Bioinformatyka. Program UGENE

Wielkość: px

Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Bioinformatyka. Program UGENE"

Agnieszka Dobrowolska
5 lat temu
Przeglądów:

Bioinformatyka Program UGENE www.michalbereta.

1 Bioinformatyka Program UGENE UGENE jest darmowym programem do zadań bioinformatycznych. Można go pobrać ze strony 1

1. Wczytanie rekordu z bazy ENA do programu UGENE Ze

2 1. Wczytanie rekordu z bazy ENA do programu UGENE Ze strony europejskiego archiwum sekwencji nukleotydowych pobierz plik z rekordem BN w formacie tekstowym. Uruchom program UGENE i stwórz nowy projekt. Przeciągnij i upuść na obszar programu plik z rekordem. Wskaż odpowiedni format danych: 2

Program UGENE zaimportuje i wyświetli nie tylko

że oprócz oryginalnej sekwencji UGENE wyświetla również

nukleotydów na sekwencje aminokwasów (dlaczego jest ich

3 Program UGENE zaimportuje i wyświetli nie tylko sekwencję, ale również wszystkie meta-dane: Zwróć uwagę, że oprócz oryginalnej sekwencji UGENE wyświetla również nić komplementarną oraz możliwe translacje sekwencji nukleotydów na sekwencje aminokwasów (dlaczego jest ich sześć?). Funkcje te można wyłączyć: Pozostaje jedynie oryginalna sekwencja: 3

Po zaznaczeniu odpowiedniej adnotacji UGENE

4 Dodatkowe (poza sekwencją) dane zawarte w rekordzie są w większości prezentowane pod postacią adnotacji: Po zaznaczeniu odpowiedniej adnotacji UGENE automatycznie przenosi nas w odpowiednie miejsce w sekwencji: 4

5 Krótkie podsumowanie sekwencji można znaleźć po prawej stronie okna: 5

nadawać swoje nazwy kolejnym wyszukiwaniom), przykładowo: Szukanie w

6 2. Proste wyszukiwanie wzorców w sekwencji Po prawej stronie okna sekwencji znaleźć można szybkie menu służące prostemu wyszukiwaniu (warto nadawać swoje nazwy kolejnym wyszukiwaniom), przykładowo: Szukanie w oryginalnej sekwencji Nadaj swoje nazwy w celu łatwiejszej nawigacji w wynikach Wyszukaj 6

7 Jak widać poniżej, zadany wzorzec występuje dość często w tej sekwencji: Zwróć uwagę, że poniższe opcje pozwalają dokładniej określić rodzaj i zakres wyszukiwania: 7

8 3. Wyszukiwanie powtarzających się wzorców w sekwencji Wybierz menu Actions->Analyze->Find Repeats. Spróbujmy wyszukać wszystkie powtarzające się wzorce zgodnie z ustawieniami: Wyniki (odczytaj ile powtórzeń znaleziono, jaka jest odległość pomiędzy pierwszym a drugim wystąpieniem danego wzorca, jaka jest długość danego wzorca): 8

9 Można skopiować zaznaczony fragment sekwencji: PPM Po Ctrl+V (długość 33): GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAG 9

10 Zdanie 1 1. Ile jest powtórzeń o długości co najmniej 50 sekwencji z rekordu BN000065? 2. Jaka jest ich długość? 3. Skopiuj najdłuższy powtarzający się wzorzec. a. Jaka jest długość tego wzorca? b. Na jakiej pozycji zaczyna się pierwsze wystąpienie tego wzorca, a na jakiej drugie? c. W jakiej odległości występują powtórzenia tego wzorca? 10

11 Zdanie 2 Pobierz rekord BN z bazy gen bank i wczytaj go do UGene. Pobrany plik (np. sequence.gb ) ma rozszerzenie.gb i powinien być automatycznie otworzony przez UGene. Alternatywnie, można również skorzystać z wbudowanej funkcji UGene: W wyniku, rekord zostanie pobrany i wczytany do UGene: 11

12 Zadanie 3 Stwórz plik tekstowy z rozszerzeniem.fasta i zapisz w nim losowo wygenerowaną sekwencję razem z nagłówkiem fasta zawierającym krótki opis. Przykładowo: Jeśli system automatycznie dodał rozszerzenie.txt, usuń je. usuń 12

Otwórz plik do edycji w dowolnym edytorze, np.

od > a w drugiej linijce wklej sekwencję (wygeneruj ją

Zapisz plik Otwórz utworzony plik fasta w UGene

13 Otwórz plik do edycji w dowolnym edytorze, np. Notepad++ Wpisz nagłówek formatu fasta zaczynający się od > a w drugiej linijce wklej sekwencję (wygeneruj ją za pomocą programu Sekwencja.exe ze strony przedmiotu). Zapisz plik Otwórz utworzony plik fasta w UGene (podwójne kliknięcie w plik lub przeciągnij/upuść na obszar UGene). 13

14 Zaznacz fragment od pozycji 40 do pozycji 60 w sekwencji: Oznacz fragment dodając nową adnotację z własnym opisem (kliknij PPM na zaznaczonym fragmencie): 14

15 Wynik: 15

własnym nagłówkiem. Wczytaj plik do UGene.

16 Zadanie 4 W jednym pliku może być większa liczba sekwencji. Stwórz plik.fasta z trzema losowymi sekwencjami (długości kolejno 100, 200 oraz 500), każda z własnym nagłówkiem. Wczytaj plik do UGene. Podpowiedź: Po przeciągnięciu na obszar UGene, zdecyduj jak mają być potraktowane sekwencje z pliku w tym przypadku wczytaj je jako osobne sekwencje. 16

17 Wynik wczytane trzy sekwencje: Sprawdź efekty działania opcji wyświetlania i opanuj nawigację w obrębie każdej sekwencji. Wypróbuj opcję zoom. 17

Zadanie 5 Wygeneruj losową sekwencję o długości 500 000, zapisz do pliku fasta

Jakie najdłuższe powtórzenie wzorca można w niej znaleźć?

BN000065. Skopiuj znaleziony najdłuższy wzorzec do nowego pliku fasta.

18 Zadanie 5 Wygeneruj losową sekwencję o długości , zapisz do pliku fasta a następnie wczytaj do UGene. Jakie najdłuższe powtórzenie wzorca można w niej znaleźć? Porównaj tę długość z wcześniejszym przykładem dla sekwencji z rekordu BN Skopiuj znaleziony najdłuższy wzorzec do nowego pliku fasta. Przykładowy wynik: Podpowiedź: zacznij od wysokich wymagań odnośnie minimalnej długości wzorca, następnie jeśli nic nie zostanie znalezione, obniż te wymagania. 18

Podobne dokumenty

Bioinformatyka. Ocena wiarygodności dopasowania sekwencji.

Bioinformatyka. Ocena wiarygodności dopasowania sekwencji. Bioinformatyka Ocena wiarygodności dopasowania sekwencji www.michalbereta.pl Załóżmy, że mamy dwie sekwencje, które chcemy dopasować i dodatkowo ocenić wiarygodność tego dopasowania. Interesujące nas pytanie