BBL Oxi/Ferm II Tube Biocode Manual

BBL Oxi/Ferm Tube II Biocode Manual CM-212116.01 Rev.: July 2004 BBL Oxi/Ferm II Tube Biocode Manual Leitfaden zur Interpretation (Codebuch) Manuel des biocodes Manuale dei biocodici Biocode Manual Manual de Biocódigos Biokodehåndbog Biokodmanual Εγχειρίδιο βιοκωδικών Podręcznik kodów biologicznych GB, DE, FR, IT, ES, PT, DK, SE, GR, PL BD Diagnostic Systems Tullastrasse 8 12 D-69126 Heidelberg/Germany BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 1 of 45

CONTENTS / INHALT/ CONTENU/ CONTENUTO/ CONTENIDO/ INDHOLDSFORTEGNELSE/ INNEHÅLL/ ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ/ ZAWARTOŚĆ IMPORTANT NOTES/ WICHTIGE HINWEISE/ REMARQUES IMPORTANTES/ NOTE IMPORTANTI/ NOTAS IMPORTANTES/ VIGTIGE OPLYSNINGER/ VIGTIGT/ ΣΗΜΑΝΤΙΚΕΣ ΣΗΜΕΙΩΣΕΙΣ/ WAŻNE UWAGI BIOCODE DATABASE/ DATENBASIS/ BASE DES DONNÉES / BASE DATI DEI BIOCODICI/ BASE DE DATOS DEL BIOCÓDIGO/ BASE DE DADOS DE BIOCÓDIGOS/ BIOKODE DATABASE/ BIOKOD-DATABAS/ ΒΑΣΗ Ε ΟΜΕΝΩΝ ΒΙΟΚΩ ΙΚΩΝ/ PODRĘCZNIKU KODÓW BIOLOGICZNYCH APPENDIX 1: List of abbreviations used in the Biocode database Liste der Abkürzungen in der Biocode Datenbasis... Liste des abréviations utilisées dans la base de données des biocodes... Elenco delle abbreviazioni usate nella base dati dei biocodici.. Lista de abreviaturas utilizadas en la base de datos de biocódigo... Lista das abreviaturas utilizadas na Base de dados de biocódigos... Liste over forkortelser anvendt i biokode database... Lista på förkortningar som används i biokoddatabasen... Λίστα συντµήσεων που χρησιµοποιούνται στη βάση δεδοµένων βιοκωδικών... Lista skrótów stosowanych w bazie danych kodów biologicznych... APPENDIX 2: Recommended procedures for confirmatory tests.. Empfohlene Verfahren für die Bestätigungstests... Procédures recommandées pour les tests de confirmation Procedure raccomandate per i test di conferma. Procedimientos recomendados para pruebas de confirmación... Procedimentos recomendados para a realização de testes de confirmação. Anbefalede procedurer til bekræftelsestests.. Rekommenderade procedurer för bekräftande tester... Συνιστώµενες διαδικασίες για εξετάσεις επιβεβαίωσης... Zalecane procedury testów potwierdzających... APPENDIX 3: Availability of media and reagents needed for the performance of the confirmatory tests/ Verfügbarkeit von Medien und Reagenzien für die Durchführung der Bestätigungstests/ Disponibilité des milieux et des réactifs nécessaires pour réaliser les tests de confirmation/ Disponibilità dei terreni e reagenti necessari per l esecuzione dei test di conferma/ Disponibilidad de los medios y reactivos necesarios para la realización de las pruebas de confirmación/ Apresentação dos meios e reagentes necessários para o desempenho de testes de confirmação/ Tilgængelighed af nødvendige medier og reagenser til udførelse af bekræftelsestests/ Tillgänglighet för medier och reagens som behövs för utförande av bekräftande tester/ ιαθεσιµότητα υλικών καλλιέργειας και αντιδραστηρίων που χρειάζονται για την εκτέλεση των εξετάσεων επιβεβαίωσης/ Dostępność podłoży i odczynników niezbędnych do wykonania analizy wydajności testów potwierdzających Pages/ Seiten/ Pagine/ Páginas/ Side/ Sidan/ Σελίδες/Strona 3 4-20 21 21 22 23 24 24 25 25 26 27 28 29 31 32 34 35 37 38 40 41 44

BBL Oxi/Ferm Tube II Biocode Manual CM-212116.00 Rev.: July 2003 Important Notes: Before using the BBL Oxi/Ferm Tube II System, please read the Instructions for Use (IA-212116)! Abbreviations used in this manual are explained in APPENDIX 1. Wichtige Hinweise: Vor Verwendung des BBL Oxi/Ferm Tube II-Systems bitte die Gebrauchsanweisung (IA- 212116) lesen! Die hier verwendeten Abkürzungen sind in APPENDIX 1 erklärt. Remarques importantes : Avant d'utiliser le BBL Oxi/Ferm Tube II System, veuillez lire son Mode d'emploi (Document IA-212116). Les abréviations utilisées dans ce manuel sont décrites dans l'annexe 1. Note importanti Prima di usare il sistema BBL Oxi/Ferm Tube II, leggere le Istruzioni per l uso (documento IA-212116)! Le abbreviazioni usate in questo manuale sono spiegate nell APPENDICE 1. Notas importantes: Antes de utilizar el sistema BBL Oxi/Ferm Tube II, lea las Instrucciones de uso! (documento IA-212116) Las abreviaturas utilizadas en este manual se explican en el APENDICE 1. Notas importantes: Antes de se utilizar o Sistema BBL Oxi/Ferm Tube II, ler as Instruções de utilização (Documento IA-212116)! As abreviaturas utilizadas neste manual estão explicadas no ANEXO 1. Vigtige oplysninger: Inden BBL Oxi/Ferm Tube II System anvendes, skal brugsanvisningen læses igennem (dokument IA-212116)! Forkortelserne i denne håndbog er forklaret i TILLÆG I. Viktigt: Läs igenom bruksanvisningen (dokument IA-212116) innan BBL Oxi/Ferm Tube II-systemet används! Förkortningarna som används i denna manual förklaras i BILAGA 1. Σηµαντικές σηµειώσεις: Πριν από τη χρήση του συστήµατος BBL Oxi/Ferm Tube II, διαβάστε την ενότητα Οδηγίες χρήσης (Έγγραφο IA-212116)! Οι συντµήσεις που χρησιµοποιούνται στο εγχειρίδιο αυτό επεξηγούνται στο ΠΑΡΑΡΤΗΜΑ 1. Ważne uwagi: Przed użyciem systemu BBL Oxi/Ferm Tube II należy przeczytać Instrukcje stosowania (IA- 212116)! Zastosowane skróty wyjaśniono w DODATKU 1. CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 3 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests Cat YPig DNA 00000 Acinetobacter lwoffii + - Kingella denitrificans L - - Empedobacter brevis L + + + Oligella urethralis L + - Sphingomonas paucimobilis L + + - Plump cocci 00001 Pasteurella multocida 45% - - Moraxella spp. 42% - + Pseudomonas spp. not Ps. aeruginosa +/ (-) Alcaligenes faecalis L + 00002 Acinetobacter lwoffii - Pseudomonas alcaligenes L + Flagella 00003 Pseudomonas spp. not Ps. aeruginosa pol/ - Pseudomonas alcaligenes L pol Alcaligenes faecalis L peri 00004 Acinetobacter lwoffii DNA TOB 00005 Moraxella spp. 44% - - S Shewanella putrefaciens 34% + + S Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter 19% + - R Bordetella bronchiseptica L + - S Oligella urethralis L - - S 00006 Acinetobacter lwoffii 82% - Stenotrophomonas maltophilia 16% + Flagella YPig 00007 Bordetella bronchiseptica 27% peri - Myroides odoratus 24% - + Moraxella spp. 18% - - Alcaligenes spp. L peri - Delftia acidovorans L pol - Ochrobactrum anthropi L peri -/(+) YPig 00011 Brevundimonas diminuta 83% - Brevundimonas vesicularis 13% + 00012 Stenotrophomonas maltophilia DNA 00013 Brevundimonas diminuta 56% + - Flavobacterium spp. 34% - v Shewanella putrefaciens 10% + + 00015 Shewanella putrefaciens 00016 Stenotrophomonas maltophilia 00017 Shewanella putrefaciens CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 4 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests 00042 Stenotrophomonas maltophilia 00046 Stenotrophomonas maltophilia Cet AMI 00103 Pseudomonas stutzeri 39% - - S Achromobacter xylosoxidans subsp. 25% + - R xylosoxidans Pseudomonas fluorescens 9% + + S McC DNA 00107 Sphingobacterium multivorum 45% - - - Achromobacter spp. 26% + + - Myroides odoratus 13% - + + McC DNA 00113 Pseudomonas putida 42% + + R Flavobacterium spp. 38% - - R Brevundimonas diminuta 19% + - S 00115 Flavobacterium spp. 00117 Pseudomonas putida 86% + Flavobacterium spp. 14% - 00123 Chryseobacterium meningosepticum 00141 Flavobacterium spp. 00147 Sphingobacterium multivorum 00161 Chryseobacterium meningosepticum 00165 Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter 00202 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus Cet 00203 Achromobacter xylosoxidans subsp. 64% - xylosoxidans Pseudomonas stutzeri 31% - RUr Cet POL 00207 Achromobacter spp. 56% + - S Ralstonia pickettii 23% - - R Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 20% - + S RUr 00247 Achromobacter spp. 89% + Brevundimonas diminuta 16% - NO3 00301 Pseudomonas stutzeri 84% + Brevundimonas diminuta 16% - CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 5 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests YPig 00302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus - Pseudomonas oryzihabitans L + AMI TOB 00303 Pseudomonas fluorescens 47% + S R Pseudomonas putida 25% - S S Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 12% - R R 00305 Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter YPig 00306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus - Pseudomonas oryzihabitans L + RUr 00307 Ralstonia pickettii 63% - Achromobacter spp. 23% + 00313 Pseudomonas putida 00317 Pseudomonas putida 00342 Pseudomonas oryzihabitans L YPig 00346 Achromobacter spp. - Pseudomonas oryzihabitans L + RUr Cet AMI 00347 Achromobacter spp. 52% + - S Ralstonia pickettii 41% - - R Pseudomonas putida 7% - + S 00353 Pseudomonas putida 00365 Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter 00366 Achromobacter spp. 00401 Flavobacterium spp. 00403 Flavobacterium spp. 00407 Flavobacterium spp. 00411 Flavobacterium spp. 00413 Flavobacterium spp. 00417 Flavobacterium spp. 00421 Chryseobacterium meningosepticum 00441 Flavobacterium spp. 00501 Flavobacterium spp. 00503 Flavobacterium spp. CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 6 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests 00541 Chryseobacterium meningosepticum L DNA 00543 Chryseobacterium meningosepticum 54% + Chryseobacterium indologenes 46% 1 01001 Brevundimonas vesicularis 67% + Pasteurella multocida 23% - 01003 Moraxella spp. 01005 Brevundimonas vesicularis L YPig 01007 Moraxella spp. 79% - - Sphingobacterium multivorum 11% - + Achromobacter spp. 10% + - Comamonas testosteroni/terrigena L YPig ßhem 01011 Brevundimonas diminuta 60% - - Brevundimonas vesicularis 40% + - 01201 Brevundimonas vesicularis 01303 Achromobacter spp. Flagella 02001 Moraxella spp. 51% - Alcaligenes faecalis 16% + Peri Pseudomonas stutzeri 15% + Pol Flagella 02003 Pseudomonas stutzeri 52% Pol Alcaligenes spp. 45% Peri DNA 02005 Shewanella putrefaciens 46% + + Moraxella spp. 41% - - Alcaligenes faecalis 10% + - 02007 Myroides odoratus 51% - Alcaligenes spp. 36% + Pseudomonas spp. 12% + 02011 Brevundimonas diminuta DNA 02013 Brevundimonas diminuta 88% - Shewanella putrefaciens 12% + 02015 Shewanella putrefaciens 02017 Shewanella putrefaciens Cet 02103 Pseudomonas stutzeri 88% - Achromobacter xylosoxidans subsp. denitrificans 9% + CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 7 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests 02107 Ralstonia pickettii 83% + Myroides odoratus 14% - 02141 Pseudomonas stutzeri 02147 Ralstonia pickettii 85% + Myroides odoratus 14% - Cet 02203 Pseudomonas stutzeri 74% - Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 24% + 02301 Pseudomonas stutzeri Cet AMI POL 02303 Pseudomonas stutzeri 46% - S S Ralstonia pickettii 40% - R R Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 14% + R S 02307 Ralstonia pickettii 03001 Brevundimonas diminuta YPig 04001 Flavobacterium spp. + Pasteurella multocida L - 04002 Stenotrophomonas maltophilia 04003 Flavobacterium spp. 04005 Sphingobacterium multivorum 54% - Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter 44% + YPig 04006 Stenotrophomonas maltophilia 83% + Achromobacter spp. 16% - 04007 Bordetella bronchiseptica 69% + Sphingobacterium multivorum 26% - 04042 Stenotrophomonas maltophilia 04046 Stenotrophomonas maltophilia 04102 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 04106 Achromobacter spp. 53% + Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 47% - 04107 Sphingobacterium multivorum CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 8 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests 04143 Chryseobacterium meningosepticum 79% - Achromobacter spp. 21% + 04147 Sphingobacterium multivorum 04202 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 04203 Achromobacter spp. 04302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus RUr 04303 Pseudomonas fluorescens 79% + Achromobacter spp. 21% 04306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 04323 Achromobacter spp. 04365 Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter YPig 04401 Pasteurella multocida 48% - Flavobacterium spp. 47% + 04501 Flavobacterium spp. TCBS 05001 Pasteurella multocida - Vibrio alginolyticus + 05002 Achromobacter spp. 05005 Sphingobacterium multivorum 05007 Sphingobacterium multivorum 88% - Achromobacter spp. 12% + 05161 Aeromonas hydrophila 05171 Aeromonas hydrophila 05401 Pasteurella multocida Flagella 06003 Pseudomonas stutzeri 53% Pol Alcaligenes spp. 44% Peri 10000 Acinetobacter lwoffii Flagella 10001 Pseudomonas spp. 61% Pol Alcaligenes faecalis 23% Peri 10002 Stenotrophomonas maltophilia 85% + Acinetobacter lwoffii 15% - CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 9 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests TOB Flagella 10003 Delftia acidovorans 32% R Pol Pseudomonas alcaligenes 20% S Pol Achromobacter xylosoxidans subsp. denitrificans 13% Peri 10006 Stenotrophomonas maltophilia 10007 Achromobacter xylosoxidans subsp. denitrificans RUr Flagella 34% - Peri Delftia acidovorans 26% - Pol Bordetella bronchiseptica 17% + Peri 10012 Stenotrophomonas maltophilia 10013 Pseudomonas spp. not P. aeruginosa 10016 Stenotrophomonas maltophilia 10017 Shewanella putrefaciens AMI 10041 Burkholderia cepacia 59% R Brevundimonas diminuta 40% S 10042 Stenotrophomonas maltophilia YPig 10043 Burkholderia cepacia 65% - Stenotrophomonas maltophilia 32% + 10046 Stenotrophomonas maltophilia YPig 10047 Stenotrophomonas maltophilia 84% + Burkholderia cepacia 15% - 10052 Stenotrophomonas maltophilia 10056 Stenotrophomonas maltophilia 10057 Stenotrophomonas maltophilia 10101 Burkholderia cepacia 10102 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 10103 Burkholderia cepacia AMI CAR Flagella 10107 Burkholderia cepacia 37% R R Pol Pseudomonas mendocina 32% S S Pol Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 22% R S Peri 10123 Burkholderia cepacia 10143 Burkholderia cepacia CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 10 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests 10147 Burkholderia cepacia 10203 Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 10207 Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 10302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus AMI CAR POL 10303 Burkholderia cepacia 30% R R R Pseudomonas putida 28% S S S Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 25% R S S 10306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus Cet AMI Flagella 10307 Pseudomonas putida 32% + S Pol Ralstonia pickettii 28% - R Pol Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 22% + R Peri 10317 Pseudomonas putida 10327 Burkholderia cepacia AMI 10343 Burkholderia cepacia 69% R Pseudomonas putida 31% S 10401 Vibrio parahaemolyticus 11101 Brevundimonas diminuta 11763 Vibrio cholerae L serol AMI Flagella 12001 Alcaligenes faecalis 63% v Peri Comamonas testosteroni/terrigena 14% S Pol Delftia acidovorans 10% R Pol Cet TOB 12003 Alcaligenes faecalis (odorans) 67% + S Alcaligenes faecalis 17% - S Achromobacter xylosoxidans subsp. denitrificans 15% - R 12007 Alcaligenes spp. DNA 12013 Brevundimonas diminuta 81% - Shewanella putrefaciens 17% + 12017 Shewanella putrefaciens 12101 Pseudomonas stutzeri 12103 Pseudomonas mendocina CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 11 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests 12117 Pseudomonas mendocina 12203 Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans Cet 12207 Achromobacter xylosoxidans subsp. 80% + xylosoxidans Ralstonia pickettii 20% - 12301 Pseudomonas stutzeri AMI 12303 Pseudomonas mendocina 55% S Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 37% R Cet AMI TET 12307 Ralstonia pickettii 70% - R S Pseudomonas mendocina 20% + S S Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 10% + R R 12347 Ralstonia pickettii 12357 Pseudomonas putida 14002 Stenotrophomonas maltophilia 14003 Stenotrophomonas maltophilia 14006 Stenotrophomonas maltophilia Flagella 14007 Bordetella bronchiseptica Peri Delftia acidovorans L Pol 14012 Stenotrophomonas maltophilia 14042 Stenotrophomonas maltophilia 14046 Stenotrophomonas maltophilia 14047 Stenotrophomonas maltophilia 14102 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 14306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 14401 Plesiomonas shigelloides 87% - Vibrio parahaemolyticus 13% + 15021 Vibrio alginolyticus 15421 Vibrio alginolyticus CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 12 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests AMI TOB 20103 Pseudomonas putida 68% - S S Pseudomonas fluorescens 17% + S S Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 11% - R R 42C TOB 20107 Pseudomonas putida 70% - S Pseudomonas fluorescens 12% - R Pseudomonas aeruginosa 10% + S 20143 Pseudomonas putida AMI 20203 Achromobacter xylosoxidans subsp. 82% R xylosoxidans Pseudomonas putida 18% S 42C TOB 20303 Pseudomonas putida 48% - S Pseudomonas aeruginosa 29% + S Pseudomonas fluorescens 22% - R 42C TOB 20307 Pseudomonas aeruginosa 53% + S Pseudomonas putida 36% - S Pseudomonas fluorescens 11% - R 20313 Pseudomonas putida 20323 Pseudomonas aeruginosa 20327 Pseudomonas aeruginosa AMI 22103 Pseudomonas aeruginosa 62% S Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 33% R 22303 Pseudomonas aeruginosa 22307 Pseudomonas aeruginosa 22323 Pseudomonas aeruginosa 22327 Pseudomonas aeruginosa 24107 Pseudomonas fluorescens 24303 Pseudomonas fluorescens 24307 Pseudomonas fluorescens 30003 Achromobacter xylosoxidans subsp. denitrificans L AMI Flagella 30007 Pseudomonas putida S Pol Bordetella bronchiseptica L S Peri Achromobacter xyl. subsp. denitrificans L R Peri CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 13 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests AMI CAR 30103 Pseudomonas mendocina 47% S S Pseudomonas putida 24% S R Burkholderia cepacia 20% R R 42C 30107 Pseudomonas mendocina 57% + Pseudomonas putida 29% - 30141 Burkholderia cepacia L 30203 Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans L 42C TOB 30303 Pseudomonas putida 65% - S Pseudomonas aeruginosa 21% + S Pseudomonas fluorescens 8% - R 42C 30307 Pseudomonas putida 52% - Pseudomonas aeruginosa 40% + 30313 Pseudomonas putida 42C 30317 Pseudomonas putida 89% - Pseudomonas aeruginosa 9% + 30323 Pseudomonas aeruginosa 30327 Pseudomonas aeruginosa 32007 Achromobacter xylosoxidans subsp. 67% denitrificans Alcaligenes spp. 28% 32103 Pseudomonas mendocina 32107 Pseudomonas mendocina 32113 Pseudomonas mendocina 32137 Pseudomonas aeruginosa 32143 Burkholderia pseudomallei serol 32147 Burkholderia pseudomallei serol 32163 Burkholderia pseudomallei serol 32203 Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 32217 Pseudomonas aeruginosa 32303 Pseudomonas aeruginosa 32307 Pseudomonas aeruginosa 32313 Pseudomonas aeruginosa CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 14 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests 32317 Pseudomonas aeruginosa 32323 Pseudomonas aeruginosa 32327 Pseudomonas aeruginosa 32333 Pseudomonas aeruginosa 32337 Pseudomonas aeruginosa 33307 Pseudomonas aeruginosa 42C 34307 Pseudomonas mendocina 66% + Pseudomonas fluorescens 34% - 34401 Plesiomonas shigelloides 34501 Plesiomonas shigelloides 34541 Plesiomonas shigelloides 36103 Pseudomonas mendocina 40001 Brevundimonas vesicularis 50% Sphingomonas paucimobilis 35% 40003 Sphingomonas paucimobilis 59% + Flavobacterium spp. 36% - 40007 Achromobacter spp. YPig 40011 Brevundimonas diminuta 56% + - Brevundimonas vesicularis 37% + + Flavobacterium spp. 7% - + 40101 Flavobacterium spp. 40103 Pseudomonas fluorescens 72% + Pseudomonas putida 16% - 40141 Chryseobacterium meningosepticum 40201 Brevundimonas vesicularis ßhem 40302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus - Acinetobacter haemolyticus L + 40303 Pseudomonas fluorescens 89% + Pseudomonas putida 11% - 40306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 40313 Pseudomonas putida CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 15 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests RUr 40347 Achromobacter spp. 75% + Pseudomonas putida 25% - 40401 Flavobacterium spp. 40403 Chryseobacterium indologenes DNA 40421 Chryseobacterium meningosepticum 86% + Chryseobacterium indologenes 10% - 40423 Flavobacterium spp. 40501 Flavobacterium spp. DNA 40521 Chryseobacterium meningosepticum 71% - + Vibrio parahaemolyticus 15% + Chryseobacterium indologenes 14% - - 40567 Chryseobacterium indologenes 41347 Achromobacter spp. 41541 Chryseobacterium indologenes 44046 Achromobacter spp. 44102 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 44107 Achromobacter spp. 44302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 44303 Pseudomonas fluorescens 44306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 44326 Achromobacter spp. 44347 Achromobacter spp. 44523 Chryseobacterium meningosepticum 44561 Flavobacterium spp. 44571 Vibrio parahaemolyticus 45141 Aeromonas hydrophila 45161 Aeromonas hydrophila ßhem 45163 Aeromonas hydrophila + Aeromonas caviae - 45373 Aeromonas hydrophila 45173 Aeromonas hydrophila CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 16 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests 45563 Aeromonas hydrophila 45571 Aeromonas hydrophila 45573 Aeromonas hydrophila 45575 Aeromonas hydrophila 50101 Burkholderia cepacia 50103 Burkholderia cepacia AMI CAR 50107 Burkholderia cepacia 68% R R Pseudomonas mendocina 14% S S Pseudomonas putida 10% S R 50143 Burkholderia cepacia 50302 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus AMI TOB 50303 Pseudomonas fluorescens 50% S R Burkholderia cepacia 25% R R Pseudomonas putida 24% S S 50306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 50307 Pseudomonas fluorescens 55% + Pseudomonas putida 39% - 50323 Burkholderia cepacia AMI 50343 Burkholderia cepacia 68% R Pseudomonas putida 32% S AMI 50347 Pseudomonas putida 78% S Burkholderia cepacia 22% R 50501 Vibrio parahaemolyticus 50541 Vibrio parahaemolyticus Sali 50543 Vibrio vulnificus L + Vibrio cholerae L - serol 50560 Vibrio parahaemolyticus L 50561 Vibrio parahaemolyticus VP POL 51563 Vibrio cholerae L var var serol Vibrio mimicus L - S 52571 Vibrio parahaemolyticus CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 17 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests 42C 54103 Pseudomonas mendocina 68% + Pseudomonas fluorescens 14% - 42C 54107 Pseudomonas mendocina 90% + Pseudomonas fluorescens 10% - 54160 Vibrio alginolyticus 54161 Vibrio alginolyticus 54306 Acinetobacter baumannii/calcoaceticus 54401 Plesiomonas shigelloides 82% - Vibrio parahaemolyticus 18% + 54441 Plesiomonas shigelloides 79% - Vibrio parahaemolyticus 21% + 54501 Plesiomonas shigelloides 72% - Vibrio parahaemolyticus 28% + 54523 Vibrio alginolyticus 54541 Plesiomonas shigelloides 68% - Vibrio parahaemolyticus 32% + 54543 Vibrio vulnificus L 54560 Vibrio parahaemolyticus L 54561 Vibrio parahaemolyticus 87% Vibrio alginolyticus 13% 54563 Vibrio alginolyticus 55131 Vibrio alginolyticus NOV 55161 Vibrio alginolyticus 74% S Aeromonas hydrophila 26% R NOV 55163 Aeromonas hydrophila 52% R Vibrio alginolyticus 48% S 55167 Aeromonas hydrophila NOV 55173 Aeromonas hydrophila 86% R Vibrio alginolyticus 14% S 55523 Vibrio alginolyticus 55543 Vibrio cholerae L serol CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 18 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests NOV 55561 Vibrio alginolyticus 56% S Aeromonas hydrophila 44% R NOV ONPG VP POL 55563 Aeromonas hydrophila 71% R + + Vibrio alginolyticus 29% S - + Vibrio cholerae L serol + +/- R/S Vibrio mimicus L - S Aeromonas veronii bv. veronii L + + 55573 Aeromonas hydrophila 55761 Vibrio parahaemolyticus L 56571 Vibrio parahaemolyticus 60103 Pseudomonas fluorescens 52% + Pseudomonas putida 48% - 60303 Pseudomonas fluorescens 66% + Pseudomonas putida 34% - 60307 Pseudomonas fluorescens 57% + Pseudomonas putida 43% - 60313 Pseudomonas putida 60517 Pseudomonas putida 62303 Pseudomonas putida 62307 Pseudomonas putida Col 64101 Chromobacterium violaceum L violet 65161 Aeromonas caviae L 65163 Aeromonas hydrophila 65167 Aeromonas hydrophila L Sali 65561 Aeromonas hydrophila + Aeromonas veronii bv. veronii bv. sobria L - 65563 Aeromonas hydrophila 65571 Aeromonas hydrophila 65573 Aeromonas hydrophila 65575 Aeromonas hydrophila L CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 19 of 45

BIOCODE ORGANISM % CF Tests TET 70143 Burkholderia pseudomallei 88% S serol Burkholderia cepacia 8% R 70167 Burkholderia pseudomallei serol 70303 Pseudomonas putida 65% - Pseudomonas fluorescens 33% + 70307 Pseudomonas putida 74% - Pseudomonas fluorescens 25% + 70313 Pseudomonas putida 70317 Pseudomonas putida 70323 Burkholderia cepacia 70347 Pseudomonas putida 72003 Pseudomonas putida 72103 Pseudomonas mendocina 42C 72303 Pseudomonas mendocina 78% + Pseudomonas putida 22% - 42C 72307 Pseudomonas mendocina 78% + Pseudomonas putida 22% - 74541 Plesiomonas shigelloides 75163 Aeromonas hydrophila 75171 Aeromonas hydrophila 75366 Burkholderia cepacia L 75563 Aeromonas hydrophila 75766 Burkholderia cepacia L CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 20 of 45

APPENDIX 1 GB: List of Abbreviations Used in the Biocode Database Abbreviation Explanation % Percent in the headline of the biocode database indicates likelihood in % 42C Growth at 42 C AMI Amicacin (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) CAR Carbenicillin (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) Cat Catalase (3% H 2 O 2 ) Cet Cetrimide (Growth on Pseudosel Agar) CF Tests Confirmatory tests Col Colony coloration (non-diffusible pigment) on Trypticase Soy Agar after 2 to 3 days incubation at optimal growth temperature DNA DNase Test (DNase Test Agar) Flagella Type of flagellation: either pol (polar) or peri (peritrichous) atinase L Profile number determined with limited number of strains only McC Growth on MacConkey II Agar ility NO3 Nitrate reduction to nitrite NOV Novobiocin (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) ONPG ONPG reaction peri Peritrichous flagellation POL Polymyxin B (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) pol Polar flagellation R Resistant RUr Rapid Urease (18 to 24 h incubation) S Susceptible Sali Acid formation from salicin serol Confirm identification with serological tests ßhem Beta hemolysis on sheep blood agar (Columbia Agar + 5% Sheep Blood) TCBS Growth on TCBS Agar TET Tetracyclin (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) TOB Tobramycin (disc diffusion test on Mueller Hinton II Agar) var Variable result (either + or -, R or S) possible VP Voges Proskauer reaction Ypig Yellow pigment on Trypticase Soy Agar APPENDIX 1 DE: Liste der Abkürzungen in der Biocode Datenbasis Abkürzung Erklärung % Prozent in der Kopfzeile der Biocode Datenbasis gibt die Wahrscheinlichkeit in % an. 42C Wachstum bei 42 C AMI Amicacin (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) CAR Carbenicillin (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) Cat Katalase (3% H 2 O 2 ) Cet Cetrimid (Wachstum auf Pseudosel Agar) CF Tests Bestätigungstests Col Koloniefarbe (nicht ins Medium diffundierendes Pigment) auf Trypticase Soja Agar nach 2 bis 3 Tagen bei optimaler Wachstumstemperatur DNA DNase Test auf DNase Test Agar Flagella Typ der Begeißelung: entweder polar (pol) oder peritrich (peri) atinase L Profilnummer wurde nur mit begrenzter Anzahl von Stämmen bestimmt McC Wachstum auf MacConkey II Agar Beweglichkeit NO3 Nitratreduktion zu Nitrit NOV Novobiocin (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) ONPG ONPG Reaktion CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 21 of 45

Abkürzung peri POL pol R RUr S Sali serol ßhem TCBS TET TOB var VP Ypig Erklärung Peritriche Begeißelung Polymyxin B (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) Polare Begeißelung Resistent Schnelle Urease (Harnstoffspaltung innerhalb von 18 bis 24 h Bebrütung) Empfindlich Säurebildung aus Salicin Bestätigen Sie das Identifizierungs-ergebnis mit serologischen Tests Betahämolyse auf Schafblutagar (Columbia Agar + 5% Sheep Blood) Wachstum auf TCBS Agar Tetracyclin (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) Tobramycin (Agardiffusionstest auf Mueller Hinton II Agar) Variables Ergebnis (entweder + oder -, R oder S) möglich Voges-Proskauer Test bes Pigment auf Trypticase Soy Agar ANNEXE 1 FR: Liste des abréviations utilisées dans la base de données des biocodes Abréviation Description % Dans le titre de la base de données des biocodes, pourcentage indiquant la probabilité 42C Croissance à 42 C AMI Amikacine (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) CAR Carbénicilline (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) Cat Catalase (3 % H 2 O 2 ) Cet Cétrimide (croissance sur Pseudosel Agar) CF Tests Tests de confirmation Col Coloration de colonie (pigment non diffusible) sur Trypticase Soy Agar après 2 à 3 jours d'incubation à température optimale de croissance DNA Test DNase (DNase Test Agar) Flagella Type de flagelle : pol (polaire) ou peri (péritriche) atinase L Profil numérique déterminé avec un nombre limité de souches McC Croissance sur BD MacConkey II Agar ilité NO3 Réduction du nitrate en nitrite NOV Novobiocine (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) ONPG Réaction ONPG peri Flagelles péritriches POL Polymyxine B (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) pol Flagelles polaires R Résistant RUr Uréase rapide (18 à 24 h d'incubation) S Sensible Sali Formation d'acide à partir de la salicine serol Confirmer l'identification avec des tests sérologiques ßhem Bêta-hémolyse sur gélose au sang de mouton (Columbia Agar + 5% Sheep Blood) TCBS Croissance sur TCBS Agar TET Tétracycline (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) TOB Tobramycine (test de diffusion sur disque sur Mueller Hinton II Agar) var Résultat variable (+ ou -, R ou S) possible VP Réaction de Voges-Proskauer Ypig Pigment jaune sur Trypticase Soy Agar CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 22 of 45

APPENDICE 1 IT: Elenco delle abbreviazioni usate nella base dati dei biocodici Abbrevia-zione Spiegazione % Il segno di percento nell intestazione della base dati dei biocodici indica le probabilità in %. 42C Crescita a 42 C AMI Amicacina (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) CAR Carbenicillina (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) Cat Catalasi (3% H 2 O 2 ) Cet Cetrimide (Crescita su agar Pseudosel) CF Tests Test di conferma Col Colorazione delle colonie (pigmento non diffusibile) su Trypticase Soy Agar dopo 2 3 giorni di incubazione a temperatura ottimale per la crescita. DNA Test DNasi (agar per test DNasi) Flagella Tipo di distribuzione dei flagelli: pol (polare) o peri (peritrica) atinasi L Numero di un profilo determinato solo con un numero limitato di ceppi McC Crescita su agar MacConkey II ilità NO3 Riduzione di nitrato a nitrito NOV Novobiocina (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) ONPG Reazione ONPG (2-nitrofenil-beta-D-galattopiranoside) peri Distribuzione peritrica dei flagelli POL Polimixina B (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) pol Distribuzione polare dei flagelli R Resistente RUr Ureasi rapida (18 24 h di incubazione) S Sensibile Sali Formazione di acido da salicina serol Confermare l identificazione con test sierologici ßhem Beta emolisi su agar sangue di montone (Agar Columbia + 5% di sangue di montone) TCBS Crescita su agar TCBS TET Tetraciclina (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) TOB Tobramicina (test mediante disco-diffusione su agar Mueller Hinton II) var Possibile risultato variabile (+ o -, R o S) VP Reazione di Voges-Proskauer Ypig Pigmento giallo su Trypticase Soy Agar APENDICE 1 ES: Lista de abreviaturas utilizadas en la base de datos de biocódigo Abreviaturas Explicación % El porcentaje en el título de la base de datos del biocódigo indica la probabilidad en % 42C Crecimiento a 42 C AMI Amikacina (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II) CAR Carbenicilina (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II) Cat Catalasa (H 2 O 2 al 3%) Cet Cetrimida (crecimiento en agar Pseudosel) CF Tests Pruebas de confirmación Col La coloración de colonias (pigmento sin difusión) en agar de soja Trypticase después de 2 a 3 días de incubación a una temperatura óptima para crecimiento DNA Prueba de DNasa (agar ensayo de DNasa) Flagella Tipo de flagelos: pol (polar) o per (perítrica) atinasa L Número de perfil determinado con un número limitado de cepas solamente McC Crecimiento en agar MacConkey II Movilidad NO3 Reducción de nitrato a nitrito NOV Novobiocina (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II) ONPG Reacción ONPG peri Flagelación perítrica POL Polimixina B (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II) CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 23 of 45

Abreviaturas Explicación pol Flagelación polar R Resistente RUr Ureasa rápida (18 24 h de incubación) S Sensible Sali Formación de ácido a partir de salicina serol Confirmar la identificación con pruebas serológicas ßhem Beta-hemólisis en agar sangre de carnero (agar Columbia + sangre de carnero al 5%) TCBS Crecimiento en agar TCBS TET Tetraciclina (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II) TOB Tobramicina (prueba de difusión en disco en agar Mueller Hinton II) var Resultado variable (+ o -, R o S) posible VP Reacción de Voges Proskauer Ypig Pigmento amarillo en agar de soja Trypticase ANEXO 1: PT: Lista das abreviaturas utilizadas na Base de dados de biocódigos Abreviatura Explicação % A percentagem no cabeçalho da base de dados de biocódigos indica a probabilidade em % 42C Crescimento a 42 C AMI Amicacina (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) CAR Carbenicilina (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) Cat Catalase (H 2 O 2 a 3%) Cet Cetrimida (Crescimento em agar Pseudosel) CF Tests Testes de confirmação Col Coloração das colónias (pigmento não difusível) em agar de soja Trypticase após 2 a 3 dias de incubação à temperatura ideal para crescimento DNA Teste DNase (Agar de teste DNase) Flagella Tipo de flagelação: pol (polar) ou peri (peritríquia) atinase L Número de perfil determinado com apenas um número limitado de estirpes McC Crescimento em agar de MacConkey II ilidade NO3 Redução de nitrato em nitrito NOV Novobiocina (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) ONPG Reacção a ONPG peri Flagelação peritríquia POL Polimixina B (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) pol Flagelação polar R Resistente RUr Urease rápida (18 a 24 h de incubação) S Sensível Sali Formação ácida a partir da salicina serol Confirmar identificação com testes serológicos ßhem Beta-hemólise em agar de sangue de ovelha (Agar Columbia + sangue de ovelha a 5%) TCBS Crescimento em agar TCBS TET Tetraciclina (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) TOB Tobramicina (teste de difusão em discos no agar de Mueller Hinton II) var Possível resultado variável (+ ou -, R ou S) VP Reacção Voges Proskauer Ypig Pigmento amarelo em agar de soja Trypticase CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 24 of 45

TILLÆG 1 DK: Liste over forkortelser anvendt i biokodedatabasen Forkortelse Forklaring % Procentangivelse i overskriften i biokodedatabasen henviser til sandsynlighed udtrykt i % 42C Vækst ved 42 C AMI Amicacin (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) CAR Carbenicillin (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) Cat Catalase (3 % H 2 O 2 ) Cet Cetrimid (vækst på Pseudosel Agar) CF Tests Bekræftende tests Col Kolonifarvning (ikke-diffunderende pigment) på Trypticase Soy Agar efter 2 til 3 dages inkubation ved optimal væksttemperatur DNA DNase Test (DNase Test Agar) Flagella Type flagellation: enten pol (polar) eller peri (peritrich) atinase L Profiltallene fastlægges kun med et begrænset antal stammer McC Vækst på MacConkey II Agar Bevægelighed NO3 Nitratreduktion til nitrit NOV Novobiocin (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) ONPG ONPG reaktion peri Peritrich flagellation POL Polymyxin B (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) pol Polar flagellation R Resistent RUr Rapid Urease (18 til 24 h inkubation) S Følsom Sali Syredannelse fra salicin serol Bekræft identifikation med serologiske tests ßhem Betahæmolyse på blodagar fra får (Columbia Agar + 5 % fåreblod) TCBS Vækst på TCBS Agar TET Tetracyclin (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) TOB Tobramycin (diffusionstest på plader på Mueller Hinton II Agar) var Variabelt resultat (enten + eller -, R eller S) er mulig VP Voges Proskauer reaktion Ypig Gult pigment på Trypticase Soy Agar BILAGA 1 SE: Lista på förkortningar som används i biokoddatabasen Förkortning Förklaring % Procent i biokoddatabasens rubrik anger sannolikhet i % 42C Tillväxt vid 42 C AMI Amikacin (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) CAR Carbenicillin (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) Cat Katalas (3 % H 2 O 2 ) Cet Cetrimid (Tillväxt på Pseudosel-agar) CF Tests Bekräftande tester Col Kolonifärgning (icke-diffusibelt pigment) på Trypticase sojaagar efter 2 till 3 dagars inkubering vid optimal tillväxttemperatur DNA DNase-test (DNase-testagar) Flagella Flagellationstyp: antingen pol (polär) eller peri (peritrik) atinas L Profilnummer som bestämts med begränsat antal stammar McC Tillväxt på MacConkey II-agar Rörlighet NO3 Nitrat-reduktion till nitrit NOV Novobiocin (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) ONPG ONPG-reaktion peri Peritrik flagellation POL Polymyxin B (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) pol Polär flagellation CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 25 of 45

Förkortning R RUr S Sali serol ßhem TCBS TET TOB var VP Ypig Förklaring Resistent Snabb ureas (18 till 24 h inkubering) Känslig Gasutveckling från salicin Identifieringen skall bekräftas med serologiska tester Beta-hemolys på fårblodagar (Columbia-agar med 5 % fårblod) Tillväxt på TCBS-agar Tetracyklin (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) Tobramycin (diskdiffusionstest på Mueller Hinton II-agar) Variabelt resultat (antingen + eller -, R eller S) är möjligt Voges-Proskauer-reaktion Gult pigment på Trypticase sojaagar ΠΑΡΑΡΤΗΜΑ 1 GR: Λίστα συντµήσεων που χρησιµοποιούνται στη βάση δεδοµένων βιοκωδικών Σύντµηση Επεξήγηση % Το ποσοστό στην επικεφαλίδα της βάσης δεδοµένων βιοκωδικών υποδηλώνει την πιθανότητα σε % 42C Ανάπτυξη στους 42 C AMI Αµικασίνη (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) CAR Καρβενικιλλίνη (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) Cat Καταλάση (H 2 O 2 3%) Cet Σετριµίδη (Ανάπτυξη πάνω σε άγαρ Pseudosel) CF Tests Εξετάσεις επιβεβαίωσης Col Χρώση αποικιών (µη διαχεόµενη χρωστική) πάνω σε άγαρ σόγιας Trypticase µετά από 2 έως 3 ηµέρες επώασης σε βέλτιστη θερµοκρασία ανάπτυξης DNA Εξέταση DNάσης (Άγαρ εξέτασης DNάσης) Flagella Τύπος διαµόρφωσης µαστιγίων: είτε pol (πολική) είτε peri (περίτριχη) Ζελατινάση L Ο αριθµός προφίλ προσδιορίζεται µε περιορισµένο αριθµό στελεχών µόνον McC Ανάπτυξη σε άγαρ MacConkey II Κινητικότητα NO3 Αναγωγή νιτρικών σε νιτρώδη NOV Νοβοβιοκίνη (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) ONPG Αντίδραση ONPG peri Περίτριχη διαµόρφωση µαστιγίων POL Πολυµυξίνη Β (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) pol Πολική διαµόρφωση µαστιγίων R Ανθεκτικό RUr Ταχεία εξέταση ουρεάσης (επώαση 18 έως 24 ωρών) S Ευαίσθητο Sali Σχηµατισµός οξέος από τη σαλικίνη serol Επιβεβαίωση ταυτοποίησης µε ορολογικές εξετάσεις ßhem Β-αιµόλυση πάνω σε άγαρ µε αίµα προβάτου (Άγαρ Columbia + αίµα προβάτου 5%) TCBS Ανάπτυξη πάνω σε άγαρ TCBS TET Τετρακυκλίνη (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) TOB Τοµπραµυκίνη (εξέταση διάχυσης σε δίσκο πάνω σε άγαρ Mueller Hinton II) var Μεταβλητό αποτέλεσµα (είτε + είτε -, R είτε S) είναι δυνατό VP Αντίδραση Voges Proskauer Ypig Κίτρινη χρωστική πάνω σε άγαρ σόγιας Trypticase CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 26 of 45

DODATEK 1: PL: Lista skrótów stosowanych w bazie danych kodów biologicznych Skrót Wyjaśnienie % Wartość odsetkowa w nagłówku bazy danych kodów biologicznych oznacza prawdopodobieństwo wyrażone w procentach (%). 42C Wzrost w temp. 42 C AMI Amikacyna (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) CAR Karbenicylina (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) Cat Katalaza (3% H 2 O 2 ) Cet Cetrymid (wzrost na podłożu agarowym Pseudosel ) CF Tests Testy potwierdzające Col Zabarwienie kolonii (niedyfundujący barwnik) na podłożu agarowym Trypticase Soy Agar po inkubacji przez 2 3 dni, w optymalnej temperaturze. DNA Test z dezoksyrybonukleazą (na agarze z DNazą) Flagella Rodzaj urzęsienia: biegunowe lub okołorzęsne atynaza L Numer profilu wyznaczono na podstawie ograniczonej liczby szczepów McC Wzrost na podłożu agarowym BD MacConkey II Agar Ruchliwość NO3 Redukcja azotanów do azotynów NOV Nowobiocyna (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) ONPG Reakcja ONPG peri Urzęsienie okołorzęsne POL Polimyksyna B (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) pol Urzęsienie biegunowe R Oporne RUr Szybki test ureazowy (inkubacja 18 24 godz.) S Wrażliwe Sali Tworzenie kwasu z salicyny serol Potwierdzić identyfikację przy użyciu testów serologicznych ßhem Hemoliza beta na agarze z krwi owczej (Agar Columbia + 5% krew owcza) TCBS Wzrost na podłożu agarowym TCBS Agar TET Tetracyklina (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) TOB Tobramycyna (test dyfuzyjno-krążkowy na podłożu Mueller Hinton II) Var Możliwe różne wyniki testu (+, -, Oporne lub Wrażliwe) VP Reakcja Vogesa-Proskauera Ypig Żółte zabarwienie na podłożu agarowym Trypticase CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 27 of 45

APPENDIX 2 GB: Recommended Procedures for Confirmatory Tests 1. Growth at 42 C (42C) Prepare a light suspension in a suitable liquid medium (e.g. Trypticase Soy Broth) with not more than 1 colony of the isolate and incubate at 42 C (preferably in a water bath) for 18 to 24 hours. Growth is indicated by an increase of turbidity of the medium. 2. Antimicrobial disc diffusion tests Conventional disc diffusion procedures and the zone size limits usually used should be applied (use Mueller Hinton II Agar plates). Consider both intermediate and susceptible zones as susceptible (S) for this purpose. The following discs are used: Abbreviation Antimicrobial Disc load AMI Amicacin 30 µg CAR Carbenicillin 100 µg NOV Novobiocin 30 µg POL Polymyxin B 50 IU TET Tetracycline 30 µg TOB Tobramycin 10 µg 3. Catalase (Cat) Apply a drop of freshly prepared 3% hydrogen peroxide (H 2 O 2 ) to a glass slide. With a loop, remove a colony of the isolate from a 24 to 48 h plate and mix it with the hydrogen peroxide drop. Bubble formation and foaming indicates a positive reaction. Alternatively, a drop of 3% hydrogen peroxide may be applied to the colonies grown on Trypticase Soy Agar. Do not apply the hydrogen peroxide to blood agars (false positive reaction may occur!). 4. Cetrimide (Cet) Streak the isolate on Pseudosel Agar (=Cetrimide Agar). Incubate for 18 to 24 hours at the optimal temperature of the isolate. Growth on this medium means positive. 5. Colony coloration (Col) Streak the isolate on Trypticase Soy Agar and incubate for 2 to 3 days at the optimal temperature. Inspect for colony coloration (normal, non-pigmented colonies appear white, gray, or pale yellow). Pigmented colonies appear yellow to brownish or violet, depending on the species. 6. DNase activity (DNA) Streak the isolate on DNase Test Agar. Incubate for 2 days at 36 +/- 1 C. Flood the plate with 1 N HCl and wait for about 1 min. A clear zone is produced around DNase positive colonies while a homogeneously turbid medium indicates DNase negativity. 7. Flagella stain A variety of methods is given in the literature, all of which require some experience. 8. atinase () Stab-inoculate a tube with Nutrient atin with a heavy inoculum and incubate at room temperature. A positive test is indicated by liquefaction of the medium at the surface within 18 to 48 hours. Negative reaction: no liquefaction. 9. Growth on MacConkey II Agar (McC) Prepare a light suspension of the isolate in saline or Trypticase Soy Broth and immediately inoculate a plate of MacConkey II Agar with a loopful of this suspension. Incubate at 36 +/- 1 C for 20 to 24 hours. If the strain shows poor growth on a blood plate incubated at 36 +/- 1 C, incubate the MacConkey II Agar plate at a lower temperature, but not longer than 48 hours. 10. ility () Place a drop of a broth culture of the isolate which has been incubated for 6 to 8 hours at 25 C onto a slide. Place a cover slip onto the slide and observe by phase contrast microscopy (oil immersion) for motile bacteria. A regular oil immersion objective may also be used if the microscopic field can be darkened. True motility is shown by a rapid change in position of individual bacterial cells relative to other cells. 11. Nitrate reduction (NO3) Inoculate a tube of Nitrate Broth with a loopful of organisms taken from a pure culture. Incubate for 18 to 48 h at 32 to 36 C with cap slightly loosened. Evaluate the test by adding 0.5 ml of each of the two nitrate reagents to detect the formation of nitrite from nitrate (red coloration). If the reaction is negative (colorless), add some zinc dust to detect unused nitrate. If the color turns red after the addition of zinc dust, nitrate has not been used (=reaction is negative); if it remains colorless after the addition of zinc dust, nitrate has been reduced passed nitrite (=denitrification; positive). CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 28 of 45

12. ONPG The hydrolysis of ONGP (ortho-nitrophenyl-ß-d-galactoside) can be tested by means of an ONPG disc. A yellow color indicates a positive reaction. 13. Rapid urease (Rur) A strong positive urea reaction in the UREA reaction chamber of the OXI/FERM tube at 18 to 24 hours of incubation, indicated by a strong pink coloration is positive. 14. Acid formation from salicin (Sali) Certain bacteria produce acids from salicin. Use CTA Medium with Salicin for this test and follow the instructions given for this medium. 15. Serology (serol) The identification results Vibrio cholerae and Pseudomonas pseudomallei must be confirmed by serological tests. Eventually, a reference laboratory must be consulted for identification! 16. Beta hemolysis (ßhem) Streak the isolate on a sheep blood agar plate (e.g. Columbia Agar with 5% Sheep Blood). Incubate at the optimal temperature of the isolate not longer than 48 hours. Clear zones around the colonies indicate beta hemolysis. 17. Growth on TCBS Agar (TCBS) Streak the isolate on a TCBS (Thiosulfate-Citrate-Bile Salts-Sucrose Agar) plate. An incubation temperature of 30 to 36 C is optimal. TCBS Agar is a selective differential medium for Vibrio species. 18. Voges Proskauer Reaction (VP) Certain bacterial species produce acetoin (acetyl methyl carbinol) from glucose. The test can be conducted in MR-VP broth, following the instructions given for this medium. APPENDIX 2 DE: Empfohlene Verfahren für die Bestätigungstests 1. Wachstum bei 42 C (42C) Stellen Sie eine leichte Suspension in einem geeigneten Flüssigmedium (z.b. Trypticase Soja Bouillon) mit nicht mehr als einer Kolonie des Isolates her und bebrüten Sie die Kultur bei 42 C, vorzugsweise in einem Wasserbad, für 18-24 Stunden. Wachstum wird durch eine Zunahme der Trübung angezeigt. 2. Agardiffusionstests Die üblichen Verfahren und Hemmhofgrenzen, sollten verwendet werden (Mueller Hinton II Agarplatten). Interpretieren Sie intermediär und empfindlich für diesen Test als empfindlich (S). Die folgenden Testblättchen werden benötigt: Beladung des Blättchens Abkürzung Antibiotikum AMI Amicacin 30 µg CAR Carbenicillin 100 µg NOV Novobiocin 30 µg POL Polymyxin B 50 IU TET Tetracyclin 30 µg TOB Tobramycin 10 µg 3. Katalase (Cat) Geben Sie einen Tropfen frisch hergestellte 3%iger Wasserstoffperoxidlösung (H 2 O 2 ) auf einen Objektträger. Nehmen Sie mit der Öse eine Kolonie des Isolates von einer 24 bis 48 h alten Kultur auf einem Agarmedium ab und vermischen Sie sie mit dem Wasserstoffperoxidtropfen. Blasenbildung oder Schäumen gibt eine positive Reaktion an. Alternativ kann das Wasserstoffperoxid direkt auf die Kolonien gegeben werden. Hierzu nur blutfreie Medien (z.b. Trypticase Soja Agar) verwenden. Bei Verwendung von Blutagar kann es zu falsch positiven Reaktionen kommen. 4. Cetrimid (Cet) Streichen Sie das Isolat auf Pseudosel Agar (=Cetrimid Agar) aus. Bei der optimalen Temperatur 16 bis 24 h lang bebrüten. Wachstum bedeutet ein positives Ergebnis. 5. Koloniefarbe (Col) Isolat auf Trypticase Soja Agar ausstreichen und 2 bis 3 Tage bei der optimalen Temperatur bebrüten. Koloniefarbe überprüfen (normale, nicht pigmentierte Kolonien sehen weiß, grau, oder blaß gelblich aus). Pigmentierte Kolonien sind gelb bis bräunlich oder violett, je nach Species. CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 29 of 45

6. DNase-Aktivität (DNA) Isolat auf DNase Test-Agar ausstreichen und 2 Tage lang bei 36 +/- 1 C bebrüten. Platte mit 1 N HCl fluten und ca. 1 min einwirken lassen. Eine klare Zone um die Kolonien herum gibt eine positive Reaktion an. Ein homogen trübes Medium ist negativ. 7. Geißelfärbung Für diesen Test gibt es verschiedene publizierte Verfahren. Alle erfordern einige Erfahrung. 8. atinase () Ein Röhrchen mit Nährgelatine wird im Stich dicht beimpft und bei Raumtemperatur bebrütet. Ein positiver Test wird durch Verflüssigung des Mediums an der Oberfläche innerhalb von 18 bis 48 h angezeigt. Negative Reaktion: Keine Verflüssigung. 9. Wachstum auf MacConkey II Agar (McC) Eine leichte Suspension des Isolates in physiologischer NaCl oder Trypticase Soja- Bouillon herstellen und auf MacConkey II Agar ausstreichen. Bei 36 +/- 1 C 20 bis 24 h lang bebrüten. Wenn der Stamm bei dieser Temperatur auf Blutagar schlecht gewachsen war, die MacConkey Agarplatte bei einer niedrigeren Temperatur, aber nicht länger als 48 h lang bebrüten. 10. Beweglichkeit () Gegen Sie einen Tropfen einer Flüssigkultur, die etwa 6 bis 8 h bei 25 C bebrütet worden war auf einen Objektträger. Legen Sie ein Deckgläschen auf und mikroskopieren Sie die im Phasenkontrast mit Ölimmersion oder im Dunkelfeld mit Ölimmersion. Echte Beweglichkeit wird durch schnelle Lageveränderung einzelner Zellen zueinander angezeigt. 11. Nitratreduktion (NO3) Beimpfen Sie ein Röhrchen Nitrat-Bouillon mit einer Öse voll Material von einer Reinkultur. Inkubieren Sie 18-48 Stunden lang bei 32 bis 36 C mit leicht gelöster Röhrchenkappe. Zur Beurteilung des Tests geben Sie 0.5 ml von jedem der zwei Nitratreagenzien zu, um die Bildung von Nitrit nachzuweisen (Rotfärbung). Falls die Reaktion negativ ausfällt (farblos), geben Sie ein wenig Zinkstaub zu, um nicht verbrauchtes Nitrat nachzuweisen. Falls nun eine Rotfärbung auftritt, ist Nitrat nicht verwertet worden (=Reaktion negativ); falls es nach Zugabe von Zinkstaub farblos bleibt, so ist Nitrat über Nitrit hinaus reduziert worden. 12. ONPG Die Hydrolyse von ONPG (ortho-nitrophenyl-ß-d-galactosid) kann mittels ONPG Testblättchen untersucht werden. be Verfärbung zeigt eine positive Reaktion an. 13. Schnelle Urease (RUr) Eine stark positive Reaktion in der HARNSTOFFkammer des Oxi/Ferm-Röhrchens nach 18 bis 24 h Bebrütung (pink) gilt als positiv. 14. Säurebildung aus Salicin (Sali) Bestimmte Bakterien bilden Säuren aus Salicin. Hierfür können das CTA-Medium mit Salicinzusatz und die für das CTA- Medium gegebenen Instruktionen verwendet werden. 15. Serologie (serol) Die Identifizierungsergebnisse Vibrio cholerae und Pseudomonas pseudomallei müssen mit serologischen Tests bestätigt werden. Eventuell muß die Identifizierung von einem Referenzlabor bestätigt werden! 16. Betahämolyse (ßhem) Isolat auf Schafblutagar (z.b. Columbia Agar mit 5% Schafblut) ausstreichen. Bei der für das Isolat optimalen Temperatur nicht länger als 48 h bebrüten. Klare Zonen um die Kolonien herum zeigen Betahämolyse an. 17. Wachstum auf TCBS-Agar (TCBS) Isolat auf TCBS Agar (Thiosulfat-Citrat-Gallensalz-Saccharose-Agar) ausstreichen. Eine Bebrütungstemperatur von 30 bis 36 C ist optimal. TCBS-Agar ist ein selektives Differenzierungsmedium für Vibrio-Arten. 18. Voges Proskauer Reaktion (VP) Bestimmte Bakterienarten bilden Acetoin (Acetylmethylcarbinol) aus Glucose. Der Test kann in MR-VP Bouillon durchgeführt werden. Es gelten die Anweisungen für dieses Medium. CM-212116.01 BBL Oxi/Ferm II Biocode - Rev.: July 2004 Page 30 of 45