) do 6 TB RAM oraz 768 rdzeni Pełna konfiguracja na stronie: www.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/hpc

Sposoby dostępu PLGrid to różne sposoby dostępu do zasobów lokalne systemy kolejkowe na klastrach (CLI oraz GUI) oprogramowania pośredniczące (UNICORE, QosCosGrid, glite) maszyny wirtualne portale sieciowe (InSilicoLab, GridSpace2, PLG-Data, DataNet,...) Zarządzanie dostępem do usług poprzez Portal Użytkownika PLGrid (https://portal.plgrid.pl) Katalog usług usługi ogólne - https://docs.plgrid.pl/uslugi usługi dedykowane wybranym dziedzinom nauki - https://docs.plgrid.pl/uslugi_dziedzinowe

Oprogramowanie Biologia: AutoDock/AutoGrid, BLAST, Clustal, CPMD, Gromacs, NAMD Chemia kwantowa: ADF, Amber, CFOUR, Dalton, GAMESS, Gaussian, Molpro, MOPAC, NWChem, Siesta, TURBOMOLE Fizyka: ANSYS Fluent, Abaqus, Meep, OpenFOAM, ROOT, Geant Obliczenia matematyczne i symulacje: MATLAB (Simulink), R (Bioconductor), Wolfram Mathematica Bazy danych Języki skryptowe Python, R, Ruby Możliwość wykorzystania własnych licencji Możliwość instalacji dowolnego oprogramowania Unix/Linux Windows poprzez PLGrid Cloud https://aplikacje.plgrid.pl/

Oferta - InSilicoLab http://insilicolab.grid.cyfronet.pl Środowisko pracy z systemem zintegrowanych narzędzi, które: wspomagają zarządzanie złożonymi obliczeniami automatyzują powtarzalne cykle obliczeń umożliwiają w wygodny sposób zarządzanie procesem obliczeń ułatwiają zarządzanie rozproszonymi danymi eksperymentu umożliwiają wspólną analizę rezultatów wielu równoległych obliczeń ułatwiają współpracę pomiędzy badaczami pracującymi nad wspólnymi projektami nie rozpraszają użytkowników wykorzystywaną technologią - bez forsowania zmiany sposobu myślenia naukowców

Oferta - InSilicoLab Dostępne domeny badawcze Chemia kwantowa oraz biochemia Astrofizyka obliczenia pakietami Gaussian, GAMESS, Turbomole Trajectory Sculptor - półautomatyczne przycinanie dużych układów molekularnych (np. wyników symulacji MD) możliwość łączenia obu typów eksperymentów obliczenia hydrodynamiczne metodami objętości skończonej obliczenia dla konsorcjum Cherenkov Telescope Array (CTA)

PLG-Data Dostęp do plików przez przeglądarkę internetową

QCG-Icon http://www.qoscosgrid.org/trac/qcg-icon Lekka aplikacja graficzna dostępna na platformach Windows, Linux oraz MacOSX integracja z systemem operacyjnym Automatyczny transfer plików wejściowych i wynikowych Monitorowanie statusów zada oraz podgląd wyników cząstkowych również przez https://qcg-monitoring.man.poznan.pl/ Szerokie portfolio wspieranych aplikacji (w tym różne pakiety dla chemii kwantowej) MATLAB, R, NAMD, ANSYS Fluent i CFX Gaussian GAMESS Molpro Mathematica LAMMPS Quantum ESPRESSO GROMACS BASH NWChem CPMD

Narzędzia pracy zespołowej Adobe Connect - to cenione na rynku rozwiązanie do prowadzenia telekonferencji do 50 uczestników jednocześnie. Confluence - to przestrzeń typu "wiki do agregowania wiedzy. Jira - to narzędzie do planowania pracy i śledzenia jej efektów. Stash - oprogramowanie do śledzenia zmian w kodzie źródłowym

Dostęp do Infrastruktury

Portal PLGrid Rejestracja elektroniczna przez Portal Użytkownika PLGrid (https://portal.plgrid.pl) Weryfikacja użytkownika na podstawie nr OPI i danych w bazie Ludzie Nauki (http://www.nauka-polska.pl/) Po rejestracji użytkownik uzyskuje możliwość: Zarządzanie dostępem do usług i wielu aplikacji Monitoring zużycia zasobów Zarządzanie grantami obliczeniowymi Zarządzanie certyfikatami gridowymi Dostęp do wszystkich zasobów przy użyciu jednego konta i jednego hasła (lub certyfikatu gridowego)

Certyfikaty gridowe Certyfikat jest niezbędny do dostępu do infrastruktury gridowej, jest dowodem osobistym użytkownika i potwierdza jego tożsamość w usługach gridowych zastępuje hasło Certyfikaty są wystawiane przez zaufane Centra Certyfikacji (ang. Certification Authority, CA) Certyfikaty zwykle ważne są jeden rok Zadania obliczeniowe posługują się certyfikatem krótko żyjącym (proxy) możliwe jest jego automatyczne odnawianie

Certyfikaty gridowe - centra certyfikacji Dla użytkowników PL-Gridu dostępne są dwa CA Simple CA (http://plgrid-sca.wcss.wroc.pl) Polish Grid CA (https://plgrid-ca.pl) Simple CA: certyfikat uzyskuje się poprzez portal https://portal.plgrid.pl/ generowany na żądanie dla każdego użytkownika (automatycznie) dostęp ograniczony do polskich zasobów PL-Grid CA certyfikat uzyskuje się poprzez portal https://plgrid-ca.pl użytkownik musi potwierdzić tożsamość w Urzędzie Rejestracji (RA) umożliwia pracę na całości gridu w European Grid Initiative (EGI)

Certyfikaty gridowe - formaty certyfikatów Certyfikaty gridowe mogą być przechowywane w różnych formatach. Najbardziej rozpowszechnione to: PKCS #12 PEM certyfikat wraz z kluczem prywatnym znajduje się w jednym pliku binarnym zwykle o rozszerzeniu.p12 certyfikat stanowi para plików tekstowych: klucz prywatny (zwykle userkey.pem) plik certyfikatu (zwykle usercert.pem) Certyfikaty w formacie PKCS #12 używane są przez: przeglądarki internetowe większość oprogramowania pośredniczącego Certyfikaty w formacie PEM używane są: większość oprogramowania pośredniczącego (często domyślny format)

Certyfikaty gridowe przeglądarki internetowe Przeglądarki obsługują certyfikaty w formacie PKCS #12 Procedura instalacji zależy od konkretnej przeglądarki Firefox (Windows) Narzędzia Opcje Zaawansowane Szyfrowanie Wyświetl certyfikaty Użytkownik Importuj Tools Options Advanced Security Manage certificates Your certificates Import Firefox (Linux) Edycja Preferencje Zaawansowane Szyfrowanie Wyświetl certyfikaty Użytkownik Importuj Edit Preferences Advanced Security Manage certificates Your certificates Import

QosCosGrid aktywacja usługi Recepta: Wygeneruj swój certyfikat gridowy np. certyfikat z Simple CA na Portalu Użytkownika PL-Grid zakładka "Moje Konto", ramka "Certyfikaty Użytkownika" Zainstaluj swój certyfikat gridowy w przeglądarce Przejdź na Portal Użytkownika PL-Grid - https://portal.plgrid.pl Zarejestruj swój certyfikat w Portalu PL-Grid zakładka "Moje Konto", ramka "Certyfikaty Użytkownika" Aplikuj o usługę "Globalny dostęp QosCosGrid" zakładka "Moje Konto", ramka "Katalog Usług", "Usługi Globalne

InSilicoLab aktywacja usługi Recepta: Wygeneruj swój certyfikat gridowy np. certyfikat z Simple CA na Portalu Użytkownika PL-Grid zakładka "Moje Konto", ramka "Certyfikaty Użytkownika" Zainstaluj swój certyfikat gridowy w przeglądarce Przejdź na Portal Użytkownika PL-Grid - https://portal.plgrid.pl Zarejestruj swój certyfikat w Portalu PL-Grid zakładka "Moje Konto", ramka "Certyfikaty Użytkownika" Aplikuj o usługę "Globalny dostęp glite" zakładka "Moje Konto", ramka "Katalog Usług", "Usługi Globalne" rozprzestrzenianie informacji o użytkowniku w infrastrukturze może trwać do 6 godzin Aplikuj o usługę "InSilicoLab for Chemistry" zakładka "Moje Konto", ramka "Katalog Usług", "Platforma dziedzinowa: Chemia

Wnioskowanie o zasoby Granty w PLGrid Pakiet na start grant osobisty Grant właściwy negocjowanie zasobów w 5 ośrodkach bezpośrednio z administratorami gotowy formularz wniosku jasne zasady rozliczania grantu gwarancja uzyskania zasobów gwarancja bezpieczeństwa

Co nas wyróżnia?

Wsparcie użytkownika Szkolenia zdalne - https://portal.plgrid.pl/ lub https://blackboard.cyfronet.pl/ z trenerem - informacje na http://www.cyfronet.krakow.pl/ Konsultacje z ekspertami Za pośrednictwem Helpdesk PLGrid: https://helpdesk.plgrid.pl helpdesk@plgrid.pl Podręcznik Użytkownika Dostępny online: https://docs.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika Forum użytkowników https://zapytaj.plgrid.pl/

Ćwiczenia Pliki niezbędne do ćwiczeń znajdują się na stronie: http://tinyurl.com/plgrid-chemia

Rejestracja: https://portal.plgrid.pl helpdesk@plgrid.pl +48 12 632 33 55 wew. 312