Podstawy ewolucji molekularnej. Ewolucja sekwencji DNA i białek

Transkrypt

1 Podstawy ewolucji molekularnej Ewolucja sekwencji DNA i białek

2 Podręczniki

3 Populacja Grupa krzyżujących się ze sobą osobników oraz ich potomstwo Zbiór wszystkich alleli populacji pula genowa

4 Najprostszy model Populacja N organizmów diploidalnych Rozważany jeden A gen o dwóch allelach A1 i A2 Częstości alleli, odpowiednio p i q p + q = 1

5 Populacja w stanie równowagi Liczebność populacji bardzo duża (N ~ ) Całkowicie losowe krzyżowanie (panmiksja) Sukces reprodukcyjny nie zależy od genotypu genu A Brak migracji Nie zachodzą mutacje zmieniające A1 w A2 i vice versa

6 Równowaga Hardy ego-weinberga Jeżeli częstości alleli A1 i A2 to odpowiednio p i q to częstości genotypów A1A1 p 2 A1A2 pq + qp = 2pq A2A2 q 2

7 Równowaga Hardy ego-weinberga W populacji będącej w równowadze H-W częstości alleli nie zmieniają się Nie przebiega ewolucja Mechanizmy zaburzające równowagę H-W mogą być mechanizmami ewolucji

8 Mechanizmy zmieniające częstość alleli Mutacje Dobór Migracje Dryf

9 Dobór Dostosowanie (w) miara prawdopodobieństwa odniesienia sukcesu reprodukcyjnego przez osobnika o danym genotypie (w odniesieniu do innych genotypów w populacji): A1A1 : w 11 A1A2 : w 12 A2A2 : w 22 w = 1 + s gdzie s to współczynnik selekcji Nie ma znaczenia, czy chodzi o prawdopodobieństwo przeżycia, czy o liczbę wyprodukowanych gamet, czy o kondycję potomstwa itp. walka o byt uproszczona i niekiedy myląca metafora

10 Silna i słaba selekcja - symulacje

11 Dobór i dominacja allelu Selekcja przeciwko allelowi recesywnemu Dostosowanie (w) A1A1: w11 = 1 p = 0,01 A1A1: w11 = 1 A1A2: w12 = 1 A2A2: w22 = 0,4 A1A2: w12 = 1 A2A2: w22 = 1 - s

12 Dobór i dominacja allelu p = 0,01 Selekcja przeciwko allelowi dominującemu Dostosowanie (w) A1A1: w11 = 1 A1A1: w11 = 1 A1A2: w12 = 0,4 A2A2: w22 = 0,4 A1A2: w12 = 1 - s A2A2: w22 = 1 - s

13 Dobór i dominacja allelu Tempo zmian zależy od częstości genotypu podlegającego selekcji w populacji Tempo selekcji przeciwko allelowi recesywnemu spada wraz ze spadkiem jego częstości Liczba homozygot spada z kwadratem częstości allelu Większość puli rzadkiego allelu jest w heterozygotach

14 Równowaga mutacje-selekcja Większość mutacji obniża dostosowanie, dobór je eliminuje Wytwarza się równowaga, utrzymująca w populacji pulę allelu o szkodliwym działaniu Dla allelu recesywnego ˆq = µ s Dla dominującego allelu letalnego ˆq = µ

15 Dryf genetyczny a ewolucja Dobór naturalny nie jest jedynym mechanizmem kształtującym zmiany ewolucyjne Losowe procesy w populacjach o skończonej liczebności dryf genetyczny

16 Wąskie gardło populacji Wąskie gardło (bottleneck) Epizod znacznego zmniejszenia liczebności populacji

17 Dryf a wielkość populacji Efekty dryfu genetycznego są wyraźniejsze w populacjach o mniejszej wielkości Z czasem dryf doprowadzi do utraty jednego z alleli i utrwalenia drugiego utrata heterozygotyczności

18 Utrata heterozygotyczności H = H 1 1 t 0 2N t czas półtrwania heterozygotycznności: H = 1 t 2 H przy t = 2N ln 1 0 1,39N 2 S. Wright, 1931

19 Dryf i dobór Dryf może doprowadzić do utraty allelu korzystnego, albo do utrwalenia allelu niekorzystnego Równowaga między dryfem a doborem zależy od wielkości populacji i siły (współczynnika) selekcji Prosty model (kodominacja) A1A2 A1A2 A2A2 w 1 1+s 1+2s

20 Dryf i dobór - podsumowanie Większość mutacji (korzystnych, neutralnych i niekorzystnych) nie utrwali się w populacji Gdy dobór przeciwko allelowi niekorzystnemu jest nieznaczny mutacja szkodliwa jest efektywnie neutralna zostanie utrwalona z prawdopodobieństwem takim, jak neutralna Dobór jest nieznaczny gdy: s 1 4N e

21 Dryf i dobór równowaga Gdy Ne jest duże, mutacje szkodliwe są skutecznie usuwane Gdy Ne jest małe, dryf może prowadzić do akumulacji mutacji szkodliwych! Nawet gdy Ne jest duże, wiele mutacji korzystnych jest traconych, jeżeli s nie jest bardzo duże

22 Zmiany genetyczne w ewolucji Mutacje tworzą nowe allele genów Inwersje zmieniają układ genów na chromosomach mogą uniemożliwić rekombinację na danym odcinku i doprowadzić do utrwalenia haplotypu Duplikacje dotyczą fragmentów DNA, w tym całych genów lub całych chromosomów i całych genomów główne źródło innowacji ewolucyjnej Transfer horyzontalny w tym zdarzenia symbiotyczne

23 Podobieństwo i homologia Homologia: podobieństwo wynikające ze wspólnego pochodzenia ewolucyjnego cecha odziedziczona od wspólnego przodka vs. homoplazja podobieństwo powstałe niezależnie, nie odziedziczone po wspólnym przodku Homologia jest właściwością dyskretną, nie stopniuje się cechy mogą być mniej lub bardziej podobne, ale albo są homologiczne, albo nie

24 Konwergencja Działanie doboru prowadzi do niezależnego wykształcenia podobnych przystosowań ptaki i nietoperze ryby, ichtiozaury i walenie kaktusy i wilczomlecze itp.

25 Podobieństwo i homologia sekwencji Przy dostatecznie dużym podobieństwie można założyć, że sekwencje DNA i białek są homologiczne Podobne struktury przestrzenne i/lub funkcje mogą być determinowane przez różne sekwencje Liczba możliwych sekwencji aminokwasowych o nietrywialnej długości jest gigantyczna dla 300 aminokwasów , czyli ~2x liczba atomów we Wszechświecie: ~ 1x10 80

26 Podobieństwo i homologia sekwencji Na poziomie sekwencji praktycznie nie stwierdza się konwergencji, homoplazje są przypadkowe i dotyczą pojedynczych pozycji, a nie całych sekwencji Dlatego sekwencje są doskonałym narzędziem do badania filogenezy

27 Modele ewolucji sekwencji Badając ewolucję nie dysponujemy z reguły sekwencją przodka Liczbę mutacji musimy oszacować na podstawie różnic między sekwencjami współczesnymi Konieczne jest uwzględnienie wielokrotnych mutacji w tej samej pozycji, zwłaszcza dla bardziej odległych sekwencji

28 Problem obliczania odległości ACGGTGC C A GCGGTGA

29 Modele ewolucji sekwencji Modele Markova stan w pokoleniu n +1 zależy tylko od stanu w pokoleniu n i reguł przekształcenia (macierz prawdopodobieństw zmiany stanów) Modele o różnym stopniu skomplikowania Mogą uwzględniać: mutacje wielokrotne w tej samej pozycji (poprawka Poissona) różne prawdopodobieństwa zmian nukleotydowych (lub białkowych) różne prawdopodobieństwo mutacji w różnych pozycjach sekwencji różne częstości nukleotydów

30 Modele ewolucji DNA model Jukesa-Cantora A C G T A 1-3α α α α C α 1-3α α α G α α 1-3α α T α α α 1-3α D JC = 3 4 ln(1 4 3 D)

31 Inne modele Kimura (K80, dwuparametrowy) - różne prawdopodobieństwo tranzycji i transwersji Felsenstein (F81), Hasegawa-Kishino-Yano (HKY85) - różne częstości nukleotydów (F81) + różne prawd. tranzycji i transwersji (HKY85) GTR (General Time Reversible, Tavare 86)

32 Model GTR Różne prawdopodobieństwo każdej substytucji (ale symetrycznie, czyli np. A T = T A) - 6 parametrów Różne częstości nukleotydów - 4 parametry

33 Rozkład gamma Proste modele zakładają jednakowe prawdopodobieństwo zmiany w każdej pozycji - nierealistyczne Rozkład prawdopodobieństw zmian w różnych pozycjach rozkład gamma

34 Ewolucja sekwencji aminokwasowych Trudno stworzyć model analityczny złożoność kodu aminokwasy o różnych właściwościach - konieczna miara niepodobieństwa Stosuje się empirycznie uzyskiwane macierze prawdopodobieństwa zmiany danego aminokwasu w inny

35 Tempo zmian sekwencji białka PAM - utrwalone mutacje punktowe/100 pozycji (od Point Accepted Mutation) Granica istotności Różnice sekwencji 80% 60% 40% 20% PAM

36 Porównywanie białek - macierze Macierze Dayhoff (PAM) Na podstawie globalnych porównań sekwencji różniących się o 1PAM ustalono prawdopodobieństwo zmiany każdego aminokwasu w inny macierz PAM-1 Ekstrapolacja dla sekwencji bardziej odległych - mnożenie macierzy PAM-1 przez samą siebie odpowiednią liczbę razy macierze PAM-20, PAM-40, PAM-250 itp. (proces Markova) Margaret O. Dayhoff ( )

37 Porównywanie białek - macierze Macierze BLOSUM Na podstawie prawdopodobieństwa zmiany każdego aminokwasu w inny w bloku lokalnego przyrównania sekwencji o n% identycznych aminokwasów (BLOSUM62-62% identycznych aa itp.)

38 Mutacje i dobór naturalny Efekty działania mutacji obserwujemy pośrednio różnice sekwencji między populacjami (gatunkami) polimorfizm sekwencji w obrębie populacji Na allele wytworzone przez mutacje może działać dobór Za zmiany częstości powstających alleli może odpowiadać dryf genetyczny Obserwujemy mutacje utrwalone całkowicie lub częściowo (polimorfizmy) w puli genowej

39 Podstawowe pytanie ewolucji molekularnej Jaka jest rola dryfu i doboru w wyjaśnieniu obserwowanego zróżnicowania sekwencji? wewnątrzpopulacyjnego (polimorfizmy) międzygatunkowego Pytanie dotyczy zróżnicowania ilościowego! Nikt nie podaje w wątpliwość tego, że adaptacje w ewolucji powstają dzięki działaniu doboru!

40 Dobor czy dryf? Selekcjonizm większość utrwalonych mutacji została wyselekcjonowana przed dobór większość polimorfizmów jest utrzymywana przez dobór dobór równoważący, naddominacja, dobór zależny od częstości Neutralizm (Kimura, 1968) większość utrwalonych mutacji została utrwalona przez dryf za większość polimorfizmów odpowiada dryf mutacje utrwalane przez dobór są rzadkie, nie mają wpływu na ilościową analizę zmienności molekularnej

41 Mutacje i dobór niekorzystne (szkodliwe) s < 0 eliminowane przez dobór (oczyszczający/negatywny) neutralne s 0 (a konkretniej, s 1/4N) utrwalane przez dryf korzystne s > 0 utrwalane przez dobór (z udziałem dryfu dla niewielkich s)

42 Selekcjonizm i neutralizm Selekcjonizm: większość mutacji jest niekorzystna większość utrwalonych mutacji jest korzystna mutacje neutralne są rzadkie (nie częstsze od korzystnych) Neutralizm większość mutacji jest niekorzystna lub neutralna większość utrwalonych mutacji jest neutralna mutacje korzystne są rzadkie (znacznie rzadsze od neutralnych)

43 Selekcjonizm i neutralizm selekcjonizm neutralizm pan-neutralizm Neutralizm nie oznacza pan-neutralizmu, czyli negowania znaczenia selekcyjnego mutacji!

44 Przesłanki teorii neutralnej Tempo zmian sekwencji i polimorfizm są zbyt duże, by dały się wyjaśnić doborem Stałe tempo ewolucji molekularnej (zegar molekularny) Sekwencje o mniejszym znaczeniu funkcjonalnym (pseudogeny, mniej istotne obszary białek) ewoluują szybciej, niż obszary kluczowe dla funkcji

45 Stałe tempo ewolucji molekularnej Wiele sekwencji ewoluuje w stałym tempie Tempo to jest różne dla różnych sekwencji, ale stałe w czasie ewolucji dla danej sekwencji Tzw. zegar molekularny Różnice sekwencji globin kręgowców

46 Tempo ewolucji i dryf Neutralny dryf jest procesem losowym, ale jego tempo będzie stałe w odpowiednio długim czasie Zależy tylko od częstości mutacji (jedna zmiana na 1/µ pokoleń) Dla doboru stałe tempo zmian oznacza stałe tempo zmian środowiska Tempo zmian adaptacyjnych nie wydaje się być stałe

47 Zegar molekularny Jest konsekwencją neutralnego modelu ewolucji Tempo akumulacji zmian w danej sekwencji jest stałe ale różne dla różnych sekwencji Weryfikacja test względnego tempa KAC - KBC = 0 A B C W rzeczywistości testuje stałość tempa pomiędzy gałęziami, ale nie w czasie

48 Zegar molekularny - problem W modelu neutralnym tempo utrwalania mutacji: 2Nµ 1 2N = µ Powinno być stałe w przeliczeniu na pokolenie Czas generacji jest różny u różnych organizmów Czyli nie powinna być obserwowana stałość tempa w czasie rzeczywistym A często jest (w tych sekwencjach, które zachowują zegar)

49 Problem czasu generacji Czas generacji różnych organizmów jest istotnie różny Dlaczego nie wpływa to na tempo utrwalania mutacji? ~0,03 pokolenia/rok ~3 pokolenia/rok

50 Zmiany prawie neutralne Model Kimury dotyczy zmian neutralnych (s = 0), takie nie są (w sekwencji białek) częste Mutacje zachowują się jak neutralne gdy spełnione jest: s 1 4N e Mutacje o niewielkim współczynniku doboru s będą zachowywały się jak neutralne w małych populacjach, a w większych populacjach będą podlegały doborowi

51 Zmiany prawie neutralne Istnieje odwrotna korelacja między czasem generacji a wielkością populacji

52 Zmiany prawie neutralne ~0,03 pokolenia/rok s 1 4N e ~3 pokolenia/rok Długi czas generacji Krótki czas generacji Mniej mutacji na rok Więcej mutacji na rok Populacja nieliczna (małe Ne) Populacja liczna (duże Ne) Więcej mutacji zachowuje się jak neutralne i utrwala przez dryf Więcej mutacji podlega doborowi (i jest eliminowane przez dobór oczyszczający) Efekty czasu generacji i wielkości populacji się znosząc, dając stałe tempo w czasie (Ohta & Kimura, 1971).

53 Zegar molekularny Dla sekwencji białek i zmian niesynonimicznych w DNA zmiany jednostajne w czasie Na poziomie DNA, dla mutacji synonimicznych pseudogenów niektórych sekwencji niekodujących tempo ewolucji zależy od czasu generacji

54 Tempo ewolucji sekwencji a funkcja Głównym czynnikiem determinującym ilościową zmienność sekwencji jest dobór negatywny (oczyszczający) Sekwencje o mniejszym znaczeniu funkcjonalnym (pseudogeny, mniej istotne obszary białek) ewoluują szybciej, niż obszary kluczowe dla funkcji Konserwacja sekwencji świadczy o jej funkcji!

55 Tempo zmian Białka zaangażowane w podstawowe funkcje komórki ewoluują wolniej. W sekwencji białka obszary kluczowe dla funkcji ewoluują wolniej. Jednostka: PAM/10 8 lat Jednostka czasu ewolucyjnego: ile lat (w milionach, 10 6 ) potrzeba do utrwalenia 1 mutacji/100 aa (1 PAM)

56 Abraham Wald Pionier badań operacyjnych (teoria decyzji) Prace dla Center for Naval Analyses podczas II w. ś. Analiza rozmieszczenia przestrzelin w uszkodzonych samolotach oryginalny plan: wzmocnić pancerz w miejscach, gdzie obserwuje się najwięcej przestrzelin analiza Walda: wzmocnić tam, gdzie nie obserwuje się przestrzelin (samoloty tam trafione nie wróciły)

57 Tempo zmian Czynnikiem decydującym o tempie zmian jest dobór oczyszczający (negatywny) w ważniejszych sekwencjach więcej zmian będzie niekorzystnych (eliminacja przez dobór) w mniej istotnych sekwencjach więcej zmian będzie neutralnych (utrwalanie przez dryf) zmiany bez znaczenia dla funkcji będą neutralne pseudogeny niekodujące obszary międzygenowe? podstawienia synonimiczne?

58 Spór wokół ENCODE ENCODE - projekt opisujący sekwencje w genomie (Encyclopedia of DNA Elements) Wiele sekwencji międzygenowych, niekodujących ulega transkrypcji 80% genomu funkcjonalne czy istnieje śmieciowy DNA? Czy to znaczy, że są funkcjonalne? Jeżeli nie ma śladów działania doboru - nie ma funkcji! Ślady działania doboru: 2-15% całego genomu

59 Status neutralizmu Wyjaśnia wiele zjawisk obserwowanych w ewolucji molekularnej wysoki polimorfizm sekwencji DNA i białek zegar molekularny ale jest wiele odstępstw, nie istnieje globalny zegar prawdziwy dla wszystkich gałęzi drzewa życia wolniejsza ewolucja sekwencji o kluczowym znaczeniu to też można wyjaśnić modelem, w którym większość mutacji jest albo niekorzystna, albo korzystna, ale niekorzystnych jest więcej Jest bardzo przydatny jako hipoteza zerowa do badania doboru naturalnego na poziomie sekwencji!

60 Status neutralizmu Dane molekularne, zwłaszcza genomowe, pozwoliły ocenić zgodność modelu neutralnego z obserwacją zmienności sekwencji Kimura: 1968 nie były wtedy znane metody sekwencjonowania DNA!

61 Status neutralizmu Smith & Eyre-Walker % podstawień aminokwasowych w ewolucji Drosophila sp. utwalonych przez dobór dodatni Andolfatto 2005 pomiędzy D. melanogaster i D. simulans dobór dodatni odpowiada za utrwalenie: 20% podstawień w DNA w intronach i obszarach międzygenowych 60% podstawień w DNA w sekwencjach UTR

62 Status neutralizmu Głównym i nieprzemijającym osiągnięciem jest stworzenie matematycznego opisu współdziałania dryfu i doboru naturalnego (dodatniego i oczyszczającego) w ewolucji molekularnej Dzięki tym modelom opracowano testy poszukujące śladów doboru w sekwencjach (model neutralny jako hipoteza zerowa) Istnieje znacząca liczba pozycji i sekwencji ewoluujących według modelu neutralnego można dobrać sekwencje tak, by uzyskać zegar molekularny

63 Status neutralizmu Dryf genetyczny ma w ewolucji molekularnej bardzo znaczącą, ale nie wyłączną rolę znaczne obszary genomu ewoluują w sposób bliski neutralnemu

64 Badanie doboru Założenie: mutacje synonimiczne są neutralne, sekwencje porównywane są parami Ka (dn) liczba mutacji niesynonimicznych na liczbę możliwych miejsc niesynonimicznych Ks (ds) liczba mutacji synonimicznych na liczbę możliwych miejsc synonimicznych Stosunek Ka/Ks (ω) jest miarą działania doboru

65 Badanie doboru Wartość ω rzadko przekracza 1 dla całej sekwencji (wyjątek np. geny MHC) Średnia wartość ω w porównaniach między naczelnymi a gryzoniami wynosi 0,2, między człowiekiem a szympansem 0,4 Odchylenie ω od średniej dla konkretnego genu w konkretnej linii ewolucyjnej może świadczyć o działaniu doboru W sekwencji mogą występować obszary o różnej wartości ω, wskazując na działanie doboru na poszczególne regiony a nawet pozycje aminokwasowe w białku

66 Badanie doboru II Porównanie zmian synonimicznych i niesynonimicznych w obrębie populacji danego gatunku i pomiędzy gatunkami.

67 Test McDonalda-Kreitmana Stosunek mutacji synonimicznych do niesynonimicznych w obrębie populacji vs. taki sam stosunek dla różnic między gatunkami Jeżeli zmiany są neutralne, wówczas stosunek ten powinien być w obu przypadkach taki sam Przykład: gen ADH u trzech gatunków Drosophila synonimiczne niesynonimiczne stosunek wewnątrzpopulacyjne 42 2 ~0,05 międzygatunkowe 17 7 ~0,41 Wniosek: zmiany niesynonimiczne są szybko utrwalane w specjacji nie są neutralne

68 Czy zmiany synonimiczne są neutralne Kodony synonimiczne nie są równocenne Zmiana kodonu częstego na rzadki może wpłynąć na poziom ekspresji i kinetykę translacji

69 Czy zmiany synonimiczne są neutralne?

70 Czy zmiany synonimiczne są neutralne?

71 Innowacje ewolucyjne w genomie

72 Skąd biorą się nowe funkcje (geny) Mutacje mogą zmienić funkcję genu, ale zwykle z utratą funkcji dotychczasowej Prawdopodobieństwo powstania nowego genu de novo (np. z sekwencji niekodującej) jest małe Rozwiązanie - duplikacje Susumu Ohno ( )

73 Duplikacje T.A. Brown. Genomy III, PWN 2009

74 Liczba genów wzrastała w historii życia

75 Ewolucja globin

76 Paralogi i ortologi Paralogi geny homologiczne w tym samym genomie, powstałe w wyniku duplikacji genu - np. α-globina i β-globina człowieka Ortologi geny homologiczne powstałe w wyniku specjacji, pochodzące od genu u wspólnego przodka np. α-globina człowieka i α-globina myszy

77 Ewolucja genów opsyn

78 Ewolucja widzenia barw

79 Geny HOX regulatory rozwoju

80 Duplikacje całych genomów Zmianie może ulec liczba chromosomów Podwojeniu może ulec cały genom Hipoteza 2R (hipoteza Ohno) podwojenie genomu na początku ewolucji kręgowców 2 rundy podwojenia np. geny Hox

81 Białka składają się z domen T.A. Brown. Genomy III, PWN 2009 Tasowanie domen kombinatoryka w białkach.

82 Wspólne motywy w różnych genach Możemy stawiać hipotezy dotyczące funkcji nieznanych białek na podstawie motywów znajdowanych w sekwencji. Podstawa większości współczesnych badań biochemicznych!!

83 Ewolucyjne klocki Złożone sieci współzależności złożoność budowana przez oddziaływania i kombinacje, a nie liczbę elementów składowych Nowe elementy przez duplikację istniejących

84 Ewolucyjna zmienność genomów U Eukaryota skład genomu zmienia się powoli większość genów człowieka (>95%) ma odpowiedniki w genomie myszy, żaby itp. za różnice odpowiadają subtelne zmiany regulacji i współdziałania genów U Prokaryota (bakterie, archeony) duże róznice w zestawie genów nawet u blisko spokrewnionych organizmów

85 Syntetyczna teoria ewolucji Tzw. współczesna synteza (modern synthesis) Połączenie teorii doboru naturalnego z genetyką klasyczną (pierwsza połowa XX w.) molekularną - ewolucja molekularna Neodarwinizm niezbyt jasne definicje: nurt STE kładący nacisk na rolę doboru synonim STE

86 Aktualna dyskusja Nature 514, (09 October 2014) doi: /514161a

87 Status STE Trwają dyskusje dotyczące włączenia do teorii ewolucji takich zjawisk, jak: epigenetyka plastyczność rozwojowa i fenotypowa kształtowanie niszy przez organizm (dobór jako proces dwukierunkowy) symbioza na poziomie genomu ogólnie - nie zawsze ewidentne przełożenie genotypu na fenotyp (dostosowanie)

88 Podstawowa wątpliwość Czy allelom pojedynczych genów można przypisywać określony współczynnik selekcji? Oddziaływania genetyczne Zdarza się, że mutacja jest korzystna w jednym tle genotypowym, a w innym - niekorzystna

89 Status STE Na gruncie nauki nie jest podważana idea ewolucji biologicznej, ani jej zasadniczo darwinowski mechanizm (losowa zmienność i dobór) Dyskusje w obrębie TE nie są podstawą do jej odrzucenia Odrzucanie TE zawsze ma motyw pozanaukowy (religijny), niezależnie od prób prezentacji na gruncie nauki inteligentny projekt - próba przedstawienia kreacjonizmu jako teorii naukowej